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Fig.2: sensibilité aux
antibiotiques
Résumé :
Ce projet avait pour but d’identifier certains ORFans dont l’expression inhibe la croissance bactérienne
et de déterminer leurs cibles moléculaires.
Différents tests ont été faits : la sensibilité aux antibiotiques, la sensibilité aux dommages à l’ADN, la
sensibilité aux UV-C et la capacité à pousser en milieu minimum, Mac Conkey et à différentes
températures.
L’expression des gènes nrdC.11 (YG2) et 30.2 (YG3) à un niveau non toxique affecte le métabolisme
de la bactérie. L’expression de ces deux gène est toxique à haut niveau, par contre, YG3 est plus
sensible à la température. Ces tests permettent de mieux appréhender le fonctionnement de la toxicité
de ces gènes. Ainsi, il serait possible de développer de nouveaux agents antibactériens.
Introduction :
Alors que le nombre des génomes séquencés augmente, il est frappant que de nombreux gènes
prédits bioinformatiquement codent pour des protéines sans homologie avec les protéines connue.
Ces gènes orphelins, appelés ORFans, sont particulièrement abondants dans les génomes des
phages, les virus qui infectent des bactéries. Les phages sont les organismes les plus abondants sur
terre, leurs ORFans représente donc un gigantesque réservoir de matériel génétique ni décrit, ni
exploité que l’on a appelé la “matière noire du vivant”.
Le phage T4 est l’archétype d’une large famille de phages caractérisée par une morphologie
commune et par un ensemble conservé de gènes structuraux et de réplication. En plus de ces gènes
« centraux », les génomes des phages de la famille de T4 contiennent de nombreux ORFans qui sont
souvent conservés.
En utilisant 2 ORFans, connus pour être partiellement toxiques pour les bactéries, nous cherchons
une hypersensibilité à différents antibiotiques et agents endommageant l’ADN, ainsi qu’à des
conditions peu favorables à la croissance, afin d’identifier quelle voie métabolique de la bactérie est
potentiellement touchée par l’expression de l’ORFan.
Matériel et méthodes :
Les souches de bactéries utilisées sont des Escherichia coli BW25113
dans lesquelles a été transformé un plasmide nommé pBAD101
contenant ou non les gènes orphelins nrdC.11 (YG2) ou 30.2 (YG3). La
surexpression des gènes a ensuite été induite grâce à l’arabinose, un
sucre qui favorise la transcription depuis le promoteur PBAD du
plasmide.
• Sensibilité aux antibiotiques et aux dommages à l’ADN: 12,5
µl de bactéries ont été mélangés à un top LB (0,75% agar + arabinose +
antibiotique) puis coulés sur une boîte LB agar (1.5% agar + arabinose +
antibiotique). Des pastilles contenant les différents antibiotiques à tester et
agents nocifs ont ensuite été déposés sur le top et les boîtes ont été
mises à 37°C. La zone d’inhibition (de la croissance bactérienne) a été
mesurée après 5 heures et après 16 heures. [1]
Fig.1: Plasmide pBAD101
contenant le gène nrdC.11