See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.net/publication/328113222 Bactéries anaérobies et résistances aux antibiotiques Article in Revue Francophone des Laboratoires · September 2018 DOI: 10.1016/S1773-035X(18)30256-9 CITATIONS READS 0 329 6 authors, including: Rémy Froissart Anne-Laure Bañuls French National Centre for Scientific Research Institute of Research for Development 65 PUBLICATIONS 967 CITATIONS 212 PUBLICATIONS 5,174 CITATIONS SEE PROFILE Godreuil Sylvain Institute of Research for Development 154 PUBLICATIONS 1,378 CITATIONS SEE PROFILE Some of the authors of this publication are also working on these related projects: MOLTRAQ: Molecular tracing of viral diseases in aquaculture View project Cysteine proteases View project All content following this page was uploaded by Anne-Laure Bañuls on 14 March 2019. The user has requested enhancement of the downloaded file. SEE PROFILE Dossier scientifique Bactéries anaérobies et résistances aux antibiotiques Yann Dumont1,2,*, Remy Froissart2, Anne-Laure Bañuls2, Lucas Bonzon1, Hélène Jean-Pierre1, Sylvain Godreuil1,2 1 Hôpital Arnaud de Villeneuve, CHU de Montpellier, Laboratoire de bactériologie, Université de Montpellier, Montpellier, 191 Avenue du Doyen Gaston Giraud, 34295 Montpellier Cedex 5, France. 2 UMR MIVEGEC IRD-CNRS-Université de Montpellier, IRD, Montpellier, France. *Auteur correspondant : [email protected] (Y. Dumont). RÉSUMÉ MOTS CLÉS antibiotiques ◗ bactéries anaérobies ◗ épidémiologie ◗ Europe ◗ résistance ◗ KEY WORDS anaerobic bacteria antibiotics ◗ epidemiology ◗ Europe ◗ resistance ◗ ◗ © 2018 – Elsevier Masson SAS Tous droits réservés. © DR KARI LOUNATMAA/SPL/PHANIE Le terme « bactéries anaérobies » recouvre de nombreuses espèces phylogénétiquement très différentes. Ainsi, si on retrouve quelques résistances naturelles communes, chaque espèce présente des résistances naturelles et une épidémiologie de la résistance différente qu’il faut connaître pour orienter les médecins vers des antibiothérapies efficaces. Les résistances acquises peuvent toucher la majorité des molécules utilisées dans les infections à anaérobies, même si dans la majorité des cas les souches restent fréquemment sensibles aux associations pénicilline inhibiteur de béta-lactamase (et notamment à la pipéracilline tazobactam), aux carbapénèmes et au métronidazole. Cependant, la mise en évidence de souches multirésistantes parmi les Bacteroides du groupe fragilis, très fréquemment impliqué dans les infections, les échecs cliniques associés à ces souches, et l’évolution des résistances pour certains antibiotiques, montre que, comme pour les entérobactéries au cours des dernières décennies, la situation est en train de changer. Il est donc essentiel de tester la sensibilité des souches isolées dans les situations cliniques critiques et pour les espèces les plus pourvoyeuses de résistance. Pour les souches les plus résistantes, l’utilisation d’autres classes antibiotiques (oxazolidinones, nouvelles cyclines) devra alors être envisagée. ABSTRACT Anaerobic bacteria and antibiotic resistances The term “anaerobic bacteria” covers many phylogenetically very different species. Thus, if we find some common natural resistance, each species has natural resistance and epidemiology of the different resistance that must be known to guide physicians to effective antibiotic therapy.The resistances acquired can affect most of the molecules used in anaerobic infections, although in most cases the strains are frequently sensitive to penicillin-beta-lactamase inhibitor associations (and especially piperacillin tazobactam), carbapenems and metronidazole. However, the demonstration of multiresistant strains among the Bacteroides of the fragilis group, which is very frequently involved in infections, the clinical failures associated with these strains, and the evolution of resistance for certain antibiotics, shows that, as for enterobacteriaceae during in recent decades, the situation is changing. It is therefore essential to test the susceptibility of isolated strains in critical clinical situations and for the most resistant species. For the most resistant strains, the use of other antibiotic classes (oxazolidinones, new cyclins) should then be considered. REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES • N° 505 • SEPTEMBRE-OCTOBRE 2018 57 Dossier scientifique Introduction Comme toutes les bactéries, les bactéries anaérobies sont sujettes à des résistances aux antibiotiques. Si elles ne sont pas comparables aux bactéries hautement résistantes émergentes (BHRe) comme les entérocoques résistants aux glycopeptides ou les entérobactéries résistantes aux carbapénèmes, les bactéries anaérobies peuvent exprimer de nombreuses résistances, naturelles ou acquises. Si elles sont bien connues et maîtrisées pour certains genres, avec des seuils critiques de CMI et des fréquences de sensibilité concordantes dans la littérature, on ne connaît pour d’autres espèces que des répartitions de concentrations minimales inhibitrices (CMI), sans bien connaître la corrélation qu’il peut y avoir entre ces CMI et la probabilité d’un échec clinique. Par conséquent, seules des valeurs critiques communes à l’ensemble des anaérobies (cas du référentiel CASFM) ou séparés en aérobie à Gram positif ou négatif (cas des seuils de l’Eucast) ne sont donnés, accompagnées de quelques règles d’expertises. L’objectif de ce chapitre est de décrire les résistances observées chez les bactéries anaérobies et leurs mécanismes, illustrées par les données récentes de la littérature Européenne quant à leurs incidences. Résistances naturelles Le référentiel du Comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie liste quatre résistances naturelles chez les bactéries anaérobies : les aminosides, l’aztréonam (exception faite des Fusobacterium), le triméthoprime et les quinolones. Il est cependant à noter que, les bactéries anaérobies n’appartenant pas à une entité phylogénétique unique et ces résultats ayant principalement été mis en évidence chez les Bacteroides et les Clostridium, des exceptions pourraient être trouvées. La résistance aux aminosides est directement due au métabolisme des bactéries anaérobies. Si les ribosomes d’espèces anaérobies sont bien sensibles à ces molécules, ces dernières nécessitent un transport actif à travers la membrane pour rejoindre leurs cibles. Or, du fait des différences métaboliques spécifiques aux bactéries anaérobies, ce transport actif est absent (Clostridium perfringens) ou déficient (Bacteroides fragilis) chez les bactéries anaérobies, expliquant l’absence d’activité de cette famille d’antibiotique [1]. Cependant, comme pour les streptocoques, une activité synergique de la gentamicine avec la pénicilline, la clindamycine et, plus rarement, le métronidazole chez certaines souches de Prevotella et de Porphyromonas a pu être observée in vivo et chez l’animal [2]. Cette activité est toutefois à relativiser, la baisse de pH fréquemment constatée localement lors d’une infection étant un autre mécanisme limitant l’action de ces molécules. 58 La résistance à l’aztréonam est quant à elle due à la faible affinité de cette molécule pour les protéines liant la pénicilline (PLP) des bactéries anaérobies, notamment celles des PLP 1 et 3, responsable de l’activité de cette molécule chez les bactéries à Gram négatif [3]. La résistance au triméthoprime provient d’une forte activité dihydrofolate réductase des bactéries anaérobies, provoquant une hausse de CMI pouvant aller jusqu’au centuple comparée à Escherichia coli [4]. L’activité synergique du triméthoprime avec le sulfamethoxazole est toutefois conservée chez une partie des souches [5]. Enfin, une grande partie des fluoroquinolones possède une faible activité sur les bactéries anaérobies, dont l’ofloxacine, la ciprofloxacine et la lévofloxacine. Il existe cependant des fluoroquinolones ayant une forte activité contre les bactéries anaérobies [6]. Parmi celles-ci, seule la moxifloxacine est actuellement disponible en France, mais des résistances acquises peuvent être rencontrées. Bactéries à Gram négatives Genre Bacteroides Le genre Bacteroides, et notamment le groupe Bacteroides du groupe fragilis, est le plus grand porteur de résistance chez les anaérobies. Ces bactéries étant fréquemment rencontrées en pratique clinique (infections intra-abdominales ou gynécologiques), leurs résistances naturelles et leurs résistances acquises les plus fréquentes doivent régulièrement être prises en compte dans les antibiothérapies probabilistes. Ces espèces sont naturellement résistantes aux aminopénicillines, au céfamandole, au céfuroxime et à la céfalotine, ainsi qu’à la fosfomycine, aux glycopeptides et aux polymyxines (colistine et polymyxine B). La présence d’une pénicillinase naturelle (CepA) est associée à la résistance aux aminopénicillines. Cette pénicillinase n’est cependant pas présente ou exprimée chez toutes les souches, et certaines souches peuvent donc avoir des concentrations minimales inhibitrices (CMI) sensibles [7]. La sensibilité des Bacteroides aux céphalosporines de 3 e génération est considérée comme médiocre, et tout résultat sensible doit être considéré comme intermédiaire (CASFM 2013, encore valable pour l’interprétation des sensibilités chez les bactéries anaérobies). Les antibiotiques fréquemment sensibles sur ces espèces sont le métronidazole, les associations pénicillines-inhibiteurs (contrairement aux associations céphalosporines inhibiteurs, l’adjonction de ce dernier ne suffisant pas à rattraper la faible affinité des premières pour les PLP), la céfoxitine, les carbapénèmes, la clindamycine, la tigécycline, le métronidazole, et aussi le linézolide. De nombreux mécanismes de résistance peuvent être retrouvés chez Bacteroides. Le principal méca- REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES • N° 505 • SEPTEMBRE-OCTOBRE 2018 Dossier scientifique Les bactéries anaérobies inhibiteurs de béta-lactamase pour lesquelles moins nisme de résistance à la céfoxitine est une diminution de 1 % des souches étaient alors résistantes [12]. de l’affinité de certaines PLP à cette molécule, mais Ces taux de résistance relativement faibles ne doivent cette résistance peut aussi être imputable à un autre pas pour autant rassurer : de nombreuses souches multype de béta-lactamase, CfxA, transportée par un élétirésistantes (résistance à au moins 3 classes d’antibioment génétique mobile [7,8]. La béta-lactamase de tiques différentes) ont été décrites depuis le début des type métalloprotéinase CfiA (aussi appelée ccrA) peut années 2000, causant plusieurs décès. De même, un clone être responsable d’une perte d’activité de l’ensemble portant nimB et cfiA en plus de plusieurs autres gènes des béta-lactamines, mais de nombreuses souches de résistance aux antibiotiques (tet, erm) a été récemconservent une sensibilité aux carbapénèmes du fait ment mis en évidence dans plusieurs pays d’Europe [14]. d’une expression variable du gène en fonction de l’inCe clone semble toutefois garder une sensibilité à la sertion d’un promoteur efficace en amont (élément tigécycline, au linézolide et, dans une moindre mesure, d’insertion notamment) [7]. Une imperméabilité de la à la moxifloxacine. paroi peut être associée à chacun de ces mécanismes, renforçant la résistance et diminuant l’effet des inhibiteurs [9]. Genre Prevotella De nombreux types de gènes nim ont été mis en éviLe genre Prevotella, séparé du genre Bacteroides depuis dence chez des Bacteroides, portés soit par des plasla fin des années 1980, est naturellement résismides, soit par des transposons. Ils entraînent tant aux sulfamides, à la fosfomycine, à une diminution de la sensibilité au l’acide fusidique, et aux glycopeptides. métronidazole, mais d’autres mécaCe genre ne possède pas de pénicillinismes de résistance non-transnase constitutive, et peut donc être De nombreuses missibles à cet antibiotique sont sensible aux pénicillines sans inhiaussi rencontrés [10]. Plusieurs souches biteurs. De nombreuses souches gènes de résistance aux macrosont toutefois porteuses du multirésistantes ont lides et apparentés ont été gène cfxA, induisant une résisdécrits chez Bacteroides (gènes été décrites depuis le tance aux pénicillines mais sur erm, linA, mefA, msrSA), parfois début des années 2000, laquelle les inhibiteurs sont actifs retrouvés associés dans une [15,16]. Cette béta-lactamase à même souche, et fréquemment causant plusieurs spectre étendu peut aussi induire responsables de résistances in décès une résistance au céphalosporine vitro [7]. Le gène tetQ est respone de 3 génération, mais elle n’est pas sable, quant à lui, de la majorité des active sur la cefoxitine [17]. Comme résistances à la tigécycline observées, pour le genre Bacteroides, des gènes de résismême si d’autres gènes ont été décrits [7]. tances aux macrolides et apparentés (erm notEnfin, il n’a pas encore été décrit de souche résistamment) et aux cyclines (tetQ) ont été décrits [17], tante au linézolide, mais cet antibiotique reste peu ainsi que la présence de gènes nim, et notamment le fréquemment testé, même dans les cas les plus gène nimI chez P. baroniae (qui pourrait être constitutif problématiques [11]. chez cette espèce, mais n’est pas systématiquement Certains taux de résistances observés en Europe exprimé) [18]. sont relativement faibles : environ 90 % des souches Deux études européennes récentes, une publiée par sont sensibles à l’association amoxicilline acide claUlger Toprak et al. portant sur 508 souches, et l’étude vulanique, et aussi à l’association pipéracilline-tazoT.E.S.T. portant sur 1 106 souches, montrent que le bactam (à l’exception notable de B. thetaiotaomigenre Prevotella est fréquemment sensible aux assocron, pour lequel entre 55 % et 70 % des souches ciations pénicilline-inhibiteur (> 90 %), à la cefoxitine sont sensibles) et à la céfoxitine, plus de 95 % des (99,6 %), aux carbapénèmes (> 99 %), au métronidazole souches sont sensibles au méropénème et plus de (> 99 %) et à la tygécycline (100 %). La moxifloxacine 99 % au métronidazole [12,13]. La clindamycine, à l’inreste fréquemment sensible (81,7 %) mais, à l’instar verse, est régulièrement retrouvée résistante. Alors des Bacteroides, un tiers des souches sont résistantes que seulement 12 % des souches étaient résistantes à la clindamycine [13,19]. avant les années 1990, leur fréquence a fortement augmenté : si moins de 22 % des B. fragilis stricto sensu Genre Porphyromonas restent sensibles, les autres espèces ont un taux de résistance avoisinant les 50 % [13]. De même, le Le genre Porphyromonas, lui aussi distingué du groupe taux de résistance à la moxifloxacine s’élève jusqu’à Bacteroides depuis la fin des années 1980, est naturel13 % [12]. L’ensemble de ces résistances est en lement résistant à la fosfomycine et aux polymixines. augmentation nette depuis le début des dernières Peu de résistances ont été décrites en Europe chez les années, surtout pour les associations pénicillines différentes espèces de Porphyromonas. Seule la présence REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES • N° 505 • SEPTEMBRE-OCTOBRE 2018 59 Dossier scientifique d’une béta-lactamase de type CfxA a été décrite [20]. Les études rapportent de très faibles taux de résistance pour l’amoxicilline, les associations pénicilline-inhibiteurs, la clindamycine et le métronidazole [21]. Il faut cependant noter que des résultats radicalement différents ont été obtenus dans une étude Colombienne, où des taux de résistance de 20 à 25 % ont été observés pour l’amoxicilline, la clindamycine et surtout le métronidazole [22]. Genre Clostridium Les Clostridia présentent des résistances naturelles aux polymyxines et à la fosfomycine. Cependant beaucoup d’espèces possèdent des résistances propres. C. perfringens est sensible à l’ensemble des béta-lactamines (céphalosporines comprises), à l’inverse de C. difficile qui possède une résistance naturelle aux céphalosporines et à la céfoxitine. C. innocuum possède une résistance de bas niveau à la vancomycine (mais pas à la teicoplanine) du fait d’une modification des précurseurs du Genre Fusobacterium peptidoglycane [29]. Les espèces C. butyricum, C. closLes Fusobacterium possèdent une résistance naturelle tridiiforme et C. ramosum peuvent posséder des bétade bas niveau aux macrolides. Deux espèces, F. varium et lactamases. Celles de C. butyricum sont sensibles aux F. mortiferum, possèdent de plus une résistance natuinhibiteurs de béta-lactamase, mais celles portées relle à la rifampicine. La production d’une bétapar C. clostridiiforme et C. ramosum ne peuvent lactamase est possible, mais reste cepenêtre inactivées aux concentrations théradant rare [21]. Très peu de résistances peutiques. C. tertium, enfin, est résistant ont été décrites jusqu’alors dans ce à l’ensemble des béta-lactamines, au genre [21]. métronidazole et à la clindamycine, Peu d’études récentes ne laissant comme seules alternaGenre Veillonella tives que les glycopeptides et les se sont intéressées aux Les espèces du genre Veillooxazolidinones. Des résistances taux de résistance des nella possèdent un bas niveau à la clindamycine et aux cyclines de résistance aux macrolides, clostridia, à l’exception liées à des gènes erm (ermQ et B et une résistance aux glycopepchez C. perfringens, et ermB et Z de C. difficile tides. Environ 60 % des souches chez C. difficile principalement) et sont résistantes à la pénicilline, et tet (tetP nottamment), respective40 % à l’amoxicilline [23]. Un peu ment, ont été mises en évidence. plus de 10 % des souches ont une Peu d’études récentes se sont intéresrésistance à la tétracycline, de par l’acsées aux taux de résistance des clostridia, à quisition d’un gène tetM [24]. l’exception de C. difficile. L’étude T.E.S.T. rapporte chez C. perfringens des taux de sensibilité de 82 % pour la pénicilline, 90 % pour la clindamycine, 98 % pour la Autres bacilles à Gram pipéracilline-tazobactam, et enfin plus de 99 % pour le métronidazole et le méropénème [13]. Wybo et al. ont négative rapporté en 2014, sur une collection de souches belges, Suterella wadsworthensis présente fréquemment une des taux de sensibilité similaires (sans distinguer les résistance au métronidazole, à la pipéracilline et à espèces de clostridia), ainsi que des taux à 90 % pour la l’association pipéracilline tazobactam. L’amoxicilline céfoxitine, 100 % pour l’amoxicilline acide clavulanique, acide clavulanique, la cefoxitine et le méropénème et 66 % pour la moxifloxacine [30]. sont très sensibles. Un quart des souches observées Pour l’espèce C. difficile, outre un très faible niveau de présentaient une résistance à la clindamycine [25]. sensibilité à la clindamycine, les souches restent très Chez les souches de Campylobacter, C. gracilis peut sensibles au métronidazole et aux glycopeptides, ainsi présenter des résistances à la pipéracilline avec et qu’aux carbapénèmes [31]. sans tazobactam, ainsi qu’à la clindamycine et à la tétracycline. L’espèce C. rectus apparaît souvent senGenre Actinomyces sible [26]. Les bactéries du genre Actinomyces sont naturellement Les Desulfovibrio sont résistants à la pipéracilline résistantes au métronidazole (absence du métabolisme avec ou sans tazobactam, et à la céfoxitine. Cerciblé), mais sont fortement sensibles aux aminopéniciltaines souches sont porteuses d’une béta-lactamase lines. Des souches de sensibilité diminuée à la pipérainhibable par l’acide clavulanique. L’imipenème et le cilline-tazobactam ont été rencontrées chez certaines métronidazole ont une très bonne activité [27]. espèces (A. europaeus, A. funkei et A. turicensis), ainsi qu’à la Enfin, les Dialister restent très sensibles, même si ceftriaxone (A. europaeus) [32]. Le linézolide et la clindacertaines souches présentent des sensibilités dimimycine sont aussi très fréquemment sensibles et peuvent nuées à la pipéracilline, à la rifampicine ou encore au donc être utiliser en alternative aux pénicillines [33]. métronidazole [28]. 60 REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES • N° 505 • SEPTEMBRE-OCTOBRE 2018 Dossier scientifique Les bactéries anaérobies Genre Propionibacterium Les Propionibacterium sont aussi naturellement résistants au métronidazole, et sont très sensibles aux aminopénicillines et aux céphalosporines, ainsi qu’à la vancomycine, aux fluoroquinolones et au linézolide [34,35]. Cependant, en Europe, des résistances à l’érythromycine et à la clindamycine sont observées chez plus 15 % des souches de P. acnes, avec de fortes disparités en fonction des pays, la Croatie présentant par exemple deux tiers de souches résistantes [35]. Les résistances à la tétracycline sont principalement dues à une mutation de l’ADN 16S, pouvant toucher les autres cyclines [36]. Dans les infections osseuses ou sur matériel, une association avec la rifampicine (qui possède un effet anti-biofilm) est intéressante. Cette molécule ne doit cependant évidemment pas être utilisée en monothérapie, et des résistances acquises ont été décrites dans plusieurs phylotypes, illustrant le risque de résistance acquise par mutation [37]. Genre Lactobacillus Les espèces hétérofermentaires sont naturellement résistantes au glycopeptides (L. brevis, L. casei et paracasei, L. fermentum, L. confusus, L. plantarum, L. reuteri, L. rhamnosus) du fait du remplacement des terminaisons D-Ala des précurseurs du peptidoglycanes par D-Ser ou D-lactate. En dehors de cette résistance, il y a peu d’unité entre les espèces. Quatre profils de sensibilités ont été décrits par Golstein et al. en 2015 [38] : ◗tgroupe VR1 (L. casei, paracasei et rhamnosus) résistant à la vancomycine et à la ceftriaxone ◗tgroupe VR2 (L. fermentum, vaginalis, etc) résistant à la vancomycine mais moins fréquemment sensible à la ceftriaxone ◗tgroupe VS1 (groupe L. gasseri/johnsonni, L. jensenii) sensible à la vancomycine, aux carbapénèmes et au linézolide ◗tgroupe VS2 (L. acidophilus, crispatus, delbrueckii, iners, oris) sensible à la vancomycine et aux carbapénèmes, mais pas au linézolide. D’autres molécules sont inconstamment sensibles : les fluoroquinolones, les pénicillines avec et sans inhibiteurs, la daptomycine et la cefoxitine [38]. Parmi les Mobiluncus, M. curtisii est résistant au métronidazole, tandis que la moitié des souches de M. mulieris sont sensibles.Toutes deux sont sensibles aux béta-lactamines, à la vancomycine, à la clindamycine [41]. Enfin, parmi les cocci à Gram positifs anaérobies (Finegoldia magna, Peptoniphilus harei…), peu de résistances sont décrites à l’exception de la pénicilline et la clindamycine. Dans une étude européenne publiée en 2008, seules 7 % des souches arboraient l’une ou l’autre de ces résistances [42]. Conclusion Au cours d’une infection, l’utilisation des principaux antibiotiques anti-anaérobies est dans la plupart des cas efficace sur les bactéries anaérobies en probabiliste. Cependant, leur phylogénie complexe est associée à de nombreuses résistances naturelles. Plusieurs critères peuvent justifier d’une exploration de leurs sensibilités : sévérité de l’infection, infection dans un site où les antibiotiques diffusent mal, espèce ayant une résistance naturelle à l’antibiotique utilisé, etc. À cela s’ajoute le fait que plusieurs antibiotiques très efficaces contre les bactéries anaérobies sont aussi des antibiotiques critiques, comme l’association pipéracilline tazobactam ou les carbapénèmes. Dans le but de réduire leurs consommations, et donc le risque de sélection de résistance, il est justifié de tester des molécules ayant un impact moindre sur le microbiote. Lorsque l’utilisation d’une cycline ou de la clindamycine est envisagée, il est essentiel de vérifier la sensibilité à ces molécules pour éviter la diffusion et sélection des souches résistantes déjà nombreuses. Enfin, un clone multi-résistant de B. fragilis doit savoir être suspecté. La persistance d’une activité de la tigécycline et du linézolide dans ces cas en font des bons candidats pour une thérapie de sauvetage. QQ Liens d’intérêts :Yann Dumont déclare avoir des liens avec MSD France, Correvio, et Pfizer PFE France. Les autres auteurs déclarent ne pas avoir de liens d'intérêts. Points à retenir ◗tLes bactéries anaérobies présentent, sauf quelques exceptions, des résistances naturelles diverses ◗tChez le genre Bacteroides, du fait de la description de Autres Gram positifs Les espèces d’Eubacterium et les anciens Eubacterium ayant été rebaptisés (Slackia, Flavonifractor, Eggerthella, Atopobium…) sont sensibles à la plupart des antibiotiques. Des résistances aux céphalosporines de 3e génération ont néanmoins été décrites [39]. Le genre Bifidobacterium est sensible aux béta-lactamines, y compris les céphalosporines de 3e génération. La sensibilité aux fluoroquinolones, à la clindamycine et aux cyclines est variable [40]. nombreux mécanismes de résistance, il est essentiel de tester les principaux antibiotiques utilisés pour dépister les rares souches résistantes. ◗tLes résistances à la clindamycine et aux cyclines sont communes chez beaucoup d’espèces d’anaérobies. ◗tLes carbapénèmes sont fréquemment sensibles, mais leur impact sur le microbiote doit les faire utiliser avec modération ◗tLe métronidazole, bien que classiquement décrit comme l’un des principaux antibiotiques anti-anaérobies, fait l’objet de résistances naturelles chez plusieurs espèces REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES • N° 505 • SEPTEMBRE-OCTOBRE 2018 61 Dossier scientifique Références [1] Bryan LE, Kowand SK, Van Den Elzen HM. Mechanism of Aminoglycoside Antibiotic Resistance in Anaerobic Bacteria: Clostridium perfringens and Bacteroides fragilis. Antimicrob Agents Chemother 1979;15(1):7–13. [2] Brook I, Coolbaugh JC, Walker RI, et al. Synergism between penicillin, clindamycin, or metronidazole and gentamicin against species of the Bacteroides melaninogenicus and Bacteroides fragilis groups. Antimicrob Agents Chemother 1984;25(1):71–7. [3] Georgopapadakou NH, Smith SA, Sykes RB. Mode of action of azthreonam. Antimicrob Agents Chemother 1982;21(6):950–6. [4] Then RL, Angehrn P. Low Trimethoprim Susceptibility of Anaerobic Bacteria Due to Insensitive Dihydrofolate Reductases. Antimicrob Agents Chemother 1979;15(1):1–6. [5] Wüst J, Wilkins TD. Susceptibility of Anaerobic Bacteria to Sulfamethoxazole/Trimethoprim and Routine Susceptibility Testing. Antimicrob Agents Chemother 1978;14(3):384–90. [6] Genzel GH, Stubbings W, Stîngu CS, et al. Activity of the investigational fluoroquinolone finafloxacin and seven other antimicrobial agents against 114 obligately anaerobic bacteria. Int J Antimicrob Agents 2014;44(5):420–3. [7] Eitel Z, Sóki J, Urbán E, Nagy E. The prevalence of antibiotic resistance genes in Bacteroides fragilis group strains isolated in different European countries. Anaerobe 2013;21:43–9. [8] Sóki J, Gonzalez SM, Urbán E, et al. Molecular analysis of the effector mechanisms of cefoxitin resistance among Bacteroides strains. J Antimicrob Chemother 2011;66(11):2492–500. [9] Edwards R. Resistance to beta-lactam antibiotics in Bacteroides spp. J Med Microbiol 1997;46(12):979–86. [10] Sóki J, Eitel Z, Urbán E, et al. Molecular analysis of the carbapenem and metronidazole resistance mechanisms of Bacteroides strains reported in a Europe-wide antibiotic resistance survey. Int J Antimicrob Agents 2013;41(2):122–5. [11] Hartmeyer GN, Sóki J, Nagy E, Justesen US. Multidrugresistant Bacteroides fragilis group on the rise in Europe? J Med Microbiol 2012;61(12):1784-8. [12] Nagy E, Urbán E, Nord CE. Antimicrobial susceptibility of Bacteroides fragilis group isolates in Europe: 20 years of experience. Clin Microbiol Infect 2011;17(3):371-9. [13] Rodloff AC, Dowzicky MJ. In vitro activity of tigecycline and comparators against a European collection of anaerobes collected as part of the Tigecycline Evaluation and Surveillance Trial (T.E.S.T.) 2010–2016. Anaerobe 2018;51:78-88. [14] Sóki J, Hedberg M, Patrick S, et al. Emergence and evolution of an international cluster of MDR Bacteroides fragilis isolates. J Antimicrob Chemother 2016;71(9):2441–8. [15] Fosse T, Madinier I, Hannoun L, et al. High prevalence of cfxA beta-lactamase in aminopenicillin-resistant Prevotella strains isolated from periodontal pockets. Oral Microbiol Immunol 2002;17(2):85–8. [16] Sherrard LJ, McGrath SJ, McIlreavey L, et al. Production of extended-spectrum -lactamases and the potential indirect pathogenic role of Prevotella isolates from the cystic fibrosis respiratory microbiota. Int J Antimicrob Agents 2016;47(2):140-5. [17] Sherrard LJ, Schaible B, Graham KA, et al. Mechanisms of reduced susceptibility and genotypic prediction of antibiotic resistance in Prevotella isolated from cystic fibrosis (CF) and non-CF patients. J Antimicrob Chemother 2014;69(10):2690–8. [18] Alauzet C, Mory F, Teyssier C, et al. Ella baroniae. Metronidazole resistance in Prevotella spp. and description of a new nim gene in Prevotella baroniae.Antimicrob Agents Chemother 2010;54(1):60-4. [19] Ulger Toprak N, Veloo ACM, Urban E, et al. A multicenter survey of antimicrobial susceptibility of Prevotella species as determined by Etest methodology. Anaerobe 2018;52:9-15. [20] Binta B, Patel M. Detection of cfxA2, cfxA3, and cfxA6 genes in beta-lactamase producing oral anaerobes. J Appl Oral Sci 2016;24(2):142-7. [21] Veloo ACM, Seme K, Raangs E, et al. Antibiotic susceptibility profiles of oral pathogens. Int J Antimicrob Agents 2012;40(5): 450-4. 62 [22] Ardila CM, Granada MI, Guzmán IC. Antibiotic resistance of subgingival species in chronic periodontitis patients. J Periodontal Res 2010;45(4):557-63. [23] Ready D, Bedi R, Mullany P, et al. Penicillin and amoxicillin resistance in oral Veillonella spp. Int J Antimicrob Agents 2012;40(2):188-9. [24] Ready D, Pratten J, Roberts AP, et al. Potential Role of Veillonella spp. as a Reservoir of Transferable Tetracycline Resistance in the Oral Cavity. Antimicrob Agents Chemother 2006;50(8):2866-8. [25] Molitoris E, Wexler HM, Finegold SM. Sources and Antimicrobial Susceptibilities of Campylobacter gracilis and Sutterella wadsworthensis. Clin Infect Dis 1997;25(Supplement_2):S264-5. [26] King A, Downes J, Nord C-E, et al. Antimicrobial susceptibility of non-Bacteroides fragilis group anaerobic Gram-negative bacilli in Europe. Clin Microbiol Infect 1999;5(7):404-16. [27] Lozniewski A, Labia R, Haristoy X, et al. Antimicrobial Susceptibilities of Clinical Desulfovibrio Isolates. Antimicrob Agents Chemother 2001;45(10):2933–5. [28] Morio F, Jean-Pierre H, Dubreuil L, et al. Antimicrobial Susceptibilities and Clinical Sources of Dialister Species. Antimicrob Agents Chemother 2007;51(12):4498-501. [29] David V, Bozdogan B, Mainardi J-L, et al. Mechanism of Intrinsic Resistance to Vancomycin in Clostridium innocuum NCIB 10674. J Bacteriol 2004;186(11):3415-22. [30] Wybo I, Van den Bossche D, et al. Fourth Belgian multicentre survey of antibiotic susceptibility of anaerobic bacteria. J Antimicrob Chemother 2014;69(1):155-61. [31]Büchler AC, Rampini SK, Stelling S, et al. Antibiotic susceptibility of Clostridium difficile is similar worldwide over two decades despite widespread use of broad-spectrum antibiotics: an analysis done at the University Hospital of Zurich. BMC Infect Dis 2014;14. [32] Steininger C, Willinger B. Resistance patterns in clinical isolates of pathogenic Actinomyces species. J Antimicrob Chemother 2016;71(2):422-7. [33] Valour F, Sénéchal A, Dupieux C, et al. Actinomycosis: etiology, clinical features, diagnosis, treatment, and management. Infect Drug Resist 2014;7:183-97. [34] Mory F, Fougnot S, Rabaud C, et al. In vitro activities of cefotaxime, vancomycin, quinupristin/dalfopristin, linezolid and other antibiotics alone and in combination against Propionibacterium acnes isolates from central nervous system infections. J Antimicrob Chemother 2005;55(2):265-8. [35] Oprica C, Nord CE. European surveillance study on the antibiotic susceptibility of Propionibacterium acnes. Clin Microbiol Infect 2005;11(3):204-13. [36] Ross JI, Snelling AM, Eady EA, et al. Phenotypic and genotypic characterization of antibiotic-resistant Propionibacterium acnes isolated from acne patients attending dermatology clinics in Europe, the U.S.A., Japan and Australia. Br J Dermatol 2003;144(2):339-46. [37] Furustrand Tafin U, Aubin GG, Eich G, et al. Occurrence and new mutations involved in rifampicin-resistant Propionibacterium acnes strains isolated from biofilm or device-related infections. Anaerobe 2015;34:116–9. [38] Goldstein EJC, Tyrrell KL, Citron DM. Lactobacillus Species: Taxonomic Complexity and Controversial Susceptibilities. Clin Infect Dis 2015;60(suppl_2):S98-107. [39] Mory F, Lozniewski A, Bland S, et al. Survey of anaerobic susceptibility patterns: A French multicentre study. Int J Antimicrob Agents 1998;10(3):229-36. [40] Masco L, Van Hoorde K, De Brandt E, et al. Antimicrobial susceptibility of Bifidobacterium strains from humans, animals and probiotic products. J Antimicrob Chemother 2006;58(1):85-94. [41] Spiegel CA. Susceptibility of Mobiluncus species to 23 antimicrobial agents and 15 other compounds. Antimicrob Agents Chemother 1987;31(2):249-52. [42] Brazier J, Chmelar D, Dubreuil L, et al. European surveillance study on antimicrobial susceptibility of Gram-positive anaerobic cocci. Int J Antimicrob Agents 2008;31(4):316-20. REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES • N° 505 • SEPTEMBRE-OCTOBRE 2018 View publication stats
