Rapport stage IBS final

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VASSEUR Julien
UJF- L1
Rapport de Stage
d’Excellence :
Caractérisation de la structure
du Pilus
Maître de stage : Anne-Marie Di Guilmi
Directeur de Laboratoire : Thierry Vernet

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Remerciements
En premier lieu, je souhaite remercier ma maître de stage, Anne-
Marie Di Guilmi ainsi que le Directeur du groupe pneumocoque
Thierry Vernet, pour avoir accepté ma proposition de stage et m’avoir
ainsi permis de me faire une première expérience professionnelle en
laboratoire. Je suis aussi reconnaissant de la confiance qu’ils m’ont
accordée, me permettant ainsi de pouvoir maniper et participer aux
projets en cours.
Je remercie particulièrement Anne-Marie, Guillaume, Rémi et
Jules pour leur patience ainsi que pour toutes leurs explications,
conseils ou remarques qui ont été très enrichissantes et d’une grande
aide.
Aussi, je remercie tout le laboratoire du groupe pneumocoque
pour m’avoir accueilli et intégré à leur équipe pendant ce mois de
stage.

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Table des matières
Remerciements……………………………..………………………2
Sommaire………………………………….……………………….3
Présentation……………………………….………………………..4
1. de l’IBS,
2. du laboratoire,
3. généralités sur le pneumocoque
Présentation du projet...…………………………………………….5
1. projet global
2. mon projet
Principales méthodes utilisées……………………………..……….7
1. PCR
2. digestion
3. ligation
4. transformation
5. purification
Protocole expérimental…………………………………………….12
Résultats et perspectives…………………………………………...17
Conclusion .………………………………………………………..18
• sur le stage
• sur le dispositif des stages d’excellence

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Présentation
1. L’Institut de Biologie Structurale :
J’ai effectué mon stage d’Excellence au sein de l’Institut de Biologie Structurale
(IBS). Cet Institut regroupe une quinzaine de groupes de travail ayant pour
vocation le développement de recherches en biologie structurale.
Il s’appuie donc sur une multidisciplinarité permettant une recherche
fondamentale et le développement de techniques innovantes.
2. Le Groupe Pneumocoque :
Le Groupe Pneumocoque (PG) dirigé par Thierry Vernet au sein duquel j’ai
effectué mon stage s’intéresse à la biologie du pneumocoque et notamment aux
relations entre la bactérie et son hôte, au métabolisme de la paroi, à la division
cellulaire ou encore à la résistance aux antibiotiques.
3. Le pneumocoque :
Streptococcus pneumoniae, plus communément appelé pneumocoque, est une
bactérie appartenant au genre streptococcus. Appelé initialement Diplococcus
pneumoniae il a ensuite été rebaptisé Streptococcus pneumoniae au vue de sa
croissance en chaine.
C’est une bactérie GRAM+, se présentant sous la forme de diplocoques ovoïdes
possédant une capsule pour les souches pathogènes.
Le pneumocoque est la cause la plus commune de méningites bactériennes et un
des principaux agents responsable d’otites. Il peut aussi conduire à différentes
maladies telles que sinusites, conjonctivites ou septicémies. Cette bactérie est
commensale de voies respiratoires supérieures chez l’homme mais présente un
caractère pathogène chez les jeunes enfants, les personnes âgées et
immunodefiscientes.
Il existe plus de 90 sérotypes liés au pneumocoque.
La lutte contre cette bactérie comporte deux facettes :
- le traitement : post-infection avec des antibiotiques contenant de la pénicilline
ou des macrolides agissant sur la synthèse du peptidoglycane de la paroi
cellulaire.
- la prévention : vaccins immunisant contre 13 (Prevenar13) ou 23 (Pneumo23)
sérotypes.
Malheureusement, les vaccins n’immunisent pas contre l’ensemble des
sérotypes et l’utilisation abusive des antibiotiques ajoute une pression de
sélection à l’origine de l’émergence de souches résistantes aux traitements.

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Présentation du projet
1. Projet global:
Le pilus est un des facteurs de virulence des bactéries, donc du pneumocoque.
Celui du pneumocoque se compose de trois types de pilines: RrgA, RrgB, RrgC.
Ces trois protéines sont codées par trois gènes différents rrgA, rrgB, rrgC.
Ilot de pathogénicité rlrA de S. pneumoniae d’après (Mandlik et al., 2007). Les gènes
codant pour les sortases sont représentés en noir, ceux codant pour les pilines mineures
en bleu et celui codant pour la piline majeure en rouge. Le gène rlrA code pour un
régulateur positif.
Les protéines sont ensuite assemblées entre elles par des sortases qui sont aussi
codées par des gènes localisés en aval de ceux des pilines.
Chaque piline est composée de 4 domaines (à part pour RrgC dont la structure
cristallographique n’a pas encore été résolue)
Ainsi chaque sortase a un rôle:
- C1: polymérisation de RrgB
- C2: lie RrgA et RrgB
- C3: lie RrgB et RrgC