Fascicule de thèses

Département EFPA
Écologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques
Fascicule de thèses
Février 2011
AVANT PROPOS
Le département Ecologie des Forêts, des Prairies et des milieux Aquatiques accueille en
moyenne 40 nouveaux doctorants par an, et héberge donc environ 120 doctorants
simultanément. Ces doctorants sont issus de 20 Ecoles Doctorales, dont les thèmes reflètent
la diversité des objets étudiés au département.
Ce document rassemble les résumés de 122 thèses en cours en 2008.
Il a été rédigé à l’occasion du séminaire des doctorants du département
qui a eu lieu du 6 au 8 octobre 2008 à Dinard.
Il est destiné aux doctorants pour permettre à chacun d’eux de se faire connaître. Il leur
permet aussi de se former à la rédaction d’un résumé destiné à être largement diffusé et de
s’informer sur les travaux des autres étudiants.
Il est également utile à la direction du département, aux différentes unités, aux responsables
de champ thématique et de réseaux, car il présente en condensé l’ensemble et la diversité
des fronts de recherche concrétisés par des thèses en cours.
Je remercie très chaleureusement le groupe des « animateurs des doctorants » (Anne
Jambois, Daniel Auclair, Thierry Caquet, Pascal Carrère, Sophie Gerber, Véronique Jorge,
Christophe Plomion) pour l’organisation et l’animation du séminaire ainsi que Cynthia
Mienville pour la réalisation méticuleuse du présent fascicule.
Jean-Marc Guehl
Chef du département EFPA
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Octobre 2008
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Sommaire
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Octobre 2008
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CT1
Fonctionnement des écosystèmes et des cycles
biogéochimiques
Les recherches portent sur les grands cycles biogéochimiques (C, N, P) et le cycle de
l’eau, considérés séparément ou de manière couplée, ainsi que sur les transferts
d’autres éléments physiques, chimiques ou biologiques (matières en suspension,
contaminants biologiques, polluants, gaz à effet de serre, pollens). Elles relèvent
principalement de l’écologie fonctionnelle et s’appuient largement sur les sites ateliers
et ORE. Il s’agit (i) de quantifier les flux de matière et d’énergie à l’échelle de
l’écosystème, (ii) de préciser le rôle et l’activité des organismes vivants, seuls ou
organisés en populations et communautés, dans ces flux (photosynthèse et respiration,
altération des minéraux, réseaux trophiques, décomposition de la matière organique.
(iii) de caractériser leur dynamique à long terme et (iv) d’évaluer la manière dont ces
flux déterminent les services écologiques des écosystèmes (ressource en eau de
qualité, stockage de carbone…). On s’intéresse aux processus biologiques, chimiques
et physiques impliqués dans les flux de matière et d’énergie et à leurs modifications en
réponse aux perturbations naturelles ou induites par les activités humaines.
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Octobre 2008
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Octobre 2008
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Année de début de thèse : 2005
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Octobre 2008
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Octobre 2008
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Année de début de thèse : 2006
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Octobre 2008
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Octobre 2008
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Année de début de thèse : 2007
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Octobre 2008
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Octobre 2008
11
Année de début de thèse : 2008
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Octobre 2008
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Octobre 2008
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CT2
Interactions entre espèces au sein des écosystèmes
Les recherches portent sur la biodiversité spécifique dans les communautés et sur des
associations plus durables et intimes entre hôtes et agents symbiotiques ou pathogènes
(microparasites, champignons, bactéries, virus). Elles se concentrent sur les patrons
d’assemblage des communautés et sur les interactions biotiques entre traits de vie. Les
principaux objets et phénomènes étudiés concernent : les réseaux trophiques; la
structure, la diversité et la dynamique des communautés ; les symbioses
(ectomycorhiziennes) ; les bioagressions et les relations hôtes – parasites. On
s’intéresse aux processus démographiques (mortalité, reproduction, dispersion) et
d’interaction (compétition, résistance et virulence, mutualisme, prédation). Plusieurs
types de communautés sont étudiées : (i) les peuplements d’insectes forestiers et des
milieux ouverts adjacents (valeur patrimoniale, impact sur la santé des forêts, rôle
d’auxiliaire des cultures) ; (ii) les communautés microbiennes et fongiques (effet sur la
santé de populations d’intérêt [parasitologie, épidémiologie, pathologie forestière],
contribution au fonctionnement des écosystèmes [productivité, cycles
biogéochimiques], valeur intrinsèque [champignons comestibles]) ; (iii) les
communautés d’invertébrés aquatiques (rôle dans le fonctionnement trophique) ;
(iv) les peuplements végétaux, prairiaux, forestiers ou aquatiques, et les peuplements
de
vertébrés,
terrestres
et
aquatiques
(ressource
exploitée).
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Année de début de thèse : 2006
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Février 2007
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Année de début de thèse : 2007
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Février 2007
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Février 2007
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Année de début de thèse : 2008
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Février 2007
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Février 2007
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CT3
Adaptation des organismes et des populations à leurs milieux
L’objectif est de comprendre la structuration et l’évolution de la diversité génétique
des populations (arbres, poissons, mammifères, invertébrés et microorganismes
terrestres ou aquatiques) et son implication dans la définition de méthodes de gestion
et de conservation des populations et de leurs ressources génétiques. Les recherches
s’appliquent aux niveaux d’organisation du vivant de l’individu à la population et à la
métapopulation. Elles relèvent de l’écologie des populations, de la génétique, de la
physiologie végétale, de l’écophysiologie et de l’éthologie. Elles sont caractérisées (i)
par une dimension génétique et/ou l’étude de mécanismes et (ii) par des approches à
diverses échelles fonctionnelles : de la biologie intégrative à la biologie évolutive ; de
la description des mécanismes au rôle fonctionnel de la diversité génétique et à la
dynamique adaptative des populations. Les processus pris en compte concernent la
structure et le fonctionnement du génome et la construction du phénotype, le
comportement animal et les processus cognitifs, les stratégies d’histoire de vie, les
dynamiques adaptatives, les processus stochastiques et directionnels d’évolution des
populations, les régulations par les facteurs du milieu, des populations et des fonctions
physiologiques qui déterminent les traits de vie et la valeur sélective des individus.
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Février 2007
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Année de début de thèse : 2005
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Année de début de thèse : 2006
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Année de début de thèse : 2007
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Année de début de thèse : 2008
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CT4
Méthodes pour la gestion des ressources et des milieux
naturels
Largement connectées aux CTs précédents, les recherches s’inscrivent dans une
perspective d’ingénierie écologique et d’aide à la décision. Elles visent à proposer des
outils et indicateurs permettant de qualifier et quantifier des modes de mise en valeur
et de conservation des ressources et milieux naturels (itinéraires techniques, plans
d’aménagement, prévention de risques, etc.) et de les gérer de façon durable. Elles
concernent (i) la modélisation de l’évolution des ressources naturelles en fonction des
pratiques de gestion, (ii) le diagnostic de l’état des milieux et l’évaluation de divers
services et fonctions des écosystèmes, (iii) la prise en compte des diverses sources
d’incertitude associées à leur gestion, notamment celles liées à la stochasticité des
processus écologiques et à l’existence de diverses formes de risques (incendies,
événements météorologiques, pollutions, etc.). L’élargissement des échelles d’étude —
de la parcelle au paysage, ou du tronçon de cours d’eau au réseau hydrographique —
constitue un enjeu majeur de ce champ thématique. Les phénomènes étudiés
concernent le produit d’interactions entre (i) des processus biophysiques (propagation
des incendies, transferts dans les bassins versants, dynamique des populations et des
communautés, biodiversité, développement et biomécanique des arbres, aléas
climatiques), (ii) des actes techniques liés à la gestion locale des ressources et des
milieux (prévention des incendies, techniques sylvicoles, pâturage, techniques de lutte,
repeuplement, de protection, etc.) et/ou des actions liées à l’organisation du paysage
(aménagements forestiers et hydrauliques, fragmentation des écosystèmes, etc.).
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Année de début de thèse : 2005
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Février 2007
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Février 2007
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Année de début de thèse : 2006
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Février 2007
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Février 2007
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Année de début de thèse : 2007
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Février 2007
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Année de début de thèse : 2008
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Février 2007
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Février 2007
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