Lieu : Carry-le-Rouet (13) Dates : 12-14 décembre 2006 Coûts FORMASCIENCES Personnels INRA (y compris doctorants) : frais pédagogiques et d'hébergement pris en charge à hauteur de 65% par la formation permanente nationale INRA et 35% par le programme agroBI et les DS APA et PPV ; seuls les frais de transport sont à la charge des unités. 1 2 AGENAE et agroBI Autres : (Nous faire parvenir un bon de commande) participation aux frais de séjour et pédagogiques : 400 € Personnels non INRA rattachés à une UMR INRA ; 600€ Personnels Universités, autres EPST, et partenaires AGENAE ; 1000 € autres. LA PHYLOGENOMIQUE : UNE AIDE A L’ETUDE Comité d’organisation DES GRANDES FONCTIONS DU VIVANT Comité scientifique : M. Douaire ([email protected]), C. Christophe ([email protected]), P. Monget ([email protected]), F. Martin ([email protected]), P. Pontarotti ([email protected]) ECOLE-CHERCHEURS : Ingénierie de formation : Sandra Desaint-Arrault ([email protected]) Dany Hoch ([email protected]) 12-14 DECEMBRE 2006, CARRY-LE-ROUET (13) Modalités d'inscription La fiche de pré-inscription est disponible sur les 2 sites : http://www.inra.fr/agroBI/forma.html http://www.inra.fr/agenae/formations.html avec le soutien des Directions Scientifiques : APA (Animal et Produits Animaux) et PPV (Plantes et Produits du Végétal) ou sur demande par mèl à : [email protected] (02 40 67 52 00). La date limite d'inscription est fixée au 22 septembre. Le nombre de places étant limité (100 personnes), le comité d’organisation se laisse la possibilité de sélectionner les participants en fonction des renseignements portés sur la fiche de pré-inscription. 1 http://www.inra.fr/agenae 2 http://www.inra.fr/agroBI Contexte et enjeux Les méthodes de la génomique permettent d’obtenir en masse des données relatives aux génomes (structure et expression). Les connaissances nouvelles qui en résultent découlent de la pertinence des interprétations qui en sont faites. Une des voies ouvertes est de tirer partie des comparaisons entre espèces pour inférer des structures et des fonctions de génomes et gènes d’espèces peu connues à partir d’espèces mieux connues. Classiquement, les comparaisons de séquences nucléiques ou protéiques servent de fondement à cette inférence biologique. Les méthodes de la phylogénomique permettent de dresser l’histoire évolutive des génomes et des gènes qui les constituent en identifiant les conservations et les changements de structures et de fonctions au cours de l’évolution des espèces. L’intégration de l’ensemble de ces méthodes permet d’améliorer l’interprétation biologique des données de la génomique, en particulier dans le domaine de l’analyse des grandes fonctions du vivant. Objectifs de l’école Les objectifs de l’école-chercheurs sont de proposer aux chercheurs une formation de qualité en phylogénomique leur permettant : d’acquérir du vocabulaire et des concepts de base en phylogénie d’identifier les contributions de la phylogénomique à l’étude des grandes fonctions biologiques de découvrir des outils et méthodes de phylogénomique de favoriser les collaborations entre chercheurs des différentes disciplines Public L’école-chercheurs vise en priorité les scientifiques de tous les départements INRA souhaitant utiliser la phylogénomique dans leur propre discipline. L’école est également ouverte aux chercheurs d’autres organismes. Programme prévisionnel de l’école 1. Les concepts de base : pour découvrir la phylogénomique, avec des exemples d’apports à l’annotation des génomes Histoire et épistomologie de l'arbre de la vie : P.H. Gouyon (Museum Paris) La phylogénie, ses concepts et ses applications à la génomique : V. Laudet (ENS Lyon) Les concepts de l’évolution pour l’annotation des génomes : P. Pontarotti (CNRS Marseille) Exemples : apports de la phylogénomique à l’annotation des génomes : F. Martin (INRA Nancy), P. Monget (INRA Tours), P. Simonet (CNRS Lyon) 2. Les outils et méthodes de la phylogénie : pour connaître les concepts et la philosophie des outils et méthodes utilisés L'alignement de séquences : O. Poch (CNRS Strasbourg) Les modèles de reconstruction phylogénomique : M. Gouy (CNRS Lyon) Algorithmes: O. Gascuel (CNRS Montpellier) Detection de changements fonctionnels : N. Galtier (CNRS Montpellier) 3. La gestion de la connaissance : pour mieux comprendre les données phylogénomiques et leurs structures Annotation des génomes et réalité biologique (qualité des données) : P. Rouzé (INRA Gand) Ontologies et annotation : C.Froidevaux (CNRS Orsay) Une revue des sites nationaux/internationaux : JL Risler (CNRS Evry) Exemples de sites nationaux : T. Faraut (INRA Toulouse), G. Perrière (CNRS Lyon), … 4. De l’arbre à l’annotation fonctionnelle : pour découvrir comment la phylogénomique contribue à la compréhension des génomes Régions codantes : P. Coutinho (Univ. Aix-Marseille), E. Danchin (CNRS Marseille), J.-P. Jacquot (Univ. Nancy1), A. Levasseur (INRA MArseille), J. Reboul (INSERM Marseille) Régions non codantes : E. Bonnet (Univ. Gand), M.-J. Daboussi (CNRS Orsay), J. Imbert (INSERM Marseille) 5. Conclusion et perspectives