en tête DEA

Master Ecosciences, Microbiologie
Parcours Recherche « Ecologie Microbienne »
Bâtiment Dubois – 2ème étage
Université Claude Bernard Lyon 1
69622 – VILLEURBANNE CEDEX
Tel : 04 72 43 13 77
E-mail : [email protected]
http://spiral.univ-lyon1.fr/Files_m/M5298/WEB/EcologieMicrobienne.htm
PROPOSITION SUJET de MASTER 2014-2015
TITRE : Capacité des souches de Pseudomonas syringae à survivre à un choc électrique et à acquérir de
l’ADN.
Nom, Prénom du Maitre de Stage :
Qualité :
Ingénieur de recherche
Téléphone :
04 72 18 64 94
DEMANECHE Sandrine
E-mail : [email protected]
Laboratoire d’accueil, Responsable et équipe : Laboratoire Ampère, G. Clerc, équipe GME
Adresse :
36 avenue Guy de Collongues 69134 Ecully
Nom du candidat éventuellement proposé :
S'il n'est pas retenu, acceptez-vous un autre candidat ?
Oui - Non
Description du sujet au verso

Sujet (objectif, démarche et technique, collaboration(s),...) :
Pour diversifier leur matériel génétique, s’adapter aux perturbations environnementales et coloniser de
nouvelles niches, les bactéries utilisent plusieurs processus évolutifs dont l’acquisition de matériel
génétique par transfert horizontal de gènes comme la conjugaison, la transduction et la transformation.
À ces trois mécanismes naturels s’ajoute l’électrotransformation due aux phénomènes électriques liés à
la décharge de foudre durant les orages. La présence dans les nuages de bactéries aérosolisées capables
de former des noyaux de glaces à l’origine des précipitations et impliquées dans le déclenchement de la
foudre, telles que la bactérie phytopathogène à répartition mondiale Pseudomonas syringae, nous a
conduit à proposer que l’électrotransformation naturelle dans les nuages pouvait affecter ces bactéries,
contribuant ainsi à augmenter leur potentiel adaptatif.
Des souches de P. syringae ont été isolées à partir de divers environnements. L’objectif de ce stage sera
d’étudier l’électrocompétence de ces souches afin d’établir un lien avec leurs propriétés biologiques. Il
faudra déterminer si ces souches ont des propriétés glaçogènes (c’est-à-dire qu’elles permettent à l’eau
de congeler à plus haute température). Il faudra aussi évaluer l’impact d’électroporations simulant les
décharges de foudre sur la survie et le potentiel d’électrotransformation de ces souches en milieux
liquide et glacé. La stabilité et la comparaison de leur génome pourront également être étudiées.
Les techniques utilisées seront la culture bactérienne (préparation de cellules électrocompétentes,
dénombrement, résistance aux antibiotiques…), l’électroporation, les amplifications par PCR (box PCR et
vérification des transformants), la détermination de la capacité glaçogène et la comparaison
bioinformatique des génomes.
Ce sujet sera réalisé en collaboration avec Cindy MORRIS, directrice de recherche à l’INRA d’Avignon.