Offre de Stage Distribution Oiseaux avec des données

Offre de Stage :
Utilisation des bases de données opportunistes pour mettre à jour la
répartition des oiseaux nicheurs
Niveau : Master 2
Profil : Biostatistiques, Sciences de l’environnement, Ecologie.
Durée : 5-6 mois
Période : printemps-été 2017
Lieu, service d’accueil : Service du Patrimoine Naturel, Muséum national d’Histoire naturelle,
Paris 5
e
Encadrement : Jacques Comolet-Tirman (SPN, pôle espèces)
Co-encadrants : Gwenaël Quaintenne (LPO), Isabelle Witté (SPN).
Partenaires : Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO), laboratoire CESCO du MNHN
Condition : indemnités de stage
Contexte :
La distribution des oiseaux nicheurs et l’évolution de cette distribution doivent être rapportés tous les six
ans auprès de la commission européenne afin d’évaluer le statut de conservation des espèces dans le
cadre de la Directive Oiseaux. Le premier rapportage 2008-2012 a bénéficié de la réalisation simultanée
de l’atlas des oiseaux de France métropolitaine récemment publié (http://www.atlas-ornitho.fr/). Cela
représente un effort important consenti par les ornithologues de terrain, pour quadriller la France selon le
maillage de 10 x 10 km. Il n’est pas envisageable de renouveler cet effort structuré tous les six ans.
Parallèlement à cette démarche d’atlas, de nombreuses observations naturalistes « opportunistes »
(c’est-à-dire sans plan d’échantillonnage ni protocole prédéfini) sont renseignées dans des bases de
données participatives. VisioNature en particulier, développé par la LPO, est un outil web de saisie de
données naturalistes qui permet à un groupe d'observateurs d’échanger leurs observations au travers de
bases de données en réseau. Certains sites fonctionnent depuis plusieurs années et plusieurs millions de
données sur les oiseaux nicheurs sont disponibles dans ce système. Un processus de validation des
données existe, les contributeurs peuvent d’ailleurs y participer.
Le MNHN est en charge de la coordination scientifique de l’Inventaire du patrimoine naturel et
du rapportage pour la Directive Oiseaux. La LPO est un partenaire référent pour la connaissance
de l’avifaune et le promoteur des bases de données participatives Visionature.
L’enjeu du stage porte sur les questions suivantes :
• Quelles règles méthodologiques pour actualiser les distributions d’espèces de l’atlas
2009-2012 ?

• Comment prendre en compte l’effort de prospection dans les données opportunistes,
pour identifier les vraies absences et les distinguer des déficits de prospections ?
• À partir des deux points précédents, identifier les « vraies » évolutions de répartition,
en particulier sur les limites de répartition ?
Compétences particulières requises :
Ce stage est concentré sur de la méthodologie et de l’analyse de grandes bases données. Il
requiert un stagiaire déjà efficient en manipulation de données appliquée à de la biogéographie.
- Compétences et intérêt pour la manipulation de données et les analyses de données;
- Expérience des logiciels R, Excel et du SIG ;
- Connaissances ou intérêt pour l’ornithologie et les réseaux naturalistes ;
- Rigueur, autonomie et sens de l’initiative ;
- Qualité de rédaction scientifique.
Objet détaillé du stage :
À partir de la base de données de l’atlas des Oiseaux nicheurs (2009-2012) et des données
opportunistes disponibles relatives aux oiseaux nicheurs (base VisioNature et éventuelles autres
bases disponibles), l’étudiant devra concevoir et réaliser :
• À partir de la bibliographie et de la structure des données, définir un ou des indices de
pression d’inventaire pour les données opportunistes, si possible en cohérence avec les
indices utilisés pour l’atlas des oiseaux nicheurs ;
• Les appliquer au jeu de données opportunistes pour identifier le niveau de connaissance
de chaque maille de 10 x 10 km ;
• Proposer des critères pour actualiser la distribution des espèces (en particulier les limites
d’aire), en tenant compte de l’atlas 2009-2012 et de la pression d’inventaire (dans l’atlas
et dans les données opportunistes), avec plusieurs scénarios ;
• Tester ces scénarios, en comparant leurs résultats à celui obtenu avec un atlas à forte
exhaustivité réalisé pendant la même période (atlas régional ou programme national sur
un groupe d’espèces particulier) et/ou en évaluant leur résultat par expertise ;
• Évaluer en détail l’évolution de la distribution pour quelques espèces particulières, en
fonction de traits et de dynamiques particulières (aires fragmentées, régression ou
progression connue…) ;
• Proposer des éventuelles données complémentaires à relever pour mieux utiliser les
données opportunistes et discuter les forces et limites de l’utilisation de ces données
pour l’actualisation des distributions.
Ces résultats seront présentés à des experts réunis dans un comité de pilotage afin de discuter
leur portée. Un article scientifique pourra être envisagé.
Contact :
CV et lettre de motivation détaillant l’expérience du candidat en matière de manipulation de
données par email, avant le lundi 23 janvier à
Jacques Comolet-Tirman, SPN, MNHN
[email protected]