Service de Bactériologie Département des Maladies infectieuses et parasitaires Faculté de Médecine Vétérinaire Cours de bactériologie 3ème candidature Chapitre 5: Les grands groupes bactériens 1 Les grands groupes bactériens Plan général du chapitre Taxonomie Nomenclature Systématique des bactéries d’intérêt médical 2 Les grands groupes bactériens Taxonomie • Critères historiques de classification • morphologie: protozoaires, bactéries • coloration: Gram, Ziehl-Neelsen, Giemsa, Köster • biochimie: biotypage (= galerie biochimique) • moléculaires: - chaînes métaboliques - enzymes respiratoires - membrane externe - paroi - génétique: ADN et ARNr 3 Les grands groupes bactériens Taxonomie • Critères actuels de classification espèce: ≥ 70 % d’homologie des chromosomes ΔTm entre les chromosomes homologues et hybrides ≤ 5°C ! critères phénotypiques simples ! (E.) coli et (S.) enterica genre, famille: membrane, paroi, enzymes,… Escherichia et Salmonella, Enterobacteriaceae ordre, classe: séquences des ARNr Enterobactériales, Gammaproteobactéries embranchement (= phylum), série, division, règne, domaine: critères supérieurs: morphologie, structure, … Protéobactéries, (série), Gracilicutes, (règne), (Eu)bactéries 4 Les grands groupes bactériens Taxonomie • Ne tirez pas sur le professeur « Ce n’est pas le bactériologiste qui s’amuse à rendre le monde bactérien complexe mais ce dernier qui, petit à petit, révèle sa complexité au bactériologiste » 5 Les grands groupes bactériens Nomenclature • Principes Binomiale en LATIN (en italique OU souligné) Origine: - homme « célèbre » - morphologie - culture - biochimie - géographie - pathologie 6 Les grands groupes bactériens Nomenclature • Exemple Famille M-aceae Enterobacteriaceae Genre M Salmonella Escherichia Espèce m subterranea bongori enterica coli fergusonii hermanii vulneris Sous-espèce subsp m enterica arizonae diarizonae houtenae indica salamae 7 Les grands groupes bactériens Nomenclature • Au-delà de l’espèce/sous-espèce Biotype (Biovar) - Brucella melitensis biovars Melitensis (3), Abortus (7), Suis (5), Ovis, Canis, Neotomae Sérotype (Sérovar) - Salmonella enterica sérovar Typhimurium - Leptospira interrogans sérovar Icterohaemorrhagiae - Escherichia coli sérovar O101: K30: H- Streptococcus canis (séro)groupe G - Les biovars de Brucella melitensis sont subdivisées en sérovars A, M ou R Lysotype (Lysovar) - Brucella melitensis biovar Abortus sérovar A lysovar Tbilissi - Salmonella enterica sérovar Typhimurium lysovar DT104 Pathotype (Pathovar) - Escherichia coli sérovar O101:K30:H- pathovar entérotoxinogène ou ETEC (STa+ F5+) des diarrhées du veau nouveau-né - Escherichia coli sérovar O141:K85:H- pathovar vérotoxinogène ou VTEC (Stx2e+ F18+) de la maladie de l’œdème du porcelet sevré Les grands groupes bactériens Systématique des bactéries d’intérêt medical A. Définition - forme/assemblage, coloration de Gram - rapport avec l’oxygène (aérobie, anaérobie, microaérobie, …) - catalase, oxydase, mobilité, sporulation - métabolisme (R et/ou F), test O/F (F, O, -, non applicable) - colorations de Ziehl-Neelsen, de Giemsa, de Köster B. Biologie - habitat, résistance dans le milieu extérieur - pouvoir pathogène: obligé, opportuniste, absent - espèces pathogènes, syndromes cliniques et hôtes C. Importance médicale en denrées alimentaires d’origine animale (DAOA) - intoxications alimentaires chez l’homme D. Importance en technologie des DAOA - détérioration des denrées alimentaires - mauvaise fabrication 9 Les grands groupes bactériens Gram+ Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalaseBâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires 10 Catalase + Staphylococcus aéroanaérobies O/F:F amas en grappes Micrococcus aérobies O/F:O ou nég., amas en grappes Coques Oxydase - Catalase Streptococcus anaérobies facultatifs Enterococcus O/F:F Lactococcus chaînes (+ technologie DAOA) Peptococcus anaérobies stricts Peptostreptococcus O/F:NA chaînes Gram + Catalase faible ou nég. Aerococcus viridans Bâtonnets aéro-(anaérobies) O/F:F chaînes 11 Les grands groupes bactériens GRAM+ Streptococcus Enterococcus Staphylococcus A. Définition Coques (0,5 – 1,5 µm) aéroanaérobies anaérobies facultatifs catalase – catalase + mobilité spores - métabolisme R&F métabolisme F test O/F: F Amas irréguliers (3 plans de division) Chaînettes (1 plan de division) Sérotypie: Groupes de Lancefield 12 Les grands groupes bactériens GRAM+ Streptococcus Enterococcus Staphylococcus B. Biologie • saprophytes: eau, air, sols, animaux peau, nasopharynx, génital, intestin (lait) • + ou – résistant aux conditions extérieures • pathogènes opportunistes suppuration et abcès superficiels et profonds, mammites, rhinites, … troubles digestifs (genre Enterococcus) Les grands groupes bactériens GRAM+ Staphylococcus Streptococcus Enterococcus Str. agalactiae, dysgalactiae subsp. dysgalactiae, uberis BB mammites Str. equi subsp zooepidemicus, equi subsp. equi, dysgalactiae subsp. equisimilis CV Staph. aureus BB, CV, HO troubles respiratoires, génitaux & cutanés Str. equisimilis, porcinus, suis PC Stap. intermedius CN, CT, CV troubles respiratoires, abcès, endocardite Str. canis, groupe L CN Staph. hyicus PC troubles respiratoires, génitaux & cutanés Str. iniae, melleri, difficilis,… Poissons Staph. schleiferi CN troubles cutanés et internes (abcès, ulcères) Ent. faecalis, faecium… Tous troubles cutanés, otites, bactériémie, abcès bactériémies, abcès, Aerococcus viridans Tous 14 mammites, … bactériémie, endocardite, méningite (rare) Les grands groupes bactériens GRAM+ Staphylococcus Streptococcus Enterococcus C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Staphylococcus aureus, intermedius, hyicus, epidermidis production d’une ou plusieurs entérotoxine(s) intoxication alimentaire: vomissements, coliques, diarrhée évolution favorable en 24h (le + souvent) Enterococcus sp. = indicateur de contamination fécale des aliments 15 Les grands groupes bactériens GRAM+ Staphylococcus Streptococcus Enterococcus D. Autres genres d’intérêt technologique Enterococcus sp., Lactococcus sp., Leuconostoc sp., Pediococcus sp., Streptococcus sp.,… = « famille Streptococcaceae » Importance technologique dans la fabrication de certaines denrées Lactococcus lactis production d’acide dans le cadre des fermentations du lait Enterococcus faecalis maturation des fromages/flaveur prononcée des fromages mûrs 16 Les grands groupes bactériens Gram+ Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalaseBâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires 17 Coques petits, réguliers Gram + Bâtonnets -Listeria aéroanaérobie, catalase +, O/:F - Erysipelothrix anaérobie facultative, catalase -, O/F:F - Renibacterium aéroanaérobie, catalase +, O/F:F - Lactobacillus, Carnobacterium (technologie DAOA) petits, irréguliers longs (ramifiés) grands, réguliers, sporulés 18 Les grands groupes bactériens GRAM+ Listeria A. Définition Erysipelothrix Renibacterium petits bâtonnets réguliers (0,5 x 1,0-2,0 µm) (0,2 x 1,0-2,0 µm) (0,3-1,0 x 1,0-1,5 µm) aéroanaérobies anaérobies facultatives aéroanaérobies catalase + (mobilité + à 25°C) catalase - catalase + mobilité - spores métabolisme R&F métabolisme F test O/F: F en paires = _ _ / amas intraleucocytaires filaments métabolisme R&F Les grands groupes bactériens GRAM+ Listeria Erysipelothrix Renibacterium B. Biologie • saprophytes: sols, plantes, eaux, animaux tube digestif (homme, ruminants) tube digestif (mammifères, oiseaux, poissons) organes internes • résistants dans le milieu extérieur • pathogènes opportunistes pathogène obligé 20 Les grands groupes bactériens GRAM+ Listeria Erysipelothrix Renibacterium salmoninarum Salmonidés Listeria monocytogenes BB, OV, HO, rongeurs Listeria ivanovii OV Renibacterium Erysipelothrix rhusiopathiae PC, OV, HO « Listériose » « Rouget » « Bacterial Kidney Disease » Troubles nerveux, avortements Septicémie, arthrose, dermatite Néphrite granulomateuse 21 Les grands groupes bactériens GRAM+ Listeria Erysipelothrix Renibacterium C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Listeria monocytogenes Sources: lait non ou mal pasteurisé, fromage, plats semi-préparés, … méningo-encéphalite ou septicémie chez l’adulte (surtout immunodéprimés) femme enceinte: avortement, naissance prématurée d’un nouveau-né infecté 22 Les grands groupes bactériens GRAM+ Listeria Erysipelothrix Renibacterium C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Erysipelothrix rhusiopathiae contamination par voie digestive exceptionnelle forme cutanée suite à des blessures lors de manipulation de carcasses, de poissons, de crustacés, d’abats… septicémie et endocardite rares (immunodéprimés) 23 Les grands groupes bactériens GRAM+ Petits bâtonnets réguliers D. Autres genres d’intérêt technologique Carnobacterium spp Lactobacillus spp Certaines espèces sont testées/utilisées comme probiotiques dans les aliments, voire chez l’animal 24 Coques petits, réguliers Gram + petits, irréguliers Bâtonnets - Corynebacterium aéroanaérobie, catalase +, O/F:F - Rhodococcus aérobie strict, catalase +, O/F:O - Arcanobacterium anaérobie facultative, catalase -, O/F:F - Actinobaculum anaérobie stricte, catalase -, O/F:NA - Brevibacterium, Propionibacterium (technologie DAOA) longs (ramifiés) grands, réguliers, sporulés 25 Les grands groupes bactériens GRAM+ Corynebacterium Rhodococcus Arcanobacterium Actinobaculum A. Définition petits bâtonnets irréguliers à coques (0,5 x 0,5-3,5 mm): CORYNEFORMES aéroanaérobies aérobies stricts anaérobies facultatives anaérobies strictes catalase + catalase + catalase - catalase - mobilité spores métabolisme R&F O/F: F métabolisme R O/F: O métabolisme F O/F: F associations en paires = _ _ / métabolisme F O/F: NA 26 Les grands groupes bactériens GRAM+ Corynebacterium Rhodococcus Arcanobacterium Actinobaculum B. Biologie • saprophytes: sols, plantes, animaux peau, tractus urogénital, tractus respiratoire supérieur, intestin • résistances moyennes • pathogènes opportunistes • parasites: animaux peau, tractus urogénital • résistance faible Les grands groupes bactériens GRAM+ Corynebacterium Rhodococcus Arcanobacterium Actinobaculum C. diphteriae diphtérie (croupe) HO C. pseudotuberculosis OV (ovis) CV lymphadénites (OV), lymphangites, abcès cutanés (CV) C. renale C. pilosum BB, OV C. cystitidis cystite, pyélonéphrite, posthite C. kutscheri rongeurs troubles respiratoires, généraux Rhodococus equi CV (PC) pneumonie, entérite (CV) lymphadénite (PC) Arc. pyogenes BB, PC abcès cutanés et internes, mammites, troubles respiratoires Act. suis PC (comprend les anciennes espèces Eubacterium suis et Actinomyces suis) cystite, pyélonéphrite, actinophytose de la mamelle 28 Les grands groupes bactériens GRAM+ Petits bâtonnets irréguliers D. Autres genres d’intérêt technologique Propionibacterium spp Brevibacterium linens Exemples: P. freudenreichii formation des yeux dans les fromages (ex: emmental) via production de CO2 à partir d’acide lactique 29 Coques petits, réguliers petits, irréguliers longs (ramifiés) Gram + 3 GENRES anaérobies stricts à facultatifs, catalase -, O/F:NA - Dermatophilus : bactéries coccoïdes - Actinomyces: bactéries corynéformes (une espèce aérobie stricte, catalase +, O/F:O) Bâtonnets - Bifidobacterium (technologie DAOA) 2 GENRES aérobies stricts, catalase +, O/F: O ou nég. - Mycobacterium: coccobacilles à bâtonnets, acido-résistance totale, non ramifié - Nocardia: filaments, acido-résistance partielle, ramifié grands, réguliers, sporulés 30 Les grands groupes bactériens GRAM+ Dermatophilus Actinomyces A. Définition - bactéries coccoïdes (1 mm) - association en «streptocoques» branchés (5 -20 µm de longueur) cocciforme branchements streptoccociforme séparation (microaérophiles) mobilité + - petits bâtonnets corynéformes - longs filaments ramifiés (0,2 -1,0 x 10 - 50 µm) bâtonnets filaments branchements septation anaérobies strictes, facultatives (A. viscosus: aérobie stricte) catalase (catalase +) mobilité spores métabolisme F (métabolisme R) O/F: NA (O/F: O) 31 Les grands groupes bactériens GRAM+ Dermatophilus Actinomyces B. Biologie • parasite obligé des animaux peau • résistance faible • parasites des animaux muqueuses digestives (de la bouche à l’anus), peau • résistance moyenne • pathogènes opportunistes 32 Les grands groupes bactériens GRAM+ Dermatophilus D. congolensis Actinomyces CV, OV, BB CN, CT, CP problèmes cutanés (Dermatite proliférative contagieuse) « Strawberry foot rot » « Lumpy wool » OV Dermatite mycotique Streptothricose Dermatite mycotique BB CV Act. bovis BB Act. viscosus Act. hordeovulneris CN Act. israeli HO « actinophytoses » ou granulomes inflammatoires avec problèmes cutanés, buccaux, osseux, digestifs, respiratoires, mammaires 33 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycobacterium Nocardia A. Définition Bâtonnets (filaments) (0,2-0,6 x 1,0-10,0 mm) filaments (0,5-1,5 x > 10,0 mm) aérobies catalase + mobilité spores – métabolisme R (test O/F: O ou -) filaments non branchés sans fragmentation acido-résistance totale (Ziehl-Neelsen) filaments branchés avec fragmentation acido-résistance partielle (Ziehl-Neelsen modifié) 34 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycobacterium Nocardia B. Biologie • Saprophytes des sols, de l’air, des eaux,… • Parasites des animaux peau, muqueuses • Forte résistance pathogènes opportunistes à obligés pathogènes opportunistes • Pathogènes intracellulaires facultatifs 35 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycobacterium Nocardia Myc. bovis BB (CN, CT, HO) tuberculosis HO (CN, CT, PC) caprae CP avium subsp. avium gallinacés avium subsp. sylvaticum pigeons (ramiers) avium subsp. hominisuis PC, HO genavense psittacidés tuberculoses: troubles variables, lésions Nocardia asteroides dans de multiples organes CN, BB, poissons Myc. avium subsp. paratuberculosis paratuberculose: diarrhée BB, OV (CP) nocardiose: troubles Myc. leprae HO (CT) cutanés, respiratoires lèpre humaine et féline et mammaires Mycobacterium sp. toutes tuberculoses atypiques Myc. marinum, fortuitum, chelonae, abscessus tuberculoses poissons 36 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycobacterium Nocardia C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Mycobacterium bovis Sources: lait cru, non ou mal pasteurisé fromages à base de lait cru primo-infection passe inaperçue et guérison des lésions peut évoluer vers une tuberculose pulmonaire ou extra-pulmonaire 37 Les grands groupes bactériens GRAM+ Bâtonnets ramifiés D. Autre genre d’intérêt technologique Bifidobacterium spp Certaines espèces sont testées/utilisées comme probiotiques dans les aliments 38 Coques Gram + petits, réguliers petits, irréguliers Bâtonnets longs (ramifiés) grands, réguliers, sporulants - Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus aérobies, catalase +, O/F:O aéroanaérobies, catalase +, O/F:F - Clostridium anaérobies strictes, catalase -, O/F:NA - Alicyclobacillus (technologie des DAOA) 39 Les grands groupes bactériens GRAM+ Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Clostridium A. Définition grands bâtonnets réguliers (0,5 – 1,0 x 2,5 – 20 µm) aérobies strictes ou aéroanaérobies anaérobies strictes catalase - catalase + mobilité + ou – spores + métabolisme R ou R&F test O/F: O ou F métabolisme F test O/F: NA isolés, en paires, en chaînes de longueur variable bactéries sporulantes 40 Les grands groupes bactériens GRAM+ Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Clostridium SPORES • ellipsoïdes non déformantes • ellipsoïdes déformantes • sphériques déformantes • ellipsoïdes déformantes • sphériques déformantes centrales, paracentrales, subterminales, terminales • O2 indispensable • O2 inhibitrice • chute en nutriments • conditions hostiles (toxiques …) Coloration de Ziehl-Neelsen modifiée pour spores Résistances mécaniques, physiques, chimiques et biologiques 41 Les grands groupes bactériens GRAM+ Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus B. Biologie Clostridium • saprophytes: air, eaux, sols, animaux peau, muqueuses, intestins • résistance: faible de la forme végétative, forte de la spore • très nombreuses espèces non pathogènes • quelques espèces pathogènes obligés ou opportunistes Septicémie (= charbon bactéridien ou anthrax) Mammites Loques des abeilles (couvin) Entérites/entérotoxémies/abomasite Hépatites Gangrène (gazeuse) Myosites (= charbons bactérien et parabactérien) 42 Tétanos, botulisme Les grands groupes bactériens GRAM+ Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Bacillus cereus BB, HO, PC, CV, (autres) BB charbon bactéridien (septicémie hémorragique) mammites Paenibacillus larvae Abeilles maladies du couvin = loque américaine = « Powdery scale » Melissococcus plutonius Abeilles maladie du couvin = loque européenne Bacillus anthracis 43 Les grands groupes bactériens GRAM+ Clostridium Cl. chauvoei Cl. septicum Cl. perfringens Cl. novyi Cl. haemolyticum Cl. sordellii Cl. spiroforme Cl. piliforme Cl. difficile Cl. colinum Cl. tetani Cl. botulinum Cl. argentinense charbon bactérien (myosite) charbon parabactérien (myosite), gangrène gazeuse, abomasite (braxy), dermatite Tous entérites, entérotoxémies, gangrène OV (BB) hépatite nécrosante, gangrène BB hépatite nécrosante Ruminants entérites, entérotoxémies Lapins entérites, entérotoxémies CV, CN, CT, hépatite, entérite, myocardite rongeurs HO (animaux) entérites oiseaux entérites, hépatite Tous paralysie spastique (tétanos) Tous paralysie flasque (botulisme) HO BB Tous 44 Les grands groupes bactériens GRAM+ Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Clostridium C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Bac. cereus, subtilis (thurigiensis dans une moindre mesure) forme émétique et forme diarrhéique (souvent bénignes, parfois mortelle) Cl. perfringens affection intestinale bénigne de courte durée (toxinotype A entérotoxinogène) entérite nécrosante (toxinotype C) Cl. botulinum botulisme d’origine alimentaire (paralysie flasque) Sources: conserves,…. 45 Les grands groupes bactériens GRAM+ Bacillus, Alicyclobacillus Clostridium D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur, …) Bacillus spp Cl. tyrobutyricum Alicyclobacillus spp Cl. butyricum Cl. estertheticum Exemple #1: Al. acidoterrestris dégradation des produits (jus de fruits) goût médicamenteux, odeur désagréable Exemple #2: Cl. tyrobutyricum gonflement des fromages dû à la production de gaz (H2) + odeur et goût désagréables (acide butyrique) 46 Les grands groupes bactériens Gram+ Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalaseBâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires 47 Les grands groupes bactériens GRAM+ Classe des Mollicutes: bactéries sans paroi (= les mycoplasmes) CLASSIFICATION 4 ordres: Mycoplasmatales, Entomoplasmatales, Acholeplasmatales, Anaeroplasmatales 5 familles: Mycoplasmataceae, Entomoplasmataceae, Spiroplasmataceae, Acholeplasmataceae, Anaeroplasmataceae 8 genres: Mycoplasma, Ureaplasma, Entomoplasma, Mesoplasma, Spiroplasma, Acholeplasma, Anaeroplasma, Asteroleplasma >200 espèces: certaines espèces des genres Mycoplasma (surtout), Ureaplasma et Acholeplasma peuvent être pathogènes pour les animaux ou l’homme 48 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma A. Définition • coques, coccobacilles (très petits ~ 0,1 µm), filaments ramifiés • Gram + (génétiquement) MAIS PAS de paroi coloration Gram - • anaérobies facultatifs ou stricts (microaérobies) • mobilité – • métabolisme F • O/F: F (ou -) • coloration de Giemsa • exigences nutritionnelles (par exemple cholestérol), paasent au travers49 des filtres (0,22 mm) car petitesse et forme malléables Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma B. Biologie • Parasites obligés des organismes supérieurs (animaux, plantes) • La plupart des espèces sont saprophytes • Quelques espèces sont pathogènes opportunistes ou primaires • Résistance faible à moyenne dans le milieu extérieur • b-lactamesR, bacitracineR 50 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma BB mycoides subsp. mycoides SC*** pleuropneumonie contagieuse sp. bovine group 7 pneumonies, arthrites, mammites bovis***** dispar*** pneumonies californicum, canadense mammites alkalescens arthrites bovigenitalium troubles génitaux, mammites bovoculi conjonctivites 51 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma OV, CP capricolum subsp. capripneumoniae*** pleuropneumonie contagieuse (CP) capricolum subsp. capricolum mammites, arthrites, mycoides subsp. capri pneumonies, kératoconjonctivites, mycoides subsp. mycoides LC septicémies (CP) ovipneumoniae*** pneumonie (Agneau) conjonctivae*** kératoconjonctivite infectieuse (OV) agalactiae*** mammites, arthrites 52 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma PC hyopneumoniae***** pneumonie enzootique hyorhinis*** pneumonies, polysérosites hyosynoviae*** arthrites (haemo)suis* (ex-Eperythrozoon suis) anémie (troubles de la reproduction) 53 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma CN, CT, CV cynos/canis*** troubles respiratoires (CN) haemocanis anémie (CN) (ex-Haemobartonella canis) felis** troubles respiratoires, conjonctivite (CT) pleurésie (CV) haemofelis**** (ex-Haemobartonella felis) anémie infectieuse féline (CT) 54 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma Volaille gallisepticum*** troubles respiratoires (poulet) sinusite, aérosacculite (dindon) meleagridis*** aérosacculite, sinusite, arthrites (dindon) synoviae*** aérosacculite, arthrites, ténosynovites iowae légère aérosacculite anseris troubles respiratoires (oie) 55 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma arthritidis*** pulmonis*** Rongeurs Arthrites (rats) Troubles respiratoires et génitaux (rats et souris) Ureaplasma* diversum BB Avortements, troubles génitaux Tous CV Oie Conjonctivites Avortements (?) Aérosacculite Acholeplasma* oculi equifetale axanthum 56 Les grands groupes bactériens GramCoques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalaseBâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires 57 lactose + Gassner + coccobacilles ou bâtonnets, catalase + Gram - E coli Klebsiella Enterobacter Salmonella Proteus Yersinia lactose - Pseudomonas Pseudomonaceae Burkholderia aérobies strictes Stenotrophomonas oxydase +, O/F:O Vibrio Listonella Aeromonas Plesiomonas Bordetella Alcaligenes Gassner - Enterobacteriaceae aéro-anaérobies, oxydase -, O/F:F Vibrionaceae aéro-anaéobies oxydase +, O/F:F Alcaligenaceae aérobies strictes oxydase +, O/F:- 58 Les grands groupes bactériens GramEnterobacteriaceae A. Définition coccobacilles (0,3-1,0 x 1,0-6,0 mm) Vibrionaceae bâtonnets droits ou incurvés (0,5-1,0 x 1,5-3,5 mm) Pseudomonaceae Alcaligenaceae bâtonnets droits (0,5-1,0 x 1,5-5,0 mm) aéroanaérobies coccobacilles à bacilles (0,2-0,8 x 0,5-2,5 mm) aérobies strictes catalase + oxydase - oxydase + mobilité +/spores métabolisme R&F test O/F: F métabolisme R test O/F: O test O/F: 59 Les grands groupes bactériens GramEnterobacteriaceae B. Biologie • saprophytes: air, sols, eaux, végétaux, animaux intestin, peau • résistance à la dessication (plusieurs mois) • saprophytes, pathogènes opportunistes ou obligés plaies, surinfections, mammites,… diarrhées, cystites, septicémies, méningites,… • subdivision en nombreux sérovars avec une relative spécificité d’hôte Les grands groupes bactériens GramEnterobacteriaceae • coliformes: Gassner + lactose + (= fermentation du lactose) Escherichia coli***** Diverses tous (voir dia 12 aussi) Klebsiella pneumoniae** Diverses HO (animaux) Enterobacter sp.** Plaies HO, CV (autres) Pantoea (ex-Enterobacter) sp. Plaies, otites tous (rare) • autres: Gassner + lactose – (pas de fermentation du lactose) Salmonella enterica***** Diverses tous (voir dias 11 & 12) Yersinia pseudotuberculosis*** Généralisée rongeurs, passereaux Y. enterocolitica*** Entérite HO (animaux) Y. pestis** Peste Y. ruckeri Généralisée poissons Edwardsiella tarda** Généralisée, entérite poissons, HO (autres) Ed. ictaluri Généralisées poissons Proteus sp.****, Morganella sp.* Surinfections tous Serratia sp.*, Providencia sp.* Shigella sp.* Entérite, dysenterie HO, primates 61 Les grands groupes bactériens GramEnterobacteriaceae Le genre Salmonella: les espèces et sous-espèces actuelles Salmonella enterica subsp. enterica: animaux à sang chaud (mammifères et oiseaux) subsp. arizonae: animaux à sang froid (chaud) + environnement subsp. diarizonae: animaux à sang froid (chaud) + environnement subsp. houtenae: animaux à sang froid + environnement subsp. indica: animaux à sang froid + environnement subsp. salamae: animaux à sang froid + environnement Salmonella bongori : animaux à sang froid + environnement Salmonella subterranea : environnement Voir aussi fascicule de notes partie 2 pour la comparaison entre nouvelle et ancienne nomenclatures 62 Les grands groupes bactériens GramEnterobacteriaceae Subdivisions en sérovars: quelques exemples Escherichia coli: sérovars O:K:H:F O78:K-:H-:F11: colibacillose généralisée de la volaille O101:K30:H-:F5: diarrhée du veau nouveau-né O103:K-:H-:F-: entérite du lapereau O141:K85:H-:F18: maladie de l’œdème du porcelet O157:K-:H7:F-: entérocolite hémorragique de l’homme Salmonella enterica: sérovars O:H Typhimurium (O1,4,5,12:H1,2): tous les mammifères Typhimurium variété Copenhagen (O1,4,12:H1,2): pigeon Dublin (O6,8:He,n,x): plutôt associé au bovin Hadar (O1,9,12:H-): diverses espèces, dont le cheval et la volaille Choleraesuis (O6,7:H1,5): plutôt associé au porc 63 Les grands groupes bactériens GramEnterobacteriaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Escherichia coli Souches entérotoxinogènes (ETEC): diarrhée du voyageur (une des composantes de la turista) Souches entérohémorragiques (EHEC O157:H7 et autres): - colite hémorragique - syndrome hémolytique et urémique (HUS) N.B: E. coli = indicateur de contamination fécale des aliments (cfr Enterococcus) Enterobacter sakazakii méningite néonatale, septicémie, entérocolite nécrosante (rare, surtout prématurés et bébés immunodéprimés) 64 Les grands groupes bactériens GramEnterobacteriaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Salmonella enterica subsp. enterica Sérovars Typhimurium, Enteritidis, … : gastro-entérites + ou - sévères selon la souche, la dose ingérée, … Sérovars Typhi et Paratyphi (spécifiques de l’homme) : fièvres typhoïde et paratyphoïde Shigella dysenteriae, Sh. sonnei, Sh. flexneri dysenterie bacillaire (diarrhée hémorragique) 65 Les grands groupes bactériens GramEnterobacteriaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Yersinia enterolitica (Y. pseudotuberculosis) principalement responsables de gastro-entérites fébriles forme septicémique (immunodéprimés, diabète, cirrhose,…) Edwardsiella tarda gastro-entérite aiguë (plus rare) 66 Les grands groupes bactériens GramEnterobacteriaceae D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…) Proteus sp. Erwinia sp. Serratia sp. Providencia sp. Morganella sp. Exemple: Morganella morganii laitiers, poissons d’histamine prolifération dans produits décarboxylation histidine production intoxication alimentaire 67 Les grands groupes bactériens GramVibrionaceae B. Biologie • eaux douces et marines, égouts, animaux marins • pas de résistance particulière • pathogènes obligés ou opportunistes diarrhées, infections généralisées • bactéries mésophiles et/ou psychrophiles 68 Les grands groupes bactériens GramVibrionaceae Vibrio cholerae** V. salmonicida*** Listonella anguillarum*** V. ordalii*** V. metschnikovii* Aeromonas salmonicida*** Aer. caviae* Aer. sobria* Aer. hydrophila*** Plesiomonas shigelloides Entérite HO Généralisée poissons Entérite, généralisée Généralisée, dermomyonécrose Généralisée, entérite oiseaux, batraciens Entérite (PC, CN, CT) poissons poissons, oiseaux mammifères 69 Les grands groupes bactériens GramVibrionaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Vibrio sp. entérite suraigüe, mort en quelques heures (V. cholerae = cholera) gastro-entérites (V. vulnificus, V. parahaemolyticus) Aeromonas hydrophila pathologies digestives: - diarrhées aigües très aqueuses - gastro-entérites chroniques pathologies extra-digestives: septicémie parfois mortelle (surtout immunodéprimés) Plesiomonas shigelloides diarrhées variables sur la durée et les signes cliniques 70 Les grands groupes bactériens GramPseudomonaceae B. Biologie • habitat = milieu extérieur • saprophytes, pathogènes opportunistes plaies, abcès, surinfections, infections chroniques, … morve ! un pathogène obligé des solipèdes: Burkholderia mallei ! • forte résistance dans le milieu extérieur (sauf Burkholderia mallei) • résistance naturelle (constitutive) aux antibiotiques (surtout Pseudomonas aeruginosa) 71 Les grands groupes bactériens GramPseudomonaceae Pseudomonas aeruginosa***** Surinfections Ps. anguilliseptica** Ps. fluorescens** Généralisées, poissons dermomyonécrose Burkholderia mallei** Burk. pseudomallei* Morve Pseudomorve CV tous Pseudomonas sp. Comamonas sp. Stenotrophomonas sp. Surinfections HO (animaux) tous 72 Les grands groupes bactériens GramPseudomonaceae D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…) Pseudomonas spp Shewanella putrefaciens (ex-Pseudomonas putrefaciens) Exemple: Sh. putrefaciens produits de la mer altération organoleptique des odeur forte et désagréable 73 Les grands groupes bactériens GramAlcaligenaceae B. Biologie • eaux, sols: peu pathogènes, opportunistes genre Alcaligenes • animaux: pathogènes, peu résistantes genre Bordetella Bordetella pertussis** B. parapertussis** Coqueluche HO B. bronchiseptica***** Infections respiratoires Infections respiratoires Surinfections mammifères B. avium*** Alcaligenes sp. oiseaux tous 74 Les grands groupes bactériens GramCoques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalaseBâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires 75 Coccobacilles, bâtonnets aéro-anaérobies, microaérobies, anaérobies métabolisme R&F ou F, O/F: F ou NA catalase +(-), oxydase +(-) bâtonnets, coccobacilles, filaments anaérobies facultatifs métabolisme F, O/F: F catalase +(-), oxydase +(-) Gram Gassner - bâtonnets spiralés courts microaérobies métabolisme R, O/F: NA catalase + ou -, oxydase + coccobacilles, bâtonnets, filaments anaérobies stricts métabolisme F, O/F: NA catalase –(+), oxydase - coques, coccobacilles, bâtonnets, filaments aérobies stricts métabolisme R, O/F: O catalase +, oxydase +(-) coques, coccobacilles, bâtonnets aérobies stricts métabolisme R, O/F: 76 catalase v, oxydase v coccobacilles, bâtonnets aéro-anaérobies, microaérobies, anaérobies métabolisme R&F ou F, O/F: F ou NA catalase +(-), oxydase +(-) Gram Gassner - Pasteurellaceae Pasteurella Mannheimia Avibacterium Gallibacterium Actinobacillus coccobacilles aéro-anaérobies métabolisme R&F, O/F: F catalase +, oxydase + espèces auxotrophes Haemophilus bâtonnets, microaérobies métabolisme R&F, O/F: NA catalase +, oxydase + auxotrophes Histophilus bâtonnets, anaérobies métabolisme F, O/F: NA catalse -, oxydase 77 Les grands groupes bactériens GRAMPasteurellaceae A. Définition • coccobacilles à bâtonnets fins (0,2 - 0,3 x 0,3 - 2,0 µm) ! pléiomorphisme ! • aéroanaérobies (microaérobies, anaérobies, carbacidophiles) • catalase + (- très rares) • oxydase + (quelques exceptions -) • mobilité • spores • métabolisme R et F (F: anaérobies) • test O/F: F (ou NA: microaérobies, anaérobies) ! certaines espèces: exigence en facteurs V et/ou X ! 78 Les grands groupes bactériens GramPasteurellaceae B. Biologie • parasites des muqueuses respiratoires, digestives et génitales des animaux (mammifères, oiseaux, reptiles, poissons) • pathogènes parfois primaires, souvent secondaires troubles respiratoires (autres) • certaines espèces non pathogènes • peu résistants dans le milieu extérieur 79 Les grands groupes bactériens GramPasteurellaceae P. multocida***** mammifères, oiseaux troubles respiratoires + oreille Pasteurella***** • coccobacilles • aéroanaérobies • catalase + • oxydase + • mobilité - P. trehalosi** OV (agneaux) (ex-P. haemolytica biotype T) septicémies P. canis, dagmatis, stomatis** tous + HO gueule des carnivores, infections des plaies P. canis biotype 2* BB (veau) (troubles respiratoires) • métabolisme R et F • test O/F: F P. caballi* (catalase -) pathogénicité ? CV « P. pneumotropica »*** troubles respiratoires rongeurs 80 Les grands groupes bactériens GramPasteurellaceae Mannheimia***** (ex-Pasteurella) (cf Pasteurella) M. haemolytica biotype A***** pneumonies ruminants septicémie, mammites petits ruminants M. granulomatis*** pneumonies, métrites granulomes sous-cutanés lagomorphes bovins (Brésil) M. varigena* pneumonies, septicémie mammite, abcès, … BB, PC M. glucosida flore respiratoire normale (= M. haemolytica biotype A11) M. ruminalis non pathogène OV (agneaux) ruminants (rumen) 81 Les grands groupes bactériens GramPasteurellaceae Avibacterium*** (ex-Pasteurella ou ex-Haemophilus) (cf Pasteurella) Av. gallinarum *** troubles respiratoires Av. paragallinarum*** (coryza infectieux) (= ex-Haemophilus gallinarum et paragallinarum) volaille (gallinacés) Av. avium, volantium, spA non pathogènes (= ex-Pasteurella avium, volantium et spA) exigence en facteur V pigeons Gallibacterium*** (ex-Pasteurella ou ex-Actinobacillus) (cf Pasteurella) G. anatis**** infections respiratoires, salpingite, gallinacés, pigeons péricardite, hépatite, septicémie, … (= Past. haemolytica-like aviaire + Act. salpingitidis + Past. anatis) Gallibacterium genomospecies 1+2 = autres souches non baptisées 82 Les grands groupes bactériens GramPasteurellaceae Actinobacillus***** (cf Pasteurella) Act. lignieresii***** ruminants actinophytose des tissus mous (« langue de bois ») Act. equuli***** CV septicémie, néphrite (poulain) ; endocardite, méningite (adulte) Act. suis*** Act. suis-like PC CV Act. pleuropneumoniae***** exigence en facteur V troubles digestifs et respiratoires PC pleuropneumonie « Act. seminis »* OV (béliers) vésiculite, orchite « Act. capsulatus »* lapins arthrites 83 Les grands groupes bactériens GramPasteurellaceae Haemophilus*****: exigence en facteurs V et/ou X • très petits bâtonnets • microaérobies, carbacidophiles • catalase + Haem. parasuis***** PC maladie de Glasser (polysérosite fibrineuse) Haem. haemoglobinophilus CN non pathogène • oxydase + • mobilité • métabolisme R et F Haem. paracuniculus* pathogénicité ? lapins, rongeurs • test O/F: NA • croissance lente (2-4 jours) 84 Les grands groupes bactériens GramPasteurellaceae Histophilus***** • petits bâtonnets • anaérobies, carbacidophiles • catalase - Hist. somni***** BB, OV Infections multiples respiratoires méningo-encéphalites avortements • oxydase - ! Regroupe les noms suivants ! • mobilité - Haemophilus somnus Haemophilus agni Histophilus ovis • métabolisme F • test O/F: NA • croissance lente (2-4 jours) 85 Bâtonnets, coccobacilles, filaments anaérobies facultatifs métabolisme F, O/F: F catalase +(-), oxydase +(-) Gram Gassner - Taylorella Capnocytophaga EF4a Streptobacillus bâtonnets bâtonnets coccobacilles filaments perlés 86 Les grands groupes bactériens GramTaylorella Capnocytophaga A. Définition petits bâtonnets (pléiomorphisme) (0,3 - 0,6 x 1,0 - 2,0 µm) fins bâtonnets (0,5 x 1,0 – 3,0 mm) anaérobies facultatives ! catalase + ! (carbacidophiles) ! catalase + ou - ! ! oxydase + ! ! oxydase + ou - ! mobilité – spores – métabolisme F test O/F: F 87 Les grands groupes bactériens GramTaylorella Capnocytophaga B. Biologie • parasite des muqueuses génitales • parasite des muqueuses buccales • non pathogène pour l’étalon • groupe DF-1 chez l’homme • pathogène pour la jument • groupe DF-2 chez les carnivores • peu résistant dans le milieu extérieur • peu résistant dans le milieu extérieur T. equigenitalis***** CV (jument) métrite contagieuse équine (CEM) C. canimorsus*** contamination de morsures, abcès, septicémie HO, animaux C. cynodegmi* gingivite, stomatite carnivores 88 Les grands groupes bactériens GramGroups EF4a Streptobacillus Groupe EF4a • cfr Pasteurella • fermente le glucose MAIS ! inactif sur les autres sucres ! • bouche des carnivores HO + animaux infection de plaies par morsure Streptobacillus moniliformis • bâtonnets longs, filamenteux et « perlés » • muqueuses respiratoire et buccale des rongeurs infections respiratoires rongeurs « rat-bite fever » HO « Haverhill fever » (contamination à partir de l’eau de boisson) 89 coccobacilles, bâtonnets, filaments anaérobies stricts métabolisme F, O/F: NA catalase -(+), oxydase - Gram Gassner - Bacteroides Dichelobacter Fusobacterium Bacteroidaceae 90 Les grands groupes bactériens GramBacteroides Dichelobacter Fusobacterium A. Définition coccobacilles à bâtonnets (1 x 1,0 à 10 µm); filaments (jusqu’à 100 mm) renflements, vacuoles, formes en fuseaux (Fusobacterium) anaérobies stricts catalase - (+) oxydase mobilité - spores métabolisme F Test O/F: non applicable 91 Les grands groupes bactériens GramBacteroides Dichelobacter Fusobacterium B. Biologie • nature: sols, air cavités des animaux (tractus digestif, génital) surface des animaux (peau, espace interdigité, onglons) • saprophytes, pathogènes opportunistes, pathogènes obligés diarrhée, péritonite, abcès, … pododermatites (piétin) • résistants dans le milieu extérieur • certaines espèces très résistantes aux antibiotiques ! 92 Les grands groupes bactériens GramBacteroides Bacteroides fragilis** Dichelobacter Fusobacterium entérites, péritonites, abcès Dichelobacter nodosus***** piétin abcès, furoncles interdigités Fusobacterium necrophorum***** subsp. necrophorum (= ancien biotype A) subsp. fundiliforme (= ancien biotype B) abcès, furoncle interdigités, pododermatite abcès disséminés (= nécrobacillose) Fusobacterium nucleatum, russii pathogénicité ? tous OV BB PC, BV, OV tous CN, CT 93 Gram - Gassner - Francisella Neisseria Flavobacterium Chryseobacterium Tenacibaculum Acinetobacter EF4b coques, coccobacilles, bâtonnets, filaments aérobies stricts métabolisme R, O/F: O catalase +, oxydase +(-) coccobacilles, catalase +, oxydase diplocoques, catalase +, oxydase + bâtonnets, filaments, catalase +, oxydase + coques + bâtonnets, catalase +, oxydase coccobacilles, catalase +, oxydase + 94 Les grands groupes bactériens GramFrancisella Neisseria A. Définition diplocoques aplatis (en grains de café) (0,6 – 1,0 mm) petits coccobacilles (0,2 x 0,2 - 1,7 µm) aérobies strictes catalase + (faible) catalase + oxydase - oxydase + mobilité – spores – métabolisme R test O/F: O (lentement) test O/F: O 95 Les grands groupes bactériens GramFrancisella Neisseria B. Biologie Genre Francisella • parasites obligés: rongeurs et lagomorphes • très sensibles dans le milieu extérieur (sauf eaux + humidité) • pathogènes des animaux et de l’homme • pathogènes intra-cellulaires facultatifs Genre Neisseria • commensaux des muqueuses de l’homme et des animaux • pathogènes de l’homme • non (ou peu) pathogènes chez l’animal 96 Les grands groupes bactériens GramFrancisella Neisseria Francisella tularensis tularémie = septicémie avec granulomes (pseudotubercules) subsp. tularensis biotype A lagomorphes hémisphère Nord (Amérique) subsp. holartica biotype B rongeurs (ex-paleartica) hémisphère Nord (Eurasie) Fr. novicida ? (ex-Fr. tularensis subsp. novicida) pathogénicité ? rongeurs Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitidis Gonorrhée Méningite HO Neisseria canis ? CN 97 Les grands groupes bactériens GramFrancisella Neisseria C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Francisella tularensis (tularémie) forme gastro-intestinale: via la nourriture ou l’eau contaminées forme oculaire: inoculation conjonctivale via les doigts souillés forme ulcéro-ganglionnaire: blessures lors de manipulation d’un animal mort ou malade (80% des cas); plus fréquemment parmi les chasseurs, les forestiers,… 98 Les grands groupes bactériens GramFlavobacterium Chryseobacterium Tenacibaculum A. Définition Bâtonnets (0,5 x 1,0-3,0 mm; filaments jusqu’à 100 mm) aérobies strictes catalase + oxydase + mobilité + (par glissement) sporesmétabolisme R test O/F: O 99 Les grands groupes bactériens GramFlavobacterium Chryseobacterium Tenacibaculum B. Biologie • habitants des eaux douces et salées, de l’environnement marin • habitant des sols (Flavobacterium) • beaucoup d’espèces non pathogènes • quelques espèces très pathogènes (poissons) • infections nosocomiales (HO) • certaines espèces psychrophiles • conditions particulières de croissance (Tenacibaculum) 100 Les grands groupes bactériens GramFlavobacterium Chryseobacterium Tenacibaculum Flavobacterium psychrophilum (ex- Cytophaga psychrophila) (ex- Flexibacter psychrophilus) septicémie lésions cutanées poissons d’eau froide Fl. columnare (ex-Flexibacter columnaris) Fl. branchiophilum Fl. hydatis (ex-Cytophaga aquatilis) Fl. johnsoniae (ex-Cytophaga johnsonae) (ex-Flexibacter aurantiacus) maladie des alevins truites maladie des branchies, poissons lésions cutanées Tenacibaculum maritimum (ex-Flexibacter maritimus) maladie des branchies lésions cutanées poissons d’eaux salées Ten. ovolyticum maladie des œufs et alevins poissons (flétan) 101 Les grands groupes bactériens GramFlavobacterium Chryseobacterium Tenacibaculum D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…) • genre Chryseobacterium Exemples: Chr. indologenes altération de produits laitiers Chr. gleum (beurre notamment) : Chr. indoltheticum modifications couleur, odeur, … 102 Les grands groupes bactériens GramAcinetobacter Groupe EF4b A. Définition coques + bâtonnets (en code morse) (1,0 - 1,5 x 1,5 - 2,5 µm) coccobacilles (cfr Pasteurella & groupe EF4a) aérobies strictes catalase + oxydase – oxydase + mobilité – spores métabolisme R test O/F: O (-) test O/F: O 103 Les grands groupes bactériens GramAcinetobacter Groupe EF4b B. Biologie • habitants des eaux, sols, muqueuses • très peu pathogènes • (sur)infections nosocomiales (HO) • bouche des carnivores • infections de plaies par morsure (HO, animaux) 104 Les grands groupes bactériens GramAcinetobacter Groupe EF4b D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…) Genre Acinetobacter • rôle discuté Exemple: Acinetobacter johnsonii flore des aliments frais ou altérés (lait, produits laitiers, carcasse de volailles, poissons) ! quelques souches capsulées (lévanes) aptes à donner une consistance visqueuse au lait, à la surface des fromages ! 105 Gram - Gassner - Brucella Bartonella Moraxella Riemerella Bergeyella Legionella Afipia coques, coccobacilles, bâtonnets aérobies stricts métabolisme R, O/F: catalase v, oxydase v coccobacilles, catalase +, oxydase + bâtonnets, catalase -, oxydase avec ex-Branhamella coques à bâtonnets, catalase +, oxydase + coccobacilles, catalase -, oxydase bâtonnets, catalase +, oxydase - 106 Les grands groupes bactériens GramBrucella Bartonella A. Définition coccobacilles (0,5-0,7 x 0,5-1,5 µm) bâtonnets droits ou incurvés (0,3 - 0,5 x 1,0 - 1,7 µm) aérobies strictes (carbacidophiles parfois en primo-culture) catalase + catalase oxydase v+ oxydase mobilité mobilité v spores – métabolisme R test O/F: - légèrement acido-résistants (Koester) se colore mieux au Giemsa 107 Presque toutes les souches du genre Brucella possèdent DEUX chromosomes Les grands groupes bactériens GramBrucella Bartonella B. Biologie parasites obligés du tractus génital parasites du sang, des globules rouges et des cellules endothéliales dans la nature après avortement hôtes intermédiaires: puces, poux, (par exemple) mouches (?) résistantes à la dessication, à la transmission: putréfaction - par contact avec le sang sensibles aux antiseptiques et aux - par griffures agents physiques - par piqûres de l’arthropode pathogènes intra-cellulaires facultatifs pathologies: avortements pathologies: anémies troubles génitaux endocardite bursites lymphadénite autres éruption verruqueuse Les grands groupes bactériens GramBrucella Genre Brucella Bartonella ! 8 différentes espèces ou 1 espèce avec différents biotypes ! Br. melitensis (3 biotypes) Br. abortus (7 biotypes) Br. suis (5 biotypes) Br. ovis Br. canis Br. neotamae « Br. cetaceae » « Br. pinnipediae » OV, CP + homme, bovins, porcs BB + homme, chiens, ovins, porcs, chevaux PC (sangliers) + chevaux, homme, chiens, ruminants sauvages, rongeurs OV (béliers) ? CN ? (homme) rongeurs (Utah, USA) cétacés ? pinnipèdes ? ! 8 différentes espèces ou 1 espèce avec différents biotypes ! Br. melitensis biovar Melitensis (3 sous-biotypes) Br. melitensis biovar Abortus (7 sous-biotypes) Br. melitensis biovar Suis (5 sous-biotypes) Br. melitensis biovar Ovis Br. melitensis biovar Canis Br. melitensis biovar Neotamae 109 Les grands groupes bactériens GramBrucella Bartonella Genre Brucella ! Subdivision en sérotypes A (pour Abortus) et/ou M (pour Melitensis) ! Br. Melitensis Biotype 1 Biotype 2 Biotype 3 sérotype M sérotype A sérotype A/M périméditerranée asie centrale Amérique du sud Biotype 1 Biotype 2 Biotype 3 Biotype 4 Biotype 5 Biotype 6 Biotype 9 sérotype A sérotype A sérotype A sérotype M sérotype M sérotype A sérotype M monde (+++) monde (+) Inde, Afrique de l’est rare Royaume-Uni, Allemagne rare rare Biotype 1 Biotype 2 Biotype 3 Biotype 4 Biotype 5 sérotype A sérotype A (+ lièvres) sérotype A séroype A/M (rennes) sérotype M (rongeurs) sérotype R sérotype R monde (pas en Europe) Europe orientale et centrale Amériques, Chine régions arctiques ancienne URSS monde 110 monde Br. Abortus Br. Suis Br. Ovis Br. Canis Les grands groupes bactériens GramBrucella Bartonella Genre Bartonella B. henselae maladie de la griffe du chat HO puces (abcès, lymphadénite, bactériémie, endocardite, …) (Ctenocephalides felis) B. clarridgeiae idem HO puces B. bovis ? BB ? (mouches) B. chomelii ? cervidés ? B. quintana fièvre des tranchées HO poux B. bacilliformis fièvre d’Oroya (Amérique du Sud) HO mouches (Phlebotomus) 111 Les grands groupes bactériens GramBrucella Bartonella C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Brucella Abortus, Melitensis (Suis) Brucellose = syndrome grippal récurrent (fièvre ondulante) Séquelles possibles (endocardite) Infections sub-cliniques fréquentes Sources: lait et produits laitiers non pasteurisés maladie professionnelle des vétérinaires et éleveurs Sources: avortons et enveloppes fœtales Voie: transcutanée, conjonctivale, … 112 Les grands groupes bactériens GramMoraxella Riemerella Bergeyella A. Définition coques (1,0 - 1,5 µm) à bâtonnets (1,0 - 1,5 x 1,5 - 2,5 µm) aérobies strictes catalase + oxydase + mobilité – spores – métabolisme R test O/F: 113 Les grands groupes bactériens GramMoraxella Riemerella Bergeyella B. Biologie habitants des muqueuses peu pathogènes (! Exceptions !) résistants dans le milieu extérieur M. bovis**** M. ovis** (ex-Branhamella ovis) kératoconjonctivite infectieuse BB OV R. anatipestifer polysérosite et septicémie (= peste du canard) canard B. zoohelcum contaminations de plaies par morsure tous (ex-Weeksella) (présence dans la gueule des carnivores: cfr EF4a, EF4b, …) 114 Les grands groupes bactériens GramLegionella Afipia A. Définition bâtonnets (0,5-1,0 x 1,5-3,0 mm) coccobacilles (0,3-0,7 x 2,0-3,0 µm) aérobies strictes catalase + (faible) oxydase vmobilité + spores – métabolisme R test O/F: 115 Les grands groupes bactériens GramLegionella Afipia B. Biologie Genre Legionella habitants du milieu extérieur notamment dans l’eau douce (lac, rivière, fontaine, machine à glace,…) résistants dans le milieu extérieur non pathogène pour les individus en bonne santé importance très limitée en médecine vétérinaire Genre Afipia peu connue habitant des eaux (?) endosymbiotes d’amibes (?) dans les coussinets plantaires du chat (= vecteur mécanique) intracellulaires facultatives 116 Les grands groupes bactériens GramLegionella Afipia Legionella pneumophila Legionella spp. Afipia felis Maladie du légionnaire HO (pneumonie et maladie systémique) Maladie de la griffe du chat (plus rare que Bartonella henselae) HO C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Legionella pneumophila fièvre de Pontiac (syndrome pseudogrippal) Source: eau de boisson (hôpitaux par exemple) 117 Gram - Gassner - bâtonnets spiralés courts microaérobies métabolisme R, O/F: NA catalase + ou -, oxydase + Campylobacter Helicobacter Arcobacter 118 Les grands groupes bactériens GramCampylobacter Helicobacter Arcobacter A. Définition bâtonnets courbes: virgules, S, spires, « mouette » (0,2-0,5 x 0,5-5 µm) microaérobies catalase + ou oxydase + mobilité + (tire-bouchon) spores – métabolisme R test O/F: NA 119 Les grands groupes bactériens GramCampylobacter Helicobacter Arcobacter B. Biologie parasites des muqueuses génitales, stomacales et intestinales pathogènes obligés, pathogènes opportunistes ou non pathogènes très sensibles dans le milieu extérieur et aux antiseptiques quelques résistances à des antibiotiques polymyxinesR triméthoprimeR sulfamidésR 120 Les grands groupes bactériens GramCampylobacter Helicobacter Arcobacter Genre Campylobacter C. jejuni***** subsp. jejuni subsp. doylei C. coli C. fetus subsp. fetus*** subsp. venerealis** entérites ? hépatite non/peu pathogène avortements avortements tous HO oiseaux mammifères OV (BB) BB 121 Les grands groupes bactériens GramCampylobacter Helicobacter Arcobacter Genre Helicobacter H. pylori ulcères gastriques, gastrites HO, CN, CT H. suis ulcères gastriques, gastrites PC (HO, singes) H. felis H. heilmannii H. salomonis gastrite, duodénite, hépatite H. pylori H. canis H. spp. estomac, duodénum, foie CN, CT, HO félidés sauvages animaux de laboratoire, animaux sauvages 122 Les grands groupes bactériens GramCampylobacter Helicobacter Arcobacter C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Genre Campylobacter C. coli, C. lari, C. upsaliensis gastro-entérites, septicémies C. jejuni subsp. jejuni gastro-entérites, septicémies, méningites, avortements 123 Les grands groupes bactériens GramCampylobacter Helicobacter Arcobacter C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Genre Helicobacter H. pylori contamination aliments, eaux de surface par matières fécales gastrites chroniques, ulcères gastro-duodénaux Genre Arcobacter A. butzleri association fréquente avec des cas d’entérites ! pouvoir pathogène incertain ! 124 Les grands groupes bactériens GramCoques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalaseBâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires 125 Longs et minces filaments spiralés Flagelles périplasmiques Spirochetaceae: Treponema, Brachyspira, Borrelia Leptospiraceae: Leptospira Autres: « Spirillum », Anaerobiospirillum Gram Gassner - 126 Longs et minces filaments spiralés Flagelles périplasmiques Spirochetaceae Treponema Brachyspira Borrelia spires étroites et régulières, non cultivables spires étroites et régulières, anaérobies strictes spires larges et régulières, microaérobies ou non cultivables Leptospiraceae Leptospira spires étroites et irrégulières, aérobies strictes Autres « Spirillum » spires larges et régulières (microaérobies) Anaerobiospirillum spires régulières, bâtonnets longs et épais, anaérobie strictes Gram Gassner 127 Les grands groupes bactériens GramTreponema Brachyspira Borrelia A. Définition bâtonnets spiralés fins et longs (0,1 - 0,5 x 3 - 20 µm) (spires étroites, régulières, (idem) (spires larges, régulières, et peu séparées) et bien séparées) non cultivables (peu colorable) (coloration de Giemsa) anaérobies strictes coloration de Gram (bien colorable) microaérobies (ou non cultivables) (peu colorable) (coloration de Giemsa) catalase ?/ oxydase ?/ mobilité + (cils aux deux extrémités sous la membrane externe) spores – métabolisme ? métabolisme F métabolisme ? test O/F: ? test O/F: NA test O/F: NA 128 Les grands groupes bactériens GramTreponema Brachyspira Borrelia B. Biologie dans les cavités orales, intestinales et/ou génitales très sensibles dans le milieu extérieur pouvoir pathogène variable genre Borrelia: cycle avec hôte intermédiaire obligatoire arthropodes piqueurs hématophages tiques des genres Ixodes, Rhipicephalus, Boophilus, Argos, … 129 Les grands groupes bactériens GramTreponema Treponema pallidum T. paraluiscuniculi** Brachyspira Borrelia syphilis HO « syphilis » lapin (= lésions cutanées et lymphadénites) Brachyspira hyodysenteriae***** entérocolite et dysenterie PC Br. pilosicoli** diarrhée CN, PC, HO Br. innocens non pathogène PC (= ex-Treponema et ex-Serpulina) Borrelia burgdorferi***** « maladie de Lyme » HO, mammifères B. garinii***** (= fièvre, abattement, érythème, polyarthrites) B. afzeli***** (avortements, néphrites, …) (cultivables, microaérobies, régions tempérées) B. anserina syndrome d’abattement oiseaux (non cultivable, régions tropicales) B. theileri peu pathogène ruminants 130 (non cultivable, régions tropicales) Les grands groupes bactériens GramLeptospira A. Définition bâtonnets spiralés (0,1 x 6 - 12 µm) en S ou en C (spires étroites et irrégulières) aérobies strictes (difficiles à cultiver) Gram – mais peu colorables (coloration de Giemsa) catalase + oxydase + mobilité + spores – métabolisme R test O/F: croissance trop lente et difficile 131 Les grands groupes bactériens GramLeptospira B. Biologie Voir aussi fascicule de notes partie 2 pour la comparaison entre nouvelle et ancienne nomenclatures 2 groupes qui sont assimilés à 14 espèces subdivisées en sérotypes Espèces/sérovars non pathogènes résistants dans le milieu extérieur L. alexanderi, L. biflexa, L. parva, L. wolbachii L. meyeri (certains sérovars) habitat: eaux et des boues Espèces/sérovars pathogènes peu résistants dans le milieu extérieur***** L. alstoni, L. borgpetersnii, L. fainei, L. inadai, L. interrogans, L. kirschneri, L. noguchii, L. santarosai, L. weilii L. meyeri (certains sérovars) la plupart des souches pathogènes font partie de l’espèce L. interrogans habitat: tubuli rénaux des espèces réservoirs et hôtes les sérovars avec une relative spécificité d’hôte et de réservoir dans le milieu extérieur seulement après contamination par des 132 décharges contaminées (urines, lochies, …) Les grands groupes bactériens GramLeptospira Sérotypes et espèces animales domestiques hôtes primaires (et secondaires) Leptospirose (= néphrite interstitielle, hépatite, avortements, …) mammifères L. Pomona: bétail, ovins, porcins, équins (canins, félins, humains) L. Canicola: canins, félins, humains, (bovins, porcins, équins) L. Hardjo°: bovins, (ovins, humains, équins) L. Icterohaemorrhagiae: canins, humains, (bovins, porcins, équins) L. Autumnalis: (canins, humains) L. Grippotyphosa: ovins, équins, (bovins, porcins, canins, humains, félins) L. Sejroe: bovins L. Tarrasovi°°: (porcins) L. Australis: (bovins, canins, équins) L. Bataviae: (humains, félins) L. Bratislava: (porcins, équins) 133 ° = L. meyeri °° = L. borgpetersenii Les grands groupes bactériens GramLeptospira Sérotypes et espèces animales domestiques réservoirs L. Pomona: bétail, porcs, animaux sauvages L. Canicola: chien et canidés sauvages, bétail, porcs L. Hardjo°: bétail, moutons L. Icterohaemorrhagiae: rats, souris L. Autumnalis, L. Grippotyphosa, L. Sejroe: faune sauvage L. Tarrasovi°°: porc L. Australis: hérisson L. Bataviae: chien, rat, souris L. Bratislava: bétail, porc, chevaux ° = L. meyeri °° = L. borgpetersenii 134 Les grands groupes bactériens GramLeptospira C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Leptospires pathogènes problème de profession (chevilleurs, bouchers, …) transmission par contact avec les organes internes sérovars Icterohaemorrhagiae, Bataviae et Copenhageni (= réputés les plus pathogènes) 2 formes: ictérique sévère et non ictérique (signes cliniques très variés) 135 Les grands groupes bactériens Gram« Spirillum » A. Définition position taxonomique incertaine bâtonnets hélicoïdaux (0,2 x 3 - 5 µm) mise en culture non prouvée apparemment microaérobie B. Biologie muqueuses buccale et respiratoire des rongeurs très sensibles dans le milieu extérieur pouvoir pathogène important Spirillum minus « rat-bite fever » « sodoku » HO 136 Les grands groupes bactériens GramAnaerobiospirillum gros bâtonnets spiralés anaérobies strictes habitat: intestin Anaerobiospirillum succinoproducens Diarrhée CN, CT 137 Les grands groupes bactériens GramCoques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalaseBâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires 138 Toutes les cellules Pas d’hôtes intermédiaires Chlamydiales Cellules endothéliales Erythrocytes Leucocytes Système réticulo-endothélial Hôtes intermédiaires Gram - Gassner - Rickettsiales Autres Lawsonia: entérocytes Clostridium piliforme: entérocytes, hépatocytes, cardiomyocytes 139 Intracellulaires obligées Toutes les cellules Pas d’hôtes intermédiaires Ordre des Chlamydiales Chlamydiaceae Chlamydia Chlamydophila Piscichlamydia pas de peptidoglycan pas de chaîne de transport d’électrons colorations de Köster et Giemsa Gram Gassner 140 Les grands groupes bactériens GramChlamydia Chlamydophila Piscichlamydia A. Définition corps élémentaire: forme extracellulaire infectante et résistante (0,2 - 0,3 µm) corps réticulé: forme intracellulaire à l’intérieur d’une vésicule/vacuole bactérie dépourvue de PDG peu colorable au Gram, colorable au Giemsa et Köster entrée dans la cellule divisions morula B. Biologie transmission directe par aérosol pas d’hôte intermédiaire dépendant de la cellule hôte pour la production d’énergie infecte de très nombreux types de cellules 141 Les grands groupes bactériens GramChlamydia Chlamydophila Piscichlamydia HO Chlamydia suis trachome, urogénital, pneumonie non pathogène Chlamydia muridarum ? souris Chlamydia trachomatis** PC Chlamydophila pneumoniae pneumonies HO Chlamydophila psittaci***** psittacose - ornithose oiseaux (HO) Chlamydophila felis**** CT conjonctivites, pneumonies Chlamydophila pecorum*** polyarthrites, pneumonies, conjonctivites Chlamydophila abortus*****avortements, infections génitales ruminants Chlamydia caviae ? cobayes Piscichlamydia salmonis épithéliocytose des branchies salmonidés OV (BB, HO) 142 Cellules endothéliales Erythrocytes Leucocytes Système réticulo-endothélial Hôtes intermédiaires Ordre des Rickettsiales: coloration de Giemsa Anaplasmataceae Anaplasma érythrocytes, tiques Ixodes Ehrlichia leucocytes mononucléés, tiques Rhipicephalus Neorickettsia leucocytes mononucléés + intestin (tiques ?) Rickettsiaceae (Rickettsia pas en Europe, tiques diverses) Piscirickettsia septicémie (?) du poisson, ? Gram Gassner - Autres Coxiella cellules réticulo-endothéliales, pas d’hôte intermédiaire, colorations de Köster et Giemsa 143 Les grands groupes bactériens GramAnaplasma Coxiella Ehrlichia Neorickettsia Rickettsia Piscirickettsia A. Définition corps élémentaire (0,3 – 1,0 mm) = - forme infectant « l’hôte intermédiaire » - forme libre (genre Coxiella) corps réticulé = forme intracellulaire libre ou à l’intérieur d’une vacuole bactéries pourvues d’un PDG peu colorable au Gram, colorable au Giemsa (genre Coxiella colorable au Köster) Nombreux remaniements taxonomiques (voir aussi le genre Mycoplasma) Haemobartonella felis***** voir Mycoplasma haemofelis Haemobartonella canis voir Mycoplasma haemocanis Eperythrozoon suis*** voir Mycoplasma (haemo)suis Aegyptianella pullorum voir Mycoplasmatacea 144 Les grands groupes bactériens GramAnaplasma Coxiella Ehrlichia Neorickettsia Rickettsia Piscirickettsia B. Biologie transmission par arthropodes piqueurs hématophages (tiques) ! Biologiquement, le mammifère est souvent un hôte accidentel terminal ! le genre Coxiella ne présente pas d’hôte intermédiaire obligé et se transmet fréquemment par aérosol dépendant de la cellule hôte pour certaines parties du métabolisme infecte les érythrocytes: entrée dans la cellule division(s) deux (ou quatre) bactéries infecte les leucocytes poly- et mononucléés, les cellules du système réticulo-endothélial, les cellules endothéliales entrée dans la cellule divisions « morula » 145 Les grands groupes bactériens GramAnaplasma Coxiella Ehrlichia Neorickettsia Rickettsia Piscirickettsia En Europe Anaplasma phagocytophilum*** leucopénie, vasculite tiques ! Leucocytes (surtout polynucléés) (Ixodes ricinus) ex-Ehrlichia phagocytophila OV (BB) (« Tick-borne fever ») ex-Ehrlichia equi CV ? Coxiella burnetii***** avortements BB (CT) tiques syndrome grippal HO souvent pas (« Fièvre Q ») d’hôte intermédiaire ! Cellules du système réticulo-endothélial Ehrlichia canis*** leucopénie, CN tiques thrombocytopénie (Rhipicephalus sanguineus) ! Leucocytes (surtout mononucléés) Neorickettsia risticii** leucopénie, diarrhée CV ? (tiques) (ex-Ehrlichia risticii) (« Potomac horse fever ») ! Leucocytes (surtout mononucléés) Piscirickettsia salmonis septicémie salmonidés NON (?) Les grands groupes bactériens GramAnaplasma Coxiella Ehrlichia Neorickettsia Rickettsia Piscirickettsia Quelques exemples hors Europe Anaplasma marginale** anémie, ictère BB arthropodes ! Erythocytes (Afrique) (tiques) An. centrale non pathogène BB idem ! Erythocytes (Afrique) An. ovis peu pathogène OV idem ! Erythocytes (anémie, ictère) (Afrique) Ehrlichia ruminantium oedèmes, péricardite ruminants tiques (ex-Cowdria ruminantium) (« Heart water ») (Afrique) (Amblyomma) ! Cellules endothéliales Neorickettsia syndrome général CN Douve du foie helminthoeca (« Salmon poisoning ») (Amérique N) du saumon ! Cellules du système réticulo-endothélial Rickettsia rickettsii vasculite, hémorragies, HO (CN, OV) tiques (« Rocky Mountain spotted fever ») (Dermatocentor spp.) ! Cellules endothéliales Rickettsia felis typhus murin (?) HO puces du chat « Pseudotyphus de Californie » (Ctenocephalides felis) ! Cellules endothéliales Les grands groupes bactériens GramAnaplasma Coxiella Ehrlichia Neorickettsia Rickettsia Piscirickettsia C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Coxiella burnetii (fièvre Q) Sources: eaux et nourriture contaminées (surtout le lait cru et les produits laitiers à base de lait cru) forme aiguë: signes cliniques évoquant une grippe forme chronique (la plus grave): - surtout immunodéprimés - femme enceinte (naissance prématurée, avortement ou mort in utéro) 148 Gram Gassner - Autres Lawsonia: entérocytes, pas d’hôte intermédiaire Clostridium piliforme: entérocytes, hépatocytes, cardiomyocytes (voir bactéries Gram +) 149 Les grands groupes bactériens GramLawsonia A. Définition petits bâtonnets incurvés (0,2-0,5 x 0,5-1,5 mm) B. Biologie intracellulaire obligé forme de campylobactère symbiote des entérocytes Lawsonia intracellularis Complexe adénomatose proliférative: - adénomatose bénigne - entérite nécrotique - iléite régionale - entéropathie hémorragique PC 150 Les grands groupes bactériens Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalaseBâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:Coccobacilles, bâtonnets et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéroanaérobies métabolisme R & F; aérobies métabolisme R; microaérobies métabolisme R; anaérobies facultatives métabolisme F; anaérobies strictes métabolisme F Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires 151 Service de Bactériologie Département des Maladies infectieuses et parasitaires Faculté de Médecine Vétérinaire Cours de bactériologie 3ème candidature Chapitre 6: Ecologie bactérienne 152 Où vivent les bactéries ? dans la nature cycle de la matière . non pathogènes . certains pathogènes (maladies telluriques) . origine fécale 153 Où vivent les bactéries ? au contact des animaux digestion, flore de barrière, … peau, muqueuses digestives, respiratoires, génitales, conjonctivales (muqueuses urinaires) . flore résidente: bactéries commensales bactéries pathogènes opportunistes . flore non résidente: bactéries non pathogènes bactéries pathogènes opportunistes bactéries pathogènes obligés 154 Où vivent les bactéries ? dans les animaux (sang, organes internes, …) Pas de flore commensale interne QUOIQUE … (sang: période postprandiale) (muscles: spores de Cl. chauvoei, Cl. septicum, …) (foie: spores de Cl. novyi, Cl. haemolyticum, …) (foie <ombilic abcès, foyers de nécrose) ! et surtout le genre Bartonella dans et sur les érythrocytes ! 155 Peau – Revêtement cutané - Oreilles externes Flore résidente Gram positive surtout Flore non résidente (variée) ‹ extérieur (sols, litière) aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes essentiellement non pathogènes, pathogènes opportunistes • • • • staphylocoques,streptocoques Arcanobacterium Actinomyces clostridies 156 Peau – Revêtement cutané - Oreilles externes ! Circonstances adjuvantes ! • plaies accidentelles, chirurgicales, naturelles • glandes sébacées, follicules pileux • pli • « crasses » (dans l’oreille) 157 Œil - Conjonctive Idem, mais plus riche en Gram négatives non pathogènes pathogènes opportunistes • Moraxella • Branhamella ! Circonstances adjuvantes ! • corps étranger • vent • froid 158 Système digestif 1) Bouche et pharynx • flore résidente nombreuse et variée • flore non résidente variée • biotopes variés: joues, palais, langue (dessus et dessous), gencives, larynx, amygdales 159 Système digestif 1) Bouche et pharynx (suite) aérobies strictes, aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes non pathogènes, pathogènes opportunistes locaux ou respiratoires ou systémiques . coques Gram+ et Gram. Actinomyces . pasteurelles, actinobacilles, hémophiles . coliformes, … . EF4a, EF4b, M5, Weeksella, Capnocytophaga… 160 Système digestif 1) Bouche et pharynx (suite) ! Circonstances adjuvantes ! • blessure (< nourriture) • tartre • stress: voyage, froid,… 161 Système digestif 2) Estomacs rumen Eubactéries 1010 – 1011 / ml 200 espèces Archaebactéries 107 – 109 / ml 4 – 5 espèces Protozoaires ciliés 104 – 106 / ml 25 – 30 espèces Champignons 103 – 104 / ml 12 espèces Bactériophages 107 / ml ! réservoir de certains pathogènes humains ! • Escherichia coli O157: H7 162 Système digestif 2) Estomacs (suite) digérant flore résidente très limitée hélicobactéries: ulcères, gastrites, cancers,… 163 Système digestif 3) Intestins grêle de peu habité (102 / ml) à très habité (107 / ml) péristaltisme 90 % anaérobies strictes, anaérobies facultatives, microaérobies Gram+ et Gram- en proportions variables Bacteroides, Lactobacillus, clostridies, entérocoques, campylobactères non pathogènes ou pathogènes opportunistes 164 Système digestif 3) Intestins grêle 10 % aéroanaérobies Gram + et Gram – (surtout) entérobactéries, Bacillus = non pathogènes, pathogènes (Salmonella, Escherichia coli) ! . perturbation de la flore par des antibiotiques (dysbactériose) . perturbation du péristaltisme 165 Système digestif 3) Intestins caecum, colon très habité 109 – 1011 / ml peu de péristaltisme flore similaire: encore plus d’anaérobies strictes non pathogènes ou pathogènes opportunistes (clostridies, spirochètes) réservoirs d’autres pathogènes (Salmonella par exemple) ! origine de l’envahissement du grêle ! si perturbation du péristaltisme 166 Système respiratoire 1) Nez et pharynx Flore résidente nombreuse et variée Flore non résidente variée Biotopes différents: naseaux, muqueuse, cornets, pharynx, amygdales, … 167 Système respiratoire 1) Nez et pharynx (suite) aérobies strictes aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes non pathogènes, pathogènes opportunistes locaux, respiratoires profonds (très nombreux) • staphylocoques, streptocoques, … • Arcanobacterium pyogenes • coques Gram • bordetelles, pasteurelles, hémophiles, … • coliformes, … • mycoplasmes • Streptobacillus moniliformis 168 Système respiratoire 1) Nez et pharynx (suite) rhinite atrophique: B. bronchiseptica + P. multocida gourme: Strep. Equi pyogènes classiques: streptocoques, staphylocoques, Arcanobacterium pyogenes, … bronchopneumonies: mycoplasmes, pasteurelles, actinobacilles, bordetelles, hémophiles, streptocoques, … ! blessures, stress, froid, ventilation, poussières, pollution ! 169 Système respiratoire 2) Larynx, trachée, bronches, alvéoles aucune flore résidente flore de passage < pharynx ! stress, froid, voyages, ventilation, poussières, pollution ! Trachéobonchites/bronchopneumonies/pleuropneumonies: mycoplasmes, pasteurelles, actinobacilles, bordetelles, hémophiles, streptocoques, … 170 Système urinaire 1) Vessie pas de flore résidente flore de passage chez femelle < vagin chez mâle (rare) <fourreau Mécanismes de protection: miction, pH urine, longueur de l’urètre (mâle) 2) Cavité pyélique du rein pas de flore ! interférences avec le flux urinaire, la miction ! ! infections d’origine hématogène ! 171 Système génital 1) Vulve/Vagin (face vaginale du col) - Fourreau Flores résidentes commensales abondantes et variées Flores de passage variées < périnée + matières fécales < peau, milieu extérieur Biotopes différents: vulve, vagin, col prépuce, pénis 172 Système génital 1) Vulve/Vagin (face vaginale du col) – Fourreau (suite) femelle: - surtout anaérobies facultatives et strictes: Lactobacillus - 10 % autres: staphylocoques, streptocoques < périnée - flores de passage: entérobactéries < matières fécales vaginite, métrite, cystite avortements mâle: de tout < peau, environnement peu de problèmes transfert vénérien avortements, métrites, cystites, … (Campylobacter fetus, Corynebacterium renale, Taylorella equigenitalis, Actinobaculum suis, …) 173 Système génital 2) Matrice pas de flore résidente flore de passage lors de l’ouverture du col • Possibilité de métrite, de résorption embryonnaire, d’avortements, … • ? Lien avec délai de retour en chaleurs ? 3) Urètre et glandes annexes (mâle) pas de flore 174 4) Mamelle pas de flore résidente trayon: flore de passage < peau, litière ! interférence avec la traite, le flux lacté ! ! infections d’origine hématogène ! 175
