Diaporama Hervé Sanguin
publicité
Apport des NGS pour l'étude de la diversité mycorhizienne en milieu méditerranéen Perspectives pour le décryptage des réseaux écologiques Herve Sanguin UMR Laboratoire des Symbioses Tropicales et Méditerranéennes Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, 1 Symbioses Mycorhiziennes Explosion Démographiques ? 350-420 K espèces Angiospermes Joppa et al. 2010 270 K espèces Diversité Hawksworth, 1991 Régions tempérées CHAMPIGNONS Régions tropicales Exploration Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Angiospermes 9,9 M Cannon, 1997 1,5 M 3,5-5,1 M 5,1 M ? O’brien, 2005 Blackwell, 2011 APPORT DES NGS ? 1,5 M + ? 0,6-0,7 M (100 K connues selon The Dictionary of Fungi; Kirk et al., 2008 ) (69-74 K connues) Hawksworth, 1991; 2001 0,5 M (43 K connues?) May, 2000 Smith and Mueller, 2007; Mora et al. 2011 IMA fungus Hawksworth 2011 LES MYCORHIZES Angiospermes Gymnospermes Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Ectomycorhizes (EcM) Gymnospermes Angiospermes Mycorhizes à arbuscules (CMA) Ectendomycorhizes Angiospermes Gymnospermes Bryophytes Mycorhizes Arbutoïdes et monotropoïdes Ptéridophytes Ericales Endomycorhizes des Ericacées Ericales Bryophytes Endomycorhizes des Orchidées Orchidales Selosse et Le Tacon, 1995; Brundrett, 2004, 2009; Smith and Read 2008; Van Elsas et al. 2006 “The study of plants without their mycorrhizas is the study of artefacts. The majority of plants, strictly speaking, do not have roots; they have mycorrhizas” Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, BEG-Committee, 25th May 1993 > 80% des plantes terrestres forment des symbioses mycorhiziennes • • • 94% des angiospermes (familles), dont 82% avec des CMA et 2% avec des EcM >250 000 espèces sont associées à des CMA 8000 espèces de plantes sont EcM Apparition des CMA il y a plus de 460 M d’années (Ordovicien) • • Symbiose ectomycorhizienne (- 130 M, Crétacé) Symbiose rhizobienne (- 70 M) Redecker et al. 2000 Rôle important dans le cycles des nutriments (N,P,C) Amélioration de la nutrition des plantes (essentiellement P), rôle crucial dans les environnements arides et semi-arides Biomasse plante Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Mycorhizes et Services Ecosystémiques mycorhizé Pisolithus albus / Acacia mangium non-mycorhizé P ajouté au sol Rôle dans les processus de facilitation (réseaux mycorhiziens) Rôle dans la succession végétale Systèmes in vitro Sous serre plante hôte + substrat Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Les Glomeromycètes: Biotrophes obligatoires Production d’inoculum IJdo et al. 2011 Collections (GINCO-BEL / IBG / INVAM) (janvier 2013) CMA 241 Espèces Régions tropicales EcM Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Régions tempérées Nombreuses régions tropicales et semi-arides faiblement étudiées (forte diversité floristique) > 5 000 espèces 2 « Barcoding » pour les Champignons Mycorhiziens Bouleversement familial chez les Glomeromycètes Oehl et al. 2011 Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Kruger et al. 2011 Young et al. 2012 Schuessler et Walker 2010 Stockinger et al. 2009 Oehl et al. 2011 Oehl et al. 2011 Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, À partir de Krueger et al 2011 (Young et al. 2012) Consensus pour la classification des Glomeromycètes 4 ordres 11 familles 26 genres Oehl et al. 2011 Redecker et al. 2013 Code barre Universel pour les champignons ? Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Bellemain et al., 2010 Biais taxonomique amorcedépendant au cours de la PCR Combinaison d’amorces pour l’environnement ? COS1 (animaux) = faible amplification Schoch et al., 2012 RPB1 = faible amplification (peu de CMA, autres travaux en cours) SSU = faible résolution au niveau de l’espèce(pour les Glomeromycetes?) ITS > LSU = performant (pour les CMA? forte variabilité = faible résolution ) COMBINAISON DE MARQUEURS pour certains groupes taxonomiques? Code barre spécifique pour les Gloméromycètes ? SSU Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, • • Base de données la plus large (environnement) Relative résolution au niveau de l’espèce (moins de zone hypervariable comme pour le 16S) ITS • Trop forte variabilité au niveau de l’espèce (Stockinger et al. 2009) , ITS2 meilleure code barre que ITS1 car moins variable (6th New Phytologist Workshop, Nancy, France, Novembre 2012) • Pas d’amorce spécifique (Environnement = 2% des séquences; Baldrian et al., 2011; Blaalid et al. 2011) LSU • • • Bonne résolution au niveau de certaines espèces Base de données moins exhaustive Amorces exclues une part de la diversité (+ non spécificité) Fragment long (1500 pb) = non adapté pour les étude haut–débit dans l’environnement Accès aux Gloméromycètes dans l’environnement ? SSU Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, • • • Base de données la plus large (environnement) mais faible résolution au niveau de l’espèce ? Plusieurs couples d’amorces pour les approches haut-débit NS31/AM1 (Helgason et al. 1998) - le plus utilisé - non exhaustif en terme diversité - non spécificité relativement élevé - taille de l’amplicon adaptée pour les NGS • AML1-AML2 (Lee et al., 2008) - exhaustif - spécifique - taille de l’amplicon trop grande pour les NGS • NS31-AML2 (Davison et al., 2011) - exhaustif - relativement spécifique - taille de l’amplicon adaptée pour les NGS Opik et al., 2009 Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Base de données “Champignons” http://unite.ut.ee/ http://www.fungalbarcoding.org/ http://aftol.org/ http://www.arb-silva.de/ http://www.barcodeoflife.org/ http://maarjam.botany.ut.ee/ 3 NGS et Diversité Mycorhizienne Accès aux Glomeromycètes au niveau mondial Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Opik et al., 2013 Majorité des études en Amérique du Nord et en Europe (>70% des séquences en 2012) Les écosystèmes SUD méditerranéens restent encore peu explorés Limites des approches traditionnelles EcM Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, • Morphotypage et/ou identification moléculaire • • • • Laborieux dépendant de l’expertise (biais utilisateur-dépendant) dépendant du type de plantes, de l’âge de l’EcM, etc…. sous estimation / sur estimation de la diversité CMA • Tri de spores et/ou identification moléculaire • Laborieux • dépendant de l’expertise (biais utilisateur-dépendant) • Non représentatif des « mycorhizes » • Clonage/séquencage à partir de fragments racinaires • 30 à 100 clones…. Saturation de la diversité ??? Biais du à la très forte proportion de certains taxa Clonage-séquençage VS pyroséquençage Clonage-séquençage Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, • Faible nombre de clones + surreprésentions de certains groupes • mauvaise estimation de la saturation • Séquençage de long fragments d’ADN • étude phylogénétique plus robuste Pyroséquençage • Grands nombres de séquences (approches semi-quantitatives) • meilleure estimation de la diversité • Surestimation de la diversité = importance du débruitage des données (Qualité des séquences, taille, chimère, type de clustering) • Etapes de débruitage peu développés dans les études sur les communautés mycorhiziennes • Grands nombres d’échantillons (approches globales) • meilleure représentation de l’écosystème • Séquençage de fragments d’ADN plus ou moins long • Importance du choix des couples d’amorces • étude phylogénétique moins robuste • Amélioration des performances (qualité/taille) des NGS 454, passage d’une moyenne de 100 à 400-500 pb en qques années Cas du Genévrier de Phénicie Juniperus phoenicea L. (family Cupressaceae) Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Espèce native du pourtour Méditerranéen • • Résistance aux carences en eau et en nutriments Propriétés de plantes pionnières • Certaines populations menacées (IUCN Red List) • Répartition en France, limite nord dans la réserve des Gorges de l’Ardèche Boratynski et al. 2009 Cas du Genévrier de Phénicie Juniperus phoenicea L. (family Cupressaceae) Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Statut mycorhizien • • Endomycorhizien ??? (Azevedo, N. F. dos S. de. 1971) Reste peu documenté (Mejstrik and Cudlin, 1983) Dépendance mycorrhizienne et statut endomycorizhien chez d’autres espèces de Genévrier, mais peu d’étude de diversité • J. communis, J. chinensis, J. monosperma, J. osteosperma, J. oxycedrus and J. procera (Roncadori and Pokorny, 1982; Reinsvold and Reeves, 1986; Wang and Qiu, 2006) Nécessité d’appréhender la diversité mycorhizienne associée • • Lien avec le contexte écologique (paramètre édaphique) Développement de stratégie de mycorhization controlée performante (lien diversité – contexte écologique) = Domestication, Restoration d’écosystème Un habitat original Les falaises des Gorges de l’Ardèche Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Trees 1 and 2 France Tree 3 Gaud, Saint-Remèze Gaud, Saint-Remèze Tree 1 Méditerranée Photo JP Mandin Fortes températures, déficit en eau et en éléments nutritifs, développement racinaire difficile, verticalité, régénération difficile (dissémination des graines), perturbation rare mais violente Exploration de la diversité des CMA associés au Genévrier de Phénicie Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, 3 arbres modèles • • Extraction ADN à partir de fragments racinaires Approches PCR ciblant SSU adaptée de Davison et al. 2011 (NS31-AML2) Pyroséquençage (454) d’amplicons • • • 3000 à 4000 séquences brutes / arbre Débruitage des données selon Schloss et al. 2011 (utilisation de Mothur) Pre-Clustering (Huse et al 2010; Schloss et al 2011) , Eliminations des chimères via UCHIME (Edgar et al. 2011) et des séquences non spécifiques, Clustering (MOTUs), Eliminations des singletons(?) (Unterseher et al, 2011), et Normalisation par ré-échantillonnage des MOTUs avec singletons 232 MOTUs (97%) sans singletons 56 MOTUs (97%) Exploration de la diversité des CMA associés au Genévrier de Phénicie Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Rhizophagus 12 MOTUs Funneliformis 1 MOTU Uncertain glomeraceae 19 MOTU Sclerocystis 2 MOTUs Glomerales Uncertain position Uncertain glomerales 1 MOTU Claroideoglomeraceae 1 MOTU Uncertain position Glomus Archaeosporales Uncertain glomeraceae 20 MOTU Paraglomerales Diversisporales Neighbor-Net analysis (bootstrap= 1000 iter) Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Exploration de la diversité des CMA associés au Genévrier de Phénicie Juniperus 1 30 MOTUs Rhizophagus MOTU_2 19 18 4 Uncertain glomeraceae MOTU_9 3 4 2 6 Uncertain glomeraceae MOTU_16 MOTU_2 J1 (419 séquences) J2 (110) J3 (957) Juniperus 3 15 MOTUs MOTU_9 J1 (5 séquences) J2 (791) J3 (43) MOTU_16 J1 (1 séquences) J2 (24) J3 (3) Juniperus 2 27 MOTUs Cas de l’Arganier Argania spinosa (family Sapotaceae) Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Espèce endémique du Maroc • Région du Sud-Ouest et en particulier la plaine du Souss (populations isolées nord-est du Maroc et dans la région de Tindouf en Algérie) • L’arganeraie recouvre 828 000 hectares • Patrimoine universel de l’UNESCO Aire de distribution • Forte adaptation au stress hydrique et aux variations de températures (intérêt pour lutter contre la désertification) MAROC ALGERIE • Importance socio-économique (huile d’argan) et environnementale • Espèce menacée (pression anthropique et faible régénération, réduction de 50% en un siècle) Cas de l’Arganier Argania spinosa (family Sapotaceae) Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Statut Mycorhizien • • • Endomycorhizien (Nouaim et al., 1994) « Forte » dépendance mycorrhizienne (Nouaim et al 1994, 2002) Pas d’étude exhaustive de la diversité des CMA associés (Lahcen et al., 2009) Nécessité de caractériser la diversité mycorhizienne associée • • Lien avec les contextes pédo-climatiques et la grande diversité des terroirs et génétique des arganiers Développement de stratégie de mycorhization controlée ou de gestion du potentiel mycorhizien (lien diversité – contexte écologique – plantes nurses) = Domestication, Amélioration de la régénération naturelle, Restauration d’écosystèmes Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Sites d’étude (15 sites, analyse spores et/ou racines) Essaouira Marrakech Agadir X2 Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, SPORES Exploration de la diversité des CMA associés à l’Arganier Scutellospora sp1 Scutellospora sp2 Scutellospora sp3 Gisgaspora margarita Gisgaspora margarita RACINES Glomerales Exploration de la diversité des CMA associés à l’Arganier Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Uncertain glomeraceae > 80 MOTUs Uncertain glomeraceae 3 MOTUs Funneliformis 1 MOTU Claroideoglomus 2 MOTUs Archaeosporales Glomus 4 MOTUs Paraglomeraceae 3 MOTUs Rhizophagus 41 MOTUs Acaulosporaceae ? Pacisporaceae Sclerocystis 2 MOTUs Gigasporaceae 1 MOTU Diversiporaceae Neighbor-Net analysis 3 sites et 2-3 arbres par site Diversisporales Comparaison par site Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, • Exploration de la diversité des CMA associés à l’Arganier 3 sites Site 1 (A1+A4) 60 MOTUs 42 21 5 Site 2 (A5+A6) 36 MOTUs 7 6 Uncertain glomeraceae MOTU_3, 37, 38, 44, 49 3 46 Site 3 (A8+A11) 62 MOTUs Rhizophagus MOTU_6, 32 MOTU_3 S1 (680 séquences) S2 (712) S3 (315) MOTU_6 S1 (111 séquences) S2 (19) S3 (155) MOTU_37 S1 (1 séquence) S2 (1) S3 (2) MOTU_44 S1 (1 séquence) S2 (4) S3 (3) MOTU_32 S1 (1 séquences) S2 (4) S3 (5) MOTU_38 S1 (1 séquence) S2 (1) S3 (1) MOTU_49 S1 (3 séquence) S2 (1) S3 (2) 4 Réseaux écologiques Chagnon et al., 2012 Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, NGS, une avancée pour l’étude des réseaux écologiques Analyse d’un grand nombre d’échantillons (communauté végétale et mycorhizienne) Grand nombre de séquences (analyse semi-quantitative) Accès à une diversité mycorhizienne plus large (taxa rares?) Fontaine et al., 2011 Communautés mycorhiziennes = “Assemblage-structuration” aléatoire ? → Application récentes des réseaux écologiques Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Communautés mycorriziennes et “Assemblage-structuration” aléatoire ? Interactions entre espèces du vivant conditionnent les processus écologiques NECESSITE de CARACTERISER Les RESEAUX D’INTERCATIONS Plusieurs types de comparaison • • • • Modèles d’abondance Modèles neutres Test de randomisation Analyses en réseau 2D (Plantes VS Mycorrizes) Architecture emboitée, nestedness, et/ou modularité Communautés mycorriziennes et “Assemblage-structuration” aléatoire ? Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Différents niveaux d’approches pour les communautés végétales • > Famille, genre, espèce, variétés? Quelques études marquantes • Forêt boréale (Estonie) • • • Région semi-aride (Mexique) • • Opik et al 2009; chagnon et al 2012 (454, 458 échantillons=10 échantillons composites, 10 espèces de plantes, > 120 000 séquences) Davison et al 2011 (Sanger, 212 échantillons, 11 espèces de plantes, 2500 séquences) Montesinos-Navarro et al 2012a,b (Sanger, 130 échantillons, 35 espèces de plantes, 1523 séquences) Orchidaceae (Europe, Régions méditerranéennes et Réunion) • • Jacquemyn et al 2012 (Sanger, 222 échantillons, 16 espèces de plantes, 4800 séquences) Martos et al 2012 (Sanger, 452 échantillons, 77 espèces, 547 séquences) Structuration des communautés mycorhiziennes (CMA) non aléatoire = SPECIFICITE D’INTERACTION ? Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Nestedness et Modularité La « spécifité » des CMA est de plus en plus suggérée, et donc les réseaux Plante-CMA sont attendus nested (mutualisme) avec une modularité pour certaines espèces interagissant plus intimement avec certaines plantes Montesinos-Navarro et al 2012, Nestedness importante • Espèces végétales associées à peu de CMAs s’associent au CMAs retrouvés chez la plupart des plantes, et les CMAs présent chez peu d’espèces vegétales apparaissent aussi chez les plantes abritant la plupart des CMAs Montesinos-Navarro et al 2012, Modularité pour certaines espèces • Faible connections au sein du réseau entre des groupes d’espèces alors que les espèces sont fortement connectées au sein d’un même groupe (Montesinos-Navarro et al 2012) Martos et al 2012, Cas des Orchidées, forte modularité entre les espèces terrestres et épiphytes = barrière écologique Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Contraintes et impact des réseaux sur les processus écologiques ? Contraintes phylogénétiques dans les interactions ? • Cas des orchidées = Forte contrainte chez les 2 partenaires (Jacquemyn et al., 2012; Martos et al 2012) • Ecosystème semi aride = CMA phylogénétiquement proches ont tendance à interagir avec les mêmes espèces végétales, la réciproque est fausse (Montesinos-Navarro et al 2012) Impact sur les processus de facilitation • Plus probable entre des plantes présentant des communautés CMA différentes (Montesinos-Navarro et al 2012) Partage de communautés de CMA similaires pour amélioration de la croissance des plantes connectées OU Complémentarité de niche (communautés différentes de CMA ) Partage des ressources ? Cas des Truffières languedociennes Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, 4 sites d’études 3 types de conditions écologiques (Brûlé producteur, Brûlé non producteur, et Hors-Brûlé) Unité d’étude = Chêne vert (Quercus ilex) +/- Truffe noire du Périgord (Tuber melanosporum) Relation entre cortège floristique-mycorhize et production truffière • (>150 échantillons, 2 saisons, > 30 espèces de plantes, > 220 000 séquences) Cas des subéraies marocaines Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Chêne liège (Quercus suber), importance écologique et socioéconomique (350 000 ha) Problème de dégradation des subéraies Analyse des cortèges mycorhiziens (arbre/plantes accompagnatrices) • (81 -108 échantillons, 2 conditions, 3-4 espèces de plantes, > 15 000 séquences) Optimisation des processus de facilitation (plantes nurses) Cas des associations caroubier - mycorhizes Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Espèce méditerranéenne à fort potentiel écologique et socio-économique Histoire évolutive du caroubier ? Lien entre diversité des caroubiers, diversité mycorhizienne (peu caractérisée) et contextes écologiques • (800 échantillons, 3 contextes écologiques, 1 espèce de plante (diversité?), > 1 000 000 séquences) Stratégie d’ingénierie écologique performante Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Réseaux écologiques et approches fonctionnelles Cycle du phosphore • Phytase • Solubilisation du P Stress hydrique • Aquaporines Transportome … ? Remerciements Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, FRANCE • UMR LSTM (Equipe SRES) • Robin Duponnois, Yves Prin, Ezekiel Baudoin, Jean-Francois Arrighi • IMBE • Thierry Gauquelin, Coralie Mathaux, Alex Baumel, Lucie Miché • Société Botanique de l'Ardèche, Conseil Scientifique de la Réserve naturelle nationale des gorges de l'Ardèche • Jean-Paul Mandin MAROC • Université Cadi Ayyad, Faculté des sciences de Semlalia (Marrakech) • M. Hafidi, A. Boumezzough • Centre de Recherche Forestière (Rabat) • Salaheddine Bakkali Yakhlef, Younès Abbas • Institut Agronomique et Vétérinaire (Agadir) • Lahcen Kenny, A. Benismail SRES en Méditerrannée UMR LSTM Equipe Symbioses et Résilience Ecosystémique Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Thème de recherche • Etude du rôle des associations symbiotiques rhizobiennes et mycorhiziennes dans le fonctionnement des formations végétales méditerranéennes et tropicales Multi-institutionnelles et Pluri-disciplinaires • CIRAD,IRD,INRA • 11 permanents et autant de masters, doctorants et post-doctorants chaque année • Ecologie, Ecophysiologie, Biologie des plantes, Microbiologie, Mycologie, Cytologie, Biologie moléculaire UMR LSTM Equipe Symbioses et Résilience Ecosystémique Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Pays partenaires en méditerranée • • • • Algérie Liban Maroc Tunisie Domaines d’intervention • Durabilité des systèmes de cultures traditionnels (agroforesterie, cultures associées) • Restauration d’écosystèmes dégradés UMR LSTM Equipe Symbioses et Résilience Ecosystémique Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Types d’intervention - Gestion/valorisation des symbioses • Valorisation des essences forestières d’intérêt agronomique • • • • Chêne liège Arganier Caroubier Acacia • Amélioration de la régénération naturelle • Sauvegarde d’écosystèmes menacés • Cyprès de l’Atlas et Genévrier thurifère • Réhabilitation de sites dégradés • Mines • Carrières STRATEGIE D’INTERVENTION Ecosystème préexistant Etat stable alternatif Perturbation anthropique anarchique et prolongée Ecosystème dégradé Seuil d’irréversibilité de la dégradation Ecosystème gravement dégradé Abondance Diversité Gestion Plantes de couvertures Plantes « nurses » Potentiel symbiotique Exploration de la Biodiversité par NGS, de nouveaux horizons ? 16 mai 2013, IMBE, Marseille, Raisonner la gestion des symbioses (bactéries et mycorhizes) en fonction des caractéristiques du milieu Reconstitution Inoculation en masse Mycorhization contrôlée Seuil d’irréversibilité Témoin Ecosystème très gravement dégradé Inoculé
