CONCOURS ALLOCATIONS MINISTERIELLES 2014 Intitulé du sujet

CONCOURS ALLOCATIONS MINISTERIELLES 2014
Intitulé du sujet : Histoire évolutive des agrobactéries: caractérisation fonctionnelle des
étapes adaptatives de la famille à la souche.
Couleur scientifique : Micro-organismes, interactions, infections
Directeur (NOM Prénom) :
Co-directeur (NOM Prénom) :
NESME Xavier
Unité de recherche : N° et libellé
DAUBIN Vincent
Unité de recherche : N° et libellé
Ecologie Microbienne UMR 5557
Mail :
Biométrie et Biologie Evolutive, UMR 5558
Mail :
[email protected]
HDR (OUI / NON) : OUI
[email protected]
HDR (OUI / NON): OUI
Objectifs.
L'objectif de la thèse est (i) de reconstruire l'histoire du contenu génique et des
propriétés phénotypiques des bactéries conduisant de la famille à la souche et
d'identifier les gènes et propriétés phénotypiques caractéristiques des étapes
évolutives (ii) de faire la caractérisation fonctionnelle des gènes/propriétés
cataboliques clés des principales étapes de l'histoire évolutive du taxon et de
tester leur effet sur la valeur sélective des bactéries dans les principaux traits
d'histoire de vie des agrobactéries (colonisation de la rhizosphère, formation de
tumeur, survie dans sol).
Démarche expérimentale.
Des séquences de génomes de la totalité des espèces du genre Agrobacterium
et de nombreuses espèces proches on été obtenus. La première partie du
travail consistera à poursuivre l’analyse phylogénomique des agrobactéries en
incorporant les génomes récemment obtenus dans
la base de donnée
Agrogenome utilisée pour reconstruire les génomes ancestraux des
agrobactéries. Afin de superposer une dimension fonctionnelle à cette
approche, le profil phénotypique des bactéries du modèle sera déterminé (puce
Biolog™, Bioscreen™...) et utilisé pour reconstruire les phénomes ancestraux
des agrobactéries.
En se basant sur Agrogenome, la deuxième partie du travail consistera à
identifier les gènes caractéristiques des étape évolutives des agrobactéries
depuis la famille jusqu'à l'espèce afin de reconstruire l'histoire évolutive des
régions génomique de la souche modèle C58 (la souche-type de l'espèce A.
fabrum).
Dans la troisième partie du travail, les gènes de C58 caractéristiques des
principales étapes évolutives conduisant des Rhizobiacées à la souche C58
seront analysés par des approches strandard de génétique fonctionnelle.
L'importance de ces gènes dans la valeur sélective de la souche et leur
expression in situ (fusion GFP) seront testés lors des phases de colonisation des
racines (phase de vie commensale), d'induction des tumeurs et de survie dans
les tumeurs.
In fine, le travail conduira à la modélisation des étapes adaptatives successives
qui ont modelées le génome d'A. fabrum C58.
Compétences recherchées.
Le candidat recherché devra avoir en priorité une compétence avérée en
microbiologie et en génétique microbienne. Une compétence secondaire en
bioinformatique serait un plus.
Références:
1 Lassalle et al. 2011. Genomic species are ecological species as revealed by comparative genomics in Agrobacterium
tumefaciens. Genome Biol. Evol. 3:762–781. doi:10.1093/gbe/evr070
2 Campillo et al. 2014. Analysis of hydroxycinnamic acids degradation in Agrobacterium fabrum reveals a
CoA-dependent, beta-oxidative deacetylation pathway. App. Environ. Microbio. 80:(in press). doi:
10.1128/AEM.00475-14
3 Ramírez-Bahena M.H.et al. 2014. Single acquisition of protelomerase gave rise to speciation of a large and diverse
clade within the Agrobacterium/Rhizobium supercluster characterized by the presence of a linear chromid. Mol. Phyl.
Evol. 73:202-207. doi: 10.1016/j.ympev.2014.01.005