TUTORAT UE1 2010-2011 – Génome

FACULTE
de
PHARMACIE
TUTORAT UE1 2010-2011 – Génome
Séance n°8 – Semaine du 22/11/2010
Biochimie structurale et métabolique des acides nucléiques
Mutabilité et réparation de l’ADN - La réplication
S. Mary, E. Badia, S. Delbecq
Séance préparée par Julien Monier, Marine Louat et Thomas Lettry (ATP)
QCM n°1 : Dans une chaîne polynucléotidique, quelle(s) est (sont) la (ou les)
proposition(s) exacte(s) ?
a)
b)
c)
d)
Les bases sont unies à de l’acide phosphorique par des réactions d’estérification.
Les bases sont unies à du ribose ou à du désoxyribose par des liaisons « O-osidique ».
Chaque base est liée à un pentose par l’intermédiaire d’une molécule d’acide phosphorique.
La liaison de l’ose à la base, se fait entre le carbone anomérique et le carbone 1 d’une base
pyrimidique.
e) Deux nucléotides qui se suivent sont reliés entre eux par une liaison 3’-5’ phosphodiester.
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
NH2
QCM n°2: Concernant le composé ci-contre (et sa numérotation),
quelle(s) est (sont) la (ou les) proposition(s) exacte(s) ?
4
3N
5
N
9
8
2
6 N7
Cette structure dérive du noyau purine.
N
1
H
La numérotation du noyau dont dérive cette formule est correcte.
Sans tenir compte de la numérotation, on peut affirmer qu’il s’agit de l’adénine.
Sans tenir compte de la numérotation, ce composé pourra s’apparier avec la thymine : il
y aura alors établissement d’une liaison hydrogène entre l’azote 1 et un hydrogène porté
par l’azote N3 de la thymine
e) Par désamination lente de ce composé, on obtient l’hypoxanthine.
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
a)
b)
c)
d)
QCM n°3: Concernant les généralités sur l’ADN, quelle(s) est (sont) la (ou les)
proposition(s) exacte(s) ?
a) La forme A est la forme naturelle dans les conditions physiologiques.
b) La configuration spatiale des bases dans une double hélice d’ADN diminue l’absorption
de celles-ci dans l’UV, on parle d’effet hyperchrome.
c) En solution et à la température de 100°C l’ADN e st totalement hydrolysé.
d) La température de fusion (Tm) correspond à la séparation de la moitié des bases
constituant une molécule d’ADN double brin.
e) La dénaturation est un phénomène irréversible.
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
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QCM n°4: Concernant les généralités sur les ARN, quelle(s) est (sont) la (ou les)
proposition(s) exacte(s) ?
a) La thymosine de l’ADN est remplacée par l’uracile.
b) Les ARNt constituent 10 à 20 % des ARN, ils ont une structure secondaire en « trèfle » et
sont transcrits par l’ARN polymérase II.
c) Les acides aminés sont reliés aux ARNt par des liaisons de type ester.
d) L’inosine est un nucléoside souvent retrouvé dans les ARNt au niveau de la première
base de l’anticodon, elle est notamment impliquée dans les appariements Wobble.
e) La Cap est une structure particulière se retrouvant à l’extrémité 5’ des molécules d’ARNr
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM n°5: Concernant le métabolisme des acides nucléiques, quelle(s) est (sont) la (ou
les) proposition(s) exacte(s) ?
a) Le ribose 5P provient de la voie des pentoses phosphates.
b) L'obtention du 5-phosphoribosyl 1-amine, lorsqu’elle est considérée à partir du ribose 5P fait
intervenir une molécule d'ATP est une glutamine.
c) L’hypoxanthine est construite sur le NH2 de la phosphoribosylamine après 10 réactions.
d) Les 4 atomes d’azote présents dans les noyaux purines proviennent d'un total de 4 acides
aminés.
e) La formation d'AMP utilise une molécule d’Asn et libère une molécule de fumarate
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses
QCM n°6: Concernant le métabolisme des acides nucléiques, quelle(s) est (sont) la (ou
les) proposition(s) exacte(s) ?
a) La formation de GMP, lorsqu’elle est considérée à partir de l'inosinate, utilise uniquement de
la glutamine et de l’ATP
b) Lors de la formation d'une base purique, la base se forme librement puis se fixe a l'ose.
c) Lors de la formation d'UMP, l'enzyme CAD multifonctionnelle est responsable de la libération
de Glutamate et d'eau
d) Les deux atomes d'azote présents sur les cycles pyrimidiques proviennent tout deux de l'Asp
e) Le methotrexate est un substrat suicide de la Thymidylate synthase
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM n°7: Concernant le mécanisme de réparation de l’ADN, quelle(s) est (sont) la (ou
les) proposition(s) exacte(s) ?
a) Un dimère de thymine contient un cyclobutane.
b) La DNA polymérase I peut, lors de la réplication, reculer de 3’ vers 5’ sur le brin et retirer un
mauvais nucléotide
c) Lors de la réparation d'un mésappariement, la reconnaissance du brin néoformé est possible
pendant un certains laps de temps seulement
d) MUTL fait le lien entre MUTS (qui reconnait et se lie au mésappariement) et MUTH (qui
reconnait un site GATC hémiméthylé).
e) Les dimères de thymine apparaissent majoritairement sous action de rayonnements ionisants
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
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QCM n°8: Concernant le mécanisme de réparation de l’ADN, quelle(s) est (sont) la (ou
les) proposition(s) exacte(s) ?
a) Les glycosylases sont spécifiques des bases puriques
b) La présence d'un site AP favorise l'intervention d'une réparation par excision de base
c) La Flap endonucléase est une enzyme intervenant lors de la réparation BER lorsque la
brèche est courte
d) Le mécanisme de réparation par excision de nucléotide est automatiquement couplé à la
transcription
e) Dans une réparation de type NHEJ, l'intervention du complexe DNA-PK permet de rendre les
extrémités compatibles pour la ligature
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM n°9: Concernant les enzymes de la réplication de l’ADN, quelle(s) est (sont) la (ou
les) proposition(s) exacte(s) ?
a)
b)
c)
d)
La primase est une ADN polymérase chargée de la synthèse des amorces.
L’ADN polymérase I synthétise la totalité des fragments d’Okazaki dans le sens 5’3’
La ligase permet de relier de manière covalente les fragments d’Okazaki entre eux.
Les protéines de fixation au brin monocaténaire permettent d’éviter le ré-appariement
immédiat des brins d’ADN.
e) L’hélicase se déplace le long de l’ADN et permet son ré-enroulement une fois la réplication finie.
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM n°10: Concernant la réplication de l’ADN, quelle(s) est (sont) la (ou les)
proposition(s) exacte(s) ?
a) Chez les eucaryotes comme chez les procaryotes, il y a une seule origine de réplication par
chromosome à partir de laquelle se forment les fourches de réplication.
b) Les deux ADN polymérases III fonctionnent de concert au sein d’un même complexe de
réplication : le primosome.
c) Les ADN polymérases III se déplacent dans le sens 5’3’ du brin modèle (= matrice).
d) Les substrats de la réplication sont des nucléosides triphosphates.
e) La télomérase est un complexe enzymatique portant sa propre matrice ADN, permettant la
réplication des séquences aux extrémités des chromosomes eucaryotes : les télomères.
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM n°10: Concernant la réplication de l’ADN, quelle(s) est (sont) la (ou les)
proposition(s) exacte(s) ?
a)
b)
c)
d)
Le rattachement des fragments d’Okazaki entre eux consomme de l’ATP.
Lors de la réplication, les tétramères H3-H4 des nucléosomes sont répartis entre les brins fils.
Chez les eucaryotes, le clamp β est lié à la polymérase III et permet son maintien sur l’ADN.
La réplication de l’ADN se fait suivant un modèle semi-conservatif mis en évidence par
l’expérience de Meselson et Stahl.
e) La polymérisation de l’ADN nécessite la mise en présence d’ions magnésium.
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM n°12 : La réplication d’un chromosome chez E.coli :
a)
b)
c)
d)
e)
f)
Il n’existe qu’une seule origine de réplication OriC par chromosome.
La vitesse de réplication est inférieure à celle observée chez les eucaryotes.
Des protéines SSB stabilisent les brins néoformés.
Des topoisomérases peuvent diminuer le superenroulement.
Pol III synthétise des fragments d’Okazaki de 100 à 200 pb.
Toutes les propositions précédentes sont fausses.
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QCM bonus n°1 : La forme B de l’ADN :
a)
b)
c)
d)
e)
f)
Est la forme la plus répandue.
Est accessible aux facteurs de transcription.
Se retrouve en particulier dans des milieux déshydratés.
Est associée à une conformation des nucléosides C2’ endo/anti.
Correspond à une double hélice de pas gauche, dans laquelle les bases azotées forment le
squelette interne.
Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM bonus n°2 : Quelle(s) est (sont) la (ou les) propositions(s) exactes(s) concernant le
système de réparation des mésappariements post-réplicatifs ?
a)
b)
c)
d)
e)
f)
La Dam-méthylase méthyle l’oxygène lié au C6 des guanines des motifs GATC.
La Dam-méthylase est une enzyme très conservée et se retrouve chez les eucaryotes.
Chez les procaryotes, les motifs GATC des brins néoformés sont méthylés avec un certain retard.
MutH se fixe sur un motif GATC hémi-méthylé.
MutS et MutL sont en contact direct via des sites d’interaction protéine-protéine.
Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM bonus n°3 : La réplication chez les eucaryotes :
a)
b)
c)
d)
e)
f)
La télomérase est une rétro-transcriptase.
Le brin avancé est synthétisé par Pol α.
La phosphorylation de ORC est nécessaire à sa fixation sur l’origine de réplication.
ORC permet le recrutement d’un complexe de pré-initiation en phase G1.
Le brin retardé est dénué de nucléosomes et doit par conséquent être restructuré de novo.
Toutes les propositions précédentes sont fausses.
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