Projet pédagogique

RENOUVELLEMENT D’AGREMENT POUR INTERNAT IPR
Projet pédagogique et fiche de poste pour l’interne en Pharmacie IPR
UMR 5119 / Département d’Hygiène Hospitalière.
Année 2012
Professeur Estelle Jumas-Bilak, Docteur Sylvie Parer
1/ Organigramme et thématiques de recherche
L’équipe « Pathogènes et Environnements » de l’UMR 5119 ECO-SYM développe des recherches à
l’interface environnement/santé, en se positionnant sur une thématique originale dans les domaines de la
bactériologie, l’infectiologie et l’écologie. Elle regroupe des enseignants-chercheurs des Universités de
Montpellier 1 et 2, des chercheurs CNRS et des praticiens hospitaliers du laboratoire de bactériologie et du
département d’hygiène hospitalière du CHRU de Montpellier.
Elle a pour axes de travail :
- la diversité, l’écologie et la structure des populations de bactéries pathogènes de l’homme d’origine
environnementale : Recherche de sous-populations adaptées au pouvoir pathogène
- la structure des communautés complexes pathologiques : Relations entre communautés humaines
et environnementales
- la résistance aux antibiotiques : De l’environnement à l’homme, de l’homme à l’environnement
- les infections nosocomiales liées à l’environnement : succès épidémique.
L’équipe est spécialisée dans l’étude de la diversité des bactéries humaines dans différents environnements
et situations cliniques (infections opportunistes, nosocomiales et mucoviscidose), en se basant sur les
notions de sous-populations adaptées à l’homme et de communautés pathogènes.
Les aspects cliniques et appliqués de l’activité de recherche sont réalisés dans le cadre du Département
d’Hygiène Hospitalière et en collaboration avec le laboratoire de bactériologie du CHRU de Montpellier.
Le Département d’Hygiène Hospitalière comprend 2 unités : l’équipe opérationnelle d’Hygiène nommée unité
d’Hygiène Hospitalière et de Prévention et le laboratoire d’Hygiène. Ses missions, transversales, couvrent
l’ensemble des établissements du CHRU et répondent aux principes de prévention, de protection et de
précaution vis-à-vis du risque infectieux.
Ses objectifs sont de prévenir les infections associées aux soins qui pourraient être évitées et de répondre
aux problèmes de terrain, avec la réactivité attendue par les équipes; et ainsi, améliorer la sécurité des soins.
Les actions de prévention des infections nosocomiales comprennent :
- l’optimisation du respect des bonnes pratiques de soins
- la conduite de démarches ciblées sur des activités ou des populations à risques spécifiques
- la maîtrise du risque infectieux d’origine environnementale.
La prévention de la transmission des agents infectieux entre les patients ou de patients à soignants est un
volet essentiel de la prévention pour lequel des dispositifs de veille ont été créés et sont interrogés au
quotidien. Une attention particulière est portée à la détection précoce des phénomènes émergents : cas
groupés d’infections ou bactéries multi-résistantes, pour lesquels des investigations épidémiques sont
systématiquement conduites.
2/ Projet pédagogique
L’accueil d’un interne IPR s’inscrit dans le groupe hospitalo-universitaire équipe « Pathogènes et
Environnements » / Département d’Hygiène Hospitalière qui offre une formation à la fois hospitalière et de

recherche universitaire, avec la possibilité de réalisation d’un master 2 de recherche (spécialité Interactions
Microbiennes Hôte Environnements du Master BPMBB), d’un doctorat d’université (école doctorale
SIBAGHE) et d’un diplôme universitaire d’hygiène hospitalière.
L’interne IPR accueilli dans l’équipe « Pathogènes et Environnements » développe des projets transversaux
de recherche et/ou des projets de recherche translationnelle. Il sera donc amené à réaliser un parcours de
stages dans le Département d’Hygiène Hospitalière et occasionnellement dans le laboratoire de
bactériologie du CHRU de Montpellier. Des stages délocalisés sont aussi réalisés en fonction du projet.
Résumé du projet en cours
Depuis 5 semestres, un interne IPR réalise dans ce cadre sa thèse de doctorat sur l’écologie de l’opéré en
chirurgie cardiaque et son rôle dans la survenue des infections sur site opératoire. Ce projet de recherche a
été mis en place grâce à la collaboration de l’équipe « Pathogènes et Environnements » et des services
d’hygiène et de chirurgie cardiaque du CHRU de Montpellier.
Les infections sur site opératoire (ISO) sont au troisième rang national des infections nosocomiales, après
les infections urinaires et respiratoires. Elles ont des conséquences souvent graves pour les
patients (surmortalité, réhospitalisation...), particulièrement en chirurgie cardiaque. Leur prévention passe
par des mesures d’hygiène générales, la prise en compte des facteurs de risques du patient, et d’un risque
microbiologique qui se limite actuellement à la recherche du portage de Staphylococcus aureus.
Malgré les récentes connaissances sur les microbiotes bactériens associés à l’homme, l’étude des infections
reste restreinte à une approche monomicrobienne visant à isoler les germes en culture. Très peu d’études
ont envisagé les infections comme le résultat d’un déséquilibre plurimicrobrien autorisant l’installation d’une
communauté pathogène.
Nous décrivons l’évolution du microbiote cutané et de site opératoire des patients de chirurgie cardiaque au
cours de leur parcours de soins, pour apporter des arguments microbiologiques à la compréhension des
mécanismes de survenue des ISO. Pour cela, nous avons choisi de travailler sur les pontages aorto-
coronariens programmés, en incluant tous les patients opérés au CHRU de Montpellier entre début février
2011 et fin février 2012. Différents prélèvements sont réalisés par écouvillonnage chez ces patients aux
étapes clé de leur hospitalisation : au niveau cutané avant l’intervention chirurgicale, aux niveaux superficiel
et profond au cours de l’opération, et au niveau des cicatrices à chaque réfection de pansement jusqu’à la
sortie du patient. Des prélèvements à l’interface patient/environnement (air pendant l’intervention, doigt de
gant du chirurgien, champ opératoire) sont également recueillis. L’analyse de ces prélèvements à la fois par
culture et par des méthodes de biologie moléculaire indépendantes de la culture a pour objectifs i) la
première description de la diversité et l’évolution du microbiote cutané et de site opératoire pendant le
parcours de soins des patients opérés pour pontage aorto-coronarien, ii) l’évaluation in vitro des effets de
l’antibioprophylaxie per-opératoire sur le microbiote cutané des patients, et iii) l’étude de la structure de
population des souches cliniques de Propionobacterium acnes chez les patients de chirurgie cardiaque.
Les projets à venir
Ils se développeront dans le même cadre hospitalo-universitaire. Les thématiques à développer concernent :
- Le succès épidémique des bactéries environnementales (Pseudomonas aeruginosa, Legionella
pneumophila).
- Argumentation microbiologique, compréhension des mécanisme et prévention des infections sur
cathéter et des ISO: communautés microbiennes normales et pathologiques, équilibre/deséquilibre, impact
des pratiques en particulier d’antisepsie.