Ingénieur(e) en calcul scientifique

Offre de mobilité – Ingénieurs et techniciens
Ingénieur(e) en calcul scientifique
Profil de poste
Corps
Ingénieur d’études
BAP
Informatique, Statistique et Calcul Scientifique
Spécialité
Calcul scientifique
Affectation
U 830 Unité de génétique et biologie des cancers
Missions
L’ingénieur devra mettre en œuvre des méthodes dédiées à l’analyse numérique. Il utilisera,
développera et implémentera des outils bioinformatiques et statistiques facilitant l’exploitation
des données transcriptomiques et génomiques complexes générées par le laboratoire ou
accessible dans les bases de données publiques. Il mettra en œuvre des méthodes dédiées à
l’analyse et à l’exploitation de ces types de données variées. Il disposera d’une expérience
dans l’analyse de données RNA-Seq et des approches single-cell. Il améliorera les différents
algorithmes développés au sein de l’unité permettant l’automatisation des analyses d’images
de diverses natures (IHC, time-laps imaging on live-cell).
Activités
principales
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
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Développer des outils d’aide à l’analyse et à la visualisation de grand volume de données
issues de transcriptomes (microarrays) et de technologies NGS.
Assurer l’analyse statistique des données « omiques » (transcriptomiques, métabolomique,
protéomiques,…) générées par le laboratoire.
Assurer la veille technologique et scientifique des nouvelles méthodes et outils en
bioinformatique / statistique
Réaliser les analyses statistiques des différentes études et projets développées au sein de
l’unité.
Comprendre et à améliorer les différents algorithmes développés au sein de l’équipe
permettant l’automatisation des analyses d’images de diverses natures (IHC, time-laps
imaging on live-cell).
Présenter et communiquer les résultats en réunion, séminaires et sous forme d’articles
Activités
associées

Participer à la formation des personnels de l’unité sur les nouveaux outils informatiques
disponibles
Connaissances
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Bonne connaissances en biologie
Compétences et expériences en analyse de données transcriptomiques
Compétences et expériences en analyse de données NGS (RNA-Seq, ChiP-Seq)
Bonne maîtrise et expérience significative du langage R et des librairies associés
(Bioconductor)
Connaissance en statistique : statistiques descriptives, inférentielles (test d’hypothèses),
méthodes univariées et multivariées, analyse de survie, méthodes d’apprentissage
Bonne notions de programmation (C, Python, R…)
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Savoir-faire
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
Connaissance des principales bases de données publiques et des plateformes
d’intégration de données (TCGA, cBioPortal,…)
Maitrise de R et de Bioconductor
Connaissance d’au moins un language de script (Python) et Bash
Savoir utiliser l’environnement Linux/Unix et un cluster de calcul
Institut national de la santé et de la recherche médicale
[Emploi-type]
Aptitudes
Spécificité(s) /
Contrainte(s)
du poste

-Compétences en statistiques (tests d’hypothèses, PCA, clustering)

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Curiosité scientifique,
Rigueur dans le travail,
Bonne compréhension des problématiques biologiques,
Aptitude à travailler en équipe et sur de multiples projets.
Travail sur écran
Expérience
souhaitée

Une expérience dans l’analyse de données transcriptomiques et génomiques (microarray,
RNA-Seq) constituera un avantage. Une connaissance approfondie de la biologie des
cancers sera considérée comme un atout supplémentaire pour le candidat.
Diplôme(s)
souhaité(s)

M2 ou équivalent en Bioinformatique, double compétence Biologie-Informatique
Structure d’accueil
Code unité
U 830
Intitulé
Unité de génétique et biologie des cancers
Responsable
Olivier Delattre
Tél.
01 56 24 66 81
Email
[email protected]
Localisation
Institut Curie Paris
Adresse
Centre de recherche de l’institut Curie 26 rue d’Ulm
Ville
Paris 5éme
Pays
France
DR
DR Paris 12
Contact
Nom et prénom
Delattre Olivier
Tél.
01 56 24 66 81
Email
[email protected]
Institut national de la santé et de la recherche médicale
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