UE8 – De l’agent infectieux à l’hôte Dr Lebarbenchon

1
UE8 – De l’agent infectieux à l’hôte
Dr Lebarbenchon
Date : 12/04/17 Plage horaire : 9h – 11h
Promo : DFGSM2 Enseignant : Dr.Lebarbenchon
Ronéistes : Kim Mauvisseau/Céline Robert
Infection virales émergentes
I. Concepts généraux : Émergences et Zoonose
1. Notion d’émergence
2. Les agents infectieux émergents
3. Pourquoi les virus à ARN ?
4. Origine des maladies infectieuses émergentes
5. Zones géographiques concernées
II. Facteurs et étapes de l’émergence
1. Facteurs associés aux agents infectieux
2. Contexte historique
3. Origine des virus humains
4. Développement du transport
5. Facteurs associés aux activités humaines
6. Risque d'émergence
7. Catégories de facteurs
8. Les étapes de l'émergence
III. Zoonoses virales à transmission directe
1. Virus de la rage
2. Virus Nipah
3. Mers-Coronavirus
4. Virus Influenza H7N9
IV. Arbovirus émergents
1. Virus de la dengue
2. Virus de la fièvre jaune
3. Virus West-Nile
4. Virus du Chikungunya
Traité dans le cours suivant

2
I. Émergences et Zoonose
1. Notion d’émergence :
Nombreuses définitions :
On retiendra : Maladie émergente = Maladie qui apparaît soit pour la première fois dans une population
humaine ou soit qui existait déjà mais dont l’incidence augmente rapidement et /ou géographiquement.
Ces échelles spatiales et temporelles sont vraiment importantes à garder en tête.
On va mesurer l'impact et l'importance des épidémies en termes de vitesse de propagation des épidémies,
mais aussi de l'étendue spatiale dans laquelle on va retrouver ces maladies dans les populations.
Il y a énormément de définitions possibles (voir internet). Il nous en a mis deux autres juste pour illustrer
qu'il y en a des claires et des plus floues.
➢ Infections récemment apparues dans une population, ou qui ont existé mais dont l’incidence ou la
zone géographique augmente rapidement (Morse 1995).
On a bien les aspects de nouvelles apparitions de maladie et d'augmentation en fréquence dans le temps et
dans l'espace.
➢ Maladie infectieuse dont l’incidence chez l’homme a augmenté au cours des deux dernières
décennies ou qui menace d’augmenter dans un avenir proche (CDC).
Cette définition n'est pas bien car très floue: pourquoi 2 décennies, qu'est-ce qu'un 'avenir proche' ?
(Pourtant, elle est donnée par le CDC : un organisme qui a impact important en termes de contrôle et
d'étude sur les maladies infectieuses au niveau international.)
Quand on parle de maladie émergente, on a tendance à considérer des maladies infectieuses. Mais c'est une
définition qui est en train de changer.
Généralement d’origine infectieuse, elles peuvent cependant être également toxiques, nutritionnelles,
métabolique (diabète, obésité, maladie « environnementales » etc..).
Par exemple, le diabète répond aussi à cette définition : il y a de plus en plus de cas dans les populations et
une incidence géographiquement de plus en plus importante. Même si ce n'est pas une maladie infectieuse,
elle peut être considérée comme émergente.
Maladies « ré émergentes »
➢ Maladie qui a déjà été émergente et qui le redevient (Toma et Thiry, 2003).
On retiendra : Maladie dont l’incidence a diminué dans le passé mais qui est à nouveau en phase
d’expansion.
Typiquement ce sont des maladies que l'on a plus ou moins réussi à contrôler.
Exemple : - Tuberculose maîtrisée (par la vaccination, les antibiotiques) mais récemment apparition de
souches multi résistantes => recrudescence, réémergence au cours des 10 dernière années de la
tuberculose
- Polio (éradiquée en France, recrudescence en Europe de l'Est, en Russie, en Asie et en Afrique)

3
2. Les agents infectieux émergents
La plupart des agents infectieux responsables de maladies émergentes sont des virus.
Schéma :
Etude qui regroupe le nombre d'espèces impliquées
dans des phénomènes d'émergence en fonction du type
d'agent infectieux.
Abscisse : différents types d’agents infectieux (virus,
bactérie, champignon, parasites)
Ordonnée : nombre d’espèce
Rectangle : mode de transmission. (Direct : par
aérosol par exemple, indirect : environnementale,
vectorisé : par des moustiques par exemple)
On voit bien que le nombre d’espèces émergentes de virus est bien plus considérable par rapport aux autres
types d'agents infectieux.
Cela s'explique par un nombre de propriétés propres au virus, notamment liées à leur génome.
La plupart des agents infectieux responsables de maladies émergentes sont des virus à ARN : grande
capacité d’adaptation à des nouveaux hôtes et conditions environnementales.
(Reprendre le cours de la dernière fois pour revoir ces détails).
Taux de mutation des virus à ARN beaucoup plus élevé que celui des virus à ADN.
Question/Réponse : Les virus à ADN ne sont pas exclus des virus émergents.
Ex : Virus de la grippe (influenza) : Retrouvé chez les oiseaux sauvages, chez l’homme, chez les chauves-
souris, chez les chevaux, les porcs, les baleines. A partir d’un seul et même virus il y a des variants
génétiques qui sont sensiblement différents mais capable d’exploiter une grande diversité d’hôte.

4
Pourquoi les virus à ARN ?
Il y a deux raisons très simples :
Principal mécanisme :
C’est lié aux propriétés des polymérases ARN dépendantes
qui n'ont pas d’activité correctrice et qui vont donc générer
un nombre important de mutation chez les virus à ARN.
Les taux de mutations sont très élevés : 10-4 - 10-5 mutations
par site => une mutation qui apparait toutes les 1000 à 10 000
copies de nucléotides.
Ҫa va générer en permanence des mutations dans une
population de virus => diversité génétique très prononcée.
Si bien qu'au sein d'un unique organisme, on peut avoir plusieurs virus qui sont de la même espèce virale,
mais qui vont diverger d'un point génétique. On va parler de quasi-espèce virale : un ensemble virus qui
sont différents les uns des autres par quelques mutations qu'on va retrouver au niveau de leur génome
(=ensemble des variants viraux présents dans un tissu ou un organisme à un instant donné.).
Réassortiments génétiques :
On va avoir des virus à ARN qui auront un génome segmenté (plusieurs brins qui sont indépendants les uns
des autres sur lesquels on va retrouver l'information génétique).
Lors de co-infection, on va avoir des réassortiments génétiques (échanges de segments génomiques
complets) qui vont pouvoir se faire entre virus, si bien qu'on va se retrouver avec l'apparition de nouveaux
virus ou virus réassortants.
→ Par exemple, l'émergence du virus H1N1 (voir cours précédent). Cela pose des gros problèmes en terme
de santé publique.
Recombinaison : (pas spécifique des virus à ARN) combinaison de matériel génétique provenant de deux
génomes différents (génome diploïde ou co infection) et qui conduit à la formation de génome recombinant
ou mosaïque.
→ Lié à un changement de matrice pendant la phase d’élongation de l’ARN ou de l’ADN viral.

5
Origine des maladies infectieuses émergentes :
Zoonose : maladies causées par des agents infectieux qui se
transmettent entre les animaux vertébrés et l’homme. Elles peuvent se
transmettre dans les deux sens (ex : Grippe H1N1 Porc/Homme).
60% des maladies infectieuses émergentes sont des zoonoses
72% des zoonoses sont causées par des agents infectieux provenant
de la faune sauvage (la faune sauvage est donc considérée comme
réservoir naturel d'une grande diversité d'agents infectieux)
Augmentation des événements d’émergence depuis le milieu du
XXe s (crise sanitaire).
En infectiologie, les deux défis reconnus par l'OMS à l'heure actuelle sont l'émergence des maladies
infectieuses et les antibiotiques.
Il y a un lien évident entre le compartiment animal et le compartiment humain.
Zones géographiques concernées :
Ceci est une carte représentant le nombre d'événements d'émergence : le nombre de fois où on a identifié
l'émergence d'un agent infectieux.
Tout le monde est concerné. Tous les continents sont touchés.
Beaucoup de cas en Europe et en Amérique du nord, au Japon, en Australie → petit biais dans ces zones:
meilleure surveillance de ces événements d'émergence.
Il n'y en a pas moins dans les autres régions, en particulier la zone inter-tropicale.