Alimentation et santé : le rôle du microbiote du tube digestif INRA - CENTRE DE RECHERCHE DE JOUY-EN-JOSAS Microbiologie de l'Alimentation au service de la Santé (MICALIS) INRA Domaine de Vilvert 78352 JOUY-EN-JOSAS CEDEX © INRA - 6HSWHPEUH +33 (0) 1 34 65 21 21 INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE 147 rue de l’Université • 75338 Paris Cedex 07 Tél : + 33(0)1 42 75 90 00 • Fax : + 33(0)1 47 05 99 66 • Courriel : [email protected] www.inra.fr NOS BACTÉRIES ET NOUS La métagénomique : A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T le rôle du microbiote* du tube digestif une nouvelle méthode d’exploration du vivant Le rôle des bactéries dans notre tube digestif Le tube digestif de l’homme renferme un abondant microbiote, résident ou en transit avec l’aliment, estimé à environ 100 000 milliards de bactéries. Ce microbiote complexe interagit avec l’environnement digestif et participe pour une large part aux fonctions digestives et physiologiques générales de l’organisme. Les interactions entre l’individu, le microbiote de son tube digestif et son alimentation agissent, au final, sur sa santé. Les objectifs des recherches de l’Inra sont notamment de contribuer à la définition d’une nutrition préventive favorable à la bonne santé. Notre tube digestif héberge 10 à 100 fois plus de cellules microbiennes que nous n’avons de cellules humaines dans notre corps ! Seulement 20 % à 30 % de ces micro-organismes sont connus. Une nouvelle approche scientifique, la « métagénomique », ouvre actuellement des perspectives « révolutionnaires » en terme de connaissance du vivant. L’Inra l’applique à la connaissance du cortège microbien que nous hébergeons. DÉGRADATION DES FIBRES Mieux connaître les microorganismes du tube digestif DÉTOXIFICATION Chaque individu héberge un microbiote digestif qui lui est propre. Cependant, on s’attend à une forte redondance fonctionnelle entre les différentes espèces de microorganismes de ce microbiote puisqu’il intervient dans les grandes fonctions immunitaires et physiologiques. bactéries n t Les 2 microorganismes du yaourt : - en bâtonnets : Lactobacillus bulgaricus - en chaîne : Streptococcus thermophilus Chaque individu héberge un microbiote digestif qui lui est propre et dans lequel les microorganismes dominants restent stables au cours du temps. Il se met en place progressivement lors des deux premières années de la vie et ne recommence à évoluer et à se complexifier qu’au cours du vieillissement. Seuls des épisodes pathologiques ou la prise d’antibiotiques perturbent momentanément son équilibre. STIMULATION IMMUNITAIRE PRODUCTION DE VITAMINES Ces bactéries sont nécessaires à la bonne santé et au bien-être de l’homme DU TUBE DIGESTIF AUX GÈNES BACTÉRIENS E N V I R O N N E M E N T Le métagénome est l’ensemble des génomes des bactéries de notre tube digestif bactérie L’apport de la métagénomique A ce jour, seulement 20 à 30 % des bactéries de l’écosystème digestif peuvent être étudiés car celles-ci sont cultivables. L’utilisation récente d’approches moléculaires ne nécessitant pas de culture est en passe de bouleverser totalement notre vision de l’écosystème digestif humain. C C A G G T Effets bénéfiques des probiotiques alimentaires n flore humaine cultivée en boîte de pétri n Effet sur le « mieux être » - amélioration du confort digestif par la digestion du lactose contenu dans le lait de vache et par la facilitation du transit intestinal - effet sur les défenses « naturelles » mettant en jeu le système immunitaire épithélium et flore intestinale DES MILLIARDS DE BACTÉRIES DANS NOTRE INTESTIN © * Ensemble des bactéries hébergées dans notre intestin, auparavant appelé microflore Dans 1g de contenu intestinal nous trouvons 100 milliards de bactéries INRA - conception graphique : agence L’attitude 49 double hélice ADN n Effet de ré-équilibrage de la flore intestinale - souvent mentionné mais pas vraiment démontré chez l’homme Des résultats récents suggèrent des liens entre les microorganismes du tube digestif et diverses maladies (obésité, maladies inflammatoires du tube digestif, troubles fonctionnels intestinaux) tandis que d’autres travaux démontrent le rôle protecteur de certaines bactéries intestinales. Ces données soulignent l’importance des recherches sur la connaissance des relations mutualistes entre l’hôte, son alimentation et son microbiote. Les recherches ont pour but de : • connaître la composition du microbiote et ses fonctions chez l’homme sain aux différents âges de la vie • comprendre les modifications du microbiote et leurs liens avec des maladies • mieux identifier les facteurs nutritionnels favorables au bien-être et à la santé et favoriser leur biodisponibilité A L I M E N TAT I O N Certains de nos aliments contiennent des bactéries qui leur confèrent une action favorable sur notre santé. Ces bactéries sont des probiotiques. Les recherches visent à identifier les facteurs nutritionnels dont les effets bénéfiques sont liés au microbiote digestif et à expliquer les mécanismes favorables au bien-être et à la santé humaine. L’objectif est d’obtenir des aliments encore plus performants en terme de santé. n Les effets dépendent des souches microbiennes et des aliments qui les contiennent. Toute généralisation est abusive. Epithélium colique et flore intestinale A G R I C U LT U R E Les microorganismes ingérés par le biais des aliments n Effets de type « médical » - sur certaines manifestations de l’allergie - sur les diarrhées infectieuses - sur certaines maladies digestives et leurs récidives n © t Lactobacillus casei t Au-delà de leurs fonctions digestives et physiologiques, ils interviennent aussi sur la maturation du système immunitaire et la protection contre les microorganismes pathogènes en jouant un rôle de barrière. INRA - conception graphique : agence L’attitude 49 Les microorganismes de notre tube digestif Les outils moléculaires développés à l’Inra permettent d’étudier le métagénome de l’écosystème digestif, c’est-à-dire l’ensemble des génomes des microorganismes dominants présents dans ce milieu. Les bactéries sont caractérisées à partir de leur ADN. On obtient ainsi un inventaire de la diversité des bactéries et on accède également aux fonctions associées aux espèces dominantes présentes dans l’écosystème étudié. t Alimentation et santé : Chargement d’un gel d’agarose permettant l’examen de fragments d’ADN par électrophorèse Ces recherches auront des retombées importantes : - recommandations nutritionnelles pour préserver la santé et le bien-être - nouvelles approches thérapeutiques - production de composés actifs nouveaux dont des enzymes ou des antimicrobiens (antiviraux, antibactériens) Sachant que 70 % des antibiotiques actuels sont produits par moins de 1 % des bactéries cultivables répertoriées, une connaissance approfondie du monde microbien (tous milieux confondus) ouvre d’extraordinaires perspectives pour la découverte de composés actifs d’intérêt pour l’homme. Notamment dans les domaines de l’environnement, de la nutrition et de la thérapeutique.