Biologie moléculaire Les gènes et leurs fonctions

Liste&d’exercices&3i019&
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a) Pour remplir cette matrice, quel coût a été utilisé pour les « Gaps » ? pour les « Match » ? pour les «
Mismatch » (le coût des « Mismatch » '37!#2<);'2<,27!<+!*$+;%'!<'!2+*%)$7#<'3!*$23#<)-)3)?
b) Proposez un alignement optimal possible.
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2) On considère les deux séquences d’ADN :
ATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTC et
ATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTG.
Quel est, à première vue, leur pourcentage d’identité? Quand on fait un alignement avec l’algorithme de
BLAST (avec une taille de mot de 4), aucune similarité n’est trouvée. Pourquoi?
!
3) Donner le code en python ou pseudo code pour générer la base de données de BLAST. Votre fonction
aura la signature db(sequences, w), où sequences est un dictionnaire de séquences et w est la taille
de mot. Exemple:
sequence = {‘s1’: ‘acgta’, ‘s2’: ‘aacgta’, ‘s3’: ‘acggta’} et w=3, votre fonction doit renvoyer.
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{acg : [(s1,1), (s2,2), (s3,1)],
cgt : [(s1,2), (s2,3)],
gta : [(s1,3), (s2,4), (s3,4)],
aac:[(s2,1)],
cgg:[(s3,2)],
ggt:[(s3,3)]}
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4) Montrez comment la séquence cgtca sera alignée par BLAST en utilisant les séquences et la base de
donnée indexée de la question précédente.