Systèmes d`information logiques et Bioinformatique

Systèmes d’information logiques
et Bioinformatique
Sébastien Ferré
Mai 2004

Plan
nCombiner interrogation et navigation
– Analyse de concepts logiques (ACL)
– Logiques dédiées et foncteurs logiques
nBLID : Bio-Logical Intelligent Database
nDelfin : extraction de motifs, séquences
nSynthèse et programme de recherche

Motivation initiale
Recherche d’information
nNaviguer dans un ensemble de documents
pour une découverte progressive des documents
comme dans les systèmes de fichiers hiérarchiques
contrairement aux systèmes de recherche booléenne
nÉviter toute classification à priori
pour une représentation égale de tous les points de vue
comme dans les systèmes de recherche booléenne
contrairement aux systèmes de fichiers hiérarchiques
Combiner interrogation et navigation dans un même cadre
établi sur des fondements logiques

Limite de la navigation hiérarchique
/
small
farnear
medium
far
big
far
satellitealone satellite satellite
Mercury
Venus Earth Mars Pluto Uranus
Neptune
satellite
Jupiter
Saturn
satellitealone satellite satellite
Mercury
Venus Earth Mars Pluto Uranus
Neptune
satellite
Jupiter
Saturn
small
near
small medium big
far
/

Combiner interrogation et navigation
Le besoin de combiner interrogation et navigation est reconnu
nRépertoire virtuel (Semantic File System, Gifford et al. 1991) :
pas de navigation après interrogation, pas de mise-à-jour
nRépertoire-requête (Hierarchy and Content, Gopal et al. 1999) :
navigation rigide, incohérence dans les contenus
nConcepts (Godin et al. 1991) :
– structure de navigation automatique et flexible
– alternance libre d’interrogation et de navigation
– Mise-à-jour non-restreinte, cohérence
Analyse de concepts formelle (ACF)
Birkhoff 1940, Barbut et Monjardet 1970, Wille et Ganter 1980
Formalisme symétrique entre questions et réponses