Détection de mutations somatiques par séquençage haut débit – Ion Torrent – Martin Figeac Plate­forme de génomique fonctionnelle et structurale Service commun de l'Université de Lille 2 IFR114 – IMPRT Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille 1 place de Verdun 59045 Lille Cedex PGM / ion torrent Janus Kinase 2 Muta quant Protocole Mutation - Fusion PCR - Amplification sur la sphère - séquençage Dilution et reproductibilité JAK2 V617F Dilution 1,00000 0,10000 Dilution PGM 0,01000 0,00100 0,00010 0,00001 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 JAK2 V617F Dilution 1,00000 0,10000 0,01000 Dilution PGM 0,00100 0,00010 0,00001 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 Tests à l'aveugle JAK2 V617F Lille 1,00000 p < 10-16 0,10000 Lille PGM JAK2 V617F 0,01000 St-Louis 1,00000 0,00100 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 0,10000 JAK2 V617F St Louis PGM Bordeaux 1,00000 0,01000 0,10000 Bordeaux PGM 0,01000 0,00100 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 0,00100 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 Conclusions Janus Kinase 2 mais adaptable à toutes les mutations ● La sensibilité dépend de la couverture choisie ● Pas de gamme, quantification absolue ● Mais : Temps de réalisation ● Problème des homopolymers ● Prix ? ● Intégration à l'hôpital ? ● Travail réalisé par : Thomas Boyer, Olivier Nibourel, Valérie Coiteux, Sandrine Geffroy, Sabine Quief, Martin Figeac, Céline Villenet, Aline Renneville, Claude Preudhomme, Eric Lippert, Bruno Cassina. 8 Quelques informations sur l'enrichissement HaloPlex (Agilent Technologies) 9 10 Couverture non homogène due aux enzymes de restriction 11 Il est nécessaire d'avoir une couverture moyenne importante 12 Des régions « trop » largement ciblées par défaut 13 Des régions « trop » largement ciblées par défaut 14 Des régions « trop » largement ciblées par défaut Mais risque de perdre en couverture au niveau des extrémités des exons 15 16