Introduction à BioPython et à la Programmation Web Responsable [email protected] 01 64 85 35 55 Intervenants : Claudine Devauchelle MCU UEVE Franck Samson IR INRA Objectifs de l’enseignement : L’enseignement proposé vise à montrer les possibilités de BioPython pour analyser les fichiers produits par la biologie à large échelle, ainsi que quelques notions de programmation Web pour la mise à disposition du plus grand nombre des résultats produits par les études génomiques ou autre. Cet enseignement laissera une large part aux exercices pratiques en illustration du cours (avec manipulation de fichiers de données génomiques : séquences, annotations, sorties blast …). Dates : du 21 au 25 mai 2012. Programme : - Un petit tour d'horizon : BioPython pour quoi faire ? - Les objets Sequences ou comment BioPython traite des séquences : traduction, transcription, séquence reverse complémentaire... - Les objets Sequences Record pour jouer avec les fichiers de séquences biologiques. - Comment lancer BLAST automatiquement et récupérer l'information intéressante dans les résultats retournés. - Mettre en place une interface Web. Les notions de HTML, CSS et Javascript seront abordées, pour plus de convivialité de vos pages. - Programmation d'une interface web en python (pages dynamiques) - Comment interfacer une base de données au web en utilisant python (consultation du contenu, modification et insertion de nouvelles données dans la base au travers du web) Bibliographie : Biopython Tutorial et Cookbook : http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html