Rapport de stage de Master 2 Océanographie, spécialité Biologie Ecologie Marine Institut Méditerranéen d’Océanologie Aix- Marseille Université Campus de Luminy – case 901 13288 Marseille Cedex 9 ANALYSE GENETIQUE DES BALEINES A BOSSE (MEGAPTERA NOVAEANGLIAE) DE MADAGASCAR ©Bryce Groark Loriane MENDEZ Janvier - Juin 2013 Encadrants : Jean-Luc Jung et Eléonore Méheust Laboratoire BioGeMME (Biologie et Génétique des Mammifères Marins dans leur Environnement) Université de Bretagne Occidentale 29200 Brest SOMMAIRE Remerciements ............................................................................................................................ 3 Introduction ................................................................................................................................. 4 Matériel et méthodes ................................................................................................................... 9 Collecte des prélèvements .................................................................................................................. 9 Extraction de l'ADN ........................................................................................................................... 11 Sexage moléculaire ........................................................................................................................... 11 Amplification et séquençage de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial .............................. 12 Analyse du polymorphisme de la région de contrôle de l’ADN mitochondrial ................................ 13 Amplification des microsatellites ...................................................................................................... 14 Analyse du polymorphisme des microsatellites ............................................................................... 15 Mise en relation avec les formations sociales .................................................................................. 15 Résultats .................................................................................................................................... 16 Echantillonnage................................................................................................................................. 16 Extraction de l'ADN ........................................................................................................................... 16 Sexage moléculaire ........................................................................................................................... 16 Polymorphisme de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial ................................................... 17 Polymorphisme des microsatellites .................................................................................................. 21 Mise en relation avec les formations sociales .................................................................................. 22 Contrôles qualité expérimentaux ..................................................................................................... 23 Discussion .................................................................................................................................. 25 Echantillonnage................................................................................................................................. 25 Biais du sex-ratio en faveur des mâles.............................................................................................. 25 Diversité génétique élevée ............................................................................................................... 25 Structure génétique d'après la région de contrôle de l'ADN mitochondrial .................................... 27 Pas de structure génétique d'après les microsatellites .................................................................... 28 Fidélité au site de reproduction et flux de gènes ............................................................................. 29 Génétique et structure sociale.......................................................................................................... 30 Conclusion & Perspectives .......................................................................................................... 31 Bibliographie .............................................................................................................................. 33 Résumé ...................................................................................................................................... 38 Abstract ..................................................................................................................................... 38 REMERCIEMENTS Je tiens à remercier en tout premier lieu Jean-Luc Jung d'avoir eu foi en ma candidature pour intégrer l'équipe de recherche qu'il dirige. Ce stage m'a énormément appris et restera pour toujours un excellent souvenir. Merci à Eléonore, une personne pleine de qualités, qui m'a pris sous son aile à mon arrivée. Je remercie aussi Eric, roi des marsouins, qui s'est toujours montré disponible pendant la rédaction de sa thèse. Merci à François-Gilles pour les aspects statistiques. Cette étude fait partie d'un projet pluridisciplinaire intitulé BaoBab et mené par Olivier Adam (Centre de Neurosciences, CNRS-Université Paris Sud), auquel participent notamment Laurène Trudelle et JeanBenoit Charrassin (LOCEAN UMR 7159, MNHN Université Paris VI), Francois Xavier Mayer (association Cétamada, Madagascar) et Salvatore Cerchio et Howard Rosenbaum (Wildlife Conservation Society, NY, USA). Ce projet est basé sur des observations visuelles et acoustiques et des suivis par balise Argos. Toutes ces données sont complétées par des campagnes de prélèvements de biopsies afin de permettre des analyses de génétique, menées par le Laboratoire BioGeMME. Je remercie Olivier Adam, à la base du projet. Merci aussi à Laurène d'être venue une semaine au laboratoire afin de recouper les résultats génétiques avec les informations comportementales notées sur le terrain. Merci à l'association Cetamada et l'association SPM Frag'Iles pour les prélèvements. Merci à Joelle Creff, Cédric Le Maréchal et Claude Ferec de m'avoir accueillie pour les séquençages des microsatellites. Merci également à tous les enseignants de la licence "Biologie des Organismes et des Ecosystèmes" de Nice et du master "Biologie Ecologie Marine" de Marseille. Leurs cours ont renforcé jour après jour ma volonté de travailler dans la recherche en milieu marin. Une grande dédicace pour mes collègues stagiaires. Sabrina, je n'oublierai pas nos "tea time" ! Charlène, pour nos discussions "diététique et sport" et tout simplement pour ta présence et ton soutien pendant ces 5 mois. Et enfin Maeva, nouvelle source d'énergie et de bonne humeur pour la fin de mon stage ! Une énorme pensée pour toute ma famille. Merci infiniment aux personnes les plus exceptionnelles qu'il soit : mes parents, qui me soutiennent jour après jour et me permettent de poursuivre mes rêves. Enfin, merci à mon chéri. Mon parcours ne facilite pas notre relation et pourtant cette dernière est la plus belle que l'on puisse imaginer. INTRODUCTION Le taux d'extinction actuel des espèces excède largement celui constaté jusqu'alors dans l'histoire de l'évolution de la planète (Smith et al., 1993). On parle de "sixième extinction massive" (Leakey & Lewin, 1995). Contrairement aux extinctions précédentes, celle-ci est principalement due aux activités humaines (IUCN, 2012). Dans un contexte de préservation de la diversité biologique, l'étude de l'écologie des espèces est alors nécessaire à la mise en place de mesures de gestion adaptées pour leur conservation. Les études géographiques ciblées représentent des pièces du puzzle de la compréhension globale de l'écologie des espèces. Elles permettent de mieux comprendre certains mécanismes à fine échelle et facilitent la concentration des moyens, permettant le déploiement simultané de différentes approches scientifiques. La mise en perspective des données complémentaires les unes avec les autres favorise une meilleure interprétation et compréhension des résultats. La baleine à bosse Megaptera novaeangliae (Borowski, 1781) est une espèce de cétacés cosmopolite appartenant au sous-ordre des mysticètes et à la famille des Balaenopteridae (Gray, 1864). Elle mesure en moyenne 13 à 15 mètres de long (Chittleborough, 1965 ; Mikhalev, 1997) et se distingue par de longues nageoires pectorales, une coloration dorsale sombre, une face ventrale de la nageoire caudale propre à chaque individu et un chant très élaboré (Clapham, 2002). Le rostre et la mâchoire inférieure sont couverts de follicules pileux formant de petites protubérances. La baleine à bosse doit son nom à la manière dont elle arque le dos avant de plonger, en ne laissant apparaitre que la forme bossue de sa nageoire dorsale. Il s'agit d'une espèce très mobile qui effectue des migrations annuelles entre les hautes latitudes où elle se nourrit et les eaux tropicales et subtropicales où elle se reproduit et met bas (Mackintosh, 1942). Lors de ces migrations, elle parcourt des distances considérables pouvant atteindre plus de 8 000 kilomètres (Stone et al., 1990 ; Stevick et al., 2010). Il semble que les individus reviennent chaque année sur le site d'alimentation où ils se sont rendus la première année auprès de leur mère (Clapham & Mayo, 1987). Sur les sites d'alimentation, les individus semblent privilégier des hot-spots et sont observés seuls ou dans des petits groupes qui se forment et se dispersent rapidement (Whitehead, 1983 ; Weinrich & Kuhlberg, 1991). Des comportements de nourrissage collectif sont parfois observés (Sharpe, 2001). Sur les sites de reproduction, leur comportement est dirigé par un système reproducteur de type "polygynie" 4 (Clapham, 1996) où les mâles peuvent s'accoupler avec plusieurs femelles. Celles-ci donnent naissance à un baleineau tous les 2-3 ans (Chittleborough, 1958), généralement de pères différents (Clapham & Palsbøll, 1997). Les femelles ne migrent apparemment pas systématiquement chaque année vers les sites de reproduction (Craig & Herman, 1997). Il en résulte un sex-ratio en faveur des mâles, qui se retrouvent en compétition pour un accès aux femelles en nombre limité (Tyack & Whitehead, 1982). En période de reproduction, les baleines à bosse sont observées dans différents types de groupes pouvant aller de 2 individus (Mobley & Herman, 1985) à une dizaine d’individus. Les groupes de plus de 2 individus sont constitués d'une femelle (individu focal) et d'un ou plusieurs mâles qui peuvent entrer en compétition pour la femelle. L'escorte principale est le mâle le mieux placé auprès de la femelle et les autres sont les escortes secondaires, appelés challengeurs dès lors qu'ils essaient de prendre la place de l'escorte principale (Clapham et al., 1992). Toutes les associations (hormis celles des mères et de leur baleineau) sont temporaires (Mobley & Herman, 1985). Les baleines à bosse d'un hémisphère ne semblent pas se mélanger avec celles de l'autre hémisphère. Les individus de l'hémisphère sud se reproduisent dans les eaux tropicales pendant que ceux de l'hémisphère nord se nourrissent dans les hautes latitudes. La situation inverse est observée 6 mois plus tard avec le changement de saisons. On parle alors de "distribution antitropicale" (Davies, 1962). La chasse à la baleine durant le 20ème siècle a réduit la population mondiale de baleines à bosse à moins de 10 % de sa taille originale (Tønnessen & Johnsen, 1982). Au total, plus de 200 000 individus ont été tués dans l'hémisphère sud (Clapham & Baker, 2002). La Commission Baleinière Internationale (CBI), établie en 1948 afin de réglementer la chasse à la baleine, encouragea la chasse industrielle durant ses 30 premières années. Ce n'est qu'en 1966 que la baleine à bosse fut classée en tant qu'espèce protégée, à la demande de la CBI. En 1985, un moratoire international interdisant la chasse des grands cétacés à des fins commerciales fut mis en œuvre. La mise en place par la CBI en 1994 d'un sanctuaire baleinier sur 50 millions de km² autour de l’Antarctique s'est avérée d’une importance capitale pour le rétablissement des populations de baleines. En 2008, la baleine à bosse est passée de la catégorie "vulnérable" à celle de "préoccupation mineure" d'après l'évaluation de l'Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN), à l'exception des populations d’Océanie et du golfe Persique. Malgré un cycle de reproduction long, les baleines à bosse répondent positivement aux mesures de protection et à l'arrêt de la chasse, et la tendance de la population mondiale est en hausse (UICN, 2012). Cependant, la population mondiale est encore loin de ses effectifs initiaux et reste 5 menacée par la chasse dans certains secteurs (Stoett et al., 2011). Le Japon pratique une chasse très controversée dans le cadre de permis spéciaux pour la recherche scientifique. La Norvège et l'Islande chassent exclusivement au large de leurs côtes, et quelques populations continuent à pratiquer une chasse aborigène de subsistance. D'autres menaces pèsent sur l'espèce telles que la dégradation de l'habitat, dont les effets sont difficiles à quantifier, la pollution chimique et sonore, les captures accidentelles et les risques de collision avec les navires (Reeves et al., 2003). Dans l'hémisphère sud, la distribution des baleines à bosse sur leurs sites d'alimentation a donné lieu à la définition historique de 6 secteurs autour du pôle Sud (aires I à VI) basés sur les données de chasse (Tonnessen & Johnsen, 1982). Ces secteurs ont ensuite été repris par la CBI en tant qu'unités de gestion pour la chasse commerciale (Gambell, 1976). Les sites de reproduction de l'hémisphère sud ont été définis par la CBI en 7 stocks, nommés de A à G (IWC, 2007). Un huitième, le stock X, concerne la population de la mer d'Oman qui n'effectue pas de migration vers les eaux polaires pour se nourrir (Mikhalev, 1997). Certains sous-stocks ont également été définis. Le stock B au sud-est de l'Atlantique est ainsi divisé en 2 sous-régions B1 et B2 (Pomilla, 2005). Au sud-ouest de l'océan Indien, le stock C se divise en 3 sous-régions, définies d'après les données de captures historiques et les observations à terre et à bord de bateaux (Best et al., 1998) : C1 (côte est de l’Afrique du Sud au Mozambique), C2 (canal du Mozambique jusqu’à l’archipel des Comores) et la région C3 (eaux côtières de Madagascar) dont traite cette étude. La sous-région C4, incluant les îles Mascareignes et l'île de la Réunion, a récemment été proposée (Dulau-Drouot et al., 2011). De récentes recherches suggèrent une différenciation génétique entre le stock C1 et C3, contrairement au stock C2 et C3 (Rosenbaum et al., 2009). La recapture photographique et génétique d'individus échantillonnées à Mayotte (C2) et dans la baie d'Antongil à Madagascar (C3) suggère un échange important voire un chevauchement entre C2 et C3 (Ersts et al., 2006). D'autre part, un individu a été détecté la même année au niveau de la côte est de l'Afrique du Sud (C1) et la baie d'Antongil à Madagascar (C3) au cours de la même année (Pomilla, 2005), signifiant donc qu'il existe clairement des échanges qui n'ont pas encore été quantifiés. A l'échelle des stocks, les analyses génétiques ont montré que le stock B et C étaient différenciés mais que les populations pouvaient échanger 1 à 2 migrants par an (Rosenbaum et al., 2009). 6 Cette étude génétique des baleines à bosse de Madagascar fait partie d'un projet collaboratif et pluridisciplinaire. Les objectifs sont d'estimer la population de baleines à bosse fréquentant l'île de Sainte-Marie à Madagascar pendant la période de reproduction et de mise bas, de caractériser la structure de la population et les interactions sociales, et de déterminer la distribution et l’utilisation de leurs habitats. Des suivis par photo-identification ont pour but d’estimer des paramètres démographiques et d’obtenir des informations sur les déplacements des individus. L’utilisation d’hydrophones augmente l'efficacité de détection et de comptage à distance des baleines acoustiquement actives, et des suivis télémétriques par balises Argos ont pour rôle la mise en évidence des trajectoires des individus. Treize balises ont déjà été posées avec succès entre fin juillet et début août 2012 (Cerchio et al., 2013). L’ensemble des paramètres environnementaux disponibles le long des trajets ou associés aux observations visuelles est également utile pour expliquer la présence des baleines à bosse dans certains types d’habitats. En addition, toutes ces approches sont complétées par des campagnes de prélèvements de biopsies permettant la réalisation d'analyses génétiques à 2 niveaux. Un premier niveau consiste, en plus de déterminer le sexe des individus échantillonnés, à décrypter les éventuels liens familiaux entre les individus, notamment au sein des groupes, et à coupler l'identification génétique et la photo-identification. Un deuxième niveau a pour but d'analyser la diversité génétique des individus fréquentant le site étudié, de la comparer à plus grande échelle géographique et d'essayer d'estimer les liens avec les individus des sous-stocks et stocks voisins (Best et al., 1998 ; Rosenbaum et al., 2009). Les liens familiaux entre individus et la structure de la population peuvent être étudiés à l'aide de différents marqueurs génétiques tels que l'ADN mitochondrial et les microsatellites. L'ADN mitochondrial est une molécule double brin, circulaire, transmise uniquement par la mère et mesurant 16 298 paires de bases chez la baleine à bosse (Sasaki et al. ,2005). Son taux de mutation est 10 fois plus grand que celui de l'ADN nucléaire (Brown et al., 1979). En considérant les coûts nécessaires au séquençage du mitogénome complet et la volonté d'obtenir des données comparables entre études, la plupart des analyses se concentrent sur le séquençage de portions spécifiques relativement petites (Duchêne et al., 2011). La région de contrôle de l'ADN mitochondrial, également appelée "D-loop", est une région non-codante fortement variable chez la plupart des vertébrés, et représente un marqueur puissant pour décrire la structure génétique des lignées maternelles au sein des populations (Avise et al., 1987). De précédentes études ont montré que ce marqueur est généralement bien adapté aux questions de structure 7 de population chez les cétacés (Hoelzel & Dover, 1991 ; Baker et al., 1993 ; Alfonsi et al., 2012). Les microsatellites sont quant à eux des marqueurs nucléaires très variables correspondant à des successions en répétition directe de motifs de doublets, triplets ou quadruplets de nucléotides (Litt & Luty, 1989). Le nombre de répétitions à chaque locus est susceptible de changer à chaque réplication de l’ADN, avec une probabilité largement supérieure au taux moyen de mutation du génome (Litt & Luty, 1989). Les microsatellites sont particulièrement utiles pour détecter les faibles niveaux de variations génétiques et sont beaucoup utilisés chez les cétacés (Bourret et al., 2008). Chez la baleine à bosse, les microsatellites ont par exemple été utilisés lors de tests de paternité (Clapham & Palsbøll, 1997) ou pour élucider les stratégies de reproduction et les relations sociales (Pomilla & Rosenbaum, 2006). Ils ont également permis de révéler de nombreuses informations sur les individus du nord de l'océan Atlantique telles que l'estimation de leur abondance, leurs mouvements locaux et migratoires, ainsi que la présence d'échanges limités dans les sites d'alimentation et de mélanges dans les sites de reproduction (Palsbøll et al., 1997). Tandis que l'ADN mitochondrial est uniquement transmis par l'ascendance maternelle, les microsatellites, d'origine nucléaire, sont transmis par les 2 parents. Cette différence de transmission pouvant parfois mener à des conclusions complètement différentes, leur étude est donc d'intérêt complémentaire (Toews & Brelsford, 2012). L'objectif de mon stage était de mesurer la diversité génétique d'un échantillonnage typique de la population de baleines à bosse de Madagascar, de décrire sa structure génétique et d'essayer d'émettre des hypothèses sur la composition génétique des groupes sociaux. Pour cela, 67 prélèvements récoltés à Madagascar entre début juillet et début septembre 2012 ont été analysés : le sexe des individus a été déterminé, ainsi que les polymorphismes de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial et de 5 microsatellites. Les résultats ont ensuite été mis en relation avec les différentes formations sociales auxquelles les individus échantillonnés appartenaient. 8 MATERIEL ET METHODES Collecte des prélèvements Soixante-sept prélèvements de tissus de baleines à bosse (figure 1A) ont été prélevés lors d'une campagne de prélèvements réalisée de début juillet à début septembre 2012 dans le canal de l'île Sainte-Marie, situé au nord-est de Madagascar (figure 2). Cinquante-sept prélèvements sont des biopsies et 10 sont des squames. Les biopsies ont été réalisées à l’aide d’arbalètes Bamett Panzer 7 ou RC-150, équipées de flèches et d’embouts spéciaux (M8, 40 mm de longueur, 7 mm de diamètre) fabriqués par CETA-DART® (L. Trudelle, comm. pers.). La zone ciblée pour la biopsie est située sous la nageoire dorsale. Les squames sont des fragments de peau se détachant de l'animal lors d'un saut qui sont ensuite récupérés à l'aide d'une épuisette (figure 1B). Aucun prélèvement sur baleineau n'a été réalisé. Plusieurs informations ont été collectées pour chaque individu dont le sexe supposé d'après le comportement, le type de formation sociale auquel il appartenait et son rôle au sein de cette formation (tableau 1). Des clichés photographiques (face ventrale de la nageoire caudale et côtés gauche et droit de la nageoire dorsale) ont également été effectués afin d’obtenir une documentation complète pour chaque animal. A B ©Cetamada Figure 1. A) Echantillon de peau issu d'une biopsie. B) Prélèvement de squames. D'autre part, 5 biopsies de baleines à bosses de Saint-Pierre-et-Miquelon (archipel français d'Amérique du Nord) ont été fournies au laboratoire et ont permis d'intégrer un groupe extérieur (outgroup) dans l'étude. Ces biopsies ont été réalisées en 2012 dans le cadre d'un programme scientifique qui vise à étudier les différentes espèces de cétacés évoluant autour de Saint-Pierre-et-Miquelon. 9 Île Sainte -Marie Figure 2. Carte de la zone d'étude. Les prélèvements ont été réalisés dans le canal de l'île SainteMarie, au nord-est de Madagascar. Les cercles représentent la localisation géographique des prélèvements. Google Tableau 1. Nomenclature des formations sociales observées et des rôles des individus échantillonnés (d’après Tyack & Whitehead, 1982). L'individu focal est la femelle convoitée par les mâles d'un groupe compétitif. Le prétendant le mieux placé auprès de la femelle est appelé escorte principale, les autres sont les challengeurs. Types de formations sociales Groupe compétitif (GC) Mère - baleineau - escorte (MBE) Rôles des individus Individu focal (IF) Escorte principale (EP) Challengeur (C) Mère (M) Escorte (E) Mère - baleineau (MB) Mère (M) Paire d'adultes (PA) - Paire de juvéniles (PJ) - Adulte solitaire (AS) - Juvénile solitaire (JS) 10 Extraction de l'ADN Les prélèvements ont été conservés dans de l’éthanol absolu ou dans du DMSO 20 % saturé en sel jusqu’à leur analyse en laboratoire. Toutes les extractions ont été réalisées à l’aide du kit "DNeasy Blood & Tissue Kit" (QIAGEN®) selon le protocole standard. La qualité et la quantité de l’ADN extrait ont été vérifiées par électrophorèse sur gel d'agarose 2 % et coloration au bromure d’éthidium (Sambrook et al., 1989). Les gels ont été photographiés sous éclairage UV grâce à un Gel Doc 2000 (Biorad®) et le logiciel Quantity One (Biorad®). Les concentrations en ADN des solutions et les rapports A260/A280 ont été déterminés par spectrophotométrie grâce à un NanoDrop ND-1000® (NanoDrop Technologies®). Sexage moléculaire La détermination du sexe de chaque individu a été réalisée selon une méthode de sexage moléculaire dérivée de Jayasankar et al. (2008). Un fragment d’environ 225 pb du gène SRY ,spécifique du chromosome Y, est amplifié en parallèle dans une même PCR (réaction de polymérisation en chaine de l’ADN) avec un fragment de 445 pb des gènes ZFX et ZFY, présents respectivement sur les chromosomes X et Y. Ce dernier fragment sert de témoin du bon fonctionnement de la réaction, tandis que le fragment du gène SRY permet de déterminer le sexe : sa présence implique que le prélèvement provient d'un male et son absence indique que le prélèvement a été fait sur une femelle. Deux couples d'amorces ont été utilisés : SRYs (5'-CCCATGAACGCTTTCATTGTGTGG-3') / SRYas (5'-TCTTTGGCCTTCCGACGAGGTCGATA-3') et ZFX-ZFYs (5'-ACAACCACCTGGAGAGCCACAAGCT-3') / ZFX-ZFYas (5'-GCACTTCTTTGGTATCTGAGAAAGT-3'). Les amplifications ont été réalisées dans un volume final de 20 µL contenant environ 20 ng d'ADN, 5 pmole de chaque amorce, 1,5 mM de MgCl2, 200 µM de chaque dNTP et 0,4 unité de HotGoldStar DNA polymerase (Eurogentec®) dans le tampon standard de réaction. Les cycles de température sont les suivants : une dénaturation initiale à 95 °C pendant 10 min, suivie de 30 cycles constitués chacun de 3 étapes [dénaturation à 94 °C 45 sec, hybridation à 62 °C 45 sec, extension à 72 °C 1 min], puis une élongation finale à 72 °C pendant 10 min. Un témoin négatif où l'ADN a été remplacé par de l'eau a été inclus dans chaque PCR. Les amplicons ont été séparés par électrophorèse sur gel d’agarose 2 % et révélés au bromure d’éthidium. 11 Amplification et séquençage de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial Le couple d'amorces et les cycles PCR avaient été optimisés avant le début de mon stage. Le fragment amplifié entre les amorces, d'une taille de 650 paires de bases, correspond à la position 15 522 à 16 172 de l'ADN mitochondrial complet de la baleine à bosse (Sasaki et al., 2005 ; ref. Genbank : AP006467.1). Le couple d'amorces utilisé est L_Dlp1.5 (5'-ACCCAAAGCTGRARTTCTA-3') / H_Dlp8G (5'-GGAGTACTATGTCCTGTAACCA-3'), dérivé de Garrigue et al. (2004). Les amplifications ont été réalisées dans un volume final de 50 µL contenant environ 50 ng d'ADN, 50 pmole de chaque amorce, 2,5 mM de MgCl2, 200 µM de chaque dNTP et 1 unité de HotGoldStar DNA polymerase (Eurogentec®) dans le tampon standard de réaction. Les cycles de température sont les suivants : une dénaturation initiale à 95 °C pendant 10 min, suivie de 30 cycles constitués chacun de 3 étapes [dénaturation à 95 °C 1 min, hybridation à 58 °C 30 sec, extension à 72 °C 1 min], puis une extension finale à 72 °C pendant 10 min. Les réactions ont été réalisées dans un thermocycleur GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystem®). Un témoin négatif où l'ADN a été remplacé par de l'eau a été inclus dans chaque PCR. Les résultats des amplifications ont été contrôlés par électrophorèse sur gel d'agarose 2 % et coloration au bromure d’éthidium. Les fragments d'ADN amplifiés ont ensuite été purifiés à l’aide du kit "MinElute PCR Purification Kit" (Qiagen®) afin d’éliminer les amorces et autres réactifs résiduels de la PCR qui perturberaient la réaction de séquençage. La qualité et la quantité des extraits d'ADN ont été déterminées par spectrophotométrie grâce à un NanoDrop ND-1000® (NanoDrop Technologies®) et par électrophorèse sur gel d'agarose 2 %. Les 2 brins d'ADN des produits amplifiés et purifiés ont été séquencés par des prestataires (GATC® et Beckman Coulter®) sur un séquenceur ABI 3730xl® (Applied Biosystems®) ou un appareil similaire. Les chromatogrammes ont été analysés à l’aide du logiciel Sequence Scanner 1.0® (Applied Biosystems®). Chaque séquence a été vérifiée visuellement, éventuellement modifiée puis enregistrée en format FASTA. La séquence obtenue a ensuite été comparée avec les données contenues dans la base de données Genbank (accessible à www.ncbi.nlm.nih.gov) en utilisant l'outil BLAST® (Altschul et al., 1990), permettant notamment de confirmer l'espèce dont provient le prélèvement. Les séquences ont ensuite été alignées grâce au programme Clustal W (Thompson et al., 1994) intégré au logiciel BioEdit 7.0 (Hall, 1999). 12 Analyse du polymorphisme de la région de contrôle de l’ADN mitochondrial Le nombre de sites polymorphes (S), le nombre d’haplotypes (h), la diversité haplotypique (Hd) et la diversité nucléotidique (π) ont été déterminés grâce au logiciel DnaSP 5.10 (Librado & Rozas, 2009). Un haplotype correspond à une combinaison donnée de nucléotides constituant une séquence pouvant être commune à plusieurs individus. Plus la diversité haplotypique est élevée au sein de l’échantillonnage, plus il y a de chances d’observer des haplotypes différents lorsque l'on sélectionne 2 individus au hasard (Nei, 1987). La diversité nucléotidique mesure le nombre moyen de différences entre 2 séquences choisies aléatoirement dans l'échantillonnage (Nei & Li, 1979). Plus les séquences sont distantes en terme de nombres de sites polymorphiques les différenciant, plus la diversité nucléotidique sera élevée. En testant l'hypothèse de l'équilibre mutation-dérive, les tests de neutralité peuvent détecter un phénomène de sélection ou un écart à l'équilibre démographique de la population tel qu'un goulot d'étranglement ou une expansion de population. Les tests du D de Tajima (Tajima, 1989), de Fu & Li (Fu & Li, 1993) et du Fs de Fu (Fu, 1997) ont été effectués grâce à DnaSP 5.10. Les significativités ont été testées à l’aide de 10 000 simulations en coalescence sous l’hypothèse nulle d’équilibre et basées sur la valeur du paramètre mutationnel θ = 4Neμ (observée dans le jeu de données). Les relations entre les séquences des individus ont été représentées à l’aide d’un arbre réalisé grâce à la plateforme accessible sur www.phylogeny.fr (Dereeper et al., 2008 ; consulté en avril 2013) selon la méthode du maximum de vraisemblance à l’aide de l'algorithme du logiciel PhyML (Guindon & Gascuel, 2003). Une approche par parcimonie (Goloboff et al., 2008) et par neighbor-joining (Gascuel, 1998) ont également été testées pour vérifier la cohérence des résultats. L'arbre a été représenté à l'aide de TreeDyn (Chevenet et al., 2006) et sa robustesse a été testée à l’aide de 1 000 bootstraps (Felsenstein, 1985). Un réseau d’haplotypes a été construit grâce au logiciel Network 4.6. (disponible sur : www.fluxus-technology.com). Chaque cercle correspond à un haplotype et sa taille est proportionnelle à la fréquence de l’haplotype dans la population étudiée. La longueur des segments entre chaque haplotype est proportionnelle au nombre de mutations qui les sépare. 13 Les valeurs de différenciation génétique par paires de sous-populations hypothétiques calculées avec le paramètre FST (Wright, 1965) ainsi que les probabilités associées ont été estimées grâce au logiciel Arlequin 3.5 (Excoffier & Lischer, 2010). L’hypothèse nulle d’absence de différence génétique a été testée à l’aide de 10 000 permutations. Amplification des microsatellites Cinq microsatellites ont été utilisés dans le cadre de mon stage parmi 8 sélectionnés dans la littérature. GT023, GT053, G7575 sont des dinucléotides de séquence (GT) n et GATA053 et GATA417 sont des tétranucléotides de séquence (GATA)n. Les amorces ont été commandées chez Eurogentec®. Un fluorochrome a été ajouté en 5' aux amorces sens (6-FAM, HEX ou Dragonfly Orange). Les amorces sens avec fluorochrome ont été purifiées par le prestataire à l'aide de la méthode "HPLC", basée sur la différence d'interaction avec la matrice entre les amorces et les séquences tronquées plus petites. Les amorces anti-sens ont été purifiées à l'aide de la méthode "SePOP desalting", basée sur un processus de précipitation différentielle. Les amplifications ont été réalisées dans un volume final de 20 µL contenant environ 20 ng d'ADN, 20 pmole de chaque amorce, 2,5 mM de MgCl2, 200 µM de chaque dNTP et 0,4 unité de HotGoldStar DNA polymerase (Eurogentec®) dans le tampon standard de réaction. Les cycles de température sont les suivants : une dénaturation initiale à 95 °C pendant 10 min, suivie de X cycles constitués chacun de 3 étapes [dénaturation à 95 °C 30 sec, T °C d'hybridation 30 sec, extension à 72 °C 1 min], puis une extension finale à 72 °C pendant 30 min. Le nombre de cycles X et la température d'hybridation étaient de 30 cycles et 55 °C pour GT023, 35 cycles et 60 °C pour GT211, 30 cycles et 60 °C pour GT575, 29 cycles et 61 °C GATA053 et 33 cycles et 57 °C pour GATA417. Un témoin négatif sans ADN a été inclus dans chaque PCR. Après dilution au 1/18e dans de la formamide, les tailles des produits PCR fluorescents ont été déterminées grâce à un séquenceur à capillaire 3130 xl Genetic Analyser (Applied Biosystems®) au laboratoire INSERM U 613 (Brest) en présence d’un marqueur de taille fluorescent (GeneScan-500®). Les différents allèles ont été identifiés visuellement et caractérisés sur la base de leur taille en paires de base à l'aide du logiciel GeneMarker 2.4 (SoftGenetics®). 14 Analyse du polymorphisme des microsatellites Lorsque 2 prélèvements présentaient le même génotype pour tous les microsatellites analysés, la probabilité que cela soit du au hasard a été déterminée d'après la formule P = [ 2 f(A1) f(A2) ] x [ 2 f(B1) f(B2) ] x (...) x [ 2 f(N1) f(N2) ], avec f(N1) = la fréquence de l'allèle 1 au locus N. Le nombre moyen d’allèles par locus, l'hétérozygotie attendue (HE) sous les hypothèses d'Hardy-Weinberg (Nei, 1987) et observée (HO) ont été calculés avec le logiciel Genetix (Belkhir et al., 2004). La richesse allélique a été estimée avec FSTAT 2.9 (Goudet, 2001). La déviation par rapport aux proportions d’Hardy-Weinberg attendues dans une population panmictique a été évaluée grâce au calcul de FIS (Wright, 1969). FIS = 1 signifie la fixation complète d'un allèle, FIS < 1 = hétérozygotie excédentaire, FIS > 1 = homozygotie excédentaire (consanguinité) et FIS = 0 signifie que la population est à l'équilibre de Hardy-Weinberg. Les déséquilibres de liaison entre locus ont également été calculés à l'aide d'un test de 100 000 permutations intégré dans FSTAT 2.9. L'équilibre d'Hardy-Weinberg a été évalué à chaque locus avec Genepop 4.2 (Raymond & Rousset, 1995) à l'aide d'un test de probabilité basé sur la méthode de Monte-Carlo par chaînes de Markov (Guo & Thompson, 1992). Les niveaux de différenciation génétique entre sousgroupes ont été quantifiés avec l'estimateur de FST de Weir & Cockerham (1984) sur FSTAT 2.9. Un algorithme de groupement basé sur l'inférence bayésienne, mis en place dans le logiciel Structure 2.3 (Pritchard et al., 2000 ; Hubisz et al., 2009), a été utilisé pour chercher l’occurrence de groupes génétiques indépendants (K). Le nombre de groupes (K) a été testé de 1 à 5 ainsi que divers paramètres. Les résultats obtenus sont les probabilités a posteriori qu’un individu appartienne à chaque groupe. Le nombre de groupes K s’appliquant le mieux au jeu de données était celui pour lequel la probabilité postérieure LnP(D) était maximisée (Evanno et al., 2005). Mise en relation avec les formations sociales Les résultats génétiques obtenus ont été mis en relation avec le type de formations sociales auxquelles appartenaient les individus échantillonnés. L'arbre phylogénétique des individus, réalisé à partir des séquences de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial, a été mis en parallèle avec les différents groupes compétitifs échantillonnés dans le but de visualiser graphiquement si une proximité génétique existait entre les individus au sein d'un même groupe. Le test de Fischer a été utilisé afin de détecter une répartition des individus au sein de sous-groupes différente que celle attendue d'après le hasard. 15 RESULTATS Echantillonnage Soixante-sept prélèvements récoltés à Madagascar entre le début du mois de juillet et le début du mois de septembre 2012 ont été conservés dans l'alcool et transportés jusqu'au laboratoire BioGeMME à Brest pour les analyses. D'après les données de terrain, 2 individus ont été échantillonnés 2 fois. L'analyse génétique, notamment des microsatellites, a démontré avec une probabilité extrêmement forte l'existence de 5 autres doublons. Soixante individus ont donc été considérés tout au long des analyses. L'exploitation en parallèle de 5 biopsies de baleines à bosse provenant de Saint-Pierre-et-Miquelon a permis la comparaison avec un groupe éloigné géographiquement. Extraction de l'ADN Les extractions de l'ADN de 58 prélèvements avaient déjà été effectuées. L'extraction de l'ADN du reste des prélèvements, ainsi que ceux de Saint-Pierre-et-Miquelon, a donc été réalisée (14 prélèvements). Toutes les biopsies et squames ont permis d'extraire de l'ADN de qualité a priori équivalente mais en quantité très variable : 0,4 à 77,2 ng/µl dans 200 µl d'extrait total. Les concentrations les plus faibles correspondaient le plus souvent à des extractions à partir de squames. Au total, 72 extraits d'ADN génomiques ont été obtenus, correspondant à 60 individus de Madagascar (dont 7 en double) et à 5 individus de Saint-Pierre-et-Miquelon. Sexage moléculaire Le sexage moléculaire a pu être réalisé à partir de tous les extraits d'ADN. La figure 3 montre un résultat d'expérience typique. Après analyse, 51 prélèvements de Madagascar provenaient d'individus mâles (dont 6 doublons) et 16 d'individus femelles (1 doublon). En terme d'individus, 45 étaient des mâles et 15 des femelles, soit un sex-ratio de 3:1 en faveur des mâles. Concernant les 5 biopsies de Saint-Pierre-et-Miquelon, 2 provenaient de mâles et 3 de femelles. 16 Figure 3. Visualisation sur gel d'agarose du sexage moléculaire de 6 individus. T- : témoin négatif (réaction PCR sans ADN). Le marqueur de taille (M) a été déposé dans les 2 puits extérieurs. Polymorphisme de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial Les 72 extraits d'ADN ont permis d'amplifier des fragments dont la longueur des séquences variait de 649 nt à 652 nt. La taille de la séquence commune à tous les échantillons était de 648 nt. Toutes les séquences ont été alignées et comparées entre elles. L'échantillonnage provenant de Madagascar se caractérisait par une diversité génétique très importante (tableau 2). Sur les 60 individus étudiés, 49 sites variables ont permis de définir 36 haplotypes partagés par 1 à 4 individus (tableau 3). Vingt-et-une séquences n'étaient possédées que par un seul individu. La diversité haplotypique était très élevée (Hd = 0,980). Tableau 2. Nombre d’individus (N), nombre de sites polymorphes (S), nombre d’haplotypes (h), diversité haplotypique (Hd) et diversité nucléotidique (π) pour l'échantillonnage de la population de Madagascar et de Saint-Pierre-et-Miquelon. L'écart-type est entre parenthèses. Populations N S h Hd π Madagascar 60 49 36 0,980 (0,007) 0,016 (0,001) Saint-Pierre-et-Miquelon 5 20 4 0,900 (0,161) 0,014 (0,004) 17 Tableau 3. Positions variables des 40 haplotypes de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial définis dans cette étude (H1 à H36 : Madagascar, HSPM1 à HSPM4 : Saint-Pierre-et-Miquelon). La séquence de l'haplotype 1 est prise en référence. Un nucléotide identique est indiqué par un point. N : nombre d'individus partageant l'haplotype. Les positions ont été établies en fonction de la séquence déterminée dans cette étude. La position 1 correspond à la position 15 522 de la séquence complète du génome mitochondrial de la baleine à bosse (Sasaki et al., 2005). N Haplotypes 25 32 38 45 53 54 56 67 69 71 95 96 97 104 105 116 117 131 132 137 141 143 153 159 163 207 215 216 217 218 223 224 229 231 233 234 235 236 238 243 254 255 256 276 286 317 350 407 417 418 462 650 Position 18 H1 G H2 . H3 . H4 A H5 . H6 . H7 . H8 . H9 . H10 . H11 . H12 . H13 . H14 . H15 . H16 . H17 . H18 . H19 . H20 . H21 . H22 . H23 . H24 . H25 . H26 . H27 . H28 . H29 . H30 . H31 . H32 . H33 . H34 . H35 . H36 . HSPM1 . HSPM2 . HSPM3 . HSPM4 . C . T T T . . T T T . T T T T T T . T T . . . T . . T . T . T T T . T T . . T . C . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . C . . . . C . C . C . . . . C C C . . C . C . C C . T . C . C . . C C . . C C . . . . . . . . . . . . . . . . . . C C . C . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . C . A . A . . A A . . . A . . . A . A . . . . A . . . . A . . . A . A A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . T . T . . T T T . T T T T T T . T . . T . T . . T . T . T T T T T T . . T . T . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . . G . . . . . . . . . . G . . . . . G . G . . . G . . . . . . G . A . . . . A A . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . A A . . . . C . . T . T . . . T T T . T T T . . . T . T . . . . T T . T . T . T . . . . T . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . C . . . . C . . C C C C C . C . . . . C . . C . C . C C . . . C . . C . T . C C C . . C C C . C C C C C C . C C . . . C . . C . C . C C C . C C . . C C A . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T C C . . . . C C C . . C C . . . C C . . . C C . C . . C . . . C . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . G . . . . A . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . C C . . . . . C C . . . . . . . C . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . C . . . . C C C . . . C C C C . . . . . . C . . C . C . C C C . C C . . C . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . G . G . . G G G . G G G G G . . G . . . . G . . G . G . G G G . G G G . G . C . T T T T . T T T T T T T T T T . T . T T . T . T T T T T T T T T T T . . T . C T . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . C . . . . . . C . C . . . . C . . T . . . . . . T . . . . . T . . . T . . T . . . . T T . . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . G . . . . . . 1 2 2 2 1 4 2 3 4 3 4 2 2 1 1 1 1 1 3 1 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 Haplogroupe 1 Haplogroupe 2 Figure 4. Réseau haplotypique de l'échantillonnage de la population de baleines à bosse de Madagascar (H1 à H36) et de Saint-Pierre-et-Miquelon (HSPM1 à HSPM4). Les femelles sont représentées en rose et les mâles en jaune. Les nœuds gris symbolisent des haplotypes non détectés durant l’étude mais nécessaires à la construction la plus parcimonieuse du réseau. Aucun haplotype de Madagascar n'est retrouvé chez les baleines à bosse de Saint-Pierre-et Miquelon. 19 Deux haplogroupes significativement différents ont pu être distingués sur le réseau haplotypique (figure 4). Les mâles et les femelles de l'étude sont légèrement différenciés mais de façon significative (FST = 0,052, p = 0,033). Les femelles sont significativement plus nombreuses dans l'haplogroupe 2 que dans l'haplogroupe 1 (χ2 = 5,122, p = 0,020, df = 1). Les séquences déterminées chez les baleines à bosse de Saint-Pierre-et-Miquelon ne sont pas partagées avec les séquences de Madagascar, mais 3 des 4 haplotypes apparaissent dans l'haplogroupe 1 (HSPM1, HSPM2, HSPM4), tandis que HSPM3 apparait dans l'haplogroupe 2 (figure 4). Tableau 4. Valeurs des différents tests de neutralité (D de Tajima, Fu & Li's D* et F*, Fs de Fu) pour l'échantillonnage complet de la population de Madagascar, l'haplogroupe 1 et l'haplogroupe 2. Les valeurs significatives sont en gras. Populations D de Tajima Fu & Li's D* Fu & Li's F* Fs de Fu Madagascar -0,196 (ns) 0,355 (ns) 0,176 (ns) -12,568 (p = 0,005) Haplogroupe 1 -0,131 (ns) 0,310 (ns) 0,199 (ns) -2,238 (ns) Haplogroupe 2 -0,117 (ns) 0,227 (ns) 0,132 (ns) -5,115 (p = 0,039) Aucune des valeurs du D de Tajima et de Fu & Li n'étaient significatives (tableau 4). Le test de neutralité Fs de Fu présentait en revanche des valeurs négatives et significatives pour l'échantillonnage de la population de Madagascar (Fs = -12,568, p = 0,005) et pour l'haplogroupe 2 de Madagascar (Fs = -5,115, p = 0,039). 20 Polymorphisme des microsatellites Les réactions d'amplification des 5 microsatellites ont été effectuées pour les 72 prélèvements de baleines à bosse (67 de Madagascar et 5 de Saint-Pierre-et-Miquelon). Sur les 360 profils au total, 343 ont pu être exploités, soit 95 %. Certains microsatellites présentaient un signal très intense qui pouvait se retrouver de manière très atténuée dans les profils des autres fluorochromes. Cet artefact technique n'a pas gêné l'exploitation. Les profils de GT023 présentaient une contamination d'intensité faible et donc non ambigüe. Sur les 72 prélèvements, 14 possédaient les mêmes profils 2 à 2 pour les 5 loci analysés. Il s'agissait de 2 doublons notés pendant la campagne de biopsies, et, selon de très fortes probabilités, de 5 doublons non identifiés pendant la campagne de biopsie. Les probabilités de partager le même génotype par hasard allaient de 4,5.10-9 à 1,4.10-5 selon les 7 paires de prélèvements concernés. Tableau 5. Bilan des 5 loci microsatellites utilisés, par locus et en moyenne, pour la population de Madagascar. N = nombre d'individus, nA = nombre d'allèles, A = richesse allélique, HE = hétérozygotie attendue sous les hypothèses d'Hardy-Weinberg, HO = hétérozygotie observée, FIS = indice de fixation d'après Weir & Cockerham (1984). Locus Référence Taille allèles N nA A HE HO FIS GT023 Berube et al. (2003) 105-117 59 7 7,00 0,797 0,831 -0,033 GT211 Berube et al. (2003) 193-211 53 9 9,00 0,825 0,849 -0,020 GT575 Berube et al. (2003) 140-168 60 12 11,86 0,823 0,883 -0,058 GATA053 Palsbøll et al. (1997) 232-276 59 8 7,90 0,812 0,780 0,048 GATA417 Palsbøll et al. (1997) 185-277 57 15 14,92 0,914 0,895 0,030 57,6 10,2 10,14 0,835 0,848 -0,006 Tous Sept à 15 allèles ont été observés selon les microsatellites (tableau 5). La richesse allélique variait de 7,00 (GT023) à 14,92 (GATA417). L'hétérozygotie observée et attendue allaient de Ho = 0,780 à Ho = 0,895 et He = 0,797 à He = 0,914. Aucun locus ne présentait de déséquilibre de liaison (p > 0,05). Les fréquences alléliques n'ont pas montré d'écart à l'équilibre d'HardyWeinberg significatif, ni pour l'échantillonnage global (FIS = -0,006, p = 0,410), ni pour chaque sous-groupe basé sur les haplogroupes mitochondriaux (haplogroupe 1 : FIS = 0,009, p = 0,610 et haplogroupe 2 : FIS = -0,020, p = 0,300). 21 Aucune différence significative des fréquences alléliques des loci nucléaires n'a été détectée entre les 2 haplogroupes mitochondriaux (FST = -0,001, p = 0,290), entre les mâles et femelles (FST = -0,002, p = 0,450) et entre les individus de Madagascar et ceux de Saint-Pierre-etMiquelon (FST = -0,006, p = 0,750). Les valeurs de FST négatives reflètent l'imprécision de l'algorithme utilisé par le logiciel pour estimer cette valeur. D'éventuelles sous-divisions de la population ont également été recherchées par une analyse bayésienne de groupement à l'aide du logiciel Structure 2.3. Les données n'ont révélé aucune sous-division de la population pour tous les paramètres testés (figure 5A). Chaque individu possédait une probabilité égale d'appartenance à chaque groupe pour tous les nombres de groupes (K) testés, et celui expliquant le mieux les données était K = 1 (figure 5B). (K) A B NOADM-AFC ADM-AFC K=2 ADM-AFI [LnP(D)] NOADM-AFI K=3 Figure 5. A) Probabilités des individus d'être assignés à chaque groupe génétique sans aucune information a priori pour K = 2 et K =3. Chaque individu est représenté par une barre verticale au sein de K groupes génétiques. B) Probabilités postérieures moyennes [LnP(D)] en fonction du nombre de groupes K et de 4 paramètres : ADM = Admixture Model, NOADM = No Admixture Model, AFC = Allele Frequencies Correlated, AFI = Alleles Frequencies Independant. Mise en relation avec les formations sociales Les biopsies ont été réalisées dans le canal Sainte-Marie à Madagascar, entre le 05 juillet et le 05 septembre 2012, lors d'une même saison de reproduction et de mise bas. Les individus échantillonnés appartenaient le plus souvent à un groupe compétitif (n = 31) ou à une paire d'adultes (n = 15). Aucun lien particulier entre l'appartenance à un groupe social et à un haplogroupe n'apparaissait (figure 6). 22 35 Nombre d'individus 30 Haplogroupe 1 25 20 15 Haplogroupe 2 10 5 0 GC PA PJ MBE MB Types de formations sociales AS JS Figure 6. Comparaison entre l'appartenance à l'un des 2 haplogroupes mitochondriaux et les formations sociales des individus échantillonnés à Madagascar. GC = groupe compétitif, PA = paire d'adultes, PJ = paire de juvéniles, MBE = mère-baleineau-escorte, MB = mère-baleineau, AS = adulte solitaire, JS = juvénile solitaire. Un arbre phylogénétique a été construit à partir des séquences mitochondriales des individus selon la méthode du maximum de vraisemblance afin d'être mis en correspondance avec les différentes formations sociales échantillonnées (figure 7). Les mâles des 7 groupes compétitifs pour lesquels au moins 2 individus ont été échantillonnés sont représentés sur la figure 7. On voit que les mâles d'un même groupe compétitif sont répartis de façon égale entre les 2 haplogroupes mitochondriaux (F-test, p = 0,910). Contrôles qualité expérimentaux Des contrôles ont été effectués à chaque étape des analyses. Le principal contrôle expérimental a consisté à répéter l'analyse (réextraction de l'ADN, sexage moléculaire et séquençage de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial) de 7 échantillons de baleines à bosse (6 en contrôle à l'aveugle et un volontairement sélectionné). Les mêmes résultats ont été obtenus. Les 2 brins d'ADN de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial ont été séquencés pour tous les prélèvements. De plus, une fraction significative (au moins 10 %) des chromatogrammes de séquences et des profils de microsatellites ont été réanalysés par un autre membre du laboratoire et aucune différence n'a été détectée. 23 Haplogroupe 1 Haplogroupe 2 Figure 7. Arbre construit selon la méthode du maximum de vraisemblance montrant les liens entre les mâles des différents groupes compétitifs et leurs séquences de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial. Les ronds de couleur indiquent le groupe compétitif auquel les individus appartenaient. La barre d’échelle représente 0,6 % de divergence. Les chiffres au-dessus des branches représentent les pourcentages de bootstrap pour le nœud situé à droite (seules les valeurs supérieures à 60 % sont indiquées). Les arbres construits par parcimonie et neighborjoining avaient des structures très similaires. 24 DISCUSSION Echantillonnage La campagne de prélèvements a permis de récolter 72 biopsies et squames sur des individus constituant le plus souvent des groupes compétitifs ou des paires d'adultes. Les autres types de formations sociales étaient des paires de juvéniles, des associations de type mère-baleineauescorte ou mère-baleineau, ainsi que des adultes et des juvéniles solitaires. Tous les prélèvements ont permis d'extraire de l'ADN en qualité suffisante pour mener à bien les analyses de sexage et de polymorphismes de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial et de microsatellites. Sept individus échantillonnés 2 fois lors des campagnes de biopsies ont pu être détectés, dont 5 individus biopsiés 2 fois au cours d'une même observation. Ces individus sont donc restés accessibles après le premier prélèvement, suggérant un dérangement minime induit par le prélèvement de biopsies. Biais du sex-ratio en faveur des mâles Le sex-ratio observé en faveur des mâles est similaire à celui reporté durant la chasse commerciale (Mackintosh, 1942 ; Chittleborough, 1965) et dans les études contemporaines portant sur d'autres sites de reproduction (e.g. Brown et al., 1995 ; Craig & Herman, 1997 ; Baker et al., 1998 ; Olavarria et al., 2007). Ce biais peut s'expliquer par une proportion de femelles qui, en vue des coûts énergétiques élevés liés à la migration et à la reproduction, ne migrent apparemment pas systématiquement chaque année vers les sites de reproduction (Craig & Herman, 1997). Le sex-ratio sur les sites d'alimentation est par contraste généralement équilibré, proche de 1:1 (e.g. Clapham et al., 1995 ; Palsbøll et al., 1997, Smith et al., 1999). Diversité génétique élevée L'échantillonnage réalisé dans un secteur géographique restreint du canal Sainte-Marie et sur une période de temps limitée pouvait a priori laisser présager une diversité génétique modeste avec des individus relativement proches. L’analyse de la région de contrôle de l’ADN mitochondrial révèle pourtant une diversité génétique très importante : les 60 individus étudiés 25 ont permis de caractériser 36 haplotypes différents. Les diversités haplotypique et nucléotidique sont donc très élevées au sein de notre échantillonnage pourtant restreint (Hd = 0,980 et π = 0,016). Dans une étude à l'échelle de l'hémisphère sud, Rosenbaum et al. (2009) avaient déterminé à partir de prélèvements collectés entre 1996 et 2001 dans 2 régions combinées de Madagascar (baie d'Antongil et sud de Madagascar) des indices de diversité similaires (Hd = 0,978 et π = 0,021) mais moins d'haplotypes par rapport au nombre d'individus étudiés (N = 511, h = 93). D'autres sites de reproduction précédemment étudiés dans l'hémisphère sud montraient également une forte diversité génétique. Dans le sud du Pacifique par exemple, 115 haplotypes avaient été obtenus à partir de 1 112 échantillons provenant de différents sites de reproduction entre 1990 et 2002 (Olavarria et al., 2007), reflétant une diversité génétique importante (Hd = 0,900-0,974 et π = 0,019-0,0212 selon les sites). Ces résultats sont élevés par rapport aux populations des autres océans. La diversité génétique de l'hémisphère nord semble plus faible que celle de l'hémisphère sud. Dans le cadre du programme geneSPLASH (Baker et al., 2008), une étude menée entre 2004 et 2006 sur 1 856 individus du Pacifique nord (10 sites d'alimentation et 8 sites de reproduction) a permis de caractériser 28 haplotypes seulement. Une autre étude portant sur 302 baleines à bosse du golfe du Maine entre 1988 et 1992 au nord-est des Etats-Unis a révélé 17 haplotypes possédés par 1 à 123 individus avec une diversité haplotypique égale à 0,795 (Weinrich et al., 2006). Concernant les 5 individus de Saint-Pierre-etMiquelon, utilisés comme outgroup, l'éloignement géographique laissait présager qu'aucun contact récent n'avait eu lieu avec la population de Madagascar. Aucun individu ne partage en effet d'haplotype avec Madagascar. La diversité génétique élevée de la population de Madagascar peut signifier que la chasse commerciale n'a pas assez réduit la taille de la population ou n'a pas duré assez longtemps pour se traduire par un impact significatif sur la variabilité génétique (Baker et al., 1993 ; Amos, 1996). Bien que les baleines à bosse aient été chassées à des fins commerciales dès 1611 (Stone et al., 1987), les prélèvements les plus importants sont récents et ont été de courte durée. Deux grands épisodes de chasse à la baleine ont eu lieu au 20ème siècle dans les eaux côtières de Madagascar, de 1937 à 1939 et de 1949 à 1950. Les baleines à bosse représentaient au moins 95 % des captures durant les 2 périodes (Best et al., 1996). En considérant le temps de génération de la baleine à bosse de 12 à 24 ans (Roman & Palumbi, 2003), il est possible qu'elles aient subi une diminution des effectifs sans que cela se traduise par une perte majeure de diversité génétique. Cette diversité génétique élevée pourrait également provenir de 26 mouvements récents d'individus entre populations, où l'arrivée de nouveaux allèles aurait pu compenser d'éventuelles pertes de diversité liées à la chasse. Le D de Tajima obtenu pour la population de Madagascar n'est pas significatif. A l'opposé, le Fs de Fu est significativement négatif (Fs = -12,568). D'après Fu (1997), le Fs est un paramètre plus sensible pour détecter des phénomènes d'expansions de populations que le D de Tajima, et plus particulièrement à partir de régions génomiques non-recombinantes (Ramirez-Soriano et al., 2008). Le D de Tajima compare l'estimation du paramètre de mutation θ = 4Neµ obtenue à partir du nombre de sites polymorphes à celle obtenue à partir du nombre moyen de différences entre 2 séquences (π). Il sera significatif si un haplotype majoritaire central est entouré d'haplotypes proches moins représentés (configuration en étoile), signe d'une expansion récente. Le réseau haplotypique de cette étude montre une diversité génétique importante et une absence d'haplotype dominant, ce qui explique le D de Tajima non significatif. Le Fs de Fu se base sur la relation attendue entre π et le nombre d'haplotypes. La valeur largement négative du Fs de Fu pour la population de Madagascar pourrait alors indiquer un apport récent d'haplotypes. Cette observation est cohérente avec l'hypothèse évoquée précédemment d'un apport de nouveaux allèles par des individus provenant d'autres populations possédant des haplotypes différents. L'haplogroupe 2, pour lequel le Fs est significatif, comprend des haplotypes peu divergents les uns des autres et aucun haplotype dominant. Dans l'haplogroupe 1, où des écarts plus importants sont observés entre les haplotypes, ni le D ni le Fs ne sont significatifs. Ceci suggère des histoires ancestrales potentiellement différentes pour ces 2 groupes. Structure génétique d'après la région de contrôle de l'ADN mitochondrial L'existence de 2 haplogroupes mitochondriaux significativement différenciés apparaissant clairement sur le réseau haplotypique n'est pas aisée à expliquer. Elle n’est pas liée à la répartition géographique des prélèvements car toutes les biopsies ont été réalisées dans un même secteur du canal Sainte-Marie. Un décalage dans le temps de l'échantillonnage aurait pu mener à l'étude de 2 groupes qui ne croisent pas et donc ne se mélangent pas. Il est en effet connu que les baleines n'arrivent pas toutes en même temps sur les sites de reproduction (Stevick et al., 2003). Néanmoins, les biopsies ont été réalisées sur 2 mois consécutifs lorsque les baleines étaient déjà présentes sur le site et aucune corrélation n'a été observée entre la 27 date de prélèvement et l'appartenance à un haplogroupe. Les 2 haplogroupes ont aussi été mis en relation avec le type de formation sociale des individus. Les mâles d'un même groupe compétitif ne se répartissaient pas significativement plus souvent au sein d'un même haplogroupe (F-test, p = 0,910). La p-value élevée suggère que ce résultat est robuste et n'est probablement pas un biais lié à la taille de l'échantillonnage. Une observation particulièrement intéressante est le faible nombre d'haplotypes partagés entre les mâles et les femelles et le fait qu'un des 2 haplogroupes comprenne la majorité des femelles de l'échantillonnage (χ2 = 5,122, p = 0,020). Une hypothèse pourrait être que l’appartenance à cet haplogroupe est liée à une fidélité plus grande au site de reproduction, tandis que la présence sur le site du faible nombre de femelles de l'autre haplogroupe serait plus occasionnelle. Un suivi est nécessaire afin de vérifier si cette situation se répète sur plusieurs années ou si elle n'est due qu'à un hasard d'échantillonnage. De façon intéressante, les individus de Saint-Pierre-et-Miquelon, qui ne partagent pas d'haplotypes avec Madagascar, ne forment pas pour autant un groupe distinct génétiquement éloigné mais se répartissent au sein des arbres et réseaux. De plus, un des 5 individus ne se situe pas dans l'haplogroupe comprenant les 4 autres individus de Saint-Pierre-et-Miquelon. La proximité génétique entre les baleines à bosse de ces 2 régions éloignées est un résultat inattendu. L'expansion de l'échelle géographique de l'étude est envisagée par le laboratoire afin de mieux comprendre la diversité génétique de l'espèce à l'échelle mondiale. Pas de structure génétique d'après les microsatellites L'analyse des polymorphismes des microsatellites a apporté des résultats différents de celle de l'ADN mitochondrial concernant la structure génétique au sein de l'échantillonnage. Aucune des analyses basées sur les fréquences alléliques ou sur les essais d’identification de groupes génétiques par des approches bayésiennes n’ont détecté de sous-divisions génétiques. L'absence d'écart à l'équilibre d'Hardy-Weinberg semble montrer que la population représente un ensemble panmictique où les individus se reproduisent théoriquement au hasard (Hardy, 1908). Néanmoins, les données mitochondriales suggèrent l'existence de 2 groupes génétiques. L'hypothèse d'un mélange récent entre 2 populations distinctes pourrait mener à ces observations contrastées. L'équilibre d'Hardy-Weinberg peut être restauré après une génération seulement si la population se comporte réellement comme une unité panmictique (Hartl & 28 Clark, 2007). Sachant que les baleines à bosse femelles atteignent la maturité sexuelle vers l'âge de 5 ans (Clapham, 1992), quelques années seulement sont nécessaires pour produire des baleineaux issus du mélange de 2 populations. Une autre hypothèse serait l'observation d'un comportement différencié entre les males et les femelles (Rosel et al., 1999). Fidélité au site de reproduction et flux de gènes Les études génétiques ont montré que la fidélité aux sites d'alimentation et aux routes migratoires, transmise par la mère, peut maintenir une structure à long terme des populations de baleines à bosse (Baker et al., 1990). L'observation d'une structure génétique au niveau des haplotypes mitochondriaux et non pas au niveau des microsatellites nucléaires peut être une conséquence de cette ségrégation maternelle entre les différents sites d'alimentation reliés à un site de reproduction commun. Dans l'hémisphère nord par exemple, le site d'alimentation du sud-est de l'Alaska et celui de la baie du Prince-William sont connectés par une migration saisonnière à Hawaii et se distinguent par des différences de fréquences haplotypiques. Le phénomène est similaire entre la Californie et le Mexique (Baker et al., 1998). Il serait alors possible que les 2 haplogroupes observés à Madagascar dans cette étude correspondent à 2 groupes d'individus qui fréquentent 2 sites d'alimentation distincts et se retrouvent sur le même site de reproduction. Cependant, il faudrait pouvoir expliquer pourquoi les individus de sites d'alimentation différents ne se reproduiraient pas entre eux. Le faible nombre d'haplotypes partagés entre les mâles et les femelles observé ici peut signifier (1) que très peu de descendants mâles étaient présents sur le site où se trouvaient leurs mères et sœurs, (2) que les mères et sœurs des individus mâles observés étaient rarement présentes sur le site. On peut supposer que les mâles puissent se rendre sur des sites de reproduction différents de celui de leur naissance, permettant un éventuel flux de gène entre les sites de reproduction. D'après Palumbi & Baker (1994), l'absence de structure des marqueurs nucléaires peut résulter soit d'une dispersion préférentielle des mâles entre les sites de reproduction, soit de la taille efficace de la population plus grande pour les gènes nucléaires. Un flux de gènes de la part des mâles pourrait avoir lieu lors d'accouplements occasionnels avec d'autres populations distinctes, au cours de la migration par exemple (Baker et al., 1998). 29 Génétique et structure sociale Sur les sites d'alimentation, la prévalence d'associations à court-terme et le nombre non significatif d'associations entre individus affiliés observés au nord de l'océan Atlantique suggèrent que les liens de parenté n'ont pas d'influence sur les regroupements d'individus (Clapham, 1992). Cependant, une étude récente dans la même région a observé que les associations entre individus, et plus particulièrement entre femelles partageant le même haplotype maternel, ne sont pas aléatoires (Weinrich et al., 2006). Une étude des affiliations des individus au sein des groupes formés sur les routes migratoires, au large de l'est de l'Australie, n'indiquait quant à elle aucun lien familial (Valsecchi et al., 2002). Sur les sites de reproduction du Gabon et de Madagascar, aucune association significative entre individus apparentés n'a été observée, hormis les mères et leur baleineau (Pomilla & Rosenbaum, 2006). L'absence de relation entre la proximité génétique des individus de Madagascar et leur appartenance à un même groupe social soutient également l'hypothèse d'une absence de liens familiaux au sein des groupes présents sur ce site de reproduction. Cependant, le faible nombre d'individus utilisés dans cette analyse exploratoire liant la génétique aux formations sociales permet d'émettre une première hypothèse mais ne permet pas de tirer de réelles conclusions. 30 CONCLUSION & PERSPECTIVES Cette étude génétique se situe au sein d'un projet pluridisciplinaire porté sur la population de baleines à bosse observée chaque année dans le canal Sainte-Marie à Madagascar, pour laquelle très peu d'informations sont disponibles. L'analyse génétique de 67 prélèvements de tissus a permis l'identification de 60 individus dont 7 échantillonnés en double. Quarante-cinq mâles et 15 femelles ont été déterminés par sexage moléculaire, soit un ratio de 3:1 en faveur des mâles, cohérent avec les valeurs observées sur les autres sites de reproduction. Le polymorphisme de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial a révélé une diversité génétique importante : 36 haplotypes ont été obtenus ainsi que des valeurs élevées de diversité haplotypique et nucléotidique (Hd = 0,980 et π = 0,016). Il est donc possible que la diminution des effectifs liée à la chasse industrielle du 20ème siècle n'ait pas induit une perte majeure de diversité génétique. La valeur du test du Fs de Fu, significativement négative, marquait la présence d'un apport récent d'haplotypes, peut-être du à des individus provenant d'autres populations. Deux haplogroupes différenciés ont été caractérisés, dont un haplogroupe comportant la majorité des femelles de l'étude. A l'inverse, aucune structure génétique n'a été détectée à l'aide des microsatellites. L'hypothèse d'un mélange récent entre 2 populations distinctes pourrait mener à ces différentes observations. Le faible nombre d'haplotypes partagés entre les mâles et les femelles est également cohérent avec l'hypothèse d'un flux de gène de la part des mâles entre les sites de reproduction, qui semble être de plus en plus privilégiée dans la littérature. La fidélité aux sites d'alimentation reliés à un même site de reproduction étant transmise par la mère, l'observation de 2 haplogroupes pourrait être alors liée à la présence d'individus provenant de 2 sites d'alimentation différents. En considérant leurs valeurs contrastées de Fs de Fu, ces 2 haplogroupes seraient susceptibles de posséder des histoires ancestrales différentes. La mise en relation des résultats génétiques et des formations sociales observées allait dans le sens d'une absence de relation entre la proximité génétique des individus de Madagascar et leur appartenance à une même formation sociale. Cinq biopsies de Saint-Pierre-et-Miquelon (Amérique du Nord) ont également été incluses dans les analyses en tant qu'outgroup et n'ont pas formé de groupe génétique éloigné de Madagascar, entraînant des questionnements quant à la diversité génétique mondiale de l'espèce. 31 Le projet dans lequel s'inscrit cette étude génétique est d'une durée de 3 ans (2012-2014). Deux autres campagnes de prélèvements sont prévues et permettront d'agrandir l'échantillonnage. Les observations et hypothèses posées dans ce rapport pourront alors être confirmées ou infirmées. L’étude des microsatellites permettant d’identifier individuellement les individus, les données pourront être utilisées en complémentarité de la photo-identification. Il sera alors possible de réaliser des estimations d'abondance, d'étudier les liens familiaux et de voir si les mêmes individus reviennent chaque année sur le site de reproduction. Afin d'étudier les déplacements individuels, les résultats obtenus seront comparés à ceux des autres régions de reproduction, ainsi qu’avec des échantillons pouvant être prélevés sur les sites d’alimentation. En addition, des individus équipés de balises à partir de l'île Sainte-Marie et d'autres localités de l'océan Indien permettent d'étudier les mouvements entre les sous-divisions du groupe C3 et de comparer les schémas migratoires vers les sites d’alimentation antarctiques (Cerchio et al., 2013). Enfin, le laboratoire a pour projet d'agrandir l'échelle de l'étude génétique en incluant d'autres biopsies de Saint-Pierre-et-Miquelon, mais également d'Alaska et du Kamtchatka. De plus, les séquences mitochondriales disponibles sur la base de données Genbank pourront être intégrées aux analyses afin de permettre une étude de la structure génétique de la baleine à bosse à l'échelle mondiale. 32 BIBLIOGRAPHIE Alfonsi E, Hassani S, Carpentier FG, Le Clec’h JY, Dabin W, Van Canneyt O, Fontaine MC, Jung JL (2012) A european melting pot of harbour porpoise in the French Atlantic coasts inferred from mitochondrial and nuclear Data. PLoS ONE 7 (9) : e44425 Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol 215 : 403-410 Amos B (1996) Levels of genetic variability in cetacean populations have probably changed little as a result of human activities. Rep Int Whaling Comm 46 : 657-658 Avise JC, Arnold J, Ball RM, Bermingham E, Lamb T, Neigel JE, Reeb CA, Saunders NC (1987) Intraspecific phylogeography : the mitochondrial DNA bridge between population genetics and systematics. Annu Rev Ecol Syst 18 : 489-522 Baker CS, Palumbi SR, Lambertsen RH, Weinrich MT, Calambokidis J, O’Brien SJ (1990) Influence of seasonal migration on the distribution of mitochondrial DNA haplotypes in humpback whales. Nature 344 : 238240 Baker CS, Perry A, Bannister JL, Weinrich MT, Abernethy RB, Calambokidis J, Lien J, Lambertsen RH, Urban Ramirez J, Vasquez O, Clapham PJ, Alling A, O’Brien SJ, Palumbi SR (1993) Abundant mitochondrial DNA variation and world-wide population structure in humpback whales. Proc Natl Acad Sci USA 90 : 8239-8243 Baker CS, Medrano-Gonzalez L, Calambokidis J, Perry A, Pichler F, Rosenbaum H, Straley JM, Urban-Ramirez J, Yamaguchi M, Von Ziegesar O (1998) Population structure of nuclear and mitochondrial DNA variation among humpback whales in the North Pacific. Molecular Ecology 7 : 695-707 Baker CS, Steel D, Calambokidis J, Barlow J, Burdin AM, Clapham PJ, Falcone EA, Ford JKB, Gabriele CM, GozálezPeral U, LeDuc R, Mattila D, Quinn TJ, Rojas-Bracho L, Straley JM, Taylor BL, Urbán-R J, Vant M, Wade P, Weller D, Witteveen BH, Wynne K, Yamaguchi M (2008) geneSPLASH : an initial, ocean-wide survey of mitochondrial (mt) DNA diversity and population structure among humpback whales in the North Pacific. Rapport final du contrat 2006-0093-008, National Fish and Wildlife Foundation Belkhir K, Borsa P, Chikhi L, Raufaste N, Bonhomme F (2004) GENETIX 4.05, logiciel sous Windows TM pour la génétique des populations. Laboratoire Génome, Populations, Interactions, CNRS UMR 5000, Université de Montpellier II, Montpellier Best PB, Sekiguchi K, Rakotonlrina BP, Rossouw A (1996) The distribution and abundance of humpback whales off southern Madagascar, August-September 1994. Rep Int Whal Comm 46 : 323-331 Best PB, Findlay KP, Sekiguchi K, Peddemors VM, Rakotonirina B, Rossouw A, Gove D (1998) Winter distribution and possible migration routes of humpback whales Megaptera novaeangliae in the southwest Indian Ocean. Mar Ecol 162 : 287-299 Bourret V, Mace M, Bonhomme M, Crouau-Roy B (2008) Microsatellites in cetaceans : an overview. The Open Marine Biology Journal 2 : 38-42 Brown MR, Corkeron PJ, Hale PT, Schultz KW, Bryden MM (1995) Evidence for a sex segregated migration in the humpback whale (Megaptera novaeangliae). Proc R Soc Lond B 259 : 229-234 Brown WM, George M, Wilson A (1979) Rapid evolution of animal mitochondrial DNA. Proc Natl Acad Sci USA 76 : 1967-1971 Cerchio S, Trudelle L, Zerbini A, Geyer Y, Mayer FX, Charrassin JB, Jung JL, Adam O, Rosenbaum H (2013) Satellite tagging of humpback whales off Madagascar reveals long range movements of individuals in the Southwest Indian Ocean during the breeding season. Document IWC : SC/65a/SH22 33 Chevenet F, Brun C, Banuls AL, Jacq B, Chisten R (2006) TreeDyn : towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees. BMC Bioinformatics 7 : 439 Chittleborough RG (1958) The breeding cycle of the female humpback whale, Megaptera nodosa (Bonnaterre). Australian Journal of Marine and Freshwater Research 9 : 1-18 Chittleborough RG (1965) Dynamics of two populations of the humpback whale, Megaptera novaeangliae (Borowski). Australian Journal of Marine and Freshwater Research 16 : 33-128 Clapham PJ, Mayo CA (1987) Reproduction and recruitment of individually identified humpback whales, Megaptera novaeangliae, observed in Massachusetts Bay, 1979-1985. Can J Zool 65 : 2853-2863 Clapham PJ (1992) Age at attainment of sexual maturity in humpback whales, Megaptera novaeangliae. Can J Zool 70 : 1470-1472 Clapham PJ, Palsbøll PJ, Mattila DK, Vasquez O (1992) Composition and dynamics of humpback whale competitive groups in the West Indies. Behavior 122 : 182-194 Clapham PJ, Bérubé M, Mattila DK (1995) Sex ratio of the Gulf of Maine humpback whale population. Marine Mammal Science 11 : 227-231 Clapham PJ (1996) The social and reproductive biology of humpback whales : an ecological perspective. Mammal Review 26 : 27-49 Clapham PJ, Palsbøll PJ (1997) Molecular analysis of paternity shows promiscuous mating in female humpback whales. Proc R Soc Lond B 264 : 95-98 Clapham PJ (2002) Humpback whale. Encyclopedia of Marine Mammals. Academic Press, San Diego : 589-592 Clapham PJ, Baker CS (2002) Modern whaling. In : Perrin WF, Wursig B, Thewissen JGM (éds) Encyclopedia of marine mammals. Academic Press, New York : 1328-1332 Craig AS, Herman LM (1997) Sex differences in the site fidelity and migration of humpback whales (Megaptera novaeangliae) to the Hawaiian Islands. Can J Zool 75 : 1923-1933 Davies JL (1962) The antitropical factor in cetacean speciation. Evolution 17 : 107-116 Dereeper A, Guignon V, Blanc G, Audic S, Buffet S, Chevenet F, Dufayard JF, Guindon S, Lefort V, Lescot M, Claverie JM, Gascuel O (2008) Phylogeny.fr : robust phylogenetic analysis for the non-specialist, Nucleic Acids Research 36 (Web Server issue) : W465-469 Duchêne S, Archer FI, Vilstrup J, Caballero S, Morin PA (2011) Mitogenome phylogenetics : the impact of using single regions and partitioning schemes on topology, substitution rate and divergence time estimation. PLoS ONE 6 (11) : e27138 Dulau-Drouot V, Cerchio S, Jouannet V, Ersts P, Fayan J, Boucaud V, Rosenbaum H (2011) Preliminary comparison of humpback whale photographic identifications indicates connectivity between Reunion (BS C4) and Madagascar (BS C3). Document IWC : SC/63/SH28 Ersts PJ, Pomilla C, Rosenbaum HC, Kiszka J, Vély M (2006) Humpback whales identified in the territorial waters of Mayotte [C2] and matches to eastern Madagascar [C3]. Document IWC : SC/A06/HW12 Evanno G, Regnaut S, Goudet J (2005) Detecting the number of clusters of individuals using the software structure : a simulation study. Molecular Ecology 14 : 2611-2620 Excoffier L, Lischer HE (2010) Arlequin suite ver 3.5 : a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Molecular Ecology Resources 10 : 564-567 Felsenstein J (1985) Confidence limits on phylogenies : an approach using the bootstrap. Evolution 39 : 783-791 Fu YX (1997) Statistical tests of neutrality of mutations against population growth, hitchhiking and background selection. Genetics 147 : 915-925 34 Fu YX, Li WH (1993) Statistical tests of neutrality of mutations. Genetics 133 : 693-709 Gambell R (1976) World whale stocks. Mammal Review 5 : 41-53 Garrigue C, Dodemont R, Steel D, Baker CS (2004) Organismal and "gametic" capture-recapture using microsatellites genotyping confirm low abundance and reproductive autonomy of humpback whales on the wintering grounds of New Caledonia. Marine Ecology Progress Series 274 : 251-262 Gascuel O (1998) BIONJ : An improved version of the NJ algorithm based on a simple model of sequence data. Mol Biol Evol 14 : 685-695 Goloboff PA, Farris JS, Nixon KC (2008) TNT, a free program for phylogenetic analysis. Cladistics 24 : 774-786 Goudet J (2001) FSTAT, a program to estimate and test gene diversities and fixation indices (version 2.9.3). Disponible à : http://www2.unil.ch/popgen/softwares/fstat.htm. Mise à jour de Goudet (1995) Guindon S, Gascuel O (2003) A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Syst Biol 52 : 696-704 Guo S, Thompson E (1992) Performing the exact test of Hardy-Weinberg proportion for multiple alleles. Biometrics 48 : 361-372 Hall TA (1999) BioEdit : a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series 41: 95-98 Hardy GH (1908) Mendelian proportions in a mixed population. Science 28 (706) : 49-50 Hartl DL, Clark AG (2007) Principles of population genetics. Sinauer and Associates, Sunderland Hoelzel AR, Dover GA (1991) Genetic differences between sympatric killer whale populations. Heredity 66 : 191-195 Hubisz MJ, Falush D, Stephens M, Pritchard JK (2009) Inferring weak population structure with the assistance of sample group information. Molecular Ecology Resources 9 : 1322-1332 IWC (2007) Report of the scientific committee. Annex H. Report of the subcommittee on other southern hemisphere whale stocks. J Cetacean Res Manage (Suppl) 9 : 188-209 Jayasankar P, Anoop B, Rajagopala M (2008) PCR-based sex determination of cetaceans and dugong from the Indian seas. Current Science 94 : 1513-1516 Larsen AH, Sigurjonsson J, Oien N, Vikingsson G, Palsbøll P (1996) Population genetic analysis of nuclear and mitochondrial loci in skin biopsies collected from central and northeastern North Atlantic humpback whales (Megaptera novaeangliae) : population identity and migratory destinations. Proc R Soc Lond B 263 : 1611-1618 Leakey R, Lewin (1995) The sixth extinction : biodiversity and its survival. Phoenix, London Librado P, Rozas J (2009) DnaSP v5 : A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics 25 : 1451-1452 Litt M, Luty JA (1989) A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene. Am J Hum Genet 44 : 397-401 Mackintosh NA (1942) The southern stocks of whalebone whales. Discovery Reports 22 : 197-300 Mikhalev YA (1997) Humpback whales (Megaptera novaeangliae) in the Arabian Sea. Mar Ecol Prog Ser 149 : 13-21 Mobley JR, Herman LM (1985) Transience of social affiliations among humpback whales (Megaptera novaeangliae) on the Hawaiian wintering grounds. Can J Zool 63 : 762-772 Nei M (1987) Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press, New York 35 Nei M, Li WH (1979) Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc Natl Acad Sci USA 76 : 5269-5273 Olavarria C, Baker CS, Garrigue C, Poole M, Hauser N, Caballero S, Florez-Gonzalez L, Bresseur M, Bannister J, Capella J, Clapham P, Dodemont R, Donoghue M, Jenner C, Jenner MN, Moro D, Oremus M, Paton D, Rosenbaum H, Russell K (2007) Population structure of South Pacific humpback whales and the origin of the eastern Polynesian breeding grounds. Mar Ecol Prog Ser 330 : 257-268 Palsbøll PJ, Allen J, Berube M, Clapham PJ, Feddersen TP, Hammondk PS, Hudson RR, Jørgensen H, Katona S, Larsen AH, Larsen F, LienI J, Mattila DK, Sigurjònsson JH, Sears R, Smith T, Sponer R, Stevick P, Øien N (1997) Genetic tagging of humpback whales. Nature 388 : 767-769 Palumbi SR, Baker CS (1994) Contrasting population structure from nuclear intron sequences and mtDNA of humpback whales. Mol Biol Evol 11 : 426-435 Pomilla C (2005) Genetic structure of humpback whale (Megaptera novaeangliae) populations on Southern Hemisphere wintering grounds. PhD Thesis. New York University, New York Pomilla C, Rosenbaum, H (2006) Estimates of relatedness in groups of humpback whales (Megaptera novaeangliae) on two wintering grounds of the Southern Hemisphere. Molecular Ecology 15 : 25412555 Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P (2000) Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics 155 : 945-959 Ramirez-Soriano A, Ramos-Onsins S, Rozas J, Calafell F, Navarro A (2008) Statistical power analysis of neutrality tests under demographic expension, contractions and bottlenecks with recombination. Genetics 179 : 555-567 Raymond M, Rousset F (1995) GENEPOP (version 1.2) : population genetics software for exact tests and ecumenicism. J Hered 86 : 248-249 Reeves RR, Smith BD, Crespo EA, di Sciara GN (2003) Dolphins, whales and porpoises : 2002-2010 conservation action plan for the world's cetaceans. IUCN/SSC Cetacean Specialist Group. IUCN, Gland, Switzerland & Cambridge, UK Roman J, Palumbi S (2003) Whales before whaling in North Atlantic. Science 301 : 508-510 Rosel PE, France SC, Wang JY, Kocher TD (1999) Genetic structure of harbour porpoise Phocoena phocoena populations in the northwest Atlantic based on mitochondrial and nuclear markers. Molecular Ecology 8 : S41-S54. Rosenbaum HC, Pomilla C, Mendez M, Leslie MS, Best PB, Findlay KP, Minton G, Ersts PJ, Collins T, Engel MH, Bonatto SL, Kotze DPGH, Meÿer M, Barendse J, Thornton M, Razafindrakoto Y, Ngouessono S, Vely M, Kiszka J (2009) Population structure of humpback whales from their breeding grounds in the South Atlantic and Indian Oceans. PLoS ONE 4 (10) : e7318 Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T (1989) Gel electrophoresis of DNA. Molecular cloning : a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold spring Harbor, New York Sasaki T, Nikaido M, Hamilton H, Goto M, Kato H, Kanda N, Pastene LA, Cao Y, Fordyce RE, Hasegawa M, Okada N (2005) Mitochondrial phylogenetics and evolution of mysticete whales. Syst Biol 54 (1) : 77-90 Sharpe F (2001) Social foraging of the Southeast Alaskan humpback whales. PhD Thesis, Simon Frasier University, British Columbia Smith TD, Allen J, Clapham PJ, Hammond PS, Katona S, Larsen F, Lien J, Mattila D, Palsbøll PJ, Sigurjónsson J, Stevick PT, ØIen N (1999) An ocean-wide mark-recapture study of the North Atlantic humpback whale, Megaptera novaeangliae. Marine Mammal Science 15 : 1-32 Smith FDM, May RM, Pellew R, Johnson TH, R WK (1993) How much do we know about the current extinction rate ? Trends in Ecology and Evolution 8 : 375-378 36 Stevick PT, Allen J, Bérubé M, Clapham PJ, Katona SK, Larsen F, Lien J, Mattila DK, Palsbøll PJ, Robbins J, Sigurjónsson J, Smith TD, Øien N, Hammond PS (2003) Segregation of migration by feeding ground origin in North Atlantic humpback whales (Megaptera novaeangliae). Journal of Zoology 259 : 231-237 Stevick PT, Neves MC, Johansen F, Engel MH, Allen J, Marcondes MCC, Carlson C (2010) A quarter of a world away : female humpback whale moves 10000 km between breeding areas. Biol Lett 7 (2) : 299-302 Stoett P (2011) Irreconcilable differences : the international whaling commission and cetacean futures. Review of Policy Research 28 : 631-634 Stone GS, Florez-Gonzalez L, Katona S (1990) Whale migration record. Nature (Lond.) 346 : 705 Stone GS, Katona SK, Tucker EB (1987) History, migration and present status of humpback whales, Megaptera novaeangliae, at Bermuda. Biol Conserv 42 : 122-145 Tajima F (1989) Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism. Genetics 123 : 585-595 Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (1994) CLUSTAL W : improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positions-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research 22 : 4673-4680 Toews DP, Brelsford A (2012) The biogeography of mitochondrial and nuclear discordance in animals. Molecular Ecology 21 (16) : 3907-3930 Tønnessen JN, Johnsen AO (1982) The history of modern whaling. University of California Press, Berkeley Tyack P, Whitehead H (1982) Male competition in large groups of wintering humpback whales. Behaviour 83 : 1-23 UICN (2012) Liste rouge mondiale des espèces menacées. Version 2012.2. http://www.iucnredlist.org Valsecchi E, Hale P, Corkeron P, Amos W (2002) Social structure in migrating humpback whales (Megaptera novaeangliae). Molecular Ecology 11 : 507-518 Weinrich MT, Kuhlberg A (1991) Short-term association patterns of humpback whale (Megaptera novaeangliae) groups on their southern Gulf of Maine feeding grounds. Can J Zool 69 : 3005-3011 Weinrich MT, Rosenbaum H, Baker C, Blackmer AL, Whitehead H (2006) The influence of maternal lineages on social affiliations among humpback whales (Megaptera novaeangliae) on their feeding grounds in the southern gulf of maine. J Hered 97 : 226-234 Weir BS, Cockerham CC (1984) Estimating F-statistics for the analysis of population structure. Evolution 38 : 1358-1370 Whitehead H (1983) Structure and stability of humpback whale groups off Newfoundland. Can J Zool 61 : 13911397 Wright S (1965) The interpretation of population structure by F-statistics with special regard to systems of mating. Evolution 19 : 395-420 Wright S (1969) Evolution and the Genetics of Populations, Vol. II. The Theory of Gene Frequencies. University of Chicago Press, Chicago 37 RESUME Cette étude génétique fait partie d'un projet pluridisciplinaire d'étude des baleines à bosse (Megaptera novaeangliae) de Madagascar. L'ADN contenu dans 67 prélèvements récoltés en 2012 dans le canal de l'île Sainte-Marie a été analysé : le sexe des individus a été déterminé, ainsi que les polymorphismes de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial et de 5 loci nucléaires contenant des microsatellites. Le sex-ratio largement en faveur des mâles est cohérent avec celui observé sur les autres sites de reproduction. La diversité génétique est très élevée et 2 haplogroupes différenciés apparaissent d'après l'analyse du marqueur mitochondrial, alors qu'aucune structure n'est détectée à l'aide des polymorphismes de microsatellites. Aucune relation entre la proximité génétique des individus de Madagascar et leur appartenance à une même formation sociale n'est observée. Différentes hypothèses pouvant expliquer ces résultats sont discutées en regard de la biologie de l'espèce et des notions classiques de génétique des populations. ABSTRACT This genetic study is part of a multidisciplinary project aiming to study humpback whales (Megaptera novaeangliae) in Madagascar. The DNA of 67 samples, collected in 2012 off the northeast coast of Madagascar, was analyzed: sex of individuals was determined, as well as polymorphisms at the mitochondrial DNA control region and at 5 microsatellite-containing nuclear loci. The sex ratio widely towards males is consistent with that observed in other breeding sites. Genetic diversity is very high and two differentiated haplogroups appear according to the mitochondrial marker whereas no genetic structure was detected on the basis of microsatellite polymorphisms. No relationships were detected between genetic data and belonging to the different social groups. Different assumptions that could explain these results are discussed by taking into account the biology of the species and rules of population genetics.