Gestion de la contrainte topologique de l`ADN

Gestion(de(la(contrainte(topologique(de(l'ADN(surenroulé(dans(des(
simulations(de(Monte9Carlo(
(
Thibault(Lepage(
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La!structure!spatiale!de!l'adn!est!fortement!affectée!par!le!surenroulement.!Lorsqu'il!est!!
surenroulé,!l'ADN!circulaire!(ou!linéaire!et!contraint!topologiquement!aux!extrémités)!se!replie!
et!forme!des!boucles!appelées!plectonèmes,!rapprochant!dans!l'espace!des!régions!éloignées!
du!chromosome,!perturbant!ainsi!le!réseau!de!régulation!de!la!transcription!de!la!cellule.!Les!
chromosomes!bactériens!sont!surenroulés!négativement!et!ce!surenroulement!est!connu!pour!
jouer!un!rôle!important!dans!la!régulation!de!la!transcription.!Cependant,!à!cause!de!la!nature!
globale!de!la!contrainte!topologique!imposée!à!l'ADN,!les!méthodes!de!MonteGCarlo!actuelles!
ne!sont!capables!de!simuler!que!de!petites!molécules!(jusqu'à!quelques!milliers!de!paires!de!
bases,!kb).!Je!présenterai!un!nouvel!algorithme!utilisé!pour!réaliser!des!simulations!de!MonteG
Carlo!d'ADN!surenroulé,!basé!sur!une!approche!locale!de!la!contrainte!topologique,!via!le!calcul!
du!twist!de!la!molécule.!Cet!algorithme!a!été!utilisé!pour!réaliser!des!simulations!de!longues!
molécules!(plusieurs!dizaines!de!kb)!et!apporter!un!nouvel!éclairage!sur!des!questions!encore!
débattues!à!propos!de!la!structure!de!l'ADN!surenroulé!à!cette!échelle.!
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