Benoit Cournoyer - CRB Environnement

Benoit Cournoyer
&
Veronica Rodriguez Nava
Centre de Ressources Biologiques - Environnement Microbiologie Lyon (CRB-EML)
Bât. Forel, 4ème étage - 6, rue Raphael Dubois-69622 Villeurbanne cedex
Tél: 04 72 43 27 84 – mail : [email protected]
Site web: http://www.eml-brc.org
Benoit COURNOYER
Veronica RODRIGUEZ NAVA
Coordinators
Xavier NESME & Céline LAVIRE
Head Genomic Analyses in Bacterial Taxonomy
Estelle LOUKIADIS & Delphine THEVENOT
Head Shiga –toxin producing Escherichia coli
Veronica RODRIGUEZ NAVA
Head French Observatory of Nocardiosis
Emmanuelle BERGERON &
Laurence LOISEAU
Quality Insurance
Emmanuelle BERGERON
Elisabeth BROTHIER
Laurence LOISEAU
Head of Technical labs
Delphine MOUNIEE
Health Safety Issues
Danis ABROUK & Stéphane
MICHALAK
Informatic Resources
&
Administratives issues

Gestion, caractérisation, conservation, distribution et mise à disposition des
micro-organismes

Souches d’origine clinique (patients) et environnementale (environnement: naturel et
anthropisé)
 Etablissements hospitaliers + des équipes de recherche de l’Université Lyon1, VetAgro
Sup et autres institutions du pôle lyonnais appartenant à l’UMR 5557 d’Ecologie
Microbienne.




Catalogue : > 2000 Souches (Burkholderia du complexe cepacia, Aeromonas,
Pseudomonas, Agrobacterium, Nocardia, Rhodococcus, Gordonia et E. coli producteurs de
Shiga like-toxines
Validation des identifications (PCR diagnostics, caractérisation biochimique
et génotypage).
Toutes les informations sur le matériel biologique sont enregistrées sur un
support informatique (BRC LIMS - GIS IBiSA / Infrastructures en Biologie
Santé et Agronomie)
Commande en ligne Site web : www.eml-brc.org.

Outils disponibles
 Plateforme d’analyse de séquences d’ADN – méta-




taxonomie & génomes complets; approches
phylogénétiques et snips / MLST.
PFGE pour profilage génétique.
Empreintes phénotypiques: profilage métabolique et
identification de bactéries: approches Omnilog, Bioscreen,
Vitek 2.
Screenings PCR pour identification de bactéries.
Expertises pour la définition de nouvelles espèces
bactériennes.

Activités recherche:
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Description de nouvelles espèces bactériennes.
Exploration de la diversité infra-spécifique.
Exploration de la notion d’espèce en bactériologie par
génomique comparative.
thèse / master / contrat de collaboration
Perspectives: Analyse de la diversité génétique et
protéique de microorganismes

Outils en développement:
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

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Services en ligne pour l’accès aux génomes bactériens du
CRB-EML.
Capteurs pour la détection de bactéries
Technologies MALDITOF + adaptation des logiciels
d’analyse – classification (Appel à projet: BIOBANQUES)
Nouvelles technologies de séquençage à hauts débits
(typages)