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Correspondances en Onco-Théranostic - Vol. I - n° 3 - juillet-août-septembre 2012
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Échos des congrès
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© Fabien R.C.
Réunion de restitution du premier
contrôle de qualité externe national
en pathologie moléculaire des tumeurs :
détection des mutations sur le codon
V600 de BRAF dans les mélanomes
Paris, 3 juillet 2012
J.F. Emile*
* Service de pathologie,
hôpital Ambroise-Paré
(AP-HP), Boulogne,
etEA4340,
université deVersailles –
Saint-Quentin-en-Yvelines.
D
epuis 2006, l’Institut national du cancer (INCa)
soutient le développement de plateformes de
pathologie moléculaire des tumeurs sur tout le
territoire français. Il existe actuellement un réseau de
28 plateformes, dont certaines correspondent à l’asso-
ciation de plusieurs laboratoires. Cette action a permis
de répondre sans délai à une augmentation brutale du
besoin en tests moléculaires pour les tumeurs solides.
Une particularité des plateformes françaises est d’uti-
liser, dans la grande majorité des cas, des méthodes
de détection développées et validées au sein même
de leurs laboratoires. Cela présente l’avantage d’une
grande réactivité et de faibles coûts de fonctionnement.
Ainsi, les besoins en détection des mutations de KRAS
dans les carcinomes colorectaux métastatiques, puis de
l’EGFR dans les carcinomes pulmonaires non à petites
cellules et, plus récemment, de BRAF dans les méla-
nomes avancés ou métastatiques ont pu être satisfaits
pour l’ensemble des patients traités en France, et ce de
façon totalement gratuite pour eux. Le développement
exponentiel des thérapies ciblées permet de prévoir que
des analyses de plus en plus nombreuses et réalisées
sur des types tumoraux de plus en plus variés seront
nécessaires dans les années à venir.
Après ces phases de structuration des plateformes et
de croissance importante de l’activité, il est apparu
nécessaire de s’assurer de la qualité des tests réalisés.
Dans un premier temps, plusieurs experts ont travaillé,
à la demande de l’INCa, à la rédaction de référentiels. La
deuxième étape consistait naturellement à s’assurer de
la qualité des tests et de la compliance de chaque labo-
ratoire à ces référentiels nationaux. Au cours de ces der-
nières années, plusieurs laboratoires ont participé à des
programmes de contrôle de qualité externe (CQE) régio-
naux ou européens, mais aucun CQE national n’avait
été organisé avant 2012. Le laboratoire Roche a invité,
le 3 juillet dernier, des représentants de tous les labora-
toires français de pathologie moléculaire des tumeurs
soutenus par l’INCa à assister à la réunion de restitution
du premier CQE national. Mme N. Varoqueaux (Roche)
puis Mme F. Nowak (INCa) ont ouvert cette journée,
et les présentations des Prs P. Hofman (Nice), M. Denis
(Nantes) et M.R. Leguy (Cofrac) ont permis d’alimenter
la discussion des résultats présentés par le Pr J.F. Emile
(Boulogne).
Le CQE portait sur la détection de mutations dans le
codon V600 de BRAF dans les mélanomes métasta-
tiques. Au total, 45 laboratoires français, représentant les
28 plateformes françaises, et 4 laboratoires européens
(Allemagne, Belgique, Suisse et Espagne) s’étaient volon-
tairement inscrits pour participer à ce CQE.
Le test consistait à envoyer des coupes histologiques
de 6 cas de métastases ganglionnaires de mélanome
à chacun des 49 laboratoires. Ces mélanomes pou-
vaient contenir des mutations de type V600E ou V600K
ou aucune mutation sur le codon V600 de BRAF. Les
coupes des mêmes cas ont été transmises à l’ensemble
des 49 laboratoires (avec des numéros d’identification
différents), et les logistiques d’envoi et de récupération
des résultats assuraient un anonymat complet.
La quantité d’ADN obtenue à partir des lames s’est avé-
rée extrêmement hétérogène, variant d’un facteur 1
à 200 pour chaque cas. Le principal facteur de varia-
tions était le laboratoire qui avait réalisé l’extraction :
certains ont obtenu en moyenne 25 fois plus d’ADN
que d’autres. Plusieurs facteurs peuvent expliquer
en partie ces résultats. En premier lieu, bien que la
spectrophotométrie soit la méthode la plus répan-
due, les techniques de dosage de l’ADN varient sui-
vant les laboratoires. En particulier, certains préfèrent

Correspondances en Onco-Théranostic - Vol. I - n° 3 - juillet-août-septembre 2012
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cobas® BRAF, KRAS, EGFR Mutation Tests
Détecter les biomarqueurs émergents
en toute sérénité
Information médicale pertinente associée
Validation technique des tests, mais aussi clinique
Sécuriser la qualité de l’analyse
Sensibilité et robustesse par une stratégie PCR temps réel
Grande couverture du nombre de mutations*
Rapports d’interprétation automatisés
Accompagner les laboratoires dans leur démarche
qualité et d’accréditation
Marquage CE-IVD
Portée d’accréditation selon Flexible Standard A
cobas
®
BRAF
Mutation Test
cobas
®
KRAS
Mutation Test
cobas
®
EGFR
Mutation Test
*Mutations V600 E, K et D pour BRAF
19 mutations sur les codons 12, 13 et 61 pour KRAS
41 variants sur les exons 18,19,20,21 pour EGFR
PUB A4 Oncono Biomarqueyrs Ev2.indd 1 29/05/12 16:51
quantifier l’ADN double-brin plutôt que l’ADN total.
De plus, quelques laboratoires ont utilisé 1 ou parfois
2 des lames reçues pour le contrôle morphologique,
et seule la troisième a été utilisée pour l’extraction.
Enfin, plusieurs laboratoires ont disséqué les coupes
reçues afin d’enrichir l’échantillon analysé en ADN de
cellules tumorales. Ces éléments n’expliquent toutefois
pas l’amplitude des écarts constatés. Les discussions
lors de la journée de restitution ont porté notamment
sur l’intérêt de mettre en commun le savoir-faire de
certains laboratoires, et de réaliser des études compa-
ratives. Bien entendu, la quantité d’ADN n’est pas le seul
paramètre important, notamment lorsqu’il s’agit d’ADN
extrait de blocs de tissus fixés et inclus en paraffine.
L’utilisation de techniques de PCR quantitative avec
plusieurs tailles d’amplicons serait la plus appropriée
pour une étude comparative.
Le délai de réponse était défini comme le nombre de
jours écoulés entre la remise par le transporteur des
coupes à analyser et la réception du compte-rendu de
pathologie moléculaire par le centre d’anonymisation.
Les coupes étaient adressées au médecin responsable
qui avait été signalé par le laboratoire au moment de
son inscription et validé après saisie. Le délai médian
de réponse a été de 22 jours. Ce délai est significati-
vement différent des 9 jours calculés par l’INCa à par-
tir des données déclaratives collectées en 2011. Les
recommandations nationales sont de transmettre les
résultats de pathologie moléculaire d’une tumeur dans
les 3 semaines suivant la réception de l’échantillon. Au
cours de ce CQE, la moitié des laboratoires seulement
ont réussi à tenir ce délai. Le respect des autres recom-
mandations du CQE a été variable :
✓ le nom du pathologiste manquait dans 16 % des
cas, et le pourcentage de cellules tumorales, dans 23 %
des cas ;
✓ l’identification du prescripteur manquait dans 16 %
des cas, et son adresse, dans 44 % des cas, ce qui peut
être une cause de retard de la réception du compte-
rendu et donc du traitement du patient ;
✓ la sensibilité de la méthode utilisée n’était clairement
indiquée que dans 40 % des cas ;
✓ la conclusion du compte-rendu, exigée par la norme
15189, n’était pas individualisée dans 22 % des cas.
Cette journée de restitution du premier CQE national
de pathologie moléculaire des tumeurs a été riche en
discussions et a permis d’identifier plusieurs axes d’amé-
lioration. Les spécialistes des différents laboratoires
qui étaient présents ont également profité des temps
de pause pour échanger sur leurs réussites, échecs et
développements techniques, ainsi que sur les aspects
logistiques et la démarche qualité. Le temps a man-
qué pour aborder de façon concrète les solutions aux
principales faiblesses identifiées, mais les résultats de
ce premier test national ont été considérés comme
satisfaisants par la majorité des participants. ■
LIENS d’intérêtS
L’auteur déclare avoir des liens
d’intérêts avec Roche et GSK sur
ladétection des mutations BRAF
etparticiper à des formations ou
communications sur ce thème.
bloc-NoTes
Carrefour Pathologie 2012
Paris (Maison de la Chimie), du lundi 19 au vendredi 23 novembre.
•La Société française de pathologie organise chaque année
cet événement, dont le comité d’organisation est présidé
par le Pr Jean-Yves Scoazec et le comité scientifique par le
Pr Frédérique Penault-Llorca. Sont ciblés les problèmes concrets
de pratique quotidienne, particulièrement, cette année, en pathologie
thoracique, en pathologie digestive et en pathologie cutanée.
Le préprogramme est en ligne
et les inscriptions sont ouvertes sur le site
Internet www.sfpathol.org
Pour toute information complémentaire,
un e-mail peut être adressé à
[e-mail]