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Aurélie FAUGIER 12 mars 2010 Thèse ECL 2010–08 Spécialité : Microbiologie
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SOMMAIRE
Introduction générale.............................................................................................................11
CHAPITRE 1 : Synthèse bibliographique
Evaluation et origine de la diversité bactérienne, plus particulièrement dans
l’environnement sol………………………………………………………………………….17
1. Introduction ..................................................................................................................... 19
2. Techniques d’étude de la diversité bactérienne ........................................................... 20
2.1. La culture bactérienne ................................................................................................ 20
2.1.1. Approches traditionnelles ....................................................................................... 20
2.1.2. Classification et identification bactérienne appliquée aux isolats bactériens ......... 20
2.2. Identification bactérienne par analyse de l’ADN extrait de l’environnement
(approche métagénomique) ............................................................................................... 23
2.2.1. Caractérisation des communautés bactériennes ...................................................... 24
2.2.2. Apport des nouvelles technologies à haut débit. ..................................................... 27
2.2.2.1. Principe et applications des puces à ADN ....................................................... 27
2.2.2.2. Le séquençage .................................................................................................. 30
3. Plasticité génomique bactérienne .................................................................................. 37
3.1. Processus d’évolution verticale ................................................................................... 38
3.1.1. Mutations spontanées .............................................................................................. 38
3.1.2. Réarrangements d‟ADN .......................................................................................... 40
3.2. Processus d’évolution horizontale .............................................................................. 42
3.2.1. Transformation naturelle ......................................................................................... 42
3.2.2. La transduction ........................................................................................................ 43
3.2.3. La conjugaison ........................................................................................................ 45
4. Les bactéries dans le sol .................................................................................................. 46
4.1. Le sol et ses composants .............................................................................................. 46
4.2. Les bactéries dans le sol .............................................................................................. 49
4.3. Obtention du métagénome de sols .............................................................................. 51
4.4. Facteurs influençant la structure des communautés bactériennes du sol ............. 54
4.4.1. Facteurs abiotiques .................................................................................................. 54
4.4.2. Facteurs biotiques ................................................................................................... 55
5. Conclusions ...................................................................................................................... 57