Etablir des relations de parenté 1) Le logiciel phylogène permet de comparer les structures communes des espèces de vertébrés. Ces structures traduisent une ressemblance entre les espèces de vertébrés : on dit quelles sont homologues : héritées d’un ancêtre commun . Exemple : l’organe locomoteur présente le même plan d’organisation : c’est une structure homologue. Exemple : les annexes embryonnaires = structures embryonnaires situées en dehors de l’embryon qui assurent la protection ou permettent les échanges entre l’embryon et son milieu. Chez les vertébrés, on distingue plusieurs annexes embryonnaires : allantoïde ( rôles : respiratoire, digestif, excrétion), l’amnios ( poche des eaux , protection), le placenta ( rôles : respiratoire, digestif, excrétion), le sac vitellin ( rôle nutritif) ces organes se mettent en place à des stades précoces du développement. 2) Cependant ces structures présentent des caractères qui ont des états différents selon les espèces : Exemple : le caractère placenta peut être absent ou présent = 2 états Exemple : le membre antérieur présente une main avec des doigts ou des rayons osseux 3) On dit que l’état est dérivé lorsqu’il présent chez les êtres vivants apparus le plus récemment au cours de l’évolution ; l’autre état est dit primitif. l’état dérivé est indiqué :1 l’état ancestral ou primitif est indiqué :0 Exemple : le caractère placenta est apparu chez les mammifères , alors que tous les autres groupes ne le possède pas , les mammifères sont apparus après les poissons et les anoures dont la présence du placenta est un état dérivé(1). Exemple : la main avec des doigts est présente chez les grenouilles, les oiseaux et les mammifères mais absente chez les poissons qui sont apparus avant, dont la présence d’un main est l’état dérivé du caractère(1), les rayons osseux représente l’état ancestral du caractère(0). 4) Un caractère est déterminé génétiquement , cela signifie qu’au cours de l’évolution, le caractère présentant l’état primitif s’est transformé grâce à une innovation génétique responsable de l’état dérivé du caractère. Exemple : une innovation génétique a permis la formation d’une main avec des doigts à la place d’une nageoire avec des rayons osseux Toutes les espèces qui partagent l’état dérivé d’un caractère sont parentes et présentent un ancêtre commun hypothétique. 5) On construit l’arbre phylogénétique qui représente les relations de parenté à partir du partage des états dérivés des caractères : Exemple : les deux espèces qui présentent le plus d’états dérivés des caractères en commun ont un ancêtre commun hypothétique le plus proche.