ESE Biologie : la suite … DS10 Direction scientifique:
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Annexe 5 PV CS 15/09/08: DS 10 Sciences agronomiques et écologiques Biologie : la suite … DS10 Direction scientifique: Agronomie, Productions animale et végétale, Agro-alimentaire ESE nstitut des ciences du égétal nstitut des ciences du égétal Institut des Sciences du Végétal (UPR2355) Directrice: Hélène Barbier-Brygoo Composition: 85 personnes 25 Chercheurs CNRS 9 enseignants-chercheurs 28 ITA CNRS 2 Post-Docs, 21 doctorants Mots clés : Sciences végétales, Spéciation et fonction des protéines, Compartimentation et transport, Développement et signalisation hormonale, Interactions plantes-microbes, Imagerie et Biologie cellulaire nstitut des ciences du égétal BILAN 2005-2008 Quelques faits saillants - Identification d’enzymes de maturation des protéines comme cibles thérapeutiques - Identification d’un transporteur responsable de l’accumulation de nitrate dans les feuilles - Caractérisation de microARNs régulant le développement racinaire - Caractérisation d’un récepteur d’auxine - Identification de gènes clefs dans l’établissement de la symbiose Rhizobium-légumineuses - Identification du GABA comme signal régulant l’interaction plantes-bactéries 153 publications (facteur d’impact moyen 4,86) 3 brevets, 100 conférences invitées 25 thèse soutenues Prix Dina-Surdin de la Société Française de biochimie et biologie moléculaire (A. Serero, 2005) Prix Paul Doistau – Emile Blutet de l’Académie des Sciences, biologie intégrative (H. Barbier-Brygoo, 2008) nstitut des ciences du égétal PROJET 2010-2013 Objectif général : comprendre les mécanismes moléculaires du développement et de la croissance des plantes, et la régulation de ces processus par des signaux endogènes (hormones) ou exogènes d'origine biotique (bactéries, virus) ou abiotique (contraintes hydriques ou osmotiques) Espèces modèles : Arabidopsis thaliana et Medicago truncatula Quatre groupements thématiques : - Spéciation et fonction des protéines (deux équipes) - Compartimentation et transport (deux équipes) - Développement et signalisation hormonale (quatre équipes) - Plantes-microbes (quatre équipes) Institut de Génétique et Microbiologie – UMR 8621 Directrice: Monique Bolotin-Fukuhara Composition: 209 personnes Chercheurs: 28 Enseignants-chercheurs: 48 ITA/IATOSS: 57 Post-docs: 42 Thésards: 34 Mots clés: biologie moléculaire, biologie cellulaire, métabolisme, bioinformatique, génome, analyse fonctionnelle et évolutive, microbologie, extrêmophiles, maladies infectieuses, épidémiologie, prions, organelles, évolution, biodiversité BILAN (2005 - 2008) Quelques faits saillants: - Découverte d’un nouveau mécanisme de réparation de l’ADN - Nouvelles méthodes de détection des pathogènes - Découverte de nouveaux antibiotiques (drogues) potentiels - Découverte d’un virus de virus - Découverte d’une cible d’un prion de levure - Séquences génomiques de plusieurs microorganismes - Nouvelles approches dans les relations structure-fonction des ARNs. Nombre de publications: 294, 35 revues et autres ouvrages, 8 brevets. Les grandes lignes (thèmes) du projet pour 2010-2013. • Stabilité et dynamique des génomes dans des environnements extrêmes • Bioinformatique, génomes et évolution • ARN : structure et fonction • Programmes et dynamique cellulaires • Réseaux de régulation et métabolisme • Bactéries pathogènes émergentes et stratégies de lutte UMR de Génétique Végétale du Moulon – UMR 8120 Directeur: Dominique de Vienne 72 personnes 14 chercheurs 9 E-C 32 ITA 11 doctorants 6 post-doctorants Mots clés - Génomique et Génétique des caractères complexes - Protéomique et spectrométrie de masse - Génétique évolutive - Biologie des systèmes, Bioinformatique et Modélisation - Réseaux métaboliques - Sélection assistée par marqueurs BILAN (2005 - 2008) Faits saillants - Identification de gènes d’intérêt agronomique chez le maïs et le blé - Construction de la base de données protéomiques ProticDB - Modélisation : réseaux métaboliques, réseaux de gènes, recombinaison. - Gestion dynamique des ressources génétiques du blé pour l’adaptation locale au climat - Effet de la polyploïdisation sur les modifications de la régulation de l’expression génétique. - Développement de méthodes de sélection assistée par marqueurs. Nombre de publications : 133 Prix de la meilleure thèse : Julie Fiévet, Médaille d’argent 2005 de l’Académie d’Agriculture de France Les grandes lignes (thèmes) du projet 2010-2013 Modélisation de la variation quantitative et de son évolution, en intégrant les niveaux génétique, moléculaire, génomique, métabolique et environnemental. Caractérisation moléculaire et physiologique de gènes à effets quantitatifs impliqués dans les réponses du maïs au déficit hydrique. Etude de mécanismes évolutifs à l’origine de la diversité phénotypique : évolution des gènes dupliqués, domestication, polyploïdie et symétrie florale. Etude des bases génétiques de caractères complexes et des mécanismes de réponse à la sélection, optimisation de la gestion des ressources génétiques et du processus de sélection. Graphique ou Logo de votre Institut Laboratoire Evolution, Génomes et Spéciation – UPR 9034 Directeur: Pierre Capy Composition: 67 personnes Chercheurs Enseignants-Chercheurs ITA Doctorants Post-Doctorants 17 dont 9 HDR 9 dont 6 HDR 16 20 5 Mots clés - Evolution moléculaire (familles multigéniques, Mobilome, distortion de ségrégation - Adaptation des populations et des espèces - Base génétique de la spéciation - Origine, Dynamique et maintien de la Biodiversité Graphique ou Logo de votre Institut BILAN (2005 - 2008) Faits saillants - Etablissement de la carte génétique de l’abeille Variation génétique des capacités de mémoires Etude du polymorphisme des spermatozoïdes (longueur…) Application des modèles de dynamique des populations à aux conflits intragénomiques - Origine des dents orales (dents phyringiennes et/ou dents dermiques) Nombre de publications 172 ERC sur les études de la mémoire IF moyen 3 Graphique ou Logo de votre Institut Les grandes lignes (thèmes) du projet pour 2010-2013. - Dynamique d’invasion des génomes par les éléments transposables et activation par des stress - Diversité, écologie et évolution des insectes tropicaux - Génomique, Biodiversité Comportement de l’abeille (Apis mellifera) - Evolution et plasticité des capacités cognitives - Génétique évolutive, reproduction et adaptation des drosophiles - Evolution moléculaire et fonctionnelle des familles multigéniques Institut de Biotechnologie des Plantes (UMR CNRS 8618) Directeur: Thierry Langin Composition : 95 personnes Enseignants-Chercheurs : 18 (6 HDR) Chercheurs : 17 (9 HDR) ITA/IATOS : 39 Post-Doctorants : 14 Doctorants : 17 Mots clés : Biologie & Physiologie Végétales, Métabolisme, Stress oxydatif, Cycle cellulaire, Réparation/Recombinaison ADN, Dynamique du génome, Développement, Interactions Plantes/Microorganismes BILAN (2005 - 2008) Faits saillants : 15 ANR 2 projets européens Développement de la PF “Métabolome” Nombre de publications : >110 Prix, Médailles et Distinctions Scientifiques : Médaille de bronze CNRS 2006 attribuée à S Lemaire (CR1 – CNRS) Projets 2010-2013 Signalisation et Régulation métabolique M. Hodges (DR2-CNRS) G. Tcherkez (PR2-P11) R. De Paepe (DR2-CNRS) V. Flesch (MdC-P11) A. Mahé (MdC-P11) M. Thomas (MdC-P11) Réparation et Recombinaison de l’ADN chez A.thaliana M-P. Doutriaux (CR1-CNRS) A. Gratias-Weill (MdC-P11) S. Massot (TCN-P11) Signalisation oxydative & métabolique G. Noctor B. Gakière Importance de la coordination Cycle cellulaire - Division des plastes C. Charon (MdC-P11) C. Raynaud (CR2-CNRS) C. Bergounioux (DR2-CNRS) M. Dron (PR1-P11) S. Blanchet (IE2-P11) C. Mazubert (TCN-P11) *G. Claisse (T-CNRS) Signalisation redox E. Issakidis-Bourguet (CR1-CNRS) S. Lemaire (CR1-CNRS) H. Vanacker (MdC-P11) P. Pardal (ADT-P11) *G. Claisse (T-CNRS) X V. Geffroy (CR1-INRA) (MdC-P11, poste ouvert en 2009) C. Macadré (TCE-CNRS) M. Sévignac (AI-CNRS) Résistances aux agents pathogènes, métabolisme secondaire et glycotransférases P. Saindrenan (PR2-P11) (MdC-P11) Evolution des gènes de résistance aux maladies chez le haricot commun Chromatine & Développement des Plantes D-X. Zhou (PR1-P11) M.Benhamed (TCN-CNRS) M. Delarue (MdC-P11) X (MdC-P11, poste ouvert en 2009) Coordination de la prolifération & du développement N. Glab (CR1-CNRS) M. Kreis (PR CE – P11) Y. Deveaux (MdC-P11) A. Lecharny (DR2-CNRS) C. Mathieu (TCE-CNRS) (CR1-CNRS) M. Garmier (MdC-P11) J.M. Seng (MdC-P11) C. Grandclément (IR2-CNRS) UMR 8079 – Ecologie, Systématique, Evolution Directeur: Paul Leadley 116 personnes 13 chercheurs + 15 ITA CNRS 18 Enseignants-Chercheurs + 12 IATOS de P11 11 EC et C + IT d’autres organismes 20 Post-Doctorants et chercheurs associés 27 doctorants Mots clés: Génétique, Ecologie, Ecophysiologie végétale, Ecologie des populations et des communautés, Biodiversité, Systémantique, Evolution BILAN (2005 - 2008) Faits saillants - Mise en évidence de la dispersion des transgènes (OGM) à longues distances - Impact des migrations (naturelles ou non) sur les espèces en danger (l’interdiction de commercialisation d’espèces en danger augmenterait leur probabilité de disparition) - Mise au point avec une start-up (Force-A) d’un dispositif (Multiplex) nondestructeur permettant de connaître l’état physiologique d’une plante dans la nature. Nombre de publications : 412 Distinction: Médaille de bronze du CNRS (Tatiana Giraud) Les grandes lignes (thèmes) du projet 2010-2013 Changements climatiques: interactions entre climat et écosystèmes Biodiversité: de son origine à son maintien Agriculture durable Pollution de l’environnement En conclusion Département de Biologie 2010-2013 La biologie sur le grand campus (Orsay Gif/Yvette), c’est: - 50 PR et 120 MCF - 350 doctorants sur 4 ED (SDV, GGC, IT, SNER) - Campus Orsay : 119 EC - 112 C IATOS/ITA: 70 P11 – 11 CNRS - 46 INRA - Campus de Gif: 236 C - 21 EC P11 ITA: 251 CNRS - 0 IATOS – 10 INRA - 8 instituts ou unités sur Orsay - 11 instituts ou unités sur Gif/Yvette - De nombreuses plateformes (Génomique, Imagerie, Spectro…) Projets pour le prochain quadriennal - Pas de projets centrés sur une unité - Des thèmes fédérateurs rassemblant plusieurs unités - Adossés à des projets d’enseignement - Grande volonté de poursuivre le rapprochement entre Orsay et Gif Département de biologie 2010-2013
