Master - Mention Microbiologie, biologie végétale et biotechnologies

Master - Mention Microbiologie, biologie végétale et biotechnologies
! Secrétariat
o Patricia Violland, Secrétariat pédagogique de Biologie, bat TPR2, 4ème étage - 04 91 82 95 46 -
[email protected]
! Responsables
Mention et M1 : Chantal Tardif, chantal.tardif@ univ-amu.fr
M2 Spécialité R Microbiologie : Frédéric Barras, [e-mail]
M2 Spécialité R Biologie Végétale : Christophe Robaglia, christophe.robaglia@ univ-amu.fr
M2 Spécialité R BIODEV : Craig FAULDS, [email protected]
Organisation des enseignements du Master 1 MBVB –parcours « microbiologie »,
« BV » et « mixte »
! en noir les unités organisées par MBVB, en bleu les unités organisées par BBSG, en rouge les unités
organisées par DI, en violet les unités organisées par le CIELL.
! en gras les unités obligatoires, en caractères normaux les unités optionnelles (choisir une unité de chaque
rang pour les unités optionnelles, cf fiche de choix d’unités)
Semestre 1
Crédits
Intitulé de l’UE
Responsable
Mail
Contrôle connaissances
1
3
Introduction à la
génomique 1
Pascal Rihet/ Céline Brochier
[e-mail]
Ecrit
2
3
Des bactéries aux
plantes
Cheng Cai Zhang
cheng-cai.zhang@univ-
amu.fr
Ecrit
3
3
Stress oxydant et
autres stress
cellulaires
Frédéric Barras
Frederic.barras@univ-
amu.fr.
Ecrit
4
3
Transport et
adressage des
macromolécules
Sophie Blévès
sophie.bleves@univ-
amu.fr
Ecrit
5
6
Initiation à la
recherche 1
(Ateliers 100h)
Zohra Dermoun
zorah.dermoun@univ-
amu.fr
Ecrit + oral
6
3
Mécanismes
moléculaires de
régulation
Cécile Jourlin
[email protected]-mrs.fr
Ecrit
7 et 8
3
Biochimie
intégrative du
végétal
Christophe Laloi
christophe.laloi@univ-
amu.fr
Ecrit
7 et 8
3
Biologie cellulaire
et développement
végétal
Patrice Crété
patricie.crete@univ-
amu.fr
Ecrit
7 et 8
3
Anatomie
fonctionnelle des
bactéries
Chantal Tardif
chantal.tardif@univ-
amu.fr
Ecrit
7 et 8
3
Nutrition et
croissance
Zohra Dermoun
zorah.dermoun@univ-
amu.fr
Ecrit
9
3
Unité libre :
Anglais
Bioinformatique 1
Introduction à la
génomique 2
Biochimie
structurale 2
Virologie
Responsables :
Tom Grainger
Jacques van Helden
Pascal Rihet
James Sturgis
Christophe Robaglia
tom.grainger@univ-
amu.fr
jacques.van-helden@univ-
amu.fr
[e-mail]
james.sturgis@univ-
amu.fr
christophe.robaglia@univ-
amu.fr
Contr. Conn. :
Ecrit
Ecrit + contrôle continu
Oral
Ecrit + Oraux
Ecrit
Total des crédits d'UEs de rangs différents : 30
Semestre 2

Rang
Crédits
Intitulé de l’UE
Responsable
Mail
Contrôle connaissances
1
12
Initiation à la
recherche 2 (Stage
6 semaines)
Zorah Dermoun
[email protected]
Rapport + maitre de stage
1
12
Consolidation
Sophie Blévès
sophie.bleves@univ-
amu.fr
Ecrit + TP
2
6
Communiquer en
sciences
Maryline Foglino
maryline.foglino@univ-
amu.fr
Oral
3,4,5
et 6
3
Interaction
plantes/pathogènes
et symbiontes
Christophe Robaglia
christophe.robaglia@univ-
amu.fr
Ecrit
3,4,5
et 6
3
Adaptation des
plantes à
l'environnement
Stéfano Caffarri
stefano.caffarri@univ-
amu.fr
Ecrit
3,4,5
et 6
3
Métabolismes
microbiens et les
grands cycles de la
matière
Zorah Dermoun
zorah.dermoun@univ-
amu.fr
Ecrit
3,4,5
et 6
3
Biotechnologies
microbienne et
végétale
Christophe Robaglia
christophe.robaglia@univ-
amu.fr
Ecrit
3,4,5
et 6
3
Différentiation
cellulaire
bactérienne
Cheng Cai Zhang
cheng-cai.zhang@univ-
amu.fr
Oral + écrit
3,4,5
et 6
3
Sciences et société
Frédéric Barras
[email protected]-mrs.fr
Oral + rapport
3,4,5
et 6
3
Pathogénie
bactérienne
Sophie Blévès
sophie.bleves@univ-
amu.fr
Ecrit
Total des crédits d'UEs de rangs différents : 30
Règles pour l’acquisition de l’année
! L’année = 60 crédits européens (ECTS)
! Les semestres ne sont pas compensables, vous devez acquérir indépendamment les 30 ECTS de
chaque semestre.
! Au sein de chaque semestre, les unités s’acquièrent
o indépendamment : chaque unité est acquise définitivement avec les ECTS correspondants
lorsque la note correspondante est supérieure ou égale à 10 sur 20.
o par compensation : toutes les unités d’un semestre sont acquises lorsque la moyenne générale
du semestre (calculée en tenant compte des coefficients, relatifs aux ECTS) est supérieure ou
égale à 10 sur 20.
Admission en M2 MBVB
* Mention AB souhaitée, accès limitée par l’accord sur un stage accrédité par le comité de pilotage du
master.
* Quelques informations sur les différentes spécialités de M2 MBVB à l’URL suivante : http://bio-
sciences.univ-amu.fr/master-mbvb.
* Chaque spécialité de M2 est organisée de la façon suivante : un semestre d’enseignements théoriques
(septembre à décembre) et un semestre « stage » de janvier à juin. Le stage en milieu académique, en
plateforme technologique ou en entreprise.
Quelques informations pratiques
Documents fournis :
! Emploi du temps du 1er semestre. Surveiller les actualisations sur l’ENT et votre boite mail.
! Fiches de choix d’unités optionnelles à remplir et déposer au secrétariat du M1 début septembre
pour le S1 et mi-décembre pour le S2. Consulter la description des unités (voir ci-dessous) pour
vous aider dans vos choix. Les choix indiqués sur la fiche seront utilisés pour les inscriptions aux

examens. Toute absence aux examens correspondants sera considérée comme une absence injustifiée et
vaudra un zéro.
! Plan du campus universitaire et technologique de Marseille-Luminy avec indication de la
localisation des salles et amphis sur le site du master. En cas de doute sur la localisation d’une salle,
s’adresser à l’accueil du grand hall.
Description du contenu des UEs de M1
Intitulé de l'UE
Adaptation des plantes à l'environnement
Semestre n°
Semestre 2
Crédits
3
Contenus
La première partie du cours a pour but de présenter les réponses des plantes aux changements de
l’environnement et les mécanismes moléculaires et cellulaires de défense contre les stress abiotiques.
La deuxième partie étudie les bases et les dernières avancées concernant les régulations épigénétiques qui
interviennent dans des processus biologiques tel que le développement, la résistance au virus ou le contrôle
des éléments transposables. Le rôle des régulations épigénétiques de type transcriptionnel et post-
transcriptionnel dans l’adaptation des plantes à des changements environnementaux a été récemment mis en
évidence.
Responsables
Stefano CAFFARRI
Enseignants
intervenant dans
l'UE
Stefano CAFFARRI, MC
Patrice CRETE, MC
Christophe LALOI MC
Intitulé de l'UE
Anatomie fonctionnelle des bactéries
Semestre n°
Semestre 1
Crédits
3
Contenus
La majeure partie de ce cours porte sur l’étude de la structure et de la fonction des enveloppes
bactériennes et des appendices qui leurs sont associés:
-Paroi et autres structures de l'enveloppe bactérienne : muréines et polymères associés, membrane
externe des gram négatives, couche S (S-layer), capsules et polymères excrétés.
-Membrane et Perméation : Perméase, Phosphotransférase, Transporteur ABC. Transport des ions.
- Adhésion et mobilité/chimiotactisme : Pili et Flagelles.
Une partie du cours est consacrée à l’étude de la diversité du monde bactérien
Responsables
Chantal TARDIF
Enseignants
intervenant dans l'UE
Stéphanie PERRET MC
Anne WALBURGER MC
Chantal TARDIF Professeur
Intitulé de l'UE
Anglais
Semestre n°
Semestre 1
Crédits
3
Contenus
Consolidation des notions d’anglais acquises jusqu’en licence. Préparation au TOEIC
Responsables
Tom GRAINGER
Enseignants intervenant dans l'UE
Enseignants du CIELL
Intitulé de l'UE
Biochimie intégrative du végétal
Semestre n°
Semestre 1
Crédits
3
Contenus
Les photorécepteurs chez les plantes: phytochromes, cryptochrome et phototropines;
Fluorescence de la chlorophylle comme méthode d’étude de l’état physiologique des plantes;
Métabolisme secondaire : isoprénoïdes, alcaloïdes, molécules phénoliques;
Régulation et interconnections du métabolisme;

Nutrition minérale: azote et phosphore;
Outils génétiques pour l’étude de la physiologie des plantes;
Import des protéines dans le chloroplaste
Présentation d’articles portants sur les thèmes traités en cours.
Objectif : Enseignement du métabolisme végétal et de la physiologie des plantes pour ce qui concerne
les voies spécifiques des végétaux à fin d’approfondir les relations plante-environnement.
Responsables
Christophe LALOI
Enseignants
intervenant dans l'UE
Stefano CAFFARRI MC
Laurent NUSSAUME DR CEA
Thierry DESNOS, DR CEA
Christophe LALOI MC
Intitulé de l'UE
Biologie cellulaire et développement végétal
Semestre n°
Semestre 1
Crédits
3
Contenus
Cette unité présente les éléments essentiels de la biologie du développement des végétaux. Les
particularités cellulaires et organisationnelles des plantes seront rappelées (paroi, plasmodesmes etc) et leur
conséquence sur les processus développementaux étudiées. L'ensemble du cours tentera de faire une
synthèse critique entre les données classiques de la botanique expérimentale et celles, plus récentes,
apportées par la génétique moléculaire, la biochimie et l'imagerie cellulaire et subcellulaire.
Les sujets suivants seront abordés:
Rappels : cellules végétales
Hormones végétales (auxines, cytokinines)
Organisation de la plante
Fécondation et embryogénèse (zygotique et somatique)
Totipotence des cellules végétales
Méristèmes
Rôle de la paroi dans la morphogénèse
Génétique et fonctionnement du méristème
Génétique du développement floral
Développement et morphogénèse adaptative de la racine
Responsables
Patrice CRETE
Enseignants
intervenant dans
l'UE
Christophe ROBAGLIA, Professeur
Patrice CRETE MC
Benoît MENAND, Chargé de Recherche CNRS
Intitulé de l'UE
Biotechnologies microbienne et végétale
Semestre n°
Semestre 2
Crédits
3
Contenus
Dans cette UE double (biotechnologies végétales, biotechnologies microbiennes) seront étudiées les
principes de l'amélioration des plantes modernes comme l'utilisation des marqueurs moléculaires, le
développement et les applications de la génétique quantitative, les méthodes et les applications de la
transformation génétique nucléaire et chloroplastique. On étudiera aussi les principes de l'utilisation des
plantes et des micro-algues pour la production de biocarburants. Les présentations, physiologie et
précautions de mise en oeuvre de microorganismes jouant un rôle central dans les applications finalisées
seront abordées, sous l’angle de la métagénomique, des OGM, et de la préservation de l’environnement
(composés xénobiotiques, valorisation en molécules à très haute valeur ajoutée). Les enseignements
pourront avoir lieu partiellement sur les sites de l'INRA Montfavet et du CEA Cadarache et
s'accompagneront de visite de laboratoires et installations expérimentales.
Les stratégies d'ingénierie métabolique et d'expression hétérologue mises en oeuvre en biotechnologies
microbiennes seront illustrées par des exemples principalement sur l'utilisation des micro-organismes pour
la production de métabolites cellulaires à intérêt industriel (acides aminés, biocarburants) et de protéines à
usage thérapeutique mais aussi sur leur utilisation en dépollution ou en alimentaire.
Responsables
Pascale DE PHILIP MC
Enseignants
intervenant dans
l'UE
Pascale DE PHILIP MC
Christophe ROBAGLIA, PR
Intitulé de l'UE
Communiquer en sciences

Semestre n°
Semestre 2
Crédits
6
Contenus
Après une ou deux séances introductives, l’étudiant doit expliquer à l’ensemble des étudiants de l’UE, le
contenu d’un article scientifique issu d’un journal international sur un thème donné. Un thème est choisi
par chaque intervenant qui encadre un petit groupe d’étudiants (maximum 7) les aidant dans leur lecture et
les conseillant pour la préparation de l’exposé oral. Durant trente minutes, outre l’exposé proprement dit,
l’étudiant doit répondre aux questions des autres étudiants mais également des enseignants participants. Un
jury d’étudiants est constitué dans le but de permettre un apprentissage de l’évaluation.
Responsables
Maryline FOGLINO
Enseignants
intervenant dans
l'UE
6 intervenants participent chaque année à cette UE. Tous les enseignants du Master sont susceptibles d'y
participer.
Intitulé de l'UE
Des bactéries aux plantes
Semestre n°
Semestre 1
Crédits
3
Contenus
Un grand nombre de fonctions métabolique et énergétique sont conservées chez les plantes et les bactéries.
Ces observations sont les plus évidentes lorsqu’on considère les chloroplastes et les cyanobactéries qui
partagent des ancêtres en commun. Les génomes chloroplastiques ne représentent que 5-10% d’un génome
moyen de cyanobactéries. Alors où est partie la majorité de gènes et comment le chloroplaste de type
procaryote s’intègre dans le fonctionnement global d’une plante vice-versa ? Ce cours d’interface traitera
ces problématiques en intégrant les informations des études sur les génomes de plantes, de cyanobactéries
et de chloroplastes, et des bactéries.
Les thèmes traités sont: 1) génomique comparative et fonctionnelle entre chloroplastes, cyanobactéries et
plantes; 2) division des chloroplastes comparée à la division bactérienne; 3) exemples de conservation du
mécanisme de régulation et de signalisation chez les plantes et les bactéries; 4) régulation et coordination
des métabolismes carboné et azoté chez les plantes et les cyanobactéries.
Responsables
Cheng Cai ZHANG
Enseignants
intervenant dans
l'UE
Emmanuelle BOUVERET, Chargé de Recherche CNRS
Amel LATIFI, MC
Christophe ROBAGLIA, PR
Cheng Cai ZHANG, PR
Intitulé de l'UE
Différentiation cellulaire bactérienne
Semestre n°
Semestre 2
Crédits
3
Contenus
Dans certaines conditions, les bactéries réorganisent leur cellule pendant un processus de différenciation.
Les différentes activités cellulaires, telles que métabolisme, cycle cellulaire et morphogenèse, sont
hautement coordonnées. A travers quelques modèles (Bacillus, Caulobacter, Anabaena, Myxococcus), les
points suivants seront traités : 1) programme génétique de la différenciation, 2) expression spatio-
temporelle des gènes, et 3) interaction inter-cellulaire et comportement social chez les bactéries.
Première partie (C.-C. Zhang) : Différenciation et comportement social chez Caulobacter, Anabaena, et
Myxococcus
Deuxième partie (C. Jourlin-Castelli) : La sporulation chez Bacillus (Programme génétique et réseau de
régulation)
Responsables
Cheng-Cai ZHANG
Enseignants
intervenant dans
l'UE
Cécile JOURLIN-CASTELLI, MC
Cheng-Cai ZHANG, PR
Intitulé de l'UE
Métabolismes microbiens et les grands cycles de la matière
Semestre n°
Semestre 2
Crédits
3
Contenus
A travers plusieurs thèmes, les différentes approches de l’étude d’un métabolisme sont développées
(approches physiologiques, biochimiques, génétiques et évolution)
Thème 1 : Métabolisme de l’hydrogène et les hydrogénases
Thème 2 : Dégradation microbienne des polymères carbonés majeurs sur la planète