Présentation de l`intervention
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4ème journées STEAK EXPERT Evolution des connaissances sur les STEC, méthodes de détection disponibles et évolution attendue Dr. Estelle LOUKIADIS UMAP (Unité de Microbiologie Alimentaire et Prévisionnelle) VetAgro Sup Campus Vétérinaire de Lyon 1 Plan 1- Rappels et définitions 2-Méthodes de détection actuelles et évolution SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 2 Selon le contexte clinique chez l’Homme Microflore digestive > 500 espèces bactériennes commensales (Bifidobacterium, Clostridium, Bacteroides, Eubacterium, Escherichia, Enterococcus, Streptococcus, Klebsiella…) E. coli = Espèce subdominante de la flore anaérobie facultative (103 à 108 par gramme). MAIS certaines souches sont pathogènes SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 3 Selon le contexte clinique chez l’Homme Escherichia coli EPEC = isolés chez les malades EHEC = isolés chez les malades EHEC Frankel et al., 1998 Insuffisance rénale SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 4 Selon leur séropathotype Propriétés antigéniques Travaux de Kauffman (1940): 1ère classification des E. coli fondée sur les antigènes de surface : Les Ag O somatiques: Les Ag H flagellaires SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 5 Selon leur séropathotype Propriétés antigéniques Actuellement: plus de 700 types antigèniques ou sérotypes de E. coli (173 O, 103 K, et 56 H) Plus de 500 sérotypes de souches EHEC Classification en séropathotypes SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 6 Selon leur séropathotype Escherichia coli EPEC = isolés chez les malades EHEC = isolés chez les malades EHEC majeures E. coli O157, O103, O26, O111, O145 SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 7 Selon leurs caractéristiques génotypiques Les Stxs : des facteurs de virulence majeurs Toxines de type AB Stxs: Sous-types Stx1/Stx2 Stxs: Variants Spécificité d’hôte: Stx2-EDL933 ; Stx2vh-a ; Stx2e Fraser et al., 2004 Fraser et al., 2004 Cellules cibles = cellules endothéliales Côlon Reins Cerveau SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 8 Selon leurs caractéristiques génotypiques Stx: Support génétique Bacteriophages EHEC chromosome stx1 stx2 Shiga-like toxines 50 nm Schmidt, 2001 SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 9 Selon leurs caractéristiques génotypiques Escherichia coli STEC (gènes stx) EPEC = isolés chez les malades EHEC = STEC isolé des malades SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 10 Selon leurs caractéristiques génotypiques Lésion d’attachement / effacement ATP EHEC Membrane interne Membrane externe EHEC ADP Intimine Membrane plasmique hôte Entérocyte Tir Entérocyte Knutton et al., 1998 Variants: tropisme cellulaire Spécificité d’hôte Remaniements cytosquelette SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 11 Selon leurs caractéristiques génotypiques Intimine : Support génétique Ilot de pathogénicité LEE Intimine Bacteriophages EHEC stx1 eae chromosome stx2 Shiga-like toxines SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 Selon leurs caractéristiques génotypiques Escherichia coli STEC (gènes stx) AEEC (gène eae) EPEC = isolés chez les malades EHEC = STEC isolé des malades EHEC typiques SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 13 Autres facteurs de virulence? Adhésines Codées par le LEE: Map, Esp F, Esp H, Esp G… Non codées par le LEE: Saa, EfaI/LifA, fimbriae LpfO157 Toxines Plasmides: Ehx (pO157), SubAB, cyclomoduline CDT… Prophages: Cyclomoduline Cif… Protéases Plasmides (pO157): Catalase KatP, sérine protéase espP… Prophages: Cyclomoduline Cif… Autres Ilots de pathogénicité et OI: HPI (sidérophores), OI122, OI71… Prophages: effecteurs du type III (nle C/D), Tccp… Chromosome: gène rpoS … SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 14 Autres facteurs Le pouvoir pathogène (tropisme tissulaire + spécificité d’hôte) des E. coli reposent sur au moins trois paramètres : La présence de facteurs de virulence spécifiques ‘ La variation allélique de certains de ces facteurs Une régulation fine de ces facteurs liée à la capacité des bactéries à « sentir » leur environnement SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 15 STEC pathogène? Importance en santé publique E. coli potentiellement pathogènes stx + and eae + E. coli Caractéristiques phénotypiques et génotypiques E. coli pathogènes En terme de santé publique, comment définir une souche STEC pathogène? SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 16 Définition AFSSA 2010 SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 17 Définition AFSSA 2010 S’agissant de souches isolées chez l’Homme Avis AFSSA 2008 SA-0122 SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 18 Définition AFSSA 2010 Escherichia coli STEC (gènes stx) EHEC = STEC isolé des malades AEEC (gène eae) ! EPEC = isolés chez les malades EHEC typiques majeures E. coli O157, O26, O103, O111 et O145 SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 19 Définition AFSSA 2010 STEC considérées comme pathogènes S’agissant de souches isolées hors d’un contexte clinique (aliment) SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 20 Définition AFSSA 2010 Escherichia coli STEC (gènes stx) EHEC = STEC isolé des malades AEEC (gène eae) ! EPEC = isolés chez les malades EHEC typiques majeures E. coli O157, O26, O103, O111 et O145 SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 21 Définition AFSSA 2010 STEC considérées comme pathogènes S’agissant de souches isolées hors d’un contexte clinique (aliment) Comment les détecter? SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 22 Plan 1- Rappels et définitions 2-Méthodes de détection actuelles et évolution SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 23 Méthodes Prise d’essai Enrichissement sélectif ou non Détection Confirmation Etape essentielle !! 24 Méthodes Que détecter? Comment? SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 25 Méthodes normalisées SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 26 Méthodes normalisées NF EN ISO 16654 27 28 Méthodes: Projet de norme 29 Méthodes: Projet de norme Projet de spécification technique CEN/ISO SteakExpert 2010- Loukiadis E. – 23 juin 2010 30 Méthodes: Projet de norme Prise d’essai Enrichissement Dilution au 1/10ème 18-24h 37°C DEPISTAGE Détection des gènes stx et eae par RT-PCR Détection des 5 antigènes de somatiques O157, O26, O103, O111 et O145 Immunoconcentration bactérienne CONFIRMATION Si stx+ et eae+ Si un des 5 marqueurs somatiques + Isolement sur géloses Confirmation sur colonies Caractérisation 31 Méthodes: Axes de recherche Prise d’essai Enrichissement Détection séquentielle des principaux gènes de virulence associés aux EHEC Immunoconcentration bactérienne Isolement sur géloses Confirmation sur colonies Caractérisation 32 Méthodes: Axes de recherche Prise d’essai Enrichissement Détection séquentielle des principaux gènes de virulence associés aux EHEC Immunoconcentration bactérienne Isolement sur géloses Confirmation sur colonies Caractérisation 33 Méthodes: Axes de recherche Prise d’essai Enrichissement Détection séquentielle des principaux gènes de virulence associés aux EHEC Immunoconcentration bactérienne Isolement sur géloses Confirmation sur colonies Caractérisation 34 Méthodes: Axes de recherche Prise d’essai Enrichissement Détection séquentielle des principaux gènes de virulence associés aux EHEC Immunoconcentration bactérienne Isolement sur géloses Confirmation sur colonies Caractérisation 35 Méthodes: Axes de recherche Prise d’essai Enrichissement Détection séquentielle des principaux gènes de virulence associés aux EHEC Immunoconcentration bactérienne Isolement sur géloses Confirmation sur colonies Caractérisation Possé et al., 2008 36 Méthodes: Axes de recherche Prise d’essai Enrichissement Détection séquentielle des principaux gènes de virulence associés aux EHEC Immunoconcentration bactérienne Isolement sur géloses Confirmation sur colonies Caractérisation 37 MERCI POUR VOTRE ATTENTION ! 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