Un nouveau sérotype viral - Pr Plantier

Pôle de Biologie
Laboratoire de Virologie
Groupe de Recherche Antimicrobiens et
Microorganismes (GRAM) / EA2656
Hôpital C. Nicolle
CHU Rouen
Faculté de Médecine-Pharmacie
Université de Rouen
Découverte d’un nouveau VIH-1
JC Plantier
[email protected]
Laboratoire associé
au Centre National de Référence du VIH
COREVIH de HAUTE-NORMANDIE
Place du laboratoire de Virologie
du CHU de Rouen dans le COREVIH
- diagnostic et confirmation de l’infection à VIH (tests de dépistage sérologique /
marqueurs de l’infection)
- prise en charge biologique du suivi de la file active (mesure de la charge
virale/quantité de virus circulant, recherche de la transmission mère enfant…par outils
moléculaires)
- prise en charge thérapeutique (recherche de résistances aux ARV)
- caractérisation génétique des souches circulant en Haute-Normandie
Recherche de co-infections virales, en particulier Virus des Hépatites
(VHC, VHB, VHD)
Expertise du laboratoire de virologie
du CHU de Rouen
Recherche
- clinique : participation aux essais ANRS
- appliquée : étude des conséquences diagnostiques et
thérapeutiques de la diversité génétique des VIH-1
Laboratoire associé au Centre National de Référence du
VIH, depuis 2002
Diversité génétique des VIH
Diversité des SIV (Simian Immunodeficiency Virus)
- 40 espèces séropositives SIV
- confirmation moléculaire pour 32 espèces
évolution génétique SIV
- variabilité génétique virale
- co-évolution virale avec l’hôte
- passage inter-espèces
- recombinaison
Aghokeng et al., Infection, Genetics and Evolution, 2009
Diversité génétique des VIH
caractéristique majeure des VIH
- origine simienne des VIH
- importante variabilité génétique
erreur de enzyme lors de réplication
multiplication intense (10 milliards de virions/J)
- pression de sélection
- recombinaison génomique
liée à présence de 2 virus dans une même cellule
Origine des VIH / passages inter-espèces
- Pan troglodytes troglodytes
VIH-1
3 transmissions indépendantes
(groupes M, N & O)
- Cercocebus atys
VIH-2
8 transmissions indépendantes
(groupes A à H)
Découverte du SIVgor : transmission
indépendante d’un virus SIVcpz au
Gorille
= propriétés biologiques pouvant induire
une infection chez l’homme
réservoir potentiel de transmission ?
Diversité génétique des VIH
2 types
VIH-1 groupe M (major)
> 33 millions
 9 sous-types
M
A-BD-C-F-G-H-J-K
B
B
CRF01_AE
CRF02_AG
A,C,D,F,
G,H,J,K
 > 40 CRFs (formes épidémiques)
(Circulating Recombinant Form)
CRF02_AG
VIH-1 groupe O (outlier)
10 000 à 30 000 infections
groupe N (non-M/non-O)
15 cas décrits
- VIH-2 : 8 groupes A-H
500 000 à 1 million
Conséquences de la diversité génétique VIH
= puissant marqueur épidémiologique
- dynamique de l’infection
- diffusion des différents variants en fonction
des populations
- émergence de nouvelles formes
- trousses de dépistage sérologique : difficultés de dépistage de certains variants
divergents (ou « exotiques »)
- trousses moléculaires de suivi virologique : absence de détection ou sousquantification de certaines souches africaines
Résistance naturelle de certaines souches à des molécules anti-
rétrovirales
Émergence de résistance différente en fonction des souches
 transmissibilité & pathogénicité (VIH-1/VIH-2)
 Obstacle au vaccin
Expertise du laboratoire de virologie
du CHU de Rouen
- développement d’outils sérologiques et moléculaires adaptés
au dépistage et au suivi des différentes souches de VIH
- prise en charge virologique et thérapeutique des infections à
variants rares
- développement d’outils de détection de l’émergence de
nouveaux VIH
- exploration de réactivités particulières / inhabituelles dans le
cadre du dépistage de l’infection à VIH (recherche de VIH atypique
ou de problèmes liés aux tests de dépistage)
Dépistage d’une Infection VIH classique
- sérologie (anticorps) positive
- mesure de la quantité de virus circulant chez le
patient (forte réplication virale, 10 000 à 100 000
copies / ml de sang)
- détection du matériel génétique viral
- caractérisation de la souche
A New HIV Derived from Gorillas
• A 62-year–old Cameroonian woman (RBF168)
living in France since 2004
• HIV-1 diagnosed at her arrival in Paris (April
2004)
• Env Serotyping: HIV-1 group O suspected at
least in Envelope
Plantier et al. Nature Med. 2009;15:871-872.
A New HIV Derived from Gorillas
• RNA Viral load negative by Amplicor Monitor v1.5,
Roche (group M specific)
• 4.4 to 5.3 log copies/mL in RealTime HIV1, Abbott
(non specific M-O)
• But Not amplified with group M- and O-specific
primers used for resistance genotyping
Plantier et al. Nature Med. 2009;15:871-872.
RBF168 CD4 Cell Count and Viral Loads 2004–2009 (without therapy)
No Antiretroviral Therapy (ART)
400
350
5
300
4
250
3
200
150
2
CD4/mm3
Log copies ARN/mL
6
100
1
50
0
Group M / O non
specific assays
0
In-house VL
Abbott VL
CD4
VL = viral load.
bioCentric
TaqMan Roche v1.0
Monitor 1.5
Group M
specific assays
Caractérisation moléculaire et Analyse
phylogénétique
Mise au point d’outils permettant le
séquençage du génome entier du virus
Nouveau groupe VIH-1 P
nouveau variant lié au SIVgor = 4ème groupe d’infections VIH-1, P,
conformément à le nomenclature
Dynamique de transmission primates non humains/Homme (passée ou
récente ?)
Virus très divergent des autres VIH-1 = le plus proche des virus simiens
Détectable, quantifiable, isolé en culture = adapté à la réplication chez
l’Homme
Pas de problème diagnostique majeur = virus silencieux sur un plan
épidémiologique ?
Importance d’explorer les cas inhabituels de dépistage
Nouveau groupe VIH-1 P
1er cas décrit d’un VIH dérivé de SIV retrouvé chez le Gorille
Chimpanzé n’est pas le seul réservoir pour le VIH-1 = dynamique
d’événements de franchissement de barrière d’espèces
Pas de lien avec viande de brousse ou de contact avec primates non
humains = pas de transmission directe du gorille à la patiente
Pas d’autres cas dans la famille (Mari décédé en 1984, 6 enfants non
infectés)
= en faveur d’une lignée humaine circulante (récente ou en extinction ?)
Patiente sous traitement depuis 6 mois : choix en fonction de la
résistance naturelle à 3 molécules
= très bonne réponse virologique et immunitaire
• Merci de votre attention