Fiche interpretation

- AIDE À L’INTERPRÉTATION DES TESTS GÉNOMIQUES IngenomiX propose une gamme de tests et de services génomiques d’aide
à la sélection. Ces tests permettent de prédire le potentiel génomique
d’un animal en analysant son ADN et en comparant le profil génomique
ainsi obtenu à celui d’une population d’animaux de référence.
EVALIM® et EVALIM® MODULO
EVALIM® intègre l’information de plusieurs dizaines de milliers de marqueurs
moléculaires SNP répartis sur l’ensemble du génome de l’animal pour produire
un score génomique. Cet indicateur, calculé pour 7 caractères économiquement
importants, représente le potentiel génomique de l’animal, en comparaison à
celui d’un ensemble d’animaux de référence génotypés (c'est-à-dire dont l’ADN a
été analysé) et phénotypés (c'est-à-dire dont les performances sont précisément
connues). Ce score génomique est une interprétation du patrimoine
génétique d’un animal. Il n’intègre aucune autre performance mesurée sur
l’animal ou son ascendance. Cependant, au même titre que l’IBOVAL, il s’agit d’une
estimation du potentiel génétique de l’animal dont le principal avantage reste
la précision sur un animal jeune. Il devient ainsi possible de repérer de manière
précoce les animaux les plus prometteurs et de raisonner ses choix de sélection en
fonction des objectifs du cheptel.
Ainsi, un animal recevant un score de 1 pour un caractère donné aura un profil
génomique proche de celui des animaux les moins bons de la population de
référence, et à ce titre, l’utilisation de cet animal risque de ne pas améliorer ce
caractère. Au contraire, un animal recevant un score de 10 se rapprochera des
animaux les plus remarquables de la race et aura de grandes chances d’améliorer
ce caractère dans la descendance. Pour tous les caractères, les scores obtenus se
lisent toujours dans le même sens, un score de 10 étant associé aux animaux
les plus prometteurs.
Le score génomique EVALIM® permet de positionner un animal par rapport à la
distribution d’un ensemble d’animaux connus servant de référence. La figure
ci-dessous montre la répartition de ces scores en fonction de la distribution
des performances pour un caractère. Les animaux avec un score de 1 à 5 sont
en dessous de la moyenne de la population de référence utilisée, tandis que les
scores de 6 à 10 sont attribués aux animaux au-dessus de la moyenne. Les scores
10+ et 10++ permettent de distinguer les animaux appartenant respectivement
aux 5% et 1% meilleurs de la population pour le caractère considéré.
La population de référence est composée d’animaux sélectionnés (puisque très
diffusés) ; les moyennes des scores génomiques ne correspondent donc pas
aux moyennes des index IBOVAL, et il est possible que certains animaux ayant
reçu une note relativement basse restent malgré tout améliorateurs pour le
caractère considéré (ex : CR ou DS où un animal recevant une note de 3 ou plus
sera améliorateur). Alternativement, il faudra qu’un animal obtienne un score de
7 pour les facilités de naissance (FN) pour atteindre un index IBOVAL de 100 en
moyenne pour les animaux de la population de référence. Le score correspondant
à un index IBOVAL de 100 dans ce tableau peut donc servir de moyenne raciale. Ce
score est reporté sur le profil génomique individuel et permet de déterminer si un
animal est améliorateur ou non pour chacun des postes évalués.
Les scores génomiques EVALIM® apportent la précision maximale actuellement
atteignable pour la race Limousine. La technologie utilisée rend possible
l’actualisation des scores génomiques en fonction de l’augmentation de la
population de référence ainsi que des évolutions des indexations. La base de
référence utilisée est indiquée sur le profil génomique individuel de l’animal
(actuellement INGX 2013). Les variations des prédictions génomiques restent
généralement faibles, mais, au même titre que l’indexation IBOVAL, il est possible
de rencontrer des variations significatives entre 2 évaluations génomiques utilisant
des bases différentes. C’est le cas lors de l’ajout d’animaux supplémentaires dans
la population de référence, ou lors d’un changement important de l‘index IBOVAL
de certains animaux de la population de référence.
Par ailleurs, une fois que l’animal a été analysé avec EVALIM®, ses données de
génotypage peuvent être réutilisées pour évaluer de nouveaux caractères sans
avoir besoin de les génotyper à nouveau. EVALIM® doit être considéré comme
un investissement à moyen et long terme.
EVALIM® MODULO est une déclinaison modulable d’EVALIM® permettant de
choisir spécifiquement les caractères à évaluer dans un cheptel ; il n’y a aucune
différence dans la précision des résultats par rapport à EVALIM®.
FILIATION ET RECHERCHE DE MUTATIONS
IngenomiX intègre au test EVALIM® (en option dans le cadre des tests EVALIM®
MODULO) la vérification de la compatibilité génétique entre l’animal analysé
et ses parents lorsque ceux-ci sont préalablement connus dans la base de
données nationale de SNP de filiation. En l’absence de parents connus, il ne sera
pas possible de réaliser ces analyses à moins que les prélèvements de poils des
parents aient été reçus par IngenomiX et qu’un profil ADN ait été demandé.
La recherche de mutations dans le gène de la myostatine (ou MH), responsable
du phénotype «culard» est également réalisée en routine dans le cadre du test
EVALIM® (en option dans le cadre des tests EVALIM® MODULO). Les animaux
porteurs d’une de ces mutations sont susceptibles de transmettre le caractère
«culard» à leur descendance.
Répartition schématique des scores génomiques en fonction de la distribution globale de
la population pour un caractère. Les animaux avec un score de 10 pour un caractère sont
considérés comme faisant partie des 10% meilleurs animaux de la race ; au contraire un
animal recevant un score de 1 à 3 sera plutôt en dessous de la moyenne de la population de
référence, qui se situe entre les scores génomiques 5 et 6.
Table de référence EVALIM®. Cette table décrit, pour chaque score génomique obtenu, la
moyenne des index IBOVAL réels des animaux constituant la population de référence. La
valeur la plus proche de 100 en IBOVAL est entourée en gris foncé pour mieux appréhender
l’échelle de notes. Elle est reportée sur le profil génomique individuel de chaque animal.
Enfin, il est possible de rechercher le statut sans corne des animaux. Les porteurs
d’un allèle Polled (animaux «sans corne») sont susceptibles de transmettre le
phénotype «sans corne» à leur descendance, mais seuls les porteurs homozygotes
pour la mutation transmettront ce statut à l’ensemble de leurs descendants.
DIFFUSION ET CONFIDENTIALITÉ
Le préleveur reste seul responsable de l’exactitude des informations
d’identification associées à l’échantillon biologique envoyé à IngenomiX (nom,
n° identification, date de naissance, sexe…) ; dans le cas où le prélèvement
est réalisé par un technicien-préleveur habilité, IngenomiX s’appuie sur la
déclaration du technicien agréé, pour certifier que le résultat génomique
est lié à l’identité de l’animal analysé. Il est conseillé de faire réaliser le
prélèvement par un préleveur habilité (technicien ou éleveur habilité auprès de
son Ede) pour pouvoir utiliser les résultats de filiation ou de recherche MH dans le
cadre d’une certification de l’animal par le Herd-Book Limousin.
IngenomiX considère que les résultats des analyses génomiques menées doivent
apporter un avantage concurrentiel aux éleveurs qui les demandent. Les résultats
des tests génomiques fournis par IngenomiX sont donc exclusivement réservés
au client ayant commandé l’analyse et ne sont en aucun cas communiqués à
des tiers sans un accord explicite du client. Lorsque les tests génomiques sont
commandés par l’intermédiaire d’une structure partenaire d’IngenomiX (ex: HerdBook, Bovins Croissance, Organisation de Producteurs partenaires), les résultats
seront fournis à cette structure qui se chargera de les faire suivre aux éleveurs par
le biais de leurs techniciens.
Pour des informations plus détaillées, merci de consulter notre site
internet : http://www.ingenomix.fr