Commandes usuelles de R

Commandes usuelles de
J. Chiquet, janvier 2010
Cette liste de commandes (non exhaustive) est une adaptation de
la ref-card de Tom Short. Elle est un relais entre ce que cherche
l’utilisateur et l’aide de : les nombreuses options disponibles ne
sont que rarement spécifiées ici.
Aide et fonctions de base
affiche l’aide relative à
recherche par mot-clé (version
courte)
recherche par mot-clé
(version longue)
lance la version HTML de l’aide
affiche la structure de l’objet
affiche les premiers éléments de l’objet (selon son
type: vecteur, matrice, tableau, etc.)
propose un «résumé» de , la plupart du temps un
résumé statistique
affiche l’itinéraire de recherche
affiche tous les objets présents dans l’itinéraire de
recherche
applique à variable présente dans l’itinéraire
de recherche
affiche les fichiers présents dans le répertoire courant
charge la bibliothèque
place l’objet dans l’itinéraire de recherche; peut
être une liste, un tableau de données ou un objet créé à
l’aide de la fonction
ôte l’objet de l’itinéraire de recherche
, détruit l’objet
, affecte ou récupère le chemin du
répertoire de travail courant
défini-
tion de fonction
voir
Entrées / Sorties
enregistre les objets dans le fichier bi-
naire
enregistre tous les objets de la session
charge un objet précédemment enregistré à l’aide
de
charge le jeu de données
, , lit un fichier
stocké sous la forme d’un tableau et crée un objet
; le séparateur par défaut est le caractère
espace pour , la virgule ou le point virgule
pour , la tabulation pour ; utiliser
l’option pour que la première ligne soit
considérée comme définissant le nom des colonnes
fonction d’impression bas niveau
fonction d’affichage d’un objet s’adaptant au type
de l’objet
formatage d’un objet
imprime après conversion en type
Création de données
fonction générique combinant une suite d’éléments en
un vecteur
génère une séquence; priorité de l’opérateur «:»
vaut
génère une séquence; et spéci-
fient l’incrément et/ou la longueur
génère ; utile lors de
boucle
répète un nombre de fois; utiliser
pour répéter chaque élément fois;
peut être un vecteur
crée un tableau de données; les vecteurs
courts sont répétés jusqu’à correspondre à la taille des
vecteurs les plus longs
crée une liste
crée un tableau multidimensionnel ; les élé-
ments de sont répétés si la taille ne correspond pas aux
dimensions spécifiées
crée une matrice; les éléments de
sont répétés si la taille ne convient pas
crée un vecteur de facteurs
génère un tableau de données contenant les
combinaisons des vecteurs spécifiés en arguments
pour combiner les éléments d’un objet par
ligne et par colonne
Extraction de données
Indexation des listes
une liste avec les éléments de
le eélément de la liste
l’élément
Indexation des vecteurs
eélément du vecteur
tous les éléments sauf le e
premiers éléments
tous les éléments sauf les premiers
éléments 1,4 et 2
élément(s) de nom
tous les éléments plus grands que 3
tous les éléments compris entre 3 et 5
Indexation des matrices
élément de la eligne et ecolonne
eligne
ecolonne
colonnes 1 et 3
lignes intitulées
lignes dont la somme est supérieure à 10
Variables et attributs
, , ,
, , . . . conversion
de type
, , , ,
, , . . . teste le type
d’un objet
Les fonctions suivantes s’utilisent pour récupérer ou spécifier un
attribut.
nombre d’éléments de
nombre de dimensions d’un objet
noms des dimensions d’un objet
nombre de lignes et de colonnes
classe de l’objet
supprime l’attribut de la variable
récupère ou spécifie les attributs de décrits
par
récupère ou spécifie tous les attributs de

Manipulation et sélection de données
retourne l’indice du plus grand
(resp. plus petit) élément de
inverse l’ordre des éléments
ordonne les éléments de par ordre croissant
découpe en intervalles définis par
renvoie un vecteur de la même taille que dont
l’élément ivaut si appartient à et sinon
renvoie les indices des éléments de vérifiant
calcule les combinaisons de kéléments parmi
n
supprime les observations manquantes (notées
)
renvoie une erreur si contient au moins un
supprime les doublons d’un vecteur ou d’un
tableau
renvoie un tableau avec le nombre des différentes
valeurs
renvoie un sous ensemble de défini par
crée un échantillon aléatoire de taille
parmi les éléments de
Mathématiques
, , , , , , , , , , ,
, . . . fonctions mathématiques élémentaires
, , , , , ,
, , maximum, minimum, am-
plitude, somme, différences, produit, moyenne, médi-
ane, écart-type
fractiles des éléments de
moyenne de pondérée par
variance empirique corrigée; si est une ma-
trice, renvoie la matrice de variance-covariance
matrice de corrélations de
covariance entre et , ou entre les
colonnes de et de si ce sont des matrices ou des
tableaux
idem pour la corrélation linéaire
arrondit les éléments de à décimales
centre et réduit les données ; pour centrer et/ou ré-
duire uniquement, utiliser les et/ou
un vecteur dont le ieélé-
ment est le minimum (resp. maximum) entre et
un vecteur dont le ieélément est la somme des i
premiers éléments de
idem pour le produit,
le min, le max
et fonctions
de définition d’ensembles
partie réelle,
partie imaginaire, module, argument et conjugué d’un
nombre complexe
calcule de convolution entre deux séquences
, transformation de Fourier d’une matrice,
resp des colonnes d’une matrice
application d’un filtre linéaire à chaque
élément d’une suite
Matrices
, , ,
somme et moyenne de chaque ligne, resp. chaque
colonne de
transposée de
renvoie ou spécifie la diagonale de
multiplication matricielle
produit scalaire de par
décomposition en valeurs singulières
diagonalisation d’une matrice
décomposition de Cholesky
décomposition QR
résout
calcule l’inverse de
Traitements avancés
renvoie un vecteur ou une liste de
valeurs obtenues en appliquant la fonction aux élé-
ments de la dimension de
applique aux éléments d’une liste
applique à chaque groupe du
tableau défini par les indices
applique au tableau de données
découpé via
applique à chaque sous-ensemble de
définis par des facteurs
fusion de deux tableaux de données portant les
mêmes noms de ligne ou de colonne
découpe le tableau en sous-
ensembles auxquels sont appliqués la fonction
et renvoie le résultat; est une liste définissant les
sous-ensembles de
transforme un tableau
ou une liste en un vecteur colonne, et réciproquement
Chaînes de caractères
concaténation de vecteurs après conversion en
caractères
extraction ou spécification d’une
sous-chaîne de
découpe selon la sous-chaîne
recherche le motif dans la chaîne
conversion en minuscules, resp.
en majuscules
un vecteur renvoyant les positions où les élé-
ments de ont été pour la première fois rencontrés dans
identique, mais renvoie un vecteur de booléens
appariement partiel des éléments de
parmi
nombre de caractères de
Graphiques et figures
ouvre une nouvelle fenêtre graphique
pilote graphique produisant des sorties
dans des fichiers plutôt qu’à l’écran
ferme le pilote de sortie graphique pour clore le
fichier de sortie
Commandes graphiques haut niveau
trace les valeurs contenues dans sur l’axe des y;
s’adapte à la classe de l’objet
graphe bivarié ( sur l’axe des x, sur l’axe des y)
histogramme des fréquences de
trace la fonction définie par l’expression
histogramme des valeurs de
si est un tableau de données, trace les données
par nuages de points groupés par ligne en ordonnées
puis par colonne en abscisses
graphe en camembert
boîte à moustaches
si et sont des fac-
teurs, trace les moyennes de en fonction des valeurs
de et sur deux courbes différentes
graphe bivarié traçant la première colonne de
vs. la première colonne de , puis la deuxième colonne
de vs. la deuxième colonne de , etc.

graphe d’association indiquant à quelle point
les colonnes et lignes du tableau de contingence
dévient de l’hypothèse d’indépendance
graphe mosaïque des résidus d’un modèle log-
linéaire
trace tous les graphes bivariés possibles entre les
colonnes du tableau de données
si est de classe (time-serie), trace en fonc-
tion du temps
fractiles de en fonction des valeurs attendues sous
l’hypothèse gaussienne
fractiles de en fonction des fractiles de
variantes pour tracer les données de la matrice en
fonction des vecteurs et
trace aux coordonnées spécifiées par
et des cercles, carrés, rectangles, étoiles, boîtés à mous-
taches, etc.
trace les termes d’un modèle de régres-
sion en fonction des prédicteurs
Paramètres récurrents des fonctions graphiques
si superpose le graphe au précédent
si ne trace pas d’axes
spécifie le type de tracé: pour points, pour
lignes, pour points liés par des lignes, pour
lignes superposées aux points, pour lignes verti-
cales, ou pour fonction en escaliers
spécifie les limites des axes xet y
annotation des axes xet y
titre du graphe en cours
sous-titre du graphe en cours
Commandes graphiques bas-niveau
ajoute des points aux coordonnées et
trace en fonction de
ajoute le texte aux coor-
données ( , )
ajoute le texte dans la
marge
trace des lignes des points
( , ) aux points ( , )
identique mais avec des flèches
trace une droite de pente et de décalage par
rapport à l’axe des x
trace une ligne horizontale à l’ordonnée
trace une ligne verticale à l’abscisse
trace un rectangle défini par , ,
et
trace un polygone en liant les points de coor-
données définies dans les vecteurs et
ajoute une légende au point ( , )
spécifié par
ajoute un titre et éventuellement un sous-titre
fonction de bas niveau pour gérer les axes de la
figure
trace un cadre autour de la figure courante
Paramètres graphiques de bas de niveau
Ces paramètres sont définis à l’aide de la commande
ou directement par passage à la fonction graphique d’appel
contrôle la justification du texte
spécifie la couleur de fond
contrôle le type de cadre tracé autour de la figure
contrôle la taille du texte et des symboles
contrôle la couleur des symboles et des courbes (entier ou
chaîne de caractères)
un entier contrôlant le style de la police
un entier contrôlant l’orientation des annotations des axes
contrôle le type de ligne (entier ou chaîne de caractère)
contrôle l’épaisseur des lignes
contrôle l’espace entre le tracé et les bordures de la fenêtre
un vecteur de la forme qui partitionne la fenêtre
graphique en lignes et colonnes, les graphes étant
tracés par colonne.
identique mais les graphes sont tracés par ligne
contrôle le type de symbole:
●
123456789 ● 10 11 12 ● 13 14 15
●
16 17 18 ● 19 ● 20 ● 21 22 23 24 25 * * . XX a a? ?
un entier contrôlant la taille du texte et des symboles
Optimisation, ajustement, statistique
méthode d’optimisation pour les
fonctions unidimensionnelles
) méthode d’optimisation générique min-
imisant la fonction en partant de la valeur des
coefficients
minimise la fonction à l’aide d’un algorithme type
Newton, partant de la valeur pour les coefficients
ajuste un modèle linéaire; est typique-
ment de la forme
ajuste un modèle linéaire généralisé
estimateur non-linéaire des moindres carrés
des paramètres d’un modèle non-linéaire
interpolation linéaire
interpolation par splines cubiques
fonction d’analyse de la variance
estimateur à noyaux de la densité de
, , ,
, , , . . .
utiliser pour voir l’ensemble
des tests statistiques disponibles
Attributs d’un modèle
Les fonctions ci-dessus renvoient un objet modèle dont
l’ajustement dépend de la méthode utilisée. Certains des at-
tributs de cet objet sont évalués à l’aide des commandes suiv-
antes.
renvoie le nombre de degrés de liberté
résiduels de
renvoie les coefficients estimés de
renvoie les résidus
renvoie les valeurs ajustées
calcule la log-vraisemblance du modèle et le
nombre de paramètres
calcule le critère AIC (Akaike information criterion)
Distributions
Toutes les fonctions suivantes peuvent s’utiliser en remplaçant la
lettre avec , ou pour obtenir, respectivement, un tirage de
n réalisations d’une variable aléatoire, la densité de probabilité,
la fonction de répartition, et la valeur des fractiles.
gaussienne
exponentielle
Gamma
Poisson
Weibull
Cauchy
Beta
Student
Fisher–Snedecor (F)
Pearson (χ2)
binomiale
geometrique
hypergeometrique
logistique
lognormale
binomiale negative
uniforme
, Statistique de
Wilcoxon