La plateforme saharienne dans son ensemble a été le siège d'une déformation hercynienne
(carbonifère terminal) parfois très intense, conséquence lointaine de l'édification de la
chaîne des Appalaches-Mauritanides. Le bassin de l'Ahnet se trouve à la jonction entre deux
ensembles géologiques cratonisés à deux époques différentes, le Craton ouest-africain
stable depuis la fin de l'orogenèse éburnéenne (2000Ma), et la chaîne mobile du Hoggar,
cratonisée à la fin de l'orogenèse panafricaine (620 Ma). La série du paléozoïque, qui
recouvrent en discordante un socle panafricain à post-panafricain, est présente au complet,
toutefois, on note des changements important d'épaisseurs et de faciès depuis le du Sud
vers le Nord.
Toutes les données convergent vers un seul modèle de déformation au cours de l'hercynien
qui s'est déroulé après le dépôt du muscovien (Haddoum, 2001 et 2009). Il s'agit d'un
dispositif transpressif orienté NE-SO à ENE-OSO, caractérisé par la réactivation dans le
substratum des grands accidents subméridiens hérités de l'orogenèse panafricaine. Cette
déformation est essentiellement localisée à l'aplomb et aux abords immédiats de ces failles
de socles. Les effets de ces rejeux de failles parfois aveugles, sur la couverture paléozoïque
se matérialisent par le développement de structure en fleures positives (dans la région Hassi
Ouzdaf) ; l'association de failles et de plis disposés en échelons ; la présence de duplex dans
les alternances grés argile du Dévonien supérieur (région de Khebb-Baba-Ahmed) ; la
disposition en relais des failles (discontinues dans la couverture, et continues dans le socle) ;
le développement de plis dissymétriques ( flancs rabotés) (structure Oued Ouzdaf) ; la
formation de structures sigmoïdes ( Nord de la région d'étude) ;la diverticulation des
grandes failles "queue de cheval " avec création de zones d'effondrements ou d'ensellement
;l'omniprésence de décollements, notamment dans les alternances bancs compétents -
bancs incompétents. Toutes ces structures sont à relier au poinçonnement de la plate forme
saharienne occidentale par le craton ouest-africain et notamment la dorsale Réguibat
(Haddoum, 2009) au cours de cet événement, les failles héritées de l'orogenèse panafricaine
sont réactivées entrainant la couverture dans des déplacements incohérents, ces
déplacements favorisés en particulier par la présence d'alternances argiles-grès.