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Introduction à la structure 3D de molécules avec le logiciel de
visualisation moléculaire
 Réalisé par
: OTMANE BELAYACH
ZINEB BELKHOUDA
 Groupe
:2
2015-2016
 Le but :
Apprendre à construire des molécules des structures 3D a l'aide de le logiciel
Gaussview.
 Matériel:
Machine de type PC (système ‘exploitation Win XP)
1-La moléculeMe-Ala-Ala- Ala-Me
Me-Ala-Ala-Ala-Ala
2-les distances et les angles et les angles dièdres des différents
atomes suivants :
Liaison
C(5)-H(7)
C(3)-C(5)
La distance (Å)
1,09000
1,52500
liaison
(HĈH)
(CĈC)
L’angle
35,27882
30,19445
liaison
(HNCH)
(CNCC)
L’angledièdre (Å)
-25,65417
60,00001
C(16)-O(20)
N(11)-H(12)
1,25840
1,00000
(OĈN)
(CĈH) (simple)
120,0000
109,4998
(OCNH)
(HCCH)
-178,67490
-164,40995
C(24)-N(22)
1,44900
C(6)-N(11)
H(8)-H(9)
1,47000
1,77965
C(31)-O(31)
O(20)-N(11)
2,42757
2,68565
C(6)-N(1)
2,45029
(CĈH) (C liée
avec O d. l
109,4712
(HCNC)
34,34584
3-Construction des moléculesa l’aide de (buildre) :
La molecule H2
La molecule H2O
La molecule C2H4
La molecule C2H2
La molécule C2H6
H2:H1-H2
#
symbol
NA
1
H
2
H
1
-
H
1
NB
NC
bond
angle
dihedral
0,742000
2
0,742000
0,742000
X
Y
Z
0 ,0000
0.0000
0,742000
0 .0000
0.0000
0,741938
-0 .006759
0.006759
H2O:O1-H2-H3
#
Symbol
NA
1
O
2
H
1
3
H
1
NB
2
NC
bond
Angle
dihedral
X
Y
Z
0.000000
0.0000
0.000
0.25800
0.95800
0.00000
0.0000
0.25800 104.5
-0.239864
-0.655831
0.655831
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