Quantification de mutations somatiques par séquençage haut débit

Quantification de mutations somatiques par
séquençage haut débit
Martin Figeac
Plate-forme de génomique fonctionnelle et structurale
Service commun de l'Université de Lille 2
IFR114 – IMPRT
Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille
Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille
1 place de Verdun
59045 Lille Cedex
Janus Kinase 2
Muta quant
PGM / ion torrent
Protocole
Mutation
- Fusion PCR
- Amplification sur la sphère
- séquençage
Dilution et reproductibilité
JAK2 V617F
Dilution
1,00000
0,10000
Dilution
0,01000
PGM
0,00100
0,00010
0,00001
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
JAK2 V617F
Dilution
1,00000
0,10000
0,01000
Dilution
PGM
0,00100
0,00010
0,00001
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27
Tests à l'aveugle
JAK2 V617F
Lille
1,00000
-16
p < 10
0,10000
Lille
PGM
JAK2 V617F
0,01000
St-Louis
1,00000
0,00100
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
0,10000
JAK2 V617F
St Louis
PGM
Bordeaux
1,00000
0,01000
0,10000
Bordeaux
PGM
0,01000
0,00100
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
0,00100
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
Conclusions
Janus
La
Kinase 2 mais adaptable à toutes les mutations
sensibilité dépend de la couverture choisie
Pas
de gamme, quantification absolue
Mais :
Temps
de réalisation
Problème
Prix
des homopolymers
?
Intégration
à l'hôpital ?
8
Travail réalisé par :
Thomas Boyer,
Olivier Nibourel,
Valérie Coiteux,
Sandrine Geffroy,
Sabine Quief,
Martin Figeac,
Céline Villenet,
Aline Renneville,
Claude Preudhomme,
Eric Lippert,
Bruno Cassina.
9