UR454 Unité de Microbiologie, INRA Clermont-Ferrand-Theix Directeur de thèse : Evelyne FORANO (DR2) [email protected] Fibrolyse et dynamique des populations bacteriennes fibrolytiques dans le colon humain. Une des principales fonctions du microbiote colique est de dégrader puis fermenter les fibres alimentaires, correspondant à la fraction des aliments non digérée dans la partie haute du tube digestif. Essentiellement d’origine végétale, elles sont constituées de polyosides complexes (cellulose, hémicelluloses, amidon …) et sont retrouvées dans les fruits, les légumes ou les céréales que nous consommons. L’apport de ces composés dans l’alimentation a de nombreux effets bénéfiques en santé humaine (prévention de différentes pathologies…) et pourtant, peu de données sont actuellement disponibles sur le métabolisme des fibres alimentaires par les microorganismes du côlon chez l’homme. L’objectif de la thèse sera d’approfondir les connaissances sur le métabolisme des fibres par les bactéries coliques, mais aussi d’évaluer l’impact de la nature des fibres consommées sur ce métabolisme et les répercussions possibles sur la santé de l’homme. Le potentiel hydrolytique d’une espèce xylanolytique prédominante dans le colon, Bacteroides xylanisolvens est actuellement évalué in vitro (approches transcriptomiques et protéomiques) en faisant varier la nature des fibres dégradées par la bactérie. L’impact des interactions avec d’autres espèces fibrolytiques ou avec d’autres groupes fonctionnels sur l’expression du potentiel hydrolytique de cette bactérie sera étudié in vitro, puis in vivo chez un modèle expérimental de rats à flore contrôlée. En parallèle, la réponse des communautés fibrolytiques à l’alimentation (différentes sources de fibres) sera suivie à l’échelle du microbiote chez des rats à flore humaine et/ou chez l’homme sain ou en situation pathologique. Mirande et al 2010. Dietary fibre degradation and fermentation by two xylanolytic bacteria Bacteroides xylanisolvens XB1AT and Roseburia intestinalis XB6B4 from the human intestine. J Appl Microbiol.109(2):451-460. Mirande et al 2010. Characterization of Xyn10A, a highly active xylanase from the human gut bacterium Bacteroides xylanisolvens XB1A. Appl. Microbiol. Biotechnol. 87(6):2097-2105.