Biomarqueurs en oncologie : de la paillasse à la clinique, vers un traitement personnalisé des cancers.

ERI3 Cancers & Populations
Biomarqueurs en Cancérologie
Exemples des CBNPC
Gérard Zalcman
Service de Pneumologie & ER3 Inserm
« Cancers et Populations »
Université de Caen-Basse Normandie
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
La dissection moléculaire des cancers
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Biomarqueurs pronostiques et prédictifs

Qu’est ce qu’un marqueur prédictif ?
•
Marqueur permettant de prédire l’efficacité d’un traitement sur
une pathologie
•
À ne pas confondre avec marqueur pronostique : marqueur
permettant de prédire les caractéristiques évolutives propres d’une
pathologie.
•
•
stade TNM
•
Score histo-pronostique
Un marqueur pronostique peut être aussi un marqueur prédictif
d’efficacité…
•
•
•
erbB2: mauvais pronostic, survie prolongée sous herceptin (cancers du sein)
RO+: meilleur pronostic, efficacité des anti-oestrogènes
•
Mut EGFR: bon pronostic, survie prolongée sous TKI EGFR (CBNPC)
•
expression ERCC1: bon pronostic, inefficacité de la chimio adjuvante des CBNPC
Plus que la prédictivité de la réponse...la prédictivité de la SURVIE
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Les Cancers Bronchiques Non à Petites Cellules (CBNPC) :
Le profil moléculaire des patients ou de la tumeur
peut-il permettre d’adapter la prise en charge ?
Patients with the same diagnosis
Patients présentant la même maladie
« répondeurs »
Traitement de référence
« répondeurs »
Mais toxicité du traitement
« non
répondeurs »
traitement « à la carte »
Gandara R, et al. J Clin Oncol, 2007: Abst 7500
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Les Cancers Bronchiques Non à Petites Cellules (CBNPC) :
Des marqueurs biologiques peuvent-ils
guider les choix thérapeutiques ?
En
prédisant
l’efficacité
d’un
traitement
sur
une
pathologie
(= marqueur prédictif)
et/ou
En prédisant les caractéristiques
évolutives propres d’une pathologie
(=marqueur pronostique)
Nb : un marqueur peut être à la fois prédictif et
pronostique
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Le but ultime pour le patient du
21ème siècle ?
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Les essais japonais de TKI en 1ère ligne
c/o les patients avec mutation de l’EGFR
N=198
NEJ002
Gefitinib
250 mg/j
Patients
• CBNPC
• Première
ligne
• EGFR muté
(19-21)
• PS 0–1
• 20-75 y
• SSP (supériorité)
Secondaires
Carboplatine AUC 6
Paclitaxel
200 mg/m2 / 21 j
• Survie globale, RO, QoL,
symptômes liés à la
maladie
Toxicités et Tolérance
Maemondo et al, NEJM 2010
WJTOG 3405
Gefitinib
250 mg/j
Objectifs
Principal
• SSP (supériorité)
Secondaires
Cisplatine 80
Docetaxel 60
N=175
Objectifs
Principal
• Survie globale, RO,
• Toxicités et Tolérance
• FISH
/21 j
Mitsudomi T et al, Lancet Oncol 2009
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Les essais japonais de TKI en 1ère ligne c/o
les patients avec mutation de l’EGFR
NEJ002
WJTOG 3405
HR=0,36
HR=0,49
Gefitinib
SSP
mois
Carbo-TXL
10.8 mois
5.4
Maemondo et al, NEJM 2010
SSP
Gefitinib
CDDP-TXT
9.2 mois
6.3 mois
Mitsudomi T et al, Lancet Oncol 2009
Analyse intermédiaire:
Inclusions
arrêtées au bout de 198 patients
Objectif statistique atteint
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Gefitinib vs. CT première ligne c/o
CBNPC mutés EGFR
4
8 12
mois
16
5
IPASS
71,2
0.0
30 0
25
47,3
40
200
jour
s
300
p<0.001
80
37,5
0.0 0
500
40
400
p<0.001
74,5
80
29
40
20
20
20
0
0
0
0
IRESSA (n=26)
G/P (n=16)
IRESSA (n=98)
C/P (n=100)
62,1
60
20
IRESSA (n=132)
C/P (n=129)
20
mois
100
60
40
10
WJTOG 3405
100
84,6
60
40
100
NEJ002
80
RO%
RO%
20
p=0.002
100
100
60
10
15
mois
0.2
First-SIGNAL
p<0.0001
80
Probabilité de SSP
Probabilité de SSP
0.0
0
20
RO%
0
24
0.4
0.2
0.2
0.0
0.6
0.4
0.4
0.2
0.8
0.6
0.6
0.4
1.0
0.8
0.8
0.6
HR(95%CI)=0.49 ( 0.336-0.710)
P<0.001
1.0
1.0
0.8
HR (95% CI) = 0.36 (0.25, 0.51)
p<0.001
RO%
1.0
HR (95% CI) = 0.61 (0.308, 1.221)
p=0.084
Probabilité de SSP
Probabilité de SSP
HR (95% CI) = 0.48 (0.36, 0.64)
p<0.0001
32,2
IRESSA (n=58)
C/D (n=59)
Mok et al. 2009 ; Lee et al. 2009 ; Kobayashi et al. 2009, Mitsudomi T et al. 2009
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
30
...and last but not least !
L’essai chinois OPTIMAL (ESMO 2010) : Gem-carbo vs. Erlo
HR for progression =0,16 !
...en attendant EURTAC en Europe (ASCO 2011)
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
 2105 NSCLC patients in 129 institutions in Spain screened for EGFR
mutations by a central laboratory (2060 paraffin embedded pathological
blocks and 45 fresh specimens).
 Laser microdissection, PNA clamp, PCR-based allele specific Assay
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
14 months median PFS
- 58.4 % ORR
- 77.7 % DCR
Meilleure réponse
associée avec:
 mutation de l’exon 19
(OR, 3,08; IC 1,63 – 5,81; p=0,001)
âge de 61 à 70 ans
(OR, 2,55; IC 1,32 – 4,96; p=0,006)
ERLOTINIB
27 months median OS
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Le premier biomarqueur des CBNPC métastatiques en routine:
mutations activatrices de l’EGFR
Les TKI de l’EGFR: une révolution pour 15% des patients
Les TKI aux mutés, la chimio aux sauvages !27 mois
12 mois
Femmes
Non fumeuses
AdénoK
Courtesy Pr. JL Pujol
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
La France en avance ....
Les 28 plates-formes régionales de
génétique moléculaire:
financées à hauteur de 1,7 M €
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Activité EGFR pour les trois premiers trimestres 2010
sur les plates-formes régionales
nb patients
Recherche des mutations de l'EGFR
dans le cancer du poumon
Activité trois premiers
trimestres 2010
14000
11846
12000
Nombre de patients
10000
11846
Activité médiane
324
Activité min
115
Activité max
1956
8000
6000
4000
2000
2667
1269
0
2008
2009
Trois premiers
trimestres 2010
29% de 40 000 cas de CBNPC prévalents en 2010
F. Nowak, INCA
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
% de mutations et de résultats non
interprétables
Diagnostic moléculaire EGFR pour tous !
Répartition du % de mutations entre les plateformes
% de
mutations
% de résultats
non
interprétables
% global
10,6%
5,8%
% minimum
6,3%
1,0%
% maximum
16,7%
22,6%
Caen: Multiplex ASO PCR
11,8%
3,4% de NI
Répartition du % de résultats non interprétables
dédommagement des cabinets d’ACP pour le désarchivage des lames
Délai médian : 10 jours à compter de la date d’arrivée du prélèvement
dans la plateforme
F. Nowak, INCA
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Utilisation des facteurs prédictifs et pronostiques….
Situation métastatique vs. adjuvante & néo-adjuvante
Biopsies
Pièces opératoires
Marqueurs de pronostic : micropuces
ou association de marqueurs, BT3...
Marqueurs prédictifs de
réponse/survie : ERCC1, p27, MSH2,
RASSF1A ...TS ?
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Comment valider un biomarqueur prédictif ?
1- Règler les problèmes techniques: le test doit être validé sur de
larges études rétrospective, en situation d’utilisation de routine
- paraffine vs. congélation
- Biopsie/cyto vs. pièce opératoire (controle histo ++++ : % cellules tumorales)
- Technique spécifique d’allèle (PNA, snap-shot, MASO, ARMS....) vs. séquençage
IHC: - Ac monoclonal vs. polyclonal
- lots équivalent (dilution, stabilisateur, stabilité dans le temps, conservation)
- T+ internes (macrophages, fibres musc., nerfs, cell. Épith. normale..)
- lecture du résultat standardisée (T-, T+ dans chaque série, cellules & lames test)
- scoring: H-score vs. % cellules, nb de champs, TMA vs. lame entière
- variabilité inter-observateur, intra-observateur, courbe d’apprentissage
Faux positifs, Faux négatifs: validation par autre technique...elle-même validée !
(qRT-PCR, FISH)
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Comment valider un biomarqueur prédictif ?
2- Règler les problèmes méthodologiques
Comment exprimer le résultat ?
- variable continue ?
- distribution de la variable
- definition du cut-off: premier quartile Q1
médiane Q2
Non réponse
troisième quartile Q3
Distribution de la réponse au Tt
Selon la distribution du marqueur
Réponse
H-score
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Comment valider un biomarqueur prédictif ?
Sensibilité
Spécitificité
Courbes ROC: Receiver Opératoing Caracteristics
suppose de définir un gold standard !!
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Comment valider un biomarqueur prédictif ?
3- Validation statistique du biomarqueur :
 Test d’interaction pour la prédictivité
 analyse multivariée avec l’ensemble des variables...qui font sens !
 correction pour analyses multiples (Bonferroni, Hochberg)
 procédure de sélection des variables (p<0,2; backward...)
 Validation interne:
0,5: prédiction au hasard !
0,7-0,8: prédiction acceptable
0,8-0,9: prédiction excellente
0,9-1: remarquable
training set/ validation set
re-sampling: Bootstrap
(stabilité, qualité discriminante du modèle (index d’Harrell/ c-index...)
reproductibilité, apport du biomarqueur par rapport aux variable cliniques)
VALIDATION EXTERNE :
cohortes multiples géographiquement divergentes de malades homogènes +++
laboratoires différents avec technique identique
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Comment valider un biomarqueur prédictif ?
Check-list: Recommendations for Marker studies
REMARK guidelines
JCO, JNCI, BJC, CCR, Annals Oncol. 2005
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Situation adjuvante
A 7,5
ans
de suivi,
perte
du gain lié à la chimiothérapie adjuvante
The
IALT,
NEJM
2004
Survie cumulée
Chimiothérapie
Contrôle
p<0.03
HR = 0,86 [0,79-0,98]
Effet faible
S’estompant avec le
temps
Quels patients ?
Années
T. Le Chevalier ASCO 2008, abstr. 7507
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
IALT-Bio
ERCC1 : Situation adjuvante
Immunohistochimie
ERCC1 -
ERCC1 +
Olaussen KA , NEJM 2006
+ Niedernhofer, NEJM 11 Oct 2007
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Role ERCC1 in the Nucleotide Excision Repair
pathway (NER)
Bulky DNA
lesions:
- Radiation
- Chemicals
(CDDP)
- protein
addition
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Matériel
Tous les centres IALT 1867 patients
Centres IALT > 10 patients
1045 pts
867 blocs reçus
783 NSCLC exploitables après revue ana-path.
768 pts inclus dans le tissue micro-array (TMA)
REMARK: Les 768 sont représentatifs des 1045 .... Mais aussi des 1867 ??
ASCO 2009 - D’après Fouret P et al., abstract 75002
4èmes
journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
ERCC1 facteur prédictif :
survie et chimio. à base de CDDP
Olaussen KA , NEJM 2006
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
ERCC1 facteur prédictif :
survie et chimio. à base de CDDP
Olaussen KA , NEJM 2006
pronostic
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
ERCC1 facteur prédictif :
survie et chimio. à base de CDDP
non prédictif ?
Olaussen KA , NEJM 2006
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
ERCC1 facteur prédictif :
survie et chimio. à base de CDDP
+25%
Olaussen KA , NEJM 2006
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
ERCC1 facteur prédictif :
survie et chimio. à base de CDDP
Olaussen KA , NEJM 2006
Test d’interaction
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
ERCC1 facteur prédictif :
survie et chimio. à base de CDDP
Olaussen KA , NEJM 2006
Test d’interaction
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
ERCC1 facteur prédictif :
survie et chimio. à base de CDDP
• Analyse ERCC1
+
-
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
IALT-bio..encore
Filipits, JCO 2007
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Cycle cellulaire : valeur pronostique ?
NON !
Filipits, JCO 2007
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
IALT-bio..encore
p27 neg
p27 negative tumors
50% 5y OS
IHC p27 prédictive d’une meilleure
survie sous chimio lorsque négative
+ 18% de survie à 5 ans
Test d’interaction: p=0,02
p27 pos
p27 positive tumors
41% 5y OS
Filipits, JCO 2007
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
IALT-bio..toujours !
Méthodes

Immunohistochimie

MSH2 : Ac monoclonal de souris
MSH2 élevé
FE11 (Calbiochem)

Evaluation en combinant

l’intensité du marquage nucléaire

Le % de cellules tumorales positives
MSH2 bas
H-scores
ASCO 2009 - D’après Kamal et al. CCR 20104èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Analyse de la survie globale

End-point: données de survie globale à long terme
avec une médiane de suivi de 7.5 ans

IALT-Bio Cox modèle ajusté sur

Les facteurs utilisés dans la stratification de la randomisation

Les facteurs prognostiques, Cliniques et histologiques

Facteurs corrélés aux niveau d’expression de MSH2
REMARK: Correction pour analyses multiples ? (Bonferroni-Holm ? Hochberg ?)
« ...the estimated power to detect a 20% difference in the
survival benefit at 5 years, given the enrollment of 800
patients, was 66% (with a two-sided alpha level of 0.01). Such a
design has the ability to address the predictive value of 25
markers. » Olaussen, NEJM 2006
ASCO 2009 - D’après Kamal et al. CCR 2010
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Survie globale en fonction du traitement
et des taux de MSH2
Bras chimiothérapie
Bras contrôle
Survie Médiane
Médiane Survie
HR (95%CI)
P
MSH2 bas (n=416)
58 mois
42 mois
0.76 (0.59-0.97)
0.03
MSH2 élevé (n=257)
49 mois
58 mois
1.12 (0.81-1.55)
0.48
0.99 (0.74-1.32)
0.66 (0.49-0.90)
-
-
0.93
0.01
-
0.06*
HR (95%IC)
P
* Interaction test

La chimiothérapie permet un gain de 16 mois en survie
globale (+27%) chez les patients ayant un MSH2 bas
ASCO 2009 - D’après Kamal et al. CCR 2010
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
MSH2
416 Patients
avec une tumeur MSH2-négative
257 Patients
avec une tumeur MSH2-positive
Survie globale
100%
100%
Contrôle (75 décès)
Chimiothérapie (131 décès)
Survie médiane : 4,8 ans
Overall survival
80%
80%
Survie médiane : 4,8 ans
60%
60%
40%
40%
Contrôle (130 décès)
Survie médiane : 3,5 ans
20%
p=0,03
0%
Chimiothérapie (83 décès)
20%
Survie médiane : 4,1 ans
p=0,48
0%
0
1
2
3
4
5
6
7
8
0
1
2
3
Années
No. à Risque
4
5
6
7
8
Années
Chimiothérapie
201
163
123
108
95
79
61
48
34
126
112
99
83
68
57
44
31
17
Contrôle
215
190
162
139
124
102
76
59
41
131
113
96
80
67
51
41
26
17
ASCO 2009 - D’après Kamal et al. CCR 2010
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Predictive value of MSH2 compared
with ERCC1?

Subanalysis of 658 patients for which both markers
were available

Updated data set (7.5 years median follow-up)
(16ème analyse de sous-groupe...)
ASCO 2009 - D’après Kamal et al. CCR 2010
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Results
Chemotherapy versus
control
HR
95%CI
Interaction
chemotherapy*marker
P value
MSH2
P value
0.05
Low
0.75
0.58 to 0.98
0.03
High
1.14
0.82 to 1.57
0.44
ERCC1
0.04
Low
0.73
0.55 to 0.96
0.03
High
1.11
0.83 to 1.50
0.49
MSH2 and ERCC1 had equal predictive value ?
ASCO 2009 - D’après Kamal et al. CCR 2010
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Overall survival in patients with low ERCC1 tumors
Low MSH2/ low ERCC1
High MSH2/ low ERCC1
(250 pts)
(104 pts)
100%
100%
80%
80%
Chemotherapy (81 deaths)
60%
Median survival : 4.6 years
40%
Overall survival
Overall survival
Chemotherapy (29 deaths)
Median survival : 6.4 years
60%
40%
Control (28 deaths)
Median survival : 5.1 years
Control (81 deaths)
20%
20%
Median survival : 2.8 years
p=0.01
p=0.70
0%
0%
0
1
2
3
4
5
6
7
0
8
1
2
3
Years
4
5
6
7
8
Years
No. at Risk
No. at Risk
Chemotherapy
120
94
65
57
50
45
35
28
19
Chemotherapy
47
41
36
34
26
20
16
11
7
Control
130
113
96
82
71
59
39
31
22
Control
57
50
43
40
35
27
22
13
9
Gain of 21 months of OS
from chemotherapy
ASCO 2009 - D’après Kamal et al. CCR 2010
No gain of OS from
chemotherapy
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Overall survival in patients with high ERCC1 tumors
Low MSH2/ high ERCC1
High MSH2/ high ERCC1
(150 pts)
(154 pts)
100%
100%
80%
80%
Overall survival
Overall survival
Chemotherapy (46 deaths)
Median survival : 5.7 years
60%
40%
Control (44 deaths)
Control (45 deaths)
60%
Median survival : 4.7 years
40%
Median survival : 4.6 years
20%
20%
p=0.71
0%
Chemotherapy (54 deaths)
p=0.19
Median survival : 3.3 years
0%
0
1
2
3
4
5
6
7
8
0
1
2
3
Years
No. at Risk
Chemotherapy
Control
4
5
6
7
8
Years
No. at Risk
75
63
79
73
53
49
43
33
26
20
15
Chemotherapy
76
68
61
47
40
35
27
19
9
62
53
50
41
35
26
17
Control
74
63
53
40
32
24
19
13
8
No gain of OS from
chemotherapy
ASCO 2009 - D’après Kamal et al. CCR 2010
No gain of OS from
chemotherapy
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Tableau résumé des Hazard Ratios avec
1 ou 2 marqueurs
Interaction
chimio*marqueur(s)
Chimiothérapie
versus contrôle
Marqueur
HR (95% CI)
P value
P value
ERCC1 bas
0.73 (0.55 to 0.96)
0.03
0.04
MSH2 bas
0.75 (0.58 to 0.98)
0.03
0.05
MSH2 bas/
ERCC1 bas
0.65 (0.47 to 0.91)
0.01
0.02
 Réduction de 35 % du HR dans le bras chimiothérapie
ASCO 2009 - D’après Kamal et al. CCR 2010
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
b-Tubuline : Agents tubulo-affins
b-tubulin is a component of
mitotic spindle
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Paclitaxel Resistance
b-tubulin
3 mRNA
in A549
sub-clones
cells
Internal positive
controls : nerves
& endothelial cells
0
X 40 1
X 40
2
X 40 3
X 40
(Kavallaris
JCI 1997)
Intensity x % of tumoral stained cells
= 0, lack of any staining
= 1, low staining compared with internal control
= 2, intermediate staining compared with internal control
= 3, strong staining compared with internal control
 Continuous variable, range : 0-300
G. Zalcman et al. ASCO 2009
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
b-tubuline : situation adjuvante
Bras contrôle
Bras chimio vino
b-tubulin expression
PFS
High BT3
High BT3
-
+
OS
High BT3
High BT3
Effet pronostique ...pas prédictif
Séve P, Clin Can Res 2007
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
LACE-bio (1) : la bêta-tubuline 3 est un
marqueur de mauvais pronostic...
Validation externe
1149 patients
%
100
HR = 1,27 ; IC95 = 1,07-1,51 ; p = 0,008
80
(test d’hétérogénéité : p = 0,71)
60
Cut-off= mediane H-score
40
20
Faible marquage bêtatubuline 3
Fort marquage bêtatubuline 3
0
Nombre de patients
à risque
0
1
595
554
538
471
2
3
4
5
6
Temps après randomisation (années)
452
381
340
300
259
223
178
153
106
87
7
8
47
48
18
28
WCLC 2009 - D’après Reiman T et al., CCR 2011 in press
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
LACE-bio (2) : … mais ne constitue
pas un marqueur prédictif
Survie globale dans le bras chimiothérapie contre le bras contrôle
selon le statut de la bêtatubuline 3
Catégorie
ANITA
IALT
n
HR
HR (IC95)
Bêtatubuline 3 faible
72
1,32 (0,65-2,68)
Bêtatubuline 3 élevée
72
0,67 (0,34-1,32)
Bêtatubuline 3 faible
407
1,09 (0,82-1,45)
Bêtatubuline 3 élevée
341
0,79 (0,59-1,06)
Bêtatubuline 3 faible
30
1,18 (0,28-4,97)
Bêtatubuline 3 élevée
22
3,38 (0,78-14,6)
Bêtatubuline 3 faible
83
0,81 (0,42-1,56)
Bêtatubuline 3 élevée
114
0,94 (0,56-1,58)
Test d’interaction
BT 3/traitement
HR = 0,50 (0,19-1,32)
p = 0,16
HR = 0,73 (0,49-1,08)
p = 0,11
JBR.10-2
HR = 2,87 (0,38-21,7)
p = 0,31
CALGB
0,2
En faveur du bras chimiothérapie
1
HR = 1,17 (0,51-2,69)
p = 0,71
Test pour l’égalité des interactions : p = 0,42
5
En faveur du bras contrôle
WCLC 2009 - D’après Reiman T et al., CCR 2011 in press
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Expression de la bêta-tubuline 3 dans l’essai
de chimiothérapie périopératoire IFCT-0002
GP :
PC :
GEM : 1 250 mg/m2, J1 et J8, x 3 sem.
CDDP : 75 mg/m2, J1, x 3 sem.
PAC : 200 mg/m2, J1, x 3 sem.
CARBO : ASC 6, J1, x 3 sem.
CBNPC de stades I-II
Suivi médian=5 ans
Répondeurs
CT
périopératoire
GP1
GP2
PC1
PC2
GP1
GP2
CT
préopératoire
PC1
PC2
É
V
A
L
U
A
T
I
O
N
GP3
GP4
PC3
PC4
412 IHC
bêta-tubuline 3
Répondeurs
GP3
GP4
PC3
PC4
Sur pièce opératoire,
postchimiothérapie
528 patients inclus (le dernier en décembre 2005)
WCLC 2009 - D’après Levallet G et al., in revision
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
IHC TUBB3: variable continue / Dichotomisation
Probability of non-response to neoadjuvant chemo taking
account for bT3 IHC score: a non-linear relationship...
p (non response)
0,6
0,5
0,4
0,3
0,2
0,1
0
0
10
20
30 40 50 60 70
b-tubuline 3 Score
80
90
....300
... Leading to a possible dichotomization: bT3=0 vs. bT3>0
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Temps médian de survie sans progression
divisé par deux !
bT3=0
bT3>0
SSP médiane = 30.6 mo. vs. 60.1 mo.
p = 0.014
HR ajusté = 1,41 95% IC (1,01-1,98)
p= 0,044
Ajustement sur l’histologie, nb de cycles, T & stade
WCLC 2009 - D’après Levallet G et al., in revision
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
1 an de différence de survie
entre les deux groupes
bT3=0
bT3>0
Median OS = 71.7 mo. vs. >84 mo.
= 1,58 ; IC95 : 1,11-2,25 ; p = 0,011
p = HR
0.013
(différence absolue OS > 16%)
HR ajusté = 1,69 95% IC (1,10-2,61)
p= 0,035*
Ajustement sur l’histologie, nb de cycles, T & stade
* p corrigé pour des analyses multiples (méthode Hochberg)
WCLC 2009 D’après Levallet G et al., in revision
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
... mais TUBB3 n’est pas un facteur prédictif
de survie (paclitaxel contre gemcitabine) :
Anti-tubulin (paclitaxel) and b-tubulin 3 expression:
interaction test
There was no significant interaction between b-tubulin 3 status and
treatment assignment in predicting PFS or OS in IFCT-0002 trial
PFS: Interaction test p= 0.69
HR * varying from 0.94 for IHC score=0 to 1.06 for IHC score=300
OS: Interaction test
p= 0.64
HR * varying from 0.84 for IHC score=0 to 1.01 for IHC score=300
* Paclitaxel vs gemcitabine
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
BIO-IFCT 0002: Univariate analysis for
non response to chemotherapy
Modèle multivarié (ajusté sur le tabac):
RR
yes
1,46
K-Ras mut
IC95% [1,15-1,86]
p=0,0022
no
1
Mais aucun effet sur la survie !!!
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Progression-free survival (%)
BIO-IFCT 0002: Progression-Free Survival
according to RasSF1A promoter methylation
100
Median PFS = 16.7 months vs. 61.2 months
HR= 2.02 [1.35-3.03] p = 0.00068
80
60
wt
40
methylated
20
PFS presque divisée par 4 !
0
0
12
24
36
48
60
72
Adjusted HR = 1.88 [1.25-2.82]
84
Months
p* = 0.0048
(adjustment for histology, nb of cycles, T & stage)
WCLC 2009 - Zalcman G et al., abstract D8.1
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
BIO-IFCT 0002: predictive value of RASSF1A
promoter gene methylation
Interaction test: p* = 0.033
* Correction for multiple analyses (Hochberg method)
100
RASSF1A wt
80
Gemcitabine
60
Paclitaxel
40
20
PFS (%)
PFS (%)
100
RASSF1A methylated
80
HR = 0.55 [ 0.27-1.12 ]
60
Paclitaxel
40
20
HR = 1.32 [0.85-2.06]
Gemcitabine
0
0
0
12
24
36
48
60
72
Months
Adj. HR = 1.52 [0.96-2.41]
p = 0.076
0
12
24
36
48
60
72
Months
Adj. HR = 0.47 [0.23-0.97]
p = 0.042
(adjustment for histology, nb. of cycles, T & stage)
Median OS of RASSF1Amet patients treated by Gem: 30.0 months
Median OS of RASSF1Amet patients treated by Pac: 70.0 months
WCLC 2009 - Zalcman G et al., abstract D8.1
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
BIO-IFCT 0002: Overall Survival according
to RasSF1A and DAPK promoter methylation
RASSF1A
100
DAP-K
Overall survival (%)
HR= 2.13 [1.34-3.37]
p = 0.0013
80
100
HR= 0.56 [0.36-0.88]
80
methylated
wt
60
60
40
40
p = 0.011
wt
methylated
20
20
Survie globale divisée par 3 !
0
0
12
24
36
48
60
72
0
84
Months
Median OS = 32.9 mo vs. >84 mo
Adj. HR = 2.01 [1.26-3.20] p* = 0.020
0
12
24
36
48
60
72
84
Months
Median OS = 66.5 vs. >84 mo
Adj. HR = 0.61 [0.39-0.96]
p = 0.031
p* = 0.12
(adjustment for histology, nb of cycles, T & stage)
WCLC 2009 - Zalcman G et al., abstract D8.1
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Bio-IFCT 0002: definition of prognosis groups
for OS by stepwise Cox regression
100
Overall survival (%)
p=0.00017
80
60
Code couleur
des 3 groupes
de patients
D
A
wt
P
K meth
RassF1A
wt meth
40
20
0
Validation Bootstrap
0
12
24
36
48
60
72
84
Months
Median OS
>84
>84
29.0
WCLC 2009 - Zalcman G et al., abstract D8.1
Adj. HR (95%CI)
p
1
1.81 (1.08-3.05) 0.0024
3.36 (1.73-6.70)
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Gene expression profiling
mRNA Extraction cDNA
fluorescent probing
cell
Probe gene 3
hybridization
Probe gene 2
mRNA  cDNA
expression
Chip Hybridization with probed cDNA
Gene 1
Gene 3
Gene 2
Quantification
of the results
Probe gene 1
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Micropuces: Validation RT-QPCR
Chen HS, NEJM Jan 2007
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
La puce
MetageneTM
Pottti A et al. N. Engl. J. Med. 2006, 355: 570-80
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Stratégie thérapeutique basée
sur la génomique dans les stades I
Étude du profil génomique (puce affymetrix) comme prédictif
de la rechute métastatique
Définition d’un profil prédictif (index metagene) de la rechute
sur une population test de 89 patients (50% rechute avant 2,5 ans
et 50% sans rechute à 5 ans) = en fait marqueur PRONOSTIQUE !
Essai randomisé: seule façon de
prouver une valeur prédictive
(test d’interaction profil/ bras thérapeutique)
Profil métagène identifiant dans le stade Ia et le stade
des sous-groupes de survie équivalent au stade IIb/IIIa
ASCO 2006 - D’après J Nevins et al., abstract 7026 actualisé
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
« Science sans conscience n’est que ruine de l’âme »
Problème: 90 patients déjà
randomisés dans l’essai
prospectif du CALGB !!!
La leçon de REMARK:
il n’y a jamais trop de
validations face au hasard !
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
133 specimens de JBR10 (sur 482 patients inclus dans l’essai)
63 obs
71 adjuvant
Puce Affymetrics®
Signature de 15 gènes
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
15-gene signature prognostic value
OBS, All patients
OBS, stage II patients
OBS, stage IB patients
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Validation externe : 4 cohortes différentes
Director’s challenge consortium adénoK
Duke University
University of Michigan, squamous cell cancers
Netherlands NCI
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
AdJ. Interaction Test< 0,01
High risk patients
Low Risk patients
puce
High risk patients
Low Risk patients
qRT-PCR
Adj. Interaction Test= 0,025
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Early stage NSCLC : Prognostic markers
Reference
Marker
Trial
N
OS
Fouret 2009
MSH2
IALT
768
HR 0.66;
p=0.01: high
Olaussen 2006
ERCC1
IALT
761
HR 0.66;
p=0.009: high
Filipits 2007
MRP2
IALT
782
HR=1.37;
p=0,07: high
Tsao 2007
P53 expression
JBR10
253
HR=1.89;
P=0.03: high
Sève 2007
b-tubulin3
JBR10
256
HR=1.72;
P=0.04: high
Zalcman 2008
RassF1A methyl.
IFCT-0002
208
HR=2.13,
p=0.0013: methyl
Zalcman 2009
b-tubulin3
IFCT-0002
461
HR=1.69,
p=0.035: high
Zhu 2010
15-gene signature
JBR10
133
HR=15.02,
p<0.001 : high risk
Mascaux& Zalcman
2011
3 mIR signature
IFCT-0002
276
HR=0.445
Embargo
p=0,0002:
3mIR+
ASCO 2011
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Early stage NSCLC : Predictors of adjuvant or neoadjuvant chemotherapy benefit
Reference
Marker
Trial
N
Kamal 2010
MSH2
IALT
768
MSH2+ERCC1
Olaussen 2006
ERCC1
IALT
HR 1.12; p=0.48: high
Interaction=0.06
658
HR 0.65; p=0.01 both low
HR 1.32; p=0.19 both high
Interaction=0.02
658
HR 0.73; p=0.03: low
HR 1.11; p=0.49: high
Kamal 2010
Filipits 2007
HR 0.76; p=0.03: low
p27
IALT
778
HR 0.66; p=0.06: neg
HR 1.091; p=0.54: pos
Tsao 2007
P53 expression
JBR10
253
RassF1A méthyl
IFCT-0002*
208
HR** 0.47; p=0.042 methyl:
HR 1.52 ; p=0.076 unmethyl
Zhu 2010
15-gene
signature
JBR10
* IFCT-0002: neo-adjuvant pacli vs gem
133
Interaction=0.02
HR 0.54; p=0.03: pos
HR 1.40; p=0.26: neg
Zalcman 2008
Interaction=0.04
Interaction= 0.02
**PFS
Interaction= 0.033
HR 0.33; p<0.01
HR 3.67; p=0.013
Interaction=0.001
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Mammaprint™ FDA registration for
clinical use in early breast cancer
Prognostic profile
Feb. 2011
N Engl J Med, Vol 347 (25), 2002
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Valeur pronostique: Tt adjuvant c/o patientes à faible risque de récidive ?
50% 10y OS
96% 10y OS
Début : 2007
Oct. 2010:
4535 patientes
incluses
Goal: increase OS of high-risk patients
96 centres, 9 pays Européens
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
En Conclusion
AMM conditionnées
EGFR mut: CBNPC (TKI)
ALK-EML4: CBNPC (ATU crizotinib)
ErbB2: sein (herceptin, lapatinib)
c-Kit mut: LMC, GIST (Imatinib)
K-Ras mut: K Colorectal (Cetuximab)
Mammaprint™ & CT adjuvante in low-risk
breast K patients
...mais pas de données assez
consistantes:
• pour puces cDNA , CBNPC et CT adjuv.
• ERCC1/MSH2 , CBNPC et CT adjuv.
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011
Bio-IFCT 0002 task Force
http://www.ifct.fr
Caen University Hospital:
Grenoble University Hospital:
G. Zalcman, MD PhD
E. Bergot, MD MBsc
G. Levallet, PhD
N. Richard, PharmD
F. Galateau-Sallé, MD
C. Creveuil, PhD
F. De Fraipont, PharmD, PhD
M.C. Favrot, MD PhD
E. Brambilla, MD PhD
D. Moro-Sibilot, MD PhD
I.A.R.C , Lyon:
Strasbourg University Hospital:
M. Beau-Faller, MD PhD
M.P Gomb, MD PhD
E. Quoix, MD
CHU Tenon (Paris):
Besançon University Hospital:
E. Ranfaing, MD
A. Depierre, MD
M. Mercier, MD PhD
F. Morin, MBsc
Q. Tran, MBsc
R. Rouveau, MBsc
M.P. Lebitasy, MD
L. Baudrin, MBsc
J.C. Soria, MD PhD
T. Le Chevalier, MD
C. Mascaux MD PhD
M. Antoine, MD
B. Milleron, MD
I.F.C.T Paris:
PNES Poumon INCA
Bruxelles Jules Bordet Inst.
& University of Colorado:
M. Mounawar PhD
P. Hainaut, PhD
Grants:
National Program for Hospital Clinical Research (PHRC)
2000, National Program for Scientific Excellency (PNES),
French NCI (INCA) 2006, Association pour la Recherche
sur le Cancer, Ligue Contre le Cancer
4èmes journées scientifiques du Cancéropôle NO, Deauville, 2011