Présentation de Malick Diouara
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Diversité génétique du VIH-1 et ses implications Abou Abdallah Malick DIOUARA, PhD 28Mars2017 1 Axes et intérêts de recherches (1)RésistanceduVIH-1auxAn6rétroviraux (2)Dynamiquespa6o-temporelledessouches duVIH-1 HIVepidemicandresponsees6mates, globalandbyregion,2010and2015 People living with HIV (all ages) Global Asia and Pacific Eastern and southern Africa Eastern Europe and Central Asia Latin America and the Caribbean Middle East and North Africa Western and central Africa Western and central Europe and North America Sources:GARPR2016;UNAIDS2016es6mates. New HIV infections (all ages) NumberofpeoplelivingwithHIV onan6retroviraltherapy,global, 2010–2015 2015 target within the 2011 United Nations Political Declaration on HIV and AIDS Sources:GlobalAIDSResponseProgressRepor6ng(GARPR)2016;UNAIDS2016es6mates. An6retroviraltherapycoverageamongpeople livingwithHIV,byregion,2010–2015 Middle East and North Africa Sources:GARPR2016;UNAIDS2016es6mates. Eastern Europe and central Asia Western and central Africa Asia and Pacific Eastern and southern Africa Latin America and the Caribbean Western and central Europe and North America An6retroviraltherapycoverageandnumberof AIDS-relateddeaths,global,2000–2015 Sources:GARPR2016;UNAIDS2016es6mates. Distribu6onofnewHIVinfec6ons amongpopula6ongroups,byregion,2014 Methodological note: Estimated Source:UNAIDSspecialanalysis,2016. numbers of new HIV infections by key population were compiled from country Spectrum files submitted in 2015 to UNAIDS (2014 data), available modes-oftransmission studies and additional sources of data drawn from GARPR reports. Where data were lacking, regional medians were calculated from available data and applied to countries’ populations. Défis de recherches Multiples….. un seul objectif ² Stratégies de prévention ciblées et plus adaptées ² Traitement et suivi des personnes atteintes ² Pérennisations des acquis ² Développement de nouveaux médicaments et de vaccins !!!! Eradication de la pandémie !!!! 8 Rappels sur le VIH/SIDA 9 VIH: Définition et classification ² Famille = Retroviridae ² Sous-famille = Orthoretrovirinae – 7 genres ² Genre Lentivirus ü Virus à ARN avec transcriptase inverse ü Maladies à longue période de latence ² Sous-genre lentivirus des primates – Primates non humains = VIS ou SIV – Homme = VIH ou HIV (VIH-1 et VIH-2) 10 VIH: Structure et Génome ² La particule virale ² Le génome 5’ 3’ 11 VIH: Diversité génétique ² Types (VIH-1 & 2) ² VIH-1 : Groupes (M,N, O et P) M (major) : >95% des souches ² Sous-types (A–D, F-H, J-K) ² Sous Sous-Types (A1, A2 etc.) ² CRFs (plus de 70 décrits) ² URFs ++++ 12 Méthodes d’études de la diversité génétique ① Détermina,ondetypesviraux ② Détermina,ondesous-types Techniquesdesérotypage Techniquesmoléculaires+++ ü Détec,ondeVIH-1etVIH-2 ü MHAmul,hybridiza,onassay ü Séquençage ü Détec,onVIH-1groupeN,O Approches et Méthodes d’analyses phylogénétiques nombreuses 13 Causes de la diversité génétique ① Facteursintrinsèquesauvirus ② Lapressiondesélec,on ü Tauxdemuta,onsélevées ü Facteurscellulairesetimmunitaires ü Recombinaisongéné,que ü TraitementARV ③ Origines multiples des lignées virales ü VIH-1 : 4 Groupes (M, N, O et P) apparenté aux SIVcpz et SIVgor ü VIH-2 : 9 Groupes (A à I) proches des SIVsmm 14 Recombinaison génétique Phénomène de coinfection et/ou super-infection - au moins 2 virus génétiquement différents - survient au moins à la suite de 2 cycles de réplication Les ARNs X et Y sont rétrotranscrit en une mosaïque d’ADN comme la TI fait de saut d’un brin à l’autre VIH soustype X Cellule hôte Segments d’ADN des virus X et Y intégrés dans le génome cellulaire Intégration de la mosaïque d’ADN dans le génome cellulaire Noyau VIH soustype Y Assemblage des brins d’ARNs X et Y dans un même virion Mosaïque d’ADN XY transcrit en ARN et protéines aboutissant à la forme recombinante Origine simienne des VIH Adapté de Sharp PM et coll, 2011 ; Cold Spring Harb Perspect Med Origine simienne des VIH § Superposition géographique Peeters et al Expert Rev. Anti infect. Ther. 11(9), (2013) Origine simienne des VIH § Superposition géographique D’arc M. et al CROI 2013 (VIH-1 group P), CROI 2014 (VIH-1 group O) Origine simienne des VIH § Adaptation – Origines multiples • VIH-1 è 4 Groupes ó 4 franchissements de la barrière d’espèce • VIH-2 è 9 sous-types (A-I) ó 9 franchissements – Facteurs génétique liés aux Virus – Facteurs antiviraux cellulaires de l’hôte • SAMHD1, APOBEC3, Tétherine – Pressions de sélection positive • Sélection naturelle de virus résistant au système immunitaire Périodes probables du franchissement (SIVèVIH) ! Beaucoupd’hypothèses • Originegéographiquedelapandémie • Datededissémina6ondesviruschezlesHumains ! PourquoietcommentleVIH-1groupeMaconnuune expansionmondiale? • Dissémina6onprécoce?? • Pourquoilaprédominancedecertainssous-types Ex:CetB? Périodes probables du franchissement (SIVèVIH) ! Deuxhypothèseslargementacceptées: • Urbanisa6on • Facteursgéné6quesduvirus(adapta6ondugène Vpu) ! Fondementsdeshypothèsesetétatactueldes connaissances • Méthodessta6s6ques • Analysephylogéographiques Périodes probables du franchissement (SIVèVIH) ! Analysesérologique SérothèqueAfriquedel’OuestetduCentre VIH-1/Men1959(ZhuTetal1998)VIH-1/Oen1963 ! Analysemoléculaire Horlogemoléculaire EsRmaRondébutdedivergencechezlapopulaRonhumaine - 1930pourVIH-1 - 1940pourVIH-2 ! Transmissionsontlieubienavantcesdates LocalisaRonl’épicentre:Kinshasa(Fariaetal2014,Science) NunoR.Faria,etalScience2014 VIH: Epidémiologie moléculaire - Distribution hétérogène des souches - Prédominance du sous-type C - Variation des Prévalences régionales 24 Adapté de Hemelaar et al 2011 ; Aids (I) et Santos et al 2010 ; Viruses (II) Cartographie des souches recombinantes (CRF) Hemelaar J. 2013 ; Journal of infection Diversité génétique et Implications Impacts directs sur plusieurs aspects de la prise en charge Résistance Pathogénicité Développement de vaccin et transmission Diagnostic Diversité génétique du VIH Progression de la maladie Charge Virale Rewiew:HemelarJ.2013,Journalofinfec<on Réponse au Traitement ARV Echappement à la réponse immunitaire 26 Outils de classification et Approches • Approche phylogénétique • Alignement préalable contre un jeu de séquences de références • Pour le HIV-1, seulement les séquences pol Outils de classification et Approches • Approche phylogénétique • Réalignement préalable sur le jeu de séquences de références • Toute séquence du génome du VIH Outils de classification et Approches • Approche nécessitant pas un alignement préalable • Toute séquence du génome du VIH Outils de classification et Approches • Approche nécessitant pas un alignement préalable • Toute séquence du génome du VIH Mercipourvotreaaen6on
