Sécurité des viandes et des produits Ecobiopro : amélioration de la conservation de la viande grâce aux bactéries utiles Contexte et objectifs Résultats Les produits carnés et les produits de la mer sont des denrées hautement périssables dont la conservation est critique. Mal conduite elle peut mener à d’importants problèmes d’hygiène conduisant au gaspillage et à de lourdes pertes économiques. La conservation de ces produits résulte d’une stratégie de maîtrise de leur écosystème c’est à dire des flores bactériennes présentes. Pour cela, le recours à des cultures protectrices visant à limiter le développement de bactéries indésirables est envisagé depuis quelques années mais n’a pas réellement abouti, en partie faute de connaissances sur les écosystèmes de ces produits. L’approche mise en place a permis la caractérisation de la diversité des écosystèmes au niveau de l’espèce bactérienne, un niveau rarement atteint pour les approches de pyroséquençage. Des données sur l’écologie microbienne de produits jusque là non explorés, cabillaud dés de lardons, saucisse de volaille, ont été générées. Un résultat remarquable est que 17 % des espèces mises en évidence sont non cultivées, c’est-à-dire que ces espèces sont détectées et identifiées grâce à leur séquence d’ADNr 16S identique ou similaire à celle d’espèces déjà décrites mais n’ayant pas été cultivées à ce jour. La comparaison entre lots a montré qu’ils sont généralement similaires. Il existe une empreinte matrice (produit) mais on retrouve également une similarité entre bœuf et veau, ou plus surprenant entre dés de lardons et merguez de volaille. De manière générale, des données sur l’écologie microbienne de produits jusque là non explorés ont été générées ; en particulier la mise en évidence de la grande diversité de l’écosystème bactérien des certains produits de la mer. Des connaissances nouvelles pour des produits plus connus (description plus exhaustive des espèces présentes) ont été apportées, et la potentielle incrimination dans l’altération de bactéries non soupçonnées a été soulevée. En particulier, les résultats ont montré que la flore bactérienne de lardons altérés était dominée par la présence de Leuconostoc carnosum et Leuconostoc gasicomitatum. A contrario, une flore bactérienne dominée par des lactobacilles (L. sakei, L. curvatus) semblait protéger les dés de lardons de l’altération. Le pouvoir altérant des Leuconostoc est actuellement en train d’être vérifié par inoculation sur des matrices lardons ionisées, afin de tenter de reproduire cette altération. Les résultats obtenus jusqu’à présent confirment également le problème de la sélectivité de certains milieux utilisés classiquement pour l’analyse microbiologique des denrées alimentaires, et donc de la marge de confiance à accorder à l’emploi de certaines méthodes culturales. Le but du projet Ecobiopro est d’étayer scientifiquement le bénéfice que pourraient représenter les cultures protectrices dans le domaine des produits de la mer et des produits carnés. Le projet a pour objectif de : - caractériser les écosystèmes de 4 produits carnés, dont les dés de lardons saumurés, et de 4 produits de la mer, - identifier dans ces écosystèmes les espèces qui sont responsables de l’altération, - évaluer comment l’ajout de cultures protectrices modifie le développement des bactéries d’altération et aussi de l’ensemble de la flore. La stratégie est d’utiliser une approche moléculaire d’identification de l’ensemble des microorganismes présents dans les écosystèmes des produits. Cette méthode, le pyroséquençage de l’ADN 16S, permet d’avoir une vision qualitative et semi quantitative des espèces présentes avec une grande profondeur. De plus, basée sur l’extraction de l’ADN bactérien, elle ne nécessite pas d’étape de culture bactérienne, s’affranchissant ainsi des biais dus à la sélectivité plus ou moins poussée des milieux de cultures utilisés classiquement. Bilan d’activité de l’IFIP-Institut du porc - 2012 Fiche 5 Partenariats et collaborations Coordinateur du projet : INRA-Micalis Partenaires : Ifremer Nantes, Oniris, INRA-Microbiologie Theix, IFIP, ADRIA Normandie, ADIV, AERIAL, Nouvelles Vagues, Biocéane, Sofranor, Siebert Volailles, Géo-Madrange, Charal, Viviers Marins. Financeurs ANR, pôles de compétitivité Aquimer et Valorial Contact Carole FEURER [email protected] Valorisation http://www.ecobiopro.fr/ Formations et interventions - Formation des Instituts techniques à l’analyse de résultats de pyroséquençage par l’INRA Micalis - ECOBIOPRO: Exploring meat and fish ecosystem Diversity and evaluating influence of bioprotective cultures. Food Micro, Istanbul, 4-7 Septembre 2012. Publications Marie-Christine Champomier-Vergès et le consortium Ecobiopro. Le projet Ecobiopro. Ecosystèmes microbiens et bioprotection des aliments». Colloque co-organisé par la société française de microbiologie (SFM) et le RMT FlorePro. Nantes 17-18 Novembre 2011. Autre transfert Rédaction d’une procédure d’analyse des résultats de pyroséquençage 19