Pathogènes gastro-intestinaux
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INFOMicrobiologie Novembre 2014 Pathogènes gastro-intestinaux, nouveautés. Introduction: L'étiologie infectieuse des diarrhées n'est pas toujours facile à cerner. Il est nécessaire d'obtenir d'une part des résultats rapides permettant de cibler un traitement, d'isoler les patients si nécessaire mais aussi d'isoler les pathogènes bactériens pour tester leur profil de sensibilité aux antibiotiques. Dans cette perspective nous vous proposons deux approches complémentaires, une coproculture élargie et un screening large par PCR Coprocultures: Les bactéries les plus souvent isolées au laboratoire dans notre région comme ailleurs en Suisse sont toujours les Campylobacter et les Salmonelles. Avant 2006 une recherche d'Aeromonas et Yersinia était incluse dans la recherche de base. Le changement tarifaire a imposé de rechercher ces deux pathogènes sur demande expresse. Nous avons donc retiré ces recherches de notre routine et observé une importante diminution des cas d'infection à Aeromonas. Dès mi-2011 nous avons réintroduit ces recherches par intérêt scientifique et observé la réapparition des cas (cf. fig. ci-dessous). Nous vous proposons dès lors d'inclure ces pathogènes dans une coproculture élargie. Pourcentage des isolats positifs 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 1997-2005 2006-2011 2012-2013 Culture de base: comprend les recherches de Salmonella spp., Shigella spp. et Campylobacter spp. avec identification complète et antibiogramme Culture élargie : identique à la culture de base plus les recherches d'Aeromonas spp et Yersinia spp. avec identification complète et antibiogramme Il est toujours recommandé de rechercher les pathogènes sur 3 selles de 3 jours différents. INFOMicrobiologie Novembre 2014 Panel pathogènes gastro-intestinaux par PCR: Nous pouvons dès à présent vous proposer une recherche élargie de pathogènes gastro-intestinaux par PCR multiplex en temps réel. Ce test cible simultanément 22 bactéries, virus et protozoaires intestinaux, permettant une approche syndromique des diarrhées infectieuses. Le résultat est délivré après environ une heure. Une culture spécifique sera ajoutée en cas de positivité pour un pathogène bactérien de façon à obtenir la souche et de pouvoir effectuer un antibiogramme. Ce panel ne cible évidemment pas tous les pathogènes, les recherches traditionnelles de bactéries et parasites restent donc d'actualité. Pathogènes gastro-intestinaux recherchés: Bactéries: Campylobacter spp., C. difficile toxines A/B, Plesiomonas shigelloides, Salmonella spp., Vibrio spp., Vibrio cholerae, Yersinia enterocolytica, E.coli EHEC, STEC, E. coli O157, EIEC, EAEC, EPEC, ETEC. Parasites: Cryptosporidium spp., Cyclospora cayetanensis, Entamoeba histolytica, Giardia lamblia. Virus: adenovirus F 40/41, astrovirus, norovirus G1/G2, rotavirus A, sapovirus. Pré-analytique. Selles natives dans un tube à capuchon bleu (coprologie). Il n'est pas possible de faire l’analyse sur des selles fixées au SAF (parasitologie); consulter les planches couleurs mises à disposition de chaque service et cabinet médicaux ou sur notre site web. Analytique. Le test de PCR en temps réel pour la recherche de pathogènes gastro-intestinaux est disponible 7/7 pendant les heures d'ouverture du laboratoire. Post-Analytique. Les résultats de la PCR seront rendus dans la demi-journée suivant la réception de l'échantillon. Les résultats seront disponibles via le système informatique à l'exception du dimanche. Dans le cadre hospitalier (HNE ou HJB), à la validation biologique du résultat. Tarification Coproculture de base Coproculture élargie: idem culture de base + Panel GI: coût calculé sur le cumul de 3 PCR Positive Négative points: 155 points: 78 Positive Négative points: 70 points: 22 points: 540 Contacts Microbiologie 032 967 2101 Microbiologistes FAMH 032 967 2133 (2134)
