Pathogènes gastro-intestinaux

INFOMicrobiologie
Novembre 2014
Pathogènes gastro-intestinaux, nouveautés.
Introduction:
L'étiologie infectieuse des diarrhées n'est pas toujours facile à cerner. Il est nécessaire d'obtenir d'une
part des résultats rapides permettant de cibler un traitement, d'isoler les patients si nécessaire mais aussi
d'isoler les pathogènes bactériens pour tester leur profil de sensibilité aux antibiotiques. Dans cette
perspective nous vous proposons deux approches complémentaires, une coproculture élargie et un
screening large par PCR
Coprocultures:
Les bactéries les plus souvent isolées au laboratoire dans notre région comme ailleurs en Suisse sont
toujours les Campylobacter et les Salmonelles. Avant 2006 une recherche d'Aeromonas et Yersinia était
incluse dans la recherche de base. Le changement tarifaire a imposé de rechercher ces deux pathogènes
sur demande expresse. Nous avons donc retiré ces recherches de notre routine et observé une
importante diminution des cas d'infection à Aeromonas. Dès mi-2011 nous avons réintroduit ces
recherches par intérêt scientifique et observé la réapparition des cas (cf. fig. ci-dessous). Nous vous
proposons dès lors d'inclure ces pathogènes dans une coproculture élargie.
Pourcentage des isolats positifs
Culture de base: comprend les recherches de Salmonella spp., Shigella spp. et Campylobacter spp. avec
identification complète et antibiogramme
Culture élargie : identique à la culture de base plus les recherches d'Aeromonas spp et Yersinia spp. avec
identification complète et antibiogramme
Il est toujours recommandé de rechercher les pathogènes sur 3 selles de 3 jours différents.
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1997-2005
2006-2011
2012-2013

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Novembre 2014
Panel pathogènes gastro-intestinaux par PCR:
Nous pouvons dès à présent vous proposer une recherche élargie de pathogènes gastro-intestinaux par
PCR multiplex en temps réel. Ce test cible simultanément 22 bactéries, virus et protozoaires intestinaux,
permettant une approche syndromique des diarrhées infectieuses. Le résultat est délivré après environ
une heure. Une culture spécifique sera ajoutée en cas de positivité pour un pathogène bactérien de façon
à obtenir la souche et de pouvoir effectuer un antibiogramme.
Ce panel ne cible évidemment pas tous les pathogènes, les recherches traditionnelles de bactéries et
parasites restent donc d'actualité.
Pathogènes gastro-intestinaux recherchés:
Bactéries: Campylobacter spp., C. difficile toxines A/B, Plesiomonas shigelloides, Salmonella spp., Vibrio spp.,
Vibrio cholerae, Yersinia enterocolytica, E.coli EHEC, STEC, E. coli O157, EIEC, EAEC, EPEC, ETEC.
Parasites: Cryptosporidium spp., Cyclospora cayetanensis, Entamoeba histolytica, Giardia lamblia. Virus:
adenovirus F 40/41, astrovirus, norovirus G1/G2, rotavirus A, sapovirus.
Pré-analytique.
Selles natives dans un tube à capuchon bleu (coprologie). Il n'est pas possible de faire l’analyse sur des
selles fixées au SAF (parasitologie); consulter les planches couleurs mises à disposition de chaque service
et cabinet médicaux ou sur notre site web.
Analytique.
Le test de PCR en temps réel pour la recherche de pathogènes gastro-intestinaux est disponible 7/7
pendant les heures d'ouverture du laboratoire.
Post-Analytique.
Les résultats de la PCR seront rendus dans la demi-journée suivant la réception de l'échantillon. Les
résultats seront disponibles via le système informatique à l'exception du dimanche. Dans le cadre
hospitalier (HNE ou HJB), à la validation biologique du résultat.
Tarification
Coproculture de base Positive points: 155
Négative points: 78
Coproculture élargie: idem culture de base + Positive points: 70
Négative points: 22
Panel GI: coût calculé sur le cumul de 3 PCR points: 540
Contacts
Microbiologie 032 967 2101 Microbiologistes FAMH 032 967 2133 (2134)