Les interventions du colloque

Les interventions du colloque
Qu’est-ce qui est vivant ?
Jean-Michel CLAVERIE
Jean-Michel Claverie est professeur des universités - praticien hospitalier à Aix-
Marseille Université (AMU). Il dirige l'Institut de microbiologie de la Méditerranée
(CNRS/AMU), ainsi que le laboratoire Information génomique et structurale
(CNRS/AMU). Chercheur au CNRS de 1973 à 2005, il travaille à l'Institut Jacques Monod
(Paris), à l'Institut Salk (La Jolla, USA), puis rejoint l'Institut Pasteur (Paris) en 1982 où il
crée le premier centre de calcul dédié à la biologie. De 1990 à 1995, il retourne aux
Etats-Unis (NIH, Bethesda) pour participer aux débuts de la génomique. Installé à
Marseille depuis 1996, il y a dirigé de nombreux travaux de génomique microbienne.
Depuis la découverte de Mimivirus en 2003, il se consacre à l'étude des virus géants
dont l'existence est un nouveau mystère de l'évolution.
Contact : [e-mail] - 04 91 82 54 47
Au-delà de l'unité de ses constituants c'est la diversité, presque l'anarchie, qui caractérise le « vivant » et fait de
son étude une discipline aux avancées aussi spectaculaires qu'imprévisibles. De microbes nageant dans un
bouillon d'acide aux virus géants survivant 30 000 ans dans le sol sibérien, la vie a peuplé les recoins les plus
inhospitaliers de notre planète. Confrontée à la créativité débridée de l'évolution, la biologie reste une science de
surprises qu'il serait dommageable de trop canaliser.
L’Histoire du Vivant
Hugues ROEST CROLLIUS
Hugues Roest Crollius est directeur de recherche du CNRS à l’Institut de
biologie de l'École normale supérieure (IBENS, CNRS/ENS/Inserm) et
professeur de génomique évolutive attaché à l’ENS. Il a obtenu en 1997 sa thèse
de l’University College London, après des travaux de recherche sur la
cartographie du chromosome X humain dans le laboratoire de Hans Lehrach à
l’Imperial Cancer Research Fund (Londres) puis à l’Institut Max-Planck de
génétique moléculaire (Berlin). Il a ensuite rejoint Jean Weissenbach au
Genoscope, le centre de séquençage français, où il a mené l’analyse du génome
du « poisson bulle », Tetraodon nigroviridis. En 2004 il a créé une équipe à l’IBENS, où il étudie l’évolution des
génomes d’animaux et de plantes, avec un intérêt particulier pour le génome humain, dans le contexte de la
médecine génomique.
Contact : [email protected] - 01 44 32 23 70
L’incroyable complexité des mécanismes qui sous-tendent la vie ont été façonnés au cours de 3,5 milliards
d’années d’évolution. Pour les expliquer et comprendre leur raison d’être, l’étude du vivant est donc indissociable
de l’étude de son histoire. Les avancées spectaculaires dans le domaine du séquençage de l’ADN et de la
bioinformatique, appuyées sur un cadre théorique de plus en plus solide, nous permettent d’aborder des
questions fascinantes sur l’origine des mécanismes du vivant.

La complexité du vivant
Lionel NACCACHE et Thomas LECUIT
Lionel Naccache est professeur des universités - praticien hospitalier en neurologie et
neurophysiologie à l'UPMC, neurologue à l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière, et chercheur en
neurosciences cognitives à l’Institut du cerveau et de la moelle épinière
(CNRS/UPMC/Inserm), où il dirige une équipe de recherche. Il consacre son activité à
l’exploration des bases cérébrales et des propriétés psychologiques de la conscience. Il
est l’auteur de plusieurs essais et membre du Comité consultatif national d’éthique.
Contact : lionel.nacca[email protected] / secrétariat : 01 42 16 21 11
Au-delà de l'étude de la conscience, les recherches en neurosciences cognitives présentent une particularité
remarquable au sein de la biologie : en étudiant les perturbations cognitives provoquées par des maladies, il
devient possible de mieux comprendre ces pathologies, mais également de découvrir comment fonctionne le
cerveau normal. Ce va-et-vient continu entre l’homme sain et l’homme malade est porteur d’enjeux éthiques
importants, et permet de souligner les liens très étroits qui unissent les neurosciences fondamentales et
appliquées.
Thomas Lecuit est directeur de recherche au CNRS et dirige une équipe à l’Institut de
biologie du développement de Marseille (CNRS/AMU). Il étudie l’architecture et la
dynamique des tissus biologiques. Par une approche interdisciplinaire aux frontières de la
biologie et de la physique, il cherche à percer une énigme centrale en biologie : comment
les structure vivantes, à l’échelle de la cellule, des tissus et des organismes, sont-elles à la
fois régulières et stables, bien qu’animées par une incessante dynamique interne de
développement, de croissance, de renouvellement et de réparation ? Ces propriétés de
cohérence et de plasticité assurent les grandes fonctions vitales d’un organisme sain et
sont perturbées dans de nombreuses pathologies comme le cancer. Thomas Lecuit a été
élu en 2014 à l’Académie des Sciences et a reçu plusieurs distinctions internationales.
Contact : thomas.le[email protected]
La complexité du vivant requiert une démarche résolument interdisciplinaire. Par-delà mes propres recherches, je
promeus le rapprochement entre biologistes, physiciens, mathématiciens et informaticiens à Aix-Marseille
Université, en suscitant des travaux et des enseignements interdisciplinaires. C’est dans ce cadre que je dirige
depuis 2012 le Labex InForm (Information Flow and Organization at the Membrane) et que je prendrai la direction
du futur Centre Turing des systèmes vivants (CenTuri), porté par Aix-Marseille Université, le CNRS et l’Inserm.
Claude Truong-Ngoc CC BY-SA 3.0

L’être vivant dans son environnement
Guillaume BECARD, Maria Elena MARTINO et Flora VINCENT
Guillaume Bécard est professeur de biologie à l'Université Toulouse III – Paul Sabatier
et membre senior de l’Institut universitaire de France. Chercheur au Laboratoire de
recherche en sciences végétales (CNRS/Université Toulouse III – Paul Sabatier), il
étudie une symbiose végétale très ancienne et très répandue qui associe les racines des
plantes et certains champignons du sol appelés champignons mycorhiziens
arbusculaires. Cette symbiose améliore la nutrition et la santé des plantes. Avec son
équipe de recherche, il a contribué ces dernières années à la découverte des signaux
moléculaires et de certains mécanismes ancestraux impliqués dans la reconnaissance
entre la plante et le champignon. Au travers de collaborations industrielles, ses travaux
visent également à promouvoir l'utilisation agronomique de la symbiose mycorhizienne
pour réduire les besoins en irrigation, engrais chimiques et pesticides.
Contact : [e-mail] - 05 34 32 38 20
Dans un contexte où notre planète nous apparaît comme de plus en plus petite, comprendre comment les êtres
vivants interagissent entre eux et avec leur environnement, depuis les échelles cellulaires les plus petites
jusqu’aux aux écosystèmes les plus grands, est un enjeu plus que jamais d’actualité. Grâce à de nouvelles
technologies pour explorer le vivant, écologues et biologistes se rapprochent et font évoluer nos conceptions
dans des domaines tels que l’agriculture, la médecine, ou la conservation des espèces.
Maria Elena Martino a obtenu un master en biotechnologie à l'université de Padoue
(Italie), suivi d'un doctorat en sciences vétérinaires. Elle s’attache à comprendre les
processus qui sous-tendent l'évolution des bactéries et leur adaptation à de nouveaux
environnements. Le début de sa carrière de recherche a consisté en la génération de
méthodes pour différencier des espèces bactériennes au niveau moléculaire ; son
projet de thèse s'est basé sur l’étude de l’évolution du genre Aeromonas, bactérie
pathogène pour l’homme et pour plusieurs animaux. En 2014, elle a démarré un
contrat postdoctoral sur le thème de l’évolution expérimentale microbienne à l'Institut
de génomique fonctionnelle de Lyon (CNRS/ENS de Lyon/Université Claude Bernard
Lyon 1). Elle travaille actuellement à caractériser les mécanismes génétiques de
l'interaction mutuellement bénéfique entre les bactéries commensales et leurs hôtes animaux.
Contact : maria-elena.[email protected] - 04 26 73 13 27
Certaines bactéries nous font du bien ! L’homme entretient une liaison étroite avec son « microbiote », dont on
connait bien certains bénéfices, comme la production de vitamines. Toutefois, les mécanismes génétiques et
moléculaires déployés par ces bactéries sont encore très peu connus. La recherche fondamentale reste
essentielle pour caractériser le rôle du microbiote intestinal ainsi que pour identifier et valider des souches
probiotiques qui pourraient être utilisés chez l'homme.
Flora Vincent est ingénieure agronome diplômée d’AgroParisTech et actuellement en
troisième année de doctorat à l’Institut de biologie de l’École normale supérieure
(CNRS/ENS/Inserm). Ses travaux portent sur l’analyse des données récoltées lors de
l’expédition Tara Océans, en particulier sur l’importance des diatomées, micro-organismes
responsables d’un quart de la production d’oxygène chaque année. En couplant des
approches théoriques et expérimentales, elle tente de comprendre comment les
interactions entre ces organismes structurent la communauté du plancton. Elle est par
ailleurs co-présidente de l’association WAX Science, qui promeut les sciences et la mixité
en science à travers le développement d’outils innovants, au ton ludique et décalé.
Contact : flora.vinc[email protected]

Les micro-organismes marins jouent un rôle capital dans le fonctionnement de notre planète mais sont restés
longtemps sous étudiés. L’expédition Tara Océans a révélé la grande diversité des espèces et fonctions que
représente cette majorité invisible, et l’impact de l’environnement, notamment la température, sur cet
écosystème. Le succès de cette expédition, devenue une référence mondiale, repose sur les dimensions
internationale, collaborative, interdisciplinaire, et audacieuse incarnées par les scientifiques de cette initiative
sans frontières.
La biologie source d’émerveillement pour la société
Peter Ford DOMINEY et Eric VIVIER
Peter Ford Dominey est directeur de recherche au CNRS et travaille à l’Institut cellule
souche et cerveau (Inserm/Université Claude Bernard Lyon 1). Après des études à
Cornell University (États-Unis), il a obtenu un doctorat en informatique (neurosciences
computationnelles) à l’université de Californie du Sud, pour lequel il a développé les
premières simulations du rôle de la dopamine dans l'apprentissage associatif sensori-
moteur. Ingénieur informatique chez Data General puis ingénieur des systèmes de la
Nasa (au Jet Propulsion Laboratory), il rejoint le CNRS en 1997. Ses intérêts portent sur
la neurophysiologie du cortex et du striatum et la simulation mathématique de leurs
fonctions. Il s’intéresse plus particulièrement à la compréhension des mécanismes du
langage, à ses relations avec les systèmes sensori-moteurs et avec les autres systèmes
cognitifs ainsi qu’au traitement du langage dans le cadre de la coopération homme-robot.
Contact : peter.domine[email protected] – 04 72 91 34 84
Eric Vivier est professeur d'immunologie à Aix-Marseille Université.
Il est diplômé de l'École nationale vétérinaire d’Alfort et a reçu son
doctorat en immunologie de l'Université Paris XI (aujourd’hui Paris-
Sud). Il effectue sa formation postdoctorale à Harvard Medical
School, puis il est nommé professeur au Centre d'immunologie de
Marseille-Luminy (CNRS/Inserm/AMU) en 1993 avant d’en devenir
le directeur en 2008. En 1999, le professeur Vivier cofonde la
société de biotechnologie Innate Pharma. En 2014, il est l'un des
fondateurs de Marseille Immunopôle, un pôle d'immunologie reliant
recherche fondamentale, thérapeutique, innovation et développement industriel. En 2007, Eric Vivier devient
membre senior de l'Institut universitaire de France et, en 2013, il est élu à l'Académie nationale de médecine.
Les travaux de son laboratoire sont focalisés sur l’immunologie et plus particulièrement sur l'ontogenèse, la
fonction et la manipulation thérapeutique des cellules tueuses naturelles (NK) et des cellules lymphoïdes innées
(ILCs) chez la souris et l’homme. Le professeur Vivier a publié près de 300 articles scientifiques (Thomson
Reuters - Highly Cited Researchers).
Contact : [e-mail] - 04 91 26 94 12
La biologie est une source d’émerveillement pour la société. La nature est extraordinaire et nous avons beaucoup
à apprendre d’elle, pour pouvoir comprendre et agir en construisant de nouvelles applications. Quoi de plus
emblématique comme exemple que les études du fonctionnement du cerveau et de ses connections neuronales
qui le rendent capable de tout apprendre !