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Taxonomie bactérienne
Cours 3:
• Les grands phylums bactérien selon la classification du Bergey's
Manual : biologie, taxonomie, morphologie et écologie :
• 1. Phylum Proteobacteria :
• Classe 1: Alphaproteobacteria
• Classe 2: Betaproteobacteria
• Classe 3: Gammaproteobateria
• Classe 4 : Epsilonproteobateria
Les Proteobacteria
• Les protéobactéries sont un groupe très important de bactéries.
inclut des bactéries pathogènes
telles Escherichia, Salmonella, Vibrio et Helicobacter.
• D'autres interviennent dans la fixation biologique de l'azote, la
production d'acide acétique (bactéries acétiques) ou l'altération des
minéraux (ordre des Burkholderiales).
• Le terme protéobactéries provient du dieu grec Protée, capacité de se
métamorphoser, en référence à la grande variété de formes au sein
de ce groupe.
• La plupart des protéobactéries sont mobiles grâce à un flagelle, mais
d'autres peuvent être immobiles ou se déplacer par glissement. Ces
derniers sont les Myxobacteria, un groupe unique de bactéries
capables de s'agréger formant des corps fructifiants multicellulaires ;
elles présentent aussi une grande variété de métabolismes. La
plupart sont anaérobies et hétérotrophes, comme les animaux, mais
les exceptions sont nombreuses. Certaines protéobactéries,
les bactéries pourpres, sont autotrophes et photosynthétiques. Les
protéobactéries sont à Gram négatif.
• Subdivisions
• L'analyse de la séquence du gène codant l'acide ribonucléique
ribosomique 16S permet de diviser les protéobactéries en 5
catégories, allant de α à ε.
I. Alpha Proteobacteria
• Parvularculales, Rhodobacterales, Sphingomonadales (moins fréquents)
• Les alphaproteobacteria incluent la plupart des protéobactéries
oligotrophes (faible quantité en nutriments).
• Les bactéries les plus abondantes dans les océans sont des
Alphaproteobacteria (donc très abondantes).
• Beaucoup ont évolué pour vivre à l’intérieur des plantes et des
cellules animales. Elles ont évolué leurs génomes via des mécanismes
de duplication des gènes ou le transfert horizontal.
• Pour celles qui vivent dans les cellules d’insectes et de mammifères,
une réduction de leur génome a été constatée.
• Certaines alphaproteobacteria ont un métabolisme inhabituel comme
la méthyltrophie (capacité d’utiliser le méthane comme source de
carbone),
• chimiotrophie( nitrobacter),
• capacité de fixer l’azote (Rhizobium).
• Les Ricketssia et brucella sont des pathogènes importants.
1. Bactéries pourpres non sulfureuses
• Toutes ces bactéries sont des alphaproteobacteria à l’exception des
Rhodocyclus (une betaprotéobactérie).
• Photosynthèse anoxygénique
• Bactériochlorophylle a et b.
• Se fait dans les systèmes membranaires avec la MP.
• Souple quand au choix de leur source d'énergie , photoorganotrophes,
anaérobie, les aérobie peuvent devenir anaérobie.
• Chimioorganohétérotrophe
• Morphologie très variable, la plupart sont mobiles, elle peuvent être spirales,
bâtonnet, demi cercle, ou en cercle, et même former des prosthèques et des
bourgéons.
• Elles prédominent dans l’eau, lacs et étangs et il existe des espèces marines.
• Types des systèmes
membranaires
chargés d’effectuer
la photosynthèse.
Exemple: Rhodospirillum rubrum
• Flexibilité métabolique des bactéries pourpres sulfureuses:
• En condition oxique, où l’appareil photosynthètique est inhibé il
développe un métabolisme chimio organique, par contre, en absence
d’oxygène, elle peut utiliser la fermentation, la photohétérotrophie
ou la photo autotrophie pour finir sa croissance.
• En croissance phototrophique, elle fait des photopigments qui lui
donnent la couleur rouge.
Photosynthètiques aérobie anoxygéniques
• Sont photohétérotrophes qui métabolisent le carbone par respiration
• Contiennent la chlorophyle a et des carténoïdes
• Retrouvées en milieu marin et dulçaquicole
• Quelque genre peuvent former des cystes: pour résister aux carences
nutritionnelles et ressemblent aux spores (ex: Rhodospirillum,
Azospirillum)
2. Rickettsia
• Le genre Rickettsia est placé dans l’ordre des Rickettsiales et la
famille Rickettsiaceae des Alphaproteobacteria.
• forme de bâtonnet, coccoides ou pléomorphes,
• Gram négatif typiques
• Non flagellés
• Toutes les espèces sont parasites ou mutualistes.
• Les rickettsies ont une physiologie et un métabolisme très différents
des autres bactéries. Elles ne possèdent pas les voies glycolytiques et
n’utilisent pas le glucose comme source d’énergie.
• Elles utilisent plutôt le glutamate et des intermédiaires du cycle des
acides tricarboxyliques, comme le succinate.
• La membrane cytoplasmique des rickettsies contient des systèmes
transporteurs ; les nutriments et coenzymes de la cellule hôte sont
ainsi absorbés et utilisés directement.
• Ce genre comprend de nombreux pathogènes importants tels que
Rickettsia prowazekii R. typhi associées au typhus et à celui transmis
par les poux, et R. rickettsii associées à la fièvre pourprés des
montagnes rocheuses.
3. Les Caulobacteraceae
ordre: Caulobacterales
• possèdent des sortes d’appendices. Ces bactéries ont des cycles
biologiques qui comportent une prosthèques (une reproduction par
bourgeonnement).
• Une prosthèque, aussi appelé pédoncule, est une extension de la
cellule incluant la membrane cytoplasmique et la paroi cellulaire.
• Les bactéries du genre Caulobacter ont une morphologie bâtonnets à flagelle
polaire et cellules avec prosthèque et crampon grâce auquel elles s’attachent à
des supports solides. Retrouvées dans les eaux douces et marines à niveau
nutritionnel faible et aussi le sol.
4. Les Rhizobiales
• contient 11 familles avec une grande variété de phénotypes.
• Une importante famille de cet ordre est celle des Rhizobiaceae, où figurent
deux genres aérobies, Rhizobium et Agrobacterium.
• Les membres du genre Rhizobium sont des bâtonnets mobiles, qui
deviennent pléomorphes lorsque les conditions sont défavorables.
• Les cellules contiennent souvent des inclusions de poly β hydroxybutyrate.
• Elles croissent en symbiose dans les cellules des nodules radiculaires des
légumineuses, sous forme de bactéroïdes fixateurs d’azote.
• En fait les Leguminosae constituent la famille végétale qui a le mieux réussi
sur terre. Leur prolifération est due à leur capacité d’établir des relations
symbiotiques avec des bactéries qui forment des nodules sur leurs racines.
Dans ces nodules, les micro organismes réduisent ou fixent l’azote
atmosphérique sous forme d’ammonium, ce qui le rend directement
disponibles à l’hôte végétal. (bactérie nitrifiante)
• Le genre Agrobacterium est placé dans la famille des Rhizobiaceae,
mais diffère de Rhizobium parce qu’il est phytopathogène (pathogène
des plantes).
• Les Agrobacterium envahissent les racines et tiges de nombreuses
plantes et transforment les cellules végétales en cellules tumorales.
• L’ordre des Rhizobiales inclut aussi la famille des Brucellaceae. Le
genre Brucella est un pathogène important de l’homme et des
animaux (notamment le bétail).
• Le genre Hyphomicrobium comprend des bactéries bourgeonnantes,
aérobies,
• chimiohétérotrophes qui s’attachent fréquemment à des supports
solides .
• La physiologie et la nutrition d’ Hyphomicrobium sont aussi
particulières. Hyphomicrobium se développe sur l’éthanol et l’acétate
et prospère sur des composés monocarbonés comme le méthanol, le
formiate et formaldéhyde.
5. Ordre des Parvularculales
• Parvularcula bermudensis est une bactérie marine découverte en
2003. fait partie des Alpha Proteobacteria.
• Aérobie stricte
• Chimioheterotrophe
• Mobile
• Colonies jaunes marron
6. Rhodobacterales
• Ils constituent des éléments importants dans l’évolution étant des
organisms qui font le transfert de l’ADN
• COULEUR ROSE ou rouge: couleurs de leurs cultures due à la
production des carotenoides
7. Les Sphingomonadaceae
ordre des Sphingomonadales.
• Cette famille regroupe une quinzaine de genres, dont certaines espèces
sont des bactéries phytopathogènes. Le genre type est Sphingomonas.
• Une caractéristique importante des Sphingomonadaceae est la présence
de sphingolipides dans la membrane externe de la paroi cellulaire.
• Les cellules sont ovoïdes ou en forme de bâtonnet.
• Certaines sont également pléomorphes.
• Les Sphingomonadaceae sont aussi connues par la capacité de certaines
espèces à dégrader certains composés aromatiques. Cela rend ces
bactéries intéressantes pour la dépollution de l'environnement.
AlphaBactéries
proteobacteri pourpres non
a:
sulfureuses
Caractéristiqu
es
Rickettsiales
Caulobacteral Rhizobiales
es
Parvularculal
es
Rhodobactera Sphingomona
les
dales
II. Beta Proteobacteria
• Burkholdériales
• Hydrogenophilales
• Methylophilales (Les cellules sont légèrement incurvées ou droites en
forme de tige.)
• Neisseriales
• Nitrosomonadales
• Rhodocyclales (3 genres)
• Procabacteriales (non cultivable, vit en endosymbiose)
• En ce qui concerne le métabolisme, les β- proteobactéries ont des
modes communs avec les α-proteobactéries, mais elles tendent à
utiliser des substances libérées par la décomposition organique, dans
les régions anoxiques des habitats.
1. L’ordre des Neisseriales
• L’ordre des Neisseriales compte une famille, les Neisseriaceae, avec 15
genres. Le genre le plus connu et le plus étudié est Neisseria.
• Les membres de ce genre sont des coques Gram négatifs, aérobies non
mobiles, qu’on trouve le plus souvent par paires avec les cotés adjacents
aplatis.
• Ils peuvent avoir des capsules et des fimbriae.
• Le genre est chimioorganotrophe et produit de l’oxydase et de la catalase
• Ces bactéries vivent dans les membranes muqueuses des mammifères et
certaines sont pathogènes pour l’homme. Neisseria meningitidis est
responsable de certains cas de méningite bactérienne.
2. L’ordre des Burkholderiales
• L’ordre contient quatre familles, dont trois comprennent des genres
bien connus. Le genre Burkholderia. Les membres du genre
Burkholderia sont des bâtonnets droits, mésophiles, non sporulants,
non fermenteurs, aérobies à Gram négatifs.
• A l’exception d’une espèce, tous sont mobiles grâce à un seul flagelle
polaire ou à une touffe de flagelles polaires. Ils produisent de la
catalase et sont souvent oxydase positifs. La plupart des espèces
utilisent le poly β hydroxybutyrate comme réserve de carbone.
3. L’ordre des Nitrosomonadales
• On trouve un bon nombre de chimiolithotrophes dans l’ordre des
Nitrosomonadales. Le chimiolithotrophe pédonculé Gallionella fait partie
de cet ordre.
• Deux genres de Bactéries nitrifiantes Nitrosomonas et Nitrosospira sont
membres de la famille Nitrosomonadaceae et oxydent l’ammonium en
nitrite.
4. L’ordre des Hydrogenophilales
• Ce petit ordre contient Thiobacillus et Acidithiobacillus, les
chimiolithotrophes les mieux étudiés et les plus remarquables des
bactéries sulfureuses incolores. La plupart sont unicellulaires en
formes de bâtonnets ou spiralées, oxydatrices du soufre, non mobiles
bétaproteoba
ctéria
caractéristiqu
es
III. Gamma Proteobacteria
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Acidithiobacillales
Æromonadales
Alteromonadales
Cardiobactériales
Chromatiales
Enterobactériales
Legionellales
Methylococcales
Oceanospirillales
Pasteurellales
Pseudomonadales
Thiotrichales
Vibrionales
Xanthomonadales
• Les γ-proteobactéries constituent le plus grand sous groupe des
protéobactéries, d’une extraordinaire variété de types
physiologiques. Ces microbes peuvent être regroupés en
superfamilles d’ARNr.
• La superfamille I d’ARN ribosomique est représentée par les familles
des Vibrionaceae, des Enterobacteriaceae et des Pasteurellaceae. Elle
contient principalement des aérobies qui utilisent souvent les voies
d’Entner-Doudoroff et des pentoses phosphates pour cataboliser de
multiples sortes de molécules organiques différentes.
• L’exceptionnelle diversité de ces bactéries est évidente dans le
Bergey qui divise la classe des Gammaproteobacteria en 14 ordres et
28 familles.
1. L’ordre des Legionnellales
• Deux familles constituent l’ordre des Legionnellales.
• La première est celle des Legionnellaceae, avec son seul genre Legionnella. La seconde
famille est celle des coxiellaceae qui a deux genres : Coxiella et Ricketsiella (à ne pas
confondre avec l’αproteobacteries Rickettsia).
• Tous ces microbes sont des pathogènes intracellulaires qui ont un mode de vie
dimorphique.
• Legionnella pneumophila est l’agent d’un type de pneumonie spécifique appelé maladie
des Légionnaires. L. pneumophila est un parasite intracellulaire des protozoaires qui
vivent dans les sols humides et divers environnements aquatiques dont les tours de
refroidissement, les conditionnements d’air et les jacuzzis.
• Coxiella dispose aussi de deux types cellulaires à l’intérieur de ses hôtes, mais son
inventaire d’hôtes est beaucoup plus impressionnant : insectes, poissons, oiseaux,
rongeurs, ovins, caprins et humains. Dans le cas de C.burnetti, la fièvre Q qui en résulte
est une maladie qui ressemble à la grippe.
2. L’ordre Pseudomonadales
• Pseudomonas est le genre le plus important dans l’ordre des Pseudomonadales, familles des
Pseudomonadaceae.
• C’est des bâtonnets droits ou légèrement. Ils sont mobiles grâce à un ou plusieurs flagelles
polaires. Ces Chimiohétérotrophes pratiquent habituellement la respiration aérobie. Ils
utilisent parfois le nitrate comme accepteur d’éléctrons dans une respiration anérobies.
Peuvent complètement oxyder leurs substrats en CO2. La plupart des Hexoses sont dégradés
par la voie d’EntnerDoudoroff (une des 3 voies de dégradation de glucose en pyruvate).
• Le genre Pseudomonas est un taxon exceptionnellement hétérogène actuellement composé
d’environ 60 espèces.
• Beaucoup peuvent être placées dans l’un des sept groupes d’homologie d’ARNr. Les mieux
caractérisés sont subdivisés selon des propriétés comme la présence de poly β hydroxybutirate
(PHB), la production d’un pigment fluorescent, la pathogénicité, la présence d’arginine
dihydrolase et l’utilisation du glucose.
• Par exemple, le sous groupe fluorescent n’accumule pas de PHB, mais produit un pigment vert
jaune diffusible, soluble dans l’eau fluorescent sous irradiation UV. Pseudomonas aeruginosa,
P.fluorescens, P.putida et P.syringa sont membres de ce groupe.
• Le genre Azotobacter fait aussi partie de la famille des Pseudomonadaceae. Le genre est
aérobie, catalase positif et fixent l’azote sans symbiose. Azotobacter est très répandu dans les
sols et dans les eaux.
3. L’ordre des Vibrionales
• L’ordre des Vibrionales ne comprend qu’une seule famille, les Vibrionaceae. Les
membres de cette famille sont des bâtonnets flagellés Gram négatifs droits et
incurvés. La plupart sont oxydase positifs et tous utilisent le D-glucose comme
source principale de carbone et d’énergie. En majorité, ce sont des
microorganismes aquatiques très répandus dans les eaux douces et dans les
mers.
• Il y a huit genres dans la famille. Plusieurs vibrions sont d’importants pathogènes.
Vibrio cholerae est l’agent du choléra et V.parahaemolyticus peut causer des
gastroentérites chez l’homme, après consommation des fruits de mer
contaminés. Plusieurs membres de la famille se distinguent par leur
bioluminescence. Vibrio fischeri, V.harveyi sont parmi les quelques bactéries
marines douées de bioluminescence.
4. L’ordre des Enterobacteriales
• Une seule famille des Enterobacteriaceae (la plus grande famille) avec 44 genres.
• Batonnêts droits, Gram négatif, flagelles péritriches ou non mobiles, anaérobie
facultatifs, simples besoins nutritionnels.
• Leurs propriétés métaboliques sont très utiles à la caractérisation des genres.
• entero=intestin en grec
• Dégradent les sucres par la voie d’Enbden Meyerhof.
• fermentent le glucose avec ou sans production de gaz.
• nitrates réductase positive
• oxydase négative (caractère essentiel de différenciation, ceux qui les différencient des
vibrions et du Pseudomonas aeruginosa qui eux sont oxydase positive.
• on rencontre certaines souches qui sont capsulées (Klebsiella)
• généralement catalase positive (ce caractère est rarement recherché dans les
laboratoires d'analyses)
• Les espèces les plus communément étudiées en bactériologie clinique
appartiennent aux genres :
• Citrobacter
• Enterobacter
• Eschérichia
• En conditions anoxiques ou microaérobie, la pyruvate formiate lyase clive l’acide
pyruvique pour donner l’acide formique et de l’acétyle coA.
• Ces bactéries entériques qui produisent de grandes quantités de gaz au cours de
la fermentation des sucres (ex; Escherichia), possèdent l’enzyme formiate
déshydrogènase (FDH) qui dégrade l’acide formique en H2 et CO2.
• Ce complexe enzymatique est déterminant pour la survie de ces entériques
durant la fermentation, car un tiers du carbone dérivé du glucose est converti en
acide formique. Si cet intermédiaire s ’accumule dans la cellule, le pH
intracellulaire deviendrait beaucoup acide pour permettre la viabilité.
• En fait, E. coli a trois enzymes: FDH.
FDH H
Fabriqué en
fermentation
seulement
FDH O
Fabriqué en
conditions
microérobie
FDH N
Fabriqué en anoxie
Se divise en 2 groupes selon les produits de
fermentation
Escherichia, Proteus, Salmonella, Shigella
Effectuent une fermentation d’acides
mixtes et produisent principalement le
lactate, de l’acetate, du succinate, du
formiate (ou H2 et CO2) et de l’ethanol.
(test de rouge de méthyle)
Enterobacter, Serratia, Erwinia,
Klebsiella ont une fermentation
butanediolique. Les produits principaux
de cette fermentation sont le
butanediol, l’ethanol et le dioxyde de
carbone (test de Voges Proskauer)
• Comme les bactéries entériques sont de morphologie semblable, on
utilise des test biochimiques pour les distinguer, après un examen
préliminaire de leur morphologie, mobilité, et croissance.
• Les tests les plus utilisés sont le type de fermentation, l’utilisation du
lactose et du citrate, la production d’indole à partir du tryptophane,
l’hydrolyse de l’urée, la production de sulfure d’hydrogène.
Étude bactériologiques
* caractères morphologiques
Les entérobactéries répondent aux caractères morphologiques suivants :
• Ceux sont des bacilles droits à Gram négatif
• Ils ont une longueur de 1,0 à 6,0 µm et un diamètre de 0,3 à 1,0 µm
• Ils ont une ciliature péritriche pour les formes mobiles
• non sporulés
• on rencontre parfois des formes capsulées
• On note cependant quelques exceptions :
1. Les Proteus sont très polymorphes : ils peuvent prendre des formes longues et
filamenteuses ou petits bacilles droits (Protée est un dieu de la mythologie grecque qui
changeait de forme à volonté).
2. l’immobilité est retrouvée chez les Klebsiella et les Shigella.
3. Les Klebsiella sont capsulées.
4. La plupart des espèces pathogènes pour l'homme possèdent des fimbriae ou pili
communs qui sont des facteurs d'adhésion.
5. Shigella dysenteriae type I est catalase négative (caractère biochimique très important à
connaitre, pour l’identification).
* Caractères culturaux
Les entérobactéries sont des germes aéro-anaérobies facultatifs.
Se développent sur tous les milieux ordinaires à base de peptone ou d’extraits de viande en 18
heures.
La température optimale de croissance est 37°C mais la culture est possible entre 20° et 40°C.
En milieu liquide : Les entérobactéries occasionnent un trouble homogène en bouillon.
Sur gélose : Les colonies sont généralement rondes, lisses, à contour régulier et leur diamètre est
de 2 à 3 mm après
18 heures d'incubation à 35 - 37 °C.
Quelques espèces font cependant exception :
Ainsi, les colonies de Shigella spp. sont plus petites que celles d’Escherichia coli et les colonies de
Yersinia spp. n'atteignent un diamètre de 2 mm qu'après 2 à 3 jours d'incubation.
Des colonies naines sont constamment obtenues avec certains sérovars de salmonelles (par exemple,
Salmonella Abortus bovis et Salmonella Typhi).
Toutes les entérobactéries mobiles peuvent envahir la surface des milieux gélosés si on diminue la
concentration en agar.
Toutefois, seules les espèces du genre Proteus peuvent envahir la surface des milieux normalement
gélosés utilisées pour les isolements et forment un tapis uniforme.
Des colonies muqueuses, de consistance gélatineuse, de taille plus importante, présentant une
tendance à la confluence, sont fréquemment obtenues avec les souches capsulées du genre Klebsiella.
Un aspect similaire peut également être rencontré avec des souches d’Escherichia coli et
exceptionnellement avec des souches du genre Salmonella.
Caractères biochimiques
Les entérobactéries sont chimio-organotrophes, possédant à la fois un métabolisme respiratoire et fermentatif, fermentant le
glucose (avec ou sans production de gaz).
Les entérobactéries possèdent les caractères biochimiques suivants :
• catalase positive
• oxydase négative
• nitrate réductase positive
• fermentation du glucose avec ou sans gaz
On note cependant quelques exceptions : Les espèces des genres Erwinia, Proteus et Yersinia sont nitrate réductase négative
Caractères antigéniques
Les entérobactéries possèdent différents antigènes :
Un antigène commun dénommé ECA (pour Enterobacterial Common Antigen) ou antigène de Kunin.
Cet antigène n'existe que chez les entérobactéries et, de ce fait, a un intérêt taxonomique.
Sa présence chez les Yersinia a permis d'inclure ce genre dans la famille des entérobactéries.
Les antigènes O ou somatiques, correspondent aux polyosides fixés sur les lipopolysaccharides (LPS). Ils sont thermostables et
résistent à l’alcool. Les bactéries portant des antigènes O sont agglutinées par les anticorps correspondants ; les agglutinats sont
fins, lents à se constituer et difficilement dissociables par agitation (agglutination "corps à corps").
Les antigène H ou flagellaires, n'existent que chez les souches mobiles.
Constitués de protéines spécifiques dénommées flagelline, ils sont thermolabiles et inactivés par l'alcool.
Ils provoquent une agglutination floconneuse (accolement des bactéries par leurs flagelles), rapidement constituée mais facilement
dissociable par agitation (rupture des flagelles).
Habitat
• Les entérobactéries sont présentes dans le monde entier et elles ont
un habitat très large :
• eau douce
• eau de mer (Alterococcus agarolyticus)
• sol
• végétaux
• animaux (des insectes jusqu'à l'homme)
• les aliments (après contamination)
• Entérotube (galerie classique)
• Ou
• Galerie API 20 E
IV. Delta Proteobacteria
• Bdellovibrionales — par exemple Bdellovibrio
• Desulfobacterales
• Desulfovibrionales
• Desulfurellales
• Desulfuromonadales — par exemple Geobacter
• Myxococcales— Myxobactéries
• Syntrophobacterales
Bdellovibrionales
• Flagelle épais
• Mode de vie particulier: fait sa paroi d’autres bactéries G-.
• Cycle biologique court et complexe: la bactérie nage rapidement jusqu’à la
rencontre d’une G-, elle rentre en collision violente dans la paroi, elle
s’attache a la surface bactérienne, et commence à tourner à une vitesse
importante pour forer un trou dans la paroi, à l’aide de plusieurs enzymes
lytiques, elle perd ainsi son flagelle, une fois rentrée, elle prend le contrôle
de la cellule hôte, et se développe dans l’espace périplasmique, l’hôte perd
sa forme et s’arrondie, elle inhibe toute synthèse chez l’hôte, il rompt la
MP, elle utilise les acides aminés comme source d’énergie, de carbone et
d’azote, elle utilise les acides gras, nucléotides…la bactérie croit
rapidement en un long filament sous la paroi, se divise, puis elles se
libèrent avec la lyse de l’hôte
Les ordres Desulfovibrionales, des
Desulfobactériales et des Desulfuromonadales
• Les Desulfovibrionales, les Desulfobactériales et les
Désulfuromonadales forment un groupe diversifié des bactéries
réductrices du sulfate ou du soufre (BRS). On les y a rassemblées à
cause de leur nature anaérobie et de leur capacité d’utiliser le soufre
élémentaire et d’autres formes oxydées du soufre dans la respiration
anaérobie.
Myxococcales
myxospore
• Mobilité par glissement
• en majorité dans le sol et qui se nourrissent de composés
organiques insolubles.
• La plupart des Myxobactéries connues se distinguent par un cycle de
vie complexe, et notamment la formation d'un corps de
fructification pluricellulaire.
• Synthétisent des substances anticancéreuses.
V. Epsilon Proteobacteria
• Campylobacterales — par exemple Helicobacter ou Campylobacter
jejuni
• Les ε-protéobactéries sont les plus petites bactéries dans les cinq classes
de protéobactéries. Ce sont des bâtonnets minces, Gram négatifs qui
peuvent être droits, incurvés ou hélicoïdaux. Les ε-protéobactéries ne
comptent qu’un ordre, les Campylobactérales, et trois familles, les
Campylobacteraceae, les Helicobacteraceae et les toutes récentes
Nautiliaceae.
• Cependant, de récentes analyses phylogénétiques basées sur les séquences
d’ARNr PSU de nouveaux organismes cultivés ou non cultivés identifient
deux ordres : les Campylobactérales (familles Campylobacteriaceae,
Helicobacteriaceae et Hydrogenimonacea) et les Nautiliales (genres
Nautilia, Caminobacter et Lebetimonas).
• Deux genres pathogènes, Campylobacter et Helicobacter, sont des
bâtonnets Gram négatifs, microaérophiles, mobiles, hélicoïdaux ou
vibroides.
• Le genre Campylobacter contient des espèces aussi bien non
pathogènes que pathogènes pour l’homme et les autres animaux.
C.fetus est responsable d’une maladie de la reproduction et des
avortements chez le bétail et les moutons. C.jejuni est un fin
bâtonnet Gram négatif, mobile, courbé trouvé dans le tractus
intestinal des animaux. Rien que pour les États-Unis, on estime à
deux millions de cas humains par an de gastroentérite (inflammation
de l’intestin ou campylobactériose accompagnée de diarrhée.
• L’autre genre pathogène d’ε-protéobactérie est Helicobacter. Il y a au
moins 23 espèces d’Helicobacter, toutes isolées de l’estomac ou de
l’intestin grêle de l’homme, du chien, du chat ou d’autres mammifères. Le
principal pathogène de l’homme est Helicobacter pylori, qui est la cause
gastrite et d’ulcères gastrique.
• Helicobacter
pylori
VI. Zeta Proteobacteria
• Cette classe ne comprend que Mariprofundus ferrooxydans (ordre
Mariprofundales) et des souches non décrites.
• Mariprofundus ferrooxydans est une espèce de bactérie à Gram
négatif neutrophile et lithotrophe qui peut croitre en oxydant de
l'oxyde ferreux en oxyde ferrique.
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