Nouvelles formations La newsletter du Biopark Charleroi Brussels South n°23 — automne 2014

La newsletter du Biopark
Charleroi Brussels South
n°23 — automne 2014
Nouvelles formations
Système immunitaire et cancer 2
Immunologie : une filière forte 3
Données passées au crible 4
Focus sur les premiers neurones 5
Déguisement du trypanosome 6
Transporteurs membranaires 7
Streptocoque A
8
Celles et ceux qui font
la recherche 9
Image insolite 10
Microscopie à fluorescence 11
En bref 12
CHARLEROI BRUSSELS SOUTH

Nouvelles formations
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Le système immunitaire
pour lutter contre le cancer
Expert dans le domaine de l’immunologie, le Biopark s’associe
avec le Campus Erasme, qui accueillera prochainement le
Cancéropôle, pour la création et le lancement d’un événement
sur les immunothérapies du cancer.
Il y a peu, je discutais avec un médecin qui me
demandait si le Biopark proposait une formation
continue dédiée au traitement informatique massif
des données biologiques :
- Moi, « Non, désolé. On n’a pas encore ça au
catalogue » ;
- Lui, « Ah ? Dommage. Tu n’imagines pas le temps
que ça pourrait nous faire gagner… »
La formation continue universitaire est un formidable
outil pour le développement des compétences tout
au long de la vie. Pour être crédible, elle doit répondre
à une attente du terrain et s’appuyer sur des
compétences pointues, souvent transdisciplinaires
et constamment enrichies par la recherche. Le rôle
sociétal de l’Université passe aussi par ces actions
de formation car c’est une manière de mettre au
service de la société les compétences variées
présentes au sein d’une université complète et de
ses partenaires.
Aujourd’hui, la formation évoquée ci-dessus se
retrouve dans notre catalogue (voir page 4). Elle
est le fruit d’une collaboration entre le Service
de Formation Continue de l’ULB, le Biopark,
l’Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussels
(IB)² et le pôle BIOWIN.
Merci à tous ceux qui nous font part de leurs besoins
en termes de formation et à nos partenaires qui
nous aident à y répondre, nous permettant ainsi
de proposer un catalogue innovant, dynamique et
adapté à des publics cibles variés œuvrant au sein
d’un même écosystème.
Arnaud Termonia,
Directeur de la Formation Continue de l’ULB
et du Biopark Formation
Humeur
Les spécialistes de la cancérologie s’accordent
à dire que nous assistons actuellement à un
tournant dans le traitement des cancers. Les
efforts déployés depuis de nombreuses années
pour utiliser le système immunitaire dans la
lutte contre les tumeurs commencent enfin à
porter leurs fruits.
A titre d’exemple, l’immunothérapie du cancer
a été élue avancée scientifique de l’année en
2013 par les éditeurs de la revue Science.
Selon les prédictions, les immunothérapies
représenteront plus de 60% de tous les
traitements du cancer d’ici 10 ans. Le cycle
"Les immunothérapies du cancer" organisé par
le Biopark Formation (et dont le lancement est
prévu début 2015) s’inscrit dans cette tendance.
"Le format de cet événement est assez original",
explique Erika Baus, coordinatrice scientifique
au Biopark Formation. "Il combine non
seulement des cours de base en immunologie
générale et en immunité anti-tumorale mais
aussi un symposium regroupant des experts
internationaux de l’immunothérapie du cancer.
L’idée étant, grâce aux modules de base, de
mettre ou remettre à niveau un maximum de
personnes qui pourront ensuite (mieux) profiter
des exposés des experts internationaux".
Le symposium aura pour but de présenter
les stratégies d’immunothérapies les plus
prometteuses ainsi que les résultats cliniques
obtenus en Belgique et dans les pays limitrophes.
"Cet événement s’adressant principalement à
des professionnels du monde médical, il nous
semblait logique d’associer dans ce projet les
deux centres de formation continue de l’ULB
actifs dans le domaine biomédical (le Biopark
Formation et le Centre de Formation du Pôle
Santé) et donc d’organiser conjointement cet
évènement", précise Erika Baus.
Damiano Di Stazio
Des stratégies prometteuses
Contrairement à d’autres traitements,
l’immunothérapie ne s’attaque pas directement
aux cellules cancéreuses : elle cible le système
immunitaire afin de lui permettre d’éliminer la
maladie plus efficacement. Même si la méthode n’est
pas opérante chez tous les patients, elle peut allonger
leur durée de vie, voire même mener à la rémission
dans certains cas.
À titre d’exemple, une étape importante dans la
lutte contre le cancer a déjà été franchie grâce au
Sipuleucel-T. Il s’agit d’un vaccin thérapeutique
personnalisé qui repose sur l’injection d’une
préparation de cellules dendritiques issues du patient

Nouvelles formations 3
Avec plus de 150 chercheurs (IMI, IBMM, ImmuneHealth) et 7 sociétés (Novasep, Univercells,
MaSTherCell, DelphiGenetics, ITeos Therapeutics, Euroscreen et ImmunXperts) actives dans le
développement de méthodes, outils et produits en lien avec le système immunitaire, le Biopark
fait figure d’expert dans le vaste domaine de l’immunologie.
Prenez deux laboratoires
de recherche – l’Institut
d’immunologie
médicale
(IMI) et l’Institut de
biologie et de médecine
moléculaires (IBMM) –,
ajoutez le centre de
recherche collectif
en vaccinologie –
ImmuneHealth –, étoffez avec une multitude
d’entreprises qui développent, de près ou de loin,
des projets liés au système immunitaire, et vous
avez  le coeur du pôle d’excellence Recherche
"Immuno" duBiopark.
Des stratégies prometteuses
et chargées in vitro avec des antigènes tumorauxafin
de stimuler la réponse anti-tumorale.
Une autre approche particulièrement intéressante :
les checkpoint inhibitors. Ici, l’objectif est
d’utiliser les anticorps monoclonaux pour cibler
des molécules spécifiques sur les cellules
immunitaires et ainsi les rendre capables
d’attaquer les cellules cancéreuses. La molécule
CTLA-4 est par exemple chargée de freiner l’activation
de certaines cellules du système immunitaire (les
lymphocytes T). En bloquant cette molécule par des
anticorps spécifiques, le système immunitaire est
libéré et peut alors s’attaquer à la tumeur.
Immunologie : une filière forte
"L’immunologie a toujours été une tradition
à l’ULB", raconte Oberdan Leo, directeur de
l’Institut d’immunologie médicale depuis 2009.
"L’originalité de l’ULB dans le domaine de
l’immunologie, et c’est ce qui explique sans
doute son positionnement fort actuel, c’est la
double origine des équipes de recherche, à
la fois en Faculté des Sciences et en Faculté
de Médecine, où sous l’impulsion de Michel
Goldman et avec le soutien de la Wallonie et
de GSK Vaccines, un Institut d’immunologie
médicale centré sur la vaccination et la
transplantation a pu être créé", précise Oberdan
Leo, avant d’ajouter :
"Les arrivées passées
d’ImmuneHealth, d’Iteos et
plus récemment
d’ImmunXpertstémoignent de l’excellence et de
l’attractivitédu Biopark dans ce domaine, que
ce soit au niveau des compétences ou au niveau
des équipements de pointe (pour la cytométrie
en flux par exemple) et des infrastructures".
En plus des liens tissés avec le futur Cancéropôle
d’Erasme (voir page 2) qui permettent par
exemple de fédérer les forces autour de toute
l’université, le Biopark souhaite également
développer une structure unique sur le campus
dans les mois qui viennent. "L’IMI, l’IBMM,
ImmuneHealth ainsi que le CER Groupe de
Marloie viennent de déposer un projet conjoint
au Fonds Européen de Développement Régional
(FEDER)", explique Oberdan Leo.
"L’objectif est de créer une fédération de
laboratoires d’immunologie où de nombreuses
compétences – en immunologie, parasitologie,
virologie, physiologie bactérienne... – sont
déjà présentes. Nos recherches sont axées
notamment sur la régulation de la réponse
immune (dans des modèles animaux) et sur la
régulation de l’expression des gènes dans le
contrôle de la réponse inflammatoire".
Après avoir consolidé le potentiel sur le campus
et élargi les partenariats régionaux, le Biopark
poursuit sa politique de développement à
l’international. "Les contacts récents avec
différentes sociétés étrangères et l’arrivée
potentielle d’une société suisse à Gosselies
en attestent", explique Dominique Demonté,
directeur du Biopark. "Nous devenons,
progressivement, grâce à la masse critique
académique et industrielle non seulement sur
le Biopark mais plus largement en Wallonie,
un pôle d’attraction en immunologie pour des
sociétés étrangères".
Damiano Di Stazio

Nouvelles formations
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Une foule de données passées au crible
A l’heure actuelle, leData mining("l’exploration
de données") a de vastes champs d’applications
pouvant aller de l’analyse d’éléments financiers
à la détection de fraudes, en passant par l’étude
de données biomédicales notamment issues
du NGS (voir encadré). D’où le besoin croissant
d’utiliser des techniques permettant d’analyser
efficacement les nombreuses données
disponibles et d’en extraire les informations les
plus pertinentes.
Dès décembre 2014, c’est avec cet objectif
que le Biopark Formation et l’Interuniversity
of Bioinformatics in Brussels, (IB)2 lancent la
formation Big data mining in Life Sciences. "Il
s’agit d’une problématique très pointue qui
intéresse un grand nombre de chercheurs du
milieu académique et industriel", indique Erika
Baus, coordinatrice scientifique et formatrice au
Biopark Formation.
"Ce nouveau programme comprend un cours
d’introduction explorant les différentes méthodes
et technologies de data mining disponibles
aujourd’hui dans le domaine des sciences de
la vie et un module avancé sur l’utilisation de
logiciels tels que R et Bioconductor. Il permettra
En collaboration avec l’Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussels (IB)2 et le service de
la Formation Continue de l’ULB, le Biopark Formation lance un nouveau programme de formation
sur l’analyse de larges sets de données. L’objectif de la formation : apprendre à extraire les
informations pertinentes d’une masse critique de données dans le champ des sciences de la vie.
NGS: UNE RÉVOLUTION EN MARCHE!
Le Biopark Formation lance également un cycle de formations sur le Next-Generation
Sequencing, qui débute le 3 novembre. "Le séquençage traditionnel de l’ADN (Sanger) a
longtemps été la méthode de séquençage la plus répandue", explique Valérie Hertveldt,
coordinatrice scientifique de la formation. Mais les nouvelles techniques de séquençage (NGS)
sont rapidement en train de le supplanter pour de nombreuses applications. Malgré tous ses
avantages (voir tableau ci-dessous), le NGS présente l'inconvénientde devoir travailler avec
beaucoup (trop) de données. "Via ces formations, nous souhaitons donner toutes les clés
pour réussir correctement une analyse NGS. Quelles sont les techniques NGS? À quoi faut-il
penser avant de commencer son expérience? Comment bien interpréter les résultats obtenus
sans être bio-informaticien? Notre objectif est de répondre à ces interrogations en mettant
le focus sur le monde médical, et notamment sur l’oncologie". Le Biopark Formation pourra
compter sur l’expertise de l’IPG et d’OncoDNA pour ce parcours de formation.
SÉQUENÇAGE DU GÉNOME HUMAIN PAR SÉQUENÇAGE SANGER VS. PAR NGS
Séquençage Sanger Next-Generation Sequencing
Procédure très longue: a pris 13 ans Procédure rapide: prend quelques jours
(1 semaine max.)
Coût: des centaines de milliers d’euros Coût: 3800 euros environ
Besoin de milliers de scientifiques Besoin de 5 personnes ou moins
aux participants d’exploiter des techniques
de biologie moléculaire à haut débit pour
étudier l’expression génétique, rechercher des
biomarqueurs ou encore identifier des réseaux
de régulation".
Damiano Di Stazio

Focus sur les premiers neurones
Deux projets démarrent dans le laboratoire de Génétique du développement de l’IBMM. Ils visent
à mieux comprendre le rôle des facteurs de transcription Dmrt3-5 dans le développement du
cortex cérébral.
Structure intégratrice majeure du cerveau
et siège des fonctions cognitives, le cortex
cérébral est constitué de centaines de neurones
différents organisés radialement en couches
superposées de cellules avec des connectivités
différentes et tangentiellement en aires aux
fonctions spécifiques (motrice, sensorielle ou
encore cognitive). La construction du cortex
cérébral dépend de la génération au bon
moment, au bon endroit et dans les bonnes
quantités de ces différents types de cellules
nerveuses, avant qu’elles établissent des
connexions et forment des réseaux fonctionnels.
Le laboratoire de Génétique du développement
de l’IBMM a récemment montré que le facteur
de transcription Dmrt5 exprimé dans les
progéniteurs corticaux joue un rôle critique
dans le développement du cortex cérébral.
Dans les souris où le gène Dmrt5 a été invalidé,
les chercheurs, emmenés par Eric Bellefroid,
ont notamment observé que les premiers
neurones produits au cours du développement
embryonnaire, formant une couche de cellules
située en dessous du cortex cérébral appelée sous-
plaque, sont pratiquement absents. Les suivants,
constituant les 6 couches du cortex proprement
dit, sont eux par contre bien produits. Or, cette
sous-plaque est cruciale pour l’établissement des
circuits corticaux et des altérations de celle-ci
sont impliquées dans des pathologies telles que
la schizophrénie ou l’autisme.
FONDATION WIENER ANSPACH
En collaboration avec une équipe d’Oxford et
avec le soutien de la Fondation Wiener Anspach,
le laboratoire de Génétique du développement
entame cet automne un projet de recherche
de deux ans pour mieux comprendre le rôle de
Dmrt5 dans la formation de la sous-plaque. "Nous
avons montré que Dmrt5 est indispensable pour
la formation de ces premiers neurones corticaux
mais nous ne savons pas comment celui-ci
contrôle leur production", observe Eric Bellefroid,
"Nous allons donc nous atteler à identifier les
gènes cibles régulés par Dmrt5. Nos collègues
d’Oxford qui sont spécialisés dans l’étude de
la sous-plaque vont eux nous aider à mieux
caractériser les anomalies de la sous-plaque
dues à l’absence de Dmrt5. Ces travaux devraient
aider à mieux comprendre les réseaux génétiques
qui contrôlent la génération de ces cellules
crucialespour la connectivité corticale".
FIRST INTERNATIONAL
Le laboratoire a par ailleurs décroché un
financement de la Wallonie sur trois ans – First
International – portant lui aussi sur les facteurs
de transcription Dmrt dans le développement
du cortex cérébral. Intitulé CORTEX, ce projet
réunit l’équipe de l’IBMM, la spin-off Delphi
Genetics présente sur le Biopark, une équipe
de l’Erasmus Medical Center (Rotterdam) et
une autre du National Institute for Medical
Research (Londres). "Il est actuellement difficile
de produire des anticorps contre des facteurs
de transcription utilisables pour identifier
leurs cibles. L’entreprise Delphi Genetics a
récemment mis au point une technique qui
pourrait nous faciliter la tâche mais qui doit
encore être validée pour le type de protéine
qui nous intéresse", explique Eric Bellefroid.
"En collaborant avec Delphi Genetics, nous
espérons obtenir des anticorps de haute qualité
pour les facteurs Dmrt3-5 et ainsi valider
leur technique d’immunisation. Ces anticorps
sont des outils essentiels pour comprendre
le rôle physiologique des facteurs Dmrt3-
5 et leur caractérisation en tant que cibles
thérapeutiques potentielles dans des maladies
neurodéveloppementales".
Nathalie Gobbe
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