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Bibliographie – PCR à partir de matrices difficiles
Plus de 17 000 articles scientifiques citant l’Ex Taq™ DNA Polymerase
Génotypage chez les patients :
Génotypage des microsatellites (AT-repeats) du virus P. Falciparum :
Origins of the Recent Emergence of Plasmodium falciparum Pyrimethamine Resistance Alleles in Madagascar
Antimicrobial Agents and Chemotherapy, June 2010, p. 2323–2329. Travaux effectués à l’Institut Pasteur et à l’AP-HP.
Résumé : Une étude portant sur le génotypage des microsatellites (AT-repeats) dans les séquences environnantes du gène dhfr du virus P. Falciparum responsable de paludisme. Les ADN viraux des 322 isolats de P. falciparum ont été purifiés à partir du sang de patients infectés. Les séquences cibles ont été amplifiées par PCR nichées avec
l’Ex Taq™ DNA Polymerase et la TaKaRa Taq™ DNA Polymerase, puis séquencées. Les microsatellites contenant jusqu’à 17 répétitions d’AT ont été identifiés dans les régions à plus de 6,5 kb du gène dhfr.
SNP des locus cibles sur les ADNg des patients malades :
A major susceptibility locus for HTLV-1 infection in childhood maps to chromosome 6q27
Human Molecular Genetics, 2006, Vol. 15, No. 22 3306–3312. Travaux effectués à la Faculté de Médecine Necker, à l’Institut Pasteur et au Centre National de
Génotypage.
Résumé : l’Ex Taq DNA Polymerase a été utilisée pour l’étude du polymorphisms (SNP) de deux gènes identifiés chez les enfants infectés par les HTLV-1. Les séquences
cibles des ADN génomiques des enfants infectés ont été amplifiées par PCR avec l’Ex Taq™ DNA Polymerase puis séquencées.
Génotypage chez les plantes à partir d’ADNg ou d’ADNc :
NODULE ROOT and COCHLEATA Maintain Nodule Development and Are Legume Orthologs of Arabidopsis BLADE-ON-PETIOLE GenesW OA
The Plant Cell, Vol. 24: 4498–4510, November 2012. Travaux effectués à l’Institut des Sciences du Végétal, CNRS à Gif sur Yvette
Résumé : l’Ex Taq™ DNA Polymerase a été utilisée pour les études de génotypage chez l’Arabidopsis. Les cibles ont été amplifiées par PCR à partir de l’ADNg ou de l’ADNc
de l’Arabidopsis et puis séquencées.
RT-PCR circulaire pour amplifier les ARN ribosomaux des chloroplastes :
RNR1, a 30–50 exoribonuclease belonging to the RNR superfamily, catalyzes 30 maturation of chloroplast ribosomal RNAs in Arabidopsis thaliana
Nucleic Acids Research, 2005, Vol. 33, No. 8 2751–2763. Travaux effectués à l’Institut de Biologie Moléculaire des Plantes, CNRS à Strasbourg en collaboration
avec l’Institute for Plant Research à Cornell University, USA.
Résumé : C’est une étude portant sur le rôle de l’exoribonucléase RNR1 chloroplastique dans la maturation d’ARN ribosomaux 23S, 15S et 5S de chloroplastes chez Arabidopsis
thaliana. l’Ex Taq™ DNA Polymerase a été utilisée pour déterminer le niveau d’expression du gène RNR1 par la RT-PCR ou pour vérifier l’intégrité des extrémités des ARN
ribosomaux des chloroplastes par la RT-PCR circulaire. l’Ex Taq™ DNA Polymerase a permit également d’amplifier les régions d’ADNg correspondant aux ARN ribosomaux des
chloroplastes. Les amplicons sont ensuite utilisés comme matrice pour synthétiser les sondes d’ARN ribosomaux par la transcription in vitro.
PCR à partir d’ADNg méthylés convertis par le traitement au bisulfite :
Divergent Whole-Genome Methylation Maps of Human and Chimpanzee Brains Reveal Epigenetic Basis of Human Regulatory Evolution
The American Journal of Human Genetics, 2012, Vol. 91, 455–465. Travaux effectués à School of Biology, Georgia Institute of Technology, Atlanta, GA 30332, USA
Divergent
Résumé : cet article concerne une étude épigénétique des cerveaux humains ou des chimpanzés. Les cartographies de méthylation des cerveaux ont été établies à partir des
banques ADNg convertis par le traitement au bisulfite. Ces ADNg convertis ont été ensuite amplifiés par la PCR avec l’Ex Taq™ DNA Polymerase avant la cartographie.