11.7 FICHE PRE-CIBLAGE DES PROJETS : IMPLANTATION DANS LA CARAÏBE D’UNE PLATEFORME DE SEQUENÇAGE DE NOUVELLE GENERATION (NGS) Items Réponses Etablissement : CHU MARTINIQUE ARS ARS Martinique Nom et Prénom du porteur du projet DOS SANTOS Georges Secteur Médical Fonction : Ingénieur de recherche Téléphone de contact : 0596552433 Email de contact [email protected] Expérience coopération : Oui Les pays dans la Caraïbe avec Sint Maarten, Antigua, Sainte Lucie, Dominique, Trinidad, Barbade, lesquels le projet se réalisera : Grenade, Suriname, Haiti Partenaires dans la Caraïbe identifiés : Oui Connexion sur un domaine de l’eOui santé : Si vous avez répondu "oui" à la Certains des résultats qui seront établis pourront être regroupés en base question précédente, pouvez-vous de données consultable par les partenaires. nous décrire comment votre projet estCréation d'un réseau d'échange d'expériences et de soutiens techniques il relié à l'e-santé et/ou à la entre les partenaires. télémédecine ? En quoi consiste votre projet ? Dans la suite de notre participation au projet interreg-IV qui nous a permis l'installation d'une plate-forme de séquençage capillaire au CHU de Martinique nous souhaitons maintenant installer une plate-forme de séquençage de nouvelle génération (NGS). A ce jour il n'existe aucune plate-forme de ce type et à visée clinique ou épidémiologique dans la Caraïbe. 1) Les éléments contextuels de votre projet Les infections virales ont montré leur fort potentiel de nuisance et de déstabilisation économique. La Caraïbe a été, après l’Afrique subsaharienne, la seconde région la plus touchée par l’émergence du VIH/SIDA dans les années 1980. Les épidémies récurrentes de dengue concernent des dizaines de milliers de personnes. L’épidémie massive du chikungunya a confirmé l’exposition de notre population à une épidémie massive similaire à La Réunion. Le virus West Nile qui a sévit en Amérique du nord nécessite une surveillance. Le virus Zika a émergé au Brésil et menace la Caraïbe. Les alertes sanitaires internationales se multiplient. L’année 2013 a été marquée par l’émergence d’un nouveau coronavirus (MERS-CoV) au Moyen-Orient (10 ans 2) après le SARS-CoV qui avait occasionné 8000 syndromes respiratoires aigus sévères dont 800 décès en 2003). Le MERS_CoV fait l’objet d’une nouvelle alerte internationale. L’évolution des virus grippaux aviaire (A/H5N1 et H7N9) en Asie du sud-est est suivie par l’OMS. Les virus ne connaissant pas de frontière, tous les territoires doivent se préparer à faire face à de nouvelles épidémies. Dans ce contexte, le séquençage de nouvelle génération (NGS)qui permet de séquencer simultanément des milliers de fragments d’ADN autorisant ainsi un séquençage massif en parallèle, permettra une veille virale et/ou bactériologique méta génomique c’est-à-dire la caractérisation de génomes viraux ou bactériens directement à partir des échantillons de virus ou de bactéries retrouvés dans un échantillon particulier qu’il soit d’origine humaine, animale, végétale ou d’un environnement particulier. 2) La susceptibilité du VIH, du virus de l'hépatite C ou des virus influenza (grippe) aux traitements antiviraux est traditionnellement évaluée par des tests phénotypiques (i.e. évaluation de la capacité du virus à répliquer en présence de drogues antivirales) ou par la détection des mutations liées aux résistances par séquençage capillaire selon Sanger (tests génotypiques). Les tests génotypiques qui sont utilisés pour le suivi du patient infecté par le VIH ne peuvent cependant pas mettre en évidence les variants représentants moins de 20% de la population virale et par conséquent incapables de mettre en évidence les virus résistants aux traitements présents à un taux très faible. L’utilisation du séquençage de nouvelle génération permettra de séquencer des sous-populations virales du VIH ne représentant que 0.1% à 1% de la population virale totale, contribuant ainsi à l'optimisation de la prise en charge des patients. 3) Durant la dernière décennie, des progrès spectaculaires ont eu lieu dans la compréhension des mécanismes moléculaires et cellulaires gouvernant l’initiation et la progression tumorale des cancers. En parallèle, des avancées thérapeutiques majeures ont été réalisées avec la découverte de plusieurs cibles moléculaires et le développement des « thérapies ciblées » qui bloquent des mécanismes spécifiques des cellules cancéreuses. Les prescriptions médicamenteuses guidées par les marqueurs biologiques de la tumeur correspondent à une médecine beaucoup plus précise qualifiée de « médecine personnalisée » par rapport aux chimiothérapies « classiques ». Suite à l'implantation grâce au programme Interreg IV de la plateforme de séquençage capillaire à Fort de France, la recherche des mutations des gènes KRAS et NRAS pour des patients atteints de tumeurs colorectales en vue d’autoriser un traitement par anti EGFR est réalisée à Fort de France même si tous les biomarqueurs ne peuvent pas encore être réalisés en Martinique. L'augmentation régulière du nombre de marqueurs à déterminer sur chaque échantillon tumoral et pour chaque patient conduit à se tourner vers des technologies permettant de multiplexer les analyses dans une approche « tout en un ». Dans ce contexte, l'implantation d'une plateforme de séquençage NGS permettra de répondre aux nouveaux besoins des praticiens en matière de prise en charge des cancers. Elle permettra d’inscrire la Martinique dans la dynamique du Plan Cancer 3 (2014‐2019) dont l’objectif 6 est de « Conforter l’avance de la France dans la médecine personnalisée ». La réduction de la prévalence des maladies infectieuses est une des actions prioritaires du plan stratégique 2014-2019 de l'OPS/PAHO (Organisation Pan américaine de la Santé). La possibilité accrue d'anticiper la présence des vecteurs viraux ou bactériens permettra de prendre les mesures préventives ou curatives nécessaires à la réduction de leur propagation. La lutte contre les résistances à l’antimicrobien fait l’objet d’un plan d’action de l’OPS/PAHO (54èm Directive Council, septembre 2015) qui préfigure le A quels besoins de santé publique plan stratégique global de l'OMS qui sera présenté en 2016. La limitation communs entre les DFA (Département de l'émergence de résistance du VIH contribuera à la réduction la Français d'Amérique) et la Caraïbe, propagation de l'épidémie à VIH dans la région Caraïbe. La mise en votre projet peut-il répondre ? évidence de souches microbiennes multi résistantes aux antibiotiques circulant dans la Caraïbe et la connaissance de leur épidémiologie contribueront à en limiter la propagation. 3) L'augmentation qualitative et quantitative des possibilités de détermination des biomarqueurs tumoraux rendra ces tests plus facilement accessibles aux patients de la Caraïbe et pourrait contribuer à leur prise en charge dans les unités de soins des DFA disposant des traitements appropriés. Quels sont les autres DFA qui seront Aucun en dehors de mon DFA partenaires de votre projet ? OBJECTIF GENERAL 1 : Surveiller, détecter, identifier, caractériser des maladies nouvelles et/ou agents infectieux émergents menaçant la santé des populations caribéennes. OBJECTIF GENERAL 2 : Améliorer la prise en charge des patients caribéens atteints de cancer. OBJECTIF GENERAL 3 : Surveiller, détecter, identifier, caractériser les agents infectieux résistants ou multirésistants aux traitements dans la Caraïbe (VIH, tuberculose ...). OBJECTIF GENERAL 4 : Améliorer la prévention de l'émergence de maladies infectieuses "classiques"(grippe, dengue, chikungunya) ou émergentes (zika, westnile, coronavirus...) OBJECTIF GENERAL 5 : Développer la recherche et la formation de jeunes chercheurs sur les maladies infectieuses émergentes et en oncologie dans la Caraïbe grâce à la mise en place d'un outil de dernière génération. D'après-vous, qu'apportera votre projet aux populations du pays de la Caraïbe concerné par votre projet ? Une protection contre les risques d'épidémies grâce à une meilleure surveillance, une meilleure détection, une meilleure identification et une meilleure caractérisation des agents infectieux émergents ou connus menaçant la santé. Une protection contre les risques d'épidémies grâce à une meilleure D'après-vous, qu'apportera votre surveillance, une meilleure détection, une meilleure identification et une projet au(x) DFA concerné(s) par votre meilleure caractérisation des agents infectieux émergents ou connus projet ? menaçant la santé. D'après-vous, qu'apportera votre projet à votre établissement ? Dans la zone de défense Antilles, le CHU de Martinique est établissement de santé de référence (ESR) pour les risques émergents. Le laboratoire de Virologie du CHUM est le seul service de hospitalo-universitaire dans ce domaine pour les Antilles et la Guyane. L'installation d'une plate-forme NGS accroitra nos capacités à surveiller et à prévenir de nouvelles épidémies. Dans le domaine de l'oncologie nous serons en phase avec les derniers développements technologiques. D'après-vous, qu'apportera votre projet à votre partenaire caribéen ? La possibilité d'accéder à la plateforme NGS pour le suivi des patients, pour des projets de recherche.