Liste des stages proposés 2014-15.xlsx - ENT

Responsable
Labo
Sujet du Stage
1 PRIVAT Maud
ERTICa, EA 4677,
Université d'Auvergne
2 AMIARD Simon
GReD, UMR CNRS 6293
Caractérisation des protéines impliquées dans la protection des télomères
& INSERM 1103,
chez la plante modèle Arabidopsis thaliana
Clermont U.
3 BRASSET Emilie
4 CHAZAUD Claire
Caractérisation génomique des tumeurs mammaires Basal-like
GReD, UMR CNRS 6293
Etude d’une voie de régulation des éléments transposables chez la
& INSERM 1103,
drosophile : la voie des piRNA
Clermont U.
GReD, UMR CNRS 6293
Différenciation des cellules souches de l'embryon: étude de nouveaux
& INSERM 1103,
facteurs impliqués pendant la préimplantation murine.
Clermont U.
GReD, UMR CNRS 6293
5 DE JOUSSINEAU Cyrille & INSERM 1103,
Clermont U.
Recherche des mécanismes conduisant à l’activation anarchique des
voies de signalisation impliquées dans le cancer de la prostate.
6 GUITON Rachel
GReD, UMR CNRS 6293
Etude de l’immunité au sein de l’épididyme dans des modèles murins
& INSERM 1103,
sauvage et Ido1-/Clermont U.
7 JUNION Guillaume
GReD, UMR CNRS 6293
Analyse moléculaire et fonctionnelle de la diversification cardiaque par
& INSERM 1103,
des approches génomiques cellule-spécifiques
Clermont U.
8 MIROUSE Vincent
9 PROBST Aline
10 SOLER Cédric
11 TROUSSON Amalia
12 DEGOUL Françoise
MIOT-NOIRAULT
13 Elisabeth
14 DALMASSO Guillaume
15 NGUYEN Hang
16 DALLEL Radhouane
GReD, UMR CNRS 6293
Etude in vivo du rôle de l’oncogène Myc dans l’homéostasie de la
& INSERM 1103,
croissance épithéliale
Clermont U.
GReD, UMR CNRS 6293
Rôle des variants d’histones H3 dans la répression transcriptionnelle de
& INSERM 1103,
l’hétérochromatine
Clermont U.
GReD, UMR CNRS 6293
Etude des mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans le
& INSERM 1103,
développement des muscles adultes chez Drosophila melanogaster
Clermont U.
GReD, UMR CNRS 6293
Nouveaux modèles pour le criblage d’activateurs/perturbateurs des voies
& INSERM 1103,
de signalisation régulées par les récepteurs des oxystérols LXRs
Clermont U.
IMTV, UMR INSERM
Radiothérapie interne du mélanome: rôle de la pigmentation et effet sur
990, Université
l’agressivité des tumeurs
d'Auvergne
IMTV, UMR INSERM
Intérêt du Ciblage du microenvironnement tumoral pour le traitement des
990, Université
tumeurs ORL et des hépatocarcinomes
d'Auvergne
M2iSH, UMR INSERM
1071, Université
Implication de la génotoxine colibactine dans le développement du cancer
d’Auvergne , USC-INRA colorectal.
2018
M2iSH, UMR INSERM
Rôle de l’autophagie dans la réponse de l’hôte à l’infection par des
1071, Université
Escherichia coli pathogènes colonisant la muqueuse de patients atteints
d’Auvergne , USC-INRA
de cancer colorectal
2018
Évaluation des effets des agonistes des récepteurs opioïdes mu et delta
Neuro-Dol, UMR 1107,
sur les réponses évoquées par des stimulations mécaniques non
Université d'Auvergne
nociceptives en conditions normales et pathologiques
17 MARCHAND Fabien
Neuro-Dol, UMR 1107,
Université d'Auvergne
18 DARDOU David
NPsy-Sydo, EA 3845,
Université d'Auvergne
19 SAPIN Vincent
R2D2, EA 7281,
Université d'Auvergne
Implication des voies de signalisation intracellulaire NGF/TrkA dans un
modèle d’arthrite chez la souris
Effet du traitement par agonistes dopaminergiques, chez un modèle
animal de la maladie de Parkinson, sur le comportement de compulsion :
approche comportementale et pharmacologique.
Effets biologiques et fonctionnels de la voie RAGE sur la fonction de
clairance liquidienne alvéolaire au
inhibition de la voie de RAGE, à l’échelle tissulaire, cellulaire et
moléculaire.
EA6309, Université de
Rôle des facteurs génétiques, microARNs et transcrits cibles, dans le
maintien de la gaine de myéline.
21 LIA Anne Sophie
EA6309, Université de
Limoges
Recherche de nouveaux gènes impliqués dans la maladie de CharcotMarie-Tooth
22 STURTZ Franck
EA6309, Université de
Limoges
Mise en place d’un modèle cellulaire de la maladie de Charcot-MarieTooth
23 GERMOT Agnès
UMR INRA 1061 et EA
1069, Université de
Limoges
Régulation de l’expression de Pofut1 et de la voie de signalisation Notch,
dans le cas de cancers colorectaux et prostatiques.
24 GALLET Paul François
UMR INRA 1061,
Université de Limoges
Etude de l'implication des Siglecs dans le processus myogénique
25 PELISSIER Patrick
UMR INRA 1061,
Université de Limoges
Etudes moléculaires et biochimiques des domaines anti-protéasiques des
protéines murines GASP-1 et GASP-2
26 JOVE Thomas
UMR INSERM 1092,
Université de Limoges
Régulation de l'expression de gènes de transposases impliqués dans la
dissémination des résistances aux antibiotiques
20 BOURTHOUMIEU Sylvie Limoges
NB#:#Clermont#U#=#laboratoires#sous#la#double#tutelle#de#l'Université#d'Auvergne#et#de#l'Université#Blaise#Pascal
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage :
fgb
Caractérisation génomique des tumeurs mammaires Basal-like
Laboratoire d’accueil : ERTICa
Directeur du laboratoire : Frédérique Penault-Llorca
Adresse : Centre Jean Perrin, 58 rue Montalemebert, 63000 Clermont-Ferrand
Directeur de stage : Maud Privat
Tel : 04 73 27 80 36
e-mail : [email protected]
Résumé :
Cinq groupes moléculaires de cancer du sein sont actuellement reconnus. L’un d’entre eux, le
groupe des tumeurs dites « basal-like », représentant environ 15 % des tumeurs mammaires, est
caractérisé par l’absence d’expression des récepteurs ER, PR et HER2-neu, ainsi que par
l’expression de certaines cytokératines et de l’EGFR. Une perte d’expression du gène BRCA1
est très souvent associée. Du fait de leur rechute fréquente et de l’absence de thérapie ciblée, ces
tumeurs présentent un pronostic particulièrement mauvais.
Notre projet de recherche propose la cartographie complète des anomalies génomiques dans une
série de tumeurs et de lignées cellulaires basal-like associées ou non à des mutations
constitutionnelles du gène BRCA1. L’analyse de l’exome complet (miRNA inclus) est en cours,
en collaboration avec l’université de Lund en Suède. L’analyse du transcriptome et du
methylome a été réalisée sur la plateforme GINA du Centre Jean Perrin et les résultats sont
également en cours d'analyse. Grâce à ces différents jeux de données, nous espérons identifier
certains gènes-clés de cette tumorigenèse basal-like, qui pourraient devenir de nouvelles cibles
thérapeutiques en vue d’une prise en charge spécifique. La comparaison des tumeurs ou lignées
mutées ou non pour BRCA1, permettra de détailler le rôle de ce suppresseur de tumeurs et de ses
partenaires.
Le stage de master 2 proposé consistera ainsi à la validation biologique des cibles
potentiellement thérapeutiques identifiées dans les tumeurs mammaires « basal-like ».
Méthodologies envisagées (mots-clés) :
Culture cellulaire, Méthylation de l’ADN, Séquençage haut débit
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
- Valentin MD, da Silva SD, Privat M, Alaoui-Jamali M, Bignon YJ. : Molecular insights on basal-like breast
cancer. Breast Cancer Res Treat. 2012 Jul;134(1):21-30
- Penault-Llorca F, Viale G. : Pathological and molecular diagnosis of triple-negative breast cancer: a clinical
perspective. Ann Oncol. 2012 Aug;23 Suppl 6:vi19-22
- Michils G1, Hollants S, Dehaspe L, Van Houdt J, Bidet Y, Uhrhammer N, Bignon YJ, Vermeesch JR, Cuppens
H, Matthijs G. : Molecular analysis of the breast cancer genes BRCA1 and BRCA2 using amplicon-based massive
parallel pyrosequencing. J Mol Diagn. 2012 Nov;14(6):623-30
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected] (Clermont) ou
[email protected] (Limoges)
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Caractérisation des protéines impliquées dans la protection des télomères chez la
plante modèle Arabidopsis thaliana
Laboratoire d’accueil : GReD UMR6293
Directeur du laboratoire : Chantal Vaury
Adresse : 24 Avenue des landais – 63171 Aubière cedex
Directeur de stage : Amiard Simon (CR1 CNRS)
Tel : 04-73-40-74-04
e-mail : [email protected]
Résumé :
Les télomères sont les structures nucléoprotéiques ayant pour rôle principal de protéger les
extrémités des chromosomes linéaires vis à vis des machineries de réparation de la cellule.
Ainsi, lorsqu’un télomère est non fonctionnel, il est détecté comme une cassure de l’ADN et
est pris en charge par les mécanismes de réparation/recombinaison, conduisant à
des «réparations» inappropriées entre deux chromosomes. Ceci est à l’origine d’une instabilité
chromosomique dramatique pour la cellule (aneuploïdie, translocation,...) et à terme, pour la
survie de l’organisme. Ainsi, des dysfonctionnements télomériques sont responsables de
nombreuses pathologies. Ils participent aussi activement à la mise en place du processus
tumoral et sont très étroitement liés au vieillissement des organismes eucaryotes. Il est donc
primordial de comprendre leur fonctionnement pour ainsi appréhender les conséquences de
leur dysfonctionnement.
La plante modèle Arabidopsis thaliana présente de nombreux avantages pour comprendre
ces mécanismes fondamentaux : une conservation au cours de l’évolution des principaux
acteurs, un génome de taille réduite et entièrement séquencé, des banques publics de mutants
pour la quasi-totalité des gènes et de nombreux outils génétiques et moléculaire pour leur
analyse.
A l’heure actuelle, chez les plantes, très peu de protéines télomériques ont été caractérisées et
aucune « vraie » protéine en charge de la protection n’est connue. Le projet proposé à pour but
de participer à la caractérisation des protéines identifiées suite à la réalisation d’un crible
protéomique au sein de l’équipe visant à identifier de nouveaux acteurs de la protection des
télomères.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : Génétiques, Cytogénétiques (immunocytologie, FISH,
..), Biochimie (Immunoprécipitation, Southern Blot, …)
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
« Arabidopsis ATM and ATR Kinases Prevent Propagation of Genome Damage Caused by
Telomere Dysfunction.» Amiard et al. - Plant Cell. 2011 Dec;23(12):4254-65.
« Signalling of double strand breaks and deprotected telomeres in Arabidopsis. »
Amiard et al. - Front Plant Sci. 2013 Oct 16;4:405. Review.
« Responses to telomere erosion in plants ».
Amiard et al. - PLoS One. 2014 Jan 21;9(1):e86220.
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected] (Clermont) ou
[email protected] (Limoges)
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage :
Etude d’une voie de régulation des éléments transposables chez la drosophile : la voie des
piRNA
Laboratoire d’accueil : CNRS UMR6293 - INSERM U1103 – GreD - Clermont Université
Directeur du laboratoire : Chantal Vaury
Adresse : Faculté de médecine
BP 38 / 63001 Clermont-Ferrand CEDEX
Directeur de stage : BRASSET Emilie
Tel : 04-73-17-81-84
e-mail : [email protected]
Résumé :
Le génome de tout eucaryote est composé en grande partie de séquences mobiles ou éléments
transposables (ET). Ces ET sont capables de se déplacer d'un site chromosomique à un autre et
représentent plus de 50% du génome humain. Leur mobilisation massive au sein des génomes
est un événement rare car leur expression est généralement réprimée par la cellule hôte afin de
maintenir l’intégrité du génome. Cependant, cette répression peut être parfois perdue et une
invasion massive du génome par les ET est alors observée, à l'image de ce qui est décrit dans de
nombreuses tumeurs. Les mécanismes de protection de la cellule face à la mobilisation possible
de ces agents mutagènes endogènes sont encore mal connus. Les études menées ces dix
dernières années ont montré que les ET sont étroitement maintenus sous contrôle dans les
génomes hôtes par des mécanismes épigénétiques assurant leur reconnaissance et leur
répression, et ainsi la stabilité du génome.
La question centrale de notre équipe est de comprendre les mécanismes utilisés par une cellule
pour garantir la stabilité de son génome en étudiant les mécanismes épigénétiques qui contrôlent
la répression des éléments transposables. A travers ce projet une voie épigénétique particulière,
la voie des piARN (ARN liant la protéine PIWI), sera étudiée dans différentes conditions
(physiologique et de stress) en utilisant le drosophile comme modèle d’étude. Les recherches
développées visent à disséquer ces mécanismes de contrôle par des approches combinées de
génétique et de génomique.
Méthodologies envisagées (mots-clés) :
Génétique – Imagerie confocale – Séquencage – Bioinformatique
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
1- Goriaux C, Desset S, Renaud Y, Vaury C, Brasset E. Transcriptional properties and splicing
of the flamenco piRNA cluster. EMBO Rep. 2014 Feb 20
2- Dufourt J, Dennis C, Boivin A, Gueguen N, Théron E, Goriaux C, Pouchin P, Ronsseray
S, Brasset E, Vaury C. Spatio-temporal requirements for transposable element piRNA-mediated
silencing during Drosophila oogenesis. Nucleic Acids Res. 2014 Feb 1;42(4):2512-24.
3- Brasset E, Chambeyron S. Epigenetics and transgenerational inheritance. Genome Biol. 2013
May 24;14(5):306.
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[email protected] (Limoges)
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Différenciation des cellules souches de l'embryon: étude de nouveaux facteurs
impliqués pendant la préimplantation murine.
Laboratoire d’accueil : GReD, UMR CNRS 6293,INSERM U1103, Clermont Université
Directeur du laboratoire : Chantal Vaury
Adresse : UFR médecine, 28 place Dunant BP38
63001 Clermont-Fd cedex
Directeur de stage : Claire Chazaud
Tel : 04 73 17 83 80
e-mail : [email protected]
Résumé : Au troisième jour de développement, l'embryon de souris est constitué de trois types
cellulaires distincts: les cellules souches du trophectoderme, de l'épiblaste et de l'endoderme
primitif (EPr). Notre équipe analyse les mécanismes moléculaires de la différenciation des
cellules en épiblaste ou en EPr. Nous avons montré que cette différenciation dépend des
interactions antagonistes de deux facteurs de transcription, Nanog et Gata6 ainsi que de la voie
de signalisation Fgf. En effet, sans Nanog ou sous l'action du Fgf, toutes les cellules deviennent
de l'EPr et à l'inverse sans Gata6 ou en inhibant la voie de signalisation Fgf toutes les cellules
deviennent de l'épiblaste.
Au cours de cribles, nous avons découvert de nouveaux facteurs qui seraient potentiellement
impliqués dans la differenciation de l'épiblaste ou de l'EPr. L'étudiant(e) caractérisera
l'expression de ces nouveaux facteurs par différentes techniques d'immunofluorescence et
d'hybridation in situ. Des analyses fonctionnelles seront ensuite effectuées dans l'embryon ou
dans des modèles in vitro de différenciation tels que les cellules souches embryonnaires ES.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : culture cellulaire, culture et electroporation d'embryons,
transgenèse, analyse expression de gènes (RTqPCR, hybridation in situ, western,
immunofluorescence), microscopie confocale, clonage.
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.). Les membres de l'équipe sont
soulignés
- Gasnier, M., Dennis, C., Vaurs-Barrière, C. and C. Chazaud. Fluorescent mRNA labeling via
cytoplasmic FISH. Nature Protocols, 8: 2538-47. (IF: 8)
- Lavial F., Bessonnard S, Ohnishi Y, Tsumura A, Chandrashekran A, Fenwick M, Hardy K,
Chambers I, Hiiragi T, Chazaud C and Azuara V. (2012). Bmi1 facilitates primitive endoderm
formation by stabilizing Gata6 in the early embryo. Genes and Development, 26: 1445-58 (IF:
13)
- Frankenberg, S, Gerbe F, Bessonnard S., Belville C., Pouchin P., Bardot O. et Chazaud C.
(2011) Primitive endoderm differentiates via a three-step mechanism involving Nanog and RTK
signalling. Developmental Cell, 21: 1005, 1013. (IF: 14)
- Gerbe F., Cox B., Rossant J. and Chazaud C (2008): Dynamic expression of LRP2 pathway
members reveals progressive epithelial differentiation of Primitive Endoderm in mouse
blastocyst. Developmental Biology 313, 594-602. (IF: 4)
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected]
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Recherche des mécanismes conduisant à l’activation anarchique des voies
de signalisation impliquées dans le cancer de la prostate.
Laboratoire d’accueil : GReD, UMR CNRS 6293-Clermont Université-INSERM U1103
Directeur du laboratoire : Dr. Chantal VAURY
Adresse :
Campus Universitaire des Cézeaux, 24 avenue des Landais, BP80026
63171 Aubière Cedex
Directeur de stage : Dr. Cyrille de JOUSSINEAU / Dr Corinne LOURS-CALET, MCU.
Tel :
04 73 40 53 38 / 40 74 12
e-mail : [email protected] / [email protected]
Résumé :
La prostate est le premier site de cancer chez l’homme. Ce cancer est très hétérogène mais les
observations cliniques révèlent que les voies de signalisation RAS/MAPK et AKT/mTOR sont
souvent hyperactives dans sa phase de progression vers la résistance thérapeutique. Notre équipe
a démontré qu’une protéine, la chaperonne d’histones NPM1, i- est accumulée dans les cellules
cancéreuses de la prostate [1], ii- renforce l’activité de la voie RAS/MAPK dans ces cellules,
leur permettant de proliférer et de migrer indépendamment d’une source externe de facteur de
croissance [2] ; et finalement, que iii- NPM1 a une expression stimulée par l’hyperactivité de la
voie AKT/mTOR. NPM1, en liant ces deux voies, pourrait donc être un pivot dans la
progression des cancers de la prostate vers leurs formes les plus agressives.
Le but du stage est de déterminer comment interagissent les voies RAS/MAPK et AKT/mTOR
in vivo, et quel est le rôle effectif de NPM1 dans cette interaction. En complément d’expériences
réalisées dans des lignées de cellules cancéreuses prostatiques humaines, le modèle génétique
drosophile sera utilisé : l’expression de formes normales ou mutantes de NPM1 sera effectuée
dans la glande accessoire de drosophile, l’équivalent de la prostate chez cet animal. Cette
surexpression sera faite en contexte normal mais également tumoral, en suractivant les voies
AKT/TOR ou RAS/MAPK, de même qu’en modulant l’expression de la nucléophosmine (nlp),
l’orthologue de NPM1 chez la drosophile.
Ces études, en plus de répondre aux questions spécifiques de l’équipe, contribueront également à
établir la glande accessoire comme un modèle fiable et puissant de tumorigénèse prostatique.
Méthodologies envisagées (mots-clés): analyses de réseaux de signalisation (Western blot,
imagerie cellulaire) et d’expression génique (RTqPCR), analyses phénotypiques d’organismes
modèles (microscopie confocale),biologie cellulaire (culture)et moléculaire (clonage).
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
[1] Léotoing et al, Oncogene 27(20) : 2858-67, 2008.
[2] Loubeau et al, 2014, PLoS One, (en révision).
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected] (Clermont) ou
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Etude de l’immunité au sein de l’épididyme dans des modèles murins sauvage et
Ido1-/Laboratoire d’accueil : GReD
Directeur du laboratoire : Chantal Vaury/Joël Drevet
Adresse : 24 avenue des Landais, Bâtiment Bio C, BP 80026, 63171 Aubière Cedex
Directeur de stage : Rachel Guiton/Joël Drevet
Tel : 04.73.40.77.57
e-mail : [email protected]
Résumé :
L’épididyme, organe central de la fonction reproductrice mâle, possède une particularité
immunologique capitale : la tolérance, sans laquelle la maturation des gamètes serait impossible.
En effet, les spermatozoïdes entrent dans l’organe à la puberté, soit longtemps après l’établissement de la tolérance au soi. Le challenge est alors pour l’épididyme d’éviter toute réponse auto-immune qui détruirait les spermatozoïdes, menant à l’infertilité, tout en maintenant
une réponse immunitaire efficace contre les pathogènes entrants.
L’un des sujets développés au laboratoire concerne les mécanismes mis en place au sein de l’épididyme dans le cadre du maintien de la tolérance immune envers les spermatozoïdes. Pour
cela, nous avons précédemment tiré avantage d’un modèle de souris invalidées pour le gène de
l’indoleamine 2,3-dioxygénase (IDO1). IDO1 est une enzyme du catabolisme du tryptophane,
qui est connue pour ses nombreux rôles dans la régulation des réponses immunitaires innées et
adaptatives. De façon intéressante, elle est constitutivement et fortement exprimée par
l’épithélium épididymaire alors qu’elle est induite par une inflammation dans la plupart des organes. Nous avons pu mettre en évidence une situation inflammatoire plus marquée dans
l’épididyme des souris Ido1-/- comparées à des souris sauvages, pointant un rôle de cette enzyme
dans l’équilibre immunologique local. Cependant, les souris Ido1-/- ne présentent pas de
phénotype inflammatoire aigu, suggérant l’existence de mécanismes complémentaires de maintien de la tolérance envers les spermatozoïdes. Plusieurs pistes sont envisagées dans un
cadre physiologique et/ou inflammatoire induit artificiellement par injection locale de LPS (rôle
de lymphocytes TDN, synthèse locale de TGF- et d’IL-10…) et seront l’objet de ce Master 2.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : immunofluorescence, microscopie à fluorescence,
microscopie confocale, cytométrie en flux, biologie cellulaire
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 (IDO1) is involved in the control of mouse caput epididymis
immune environment. Jrad-Lamine A et al. PLoS One. 2013 Jun 20;8(6):e66494.
Deficient tryptophan catabolism along the kynurenine pathway reveals that the epididymis is in a
unique tolerogenic state. Jrad-Lamine A et al. J Biol Chem. 2011 Mar 11;286(10):8030-42.
Quantitative and spatial differences in the expression of tryptophan-metabolizing enzymes in
mouse epididymis. Britan A et al. Cell Tissue Res. 2006 May;324(2):301-10.
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected] (Clermont) ou
[email protected] (Limoges)
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage :
Analyse(moléculaire(et(fonctionnelle(de(la(diversification(cardiaque(par(des((approches(
génomiques(cellule8spécifiques(
Laboratoire d’accueil : Laboratoire GReD, CNRS 6293, INSERM U1103
Directeur du laboratoire : Dr. C. VAURY ZWILLER
Adresse : 28, place Henri-Dunand
63000 CLERMONT FERRAND
Résumé
Directeur de stage : Dr. Guillaume JUNION
Tel : 0473178459
e-mail : [email protected]
Résumé!:!Il!est!communément!observé!que!dans!les!dystrophies!musculaires!ou!myopathies!cardiaques!les!
cellules! musculaires! sont! touchées! différemment.! Les! gènes! et! mécanismes! moléculaires! responsables! de!
cette! sensibilité! musculaire! spécifique! sont! largement! inconnus.! Ce! projet! est! dédié! à! améliorer! nos!
connaissances!en!appliquant!de!nouveaux!développements!technologiques!associant!une!résolution!de!type!
celluleAspécifique!à!des!approches!de!génomique!fonctionnelle!afin!d’étudier!le!processus!de!diversification!
des!cellules!cardiaques.!Ce!stage!de!M2!a!deux!principaux!objectifs!:!
i)! Effectuer! des! analyses! comparatives! de! la! transcription! de# novo,! dans! des! sousAensembles! de! cellules!
cardiaques.!Une(comparaison(de(type(temporelle:!cette!analyse!doit!permettre!de!suivre!la!dynamique!de!
l’expression!des!gènes!en!comparant!les!données!qualitatives!et!quantitatives!dans!un!même!type!cellulaire.!
Nous!pourrons!ainsi!identifier!les!liens!entre!les!changements!observés!au!niveau!moléculaire!et!les!étapes!
clées!de!la!formation!d’un!cardiomyocyte!fonctionnel.!Ainsi!nous!identifierons!les!voies!de!signalisation!ou!les!
gènes! importants! à! l’acquisition! de! propriétés! spécifiques.! Une( comparaison( entre( dynamique( de(
transcription( et( de( traduction( (données! en! cours! d’obtention! dans! l!‘équipe! par! la! méthode! TRAP):! Par!
cette!analyse!nous!allons!tester!la!corrélation!existante!entre!les!deux!processus.!Une!absence!de!corrélation!
devrait!permettre!de!découvrir!des!mécanismes!de!régulation!postAtranscriptionnelle!importants!notamment!
médiés!par!les!miARNA.!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
ii)!Valider!les!candidats!identifiés!et!réaliser(des(analyses(fonctionnelles!de!type!gain!et!perte!de!fonction!
pour!valider!les!hypothèses!émises.!Toutes!les!expériences!seront!réalisées!sur!des!embryons!de!Drosophile.!
Trois!fenêtres!de!temps!seront!ciblées!afin!de!couvrir!l'ensemble!du!processus!d'acquisition!des!propriétés!
des!cellules!cardiaques,!y!compris!leur!capacité!à!se!contracter.!Les!données!seront!ensuite!analysées!par!des!
outils! bioinformatiques! disponibles! dans! l'équipe! afin! d’identifier! la! signature! moléculaire! au! cours! du!
développement!et!modéliser!les!processus!moléculaires!mis!en!jeu!au!cours!de!la!diversification.!
!
!
Méthodologies
envisagées (mots-clés) :!INTACT,!immunoApurification,!RNAseq,!génétique,!immunoA
!
marquage,!hybridation!in!situ,!microscopie!confocale
!
!Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Jagla,!T.,!Bidet,!Y.,!Da!Ponte,!J.P.,!Dastugue,!B.,!and!Jagla,!K.!(2002).!CrossArepressive!interactions!of!
!
identity!genes!are!essential!for!proper!specification!of!cardiac!and!muscular!fates!in!Drosophila.!
!
Development!129,!1037A1047!
!
Junion(G,!Bataille!L,!Jagla!T,!Da!Ponte!JP,!Tapin!R,!Jagla!K.!2007.!GenomeAwide!view!of!cell!fate!specification:!
!
ladybird!acts!at!multiple!levels!during!diversification!of!muscle!and!heart!precursors.!Genes/&/development(
!
21:!3163A3180!
!
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage
d in vivo du rôle de l’oncogène Myc dans l’homéostasie de la croissance épithéliale
Etude
Stabiligé p
Laboratoire d’accueil :GReD, UNR CNRS 6293 ; INSERM U1103 ; Clermont Université
Directeur du laboratoire : Chantal Vaury
Adresse :Faculté de médecine, Place Henri Dunant, 63100 Clermont-Fd
Directeur de stage : Vincent Mirouse
Tel : 04 73 17 81 71
e-mail : [email protected]
Résumé : Comment un tissu contrôle sa taille au cours du développement et la maintient au
cours de la vie adulte en assurant l’intégrité de ses cellules est une question biologique
fondamentale. De plus, des dérégulations de cette homéostasie sont à l’origine de nombreux
cancers qui ont pour 80% une origine épithéliale. Notre équipe utilise l’épithélium folliculaire de
la drosophile comme modèle pour comprendre cette homéostasie tissulaire. Nous venons
d’identifier un mécanisme contrôlant la taille de cet épithélium en fonction de celle du tissu
adjacent qu’il doit recouvrir (lignée germinale). Ce mécanisme repose sur le contrôle du niveau
de l’oncogène Myc par un signal qui reste à définir. Myc contrôle par ailleurs l’homéostasie
tissulaire au sein de certains épithéliums via un phénomène nommé compétition cellulaire. Ainsi,
la balance du niveau de Myc entre des cellules induit l’élimination de la cellule en ayant le
moins, alors que toutes survivent si elles expriment un niveau égal, même si ce dernier est faible.
Les objectifs du stage seront 1) d’identifier le signal venant de la lignée germinale et comprendre
comment il régule Myc 2) de définir si l’épithélium folliculaire subit des phénomènes de
compétition cellulaire et si ceux-ci dépendent aussi du contrôle de Myc. L’étudiant bénéficiera
de la puissance génétique et des possibilités d’imagerie cellulaire offertes par cet organisme
pour répondre à ces questions.
Méthodologies envisagées (mots-clés) :
Microscopie confocale et analyse d’image, Génétique, biologie moléculaire
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Pénalva C, Mirouse V.
Tissue-specific function of Patj in regulating the Crumbs complex and epithelial polarity.
Development. 2012 Dec;139(24):4549-54
Aigouy B, Mirouse V
ScientiFig: a tool to build publication-ready scientific figures
Nature Methods, 2013 Nov;10(11):1048
Morais de Sa E, Mirouse V, St Johnston D
aPKC phosphorylation of Bazooka defines the apical/lateral border in Drosophila epithelial cells
Cell, 2010 April ; 141:3, 509-23
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage :
Rôle des variants d’histones H3 dans la répression transcriptionnelle de l’hétérochromatine
Laboratoire d’accueil : CNRS UMR6293 - INSERM U1103 – GReD - Clermont University
Directeur du laboratoire : Dr. Chantal Vaury
Adresse : 24, Avenue des Landais, 63177 Aubière Cedex, France
Directeur de stage : Dr. Aline PROBST
Tel : +33 4 73 40 74 01
e-mail : [email protected]
Résumé :
L’ADN des eucaryotes est organisé sous forme de chromatine. Celle-ci permet non seulement
la compaction de l’ADN au sein du noyau, mais constitue aussi le vecteur principal de
l'information épigénétique. Son unité de base, le nucléosome, est composée de 146bp d’ADN
qui s’enroulent autour d’un octamère d’histones H3, H4, H2A et H2B. La composition des
nucléosomes en variants d’histones ainsi que leurs modifications post-traductionnelles affectent
l’accessibilité de l’ADN aux composants de la machinerie transcriptionnelle. Ces marques
epigénétiques influencent aussi l’organisation de la chromatine. Au laboratoire, nous étudions la
formation et le maintien d’une structure chromatinienne particulière, appelée
l’hétérochromatine. Cette forme plus compactée de la chromatine contribue à la mise sous
silence de séquences répétées dont l’expression peut avoir des conséquences délétères sur le
génome. Cette régulation épigénétique est essentielle pour assurer l’intégrité du génome de la
levure jusqu'à l’homme. Notre projet s’appuie sur la plante modèle Arabidopsis thaliana. Nous
disposons de différents mutants affectant la mise sous silence des séquences répétées (Probst
et al., 2003), de mutants sous-exprimant certains variants d’histone H3 et de lignées exprimant
des variants étiquetés. Le projet de Master 2 consistera à étudier par des approches
moléculaires et d’imagerie la composition de l’hétérochromatine en variants d’histone H3 ainsi
que leurs modifications post-traductionnelles en situation sauvage et mutant. L’étude de
l’impact d’un déséquilibre entre les différents variants d’histones H3 sur la répression et
l’organisation des séquences répétées est également envisagée. A terme, l’objectif est de
mieux comprendre le rôle que jouent les variants d’histones H3 dans la formation et le maintien
de l’hétérochromatine.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : RT-PCR, qPCR, Chromatin-Immunoprecipitation
(ChIP), Immunolocalisation, Fluorescence in situ hybridization (FISH), Extraction de protéines
d’histones et Western Blot.
Le
but du du
stage
sera sur
deledémontrer
l'existence
de plusieurs domaines
Publications
laboratoire
thème proposé
(3 max.)
Duc
C, Benoit M, Le Goff
S, Simon
Poulet
A, Cotterell
S, Tatout S, Probst
The histone chaperone
chromatiniens
le long
deL,ce
locus
différenciables
parAV.
des
complex HIR controls nucleosome occupancy and transcriptional silencing in plants. submitted
modifications
post-traductionnelles
des histones.
Benoit
M, Layat E, Tourmente
S, Probst AV. (2013) Heterochromatin
dynamics during developmental
phase transitions in Arabidopsis thaliana, Gene, 15; 526:39-45.
Probst, A.V., Fransz, P.F., Paszkowski, J., and Mittelsten Scheid, O. (2003) Two means of
transcriptional reactivation within heterochromatin. Plant J, 33, 743-49.
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage :
Etude des mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans le développement des muscles
adultes chez Drosophila melanogaster
Laboratoire d’accueil : Laboratoire GReD, CNRS 6293, INSERM U1103
Directeur du laboratoire : Dr. C. VAURY ZWILLER
Adresse : 28, place Henri-Dunand
63000 CLERMONT FERRAND
Directeur de stage : Dr. SOLER Cédric
Tel : 0473178459
e-mail : [email protected]
Résumé :
Le laboratoire étudie depuis de nombreuses années le développement des muscles et du cœur à
partir d’un organisme modèle, la drosophile. Les mécanismes nécessaires à la myogenèse
embryonnaire (muscle de la larve) ont été largement étudiés. Cependant, la plupart de ces
muscles sont dégradés au cours de la métamorphose et une seconde étape de myogenèse est
requise pour mettre en place la musculature adulte. La complexité et la diversité de cette
musculature en font un modèle plus proche des vertébrés. De plus l’origine embryonnaire des
précurseurs des muscles adultes en font un excellent modèle d’étude des cellules souches
musculaires.
Nous travaillons actuellement sur un nouveau protocole d’extraction des ARNm (TRAP) associé
aux techniques de microarray/RNAseq. Ce technique nous permettra de déterminer l’ensemble
des gènes exprimés d’une part dans les progéniteurs de muscle et d’autre part dans progéniteurs
de tendon de la patte. L’étudiant en stage étudiera le rôle des gènes candidats ainsi mis en
évidence au cours de la myogenèse/tendogenèse de la patte. Le projet comportera une approche
génétique et moléculaire (construction d’outils génétique, transgenèse…), l’utilisation des
techniques d’immunomarquage et l’analyse en microscopie confocale.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : génétique, immuno-marquage, microscopie confocale,
microdissection, TRAP (translation ribosome affinity purification), microarray/RNAseq
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
C. Soler, J. Han and M. Taylor (2012). The conserved transcription factor Mef2 has multiple roles in adult
Drosophila musculature formation. Development.139(7):1270-5
T. Maqbool*, C. Soler* et al. (2006). Shaping Leg Muscles in Drosophila: Role of ladybird, a Conserved
Regulator of Appendicular Myogenesis. Plos One. 1:e122.
C. Soler et al. (2004). Coordinated development of muscles and tendons of the Drosophila leg. Development,
131(24), 6041-51.
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Nouveaux modèles pour le criblage d’activateurs/perturbateurs des voies de
signalisation régulées par les récepteurs des oxystérols LXRs
Laboratoire d’accueil : GReD, UMR CNRS 6293-Clermont Université-INSERM U1103
Directeur du laboratoire : Dr. Chantal VAURY
Adresse :
Campus Universitaire des Cézeaux, 24 avenue des Landais, BP80026
63171 Aubière Cedex
Directeur de stage : Dr. Amalia TROUSSON
Tel :
04 73 40 74 16
e-mail :
[email protected]
Résumé :
Les récepteurs LXRα et LXRβ sont des facteurs de transcription dont l’activité est modulable par des molécules dérivées du cholestérol. Ils régulent de nombreuses fonctions physiologiques
et sont donc des cibles pharmacologiques de choix pour la prévention et/ou le traitement de
nombreuses pathologies. Les travaux de l’équipe ont montré qu’une altération des voies régulées
par les LXRs peut entraîner des pathologies prostatiques suggérant l’existence de perturbateurs endocriniens susceptibles de moduler les voies de régulation LXRs. Un agoniste a été testé chez
l’Homme mais l’essai a dû être arrêté après des effets secondaires neurologiques. En effet, les LXRs sont exprimés dans de très nombreux tissus. Il est donc indispensable de développer des
SLiMs (selective Liver X receptor modulators). Le criblage in vivo de ces SLiMs, nécessite le
développement de nouveaux outils Deux lignées de drosophiles doubles transgéniques seront
créées : la 1ére lignée exprimera Gal4DBD-LXRα sous promoteur ubiquiste et permettra, lorsque
LXRα est activé par un ligand spécifique, l’expression de la GFP sous contrôle de UAS ; la
2éme lignée exprimera QFDBD-LXRβ sous promoteur ubiquiste et permettra l’expression de la RFP (sous contrôle de QuAS) lorsque LXRβ est activé. Ce système permettra i) le criblage
d’agonistes spécifiques ; ii) la mise en évidence d’antagonistes naturels ou non présents dans
l’environnement ; iii) de discriminer des ligands spécifiques des deux isoformes après obtention
du double Tg ; iv) de définir les sites d’action des molécules identifiées.
Ce projet s’insère dans le PNR-Perturbateurs Endocriniens « X-SLiMs » obtenu par l’équipe. Le
but ultime est de : 1) définir une/des molécule(s) utilisable(s) in vivo sur modèle mammifère et
en thérapie ; 2) identifier des contaminants modulant les voies régulées par les LXRs.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : transgenèse additive, culture cellulaire, imagerie,
pharmacologie
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Viennois E et al. Selective Liver X Receptor modulators (SLiMs): what use in human health? Mol Cell
Endocrinol. 2012 Apr 4;351(2):129-41.
Viennois E et al. Lxrα regulates androgen response in prostate epithelium. Endocrinology.
2012;153:3211-3223
Bayala B et al. Chemical composition, antioxidant, anti-inflammatory and anti-proliferative activities of
essential oils of plants from Burkina Faso. PLoS One. 2014;9(3):e92122
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Radiothérapie interne du mélanome: rôle de la pigmentation et effet sur
l’agressivité des tumeurs
Laboratoire d’accueil : UMR 990 INSERM/ Universite d’Auvergne
Directeur du laboratoire : Pr Jean Michel Chezal
Adresse : Faculté de Médecine-Pharmacie – 28, Place Henri Dunant - 63001 Clermont Ferrand
Cedex
Directeur de stage : Dr Mercedes Quintana et Dr Françoise Degoul
Tel : 04-73-17-80-67
e-mail : [email protected]
Résumé : La radiothérapie interne (RI) du mélanome via un radioligand ciblant les mélanines,
[131I]ICF01012, est en cours de transfert clinique (projet INCA-DGOS « Recherche translationnelle »
2012-2015). L’injection systémique d’[131I]ICF01012 induit une réduction de la croissance in vivo dans
les tumeurs de mélanome pigmentées dans le modèle syngénique B16 (Bonnet-Duquennoy et al., 2009)
et dans les xénogreffes sur des souris "nude" (Bonnet et al., 2010). Cette radiothérapie est efficace sur la
tumeur en termes de prolifération et d’agressivité et présente une faible toxicité pour les organes
pigmentés non cibles (yeux et peau) dans le modèle des souris C57Bl6 fortement pigmenté (Degoul et al.,
2013). Lors de cette étude, une analyse transcriptomique a montré des modifications d’expression de
gènes impliqués dans la pigmentation avec une augmentation du taux des ARNm codant pour la
tyrosinase et Tyrp2, protéines impliquées dans les étapes clefs de la mélanogenèse (Degoul et al., 2013).
Il est établi que l’expression des gènes nécessaires à la synthèse des mélanines (eumélanine et
phaéomélanine) est sous la tutelle du facteur de transcription MITF (MIcrophtalmia-associated
Transcription Factor) et que ce facteur de transcription, qui régule de nombreuses cibles, peut modifier
l’agressivité des tumeurs en modulant le taux de cellules initiatrices de tumeurs (Cheli et al., 2011). Dans
ce contexte, nous envisageons de caractériser les changements induits par la RI au niveau des cibles
moléculaires suivantes: mélanines et protéines impliquées dans la mélanogenèse. Le dosage différentiel
des mélanines par HPLC sera mis au point et permettra i) de connaître l’affinité d’ICF01012 pour
chacune d’elles ii) de déterminer leur proportion relative dans nos modèles in vitro et in vivo et de leur
évolution après RI. D’autre part, les caractéristiques des cellules résiduelles après traitement seront
évaluées en termes d’agressivité. Ces données seront étudiées dans le modèle de souris C57Bl6/B16Bl6
présentant un système immunitaire fonctionnel et développant des métastases pulmonaires à partir d’un
site primitif. L’expression de gènes impliqués dans les phénomènes proches du processus de transition
épithélio-mésenchymateuse, dans la synthèse des mélanines et des marqueurs de cellules initiatrices de
tumeurs sera plus particulièrement analysée (qRT-PCR ou western blot). Enfin des expériences de
radiothérapie interne sur des tumeurs B16Bl6 MITF- seront réalisées pour évaluer l’efficacité de ce
traitement sur ces mélanomes agressifs. Ce projet permettra d’améliorer les connaissances pour
l’application clinique de la radiothérapie interne du mélanome, plus particulièrement d’adapter les doses
en fonction du type de mélanines et d’estimer l’efficacité du traitement sur les métastases traitées.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : HPLC, RT-QPCR, Western blot, culture de cellules,
transfection, xénogreffes et radiothérapie
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Degoul, F., et al. (2013). In vivo efficacy of melanoma internal radionuclide therapy with a I-labelled
melanin-targeting heteroarylcarboxamide molecule. International journal of cancer, doi:
10.1002/ijc.28103.
Bonnet, M., et al.. (2010). Anti-melanoma efficacy of internal radionuclide therapy in relation to melanin
target distribution. Pigment cell & melanoma research 23, e1-11.
Bonnet-Duquennoy, et al. (2009). Targeted radionuclide therapy of melanoma: anti-tumoural efficacy
studies of a new 131I labelled potential agent. International journal of cancer 125, 708-16.
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Intérêt du Ciblage du microenvironnement tumoral pour le traitement des
tumeurs ORL et des hépatocarcinomes
Laboratoire d’accueil : UMR 990 INSERM/ Universite d’Auvergne
Directeur du laboratoire : Pr Jean Michel Chezal
Adresse : Faculté de Médecine-Pharmacie – 28, Place Henri Dunant - 63001 Clermont Ferrand
Cedex
Directeur de stage : Dr Caroline Peyrode et Elisabeth Miot-Noirault
Tel : 04-73-15 08 13
e-mail : [email protected]
Résumé :
Le laboratoire développe une stratégie thérapeutique pour le traitement du cancer qui vise à
exploiter les caractéristiques du microenvironnement de certaines tumeurs, à savoir une matrice
extracellulaire riche en protéoglycanes et un tissu hypoxique. Cette approche a montré sa
pertinence tant pour l’imagerie diagnostique, que pour la thérapie ciblée de la tumeur du
cartilage, le chondrosarcome (1-3).
Nous souhaitons maintenant évaluer la pertinence de notre stratégie pour d’autres pathologies
cancéreuses qui sont décrites comme surexprimant ces cibles (tumeurs ORL et hépatiques) et qui
constituent un véritable challenge thérapeutique.
L’objectif de ce travail sera, dans un modèle de tumeur ORL et un modèle d’hépatocarcinome,
d’étudier l’expression des protéoglycanes et de l’hypoxie, in vitro vis à vis de l’agrécane et de
marqueurs d’hypoxie tels que HIF1alpha et CA IX. Chacun des modèles sera caractérisé in vivo
par imagerie de fluorescence ciblant l’hypoxie et imagerie scintigraphique ciblant les
protéoglycanes.
L’activité cytotoxique d’une prodrogue ciblant les protéoglycanes et devenant active en hypoxie
sera déterminée in vitro, et son activité antitumorale in vivo évaluée dans les modèles
expérimentaux de tumeur ORL et d’hépatocarcinome. L’efficacité antitumorale sera également
suivie in vivo par les techniques d’imagerie de fluorescence et imagerie scintigraphique.
Une étude mécanistique vis à vis de marqueurs de prolifération (PCNA), de l’agrécane et de
l’hypoxie sera réalisée sur cellules traitées et prélèvements tumoraux par western blot.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : culture cellulaire, modèles de xénogreffe tumorale,
cytotoxicité, efficacité antitumorale in vivo, western blot, imagerie in vivo
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
1) Peyrode C, Gouin F, Vidal A, Auzeloux P, Besse S, Dauplat MM, Askienazy S,
Heymann D, Chezal JM, Redini F, Miot-Noirault E. A “proteoglycan targeting imaging
strategy” for the scintigraphic imaging and monitoring of the swarm rat chondrosarcoma
orthotopic model”. Sarcoma. 2011;2011:691608. Epub 2011 Feb 6.
2) Peyrode C, Weber V, David E, Vidal A, Auzeloux P, Communal Y, Dauplat MM, Besse
S, Gouin F, Heymann D, Chezal JM, Rédini F, Miot-Noirault E. Quaternary ammonium
melphalan conjugate for anticancer therapy of chondrosarcoma: in vitro and in vivo
preclinical studies. Invest New Drugs. 2012 30 (4): 1782-1790.
3) Miot-Noirault E, Vidal A, Auzeloux P, Peyrode C, Madelmont JC, Chezal JM. In vivo
scintigraphic imaging of proteoglycans. Methods Mol Biol 2012, 836:183-98.
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected]
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Implication de la génotoxine colibactine dans le développement du cancer
colorectal.
Laboratoire d’accueil : M2iSH, UMR 1071 Inserm/Université d’Auvergne, INRA USC 2018
Directeur du laboratoire : Pr. Arlette Darfeuille-Michaud
Adresse : CRBV, Université d’Auvergne, 28 Place Henri Dunant, 63000 Clermont-Ferrand
Directeur de stage : Guillaume Dalmasso, Richard Bonnet
Tel : 04 73 17 83 51
e-mail : [email protected]
Résumé :
Malgré des mesures préventives efficaces et une sensibilisation accrue de la population,
le cancer colorectal (CCR) reste le deuxième cancer le plus fréquent quelque soit le sexe. Le
nombre de nouveaux cas diagnostiqués annuellement dans le monde est estimé à 1,2 million et il
est responsable d’environ 600.000 décès chaque année. Plus de 90% des cas de CCR sont
d’origine sporadique et surviennent chez des personnes ayant peu ou pas d'antécédents
familiaux, ce qui montre l’importance des facteurs environnementaux dans sa genèse.
Le microbiote intestinal, aussi appelé flore intestinale, est soupçonné d’être un facteur
étiologique du CCR. Des études indépendantes ont ainsi mises en évidence que 71% des
adénocarcinomes sont colonisés par Escherichia coli contre seulement 42% des tissus sains. Par
ailleurs, les adénocarcinomes coliques sont souvent colonisés par des souches de E. coli
produisant une toxine modulant le cycle cellulaire eucaryote, la colibactine (55-67% vs 19-21%
des tissus sains). Nous avons montré que la colibactine induit un arrêt du cycle cellulaire, la
sénescence ainsi que la sécrétion de facteurs de croissance stimulant la prolifération de cellules
non infectées qui expliquerait le fait que des E. coli producteurs de colibactine accélèrent et
aggravent la tumorigenèse colique chez la souris.
L’objectif du travail proposé et d’étudier le devenir des cellules infectées par les E. coli
producteurs de colibactine. En effet, il a été rapporté que des cellules rendues sénescentes par la
chimiothérapie pouvaient rentrer de nouveau en division cellulaire malgré des aberrations
génétiques. En se divisant de nouveau de manière anarchique, ces cellules pourraient ainsi
participer à la tumorigenèse.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : biologie moléculaire (extraction d’ARN, synthèse de
l'ADN complémentaire, qRT-PCR) ; biochimie (Western blot) et biologie cellulaire (culture
cellulaire, infection de cellules) ; Expérimentation animale (xénogreffe).
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
- Cougnoux A, Dalmasso G, Martinez R, et al. Bacterial genotoxin colibactin promotes tumour
growth by inducing a senescence-associated secretory phenotype. Gut 2014; In Press.
- Bonnet M, Buc E, Sauvanet P, et al. Colonization of the human gut by E. coli and colorectal
cancer risk. Clin Cancer Res 2014;20:859-867.
- Buc E, Dubois D, Sauvanet P, et al. High prevalence of mucosa-associated E. coli producing
cyclomodulin and genotoxin in colon cancer. PLoS One 2013;8:e56964.
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Rôle de l’autophagie dans la réponse de l’hôte à l’infection par des Escherichia
coli pathogènes colonisant la muqueuse de patients atteints de cancer colorectal
Laboratoire d’accueil : M2iSH, UMR 1071 Inserm/Université d’Auvergne, INRA USC 2018
Directeur du laboratoire : Pr. Arlette Darfeuille-Michaud
Adresse : CRBV, Université d’Auvergne, 28 Place Henri Dunant, 63000 Clermont-Ferrand
Directeur de stage : Hang Nguyen
Tel : 0473178372
e-mail : [email protected]
Résumé :
En France, le cancer colorectal (CCR) se situe au 3ème rang des cancers dans la population
générale et au 2ème rang de la mortalité par cancer, ce qui en fait un problème majeur de santé
publique. L’étiologie du CCR peut être héréditaire et un risque augmenté est observé notamment
chez les personnes atteintes de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Malgré
l’identification de certains facteurs de risques tels que l’âge et le mode de vie, l’étiologie des
CCR sporadiques n’est pas encore clairement définie. Des dysbioses du microbiote intestinal,
c’est-à-dire des déséquilibres dans la composition de la flore intestinale, ont été rapportées chez
les patients atteints de CCR suggérant l’implication d’un agent infectieux. Des études
indépendantes ont montré que les adénomes et les carcinomes de patients atteints de CCR sont
fortement colonisés par Escherichia coli. Des travaux de recherche menés au laboratoire ont
montré que les souches de E. coli pathogènes colonisant la muqueuse de patients atteints de CCR
(souches CCR) sont capables d’adhérer et d’envahir les cellules épithéliales intestinales, de se
multiplier en macrophages, et d’augmenter le développement tumoral dans un modèle murin
(APCmin/+) présentant une susceptibilité génétique à développer des CCR.
L’autophagie est un processus permettant la dégradation du contenu cytoplasmique par le
lysosome. Il a été montré que l’autophagie est nécessaire pour contrôler la multiplication
intracellulaire des pathogènes invasifs. Cependant, le rôle de l’autophagie en réponse à
l’infection par les souches CCR reste inconnu. L’objectif du stage proposé est (i) d’étudier la
capacité des souches CCR à moduler le processus autophagique et (ii) de définir le rôle de
l’autophagie dans le contrôle de la multiplication intracellulaire des souches CCR. Ces travaux
seront réalisés en utilisant des modèles d’infection in vitro et in vivo.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : biologie moléculaire (extraction d’ARN, synthèse de
l’ADN complémentaire, qRT-PCR) ; biochimie (Western blot, ELISA) et biologie cellulaire
(culture cellulaire, immunofluorescence) ; Expérimentation animale (infection in vivo). Test
d’invasion des bactéries in vitro et in vivo.
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
-Nguyen H, Dalmasso G, Mueller S, et al. Crohn’s disease-associated adherent invasive
Escherichia coli modulate levels of microRNAs in intestinal epithelial cells to reduce autophagy.
Gastroenterology 2014, 146(2):508-19.
-Bonnet M, Buc E, Sauvanet P, et al. Colonization of the human gut by E. coli and colorectal
cancer risk. Clin Cancer Res. 2014, 20(4):
-Buc E, Dubois D, Sauvanet P, et al. High prevalence of mucosa-associated E. coli producing
cyclomodulin and genotoxin in colon cancer. PLoS One 2013, 8(2):e56964.
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected]
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Évaluation des effets des agonistes des récepteurs opioïdes mu et delta sur les
réponses évoquées par des stimulations mécaniques non nociceptives en conditions normales et
pathologiques
Laboratoire d’accueil : Inserm/UdA 1107, Neuro-Dol (équipe R Dallel)
Directeur du laboratoire : A Eschalier
Adresse : Faculté de Chirurgie Dentaire, 2 rue de Braga, 63100 Clermont-Ferrand
Directeur de stage : P Luccarini
Tel : 0473177312
e-mail : [email protected]
Résumé :
Les mécanorécepteurs cutanés sont essentiels pour la détection et la discrimination des stimuli
mécaniques non nociceptifs et nociceptifs qui sont responsables, respectivement, des sensations de
toucher et de douleur (Basbaum et al., 2009). Cependant, un stimulus non nociceptif peut aussi évoquer
une douleur à la suite d’une lésion tissulaire ou nerveuse. L’hypersensibilité mécanique cutanée (appelée
également allodynie) est l'un des symptômes les plus fréquent et les plus invalidant. Les données de la
littérature suggèrent que l’allodynie mécanique dépend de la mise en jeu des fibres myélinisées de type A
et/ou des fibres amyéliniques à bas seuil de type C (Basbaum et al., 2009).
Des études récentes ont montré que des agonistes sélectifs des récepteurs opioïdes delta ont des
propriétés anti-allodyniques dans des modèles de douleurs neuropathiques et inflammatoires chez la
souris (Scherrer et al., 2009), alors que les agonistes des récepteurs opioïdes mu sont peu ou pas efficace
sur l’allodynie mécanique (Miraucourt et al., 2009). Ces résultats suggèrent que les récepteurs opioïdes
delta sont spécifiquement exprimés par les mécanorécepteurs cutanés. Cependant, la nature des fibres
afférentes qui sont régulées par les agonistes des récepteurs opioïdes est controversée chez le rat.
Le projet visera spécifiquement à mesurer et à comparer les effets des agonistes mu et delta sur les
réponses induites par des stimulations mécaniques non nociceptives (statique et dynamique) dans
conditions normales et pathologiques. Nous utiliserons des approches électrophysiologiques,
neuroanatomiques et comportementales chez le rat.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : Electrophysiologie extracellulaire, neuroanatomie,
comportement
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Miraucourt LS, Dallel R, Voisin DL. Glycine Inhibitory Dysfunction Turns Touch into Pain through PKCgamma
Interneurons. PLoS ONE 2(11):e1116, 2007.
Miraucourt L, Moisset X, Dallel R, Voisin DL. Glycine inhibitory Dysfunction Induces a Selectively Dynamic,
Morphine Resistant and NK1-receptor Independent Mechanical Allodynia. J Neurosci 29:2519-27, 2009.
Normandin A, Luccarini P, Molat JL, Gendron L, Dallel R. Spinal µ and δ opioids inhibit both thermal and
mechanical pain in rats. J Neurosci 33:11703-14, 2013.
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected] (Clermont) ou
[email protected] (Limoges)
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Implication des voies de signalisation intracellulaire NGF/TrkA dans un modèle
d’arthrite chez la souris
Laboratoire d’accueil : UMR 1107 INSERM/NeuroDol et UMR 990 INSERM/Université d’Auvergne
Directeur du laboratoire : Pr JM Chezal pour l’UMR 990 et Pr A. Eschalier pour l’UMR 1107
Adresse : Faculté de Médecine-Pharmacie – 28, Place Henri Dunant - 63001 Clermont Ferrand Cedex
Tel : 04-73-17-82-30
Directeurs de stage : Drs Marchand Fabien et Miot-Noirault Elisabeth
Tel : Fabien Marchand: tel: 04-73-17-82-31 ; Elisabeth Miot-Noirault : tel : 04-73-15-08-13
e-mail : [email protected]; [email protected]
Résumé : Notre projet a pour but une meilleure compréhension des mécanismes physiopathologiques
impliqués dans la douleur associée à l’arthrite. Bien que l’étio-pathogenèse de la douleur associée à
l’arthrite reste à approfondir, le facteur neurotrophique, NGF semble être une cible intéressante, comme
semblent le montrer les nouvelles approches thérapeutiques « anti-NGF », par exemple le tanezumab,
pour le traitement symptomatique de l’arthrite. Nous proposons une étude visant à mettre en
correspondance, les symptômes douloureux et les altérations physiopathologiques articulaires à
différents stades d’évolution de la pathologie et d’étudier l’impact du NGF. Ainsi nous étudierons la
trkAC
sensibilité douloureuse associé à l’arthrite chez des souris TrkA
dont la voie de signalisation du NGF
a été génétiquement modifiée, cad que la partie intracellulaire du récepteur TrkA a été remplacé par
TrkC, comparativement aux souris sauvages. Les symptômes douloureux seront corrélés à l’évaluation
de la physiopathologie articulaire et osseuse in vivo dans un modèle d’arthrite induite par l’administration
trkAC
intra-articulaire d’adjuvant complet de Freund (CFA) chez les souris TrkA
et sauvages. Une étude
comportementale longitudinale sera réalisée à différents stades de la pathologie, afin de quantifier
l’allodynie, l’hyperalgie mecanique et thermique chez ces animaux grâce à des tests comportementaux
adaptés. La physiopathologie articulaire sera évaluée en parallèle chez les mêmes animaux par imagerie
moléculaire (imagerie de fluorescence et imagerie scintigraphique in vivo) ciblant les protéoglycanes du
cartilage, les remaniements osseux, et l’inflammation. Enfin, une étude mécanistique sera réalisée sur
prélèvements articulaires et de ganglions rachidiens de la moelle afin d’analyser spécifiquement au
niveau périphérique l’implication des voies de signalisation intracellulaire communes (i.e ERK, PI3K-Akt)
ou non aux récepteurs TrkA et TrkC dans l’effet pro-algique du NGF dans la douleur post-arthritique.
Références :
1) Seidel MF. envisagées
Control of arthritis
pain with anti-nerve-growth
factor: risk tests
and benefit.
Curr Rheumatol Rep.
2012 14(6):583-8
Méthodologies
(mots-clés)
: modèles animaux,
comportementaux
de douleur,
2) Spierings EL, Fidelholtz J, Wolfram G, Smith MD, Brown MT, West CR. A phase III placebo- and oxycodone-controlled
imagerie
in
vivo,
immunohistochimie,
western
blot,
anatomopathologie.
study of tanezumab in adults with osteoarthritis pain of the hip or knee. Pain. 2013 154(9):1603-12.
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Matricon et al. Peripheral contribution of NGF and ASIC1a to colonic hypersensitivity in a rat model of
irritable bowel syndrome. Neurogastroenterol Motil. 2013 ;25(11):e740-54.
Miot-Noirault E, et al. 99mTc-NTP 15-5 assessment of the early therapeutic response of chondrosarcoma
to zoledronic acid in the Swarm rat orthotopic model. EJNMMI Res. 2013 20;3(1):40.
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Effet du traitement par agonistes dopaminergiques, chez un modèle animal de la
maladie de Parkinson, sur le comportement de compulsion : approche comportementale et
pharmacologique.
Laboratoire d’accueil : EA7280 NPSY-Sydo
Directeur du laboratoire :F. Durif
Adresse : Faculté de Médecine, 28 Place Henri Dunant, 63000 Clermont-Ferrand
Directeur de stage : D. DARDOU et C. CHASSAIN
Tel : 04 73 17 84 55
e-mail : [email protected]
Résumé :
La maladie de Parkinson est une maladie neuro-dégénérative se manifestant par des troubles
moteurs sévères, soulagés par un apport de dopamine. Cependant, cette thérapie à base de ldopa
et d’agonistes dopaminergiques génère des troubles non moteurs chez 8 à 13 % des patients sous
traitement. Ces troubles sont décrits comme des perturbations du contrôle des comportements
impulsif et/ou compulsif (ICD) tel que le jeu pathologique, l’hypersexualité, et des compulsions
alimentaires. Des études précédentes de notre laboratoire montrent que la lésion de la SN et le
traitement chronique par le pramipexole, induisent chez les animaux une augmentation de la
compulsion mesurée par la tâche de « post training signal attenuation ». L’étude de cette
composante « compulsive » chez le rongeur parkinsonien apparait comme un modèle intéressant
pour explorer les ICD chez le modèle animal. Cependant, de nombreuses questions restent à
explorer. Le but de ce stage de M2 sera de mettre en place une approche comportementale
innovante au sein de notre laboratoire pour remplir trois objectifs principaux : explorer par
approches comportementales de rôle de la « personnalité » des animaux, déterminer les
modifications d’expression des récepteurs glutaminergiques, dopaminergique et gabaergique par
immunohistochimie au niveau cérébral pouvant expliquer l’apparition d’un comportement
compulsif et moduler pharmacologiquement les régions cérébrales impliquées pour atténuer ou
exacerber ces comportements compulsifs.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : Comportement, conditionnement opérant, lésion
cérébrale, pharmacologie, immunohistochimie
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Ouachikh et al., 2013, Differential behavioral reinforcement effects of dopamine receptor
agonists in the rat with bilateral lesion of the posterior ventral tegmental area. Behav Brain Res.;
252:24-31.
Ouachikh et al., 2014, Anterior ventral tegmental area dopaminergic neurons are not involved in
the motivational effects of bromocriptine, pramipexole and cocaine in drug-free rats. Behav
Brain Res.; 262:1-7.
Zengin-Toktas et al., 2013, Motivational properties of D2 and D3 dopamine receptors agonists
and cocaine, but not with D1 dopamine receptors agonist and L-dopa, in bilateral 6-OHDAlesioned rat. Neuropharmacology. 70:74-82.
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage :
caractérisation des déterminants biologiques et des implications fonctionnelles d’une Effets
biologiques et fonctionnels de la voie RAGE sur la fonction de clairance liquidienne alvéolaire au
inhibition de la voie de RAGE, à l’échelle tissulaire, cellulaire et moléculaire.
cours de l’agression alvéolaire aiguë
Laboratoire d’accueil : Equipe d’accueil R2D2 (Retinoids, Reproduction and Developmental Diseases) –
EA 7281 UdA
Directeur du laboratoire : Pr Vincent SAPIN
Adresse : Laboratoire de Biochimie Médicale, Faculté de Médecine, 63000 Clermont-Ferrand
Directeur de stage : Pr Jean-Michel CONSTANTIN
Tel : 04 73 75 05 01
E-mail : [email protected]
Résumé :
Le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) est une affection respiratoire fréquente (60/100000
habitants/an) dont le pronostic sombre s’accompagne d’une morbimortalité élevée (environ 30% de mortalité). L’incidence élevée du SDRA, sa mortalité attribuable élevée, ainsi que ses conséquences physiques comme
psychologiques à long terme et le coût important lié à la prise en charge hospitalière lourde font de cette pathologie
aiguë une problématique importante en réanimation.
Notre thématique actuelle, issue de travaux cliniques sur l’insuffisance respiratoire aiguë et de la ventilation mécanique (1), se focalise, dans le cadre d’un projet de recherche translationnelle, sur les implications physiopathologiques et thérapeutiques de RAGE, le récepteur des produits de glycation avancée, au cours de
l’agression alvéolaire aiguë et de sa résolution (2). En effet, RAGE semble jouer un rôle pivot dans l’inflammation cellulaire et l’activation de l’immunité innée au cours du SDRA, et une modulation de la voie RAGE pourrait
permettre d’améliorer les lésions alvéolaires. La capacité de l’épithélium alvéolaire à réabsorber le liquide d’œdème, ou clairance liquidienne alvéolaire (3), est primordiale pour la résolution du SDRA et la survie des patients. Celle-ci dépend de mécanismes actifs de transferts
transmembranaires d’ions et d’eau à travers la cellule épithéliale. L’activation de RAGE, centrale dans la réponse systémique à l’agression pulmonaire, pourrait conditionner l’adaptation des mécanismes épithéliaux de clairance
liquidienne. Nos objectifs actuels incluent l’étude des effets de la modulation RAGE sur l’amélioration de la clairance alvéolaire dans un modèle murin de SDRA incluant des animaux knock-out.
Les objectifs du stage sont :
- de disséquer, par des techniques de biologie moléculaire et cellulaire, les effets d’une activation de RAGE sur les mécanismes impliqués dans la clairance liquidienne alvéolaire en modèle animal et cellulaire : prolifération
et différenciation des cellules épithéliales, régulation de l’expression des canaux transmembranaires épithéliaux (Na+/K+/ATPase, canaux Na+, aquaporines) et de leur fonction de transfert.
- d’évaluer l’impact, en modèle expérimental murin, d’une stratégie de modulation de la voie RAGE sur ces
déterminants de la clairance alvéolaire, à l’échelle de l’ADN, de l’ARN et de la protéine.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : Modèle murin / Culture cellulaire / Immunohistochimie / Western-blot
/ rt-qPCR / Microscopie confocale
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
1.
2.
3.
Futier E, Constantin JM, Paugam-Burtz C, Pascal J, Eurin M, Neuschwander A, Marret E, Beaussier M, Gutton C,
Lefrant JY, Allaouchiche B, Verzilli D, Leone M, De Jong A, Bazin JE, Pereira B, Jaber S; IMPROVE Study Group.
A trial of intraoperative low-tidal-volume ventilation in abdominal surgery. N Engl J Med. 2013 Aug 1;369(5):42837.
Jabaudon M, Futier E, Roszyk L, Chalus E, Guerin R, Petit A, Mrozek S, Perbet S, Cayot-Constantin S, Chartier C,
Sapin V, Bazin JE, Constantin JM. Soluble form of the receptor for advanced glycation end products is a marker of
acute lung injury but not of severe sepsis in critically ill patients. Crit Care Med. 2011 Mar;39(3):480-8.
Constantin JM, Cayot-Constantin S, Roszyk L, Futier E, Sapin V, Dastugue B, Bazin JE, Rouby JJ. Response to
recruitment maneuver influences net alveolar fluid clearance in acute respiratory distress syndrome. Anesthesiology.
2007 May;106(5):944-51.
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Rôle des facteurs génétiques, microARNs et transcrits cibles, dans le maintien
de la gaine de myéline.
Laboratoire d’accueil : EA 6309 Maintenance myélinique et neuropathies périphériques
Directeur du laboratoire : Pr FUNALOT
Adresse : Faculté de Médecine, 2 avenue du Docteur Marcland, 87025 LIMOGES cedex
Directeur de stage : Sylvie BOURTHOUMIEU
Tel : 06 79 56 82 49 ou 05 55 05 86 55
e-mail : [email protected]
Résumé :
La myélinisation du système nerveux périphérique est réalisée par les cellules de Schwann qui
forment une gaine de myéline autour des axones, permettant ainsi la propagation rapide de
l’influx nerveux. Lors d’une dégénérescence axonale dite wallérienne, la cellule de Schwann est
capable de se dédifférencier et de retrouver un statut de cellule de Schwann immature. Cette
dédifférenciation est la résultante de la répression des gènes de myélinisation et de l'activation
d'autres gènes qui avaient été eux-mêmes inactivés lors de la myélinisation (Jessen et Mirsky,
2008). Un certain nombre de ces facteurs impliqués dans cette voie ont été clairement identifiés,
il s’agit entre autres de c-Jun, Sox-2, Pax-3, Egr-2/Krox-20, et Egr-3.
Récemment, il a été démontré que les microARNs représentent des facteurs génétiques
important dans la régulation de la myélinisation. Plusieurs travaux ont démontré l’importance
des microARNs dans la différenciation des cellules de Schwann, la myélinisation et la
régénération de la fibre nerveuse périphérique soit suite à des lésions (crush, section…), soit par
l’inhibition de Dicer (knock-down), enzyme clé de la maturation des microARNs.
L’objectif du travail est d’identifier les microARNs et les transcrits cibles impliqués dans la
régénération de la gaine de myéline après démyélinisation chimique d’un nerf sciatique de rat
par la LPC (lysophosphatidylcholine). Des travaux préliminaires ont montré que de nombreux
microARNs sont significativement sous-exprimés ou surexprimés après démyélinisation par la
LPC (à J5 et à J10). Une étude transcriptomique est en cours.
Méthodologies envisagées (mots-clés) :
- Identification des transcrits cibles par prédiction bioinformatique
- Confirmation des transcrits cibles par co-transfection in vitro du miARN et de la
séquence régulatrice du transcrit cloné dans un vecteur rapporteur
- Etude fonctionnelle de l’implication de ces facteurs génétiques dans le processus de
myélinisation in vitro à partir de co-cultures cellules de Schwann/Neurones. L’approche
utilisée pour cette partie dépendra des facteurs génétiques identifiés, et des voies de
signalisation mises en jeu.
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
- Richard L, Vedrenne N, Vallat JM, Funalot B. Characterization of endoneurial fibroblast-like cells
from human and rat peripheral nerveJ Histochem Cytochem. 2014 Mar 26.
- Bourthoumieu et al. Changes in expression of microRNAs in sciatic nerves following demyelination by
lysophosphatidylcholine. Soumis.
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage :
Recherche de nouveaux gènes impliqués dans la maladie de Charcot-Marie-Tooth
Laboratoire d’accueil : EA6309
Directeur du laboratoire : Pr. Benoît Funalot
Adresse : Faculté de Médecine, 6e étage, 2 rue du Dr. Marcland 87025 Limoges Cedex
Directeur de stage : Dr. Anne-Sophie LIA
Tel : 05 55 43 59 38
e-mail : [email protected]
Résumé : Ce projet concerne la recherche de nouveaux gènes impliqués dans la maladie de
Charcot-Marie-Tooth (CMT). Cette maladie neuromusculaire atteint plus spécifiquement les
nerfs périphériques. Actuellement plus de 60 gènes ont été identifiés pour être responsables soit
des formes démyélinisantes de la maladie (CMT1), soit des formes axonales (CMT2). Les
phénotypes relativement uniformes des patients CMT rend difficile l’identification du gène
impliqué chez un patient donné. Les tests génétiques classiques (Séquençage Sanger) sont
actuellement basés sur un petit nombre de gènes, supposés être les plus fréquemment mutés chez
les patients CMT (15 gènes sur les 62 connus). Afin d’améliorer ce diagnostic, nous avons
développé l’an dernier la stratégie de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) pour
tester, en une seule expérience, les 38 gènes connus à ce jour pour être responsables des formes
CMT2 de la maladie. Dans 40% des cas, nous avons trouvé les mutations responsables de
l’atteinte des patients dans des gènes qui n’étaient pas systématiquement testés par la stratégie
des arbres décisionnels (Sanger). Cela est déjà une grande avancée, mais montre que dans 60%
des cas, la mutation causale n’a pas été détectée et qu’elle est probablement sur un gène encore
non connu pour être responsable de la maladie de Charcot-Marie-Tooth. Nous disposons pour
chacun des patients « non-diagnostiqués » de leur ADN, mais également de l’ADN de leurs
parents. Afin de découvrir de nouveaux gènes impliqués dans la maladie CMT, nous proposons à
l’étudiant en M2R de réaliser les expériences de séquençage d’exomes en trio ou en duo sur une
partie des patients non-diagnostiqués. L’étudiant effectuera, lui-même, toutes les étapes
nécessaires à la réalisation du projet ; en partant de l’ADN à tester et en allant jusqu’à l’analyse
bioinformatique des variants détectés. Biologistes et bio-informaticiens l’encadreront.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : Next Generation Sequencing (NGS), Séquençage
d’exomes, Analyse Bioinformatique
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Homozygous deletion of an EGR2 enhancer in congenital amyelinating neuropathy. Funalot B et al. Ann
Neurol. 2012 May;71(5):719-23.
The various Charcot-Marie-Tooth diseases.Vallat JM et al. Curr Opin Neurol. 2013 Oct;26(5):473-80.
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected]
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage :
Mise en place d’un modèle cellulaire de la maladie de Charcot-Marie-Tooth
Laboratoire d’accueil : EA6309
Directeur du laboratoire : Pr. Benoît Funalot
Adresse : Faculté de Médecine, 6e étage, 2 rue du Dr. Marcland 87025 Limoges Cedex
Directeur de stage : Pr. Franck Sturtz
Tel : 05 55 43 59 38
E-mail : [email protected]
Résumé : Ce projet concerne la mise en place d’un modèle cellulaire de la maladie de
Charcot-Marie-Tooth (CMT). Cette maladie neuromusculaire touche plus spécifiquement les
nerfs périphériques. Actuellement plus d’une soixantaine de gènes sont connus pour être
responsables de cette maladie. Afin d’améliorer la compréhension des mécanismes moléculaires
responsables de cette neuropathie, nous mettons en place différents modèles cellulaires et
animaux. L’étudiant M2R s’interessera au gène GDAP1, dont l’allèle muté est transmis de façon
récessive chez les patients CMT. Ce gène code une protéine exprimée dans les systèmes nerveux
central et périphérique, plus spécifiquement au niveau de la membrane externe des
mitochondries. Chez nos patients porteurs de mutations récessives sur GDAP1, il a été observé,
sur leurs biopsies de nerf, des anomalies mitochondriales: petites mitochondries arrondies
agrégées à la périphérie des axones. L’étudiant de M2R tentera de reproduire cette anomalie sur
un modèle cellulaire. Des lignées cellulaires de type « neuron-like » (NSC-34, lignée de souris et
SH- SY5Y, lignée humaine) seront transfectées par un vecteur lentivirus contenant un sh-RNA
de GDAP1, afin de réprimer l’expression des allèles endogènes et reproduire ainsi le défaut d’expression de ce gène observé chez les patients GDAP1. Les modèles cellulaires ainsi créés
seront alors analysés d’un point de vue morphologique et fonctionnel grâce à la microscopie
confocale à fluorescence, la microscopie électronique et la microscopie à fluorescence
multiphotonique. Les défauts observés serviront de base à une approche thérapeutique que nous
souhaitons développer dans un deuxième temps (thèse) pour corriger ces anomalies.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : Culture cellulaire, transfection cellulaire, microscopie
(confocale à fluorescence, électronique et à fluorescence multiphotonique)
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
The various Charcot-Marie-Tooth diseases.Vallat JM et al. Curr Opin Neurol. 2013 Oct;26(5):473-80.
Two novel mutations of the calcium-sensing receptor gene affecting the same amino acid position lead to
opposite phenotypes and reveal the importance of p.N802 on receptor activity. Lia-Baldini AS et al. Eur J
Endocrinol. 2013 Jan 17;168(2):K27-34. (Exemple de modèles cellulaires établis au laboratoire)
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected]
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Régulation de l’expression de Pofut1 et de la voie de signalisation Notch, dans le
cas de cancers colorectaux et prostatiques.
Laboratoire d’accueil : Unité de Génétique Moléculaire Animale, UMR INRA 1061 et
Laboratoire de Chimie des Substances Naturelles, EA 1069, Université de Limoges
Directeur du laboratoire : Pr. Abderrahman MAFTAH / Pr. Vincent SOL
Adresse : Bâtiment K, FST, 123 avenue A. Thomas 87060 LIMOGES cedex / Faculté de
Pharmacie, 2 rue du Dr. R. Marcland 87025 LIMOGES cedex
Directeur de stage : Dr. Agnès GERMOT – Dr. Bertrand LIAGRE
Tel : 05 55 45 76 57 / 05 55 43 58 39
e-mail : [email protected] / [email protected]
Résumé :
La protéine O-fucosyltransférase 1 (Pofut1) est responsable du greffage d’un fucose sur certains domaines EGF-like. Ceux-ci sont particulièrement présents dans la partie extracellulaire de
protéines membranaires comme le récepteur Notch et dans des protéines sécrétées comme les
facteurs de coagulation sanguine. Si plus d’une centaine de protéines de mammifères possèdent des motifs O-fucosylables, seule une quinzaine a été caractérisée comme réellement Ofucosylée. Pofut1 s’avère cependant indispensable au développement de l’organisme puisque les souris KO meurent à E10 avec de profonds défauts de somitogenèse, cardiogenèse,
neurogenèse,... comparables aux phénotypes de souris déficientes dans l’activation de la voie de
Notch. Récemment, nous avons montré que le knock-down de Pofut1 dans la lignée
myoblastique C2C12 induisait une différenciation myogénique précoce, liée à une moindre
activation de la voie de Notch. Plusieurs autres travaux montrent que Pofut1 est sur-exprimé en
cas de cancers : gliomes (Kroes et al., 2007), leucémies (Mackinnon et al., 2010), cancer du
colon (Loo et al., 2013), cancer oral (Yokota et al., 2013). Cette sur-expression impacterait le
processus de prolifération cellulaire. Notre projet vise à caractériser le niveau d’expression de Pofut1 et l’activation de la voie de Notch dans le contexte des lignées cancéreuses humaines,
HT-29 et HCT-116 (cancer colorectal), DU145 et PC-3 (cancer de la prostate). Les
conséquences d’une inhibition de l’expression de Pofut1 par ARN interférence (shRNA,
miRNA) seront évaluées sur la prolifération et l’apoptose des lignées cancéreuses étudiées.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : Culture cellulaire, RT-PCR quantitative, Western-blot,
interférence ARN, test de prolifération, fragmentation d’ADN
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
1. The P2Y2/Src/p38/COX-2 pathway is involved in the resistance to ursolic acid-induced apoptosis in colorectal
and prostate cancer cells Limami Y, Pinon A, Leger DY, Pinault E, Delage C, Beneytout JL, Simon A, Liagre B.
Biochimie. 2012 Aug;94(8):1754-63.
2. Novel methylsulfonyl chalcones as potential antiproliferative drugs for human prostate cancer: involvement of
the intrinsic pathway of apoptosis. Ismail B, Ghezali L, Gueye R, Limami Y, Pouget C, Leger DY, Martin F,
Beneytout JL, Duroux JL, Diab-Assaf M, Fagnere C, Liagre B. Int J Oncol. 2013 Oct;43(4):1160-8.
3. Protein O-fucosyltransferase 1 impacts myogenic C2C12 cell commitment via Notch signaling pathway.
Der Vartanian A, Audfray A, Al Jaam B, Janot M, Legardinier S, Maftah A, Germot A. Soumis à Mol. Cell Biol.
Fiche à retourner à l’adresse suivante : [email protected]
Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage :
Etude de l'implication des Siglecs dans le processus myogénique
Laboratoire d’accueil : UMR 1061 Génétique Moléculaire Animale
Directeur du laboratoire : Pr. A. MAFTAH
Adresse : Faculté des Sciences et Techniques, 123 avenue Albert Thomas ; 87060 Limoges
Cedex
Directeurs de stage : Dr. Paul, François Gallet – Pr. Jean-Michel PETIT
Tel : 05 55 45 76 54 - 05 55 45 76 71
e-mail : [email protected] ; [email protected]
Résumé :
Au sein de l'Unité, plusieurs projets d'étude visent à mettre en relation des processus de
glycosylation avec le processus de différenciation myogénique. Ces travaux s'appuient sur la
lignée cellulaire murine C2C12, ainsi que sur des cellules satellites murines pour la mise en
évidence de l'implication de gènes liés à la glycosylation, dans le processus de différenciation
de la cellule musculaire.
Des travaux récents ont mis en évidence une modification d'expression de gènes codant
des sialyltransférases, ainsi qu'une modification de la sialylation périphérique des cellules
C2C12 induites à se différencier en myotubes. Une étude cinétique de la structure des motifs
glycanniques, par spectrométrie de masse, a également confirmé la modification de la
sialylation des motifs glycanniques de la surface cellulaire.
L'objectif du stage de master est de corréler les étapes de la différenciation myogénique
à la présence de motifs glycanniques sialylés reconnus par des lectines spécifiques, les Siglecs.
Pour cela, une étude exhaustive des niveaux d'expression des gènes codant les Siglecs sera
réalisée lors de la myogenèse. Les isoformes exprimées dans la cellule musculaire seront
identifiés. Une analyse fonctionnelle par sous expression sera accomplie afin d'appréhender
l'incidence de ces lectines sur les mécanismes de fusion cellulaire conduisant aux myotubes.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : Culture cellulaire ; Extraction d'ARN ; RT-PCR en temps réel ;
RACE-PCR ; shRNA ;- Western Blot
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
- Laporte, B.,_Gonzalez-Hilarion, S., Maftah, A., Petit, J.M. (2009) Glycobiology 19, 1082-1093.
- Janot, M., Audfray, A., Loriol, C., Germot, A., Maftah, A. & Dupuy, F. (2009). BMC Genomics, 10: 483.
- Martin, R., Chantepie, S., Chapuis, J., Le-Duc, A., Maftah, A.,Papy-Garcia, D., Laude, H., Petit, J.M., Gallet,
P.F.(2011) Biochem. Biophys. Res. Comm. 414, 587-591.
- Laporte B, Petit D, Rocha D, Boussaha M, Grohs C, Maftah A, Petit JM. BMC Genet. (2012), 13:74
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Etudes moléculaires et biochimiques des domaines anti-protéasiques des
protéines murines GASP-1 et GASP-2
Laboratoire d’accueil : Unité de Génétique Moléculaire Animale, UMR INRA 1061
Directeur du laboratoire : Pr. Abderrahman MAFTAH
Adresse : Bâtiment K, FST, 123 avenue A. Thomas 87060 LIMOGES cedex
Directeur de stage : Dr. Patrick Pélissier
Tel : 05 55 45 75 34
e-mail : [email protected]
Résumé :
GASP-1 et son paralogue GASP-2 (Growth and differentiation factor associated serum protein-1
et -2) sont des protéines multidomaines appartenant à la famille des inhibiteurs de protéases par
leur structure. A ce jour, la majorité des études portant sur ces deux protéines concernent leur
rôle au cours du développement musculaire par inhibition de la myostatine, et non sur leur rôle
potentiel d’inhibiteur de protéases. Or, bien que présentes dans la base de données MEROPS, les
protéines GASPs sont classées dans la catégorie des inhibiteurs putatifs. En effet, il n’a jamais
été démontré l’existence d’une activité inhibitrice de protéases des protéines entières. Notre
équipe s’est récemment intéressée à la recherche d’activités anti-protéasiques liées aux protéines
GASPs. Des résultats préliminaires montrent que GASP-1, protéine sécrétée et glycosylée,
possède une activité inhibitrice sur la trypsine dépendante de son niveau de glycosylation.
L’inhibition de la trypsine semble être spécifique de GASP-1. En effet, et de façon surprenante,
GASP-2 non seulement n’inhibe pas la trypsine mais permettrait de moduler son activité
peptidase. Afin d’aller plus loin dans ces études, le projet proposé vise d’une part à caractériser
plus en détail l’inhibition de la trypsine en calculant les constantes d’inhibition spécifiques des
différentes protéines, à mener un travail de mutagénèse dirigée au niveau des sites réactifs des
différents domaines afin d’identifier les modules responsables des différentes activités
inhibitrices de protéases et d’autre part, d’affiner le crible d’inhibition de protéase en testant par
exemple des protéases trypsine-like mais surtout celles qui correspondent aux domaines
d’expression des protéines GASPs (Matrix Metalloprotéases par exemple).
Méthodologies envisagées (mots-clés) : Production de protéines recombinantes et purification
par le système ÄKTA. Mesure d’activités anti-protéasiques. Mutagenèse dirigée.
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Brun, C., Monestier, O., Legardinier, S., Maftah, A., and Blanquet, V. (2012). Murine GASP-1 N-glycosylation is
not essential for its activity on C2C12 myogenic cells but alters its secretion. Cellular physiology and biochemistry :
international journal of experimental cellular physiology, biochemistry, and pharmacology 30, 791-804.
Monestier, O., Brun, C., Cocquempot, O., Petit, D., and Blanquet, V. (2012). GASP/WFIKKN proteins:
evolutionary aspects of their functions. PloS one 7, e43710.
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage :
Régulation de l'expression de gènes de transposases impliqués dans la dissémination des
résistances aux antibiotiques
Laboratoire d’accueil : UMR Inserm 1092
Anti-infectieux: Supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques
Directeur du laboratoire : Pr Marie-Cécile Ploy
Adresse : Faculté de médecine de Limoges. 2 rue du Dr Marcland 8700 Limoges
Directeur de stage : Dr Thomas Jové
Tel : 05 55 43 59 74
e-mail : [email protected]
Résumé :
Au sein du monde bactérien, les ISCR constituent une famille récemment décrite de séquences
d'insertion (IS), éléments génétiques qui peuvent être mobilisés grâce à une enzyme, la
transposase, codée par l'IS. Une vingtaine de variants de ISCR ont été identifiés à ce jour sur la
base de la séquence de leur transposase RCR. La forme la plus répandue, ISCR1, est
systématiquement associée à une combinaison variable de gènes de résistance aux antibiotiques,
pour la transcription desquels ISCR1 fournit un promoteur fonctionnel. Bien que cela n'ait
jamais été démontré expérimentalement, il a été proposé que les éléments ISCR constituent un
système d'expression et de dissémination de gènes de résistance.
Le gène rcr1 codant la transposase RCR1 présente un promoteur conservé ainsi qu'un site
potentiel de liaison pour la protéine LexA, un régulateur de la réponse SOS bactérienne impliqué
dans l’induction de l'expression de gènes en réponse à différents stress dont le stress
antibiotique.
Des études préliminaires menées in vitro au laboratoire ont montré que l'expression de rcr1 était
spécifiquement et directement régulée par la protéine LexA. Le sujet proposé comprendra 3
volets : 1) caractériser précisément le promoteur du gène rcr1, 2) identifier les autres régulations
potentielles influençant l'expression de rcr1 in vitro et in vivo (modèle de biofilms), 3) étendre
l’analyse à d'autres membres de la famille des ISCR pour lesquelles un site LexA potentiel a été
repéré après analyse des séquences.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : clonages, 5'RACE, PCR, qPCR, essais β-galactosidase
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Guérin E, Cambray G, Sanchez-Alberola N, Campoy S., Erill I, Da Re S, Gonzalez-Zorn B,
Barbe J, Ploy MC, Mazel D
"The SOS response controls integron recombination."
Science. 2009 May 22;324(5930):1034.
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Master 2 « Génétique et Physiologie Recherche »
Proposition de stage pour l’année universitaire 2014-15
Titre du stage : Modélisation expérimentale des lymphoproliférations malignes humaines
Laboratoire d’accueil : Contrôle de la Réponse Immune B et Lymphoproliférations, UMR CNRS 7276
Directeur du laboratoire : Pr. M. Cogné
Adresse : Faculté de Médecine - 2, rue Marcland, 87025 Limoges Cédex
Directeur de stage : Pr. M. Cogné
Tel : 33 (0) 555 435 848
e-mail : [email protected]
Résumé :
Les lymphomes sont en Europe au 6ème rang des cancers. Le lymphome folliculaire se développe aux
dépens des lymphocytes B du centre germinatif et représente 25% des lymphomes. Dans cette pathologie,
les interactions TFH/B sont cruciales, en contact étroit avec un réseau spécifique de cellules stromales
lymphoïdes, offrant un modèle d’étude des interactions cellulaires au cours de la lymphomogenèse.
Les lymphocytes TFH récemment été mis en évidence dans les follicules B des organes lymphoïdes
secondaires sont caractérisés par l’expression du récepteur CXCR5. Ils partagent des critères
phénotypiques avec les autres lignages T et pourraient donc provenir de la conversion de cellules
effectrices d’autres lignages ayant acquis les fonctions TFH lors de leurs interactions avec les cellules B. A
ce jour, les mécanismes moléculaires précis de différenciation, fonction et survie de ces cellules TFH
restent mal connus, surtout quant à la nature des signaux qui leur sont donnés par les différentes souspopulations de cellules B recrutées au sein du GC ou B mémoires qui naissent dans le GC. Nous
développerons des modèles murins permettant l’étude des mécanismes moléculaires précoces de la
lymphomagénèse et vérifierons comment la modification du phénotype de la lignée B peut influer sur
celui de la lignée T et inversement. Dans ce but des modèles murins transgéniques mis au point dans
notre laboratoire seront utilisés. Ces modèles permettent soit de changer de façon forcée la classe du
BCR, d’IgM vers IgG ou IgA, ou encore de reproduire dans la lignée B la surexpression de l’oncogène
bcl2, qui induit une résistance à l’apoptose et qui est connue comme une mutation « driver » du
lymphome folliculaire. Ce travail sera mené dans le cadre d’un projet financé par l’INCa, et qui lie notre
laboratoire avec d’autres laboratoires français apportant une expertise vis-à-vis des cellules T et des
cellules stromales.
Méthodologies envisagées (mots-clés) : construction de vecteurs / transgenèse / cytométrie en flux /
immunologie cellulaire
Publications du laboratoire sur le thème proposé (3 max.)
Duchez S, et al. Premature expression of α Ig heavy chains delays B cell differentiation and promotes plasma cell
maturation but not mucosal homing;. Proc Natl Acad Sci USA. 2010: 107: 3064-9
Fiancette R, et al. A p53 Defect Sensitizes Various Stages of B Cell Development to Lymphomagenesis in Mice
Carrying an IgH 3' Regulatory Region-Driven c-myc Transgene. J Immunol. 2011;18: 5772-82.
Amin R, et al. Deletion of the α Ig chain membrane-anchoring region reduces but does not abolish IgA secretion.
Immunology. 2012 Jan 17 doi: 10.1111/j.1365-2567.2012.03557
Pascal V, et al. An in vitro and in vivo evaluation of anti-CD20 chimeric antibodies shows the IgA-class to surpass
IgG for direct effect on target cells but not cytotoxic effector recruitment. Haematologica 2012, 97:1686-94
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