analyse des variants de séquence et d`épissage du gène fancc chez

CHARLES JOLY BEAUPARLANT
ANALYSE DES VARIANTS DE SÉQUENCE ET
D’ÉPISSAGE DU GÈNE FANCC CHEZ LES
FAMILLES CANADIENNES-FRANÇAISES À
RISQUE ÉLEVÉ POUR LE CANCER DU SEIN ET/OU
DE L’OVAIRE
Mémoire présenté
à la Faculté des études supérieures de l’Université Laval
dans le cadre du programme de physiologie-endocrinologie
pour l’obtention du grade de maître ès sciences (M.Sc.)
Département de médecine moléculaire
FACULTÉ DE MÉDECINE
UNIVERSITÉ LAVAL
QUÉBEC
2011
© Charles Joly Beauparlant, 2011

RÉSUMÉ
Les gènes de susceptibilité connus n’expliquent qu’environ 25% des cas de cancer du sein
familiaux. La recherche de nouveaux gènes de susceptibilité s’avère donc primordiale. Les
gènes de la famille FANC sont des candidats intéressants, car au moins quatre gènes FANC
ont été associés à un risque accru de cancer du sein. Le gène FANCC se démarque
également par sa localisation principalement cytoplasmique et ses rôles dans diverses voies
dans ce compartiment. Le séquençage des exons et des régions introniques avoisinantes ont
permis d’identifier six variants, dont deux semblent intéressants. c.816G>A mène à un
changement d’acide aminé pouvant affecter la fonction de FANCC alors que le variant
c.896+81G>A se retrouve plus fréquemment chez les cas de cancer du sein par rapport à
une cohorte de femmes non atteintes. L’analyse de l’ADN complémentaire (ADNc) a
permis d’identifier trois variants d’épissage dont un jamais rapporté. L’impact de ces
variants sur la fonction de la protéine FANCC demeure très peu étudié.

REMERCIEMENTS
Le soutien irréprochable que j’ai reçu de ma directrice, Dre Francine Durocher, pour mes
stages puis pour mes études de deuxième cycle m’a été essentiel pour atteindre cette étape
cruciale dans mon cheminement académique. Son appui durant les périodes les plus
difficiles m’a permis de persévérer pour être en mesure de conclure cette formation. Merci.
L’assistance de Dr Yvan Labrie ne peut pas être passée sous silence. Son expérience en
laboratoire m’a fortement influencé et son aide fut indispensable pour la rédaction de
l’article.
Mes échanges avec le Dr Jacques Simard se sont toujours avérés très instructifs et m’ont
non seulement permis de faire évoluer grandement ma perception et ma compréhension de
nombreux aspects essentiels pour mon projet, mais m’ont également aidé à me développer
en tant que scientifique.
Je tiens à remercier les autres membres de mon équipe avec lesquels j’ai partagé
d’innombrables heures de travail au cours des dernières années. Notamment Geneviève
Ouellette, son savoir-faire et sa diligence la rendent irremplaçable. Frédéric Guénard pour
son talent, sa patience et son souci du travail bien fait et Sylvie Desjardins pour ses
connaissances théoriques inégalées et sa détermination. Tous deux m’ont guidé au début de
mon cheminement académique et m’ont fourni les bases essentielles pour ma réussite.
Je tiens de plus à remercier les plus récents étudiants de l’équipe: Christopher St-Laurent
Pednault et Simon Bélanger. Leur énergie et leur curiosité sont tout particulièrement
motivantes.
Finalement, j’aimerais remercier les membres du Laboratoire de génomique des cancers
que j’ai eus l’immense plaisir de côtoyer tout au long de mes études universitaires.

AVANT-PROPOS
Ce mémoire est présenté avec insertion d’article. L’introduction se veut une revue de la
littérature pertinente la plus complète possible et traitant des divers aspects en lien avec
mon sujet de recherche. Elle sert également à définir mes hypothèses de recherche et à
justifier les manipulations réalisées.
Le chapitre 1 comprend essentiellement les résultats de laboratoire obtenus tout au long de
ma maîtrise, sous forme d’article scientifique rédigé en anglais pour faciliter la publication.
Ce projet fait suite à des recherches entamées par Dr Jacques Simard qui avait analysé les
gènes BRCA1 et BRCA2 dans une cohorte de femmes canadiennes-françaises atteintes de
cancer du sein et/ou de l’ovaire et provenant de familles à risque élevé. Les patientes chez
lesquelles aucune mutation délétère dans ces deux gènes n’a pu être identifiée ont par la
suite été étudiées dans l’équipe de ma directrice de mémoire, Dre Francine Durocher, dans
le but d’identifier de nouveaux gènes de susceptibilité. Ce chapitre traite donc
principalement des résultats du séquençage du gène candidat FANCC et de l’analyse des
résultats ainsi obtenus. Il touche également aux formes d’épissages alternatifs qui ont pu
être discernées lors de l’analyse de l’ADNc de patientes. Ces résultats seront soumis sous
peu pour publication. L’aide indispensable du Dr Yvan Labrie en lien avec la rédaction de
cet article se doit d’ailleurs d’être soulignée ainsi que la contribution de Geneviève
Ouellette pour son aide lors de certaines manipulations.
Le mémoire se termine par une conclusion qui rappelle les points principaux de l’étude et
qui se penche sur les forces ainsi que les limites de la méthodologie utilisée. Les avenues de
recherche futures en lien avec ce sujet y sont également explorées.

TABLE DES MATIÈRES
RÉSUMÉ .............................................................................................................................. ii
REMERCIEMENTS .......................................................................................................... iii
AVANT-PROPOS ................................................................................................................ iv
TABLE DES MATIÈRES .................................................................................................... v
LISTE DES TABLEAUX .................................................................................................... vi
LISTE DES FIGURES ...................................................................................................... vii
LISTE DES ABBRÉVIATIONS ..................................................................................... viii
INTRODUCTION ................................................................................................................ 1
1. CANCER DU SEIN................................................................................................ 1
1.1. STATISTIQUES SUR LE CANCER DU SEIN........................................... 1
1.2. FACTEURS DE RISQUE .............................................................................. 2
1.3. GÈNES DE SUSCEPTIBILITÉ .................................................................... 4
1.3.1. Les syndromes associés aux gènes de susceptibilité ................................. 7
2. ANÉMIE DE FANCONI ....................................................................................... 9
2.1. MANIFESTATIONS CLINIQUES............................................................... 9
2.1.1. Défauts congénitaux .................................................................................... 9
2.1.2. Troubles hématopoïétiques ...................................................................... 11
2.1.3. Susceptibilité aux cancers ......................................................................... 12
2.1.4. Caractéristiques cellulaires ...................................................................... 14
2.2. VOIE FANC-BRCA: LA RÉPARATION DES PONTAGES .................. 17
2.2.1. La détection des pontages interbrins et l’arrêt du cycle cellulaire ....... 18
2.2.2. L’assemblage du complexe I .................................................................... 19
2.2.3. Le complexe ID .......................................................................................... 22
2.2.4. L’inactivation de la voie FANC ............................................................... 25
2.2.5. Le complexe III .......................................................................................... 26
2.2.6. Modèle de réparation des pontages interbrins ....................................... 27
3. FANCC .................................................................................................................. 30
3.1. STRUCTURE ET LOCALISATION DU GÈNE FANCC ........................ 30
3.2. FANCC, DOMMAGES OXYDATIFS ET APOPTOSE........................... 35
3.3. MODÈLES MURINS ................................................................................... 37
3.4. INTERACTION ENTRE FANCC ET DES PROTÉINES NON-FANC 38
4. PROBLÉMATIQUE DE L’ÉTUDE PRÉSENTÉE: ANALYSES DU GÈNE
CANDIDAT FANCC ....................................................................................................... 40
CHAPITRE 1 ...................................................................................................................... 43
Résumé ............................................................................................................................. 45
Introduction ..................................................................................................................... 49
Materials and Methods ................................................................................................... 52
Results ............................................................................................................................. 55
Discussion ......................................................................................................................... 59
Acknowledgements .......................................................................................................... 64
Appendix .......................................................................................................................... 65
References ........................................................................................................................ 66
CONCLUSION ................................................................................................................... 82
BIBLIOGRAPHIE .............................................................................................................. 86