offre de stage

Titre : Détection systémique en 3D de réseaux cellulaires endocrines :
Développement d’un nouvel outil d’analyse d’histologie 3D à très grande échelle
Profil :
Ce stage est destiné aux étudiants en école, IUP ou en Master d’informatique spécialisé
dans l’imagerie.
Durée : 4 mois minimum
Mots clés : Traitement et analyse d’image, segmentation, détection de noyaux cellulaires,
imagerie microscopique
Sujet :
Le stagiaire travaillera au sein d’une équipe composée en majorité, de biologistes,
ainsi que d’un physicien et d’un bioinformaticien, particulièrement impliqués dans ce
projet. Le contexte biologique dans lequel s'inscrit ce sujet du stage est l’étude de
l’organisation structurelle des réseaux cellulaires au sein d’un organe, en l'occurrence
l’hypophyse. Notre but est de réaliser une carte 3D de l’ensemble de la glande, et d'en
décrire le développement détaillé.
Dans les prochains mois, l’équipe imagera la glande hypophysaire dans son ensemble
grâce à un système d'histologie 3D à grande échelle combinant microscopie à
épifluorescence (pseudo-confocal type apotome) et découpe in situ grâce à un vibratome.
Grâce à l'utilisation d'animaux transgéniques, des cellules de type spécifique peuvent être
marquées (ex : cellules de l’hormone de croissance (GH) marquées à la GFP), et les pile
d'images à analyser font apparaître à trois dimensions ces différents marquages sous
formes de couleurs distinctes.
La première étape du stage est de mettre au point un outil permettant de
déterminer les positions des noyaux des cellules dans l’espace tridimensionnel, de
manière automatique. Cette détection se fera sur des piles d’images contenant des
noyaux marqués de façon fluorescente au DAPI. Une partie importante de la
segmentation 3D a été mise au point. La technique utilisée a été les lignes de partages
des eaux. Le début du stage sera d’améliorer et de finaliser l’outil de segmentation.
L’étape suivante sera de déterminer quels sont les noyaux appartenant à un type
cellulaire fluorescent (ex : pour les cellules GH -> noyaux marqués en bleu entourés par
un cytoplasme vert).
La modélisation à suivre déterminera sur la base de critères géométriques et
statistiques les morphologies : groupes de cellules étant suffisamment proches pour
former un amas fonctionnel, reconstruction 3D du réseau, reconnaissance des
vaisseaux et positionnement quantitatif des cellules par rapport à eux.
Compétences souhaitées :
Maîtrise de Java, du traitement d’image et en particulier les techniques de segmentation.
Si possible, connaissance ImageJ, qui constitue notre principal logiciel pour le
développement d’un plugin de segmentation.
Connaissances en Biologie utiles mais pas indispensables.
Lieu :
Montpellier / Institut de Génomique Fonctionnelle CNRS
(http://www.igf.cnrs.fr)
Encadrement :
Mathieu Cassou, ingénieur d’étude bioinformaticien, responsable imagerie
Contact : [email protected] ou 06.19.81.68.71
assisté de :
Chrystel Lafont, ingénieur d’étude, responsable microscopie
François Molino, université Montpellier II, responsable modélisation 3D
Patrice Mollard, responsable scientifique du projet hypophyse