Application_reglementation_especes_protégées

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Ministère de l'Écologie, du Développement durable, et de l’Énergie
Mai 2013
Les conditions d’application de la
réglementation relative à la protection des
espèces de faune et de flore sauvages
et le traitement des dérogations

Ministère de l'Écologie, du Développement durable, et de l’Énergie

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1. LES DISPOSITIONS RÉGLEMENTAIRES RELATIVES À LA PROTECTION DES ESPÈCES ANIMALES ET VÉGÉTALES SAUVAGES
Conformément au code de l’environnement (articles L. 411-1 et R. 411-1 à R. 411-5), des arrêtés
interministériels imposent des mesures de protection de nombreuses espèces de la faune et de la
flore sauvages en raison d’un intérêt scientifique particulier ou des nécessités de la préservation du
patrimoine biologique.
C’est ainsi que des arrêtés fixent les mesures de protection de la flore sauvage et qu’une série d’arrêtés
ont été réécrits entre 2007 et 2009 pour fixer les mesures de protection des espèces de la faune
sauvage plus précises et conformes aux textes de l’Union européenne.
Quelles sont les espèces protégées ?
Les listes des espèces protégées ont été établies d’une part afin d’être en parfaite conformité avec les
listes des espèces figurant dans les directives européennes traitant de la protection de la faune et de
la flore sauvages et, d’autre part, afin d’assurer la protection des espèces présentes sur le territoire
national et dont il est considéré qu’il est justifié de leur accorder une protection réglementaire.
C’est ainsi que conformément aux dispositions de l’article 1er de la directive européenne (anciennement
n° 79/409 du 2 avril 1979, actuellement n° 2009/147 du 30 novembre 2009) concernant la conservation
des oiseaux sauvages, toutes les espèces d’oiseaux vivant à l’état sauvage sur le territoire européen
des États membres bénéficient de mesures de protection. C’est dans ce cadre que pour les espèces
d’oiseaux dont la chasse est autorisée, les activités commerciales sont interdites sauf pour quelques
unes d’entre elles.
Figurent également parmi les espèces protégées en France au moins toutes les espèces de végétaux,
de mollusques, d’insectes, d’amphibiens, de reptiles et de mammifères qui sont mentionnées à
l’annexe IV de la directive européenne (n° 92/43 du 21 mai 1992) concernant la conservation des
habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages.
Quelles sont les activités interdites pour assurer la protection des espèces ?
Pour la protection des espèces animales , l’article L. 411-1 du code de l’environnement prévoit que
peuvent être interdites :
« 1. La destruction ou l’enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou
l’enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d’animaux de ces espèces ou, qu’ils
soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en
vente, leur vente ou leur achat ;
2. La destruction, la coupe, la mutilation, l’arrachage, la cueillette ou l’enlèvement de végétaux de ces
espèces, de leurs fructifications ou de toute autre forme prise par ces espèces au cours de leur cycle
biologique, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur mise en vente, leur vente ou leur achat,
la détention de spécimens prélevés dans le milieu naturel ;
3. La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces. »

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Mais attention, lorsque l’on parle « d’espèces protégées », cela ne signifie pas que toutes les activités
sont systématiquement interdites pour toutes les espèces protégées. Chaque arrêté fixant les listes des
espèces protégées et les modalités de leur protection précise en effet, pour chaque espèce ou groupe
d’espèces, les activités effectivement interdites.
C’est ainsi que la capture et la destruction des vipères aspic et péliade ne sont pas interdites mais que
les activités commerciales sont interdites sur ces deux espèces pour en limiter les prélèvements à ce
qui est strictement nécessaire.
Á l’inverse, alors que l’on ne les qualifie habituellement pas d’espèces protégées, mais dans le même
objectif de limitation des prélèvements en évitant leur valorisation, c’est sur le fondement de l’article
L. 411-1 du code de l’environnement que sont interdites les activités commerciales portant sur les
espèces d’oiseaux dont la chasse est autorisée ou sur les mustélidés, alors même que certains de ceux-
ci sont susceptibles d’être déclarés nuisibles et légalement piégés.
Peut-on déroger aux interdictions établies pour la protection des espèces animales ou
végétales sauvages ?
L’article L. 411-2 du code de l’environnement prévoit que l’on puisse déroger aux dispositions prises
pour la protection des espèces de la faune et de la flore sauvages « à condition qu’il n’existe pas d’autre
solution satisfaisante et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation
favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle :
a) Dans l’intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats
naturels ;
b) Pour prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l’élevage, aux forêts, aux
pêcheries, aux eaux et à d’autres formes de propriété ;
c) Dans l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt
public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des
conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ;
d) Á des fins de recherche et d’éducation, de repeuplement et de réintroduction de ces espèces et pour
des opérations de reproduction nécessaires à ces fins, y compris la propagation artificielle des plantes ;
e) Pour permettre, dans des conditions strictement contrôlées, d’une manière sélective et dans une
mesure limitée, la prise ou la détention d’un nombre limité et spécifié de certains spécimens .»
Il convient de veiller à ce que la finalité de la dérogation relève bien de l’un des objectifs précités
et que le demandeur de la dérogation démontre qu’il a recherché ou mis en œuvre tous les moyens
possibles pour éviter de solliciter une dérogation. Si l’activité à l’origine de la demande de dérogation
a un impact négatif sur une espèce protégée, après que cet impact ait déjà été réduit autant que
possible, pour satisfaire à la condition du maintien dans un état de conservation favorable de l’espèce
considérée, le demandeur de la dérogation doit proposer à l’appui de sa demande la mise en œuvre
de mesures de compensation de cet effet négatif résiduel. Ces mesures doivent avoir un effet réel sur
le maintien à long terme de l’état de conservation favorable de l’espèce concernée.
LES CONDITIONS D’APPLICATION DE LA RÉGLEMENTATION RELATIVE À LA PROTECTION DES ESPÈCES DE FAUNE ET DE FLORE SAUVAGES

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Comment sont préservés les habitats des espèces animales protégées ?
L’article L. 411-1 du code de l’environnement prévoit que puisse être interdite la destruction, l’altération
ou la dégradation des habitats des espèces protégées.
Á la suite d’un arrêt du Conseil d’État, il a été jugé nécessaire d’être plus précis dès lors que l’on
souhaitait protéger les éléments du milieu de vie des espèces.
C’est la raison pour laquelle les arrêtés fixant les listes des espèces animales protégées et les modalités
de leur protection, reprenant les termes de la directive européenne concernant la conservation des
habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages (92/43 du 21 mai 1992) interdisent,
« sur les parties du territoire métropolitain où l’espèce est présente ainsi que dans l’aire de déplacement
naturel des noyaux de population existants la destruction, l’altération ou la dégradation des sites de
reproduction et des aires de repos des animaux. ». Il est également précisé que « ces interdictions
s’appliquent aux éléments physiques ou biologiques réputés nécessaires à la reproduction et au repos
de l’espèce considérée, aussi longtemps qu’ils sont effectivement utilisés ou utilisables au cours des
cycles successifs de reproduction et de repos de cette espèce et pour autant que la destruction,
l’altération ou la dégradation remette en cause le bon accomplissement de ces cycles biologiques. »
Ces précisions doivent être prises en compte et mises en œuvre au cas par cas en fonction de l’espèce
considérée, et notamment de sa rareté, des menaces la concernant dans tout ou partie de son aire
de répartition, de sa forte spécialisation écologique ou non, des caractéristiques du milieu concerné.
Il convient de préciser d’emblée que la destruction, l’altération ou la dégradation d’un site de
reproduction ou d’une aire de repos résultant de causes naturelles (c’est-à-dire non anthropiques)
ou d’événements imprévisibles ne tombent pas sous le coup d’une interdiction. Il en va de même
pour l’altération ou la dégradation d’un site, consécutives à un processus d’évolution résultant de
l’abandon d’une utilisation humaine spécifique d’un terrain ou de l’abandon d’un bâtiment.
La notion de remise en cause du bon accomplissement des cycles biologiques doit être analysée à la
fois en terme de perte nette définitive de site de reproduction ou d’aire de repos et de fonctionnalité
de ceux-ci mais également en terme de sensibilité d’une espèce eu égards à sa rareté et aux menaces
la concernant à différentes échelles.
Si la caractérisation d’une destruction de site de reproduction ou d’aire de repos ne pose pas de
difficulté, celle d’une dégradation est plus délicate. Contrairement à la destruction, cette dégradation
peut se produire lentement et progressivement réduire la fonctionnalité du site de reproduction ou
de l’aire de repos. La dégradation peut ainsi ne pas déboucher immédiatement sur une perte de
fonctionnalité d’un site ou d’une aire, mais la compromettra qualitativement ou quantitativement et
pourra, à terme, mener à sa perte complète. Étant donné la grande diversité des espèces protégées,
l’évaluation de la dégradation d’un site de reproduction ou d’une aire de repos spécifique doit être
effectuée au cas par cas.