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L'épidémie de Extended-Spectrum- Lactamase-ProducingL'épidémie de Extended-Spectrum- Lactamase-Producing

Escherichia coli

ST131 est conduite par un seul sous-clone hautement pathogène,

30-Rx

Escherichia coli

ST131 est conduite par un seul sous-clone hautement pathogène,

30-Rx

Escherichia coli

ST131 est conduite par un seul sous-clone hautement pathogène,

30-Rx

Escherichia coli

ST131 est conduite par un seul sous-clone hautement pathogène,

30-Rx

Lance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, bLance B. Prix, un B James R. Johnson, c Maliha Aziz, un B Connie Clabots, c Brian Johnston, c Veronika Tchesnokova, ré Lora Nordstrom, b

Maria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, gMaria Billig, ré Sujay Chattopadhyay, ré Marc Stegger, a, e Paal S. Andersen, a, e Talima Pearson, F Kim Riddell, g Peggy Rogers, g

Delia Scholes, h Barbara Kahl, je Paul Keim, un F Evgeni V. Sokurenko réDelia Scholes, h Barbara Kahl, je Paul Keim, un F Evgeni V. Sokurenko réDelia Scholes, h Barbara Kahl, je Paul Keim, un F Evgeni V. Sokurenko réDelia Scholes, h Barbara Kahl, je Paul Keim, un F Evgeni V. Sokurenko réDelia Scholes, h Barbara Kahl, je Paul Keim, un F Evgeni V. Sokurenko réDelia Scholes, h Barbara Kahl, je Paul Keim, un F Evgeni V. Sokurenko réDelia Scholes, h Barbara Kahl, je Paul Keim, un F Evgeni V. Sokurenko réDelia Scholes, h Barbara Kahl, je Paul Keim, un F Evgeni V. Sokurenko ré

Division de la génomique Pathogen, l'Institut de recherche génomique translationnelle, Flagstaff, Arizona, États-Unis une; Ministère de la santé et l'environnement, l'Université George Washington, Washington, DC, États-Unis b; Veterans Division de la génomique Pathogen, l'Institut de recherche génomique translationnelle, Flagstaff, Arizona, États-Unis une; Ministère de la santé et l'environnement, l'Université George Washington, Washington, DC, États-Unis b; Veterans Division de la génomique Pathogen, l'Institut de recherche génomique translationnelle, Flagstaff, Arizona, États-Unis une; Ministère de la santé et l'environnement, l'Université George Washington, Washington, DC, États-Unis b; Veterans Division de la génomique Pathogen, l'Institut de recherche génomique translationnelle, Flagstaff, Arizona, États-Unis une; Ministère de la santé et l'environnement, l'Université George Washington, Washington, DC, États-Unis b; Veterans Division de la génomique Pathogen, l'Institut de recherche génomique translationnelle, Flagstaff, Arizona, États-Unis une; Ministère de la santé et l'environnement, l'Université George Washington, Washington, DC, États-Unis b; Veterans

Affairs Medical Center et de l'Université du Minnesota, Minneapolis, Minnesota, États-Unis c; Département de microbiologie, Université de Washington School of Medicine, Seattle, Washington, États-Unis ré; Contrôle de la Affairs Medical Center et de l'Université du Minnesota, Minneapolis, Minnesota, États-Unis c; Département de microbiologie, Université de Washington School of Medicine, Seattle, Washington, États-Unis ré; Contrôle de la Affairs Medical Center et de l'Université du Minnesota, Minneapolis, Minnesota, États-Unis c; Département de microbiologie, Université de Washington School of Medicine, Seattle, Washington, États-Unis ré; Contrôle de la Affairs Medical Center et de l'Université du Minnesota, Minneapolis, Minnesota, États-Unis c; Département de microbiologie, Université de Washington School of Medicine, Seattle, Washington, États-Unis ré; Contrôle de la Affairs Medical Center et de l'Université du Minnesota, Minneapolis, Minnesota, États-Unis c; Département de microbiologie, Université de Washington School of Medicine, Seattle, Washington, États-Unis ré; Contrôle de la

microbiologie et l'infection, Statens Serum Institut, Copenhague, Danemark e; Centre de Génétique et génomique microbienne, Northern Arizona University, Flagstaff, Arizona, États-Unis F; Groupe Santé Laboratoire clinique, Group microbiologie et l'infection, Statens Serum Institut, Copenhague, Danemark e; Centre de Génétique et génomique microbienne, Northern Arizona University, Flagstaff, Arizona, États-Unis F; Groupe Santé Laboratoire clinique, Group microbiologie et l'infection, Statens Serum Institut, Copenhague, Danemark e; Centre de Génétique et génomique microbienne, Northern Arizona University, Flagstaff, Arizona, États-Unis F; Groupe Santé Laboratoire clinique, Group microbiologie et l'infection, Statens Serum Institut, Copenhague, Danemark e; Centre de Génétique et génomique microbienne, Northern Arizona University, Flagstaff, Arizona, États-Unis F; Groupe Santé Laboratoire clinique, Group microbiologie et l'infection, Statens Serum Institut, Copenhague, Danemark e; Centre de Génétique et génomique microbienne, Northern Arizona University, Flagstaff, Arizona, États-Unis F; Groupe Santé Laboratoire clinique, Group

Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis g; Institut de recherche sur la santé du groupe, Group Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis h; Institut de microbiologie médicale, UniversitätsklinikumMunster, Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis g; Institut de recherche sur la santé du groupe, Group Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis h; Institut de microbiologie médicale, UniversitätsklinikumMunster, Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis g; Institut de recherche sur la santé du groupe, Group Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis h; Institut de microbiologie médicale, UniversitätsklinikumMunster, Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis g; Institut de recherche sur la santé du groupe, Group Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis h; Institut de microbiologie médicale, UniversitätsklinikumMunster, Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis g; Institut de recherche sur la santé du groupe, Group Health Cooperative, Seattle, Washington, États-Unis h; Institut de microbiologie médicale, UniversitätsklinikumMunster,

Münster, Allemagne jeMünster, Allemagne je

LBP et JRJ ont contribué également au projet.

ABSTRAIT le

Escherichia coli

Type de séquence 131 clone (ST131) est bien connu pour les infections extra-intestinales, de la résistance fl uoroquinolone et la production ABSTRAIT le

Escherichia coli

Type de séquence 131 clone (ST131) est bien connu pour les infections extra-intestinales, de la résistance fl uoroquinolone et la production ABSTRAIT le

Escherichia coli

Type de séquence 131 clone (ST131) est bien connu pour les infections extra-intestinales, de la résistance fl uoroquinolone et la production ABSTRAIT le

Escherichia coli

Type de séquence 131 clone (ST131) est bien connu pour les infections extra-intestinales, de la résistance fl uoroquinolone et la production

spectrumbeta-lactamase étendu (ESBL), imputables à un CTX-M-15 codant pour un élément mobile. Ici, nous avons appliqué fi eld gel puisée électrophorèse (PFGE) et le

séquençage du génome entier pour reconstituer l'histoire évolutive du clone ST131. analyses cluster basé PFGE a suggéré que les deux fl résistance à la uoroquinolone et la

production BLSE avaient été acquises par plusieurs sous-lignées de ST131 à travers des événements génétiques indépendants. En revanche, l'ensemble-genomesequence basée

sur l'analyse phylogénomique plus robuste a révélé que la résistance fl uoroquinolone a été con fi nie presque entièrement à un seul, en expansion rapide ST131 sous-clone,

désigné

30-R. Frappant de constater que, 91% des isolats produisant CTX-M-15 a également appartenu à un seul, bien dé fi ni clade imbriqué dans

30-R, qui a été nommé

30-Rx désigné

30-R. Frappant de constater que, 91% des isolats produisant CTX-M-15 a également appartenu à un seul, bien dé fi ni clade imbriqué dans

30-R, qui a été nommé

30-Rx désigné

30-R. Frappant de constater que, 91% des isolats produisant CTX-M-15 a également appartenu à un seul, bien dé fi ni clade imbriqué dans

30-R, qui a été nommé

30-Rx désigné

30-R. Frappant de constater que, 91% des isolats produisant CTX-M-15 a également appartenu à un seul, bien dé fi ni clade imbriqué dans

30-R, qui a été nommé

30-Rx désigné

30-R. Frappant de constater que, 91% des isolats produisant CTX-M-15 a également appartenu à un seul, bien dé fi ni clade imbriqué dans

30-R, qui a été nommé

30-Rx désigné

30-R. Frappant de constater que, 91% des isolats produisant CTX-M-15 a également appartenu à un seul, bien dé fi ni clade imbriqué dans

30-R, qui a été nommé

30-Rx désigné

30-R. Frappant de constater que, 91% des isolats produisant CTX-M-15 a également appartenu à un seul, bien dé fi ni clade imbriqué dans

30-R, qui a été nommé

30-Rx

en raison de sa résistance plus étendue. En dépit de sa relation étroite avec clonale

30Rx, l'organe mobile CTX-M-15 a été inséré dans le plasmide de façon variable et les en raison de sa résistance plus étendue. En dépit de sa relation étroite avec clonale

30Rx, l'organe mobile CTX-M-15 a été inséré dans le plasmide de façon variable et les

emplacements chromosomiques au sein de la

génome 30-Rx. Le dépistage d'une grande collection de clinique récente

E. coli

isole les deux con fi rmé l'expansion mondiale clonale de

génome 30-Rx. Le dépistage d'une grande collection de clinique récente

E. coli

isole les deux con fi rmé l'expansion mondiale clonale de

génome 30-Rx. Le dépistage d'une grande collection de clinique récente

E. coli

isole les deux con fi rmé l'expansion mondiale clonale de

génome 30-Rx. Le dépistage d'une grande collection de clinique récente

E. coli

isole les deux con fi rmé l'expansion mondiale clonale de

30-Rx et a révélé son association disproportionnée avec la septicémie (risque relatif, 7,5;

P <

0,001). Ensemble, ces résultats suggèrent que la forte prévalence de la

30-Rx et a révélé son association disproportionnée avec la septicémie (risque relatif, 7,5;

P <

0,001). Ensemble, ces résultats suggèrent que la forte prévalence de la

30-Rx et a révélé son association disproportionnée avec la septicémie (risque relatif, 7,5;

P <

0,001). Ensemble, ces résultats suggèrent que la forte prévalence de la

30-Rx et a révélé son association disproportionnée avec la septicémie (risque relatif, 7,5;

P <

0,001). Ensemble, ces résultats suggèrent que la forte prévalence de la

production CTX-M-15 parmi les isolats ST131 est principalement attribuable à l'expansion d'un sous-clone unique, très virulent,

30-Rx.production CTX-M-15 parmi les isolats ST131 est principalement attribuable à l'expansion d'un sous-clone unique, très virulent,

30-Rx.

IMPORTANCE Nous avons appliqué une approche génomique avancée pour étudier l'histoire de l'évolution récente de l'un des plus importantsIMPORTANCE Nous avons appliqué une approche génomique avancée pour étudier l'histoire de l'évolution récente de l'un des plus importants

Escherichia coli

les souches en circulation aujourd'hui. Cette souche, appelée type de séquence 131 (ST131), provoque la vessie multirésistante, les reins et les infections de la circulation

Escherichia coli

les souches en circulation aujourd'hui. Cette souche, appelée type de séquence 131 (ST131), provoque la vessie multirésistante, les reins et les infections de la circulation

sanguine dans le monde entier. La prévalence croissante de la résistance aux antibiotiques dans

E. coli

rend ces infections plus dif fi ciles à traiter et est conduit à increasedmortality. Des sanguine dans le monde entier. La prévalence croissante de la résistance aux antibiotiques dans

E. coli

rend ces infections plus dif fi ciles à traiter et est conduit à increasedmortality. Des sanguine dans le monde entier. La prévalence croissante de la résistance aux antibiotiques dans

E. coli

rend ces infections plus dif fi ciles à traiter et est conduit à increasedmortality. Des

études antérieures ont suggéré que de nombreuses souches différentes de ST131 ont gagné la résistance aux céphalosporines à spectre étendu de manière indépendante. En revanche, nos

recherches indiquent que la plupart des souches extendedspectrum-résistante aux céphalosporines ST131 appartiennent à un seul sous-clone hautement pathogène, appelé

30-Rx. La nature recherches indiquent que la plupart des souches extendedspectrum-résistante aux céphalosporines ST131 appartiennent à un seul sous-clone hautement pathogène, appelé

30-Rx. La nature

clonale de

30-Rx peut offrir des possibilités de stratégies de contrôle axées sur la prévention vaccins ou de transmission, ce qui pourrait prendre de l'importance que

30 Rx et autres clonale de

30-Rx peut offrir des possibilités de stratégies de contrôle axées sur la prévention vaccins ou de transmission, ce qui pourrait prendre de l'importance que

30 Rx et autres clonale de

30-Rx peut offrir des possibilités de stratégies de contrôle axées sur la prévention vaccins ou de transmission, ce qui pourrait prendre de l'importance que

30 Rx et autres clonale de

30-Rx peut offrir des possibilités de stratégies de contrôle axées sur la prévention vaccins ou de transmission, ce qui pourrait prendre de l'importance que

30 Rx et autres clonale de

30-Rx peut offrir des possibilités de stratégies de contrôle axées sur la prévention vaccins ou de transmission, ce qui pourrait prendre de l'importance que

30 Rx et autres

pathogènes extraintestinal

E. coli

sous-clones deviennent résistantes à nos antibiotiques.pathogènes extraintestinal

E. coli

sous-clones deviennent résistantes à nos antibiotiques.pathogènes extraintestinal

E. coli

sous-clones deviennent résistantes à nos antibiotiques.

Reçu 22 mai 2013 Accepté 12 Novembre 2013 publié 17 Décembre 2013Reçu 22 mai 2013 Accepté 12 Novembre 2013 publié 17 Décembre 2013Reçu 22 mai 2013 Accepté 12 Novembre 2013 publié 17 Décembre 2013Reçu 22 mai 2013 Accepté 12 Novembre 2013 publié 17 Décembre 2013Reçu 22 mai 2013 Accepté 12 Novembre 2013 publié 17 Décembre 2013Reçu 22 mai 2013 Accepté 12 Novembre 2013 publié 17 Décembre 2013

Citation Prix LB, Johnson JR, Aziz M, Clabots C, Johnston B, Tchesnokova V, Nordstrom L, Billig M, Chattopadhyay S, Stegger M, Andersen PS, Pearson T, Riddell K, Rogers P, Scholes D, Kahl B, Keim P , Sokurenko EV. 2013. Citation Prix LB, Johnson JR, Aziz M, Clabots C, Johnston B, Tchesnokova V, Nordstrom L, Billig M, Chattopadhyay S, Stegger M, Andersen PS, Pearson T, Riddell K, Rogers P, Scholes D, Kahl B, Keim P , Sokurenko EV. 2013.

L'épidémie de prolongée spectrum- lactamase productrices

Escherichia coli

ST131 est entraîné par un seul sous-clone hautement pathogène,

30-Rx. MBIO 4 (6): e00377-13. doi: 10.1128 / mBio.00377-13.L'épidémie de prolongée spectrum- lactamase productrices

Escherichia coli

ST131 est entraîné par un seul sous-clone hautement pathogène,

30-Rx. MBIO 4 (6): e00377-13. doi: 10.1128 / mBio.00377-13.L'épidémie de prolongée spectrum- lactamase productrices

Escherichia coli

ST131 est entraîné par un seul sous-clone hautement pathogène,

30-Rx. MBIO 4 (6): e00377-13. doi: 10.1128 / mBio.00377-13.L'épidémie de prolongée spectrum- lactamase productrices

Escherichia coli

ST131 est entraîné par un seul sous-clone hautement pathogène,

30-Rx. MBIO 4 (6): e00377-13. doi: 10.1128 / mBio.00377-13.L'épidémie de prolongée spectrum- lactamase productrices

Escherichia coli

ST131 est entraîné par un seul sous-clone hautement pathogène,

30-Rx. MBIO 4 (6): e00377-13. doi: 10.1128 / mBio.00377-13.L'épidémie de prolongée spectrum- lactamase productrices

Escherichia coli

ST131 est entraîné par un seul sous-clone hautement pathogène,

30-Rx. MBIO 4 (6): e00377-13. doi: 10.1128 / mBio.00377-13.

Éditeur Julian Parkhill, l'Institut SangerÉditeur Julian Parkhill, l'Institut Sanger

droits d'auteur © 2013 Prix et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported , Ce qui permet une utilisation non commerciale sans restriction, la droits d'auteur © 2013 Prix et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported , Ce qui permet une utilisation non commerciale sans restriction, la droits d'auteur © 2013 Prix et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported , Ce qui permet une utilisation non commerciale sans restriction, la droits d'auteur © 2013 Prix et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported , Ce qui permet une utilisation non commerciale sans restriction, la

distribution et la reproduction sur tout support, à condition que l'auteur original et la source sont crédités. Adresse de correspondance Lance B. Prix, [email protected].

H le transfert de gènes orizontal est l'une des plus puissantes forcesH le transfert de gènes orizontal est l'une des plus puissantes forces

dans l'évolution bactérienne. Le potentiel de transformation de ce processus est

peut-être mieux fi é exemplifié par l'acquisition des déterminants de la résistance aux

antimicrobiens: dans un événement génétique unique, une bactérie susceptible

antimicrobien peut acquérir une suite complexe de déterminants de la résistance et

deviennent résistantes aux antimicrobiens multiples. Ainsi, le transfert horizontal fréquent

entre les différents

souches peuvent potentiellement conduire la propagation de la résistance aux antibiotiques

dans la population bactérienne, sans aucun changement dans la répartition des souches.

Cependant, lorsque des clones bactériens virulents acquièrent ces éléments, ils peuvent

rapidement émerger au sein de la population grâce à l'expansion clonale et d'acquérir ainsi

une prédominance locale ou même mondiale (1-3). Quantification de la contribution relative de

l'horizontale (transfert de gènes) et verticale (expansion clonale) méca-

ARTICLE DE RECHERCHE

Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 ® mbio.asm.org 1® mbio.asm.org 1® mbio.asm.org 1

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nismes à l'émergence d'agents pathogènes bactériens

multirésistante fourniront des informations importantes

sur l'évolution de ces agents pathogènes et d'informer les

nouvelles stratégies d'intervention.

En 2008, précédemment non reconnu

Escherichia coli

groupe clonal, le type de séquence 131

Escherichia coli

groupe clonal, le type de séquence 131

(de ST131), a été identi fi ées dans neuf pays répartis

sur trois continents (4,

5). Aujourd'hui, ST131 est le pathogène dominant

extraintestinal

E. coli (

ExPEC) souche dans le monde extraintestinal

E. coli (

ExPEC) souche dans le monde extraintestinal

E. coli (

ExPEC) souche dans le monde

entier, mais les analyses rétrospectives suggèrent

que l'émergence d'une pandémie ST131 a eu lieu sur

une période de moins de 10 ans (6, 7). ST131 fait

partie du groupe phylogénique virulent et B2 a été

rapporté pour provoquer un large éventail d'infections,

y compris la méningite, l'ostéomyélite, la myosite,

orchiépididymite et péritonite (6, 8-10). Cependant,

ST131 est le plus souvent associée à une infection

des voies urinaires (UTI) et est un important agent

étiologique des infections urinaires, les infections

rénales et urosepsis aux États-Unis et au niveau

international (11-

14). La génétique des populations analyse des isolats

ST131 a indiqué que la récente propagation épidémique

de ce groupe est entraîné par les descendants d'une

seule souche, nommée sous-clone

30, qui ne diffèrent seule souche, nommée sous-clone

30, qui ne diffèrent

des membres des autres, ST131 moins répandues par les

sous-clones de transport

fi mH

30, un allèle du gène sous-clones de transport

fi mH

30, un allèle du gène sous-clones de transport

fi mH

30, un allèle du gène

codant pour la mannose-spéci fi ques de type 1 fi mbrial

adhésine, FimH (15).

Au cours de la dernière décennie, l'émergence de

souches multirésistantes ExPEC a fait un traitement

UTI plus problématique, conduisant à une

antibiothérapie discordante et augmentation de la

morbidité et de la mortalité (16-19). Cette augmentation

multirésistante a IVU été en grande partie en raison de

l'augmentation rapide de la prévalence de ExPEC

les souches, en particulier de

déterminants hébergeant ST131 pour

à spectre étendu lactamases (ESBL) et à spectre étendu lactamases (ESBL) et

la résistance à triméthoprime

le sulfaméthoxazole et le fl uoroquinolones (FQ) (16,

20-27).

Le CTX-M-15 lactamase est leLe CTX-M-15 lactamase est le

dominante BLSE dans ST131 et est de plus en plus trouvé

dans les isolats à la fois provoquant une infection urinaire et

la bactériémie (13, 28-31). La phylogénie des gènes CTX-M

suggère que ces enzymes ont été soulevées par la

mobilisation des chromosomes

- lactamase (

bLA)

gènes- lactamase (

bLA)

gènes- lactamase (

bLA)

gènes

de l'organisme commensale intestinale

Kluyvera (

32). Un de l'organisme commensale intestinale

Kluyvera (

32). Un de l'organisme commensale intestinale

Kluyvera (

32). Un

certain nombre d'enzymes CTX-M ont augmenté à la

prévalence depuis les années 1990, avec un nouveau type

CTX-M apparaissant fréquemment dans plusieurs pays

lointains sí-

CD462 JJ2230 JJ2050 JJ2193 JJ2578 JJ2537 JJ2183 QU061 JJ2421 JJ2430 Calg56 (MH19502) JJ2135 JJ2006 MHVlab2 JJ1975 JJ2194 JJ2265 JJ2444-XXXXXXXX JJ2040 JJ2057 MHHDE2 QU189 MH5753 JJ2606 CD338 JJ1915 JJ2206 JJ2216 JJ2196 JJ2210 CD449 CD451 CD460 JJ2142 CU790 JJ2117 JJ2641 CU799 JJ2489-XXXXXXX JJ2120 JJ2539 CD453 JJ2286 CU797 JJ2004 CD257 CD459 JJ1962 JJ2350 JJ2119 JJ2251 JJ1968 JJ1952 CD458 JJ2309 JJ2033 JJ2408 JJ2579 JJ1950 JJ1972 JJ2163 JJ2351 JJ2500 JJ2580 QUC10 JJ2185 JJ2577 JJ2459 JJ2433 CD340 JJ2508 JJ1902 JJ2587 JJ2063 JJ2220 JJ2062 JJ2239 JJ2308 JJ2630 QU153 JJ2631 JJ2125 JJ2152 JJ2064 QU221 QU192 CU758 CU761 JJ2674 JJ2334 JJ2545 JJ2192 QUC01 JJ2642 JJ2317 QU008 JJ2519 JJ1887-XXXXX JJ2667 JJ2218 JJ1933 JJ2247 JJ1867 JJ2603 JJ2130 JJ1886-XXXXXXXX JJ2662 JJ1995 JJ2048 JJ2254 JJ2255 JJ2352 CD454 JJ1967 JJ2534 QU162 JJ2184 CD358-XXXXXXXMH5800-XXXXXXX JJ1974 QUC09 QUC03 QUC04 JJ2047 JJ1900 JJ2044 QUC08 JJ1895 JJ2226 JJ2306 JJ2287 JJ2224 JJ2507 MH15802 QU021 JJ2611 JJ1990 JJ1976 JJ2128 QU048 JJ2225 JJ1934 JJ2312 JJ2495 JJ2195 JJ1877 JJ2269 QU198 JJ2289 JJ2570 JJ2227 JJ2013 JJ2180 CD263 CD400 JJ1942 JJ2540 MH16102 JJ2441-XXXXXX JJ1928 JJ1930 JJ2613 JJ2436 Calg06 (MH1100) JJ2453 JJ2622 JJ2434XXXXX JJ2627 QUC02-XXXXXX CD452 JJ2483 JJ2419 JJ2045 MHMECB5 MHVA1 JJ2333 JJ2544 CD254 JJ1905 JJ2250 PH0872 JJ2032 CD261 JJ1903 JJ2150 JJ2271 JJ2041 JJ1966 JJ2145 JJ2214 CD260 JJ2212 JJ2213 JJ2332 QU161 JJ2176 JJ1977 QU110 JJ1906 JJ2221 JJ2201 JJ2277 QU233 QU206 JJ2178 JJ2190 JJ2015 JJ2001 JJ2136 JJ2362 JJ2553 JJ2285 JJ2291 JJ2191 JJ2122 JJ2321 PH53135 JJ2325 JJ2324 CD252 CD255 JJ1961 JJ2005 JJ2353 JJ2098 JJ2407 JJ2535 CD253 CD256 JJ1904 JJ1894 CD259 JJ2143 Calg51 (MH17102) -XXXXXXXX JJ2624JJ2146 JJ2199 JJ2132 JJ1959 JJ2648 JJ2188 JJ1918 JJ2197 JJ2203 JJ2341 JJ2207 JJ1908 JJ2133 JJ1907 JJ2297 JJ1896 JJ2259 JJ2205 JJ2346 JJ2345 JJ1899 JJ2017 JJ2018 JJ2526 JJ2124 JJ2171 JJ2252 JJ1980 JJ2069 QU249 JJ2425 JJ1914-XXXXXXXX JJ2008-XXXXXXX CMB106 JJ2481 JJ1991 JJ1879 JJ2604 JJ2296 JJ2087 MHHDE1 MHHBS4 MHVB8 MH3756 MH6373 JJ2422 JJ2427 JJ2320 JJ2187 JJ1920 JJ2242 JJ2258 JJ2640 JJ2647 JJ2264 JJ2262 JJ2266 JJ2566 JJ2245 JJ2605 JJ2639 JJ1951 JJ1993 JJ2241 JJ2410 QU073 QU102 QU015 JJ2053 MHFV7569 MHFV7595 CMB107 JJ2007 QU106 JJ2243-XXXXXX MH5936 JJ2546 JJ2548 JJ2547-XXXXXXXX JJ2618 JJ2621 JJ1922 JJ1923 JJ2650 JJ2657-XXXXXXXX JJ2260 JJ2237 JJ2307 JJ2559 JJ2560 JJ2335 JJ2490 JJ2166 JJ2484 JJ2208 CD311 CD345 CD313 CD408 JJ2009 JJ2010 QU240 QU200 JJ2118-XXXXXXXX CD505 JJ1913 JJ2532 JJ2521 JJ2256 JJ1916 JJ2000 MHHDE3 JJ2420 JJ2038-XXXXXXXX CD301MHKN1604-XXXXXXX CD288 CD437 CD437 JJ2055 QUC12 QU019 JJ2514 QU245 JJ2516 CD407 JJ1996 CD413 CD287 JJ2550 CD467 CD559 CD436 JJ1998 CD352 CD434 CD319 CD433 CD471 CD336 CD551 CD412 CD404 CD361 CD461 CD536 CD285 CD303 CD455 CD466 CD417 CD351 PH0168 CD394 CD347 CD456 CD264 JJ1901 CD265 QU259 QU289 QU268 QU270 QU271 QU300 QU252 QU253 QU251 QU255 QU258 CD262 QU299 QUC13 CD306 JJ2244-XXXXXXX CD424 MHAH10 MHAH15 MHAH9 JJ2127 JJ1880 JJ2633 JJ2169 JJ2635 JJ2141 CD297 CD296 CD325 JJ2608 Calg30 (MH8501) JJ2637 JJ2037 JJ1958 JJ2502 JJ2659 JJ2517 CD545 CD548 CD549 CD550 CD375 CD544 CD390 CD512 CD553 CD539 CD541 CD383 CD382 CD356 CD498 JJ1970 JJ1971 JJ1917 JJ2054 JJ2012 JJ2358 JJ2555-XXXXXXXX JJ2417 JJ2575 JJ2615 JJ2003 JJ1910 JJ1911 JJ1912 JJ2223 JJ1878 JJ2424 JJ2426 JJ2449 JJ2428 JJ2429 JJ2442 JJ2437 JJ2450 JJ2574 JJ2413 JJ2416 JJ2232 JJ2649 JJ2431 JJ2432JJ2452 JJ2011 JJ2643-XXXXXXX JJ2645 JJ2646 CMB114 JJ2451 JJ2030 JJ2134 JJ2179 JJ2240 B1-2-1 (H17) JJ2591-XXXXXX JJ2592 QU264 JJ2663 QU090 CD280 CD365 JJ2029 JJ2039 JJ2474 JJ2209 JJ1909 JJ1919 JJ2528 JJ2463 JJ2594 JJ2014 JJ1997 JJ2457 CD268 CD266 CD331 JJ2016 JJ1969 CD357 CD318 JJ1999 JJ2576 CD249 CD250 CD251 JJ2668 JJ1932 JJ1897 JJ2002

300 SNPs

900 SNPs

UNE. B.

CD467

JJ2555

JJ2444

G132

JJ2041

CD456

JJ2087

JJ2578

JJ2508

MVAST077

QU090

JJ2243

CD340

KN1604

CD471

CU758

JJ2434

CD345

ZH071

CD436

MVAST084

JJ1901

JJ2183

CD306

JJ2591

SaT049

CD390

JJ2134

JJ2118

JJ2038

MVAST131

MVAST0036

JJ1914

SaT158

JJ2193

CD413

MH5800

CD301

QUC12

G150

JJ2050

CD400

MVAST046

JJ2016

JJ1996

H003

CD505

H17

MVAST020

JJ2547

CD466

JJ2009

CD249

H061

JJ2489

CD331

JJ1969

ZH164

JJ2244

U004

JJ1886

SaT142

JJ2608

MVAST179

MVAST038

JJ2528

CD303

G199

SaT040

CD455

ZH193

JJ2643

G216

MVAST158

NA114

QU300

JJ1897

JJ2008

CD311

JMI268

JMI025

H006

MVAST167

JJ2550

ZH063

JJ2657

C001

JJ1887

JJ2007

MH17102

H016

U024

G213

JJ2055

JJ2441

CD347

JJ2210

QUC02

CU799

JJ1999

CD358

CD449

MVAST014

JJ2668

JJ1908

U054

FIG. 1 PFGE dendrogramme et l'ensemble du génome SNP basé phylogénie

E. coli

ST131. (A) à base d'dendrogramme PFGE de

E. coli

isolats FIG. 1 PFGE dendrogramme et l'ensemble du génome SNP basé phylogénie

E. coli

ST131. (A) à base d'dendrogramme PFGE de

E. coli

isolats FIG. 1 PFGE dendrogramme et l'ensemble du génome SNP basé phylogénie

E. coli

ST131. (A) à base d'dendrogramme PFGE de

E. coli

isolats FIG. 1 PFGE dendrogramme et l'ensemble du génome SNP basé phylogénie

E. coli

ST131. (A) à base d'dendrogramme PFGE de

E. coli

isolats FIG. 1 PFGE dendrogramme et l'ensemble du génome SNP basé phylogénie

E. coli

ST131. (A) à base d'dendrogramme PFGE de

E. coli

isolats FIG. 1 PFGE dendrogramme et l'ensemble du génome SNP basé phylogénie

E. coli

ST131. (A) à base d'dendrogramme PFGE de

E. coli

isolats

(ST131

524), tel que déduit à l'intérieur de BioNumerics selon la

Procédé de groupe de paire non pondéré basé sur les coef fi cients de dés. (B) à base de phylogénie SNP-génome entier d'isolats

sélectionnés ST131 (

105) et le génome de référence NA114. SNPs ont été identi fi é des régions génomiques équivalant à environ sélectionnés ST131 (

105) et le génome de référence NA114. SNPs ont été identi fi é des régions génomiques équivalant à environ

44,7% du génome de référence qui a été partagé entre tous les isolats et séquencés à 10 couverture. L'analyse de ces régions 44,7% du génome de référence qui a été partagé entre tous les isolats et séquencés à 10 couverture. L'analyse de ces régions

génomiques partagées révélé

2531-informatif et parcimonie 4000 SNPs au total du génome de base (à l'exclusion des régions acquises à l'horizontale) qui ont

été utilisés pour construire la phylogénie présenté ici. homoplasie indice (HI)

0,012. Le bloc violet met en évidence les

30 sous-clone.0,012. Le bloc violet met en évidence les

30 sous-clone.

Prix et al.

2 ® mbio.asm.org ® mbio.asm.org Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13

FQ-R

CTX-M-15

fimH

complex

fimH

complex

CTX-M-15

FQ-R

70 80

100

on February 22, 2020 by guesthttp://mbio.asm.org/Downloaded from

multanément, ce qui suggère des événements de transfert indépendants (33). Ceci, ainsi

que la diversité substantielle des éléments de résistance transférables dans ST131, a

conduit certains à conclure que le transfert horizontal doit être les BLSE de

mechanismwhereby dominants ont pris de l'importance parmi les souches du clone ST131

(7, 34, 35). Comment-

jamais, d'autres preuves suggèrent que l'expansion clonale contribue significativement à la

propagation de la résistance aux antimicrobiens dans les

E. coli

propagation de la résistance aux antimicrobiens dans les

E. coli

(36-39).

Jusqu'à tout récemment, notre connaissance de l'épidémiologie et la dispersion des

souches bactériennes, y compris d'origine ST131, est basée

9 SNPs

H17

G213

JJ2193

NA114 (ref)

MH5800

JJ2210

JJ1886

JJ2550

JJ2434

JJ2643

KN1604

CD358

JJ2244

MVAST131

MVAST0036

MVAST179

JJ2444

JJ1887 U004

JJ2578

MVAST038

JJ1914

CD449

MH17102

ZH193

JJ2041

JJ2528

JJ2508

JJ2118

JMI268

G216

CD340

QUC02

JJ1897

MVAST158

U024

JJ2441

JJ2009

JJ2555

C001

JJ2243

JJ2668

JJ2608

MVAST077

JJ2183

JJ2134

H006

G150

JJ2657

SaT158

H016

H003

MVAST046

JJ2008

JJ2007

CU758

SaT049

MVAST084

JJ2050

ZH164

CD306

MVAST014

JJ2038

JJ1908

JJ2547

JJ2489

CU799

30-Rx

30-R

FIG2 analyse phylogénétique haute résolution de l'émergence de la résistance à la fl uoroquinolone production andCTX-M-15. Environ 51,8% du génome de référence a été partagé entre tous les isolats et FIG2 analyse phylogénétique haute résolution de l'émergence de la résistance à la fl uoroquinolone production andCTX-M-15. Environ 51,8% du génome de référence a été partagé entre tous les isolats et

séquencée à 10 couverture. L'analyse de ces régions génomiques partagées a révélé 72 SNPs informatif et parcimonie 771 SNPs au total lesemployés génome base (hors régions acquises à l'horizontale) qui séquencée à 10 couverture. L'analyse de ces régions génomiques partagées a révélé 72 SNPs informatif et parcimonie 771 SNPs au total lesemployés génome base (hors régions acquises à l'horizontale) qui

ont été utilisés pour construire la phylogénie présenté ici. homoplasie indice (HI)

0.000. Les blocs de couleur mettent en évidence les trois sous-clones ST131 imbriqués,

30 (violet),

30-R (bleu),

30-Rx (jaune).0.000. Les blocs de couleur mettent en évidence les trois sous-clones ST131 imbriqués,

30 (violet),

30-R (bleu),

30-Rx (jaune).0.000. Les blocs de couleur mettent en évidence les trois sous-clones ST131 imbriqués,

30 (violet),

30-R (bleu),

30-Rx (jaune).0.000. Les blocs de couleur mettent en évidence les trois sous-clones ST131 imbriqués,

30 (violet),

30-R (bleu),

30-Rx (jaune).0.000. Les blocs de couleur mettent en évidence les trois sous-clones ST131 imbriqués,

30 (violet),

30-R (bleu),

30-Rx (jaune).0.000. Les blocs de couleur mettent en évidence les trois sous-clones ST131 imbriqués,

30 (violet),

30-R (bleu),

30-Rx (jaune).0.000. Les blocs de couleur mettent en évidence les trois sous-clones ST131 imbriqués,

30 (violet),

30-R (bleu),

30-Rx (jaune).

Clonale extension de céphalosporine résistant

E. coli

Clonale extension de céphalosporine résistant

E. coli

Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13 ® mbio.asm.org 3® mbio.asm.org 3® mbio.asm.org 3

FQ-R

CTX-M-15

fimH

complex

fimH

complex

on February 22, 2020 by guesthttp://mbio.asm.org/Downloaded from

en grande partie sur le typage de séquence (MLST) multilocus, qui a une résolution

limitée au niveau du sous-clone, et sur l'analyse électrophorèse sur gel puisée fi eld

(PFGE), qui est très vulnérable aux distorsions des événements de transfert de gène

horizontal et l'interprétation subjective. Dans l'étude actuelle, nous avons utilisé

l'analyse du polymorphisme singlenucleotide du génome entier (SNP) pour reconstruire

la phylogénie de ST131 et les déterminants de la résistance superposée et la

sensibilité phénotypique sur cette phylogénie pour élucider l'histoire de l'évolution de la

fl résistance uoroquinolone et la production BLSE dans ce pathogène important.

RÉSULTATS

analyse PFGE. Une collection de 524 isolats ST131 cultivée à partir humains et les analyse PFGE. Une collection de 524 isolats ST131 cultivée à partir humains et les

animaux entre 1967 et 2011 a été analysée par électrophorèse en champ pulsé, ce qui a

abouti à un dendrogramme complexe (Fig. 1A) .dans les dendrogramme basé PFGE, les

isolats qui étaient résistants fl uoroquinolone et / ou

bla

CTX-M-15 positif, bien que isolats qui étaient résistants fl uoroquinolone et / ou

bla

CTX-M-15 positif, bien que isolats qui étaient résistants fl uoroquinolone et / ou

bla

CTX-M-15 positif, bien que isolats qui étaient résistants fl uoroquinolone et / ou

bla

CTX-M-15 positif, bien que

présentant un certain regroupement, ont été entremêlés beaucoup avec ceux qui étaient

fl uoroquinolone sensibles et / ou

bla

CTX-M-15 négatif. A ce titre, l'analyse des rapports fl uoroquinolone sensibles et / ou

bla

CTX-M-15 négatif. A ce titre, l'analyse des rapports fl uoroquinolone sensibles et / ou

bla

CTX-M-15 négatif. A ce titre, l'analyse des rapports fl uoroquinolone sensibles et / ou

bla

CTX-M-15 négatif. A ce titre, l'analyse des rapports

précédents PFGE a soutenu suggérant l'acquisition horizontale fréquente des

déterminants de la résistance fl uoroquinolone et

bla

CTX-M-15 entre les différents déterminants de la résistance fl uoroquinolone et

bla

CTX-M-15 entre les différents déterminants de la résistance fl uoroquinolone et

bla

CTX-M-15 entre les différents déterminants de la résistance fl uoroquinolone et

bla

CTX-M-15 entre les différents

sous-clones de ST131.

reconstruction phylogénétique ST131 base SNP-de-génome entier. De la reconstruction phylogénétique ST131 base SNP-de-génome entier. De la

collection totale qui a subi une analyse de PFGE, 105 ST131 isolats ont été

systématiquement sélectionné pour le séquençage génomique selon des critères fi

ées toprespeci que emphasizeddiversity de fonds génétiques selon la PFGE. Les

105 isolats, qui proviennent de cinq pays et 23 États et provinces au Canada et aux

États-Unis, inclus 22 CTX-M-15 produisant des isolats, qui ont été largement

distribués à travers le dendrogramme électrophorétique (fig. 1A).

comparaisons génomiques identi fi ées SNP loci qui étaient présents dans tous les

isolats et, par conséquent, d'information pour la reconstruction phylogénétique. Le premier

arbre phylogénétique inclus souche non ST131 AA86 (groupB2; ST1876) (40) anoutgroup, à

la racine de l'arbre et pour identifier les clones de base au sein de la phylogénie ST131 (voir

figure S1 dans le matériau supplémentaire.). Ensuite, la souche AA86 a été exclue et une

nouvelle matrice de SNP et arbre phylogénétique ont été générées (voir Fig. S2 dans le

matériau supplémentaire). Depuis AA86 de souche (éloignée) manque certaines des régions

génomiques trouvées dans le clone ST131, l'exclusion de AA86 a augmenté le nombre de

régions génomiques partagées dans l'alignement de séquence et, par conséquent,

augmenté le nombre de SNPs d'information avec qui pour résoudre la phylogénie de ST131.

L'indice de homoplasie (HI) pour ces deux arbres initial (voir Fig. S1 et S2) était

extrêmement élevé ( 0,33), indiquant une recombinaison substantielle. reconstructions extrêmement élevé ( 0,33), indiquant une recombinaison substantielle. reconstructions

phylogénétiques qui incluent des régions génomiques acquises par transfert horizontal

de gènes ne représentent pas avec précision l'histoire de l'évolution des organismes

clonales. Toutefois, ces phylogénie peuvent être utilisés pour identifier les régions

acquises horizontalement. Cela a été accompli ici bymapping au génome de référence

pour les valeurs HI SNPs individuelles, qui ont révélé quatre grandes régions

recombinantes représentant près de 31% du génome.

Exclusion de SNP des quatre régions acquises à l'horizontale conduit à des

arbres withminimal homoplasie (indice de homoplasie [HI]

0,012) (voir Fig. S3 dans le matériau supplémentaire), suggérant

phylogénie de haute précision (41). La figure 1B montre le SNP du génome entier

résultant phylogénie pour les 105 isolats ST131, plus la souche ST131 NA114 génome

de référence (42).

base-génome ensemble regroupement des sous-clones résistants. La phylogénie base-génome ensemble regroupement des sous-clones résistants. La phylogénie

base SNP du génome entier a montré des groupements distincts de souches portant spéci fi

ques

fi mH

alleles (Fig. 1B), ainsi que

gyrA

ques

fi mH

alleles (Fig. 1B), ainsi que

gyrA

ques

fi mH

alleles (Fig. 1B), ainsi que

gyrA

ques

fi mH

alleles (Fig. 1B), ainsi que

gyrA

parC

et les allèles de type O (voir l'ensemble de données S1 et S1 dans le tableau et

parC

et les allèles de type O (voir l'ensemble de données S1 et S1 dans le tableau et

parC

et les allèles de type O (voir l'ensemble de données S1 et S1 dans le tableau

matériau supplémentaire). En particulier les souches, portant le

fi mH

30 allele matériau supplémentaire). En particulier les souches, portant le

fi mH

30 allele matériau supplémentaire). En particulier les souches, portant le

fi mH

30 allele

regroupés en un seul clade à faible diversité, désigné

30, qui comprend 58 (95%) regroupés en un seul clade à faible diversité, désigné

30, qui comprend 58 (95%)

des 61 isolats de fl uoroquinolone résistant. De plus, presque tous les isolats, malgré

productrices de CTX-M-15 paraissant avoir diverses origines génétiques selon le

dendrogramme basé PFGE (Fig. 1A), regroupées en une subclade distincte au sein de

30 clade (Fig. 1B).la

30 clade (Fig. 1B).

Pour résoudre davantage l'histoire de l'évolution de la

30 sous-clone, des Pour résoudre davantage l'histoire de l'évolution de la

30 sous-clone, des

séquences génomiques de la 64

30 isolats et leurs trois voisins les plus proches ont séquences génomiques de la 64

30 isolats et leurs trois voisins les plus proches ont

été analysés séparément du reste des isolats (Fig. 2). L'alignement de ces

séquences au fi nis génome de référence NA114 augmenté le nombre de

sharednucleotides et a révélé SNPs d'information supplémentaires qui ont été utilisés

pour générer la haute résolution et haute précision (HI

0,000) phyloge-

arbre Netic représenté sur la figure. 2. Cet arbre a suggéré que l'acquisition de la

fi mH

30 arbre Netic représenté sur la figure. 2. Cet arbre a suggéré que l'acquisition de la

fi mH

30 arbre Netic représenté sur la figure. 2. Cet arbre a suggéré que l'acquisition de la

fi mH

allele précédée de l'acquisition de la résistance à la fl uoroquinolone par un seul ancêtre

au sein de la

30 sous-clone, qui a été suivie par une grande expansion clonale de fl au sein de la

30 sous-clone, qui a été suivie par une grande expansion clonale de fl

uoroquinolone résistant

30 souches. Pour distinguer les uoroquinoloneresistant fl liés clonale

isolats du uoroquinolonesusceptible fl ancestral

30 isolats, le sous-clone isolats du uoroquinolonesusceptible fl ancestral

30 isolats, le sous-clone

résistant à l'intérieur

30 a été désigné

30-R.résistant à l'intérieur

30 a été désigné

30-R.résistant à l'intérieur

30 a été désigné

30-R.résistant à l'intérieur

30 a été désigné

30-R.résistant à l'intérieur

30 a été désigné

30-R.

Dans ce phylogénie haute résolution, 20 (91%) des 22 isolats qui ST131

effectuée

bla

CTX-M-15 isolats -Incluant de l'Australie, la Corée du Sud, le Portugal, le effectuée

bla

CTX-M-15 isolats -Incluant de l'Australie, la Corée du Sud, le Portugal, le effectuée

bla

CTX-M-15 isolats -Incluant de l'Australie, la Corée du Sud, le Portugal, le effectuée

bla

CTX-M-15 isolats -Incluant de l'Australie, la Corée du Sud, le Portugal, le

Canada et les États-Unis- ont formé une distincte, sous-clone unique ancêtre

dans

30-R. En raison de ses caractéristiques de résistance plus étendues, ce

bla

dans

30-R. En raison de ses caractéristiques de résistance plus étendues, ce

bla

dans

30-R. En raison de ses caractéristiques de résistance plus étendues, ce

bla

dans

30-R. En raison de ses caractéristiques de résistance plus étendues, ce

bla

CTXM-15- a été désigné sous-clone associé

30-Rx (Fig. 2). Trois SNPs canoniques CTXM-15- a été désigné sous-clone associé

30-Rx (Fig. 2). Trois SNPs canoniques

distingués

30-Rx lesemployés reste de

30 rAvec 100% fi délité.distingués

30-Rx lesemployés reste de

30 rAvec 100% fi délité.distingués

30-Rx lesemployés reste de

30 rAvec 100% fi délité.distingués

30-Rx lesemployés reste de

30 rAvec 100% fi délité.distingués

30-Rx lesemployés reste de

30 rAvec 100% fi délité.

localisation génomique de l'élément CTX-M-15. Plusieurs études antérieures ont localisation génomique de l'élément CTX-M-15. Plusieurs études antérieures ont

rapporté que

bla

CTX-M-15 est positionné sur un plasmide de type IncFII conjugatif dans le rapporté que

bla

CTX-M-15 est positionné sur un plasmide de type IncFII conjugatif dans le rapporté que

bla

CTX-M-15 est positionné sur un plasmide de type IncFII conjugatif dans le rapporté que

bla

CTX-M-15 est positionné sur un plasmide de type IncFII conjugatif dans le

cadre d'un Tn

comme

ISEcp1-Bla

CTXM-15- orf477 élément mobile. Ici, nous avons cadre d'un Tn

comme

ISEcp1-Bla

CTXM-15- orf477 élément mobile. Ici, nous avons cadre d'un Tn

comme

ISEcp1-Bla

CTXM-15- orf477 élément mobile. Ici, nous avons cadre d'un Tn

comme

ISEcp1-Bla

CTXM-15- orf477 élément mobile. Ici, nous avons cadre d'un Tn

comme

ISEcp1-Bla

CTXM-15- orf477 élément mobile. Ici, nous avons cadre d'un Tn

comme

ISEcp1-Bla

CTXM-15- orf477 élément mobile. Ici, nous avons

effectué une

in silico

effectué une

in silico

analyse pour caractériser la structure et la localisation génomique de l'organe mobile

CTX-M-15 parmi les 22

bla

CTX-M-15 isolats positifs ST131. Dans chaque cas,

bla

CTX-M-15 faisait CTX-M-15 parmi les 22

bla

CTX-M-15 isolats positifs ST131. Dans chaque cas,

bla

CTX-M-15 faisait CTX-M-15 parmi les 22

bla

CTX-M-15 isolats positifs ST131. Dans chaque cas,

bla

CTX-M-15 faisait CTX-M-15 parmi les 22

bla

CTX-M-15 isolats positifs ST131. Dans chaque cas,

bla

CTX-M-15 faisait CTX-M-15 parmi les 22

bla

CTX-M-15 isolats positifs ST131. Dans chaque cas,

bla

CTX-M-15 faisait CTX-M-15 parmi les 22

bla

CTX-M-15 isolats positifs ST131. Dans chaque cas,

bla

CTX-M-15 faisait CTX-M-15 parmi les 22

bla

CTX-M-15 isolats positifs ST131. Dans chaque cas,

bla

CTX-M-15 faisait

partie d'un Tn typique

comme

ISEcp1-Bla

CTX-M-15 orf477 élément transposable. Bien partie d'un Tn typique

comme

ISEcp1-Bla

CTX-M-15 orf477 élément transposable. Bien partie d'un Tn typique

comme

ISEcp1-Bla

CTX-M-15 orf477 élément transposable. Bien partie d'un Tn typique

comme

ISEcp1-Bla

CTX-M-15 orf477 élément transposable. Bien partie d'un Tn typique

comme

ISEcp1-Bla

CTX-M-15 orf477 élément transposable. Bien partie d'un Tn typique

comme

ISEcp1-Bla

CTX-M-15 orf477 élément transposable. Bien

que fi no SNPswere ed entre les différents éléments CTX-M-15, les régions fl Anking

bla

CTX-M-15 que fi no SNPswere ed entre les différents éléments CTX-M-15, les régions fl Anking

bla

CTX-M-15 que fi no SNPswere ed entre les différents éléments CTX-M-15, les régions fl Anking

bla

CTX-M-15

ont souvent été dégradés par l'insertion / suppression (non représenté). Les séquences

Illumina court lues sont suf fi pour identifier de manière fiable le site d'insertion de

l'élément pour tous, mais trois des 22 isolats CTX-M-15-positives séquences dans la

présente étude (tableau 1). Le site d'insertion varie parmi les isolats: 13 effectue une

copie unique sur un plasmide de type de IncFII, quatre réalisée d'une seule copie dans

le chromosome, et deux effectué une copie sur le chromosome et une autre copie sur

un plasmide de type IncFII (tableau 1) . En outre, parmi les souches avec un élément

situé dans le chromosome, cinq sites d'insertion chromosomiques distincts ont été

identifiés ed; seulement deux souches, JJ1886 et JJ1887, qui sont les voisins les plus

proches dans la phylogénie SNP (Fig. 2), l'élément effectuées dans le même

emplacement chromosomique (tableau 1).

Association de la production et BLSE

bla

CTX-M-15 avec leAssociation de la production et BLSE

bla

CTX-M-15 avec leAssociation de la production et BLSE

bla

CTX-M-15 avec leAssociation de la production et BLSE

bla

CTX-M-15 avec le

30-Rx ST131 sous-clone. Parce que la plupart des isolats dans les arbres

phylogénétiques étaient d'origine historique (c.-à-pré-2009), nous avons évalué la

généralisabilité de l'association observée de la

30-Rx sousgénéralisabilité de l'association observée de la

30-Rx sous

Prix et al.

4 ® mbio.asm.org ® mbio.asm.org Novembre / Décembre 2013 Volume 4 Numéro 6 e00377-13

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clone avec la production et BLSE

bla

CTX-M-15 en analysant les isolats cliniques plus clone avec la production et BLSE

bla

CTX-M-15 en analysant les isolats cliniques plus clone avec la production et BLSE

bla

CTX-M-15 en analysant les isolats cliniques plus clone avec la production et BLSE

bla

CTX-M-15 en analysant les isolats cliniques plus

récents, à savoir de 2011 à 2013. Pour ce faire, un total de 261 isolats ST131 de

Seattle, WA, Minneapolis, MN, et Münster, en Allemagne, ont été évalués pour

fi mH

Type Seattle, WA, Minneapolis, MN, et Münster, en Allemagne, ont été évalués pour

fi mH

Type Seattle, WA, Minneapolis, MN, et Münster, en Allemagne, ont été évalués pour

fi mH

Type

allèle,

30-Rx appartenance à un sous-clone, la production BLSE, et la possession deallèle,

30-Rx appartenance à un sous-clone, la production BLSE, et la possession de

bla

CTX-M-15 ( Tableau 2).

bla

CTX-M-15 ( Tableau 2).

bla

CTX-M-15 ( Tableau 2).

Parmi les 261 isolats récents ST131, 174 (67%) appartenaient à la

30 Parmi les 261 isolats récents ST131, 174 (67%) appartenaient à la

sous-clone, alors que le 87 reste (33%) porté l'un de plusieurs autres associés

ST131-

fi mH

allèles, comme décrit récemment (15). Parmi les 174

30 isolats, 163 ST131-

fi mH

allèles, comme décrit récemment (15). Parmi les 174

30 isolats, 163 ST131-

fi mH

allèles, comme décrit récemment (15). Parmi les 174

30 isolats, 163 ST131-

fi mH

allèles, comme décrit récemment (15). Parmi les 174

30 isolats, 163 ST131-

fi mH

allèles, comme décrit récemment (15). Parmi les 174

30 isolats, 163

(94%) qui étaient fl uoroquinolone résistantes ont été défini comme

30-R. (94%) qui étaient fl uoroquinolone résistantes ont été défini comme

30-R.

détection de

30Rx spéci fi que SNPs a montré

30-Rx composé 44 (27%) 163détection de

30Rx spéci fi que SNPs a montré

30-Rx composé 44 (27%) 163détection de

30Rx spéci fi que SNPs a montré

30-Rx composé 44 (27%) 163détection de

30Rx spéci fi que SNPs a montré

30-Rx composé 44 (27%) 163détection de

30Rx spéci fi que SNPs a montré

30-Rx composé 44 (27%) 163

souches 30-R (Tableau 2).

Parmi les 44

30-Rx isolats, 34 (77%) étaient BLSE produire, et 33 d'entre Parmi les 44

30-Rx isolats, 34 (77%) étaient BLSE produire, et 33 d'entre

eux réalisés

bla

CTX-M-15. Cela a été très similaire àeux réalisés

bla

CTX-M-15. Cela a été très similaire àeux réalisés

bla

CTX-M-15. Cela a été très similaire àeux réalisés

bla

CTX-M-15. Cela a été très similaire à

le chariot 74% du

bla

CTX-M-15 observée parmi les historiques genomesequenced

le chariot 74% du

bla

CTX-M-15 observée parmi les historiques genomesequenced

le chariot 74% du

bla

CTX-M-15 observée parmi les historiques genomesequenced

le chariot 74% du

bla

CTX-M-15 observée parmi les historiques genomesequenced

le chariot 74% du

bla

CTX-M-15 observée parmi les historiques genomesequenced

isole 30-Rx (Fig. 2), mais significativement plus élevée que la faible prévalence

de production soit BLSE ou

bla

CTX-M-15 transport observé chez les non-récente

30 isolats ST131 (3%) pour chaque

bla

CTX-M-15 transport observé chez les non-récente

30 isolats ST131 (3%) pour chaque

bla

CTX-M-15 transport observé chez les non-récente

30 isolats ST131 (3%) pour chaque

bla

CTX-M-15 transport observé chez les non-récente

30 isolats ST131 (3%) pour chaque

bla

CTX-M-15 transport observé chez les non-récente

30 isolats ST131 (3%) pour chaque

caractère,

30 mais pas

isolats 30-R (9%) pour chaque caractère, et

30-R, mais pas

caractère,

30 mais pas

isolats 30-R (9%) pour chaque caractère, et

30-R, mais pas

caractère,

30 mais pas

isolats 30-R (9%) pour chaque caractère, et

30-R, mais pas

caractère,

30 mais pas

isolats 30-R (9%) pour chaque caractère, et

30-R, mais pas

caractère,

30 mais pas

isolats 30-R (9%) pour chaque caractère, et

30-R, mais pas

caractère,

30 mais pas

isolats 30-R (9%) pour chaque caractère, et

30-R, mais pas

caractère,

30 mais pas

isolats 30-R (9%) pour chaque caractère, et

30-R, mais pas

caractère,

30 mais pas

isolats 30-R (9%) pour chaque caractère, et

30-R, mais pas

30 isolats-Rx (6% et 2% pour les deux traits, respectivement) (tableau 2). Donc,

bla

CTX-M-15 30 isolats-Rx (6% et 2% pour les deux traits, respectivement) (tableau 2). Donc,

bla

CTX-M-15 30 isolats-Rx (6% et 2% pour les deux traits, respectivement) (tableau 2). Donc,

bla

CTX-M-15

ont représenté presque tous les isolats productrices de BLSE dans le

30 ont représenté presque tous les isolats productrices de BLSE dans le

Rx-sous-clone; À l'inverse, dans l'ensemble ST131, la

30-Rx a représenté la Rx-sous-clone; À l'inverse, dans l'ensemble ST131, la

30-Rx a représenté la

sous-clone grande majorité de la production BLSE et, en particulier,

bla

CTX-M-15 le chariot. De plus, cette association étroite entre

bla

CTX-M-15 le chariot. De plus, cette association étroite entre

bla

CTX-M-15 le chariot. De plus, cette association étroite entre

30-Rx et

bla

CTX-M-15 se vérifiait dans les différents laboratoires qui ont fourni les récents

30-Rx et

bla

CTX-M-15 se vérifiait dans les différents laboratoires qui ont fourni les récents

30-Rx et

bla

CTX-M-15 se vérifiait dans les différents laboratoires qui ont fourni les récents

30-Rx et

bla

CTX-M-15 se vérifiait dans les différents laboratoires qui ont fourni les récents

30-Rx et

bla

CTX-M-15 se vérifiait dans les différents laboratoires qui ont fourni les récents

isolats cliniques (données non présentées).

prévalence démographique, géographique et clinique

30Rx. Nous avons prévalence démographique, géographique et clinique

30Rx. Nous avons

également évalué la prévalence relative des

30-R etégalement évalué la prévalence relative des

30-R et

30-Rx sous-clones au sein de la population totale ST131 par rapport à la population

des patients et locale en comparant les isolats d'urine de GroupHealth Cooperative à

Seattle, WA, qui dessert une population ambulatoire presque exclusivement, avec de

l'urine isole les laboratoires fromhospital dans theUnited États andGermany que

servemixed patients hospitalisés et externes populations. La prévalence relative des

30-Rx était le plus élevé parmi les isolats des hôpitaux allemands (où il a dépassé la

prévalence même d'autres

isolats 30-R), intermédiaire entre les isolats hospitaliers basés prévalence même d'autres

isolats 30-R), intermédiaire entre les isolats hospitaliers basés

aux États-Unis, et le plus bas parmi les isolats de consultation externe en santé du Groupe

(tableau 3).

Les données relatives à la présence / absence de septicémie cliniquement diagnostiqué

étaient disponibles pour 162 des récentes États-Unis ST131 isolats cliniques, parmi lesquels 12

patients source (7%) Dans l'ensemble ont été diagnostiqués avec une septicémie (tableau 4),

une valeur similaire à la prévalence globale de 5,2% de septicémie diagnostiqué chez les 1.133

isolats cliniques extraintestinales fromwhich les 162 ST131 souches sont dérivées (

0,26) (15). Cependant, la septicémie a été diagnostiquée chez 28% des PA-

tients avec un

30-Rx isolât (tableau 4), une significativement plus grande proportion tients avec un

30-Rx isolât (tableau 4), une significativement plus grande proportion

que chez les patients atteints d'un non-

30-Rx,

isolât 30-R (6%;

0,02), un non-

30, que chez les patients atteints d'un non-

30-Rx,

isolât 30-R (6%;

0,02), un non-

30, que chez les patients atteints d'un non-

30-Rx,

isolât 30-R (6%;

0,02), un non-

30, que chez les patients atteints d'un non-

30-Rx,

isolât 30-R (6%;

0,02), un non-

30, que chez les patients atteints d'un non-

30-Rx,

isolât 30-R (6%;

0,02), un non-

30, que chez les patients atteints d'un non-

30-Rx,

isolât 30-R (6%;

0,02), un non-

30, que chez les patients atteints d'un non-

30-Rx,

isolât 30-R (6%;

0,02), un non-

30, que chez les patients atteints d'un non-

30-Rx,

isolât 30-R (6%;

0,02), un non-

30, que chez les patients atteints d'un non-

30-Rx,

isolât 30-R (6%;

0,02), un non-

30,

ST131 isolât (4%;

0,01), toute non

30-Rx, ST131 isolât (5%;

0,005), ou un isolât ST131 isolât (4%;

0,01), toute non

30-Rx, ST131 isolât (5%;

0,005), ou un isolât ST131 isolât (4%;

0,01), toute non

30-Rx, ST131 isolât (5%;

0,005), ou un isolât ST131 isolât (4%;

0,01), toute non

30-Rx, ST131 isolât (5%;

0,005), ou un isolât ST131 isolât (4%;

0,01), toute non

30-Rx, ST131 isolât (5%;

0,005), ou un isolât ST131 isolât (4%;

0,01), toute non

30-Rx, ST131 isolât (5%;

0,005), ou un isolât ST131 isolât (4%;

0,01), toute non

30-Rx, ST131 isolât (5%;

0,005), ou un isolât

non-ST131 (5,6%;

0,003). Pour

30 isolats-Rx par rapport à d'autres isolats de ST131, non-ST131 (5,6%;

0,003). Pour

30 isolats-Rx par rapport à d'autres isolats de ST131, non-ST131 (5,6%;

0,003). Pour

30 isolats-Rx par rapport à d'autres isolats de ST131, non-ST131 (5,6%;

0,003). Pour

30 isolats-Rx par rapport à d'autres isolats de ST131, non-ST131 (5,6%;

0,003). Pour

30 isolats-Rx par rapport à d'autres isolats de ST131,

le risque relatif de la septicémie associée était de 7,5 (95% con fi ance intervalle, de 2,3

à 23,8).

DISCUSSION

Les résultats de cette étude fournissent des preuves convaincantes que l'expansion

clonale est le mécanisme dominant pour la prolifération des

TABLEAU 1 CTX-M-15 emplacements d'éléments parmi les 22

Escherichia coli

TABLEAU 1 CTX-M-15 emplacements d'éléments parmi les 22

Escherichia coli

TABLEAU 1 CTX-M-15 emplacements d'éléments parmi les 22

Escherichia coli

isole ST131 nom

Isoler

Le sous-clone emplacement génomique

une

emplacement génomique

une

site d'insertion

chromosomal

JJ2444

30-Rx

30-Rx Chromosome 2037134

JJ2038

30-Rx

30-Rx Chromosome 2127735

JJ1886

30-Rx

30-Rx Chromosome 1473842

JJ1887

30-Rx

30-Rx Chromosome 1473842

JJ2434

30-Rx

30-Rx Plasmide et le chromosome 4493369

MH5800

30-Rx MH5800

30-Rx Plasmide et le chromosome 4191808

JJ2547

30-Rx

30-Rx Plasmide N / A

JJ2555

30-Rx

30-Rx Plasmide N / A

JJ2008

30-Rx

30-Rx Plasmide N / A

JJ1914

30-Rx

30-Rx Plasmide N / A

JJ2441

30-Rx

30-Rx Plasmide N / A

JJ2489

30-Rx

30-Rx Plasmide N / A

JJ2657

30-Rx

30-Rx Plasmide N / A

JJ2643

30-Rx

30-Rx Plasmide N / A

U004

30-Rx

30-Rx Plasmide N / A

CD358

30-Rx

30-Rx Plasmide N / A

NA1114

30-Rx NA1114

30-Rx Plasmide

Plasmide

N / A

MH17102

30-Rx MH17102

30-Rx Indéterminé N / A

QUC02

30-Rx

30-Rx Indéterminé N / A

KN1604

30-Rx KN1604

30-Rx Indéterminé N / A

JJ2244

30, non

30-Rx plasmide

30, non

30-Rx plasmide

30, non

30-Rx plasmide

30, non

30-Rx plasmide N / A

JJ2591 Non-

30 Non-

30 Plasmide N / A

une

Marqué comme indéterminé si le

in silico

analyse des résultats ambigus.

une

Marqué comme indéterminé si le

in silico

analyse des résultats ambigus.

une

Marqué comme indéterminé si le

in silico

analyse des résultats ambigus.

une

Marqué comme indéterminé si le

in silico

analyse des résultats ambigus.

emplacement chromosomal basé sur le génome fermé de JJ1886. NA, non applicable.

Rapporté précédemment.

TABLEAU 2 Association des ST131 sous-clones présentant des caractéristiques de résistance parmi 261 isolats cliniques récents de

Escherichia coli

ST131 des États-Unis et en AllemagneTABLEAU 2 Association des ST131 sous-clones présentant des caractéristiques de résistance parmi 261 isolats cliniques récents de

Escherichia coli

ST131 des États-Unis et en AllemagneTABLEAU 2 Association des ST131 sous-clones présentant des caractéristiques de résistance parmi 261 isolats cliniques récents de

Escherichia coli

ST131 des États-Unis et en AllemagneTABLEAU 2 Association des ST131 sous-clones présentant des caractéristiques de résistance parmi 261 isolats cliniques récents de

Escherichia coli

ST131 des États-Unis et en Allemagne

trait résistance

La prévalence du trait de résistance, non. (%)

souches total (ST131

261)souches total (ST131

261)

ST131 sous-clone (s)

Non-

30 (

87)Non-

30 (

87)Non-

30 (

87)Non-

30 (

87)Non-

30 (

87)

30 (

174)

30 (

174)

30 (

174)

30 (

174)

Non-

30-R (

11)Non-

30-R (

11)Non-

30-R (

11)Non-

30-R (

11)Non-

30-R (

11)

30-R (

165) Non-

30-Rx

30-R (

165) Non-

30-Rx

30-R (

165) Non-

30-Rx

30-R (

165) Non-

30-Rx

30-R (

165) Non-

30-Rx

30-R (

165) Non-

30-Rx

(

119)(

119)

30-Rx (

44)

30-Rx (

44)

30-Rx (

44)

30-Rx (

44)

FQ résistant 163 (62) 0 (0) 0 (0) 119 (100) 44 (100)

une

44 (100)

une

BLSE 45 (17) 3 (3) 1 (9) 7 (6) 34 (77)

34 (77)

bla

CTX-M-15

bla

CTX-M-15 39 (15) 3 (7) 1 (9) 2 (2) 33 (75)

33 (75)

une

Pour la fl uoroquinolone (FQ) fraction résistante,