Master - Mention Microbiologie, biologie végétale et biotechnologies F Secrétariat o Patricia Violland, Secrétariat pédagogique de Biologie, bat TPR2, 4ème étage - 04 91 82 95 46 [email protected] F Responsables Mention et M1 : Chantal Tardif, chantal.tardif@ univ-amu.fr M2 Spécialité R Microbiologie : Frédéric Barras, [email protected] M2 Spécialité R Biologie Végétale : Christophe Robaglia, christophe.robaglia@ univ-amu.fr M2 Spécialité R BIODEV : Craig FAULDS, [email protected] Organisation des enseignements du Master 1 MBVB –parcours « microbiologie », « BV » et « mixte » F en noir les unités organisées par MBVB, en bleu les unités organisées par BBSG, en rouge les unités organisées par DI, en violet les unités organisées par le CIELL. F en gras les unités obligatoires, en caractères normaux les unités optionnelles (choisir une unité de chaque rang pour les unités optionnelles, cf fiche de choix d’unités) Semestre 1 Crédits Intitulé de l’UE Mail Contrôle connaissances Responsable 1 3 Introduction à la génomique 1 Pascal Rihet/ Céline Brochier [email protected] Ecrit 2 3 Des bactéries aux plantes Cheng Cai Zhang cheng-cai.zhang@univEcrit amu.fr 3 Stress oxydant et 3 autres stress cellulaires Frédéric Barras Frederic.barras@univEcrit amu.fr. 4 Transport et 3 adressage des macromolécules Sophie Blévès sophie.bleves@univEcrit amu.fr 5 Initiation à la 6 recherche 1 (Ateliers 100h) 6 Mécanismes 3 moléculaires de régulation 7 et 8 Biochimie 3 intégrative du végétal 7 et 8 Biologie cellulaire 3 et développement végétal 7 et 8 Anatomie 3 fonctionnelle des bactéries 7 et 8 3 9 Zohra Dermoun Cécile Jourlin [email protected] Ecrit Christophe Laloi christophe.laloi@univEcrit amu.fr Patrice Crété patricie.crete@univEcrit amu.fr Chantal Tardif chantal.tardif@univEcrit amu.fr Zohra Dermoun zorah.dermoun@univEcrit amu.fr Nutrition et croissance Unité libre : Anglais Bioinformatique 1 3 Introduction à la génomique 2 Biochimie structurale 2 Virologie zorah.dermoun@univEcrit + oral amu.fr tom.grainger@univResponsables : amu.fr Contr. Conn. : Tom Grainger jacques.van-helden@univ- Ecrit Jacques van Helden amu.fr Ecrit + contrôle continu Pascal Rihet [email protected] Oral James Sturgis james.sturgis@univ- Ecrit + Oraux Christophe Robaglia amu.fr Ecrit [email protected] Total des crédits d'UEs de rangs différents : 30 Semestre 2 Rang Crédits Intitulé de l’UE 1 Initiation à la 12 recherche 2 (Stage 6 semaines) 1 12 Consolidation Responsable Mail Zorah Dermoun Sophie Blévès Contrôle connaissances [email protected] Rapport + maitre de stage sophie.bleves@univEcrit + TP amu.fr Communiquer en sciences Maryline Foglino maryline.foglino@univOral amu.fr 3,4,5 et 6 Interaction 3 plantes/pathogènes et symbiontes Christophe Robaglia christophe.robaglia@univEcrit amu.fr 3,4,5 et 6 Adaptation des 3 plantes à l'environnement Stéfano Caffarri stefano.caffarri@univEcrit amu.fr 3,4,5 et 6 Métabolismes microbiens et les 3 grands cycles de la matière Zorah Dermoun zorah.dermoun@univEcrit amu.fr 3,4,5 et 6 Biotechnologies 3 microbienne et végétale Christophe Robaglia christophe.robaglia@univEcrit amu.fr 3,4,5 et 6 Différentiation 3 cellulaire bactérienne 3,4,5 et 6 3 Sciences et société 3,4,5 et 6 3 2 6 Pathogénie bactérienne Cheng Cai Zhang Frédéric Barras Sophie Blévès cheng-cai.zhang@univOral + écrit amu.fr [email protected] Oral + rapport sophie.bleves@univEcrit amu.fr Total des crédits d'UEs de rangs différents : 30 Règles pour l’acquisition de l’année F L’année = 60 crédits européens (ECTS) F Les semestres ne sont pas compensables, vous devez acquérir indépendamment les 30 ECTS de chaque semestre. F Au sein de chaque semestre, les unités s’acquièrent o indépendamment : chaque unité est acquise définitivement avec les ECTS correspondants lorsque la note correspondante est supérieure ou égale à 10 sur 20. o par compensation : toutes les unités d’un semestre sont acquises lorsque la moyenne générale du semestre (calculée en tenant compte des coefficients, relatifs aux ECTS) est supérieure ou égale à 10 sur 20. Admission en M2 MBVB * Mention AB souhaitée, accès limitée par l’accord sur un stage accrédité par le comité de pilotage du master. * Quelques informations sur les différentes spécialités de M2 MBVB à l’URL suivante : http://biosciences.univ-amu.fr/master-mbvb. * Chaque spécialité de M2 est organisée de la façon suivante : un semestre d’enseignements théoriques (septembre à décembre) et un semestre « stage » de janvier à juin. Le stage en milieu académique, en plateforme technologique ou en entreprise. Quelques informations pratiques Documents fournis : F Emploi du temps du 1er semestre. Surveiller les actualisations sur l’ENT et votre boite mail. F Fiches de choix d’unités optionnelles à remplir et déposer au secrétariat du M1 début septembre pour le S1 et mi-décembre pour le S2. Consulter la description des unités (voir ci-dessous) pour vous aider dans vos choix. Les choix indiqués sur la fiche seront utilisés pour les inscriptions aux examens. Toute absence aux examens correspondants sera considérée comme une absence injustifiée et vaudra un zéro. F Plan du campus universitaire et technologique de Marseille-Luminy avec indication de la localisation des salles et amphis sur le site du master. En cas de doute sur la localisation d’une salle, s’adresser à l’accueil du grand hall. Description du contenu des UEs de M1 Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Adaptation des plantes à l'environnement Semestre 2 3 Contenus Responsables La première partie du cours a pour but de présenter les réponses des plantes aux changements de l’environnement et les mécanismes moléculaires et cellulaires de défense contre les stress abiotiques. La deuxième partie étudie les bases et les dernières avancées concernant les régulations épigénétiques qui interviennent dans des processus biologiques tel que le développement, la résistance au virus ou le contrôle des éléments transposables. Le rôle des régulations épigénétiques de type transcriptionnel et posttranscriptionnel dans l’adaptation des plantes à des changements environnementaux a été récemment mis en évidence. Stefano CAFFARRI Stefano CAFFARRI, MC Enseignants Patrice CRETE, MC intervenant dans Christophe LALOI MC l'UE Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Anatomie fonctionnelle des bactéries Semestre 1 3 La majeure partie de ce cours porte sur l’étude de la structure et de la fonction des enveloppes bactériennes et des appendices qui leurs sont associés: -Paroi et autres structures de l'enveloppe bactérienne : muréines et polymères associés, membrane externe des gram négatives, couche S (S-layer), capsules et polymères excrétés. -Membrane et Perméation : Perméase, Phosphotransférase, Transporteur ABC. Transport des ions. - Adhésion et mobilité/chimiotactisme : Pili et Flagelles. Une partie du cours est consacrée à l’étude de la diversité du monde bactérien Chantal TARDIF Stéphanie PERRET MC Enseignants Anne WALBURGER MC intervenant dans l'UE Chantal TARDIF Professeur Intitulé de l'UE Anglais Semestre n° Semestre 1 Crédits 3 Consolidation des notions d’anglais acquises jusqu’en licence. Préparation au TOEIC Contenus Responsables Tom GRAINGER Enseignants intervenant dans l'UE Enseignants du CIELL Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Biochimie intégrative du végétal Semestre 1 3 Les photorécepteurs chez les plantes: phytochromes, cryptochrome et phototropines; Fluorescence de la chlorophylle comme méthode d’étude de l’état physiologique des plantes; Métabolisme secondaire : isoprénoïdes, alcaloïdes, molécules phénoliques; Régulation et interconnections du métabolisme; Nutrition minérale: azote et phosphore; Outils génétiques pour l’étude de la physiologie des plantes; Import des protéines dans le chloroplaste Présentation d’articles portants sur les thèmes traités en cours. Objectif : Enseignement du métabolisme végétal et de la physiologie des plantes pour ce qui concerne les voies spécifiques des végétaux à fin d’approfondir les relations plante-environnement. Responsables Christophe LALOI Stefano CAFFARRI MC Enseignants Laurent NUSSAUME DR CEA intervenant dans l'UE Thierry DESNOS, DR CEA Christophe LALOI MC Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Biologie cellulaire et développement végétal Semestre 1 3 Cette unité présente les éléments essentiels de la biologie du développement des végétaux. Les particularités cellulaires et organisationnelles des plantes seront rappelées (paroi, plasmodesmes etc) et leur conséquence sur les processus développementaux étudiées. L'ensemble du cours tentera de faire une synthèse critique entre les données classiques de la botanique expérimentale et celles, plus récentes, apportées par la génétique moléculaire, la biochimie et l'imagerie cellulaire et subcellulaire. Les sujets suivants seront abordés: Rappels : cellules végétales Hormones végétales (auxines, cytokinines) Organisation de la plante Fécondation et embryogénèse (zygotique et somatique) Totipotence des cellules végétales Méristèmes Rôle de la paroi dans la morphogénèse Génétique et fonctionnement du méristème Génétique du développement floral Développement et morphogénèse adaptative de la racine Patrice CRETE Enseignants Christophe ROBAGLIA, Professeur intervenant dans Patrice CRETE MC l'UE Benoît MENAND, Chargé de Recherche CNRS Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Biotechnologies microbienne et végétale Semestre 2 3 Dans cette UE double (biotechnologies végétales, biotechnologies microbiennes) seront étudiées les principes de l'amélioration des plantes modernes comme l'utilisation des marqueurs moléculaires, le développement et les applications de la génétique quantitative, les méthodes et les applications de la transformation génétique nucléaire et chloroplastique. On étudiera aussi les principes de l'utilisation des plantes et des micro-algues pour la production de biocarburants. Les présentations, physiologie et précautions de mise en oeuvre de microorganismes jouant un rôle central dans les applications finalisées seront abordées, sous l’angle de la métagénomique, des OGM, et de la préservation de l’environnement (composés xénobiotiques, valorisation en molécules à très haute valeur ajoutée). Les enseignements pourront avoir lieu partiellement sur les sites de l'INRA Montfavet et du CEA Cadarache et s'accompagneront de visite de laboratoires et installations expérimentales. Les stratégies d'ingénierie métabolique et d'expression hétérologue mises en oeuvre en biotechnologies microbiennes seront illustrées par des exemples principalement sur l'utilisation des micro-organismes pour la production de métabolites cellulaires à intérêt industriel (acides aminés, biocarburants) et de protéines à usage thérapeutique mais aussi sur leur utilisation en dépollution ou en alimentaire. Pascale DE PHILIP MC Enseignants Pascale DE PHILIP MC intervenant dans Christophe ROBAGLIA, PR l'UE Intitulé de l'UE Communiquer en sciences Semestre n° Crédits Contenus Responsables Semestre 2 6 Après une ou deux séances introductives, l’étudiant doit expliquer à l’ensemble des étudiants de l’UE, le contenu d’un article scientifique issu d’un journal international sur un thème donné. Un thème est choisi par chaque intervenant qui encadre un petit groupe d’étudiants (maximum 7) les aidant dans leur lecture et les conseillant pour la préparation de l’exposé oral. Durant trente minutes, outre l’exposé proprement dit, l’étudiant doit répondre aux questions des autres étudiants mais également des enseignants participants. Un jury d’étudiants est constitué dans le but de permettre un apprentissage de l’évaluation. Maryline FOGLINO Enseignants 6 intervenants participent chaque année à cette UE. Tous les enseignants du Master sont susceptibles d'y intervenant dans participer. l'UE Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Des bactéries aux plantes Semestre 1 3 Un grand nombre de fonctions métabolique et énergétique sont conservées chez les plantes et les bactéries. Ces observations sont les plus évidentes lorsqu’on considère les chloroplastes et les cyanobactéries qui partagent des ancêtres en commun. Les génomes chloroplastiques ne représentent que 5-10% d’un génome moyen de cyanobactéries. Alors où est partie la majorité de gènes et comment le chloroplaste de type procaryote s’intègre dans le fonctionnement global d’une plante vice-versa ? Ce cours d’interface traitera ces problématiques en intégrant les informations des études sur les génomes de plantes, de cyanobactéries et de chloroplastes, et des bactéries. Les thèmes traités sont: 1) génomique comparative et fonctionnelle entre chloroplastes, cyanobactéries et plantes; 2) division des chloroplastes comparée à la division bactérienne; 3) exemples de conservation du mécanisme de régulation et de signalisation chez les plantes et les bactéries; 4) régulation et coordination des métabolismes carboné et azoté chez les plantes et les cyanobactéries. Cheng Cai ZHANG Emmanuelle BOUVERET, Chargé de Recherche CNRS Enseignants Amel LATIFI, MC intervenant dans Christophe ROBAGLIA, PR l'UE Cheng Cai ZHANG, PR Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Différentiation cellulaire bactérienne Semestre 2 3 Dans certaines conditions, les bactéries réorganisent leur cellule pendant un processus de différenciation. Les différentes activités cellulaires, telles que métabolisme, cycle cellulaire et morphogenèse, sont hautement coordonnées. A travers quelques modèles (Bacillus, Caulobacter, Anabaena, Myxococcus), les points suivants seront traités : 1) programme génétique de la différenciation, 2) expression spatiotemporelle des gènes, et 3) interaction inter-cellulaire et comportement social chez les bactéries. Première partie (C.-C. Zhang) : Différenciation et comportement social chez Caulobacter, Anabaena, et Myxococcus Deuxième partie (C. Jourlin-Castelli) : La sporulation chez Bacillus (Programme génétique et réseau de régulation) Cheng-Cai ZHANG Enseignants Cécile JOURLIN-CASTELLI, MC intervenant dans Cheng-Cai ZHANG, PR l'UE Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Métabolismes microbiens et les grands cycles de la matière Semestre 2 3 A travers plusieurs thèmes, les différentes approches de l’étude d’un métabolisme sont développées (approches physiologiques, biochimiques, génétiques et évolution) Thème 1 : Métabolisme de l’hydrogène et les hydrogénases Thème 2 : Dégradation microbienne des polymères carbonés majeurs sur la planète Physiologie des bactéries qui jouent un grand rôle dans les cycles de la matière étudiée sous les angles biochimique et moléculaire : Cycle du soufre et physiologie des bactéries sulfato-réductrices Cycle du carbone et Relations trophiques inter-espèces qui permettent la minéralisation anaérobie de la matière organique-Transfert inter-espèces d’hydrogène-méthanogenèse. Cycle de l’azote et métabolismes associés Métabolisme et réactivité de l’oxygène Biotopes extrêmes Responsables Zorah DERMOUN Enseignants intervenant Zorah DERMOUN MC dans l'UE Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Initiation à la recherche 1 Semestre 1 6 Les étudiants se familiarisent avec la problématique de recherche par la lecture de publications scientifiques, conçoivent, préparent et réalisent des expériences. Ils analysent et critiquent les résultats obtenus. Chaque atelier comprend des manipulations de microbiologie/biologie végétale, biologie moléculaire, biochimie, ainsi que des analyses bio-informatiques. L’objectif est de créer un environnement de recherche en mettant en avant l’interdisciplinarité essentielle pour mener à bien un projet et progresser dans la connaissance. Chaque atelier regroupant une dizaine d'étudiants est encadré par un enseignantchercheur. Zohra DERMOUN Laurent AUSSEL, MC Sophie BLEVES, MC Zorah DERMOUN, MC Enseignants Cécile JOURLIN, MC intervenant dans Amel LATIFI, PR l'UE Sandrine PAGES, MC Pascale de PHILIP, MC Anne WALBURGER, MC Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Initiation à la recherche 2 Semestre 2 12 Stage en laboratoire de recherche Durée: 6 semaines Zorah DERMOUN Enseignants intervenant dans Les étudiants sont encadrés en laboratoire de recherche par des enseignants-chercheurs ou l'UE des chercheurs Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Interaction plantes/pathogènes et symbiontes Semestre 2 3 L’UE est centrée sur la réponse des plantes aux pathogènes (bactériens, viraux et fongiques) et aux bactéries non-pathogènes (symbiotiques et bactéries de la rhizosphére). Une large part y faite aux mécanismes de la reconnaissance, de la mise en place de la résistance et de la génétique de celle ci. Les thèmes suivants sont abordés: Interactions non-pathogènes et symbiotiques, Bactéries de la rhizosphère, Symbiose Rhizobiumlégumineuses, Principaux pathogènes (virus, champignons, bactéries, nématodes), Mécanismes de résistance, La réaction hypersensible, Relation gène à gène, Gènes de résistance,Parenté animaux / végétaux dans les systèmes de résistance, Concept de surveillance, Résistance aux Virus et RNA-silencing. Christophe ROBAGLIA Enseignants Christophe ROBAGLIA, PR intervenant dans Thierry HEULIN, DR CEA Cadarache l'UE Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Introduction à la génomique 1 Semestre 1 3 Panorama transversal de la génomique. Les contours de la génomique seront définis et l’accent est mis sur l’aspect transversal de l’approche. L’approche génomique sera illustrée aussi bien chez les procaryotes que chez les eucaryotes. Cette partie sera principalement composée de cours portant notamment sur l’obtention et l’annotation des séquences, l’évolution des génomes (micro et macro évolution), l’expression des gènes, les réseaux de régulation, les réseaux d’interaction protéique, et l’influence des variations du génome et du transcriptome sur les phénotypes au niveau de l’organisme. Une série de TD viendra compléter cet enseignement théorique et permettra au travers d’études de cas d’illustrer les points cruciaux du cours. Ce module est articulé avec les modules de Bioinformatique et d’introduction à la génomique 2 de BBSG. Une application pratique (sur machine) n’est pas intégrée dans ce module, mais l’est dans le module de Bioinformatique. Ce module est ouvert aux mentions de développement/Immunologie d’une part et de Microbiologie, biologie végétale et biotechnologies d’autre part. Pascal RIHET Enseignants intervenant dans l'UE Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Introduction à la génomique 2 Semestre 1 3 Les différents grands projets de génomique seront abordés (les projets génome humain, génomes animaux, génomes des plantes, micro-organismes) au travers d’articles scientifiques récents en langue anglaise. Ce module permettra aux étudiants d’approfondir un aspect particulier de la génomique en fonction de sa sensibilité et de son projet de formation. Les étudiants seront acteurs : chaque binôme d’étudiants analysera un article, et présentera l’article oralement. Le travail de préparation se fera en étroite interaction avec un enseignant spécialiste. L’enseignant fournira des informations complémentaires et du matériel supplémentaire (articles ou revues) utiles pour la compréhension et la présentation de l’article. A l’issue des présentations, chaque binôme rédigera un rapport sur un autre thème après discussion et échanges d’information avec un autre binôme. Pascal RIHET Enseignants intervenant dans l'UE Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Mécanismes moléculaires de régulation Semestre 1 3 Cet enseignement traite des principaux mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de l’expression génétique chez les bactéries. Les différents niveaux de régulation, depuis la synthèse jusqu'à la dégradation des macromolécules biologiques, seront abordés à travers différents exemples. Des systèmes spécifiques permettant aux bactéries de s’adapter à leur environnement ou de communiquer entre elles seront également étudiés. Cécile JOURLIN-CASTELLI Sophie BLEVES, MC Enseignants Maryline FOGLINO, MC intervenant dans Cécile JOURLIN-CASTELLI, MC l'UE Amel LATIFI, PR Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Nutrition et croissance Semestre 1 3 L’objectif de cet enseignement est d’amener les étudiants à la maîtrise des paramètres énergétiques des cultures des microorganismes prenant en compte leurs exigences nutritionnelles et physico-chimiques. L’enseignement s’appuie sur une modélisation mathématique des croissances bactériennes qui permet l’interprétation et la compréhension de la physiologie des croissances essentiellement bactériennes en milieu non renouvelé ainsi qu’en milieu renouvelé. Responsables Zorah DERMOUN Enseignants intervenant dans Zorah DERMOUN, MC l'UE Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Pathogénie bactérienne Semestre 2 3 Il s’agit de former les étudiants à la microbiologie cellulaire, une discipline qui fait le lien entre la bactériologie et la biologie cellulaire, et qui permet d’étudier les processus mis en place lors de l’interaction des bactéries pathogènes avec leurs cellules hôtes. Différents aspects de la pathogénie bactérienne seront abordés : toxines bactériennes, l’acquisition du fer, les biofilms, l’adhérence, les mécanismes d’entrée (par «Zipper » et par «Trigger»), le trafic intracellulaire (Listeria, mobilisation de l'actine, la survie intracellulaire (Salmonella, survie dans les macrophages), la survie extracellulaire (détournement du système immunitaire primaire par Yersinia). La réponse de la cellule hôte sera traitée en abordant la transduction du signal chez les eucaryotes (les récepteurs Toll et Nod, les MAP kinases, la voie NfkB, les interleukines, les petites protéines G). Sophie BLEVES Enseignants Sophie BLEVES, MC intervenant dans Sophie de BENTZMAN, Chargé de Recherche CNRS l'UE Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Responsables Physicochimie des macromolécules 2 Semestre 1 3 Physico-chimie et Evolution. A travers l'étude de l'évolution d'une famille de protéines les étudiants verront: les liens entre la physicochimie et l'adaptation d'une protéine, des divers contraintes dues a l'environnement. En particulier sera abordé la robustesse des protéines et la multitude de paramètres physicochimiques qui lient la séquence d'une protéine au « fitness » de l'organisme. James STURGIS Enseignants James STURGIS, PR, intervenant dans Jean-Pierre DUNEAU, MC l'UE Intitulé de l'UE Pratique de l'analyse des séquences biologiques in silico (Bioinfo I) Semestre n° Semestre 1 Crédits 3 Cette unité vise à approfondir les notions de base sur l'analyse in silico de séquences biologiques, en abordant de manière plus complète les notions 1. de recherche et de caractérisation de domaines protéiques 2. de reconstruction phylogénétique 3. d'analyse et de prédiction de structures protéiques 3D 4. de mise en évidence de mécanismes de régulation transcriptionnelle. Attention: il ne s'agit pas d'une unité d'introduction à la bioinformatique; les étudiants n'ayant que peu de notions de bioinformatique et souhaitant néanmoins prendre cette unité sont donc priés de contacter l'enseignant responsable auparavant. Contenus Responsables Jacques van HELDEN Enseignants intervenant dans l'UE Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Contenus Sciences et société Semestre 2 3 Science et Société est un enseignement délivré par des enseignants chercheurs, des chercheurs et des journalistes. L’objectif pédagogique est double : il s’agit de donner aux étudiants, d’une part, des informations sur des thèmes où Science et Société se rencontrent, et, d’autre part, d'’initier les étudiants au métier de journaliste scientifique. Les thèmes traités concernent Les Femmes et la Science, L’eugénisme, Les OGM, La structuration politique de la recherche, Le fonctionnement des associations caritatives. Un journaliste professionnel enseigne aux étudiants comment rédiger un article de presse grand public type "Le Monde" ou "Libération", sur un des thèmes précités. Responsables Frédéric BARRAS Frédéric BARRAS, PR Enseignants Emmanuelle BOUVERET, Chargé de Recherche CNRS intervenant dans Christophe ROBAGLIA, PR l'UE Pédro LIMA, Journaliste Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Stress oxydatif et autres stress cellulaires Semestre 1 3 Contenus Responsables Originellement, la vie s’est développée sur terre dans un contexte atmosphérique réducteur. Puis l’apparition de la photosynthèse a transformé l’environnement, le rendant oxydant. Les "formes réactives de l’oxygène" (F.R.O.) produites par la respiration ou la photosynthèse, sont également générées lors des réactions immunitaires et sous l'effet d'oxydants environnementaux. Parce que ces F.R.O. attaquent les macromoléc. essentielles à la vie (ADN, lipides, protéines), les organismes vivants disposent de moyens de défense variés. Les uns sont enzymatiques, comme des catalases, peroxydases, glutathion réductases,… ou non enzymatiques (caroténoïdes, vitamines C et E, sélénium...). Il existe, normalement, un équilibre dynamique entre la production de radicaux libres et leur neutralisation par les systèmes de protection. Ce bel équilibre est parfois dépassé, (insuffisance d'apport en antioxydants, inefficacité des enzymes protectrices, augmentation de la production de radicaux libres) et l'organisme se trouve dans un état de "stress oxydatif ", ouvrant la porte à de nombreuses déficiences, allant d’une perte de viabilité chez les bactéries jusqu’à des pathologies graves chez les organismes supérieurs, en passant par une diminution des rendements des plantes en culture. L’objectif de ce cours sera de faire une présentation des stratégies mises en place par les bact. et les plantes pour lutter contre les méfaits du stress oxydatif. L'intégration de ce stress dans d'autres stress cellulaires tels que la carence en fer, le vieillissement cellulaire sera discuté. Amel LATIFI Amel LATIFI, PR Enseignants Frédéric BARRAS, PR intervenant dans Laurent AUSSEL, MC l'UE Patrice MOREAU, Chargé de Recherche CNRS Frank GALLAND, PR Intitulé de l'UE Semestre n° Crédits Transport et adressage des macromolécules Semestre 1 3 Contenus Responsables L’enveloppe bactérienne est une barrière essentielle à l’imperméabilité et l’intégrité de la cellule bactérienne. Malgré tout, cette enveloppe est le siège d’un intense trafic moléculaire depuis ou vers l’intérieur de la cellule. Ces transports sont notamment requis pour les échanges métaboliques avec l’extérieur, le transfert d’ADN, pour la perception des conditions environnementales, ou encore pour la sécrétion d’enzymes, de toxines chez les bactéries pathogènes. Ces systèmes de transport nécessitent l’assemblage de complexes protéiques au niveau de l’enveloppe, qui interviennent dans le transit de molécules hydrophiles à travers des barrières hydrophobes. De ce point de vue tous les principes fondamentaux qui régissent ces mécanismes de transports de macromolécules (protéines et ADN) présentent un intérêt évident du point de vue académique, médical et biotechnologique. Sophie BLEVES Laurent AUSSEL, MC Enseignants Sophie BLEVES, MC intervenant dans Eric CASCALES, Chargé de Recherches CNRS l'UE Romé VOULHOUX, Chargé de Recherche CNRS Intitulé de l'UE Virologie Semestre n° Semestre 1 Crédits 3 Contenus Responsables Enseignants intervenant dans l'UE Classification des virus. Cycle viral. Exemples de virus (plantes et animaux) Christophe ROBAGLIA