Résumé - Pages individuelles

LE
PETIT
POIS
DERIDE
2009
31ème Réunion du
Groupe de Biologie et Génétique des Populations
Université de Grenoble 1
31 Août 2009 – 3 Septembre 2009
∼
Le
petit
pois
déridé
2009
∼
31ème Réunion
du Groupe de Biologie et Génétique des Populations
Grenoble
Lundi 31 août 2009 - jeudi 3 Septembre 2009
ORGANISEE PAR
Comité d’organisation
France ALEXANDRE
Olivier FRANÇOIS
Stéphanie MANEL
Bénédicte PONCET
Alice VALENTINI
Michaël BLUM
Oscar GAGGIOTTI
Margot PARIS
Guillaume TETREAU
Laurence DESPRÉS
Thierry GAUDE
François POMPANON
Irène TILL-BOTTRAUD
Nous remercions pour leur soutien
L’Université Joseph Fourier
Grenoble INP
Le CNRS
La Région Rhône Alpes
L’institut des Systèmes Complexes Rhône Alpes
Le Cluster Bioinformatique
Le Cluster de Recherche Environnement
Le Conseil Général de l'Isère
Grenoble Alpes Métropole
La Ville de Grenoble
Les sociétés
Dominique DUTSCHER
GenoScreen
PROGRAMME
LUNDI 31 AOUT - MATIN
9h00-11h00
Accueil amphi Vaujany CUEFA
701, rue de la piscine Domaine universitaire
11h00
Ouverture du Colloque
11h00
Session 1 - Système de reproduction
Modératrice : Laurence Després
11h00-11h20 Introduction
11h20-11h40 Garraud Claire - Déterminisme génétique du sexe et caractérisation des différents
phénotypes sexuels chez une espèce gynodioïque, Silene nutans.
11h40-12h00 Thurin Nicolas - Evolution des stratégies reproductrices au sein du genre de
fourmis Plagiolepis.
12h00-12h20 Malé Pierre-Jean - Système de reproduction et structuration génétique des
populations de la plante myrmécophyte Hirtella physophora.
Repas
LUNDI 31 AOUT - APRES-MIDI
14h20 Session 2 - Ecologie
Modératrice : Margot Pâris
14h20-14h40 Casquet Julianne - Rôle des effets aléatoires ou déterministes dans la mise en place des
communautés écologiques insulaires.
14h40-15h00 Dufresnes Christophe - Nest niches and impact of nest-site competition on the
breeding of two sympatric cavity-nesting finches, one endangered, in the Eucalypt savannah
woodlands of Northern Australia.
15h00-15h20 Grassein Fabrice - Qui se ressemble s'assemble dans les communautés végétales.
15h20-15h40 Bourget Romain - Effets des variations spatiale et temporelle de l’environnement
sur la viabilité d'une espèce sémelpare.
15h40-16h20 Pause café
16h20 Session 3 - Ecotoxicologie
Modératrice : Alice Valentini
16h20-16h40 Riaz Muhammad Asam - Impact of glyphosate and benzo[a]pyrene on the
tolerance of mosquito larvae to chemical insecticides. Role of detoxification genes in response to
xenobiotics
16h40-17h00 Poupardin Rodolphe - Transcription profiling of eleven cytochrome P450s
potentially involved in xenobiotic metabolism in the mosquito Aedes aegypti.
17h00-17h20 Calves Isabelle - Premières investigations sur les capacités adaptatives de
populations de poissons face aux stress thermique et/ou chimique, en milieu estuarien
17h20-17h40 Pâris Margot Génomique de la résistance au Bti chez les moustiques
17h40-18h00 Tétreau Guillaume - Etude de la résistance au Bti et aux toxines séparées chez le
moustique Aedes aegypti.
MARDI 1ER SEPTEMBRE - MATIN
9h00
Session 1 - Adaptation locale
Modérateur : Guillaume Tétreau
9h00-9h20
Allal François - Adaptive Evolution and Phylogeography of the SheaButter Tree
(Vitellaria paradoxa Gaertner.) in African Soudano-Sahelian Zone
9h20-9h40 Le Rouzic Arnaud - Architecture génétique, sélection et évolution: mesure et
estimation statistique
9h40-10h
Poncet Bénédicte - Identification de l'adaptation locale chez Arabis alpina.
10h00-10h20 Montaigne William - Diversité de l’adaptation chez le complexe d’espèces Virola
(Myristicaceae)
10h20-10h40 Grenier Stéphane - Rôle de la plasticité phénotypique et de la sélection dans
l’évolution des populations
10h40-11h20 Pause café
11h20
Session 2 - Structure des populations
Modératrice : Bénédicte Poncet
11h20-11h40 Arca Mariangela - Caractérisation génétique d’une espèce envahissante en France:
Vespa velutina Lepeletier (Hymenoptera, Vespidae).
11h40-12h00 Pujol Benoit - Réponse à la sélection et dépression de consanguinité diminue chez
la mercuriale annuelle à la suite de son expansion géographique.
12h00-12h20 Quéméré Erwan - Impact de la fragmentation de l’habitat sur la diversité
génétique de populations menacées de lémuriens à Madagascar.
Repas
MARDI 1ER SEPTEMBRE – APRES-MIDI
14h00 Session 3 - Hôte parasite
Modérateur : François Pompanon
14h00-14h20 Atyame Célestine - Dynamique évolutive des Wolbachia dans les populations
naturelles du moustique Culex pipiens en Afrique du Nord.
14h20-14h40 Poisot Timothée - Intensité et fréquence des perturbations environnementales:
quels impacts sur la diversité et la spécificité dans un système hôte –parasites.
14h40-15h00 Henry Isabelle - Sa propre démographie ainsi que le système social de son hôte
conditionne la structure génétique de l’acarien parasite Spinturnix bechsteini
15h00-15h20 Roy Lise - Voies de dissémination des populations de Dermanyssus gallinae
(Acari : Mesostigmata) dans les élevages de volailles.
15h20 Session4 – Dispersion
Modérateur : Eric Durand
15h20-15h40 Carpentier Florence - Estimer la dispersion du pollen à partir de données
microsatellites en utilisant l'ABC.
15h40-16h00 Bontemps Aurore- Rôles de la dispersion par pollen et par graine, de la variance
du succès reproducteur entre individus et de la sélection post-dispersion dans la mise en place de
la structure génétique spatiale en population continue.
16h00– 20h00 Session 5 - Presentation des posters (1 minute par poster)
MERCREDI 2 SEPTEMBRE - MATIN
9h00
Session 1: Structure des populations
Modérateur : Michael Blum
9h00-9h20 Csillery Katalin - For how many generations linkage disequilibrium is maintained
after an admixture event?
9h20-9h40
zones.
Durand Eric - Spatial inference of admixture proportions and secondary contact
9h40-10h00 Restoux Gwendal - Robustesse d'un approche de type régression pour la détection
de la dépression de consanguinité.
10h00-10h20 Bech Nicolas - Impact de la fragmentation des paysages sur la structuration
génétique des populations de perdrix grise (Perdix perdix).
10h20-10h40 Jay Flora- Influence de l'environnement sur la structure génétique de populations.
10h40-11h00 Pause Café
11h00 Session 2 - Structure de population (suite)
Modératrice : Stéphanie Manel
11h00-11h20 Ndiade Bourobou Dyana - Détecter différentes échelles de structures génétiques
spatiales en combinant les marqueurs microsatellites chloroplastiques et nucléaires pour l’espèce
forestière à très faible densité à l’hectare, Baillonella toxisperma.
11h20-11h40 Leroy Grégoire - Différences de structure génétique entre espèces d’animaux
domestiques.
11h40-12h00 Verrier Etienne - L’estimation de l’effectif efficace des populations d’animaux
domestiques : une étude de cas relative à deux races de chevaux de trait à partir de données
généalogiques ou de données moléculaires.
12h00-12h20 Robvieux Pauline - Analyse de la diversité et de la structure génétique de
Cystoseira amentacea var. stricta.
Repas
MERCREDI 2 SEPTEMBRE- APRES-MIDI
Excursion + Banquet
JEUDI 3 SEPTEMBRE - MATIN
9h00 : Session Biologie Moléculaire
Modératrice : Irène Till-Bottraud
9h00-9h20
Abdelkrim Jawad - Technologies de séquençage de nouvelle génération et
développement de marqueurs microsatellites spécifiques: une approche par le nombre.
9h20-9h40
glaucum).
Leveugle Magalie - Analyse du promoteur du gène TB1 chez le mil (Pennisetum
9h40-10h00 Petit Eric - La multiplication du cytochrome b chez Globodera.
10h00-10h20 Valentini Alice - DNA barcoding for herbivorous diet analysis.
10h20-10h40 Logossa Zenor - Structure de la diversité génétique du karité (Vitellaria paradoxa
C.F. Gaertn) en Afrique de l’Ouest et recolonisation post-glaciaire du couloir sec du Dahomey.
Pause café
Assemblée générale – Conclusions
Remise du prix du meilleur poster et de la meilleure communication orale.
Participation du PPD aux journées d’Ecologie organisées à Montpellier en Septembre 2010 :
propositions de sessions (pour le 31 Octobre).
Lundi 31 Août 2009
11h00 – 12h20
Session 1 - Système de reproduction
Modératrice : Laurence Després
Introduction
Garraud Claire - Déterminisme génétique du sexe et caractérisation des différents phénotypes
sexuels chez une espèce gynodioïque, Silene nutans.
Thurin Nicolas - Evolution des stratégies reproductrices au sein du genre de fourmis Plagiolepis.
Malé Pierre-Jean - Système de reproduction et structuration génétique des populations de la
plante myrmécophyte Hirtella physophora.
Déterminisme génétique du sexe et caractérisation des différents phénotypes sexuels
chez une espèce gynodioïque, Silene nutans.
Claire Garraud 1, Jacqui Shykoff 1
1
Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution, bâtiment 360, Université Paris-Sud, 91405
Orsay Cedex
Parmi la grande diversité de systèmes de reproduction chez les plantes, la gynodioécie,
c'est-à-dire la coexistence d’individus femelles et hermaphrodites dans les populations, est le
système le plus commun après l’hermaphroditisme. De nombreuses études, théoriques et
expérimentales, s’attachent à comprendre le maintien des femelles et l’évolution de leur
fréquence dans le temps et l’espace. Le déterminisme génétique du sexe chez les espèces
gynodioïques est le plus souvent cyto-nucléaire, avec des gènes de stérilité mâle mitochondriaux
et des restaurateurs de fertilité nucléaires. Il semble que plusieurs gènes de stérilité soient
fréquemment impliqués mais leur nombre a rarement été déterminé.
Grâce à des croisements réciproques, nous avons pu vérifier que, chez Silene nutans, le
déterminisme était cyto-nucléaire, et montrer qu’il existait au moins deux gènes mitochondriaux
de stérilité mâle. Le phénotypage des descendants a montré un très fort pourcentage d’individus
présentant à la fois des fleurs femelles et des fleurs hermaphrodites, appelés gynomonoïques. Ces
individus ont fréquemment été décrits chez des espèces gynodioïques, mais sont largement
négligés dans les études. Nous avons montré que les traits floraux et le succès reproducteur des
gynomonoïques dépendaient du pourcentage de fleurs femelles de la plante et qu’ils ne pouvaient
être considérés ni comme un phénotype sexuel homogène, ni comme des intermédiaires entre
femelles et hermaphrodites. En particulier, les succès reproducteurs mâle et femelle des
gynomonoïques sont respectivement inférieurs à ceux des hermaphrodites et des femelles. La
forte proportion de gynomonoïques est donc paradoxale et il semble que nous ne puissions plus
négliger leur rôle dans la dynamique et le maintien de la gynodioécie.
Evolution des stratégies reproductrices au sein du genre de fourmis Plagiolepis.
Nicolas Thurin, Serge Aron
Service d’Eco-Ethologie Evolutive CP160/12, Université libre de Bruxelles, 50 avenue F.D.
Roosevelt, B-1050 Brussels, Belgium
La division des activités reproductrices entre des individus fertiles et des individus
généralement stériles assurant l’essentiel des tâches nécessaires à l’essor des sociétés est
considérée comme une transition évolutive majeure dans le règne animal. Un siècle et demi après
la théorie de la sélection naturelle de Darwin, la théorie de la sélection de la parentèle et du
succès reproductif indirect (Hamilton, 1964) reste l’explication la plus probable pour justifier
l’évolution et le maintien de l’altruisme de reproduction manifesté par la caste stérile. Ce concept
souligne l’importance de la corrélation génétique entre l’altruiste et son bénéficiaire. Chez les
hyménoptères sociaux (fourmis, abeilles, guêpes), le déterminisme du sexe haplodiploïde est à
l’origine d’une corrélation génétique généralement très élevée entre les individus. Toutefois, 2
paramètres sont connus pour diminuer fortement sa valeur au sein des sociétés : le nombre de
reines par société (polygynie) et/ou le nombre d’accouplements de ces dernières (polyandrie). A
l’inverse, la consanguinité augmente la corrélation génétique entre les membres d’un groupe. Il
est exceptionnel trouver ces 3 paramètres au sein d’un même genre animal. C’est le cas des
fourmis appartenant au genre Plagiolepis. La combinaison d’analyses génétiques et
phylogénétiques chez 5 espèces de Plagiolepis permet de cerner les facteurs responsables de
l’évolution de la polyandrie au sein du genre et, plus largement, chez les insectes sociaux.
Hamilton W.D. 1964 Journal of Theoretical Biology 7:1-52
Système de reproduction et structuration génétique des populations
de la plante myrmécophyte Hirtella physophora.
Pierre-Jean G. Malé1,2, Céline Leroy1,2,3, Isabelle Decombeix1,2,
Benjamin Hornoy1,2, Jérôme Orivel1,2, Angélique Quilichini1,2
1
Université de Toulouse; UPS; EDB (Laboratoire Evolution et Diversité Biologique); 118 route
de Narbonne, F-31062 Toulouse, France
2
CNRS; EDB (Laboratoire Evolution et Diversité Biologique); F-31062 Toulouse, France
3
CNRS; UMR Ecologie des Forêts de Guyane, Campus Agronomique, 97379 Kourou cedex,
France
La persistance des mutualismes au cours des temps évolutifs pose la question de leur mode de
transmission de génération en génération. Cette problématique ne peut être abordée que par
l’étude, à l’échelle populationnelle, de la structuration de la diversité génétique intraspécifique
de chacun des partenaires. Or, cette dernière dépend principalement des modes de dispersion des
génomes. Le système de reproduction des espèces est donc une question centrale lorsque l’on
cherche à expliquer cette diversité.
Nous nous sommes intéressés au mode de reproduction de la plante myrmécophyte
Hirtella physophora (Chrysobalanaceae) associée aux fourmis Allomerus decemarticulatus
(Myrmicinae) dans le cadre d’une relation mutualiste obligatoire et spécifique. Nous avons pu
mettre en évidence, grâce à des expériences de pollinisations contrôlées, que H. physophora est
strictement allogame, du fait d’un mécanisme d’autoincompatibilité. Ces données expérimentales
concordent avec le syndrome de pollinisation inféré d’après la morphologie florale et les ratios
pollen/ovules, caractéristiques de l’entomophilie. De plus, il apparaît que la très faible
production de fruits de cet arbuste est due, d’une part, à une importante limitation par le pollen,
et d’autre part à un impact négatif des fourmis A. decemarticulatus sur la maturation des
inflorescences. Les données préliminaires obtenues sur la base de marqueurs ISSR sont
parfaitement cohérentes avec le mode de reproduction observé : elles tendent à montrer une
grande variabilité génétique intra-populations et une très faible différenciation inter-populations,
témoin d’une grande distance de dispersion.
Cette étude représente un premier pas dans la compréhension du mode de transmission de
l’association entre H. physophora et A. decemarticulatus et, plus largement, dans l’appréhension
des mécanismes autorisant la persistance des relations mutualistes.
Lundi 31 Août 2009
14h20 – 16h20
Session 2 - Ecologie
Modératrice : Margot Pâris
Casquet Julianne - Rôle des effets aléatoires ou déterministes dans la mise en place des
communautés écologiques insulaires
Dufresnes Christophe - Nest niches and impact of nest-site competition on the breeding of two
sympatric cavity-nesting finches, one endangered, in the Eucalypt savannah woodlands of
Northern Australia
Grassein Fabrice - Qui se ressemble s'assemble dans les communautés végétales ?
Bourget Romain - Effets des variations spatiale et temporelle de l’environnement sur la viabilité
d'une espèce semelpare
Pause café
Rôle des effets aléatoires ou déterministes
dans la mise en place des communautés écologiques insulaires
Julianne Casquet1, Christophe Thébaud1, Rosemary Gillespie2
1
Laboratoire Evolution et Diversité Biologique, UMR 5174 CNRS & Université Paul Sabatier,
118 route de Narbonne, F-31062 Toulouse, France
2
University of California, Berkeley, Department of Environmental Science, Policy, and
Management, 137 Mulford Hall, 94720 Berkeley, CA, United States of America
La nature des mécanismes régissant l'assemblage des communautés écologiques donne
lieu depuis longtemps à une controverse animée en écologie des communautés. Certains auteurs
considèrent que les communautés sont assemblés par des mécanismes déterministes (théorie de
la niche), et que les interactions entre espèces, ainsi que les caractéristiques écologiques de
celles-ci jouent un rôle clé dans l'assemblage. D'autres auteurs proposent que le hasard joue une
part prépondérante au cours de l’édification des communautés (théorie neutraliste), et que les
caractéristiques intrinsèques des espèces ainsi que leurs relations interspécifiques jouent un rôle
mineur dans l'assemblage.
Notre hypothèse est que ces deux points de vue sont les extrémités d'un continuum, et que
la force relative des processus déterministes et neutres dans l’édification d'une communauté peut
dépendre de facteurs historiques et du contexte géographique. Un de ces facteurs pourrait être la
distance entre le lieu où se construit la communauté et la source de colonisateurs potentiels. Plus
cette distance est importante et plus le taux d’immigration par des lignées colonisatrices devrait
être faible. Nous prédisons dans ce cas un rôle prépondérant de la diversification écologique des
lignées colonisatrices au cours de l’édification des communautés. A l'inverse, quand la distance
est faible, nous prédisons que le grand nombre de nombre de lignées colonisatrices et la
récurrence des évènements d’immigration par une lignée particulière pourront conduire à un
assemblage neutre de la communauté.
Afin de tester ces hypothèses, nous comparerons, par analyse globale des patrons de
diversification, les structures de communautés de différents groupes d’araignées entre des
archipels semblables en terme d’écologie, de géologie et d'âge, mais variables en terme de
distance au continent le plus proche. Nous étudierons les communautés d’araignées d’archipels
du Pacifique (e.g. Hawaii, 4000km de l’Amérique du Nord) et de l’Océan Indien (e.g.
Mascareignes, 725km de Madagascar et 1800km de l’Afrique). En comparant les patrons et
processus à travers plusieurs archipels, nous pourrons aboutir à une compréhension plus générale
des processus impliqués dans la structuration des communautés écologiques.
Nest niches and impact of nest-site competition on the breeding of
two sympatric cavity-nesting finches, one endangered,
in the Eucalypt savannah woodlands of Northern Australia
Christophe Dufresnes1, James Brazil-Boast2, Erika Van Rooij2 and Simon Griffith2
1
71 chemin du lavoir, 38620 Saint Bueil (France)
Etudiant en master 2 Biodiversité Ecologie & Evolution à l’université Joseph Fourier de
Grenoble. Maître de stage: Prof. Simon Griffith2
2
Centre for the Integrative Study of Animal Behaviour-Macquarie University, 209 Culloden
Road, Marsfield, NSW 2110 (Australia)
In addition to the well-known limiting effect of cavity abundance on the density of hole-nesting
passerines, other aspects of cavity-availability may shape their communities as well. Among
them, cavity characteristics and accessibility in relation to the abundance of territorial species
might have a strong effect on the intensity of nest site competition. At larger scale, competition
can also be triggered by the scarcity of suitable breeding habitats, and might severely impact the
dynamism of the populations involved. This project aimed to describe the nest niches of two
sympatric cavity- nesting species, the endangered Gouldian finch Erythrura gouldiae and the
Long-tailed finch Poephila acuticauda, both breeding in the disturbed Eucalypt savannah
woodlands of Northern Australia. In addition, it further focussed on understanding how nest site
competition may affect their reproductive success and choice for nest site. Using a geographic
information system and both univariate and multivariate analyses, I found that the two species
had mostly overlapping niches, but the cavities attributes on which the birds drove their choice
were different. Gouldian finches mostly preferred solid cavities that may protect their nests from
weather events, whereas Long-tailed finches chose sites with high entrance diameter, allowing
higher luminance inside their nests. The results also suggested that both intra and interspecific
competition must occur, affecting the nesting location of both species. Moreover, the
reproductive success of the Gouldian pairs was heavily impacted by the densities of the
territorial, aggressive and competitive Long-tailed finches. I hypothesise that this territorial
behaviour, combined with the lack of nearby suitable breeding habitats were the triggering
factors of the competition documented here, rather than a lack of suitable cavities, which were
superabundant. This study also highlighted the high conservation value of the last remaining old
hollowed eucalypt woodlands, and allowed to discuss the role of nest site competition among the
others factors accounting for the ongoing decline of the endangered Gouldian finch in the wild.
Qui se ressemble s'assemble dans les communautés végétales ?
Fabrice Grassein1, Irène Till1 et Sandra Lavorel1,2
1
Laboratoire d’écologie alpine UMR 5553 CNRS UJF, BP 53 2233, Rue de la Piscine, 38041
Grenoble Cedex 9, France
2
Station alpine Joseph Fourier UMS 2925 CNRS UJF, BP 53 2233, Rue de la Piscine, 38041
Grenoble Cedex 9, France
Pour les espèces végétales, la compétition pour les ressources est un processus important, qui
apparaît comme une force structurante de la composition spécifique des communautés.
Toutefois, si de nombreuses études se sont intéressées à la compétition des espèces en réponse à
différents facteurs environnementaux, la capacité des espèces à modifier leur réponse à la
compétition a jusque-là été peu étudiée.
Dans une étude en conditions contrôlées, nous avons observé s’il existait une variabilité
génétique au sein des espèces et entre elles dans leur réponse à la compétition. Nous avons ainsi
comparé les variations de différents traits fonctionnels en réponse à une compétition intra et
interspécifique pour deux espèces de graminées avec des capacités à la compétition différentes.
Nous avons mis en évidence qu’une espèce compétitrice est plus sensible à la compétition intraspécifique qu’à la compétition inter-spécifique, hypothèse avancée par de nombreux modèles
comme permettant la coexistence des espèces. A l’opposé, une espèce non compétitrice est
sensible à la fois à la compétition intra et interspécifique sans distinction. Enfin, nous avons mis
en évidence que la variabilité génétique au sein des espèces peut être maintenue grâce à des
interactions génotype x environnement, les génotypes ne répondant pas de la même manière en
présence de différents voisins. L’existence de réseaux intransitifs permet ainsi d’expliquer une
grande biodiversité, même dans les milieux où la compétition est importante.
Coexistence, interaction génotype environnement, interactions biotiques, traits fonctionnels.
Effets des variations spatiale et temporelle de l’environnement sur la viabilité d'une espèce
semelpare
Romain Bourget1, Bruno Colas1 & Alexandre Robert1
1
Muséum national d’histoire naturelle, UMR 5173, Conservation des espèces, restauration et
suivi des populations, 55 rue Buffon, 75005 Paris, France
Un modèle populationnel a été développé et utilisé pour étudier les effets joints de deux
formes de variabilité dans les traits démographiques sur la viabilité de petites populations d’une
plantes semelpare (dont les individus meurent après leur unique année de reproduction). Le cycle
de vie considéré est celui d’une espèce endémique, Centaurea corymbosa. La première forme de
variabilité correspond à une variance interannuelle dans la fécondité des plantes (correspondant à
une variation temporelle de la qualité de l’environnement). La seconde est une variance
interindividuelle dans l’âge à la floraison des plantes, pour une même cohorte (correspondant à
une variation spatiale de la qualité de l’habitat). La modélisation de ces deux sources de variation
nous a permis d’étudier leurs interactions et de mettre en évidence le fait que la variabilité
spatiale de l’environnement permet de tamponner l’impact des variations environnementales
interannuelles sur le taux de croissance de la population, et donc de diminuer le risque
d’extinction. Dans un deuxième temps, nous avons inclus dans le modèle la possibilité pour les
plantes d’avancer ou de retarder leur floraison en fonction de la qualité de l’environnement.
Nous montrons par ce biais, que même si pour un individu, il est intéressant de répondre aux
variations interannuelles, la population dans son ensemble a une viabilité réduite si tous les
individus répondent systématiquement à l’environnement. Les implications de ces résultats en
biologie de la conservation sont discutées.
Lundi 31 Août 2009
16h20 – 18h00
Session 3 - Ecotoxicologie
Modératrice : Alice Valentini
Riaz Muhammad Asam - Impact of glyphosate and benzo[a]pyrene on the tolerance of mosquito
larvae to chemical insecticides. Role of detoxification genes in response to xenobiotics
Poupardin Rodolphe - Transcription profiling of eleven cytochrome P450s potentially involved
in xenobiotic metabolism in the mosquito Aedes aegypti.
Calves Isabelle - Premières investigations sur les capacités adaptatives de populations de
poissons face aux stress thermique et/ou chimique, en milieu estuarien
Pâris Margot - Génomique de la résistance au Bti chez les moustiques
Tétreau Guillaume - Etude de la résistance au Bti et aux toxines séparées chez le moustique
Aedes aegypti.
Impact of glyphosate and benzo[a]pyrene on the tolerance of mosquito larvae to chemical
insecticides. Role of detoxification genes in response to xenobiotics
Muhammad Asam Riaz(a), Rodolphe Poupardin(a), Stéphane Reynaud(a), Clare Strode(b),
Hilary Ranson(b), Jean-Philippe David(a),
a Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA, UMR CNRS 5553), équipe Perturbation
Environnementales et Xenobiotiques, France
b Vector Research Group, Liverpool School of Tropical Medicine, United Kingdom
The effect of exposure of Aedes aegypti larvae for 72 h to sub-lethal concentrations of the
herbicide glyphosate and the polycyclic aromatic hydrocarbon benzo[a]pyrene on their
subsequent tolerance to the chemical insecticides imidacloprid, permethrin and propoxur,
detoxification enzyme activities and transcription of detoxification genes was investigated.
Bioassays revealed a significant increase in larval tolerance to imidacloprid and permethrin
following exposure to benzo[a]pyrene and glyphosate. Larval tolerance to propoxur increased
moderately after exposure to benzo[a]pyrene while a minor increased tolerance was observed
after exposure to glyphosate. Cytochrome P450 monooxygenases activities were strongly
induced in larvae exposed to benzo[a]pyrene and moderately induced in larvae exposed to
imidacloprid and glyphosate. Larval glutathione S-transferases activities were strongly induced
after exposure to propoxur and moderately induced after exposure to benzo[a]pyrene and
glyphosate. Larval esterase activities were considerably induced after exposure to propoxur but
only slightly induced by other xenobiotics. Microarray screening of 290 detoxification genes
following exposure to each xenobiotic with the DNA microarray Aedes Detox Chip identified
multiple detoxification and red/ox genes induced by xenobiotics and insecticides. Further
transcription studies using real-time quantitative RT-PCR confirmed the
induction of multiple P450 genes, 1 carboxy/cholinelesterase gene and 2 red/ox genes by
insecticides and xenobiotics. Overall, this study reveals the potential of benzo[a]pyrene and
glyphosate to affect the tolerance of mosquito larvae to chemical insecticides, possibly through
the cross-induction of particular genes encoding detoxification enzymes.
Transcription profiling of eleven cytochrome P450s potentially involved in xenobiotic
metabolism
in the mosquito Aedes aegypti
Rodolphe Poupardina, Muhammad Asam Riaza, John Vontasb, Jean-Philippe Davida, Stéphane
Reynauda*
a
Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA, UMR 5553 CNRS-Université) Grenoble, France;
b
Department of Biology, Faculty of Biotechnology and Applied Biology, Laboratory Molecular
Entomology, University of Crete, Herakleion, Crete, Greece
Transcription profiles of eleven Aedes aegypti P450 genes from CYP6 and CYP9 subfamilies
potentially involved in xenobiotic metabolism were investigated. Many genes were preferentially
transcribed in tissues classically involved in xenobiotic metabolism including midgut and
malpighian tubules. Life-stage transcription profiling revealed important variations between
larvae, pupae and adult male and females. Exposure of mosquito larvae to sub-lethal doses of
three xenobiotics induced the transcription of several genes with an induction peak after 48 to 72
hours exposure. Several CYP genes were also induced by oxidative stress and one gene strongly
responds to 20-hydroxyecdysone. Overall, this study revealed that these P450s show different
transcription profiles according to xenobiotic exposures, life stages or sex and identified
particular genes likely to have chemo-protective functions in Ae. aegypti
Premières investigations sur les capacités adaptatives de populations de poissons
face aux stress thermique et/ou chimique, en milieu estuarien
Isabelle CALVES1, Louis QUINIOU1, Jean LAROCHE1, Éric MORIZE1, Maylis LABONNE1,
Véronique LOIZEAU2, Bruno GUINAND3, Guy CLAIREAUX4 et Michael THÉRON4
1
LEMAR, UMR CNRS/IRD/UBO 6539, IUEM, Plouzané
2
IFREMER, Laboratoire Bio-géochimie des contaminants organiques, Plouzané
3
Institut des Sciences de l‛Évolution, UMR CNRS 5554, Montpellier
4
Laboratoire Optimisation des Régulations Physiologiques, UBO, Brest
Les interactions complexes entre les effets du réchauffement global et l’impact du stress
chimique sont encore mal connues chez les organismes marins. Parallèlement à la contamination
chimique chronique communément observée en milieux estuariens, le réchauffement global
apparaît comme un facteur forçant majeur agissant sur les poissons juvéniles en eaux peu
profondes.Dans cette étude, les réponses biologiques de deux pleuronectiformes, aux sensibilités
différentes face à la température, le flet (Platichthys flesus) et la sole (Solea solea), seront
étudiées sur trois estuaires répartis suivant un gradient de température et présentant des charges
en contaminants différentielles (Portugal : le Mondégo ; France : la Vilaine et la Seine). Des
investigations vont être menées sur les réponses moléculaires (expression de gènes) et
physiologiques des populations, sur le terrain et en « common garden ». Des mesures de
tolérance à l'hypoxie, de consommation en oxygène ou encore de l'activité de transport
mitochondrial d'électrons doivent nous permettre d’explorer l'influence du double stress
(thermique et chimique) sur le métabolisme énergétique des individus. Les niveaux de
différenciation phénotypiques entre les populations (pour les différentes traits biologiques
quantitatifs) vont être comparés avec le niveau de différenciation génétique mesuré avec des
marqueurs neutres (microsatellites), pour identifier de possible adaptations locales des
populations face aux stress ainsi que leur possibilité de résilience.
Etude de la résistance au Bti et aux toxines séparées chez le moustique Aedes aegypti
1
1
1
1
1
Guillaume Tetreau , Margot Pâris , Sylvie Veyrenc , Jean-Philippe David , Laurence Després
Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA, UMR 5553 CNRS-Université) Grenoble, France
Résumé :
Le moustique Aedes aegypti peut être vecteur de nombreuses maladies. Pour lutter contre ce
nuisible, de nombreux insecticides chimiques et biologiques ont été utilisés causant l'apparition
de résistances. Le Bti, cristal de toxines produit par une bactérie, est le seul insecticide autorisé
en France pour la démoustication. Alors que quelques cas montrent qu'une résistance au Bti n'est
pas impossible, les mécanismes sont encore largement inconnus.
Mon travail de thèse est de chercher les résistances susceptibles d'apparaître suite à une
exposition des moustiques au Bti en cherchant tous les points de résistance potentiels (ingestion,
dissolution du cristal, activation du cristal, modification de la cible) Je présenterai quelques
résultats issus de ma thèse.
Mardi 1er Septembre
9h00 – 11h20
Session 1 - Adaptation locale
Modérateur : Guillaume Tétreau
Allal François - Adaptive Evolution and Phylogeography of the SheaButter Tree (Vitellaria
paradoxa Gaertner.) in African Soudano-Sahelian Zone
Le Rouzic Arnaud - Architecture génétique, sélection et évolution: mesure et estimation
statistique
Poncet Bénédicte - Identification de l'adaptation locale chez Arabis alpina.
Montaigne William - Diversité de l’adaptation chez le complexe d’espèces Virola
(Myristicaceae)
Grenier Stéphanie - Rôle de la plasticité phénotypique et de la sélection dans l’évolution des
populations
Pause café
Adaptive Evolution and Phylogeography of the SheaButter Tree (Vitellaria paradoxa
Gaertner.) in African Soudano-Sahelian Zone
François Allal1, Annan Antolik1, Laurent Millet1, Alexandre Vaillant1, Bokary Kelly2, Haby Sanou3, John Bosco
Okullo4, Massamba Thiam5, Jean-Marc Bouvet1
1
CIRAD — BIOS, Unité Propre de Recherche de Génétique Forestière, Campus international de Baillarguet TA A-
39/C, 34398 Montpellier Cedex 5, France
2
PRF/CRRA-SIKASSO, BP 178/16, Sikasso - Mali
3
IER (Institut d’Economie Rurale), Programme Ressources Forestières, BP 258, Sotuba - Mali
4
Makerere University, Department of Forest Biology & Ecosystems Management, Faculty of Forestry and Nature
Conservation, POBox 7062 Kampala - Uganda
5
ISRA (Institut Sénégalais de Recherche Agricoles), Route des Hydrocarbures, Bal Air, 3120, Dakar - Sénégal
Chemical components of seeds have an important impact on tree adaptation and future distribution of
species in the perspectives of climatic changes.
In this study, we address the historical, environmental, climatic and genetic causes of the variation of seed’s fatty
acid contents of Sheabutter tree (Vitellaria paradoxa) a major species in African agroforestry systems. Sheabutter
(50% of kernel content) has also attractive potential for food and cosmetic industries and represents valuable
economic resources in Subsaharian communities.
In its natural distribution Sheabutter tree seeds exhibit highly variable oleic/stearic acid ratio related to climatic
variations (temperature, rainfall…). However, we do not know whether this phenotypic variability is associated with
comparable genetic diversity patterns. We used different molecular markers including neutral (SSR and
chloroplastic intergenic spacers) and candidate genes (particularly SAD responsible for seed oleic/stearic ratio).
Sequencing SAD gene revealed an unexpected and recent duplication, never observed yet. Among the two
expressed copies (SAD1 and SAD2), SAD1 gives a truncated protein in silico and accumulates twice more mutations
than SAD2.
We used 3 populations (90 trees) from a Nord-South climatic gradient in Mali to detect signatures of natural
selection within SAD genes. After characterizing seeds fatty acids composition for 2 consecutives years (20072008), we examined the relationship between fatty acids composition and SAD genes polymorphism through
genetic/phenotypic association tests.
A phylogeographical approach on 40 populations from 11 countries combining molecular markers, revealed a huge
gene flow within western populations whereas eastern populations are strongly structured. We finally propose a
model explaining this diversity pattern through different factors: old climatic events, geographic barriers and human
recent impact.
Keyword: Sheabutter Tree, Fatty Acids, Association Tests, Natural Selection, Phylogeography, SAD Duplication
Architecture génétique, sélection et évolution:
mesure et estimation statistique
1
Arnaud Le Rouzic
1 Center for Ecology and Evolutionary Synthesis, Universitet i Oslo, Norvège
L'architecture génétique d'un caractère conditionne son potentiel évolutif dans une population.
Le caractère va évoluer sous l'effet de pressions évolutives, comme la dérive génétique ou la
sélection naturelle. Idéalement, expliquer l'évolution d'un caractère nécessite donc de connaitre
son architecture génétique, les pressions évolutives qu'il subit, et la manière dont il change au
cours du temps. Malheureusement, il est souvent difficile, voire matériellement impossible, de
receuillir une telle quantité d'informations. L'objectif de cette communication est d'illustrer
l'utilisation de méthodes statistiques destinées à inférer les paramètres clé de l'histoire évolutive à
partir de deux exemples.
Le premier cas concerne la situation où l'architecture génétique d'un caractère est connue, ainsi
que son évolution empirique sur plusieurs générations. Il est alors possible d'estimer la force de
la sélection naturelle, et de comparer plusieurs modèles de sélection. Cette situation sera illustrée
par l'exemple de l'adaptation de l'épinoche Gasterosteus aculeatus à la vie en eau douce, qui se
traduit par la perte de son armure latérale. Le deuxième exemple illustre le cas où la sélection est
mesurée, ainsi que les changements phénotypiques qui l'accompagne, mais où l'architecture
génétique est inconnue, comme c'est souvent le cas dans les expériences de sélection artificielle.
La mise au point de méthodes statistiques adaptées montre comment quantifier certains
paramètres essentiels de l'architecture génétique, et cette procédure sera illustrée par une
expérience de sélection sur la forme de l'aile de la Drosophile.
Identification de l'adaptation locale chez Arabis alpina
Bénédicte N. PONCET1, Doris HERRMANN2,3, Felix GUGERLI2, Stéphanie MANEL1
1
Laboratoire d’Écologie Alpine CNRS UMR 5553, Université Joseph Fourier, BP53, Grenoble
Cedex 09, France
2
WSL Swiss Federal Research Institute, Zürcherstrasse 111, 8903 Birmensdorf, Switzerland
3
adresse actuelle: INRA, Unité de Génétique et d'Amélioration des Plantes Fourragères, 86600
Lusignan, France
L'adaptation locale est le patron de distribution de phénotypes et/ou génotypes résultant
de l'action de la sélection, qui tend à différencier les populations vivant dans des environnements
différents, et, de la migration car les flux de gènes vont homogénéiser ces populations. Ainsi, au
niveau génétique, l'adaptation locale se traduit par des fréquences alléliques variant le long des
gradients de sélection. Notre objectif est donc d'identifier des marqueurs génétiques dont les
fréquences varient le long de tels gradients.
Des échantillons d'Arabis alpina ont été récoltés dans 198 sites des Alpes françaises et
suisses aux environnements contrastés. Nous avons développé un génome scan de 799
marqueurs AFLP qui ont été génotypés chez 678 plants.
Certains de ces marqueurs, appelés outliers, ont été identifiés comme potentiellement
sous sélection car leurs distributions sont significativement corrélées à des variables
environnementales (températures minimales, précipitations, humidité du sol, pente). Ces
marqueurs ont été séquencés par pyroséquençage. Puis, grâce à la synténie entre les génomes
d'Arabidopsis thaliana et d'Arabis alpina, des gènes potentiellement sélectionnés ont été
identifiés et se poursuivront par des études de génomique fonctionnelle afin de préciser les
fonctions de ces gènes dans l'adaptation aux différentes conditions environnementales.
Mots clés: adaptation locale, sélection, genome scan, loci outliers, Arabis alpina
Diversité de l’adaptation chez le complexe d’espèces Virola (Myristicaceae)
William Montaigne, Ivan Scotti
INRA / UMR EcoFoG, BP 709, 97387 Kourou Cedex, Guyane française
Les Virola font partie de la famille des Myristicaceae, famille très ancienne et répandue en
Amérique du sud. Ce complexe comprend plusieurs espèces ayant chacune leur préférence
écologique, en particulier sur l’axe des contraintes hydriques. Ce travail porte sur des individus
de différentes espèces du genre Virola provenant de plusieurs sites en forêt tropicale humide
(Guyane française). Des séquences de gènes de la famille des aquaporines ont été isolées. D’une
part, cette étude est focalisée sur la différenciation génétique entre ces espèces et entre les
populations de même espèce. D’autre part, la variabilité de ces gènes impliqués dans le stress
hydrique est mise en corrélation avec des données environnementales et avec des données
phénotypiques via la mesure de différents traits quantitatifs. Ainsi, nous discuterons de la
différenciation entre ces espèces du complexe et de l’adaptation de chacune au milieu.
Rôle de la plasticité phénotypique et de la sélection dans l’évolution des populations
Grenier Stéphane
INRA – Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères
Route de Saintes – BP 6
86600 Lusignan, France
(E-mail : [email protected])
Résumé :
L’adaptation des populations via des changements morphologiques peut se faire à travers
différents mécanismes. Ces changements morphologiques peuvent être causés par de la sélection
génétique et/ou de la plasticité phénotypique dont l’effet sur la diversité génétique peut être
antagoniste. Alors que la sélection peut entraîner une chute de la diversité, la plasticité
phénotypique peut, quant à elle limitée cette perte. L’objectif de cette étude est de caractériser à
l’aide d’une approche expérimentale, l’effet et le rôle de ces deux mécanismes et de leur
interaction dans l’adaptation des populations et dans l’évolution de leur diversité génétique. Une
population de graminée pérenne, Lolium perenne, est soumise à des fréquences de coupe
différentes. Cette population est une pseudo F2 issue d’un croisement entre une variété gazon et
une variété fourrage, variétés dont les traits (longueur de feuille, mode de croissance…) supposés
répondre à la pression exercée ont des modalités très contrastées. La plasticité et la sélection
seront évaluées sur deux générations à l’aide de mesures phénotypiques, de l’effort reproducteur
et de marqueurs moléculaires criblant le génome. La comparaison entre portions du génome
variables au cours du temps et QTLs impliqués dans les caractères adaptatifs constituera une
approche originale de la détermination et de l’analyse de marqueurs soumis à sélection
Les premiers résultats mettent en évidence un effet de la plasticité dans la réponse de la
population et une capacité plastique variable entre génotypes qui pourrait être elle-même
soumise à la sélection. La détermination de l’effort reproducteur à la prochaine saison
reproductive et l’évolution des fréquences alléliques aux différents marqueurs permettront
d’analyse l’intensité de la sélection.
Mardi 1 septembre
11h20 – 12h20
Session 2 - Structure des populations
Modératrice : Bénédicte Poncet
Arca Mariangela - Caractérisation génétique d’une espèce envahissante en France: Vespa
velutina Lepeletier (Hymenoptera, Vespidae).
Pujol Benoit - Réponse à la sélection et dépression de consanguinité diminue chez la mercuriale
annuelle à la suite de son expansion géographique.
Quéméré Erwan - Impact de la fragmentation de l’habitat sur la diversité génétique de
populations menacées de lémuriens à Madagascar.
Caractérisation génétique d’une espèce envahissante en France:
Vespa velutina Lepeletier (Hymenoptera, Vespidae)
Mariangela ARCA(1,2), Claire CAPDEVIELLE-DULAC(2), Cyril NADEAU(2),, Claire VILLEMANT(3), Gérard
ARNOLD(1), Jean-François SILVAIN(2)
(1)
(2)
Laboratoire Evolution, Génomes, Spéciation, CNRS UPR9034, Gif-sur-Yvette, France.
IRD, UR 072, Laboratoire Evolution, Génétique et Spéciation, UPR 9034, CNRS 91198 Gif-sur-Yvette Cedex, et
Université Paris-Sud 11, 91405 Orsay Cedex, France.
(3)
Muséum national d’Histoire naturelle, Laboratoire d’Entomologie, UPRESA 8043 du CNRS, 45 rue Buffon, F-
75231 Paris cedex 05, France
Email: [email protected]
Le frelon asiatique à pattes jaunes, Vespa velutina, a été signalé pour la première fois en France en 2005 dans le Lotet-Garonne et ensuite il s’est rapidement propagé dans 25 départements, sur environ 120.000 km². On suppose que
des femelles fondatrices en hibernation ont pu être introduites vers 2003-2004 via un transport commercial venant
d’Asie.
Retracer l’histoire de l’invasion de V. velutina en France est un préalable indispensable à toute étude sur la
dynamique de son invasion. Pour atteindre cet objectif trois marqueurs mitochondriaux (dont un permettant une
caractérisation spécifique de la population invasive) et sept marqueurs microsatellites ont été utilisés.
L’homogénéité mitochondriale observée (un seul haplotype pour chaque marqueur) étaye l’hypothèse d’un
événement d’introduction unique, pouvant même correspondre à l’arrivée en France d’une unique femelle fondatrice
de V. velutina. Le pays d’origine de la lignée de V. velutina introduite en France n’a pas été déterminé pour l’instant
mais la comparaison avec des individus d’Indonésie et du Vietnam montre que ces derniers ne possèdent pas le
même haplotype que ceux de la lignée française. De ce fait, il est peu probable que les individus invasifs
proviennent d’une de ces deux zones.
L'analyse des loci microsatellites montre qu’il existe une forte consanguinité au sein des populations françaises de V.
velutina, ce qui pourrait correspondre à l’introduction unique d’une ou plusieurs reines (soeurs). Toutefois, pour
valider définitivement cette hypothèse, il est nécessaire d’étendre l’échantillonnage à un maximum de départements
envahis et vers la zone d’origine.
D’autres études porteront sur des échantillons en provenance de Chine dans le but de déterminer l’origine exacte du
frelon asiatique.
Réponse à la sélection et dépression de consanguinité diminuent chez la mercuriale
annuelle à la suite de son expansion géographique
Benoit Pujol1, John Pannell2
1
Evolution & Diversité Biologique, Université de Toulouse Paul Sabatier, 118 route de
Narbonne, 31062 Toulouse Cedex 9, France
2
Department of Plant Sciences, University of Oxford, South Parks road, OX13RB, Oxford,
United Kingdom
L’expansion géographique d’une espèce mène généralement à une réduction de sa diversité
génétique aux limites de son aire de distribution, en raison des goulots d’étranglements de la
diversité qui accompagnent les événements de colonisation. En conséquence, une réduction du
potentiel adaptatif et une diminution de la dépression de consanguinité sont attendues dans les
populations situées aux marges de l’aire de distribution. Nous avons testé ces prédictions par des
expériences de sélection et de croisements contrôlés menées sur de multiples populations d’une
herbacée commune en Europe, Mercurialis annua, qui a colonisé l’Espagne et le Portugal par
des corridors d’expansion situés le long des cotes de la péninsule ibérique après la glaciation du
Pléistocène.
Pujol B. & Pannell J.R. 2008. Reduced responses to selection after species range expansion.
Science. 321: 96
Impact de la fragmentation de l’habitat sur la diversité génétique
de populations menacées de lémuriens à Madagascar
Erwan Quéméré1, Lounès Chikhi1,2, Brigitte Crouau-Roy1
1
EDB, Bât 4R3 Université Paul Sabatier, 31062 Toulouse cedex 9, France
2
IGC, Rua da Quinta Grande, 6. P-2780-156 Oeiras, Portugal
Résumé
Le propithèque à couronne dorée (Propithecus tattersalli) est une espèce rare et menacée de
lémurien du Nord-Est de Madagascar. Afin d’évaluer la résilience de cette espèce à la
fragmentation croissante de son habitat et fournir des informations pertinentes pour la mise en
place de stratégies de conservation, nous avons combiné des analyses de densité à des analyses
spatiales et génétiques. Une vaste campagne d’échantillonnage non-invasif (collecte de fèces)
sur l’ensemble de l’aire de distribution et le développement de marqueurs microsatellites
spécifiques, ont permis de caractériser la structure génétique globale et à fine échelle de cette
espèce sociale. Nous avons pu ainsi mettre en évidence les facteurs environnementaux
(rivières, routes, connectivité structurelle de l’habitat forestier) à l’origine des patrons de
dispersion au sein du paysage mais également fournir des premiers éléments sur l’influence de
la structure sociale et reproductive sur les flux de gènes à l’échelle des patches de ressource.
Enfin, la caractérisation de l’histoire démographique de P. tattersalli a permis de discuter de
l’origine (anthropique ou naturelle) et de la datation du processus de fragmentation dans sa
région de distribution.
Références
Quéméré E, Chikhi L, Louis EE Jr., Rabarivola C, & Crouau-Roy B Landscape genetics of an
endangered primate species within its whole fragmented range. (Submitted to Molecular
Ecology)
Quéméré E, Louis EE Jr., Ribéron A, Chikhi L & Crouau-Roy B (2009) Non-invasive
conservation genetics of the critically endangered golden-crowned sifaka (Propithecus
tattersalli): high diversity and significant genetic differentiation over a small range.
Conservation Genetics DOI:10.1007/s10592-009-9837-9.
Mardi 1er Septembre
14h00 – 15h20
Session 3 -
Hôte - Parasite
Modérateur : François Pompanon
Atyame Célestine - Dynamique évolutive des Wolbachia dans les populations naturelles du
moustique Culex pipiens en Afrique du Nord
Poisot Timothée - Intensité et fréquence des perturbations environnementales: quels impacts sur
la diversité et la spécificité dans un système hôte - parasites
Henry Isabelle - Sa propre démographie ainsi que le système social de son hôte conditionne la structure
génétique de l’acarien parasite Spinturnix bechsteini
Roy Lise - Voies de dissémination des populations de Dermanyssus gallinae (Acari :
Mesostigmata) dans les élevages de volailles.
Dynamique évolutive des Wolbachia dans les populations naturelles
du moustique Culex pipiens en Afrique du Nord
Célestine ATYAME, Olivier DURON, Mylène WEILL
Equipe Génétique de l’Adaptation, Laboratoire Génétique et Environnement, Institut des
Sciences de l’Evolution (UMR CNRS 5554), Université de Montpellier II (C.C. 065), 34095
Montpellier cedex 05, France
[email protected]
Wolbachia est une -Protéobactérie endosymbiotique héritable maternellement qui infecte de
nombreuses espèces d’arthropodes. Chez le moustique Culex pipiens, Wolbachia génère une
stérilité conditionnelle appelée incompatibilité cytoplasmique (IC). L’IC survient lors d’un
croisement entre mâles infectés et femelles non infectées ou entre mâles et femelles infectés par
des souches incompatibles de Wolbachia. Nous avons suivi l’évolution de deux Wolbachia,
wPip11 et wPip31, infectant les populations naturelles de C. pipiens en Tunisie et en Algérie.
Nous avons observé une IC unidirectionnelle entre ces Wolbachia. Les mâles infectés par
wPip11 stérilisent les femelles infectées par wPip31 alors que le croisement mâles wPip31 et
femelles wPip11 est compatible. Cette coexistence de souches incompatibles de Wolbachia est
théoriquement instable. L’IC unidirectionnelle confère un avantage reproductif aux femelles
wPip11 ce qui devrait conduire à l’invasion des populations naturelles par cette Wolbachia.
Cependant, la distribution spatio-temporelle des deux souches de Wolbachia de 1993 à 2008 ne
semble pas montrer une invasion de wPip11. Les facteurs qui pourraient permettre la coexistence
de ces Wolbachia tels que l’homogamie ou un coût différentiel des infections par wPip11 et
wPip31 sont en cours d’analyse. Les implications de la coexistence durable de Wolbachia
incompatibles seront discutées dans le cadre de l’utilisation des Wolbachia pour la lutte antivectorielle.
Mots clés : Culex pipiens, dynamique évolutive, incompatibilité cytoplasmique, Wolbachia
Intensité et fréquence des perturbations environnementales :
quels impacts sur la diversité et la spécificité dans un système hôte--parasites
Timothée Poisot1,2, Michael E Hochberg1,2
1
Université Montpellier 2 2 CNRS, Institut des Sciences de l'Evolution, CC 065, Place Eugène
Bataillon, 34095 Montpellier CEDEX 05, France
Peu d'études théoriques se sont encore penché sur l'impact des perturbations environnementales
sur la diversité, la coexistence, et l'évolution des stratégies dans les systèmes hôtes–parasites.
Pour approcher ce problème, nous avons mis au point un modèle biologiquement réaliste
s'appuyant sur trois modèles trophiques (ressources, hôtes, parasites). Nous utilisons trois
modèles génétiques différents, combinant différents modes d'infection. Nous montrons que la
richesse et la spécificité peuvent atteindre leur valeur maximale pour des fréquences de
perturbation intermédiaires, mais que cette tendance dépend du mode d'interaction entre hôtes et
parasites. Les relations entre spécificité, infectivité et richesse sont analysées. Certaines
prédictions de ce modèle sont testées expérimentalement sur le système Pseudomonas
fluorescens SBW25 et son phage lytique Phi2, qui ont coévolué dans du milieu KB a faible et
forte salinité pendant 12 transferts de 48 heures.
Sa
propre
démographie
ainsi
que
le
système
social
de
son
hôte
conditionne
la
structure
génétique
de
l’acarien
parasite
Spinturnix
bechsteini
Isabelle Henry1, Nadia Bruyndonckx1, Philippe Christe1 et Gerald Kerth1,2
1
Département d’écologie et d’évolution, Université de Lausanne, Suisse
2
Zoologisches Institute, Universität Zürich, Suisse
RESUME
Du fait de son importance dans les processus évolutifs façonnant la biodiversité, la coévolution entre hôtes et parasites est un sujet de recherche central en biologie évolutive. Les
facteurs qui influencent la diversité génétique locale, comme la dispersion ou la taille des
populations, jouent un rôle important dans l’issue de ces interactions entre espèces. De ce fait,
l’étude des traits d’histoire de vie qui influencent la variabilité génétique peut présenter des
implications dans une large gamme de systèmes biologiques. Nous avons utilisé un marqueur
mitochondrial pour décrire la structure d’une population d’acariens parasites (Spinturnix
bechsteini) transmis par contact direct et la comparer à celle de son hôte, la femelle du Murin de
Bechstein (Myotis bechsteini). Les femelles de ce Murin passent l’été dans des colonies de
reproduction regroupant 10-50 individus. Les membres de la même colonie partagent des abris
diurnes, dans lesquels ils sont regroupés en grappes serrées, alors que les membres de colonies
différentes ne se passent pas la journée ensemble. Nous n’avons trouvé aucune différenciation
génétique entre les acariens parasitant différentes chauves-souris au sein de la même colonie (FST
moyen = -0.01). Comme attendu en cas de dispersion limitée entre les colonies, une forte
différenciation génétique entre les acariens présents dans des colonies différentes a été observée
(FST moyen = 0.56). L’absence d’isolation par la distance suggère néanmoins que les parasites
possèdent des capacités de dispersion à longue distance entre les colonies de chauves-souris. La
transmission d’acariens entre chauves-souris issues de colonies différentes pourrait intervenir sur
les sites d’accouplements en automne ou lors de l’hibernation. En étudiant la variation
temporelle de la composition génétique, nous avons noté une forte différenciation entre les
différentes années (FST moyen = 0.51), ce qui suggère de régulières chutes des effectifs au sein
des populations d’acariens parasites. De façon générale, nos données démontrent que la structure
des populations de l’acarien parasite Spinturnix bechsteini est affectée par des facteurs
démographiques intrinsèques ainsi que par l’organisation sociale de son hôte. Ces résultats
mettent également en évidence l’importance d’un échantillonnage temporel aussi bien que spatial
dans la résolution de la structure génétique chez les espèces présentant de fortes variations des
effectifs.
Mots-clés : relations hôte-parasite ; métapopulation ; structure génétique ; Spinturnix bechsteini;
Myotis bechsteinii
Voies de dissémination des populations de Dermanyssus gallinae (Acari : Mesostigmata)
dans les élevages de volailles.
Roy L.1, Lopes J2, Dowling APG3, Chauve C.M.1, Buronfosse T.1
1
Université de Lyon, Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon, Laboratoire de Parasitologie, Marcy-L'Etoile, France
2
School of Biological Sciences, University of Reading, Reading, United Kingdom
3
Department of Entomolgy, University of Fayetteville – Arkansas, USA
Dermanyssus gallinae (De Geer, 1778), acarien connu sous le nom de pou rouge des poules, est un déprédateur
d’importance économique dans les élevages de volailles en Europe. Cette espèce est aussi recensée dans la faune
sauvage à travers le monde, chez des oiseaux très divers.
L'approche choisie combine outils de la phylogénie et de la génétique des populations, incluant une méthode
d'inférence bayésienne récemment développée pour l'analyse des structures de population. L'intégration à l'analyse
d'espèces apparentées du genre Dermanyssus totalement absentes des élevages permet une comparaison des
caractéristiques intraspécifiques entre espèces phylogénétiquement et écologiquement proches.
Une mise en relation des topologies et données statistiques obtenues chez D. gallinae et deux espèces
apparentées avec les informations écologiques disponibles permet de détecter des patterns écologiques informatifs.
Il apparaît notamment que l’invasion de milieux anthropisés, tels les élevages, est le fait d’un complexe de
populations issues d'une radiation ancienne suivie d'hybridations multiples. Les isolats issus d'élevages et ceux issus
de l'avifaune sauvage révèlent des structures de populations très différentes. Un goulot d'étranglement génétique
relativement ancien caractérise les isolats de poules pondeuses françaises et d'autres pays d'Europe. Une mise en
contact récente de populations longtemps isolées semble témoigner d'échanges récurrents entre élevages de
pondeuses dispersés à travers la France. Cela met en évidence le rôle important des échanges commerciaux au sein
de la filière "pondeuses" au moins sur le territoire français dans la dissémination des populations d'acariens. En
revanche, le rôle de la faune sauvage semble très réduit, si ce n'est nul.
Mardi 1er Septembre
15h00 – 16h00
Session 4 - Dispersion
Modérateur : Eric Durand
Carpentier Florence - Estimer la dispersion du pollen à partir de données microsatellites en
utilisant l'ABC
Bontemps Aurore- Rôles de la dispersion par pollen et par graine, de la variance du succès
reproducteur entre individus et de la sélection post-dispersion dans la mise en place de la
structure génétique spatiale en population continue.
Estimer la dispersion du pollen à partir de données microsatellites en utilisant l'ABC
Florence Carpentier1, Joel Chadœuf1, Etienne K. Klein1
1
Biostatistiques et Processus Spaciaux – INRA - Site agroparc – Domaine St Paul – 84914 Avignon Cedex 9
La dispersion du pollen est une composante majeure des flux de gènes des végétaux. Estimer cette dispersion à
l'échelle d'un épisode de reproduction est nécessaire pour prédire la dynamique de la diversité génétique à court
terme et comprendre les conséquences de changements actuels de l'environnement sur les populations
(fragmentation du milieu, réchauffement climatique). Dans ce cadre, il faut pouvoir estimer cette dispersion pour un
nombre important de populations, et donc à partir d'un nombre limité de données (échantillonnage minimum). Il est
alors utile de prendre en compte de manière optimale les informations incomplètes concernant le paysage dans ces
expérimentations, notamment la spatialisation des individus.
Actuellement, les méthodes estimant la dispersion du pollen à partir de marqueurs microsatellites se divisent en
deux catégories (Smouse et Sork, 2004): (i) les méthodes directes qui nécessitent un échantillonnage exhaustif
(positions et génotypes de tous les adultes) et permettent d'estimer des modèles complexes, (ii) les méthodes
indirectes qui requièrent seulement un échantillon d'adultes du site mais qui supposent une répartition aléatoire des
individus inconnus et n'admettent qu'un seul modèle.
En utilisant l'Approximate Bayesian Computation (ABC) (Beaumont et al., 2002), une méthode d'estimation
reposant sur des simulations, nous montrons comment introduire l'information partielle (positions d'individus
supplémentaires sans génotype renseigné) dans les méthodes indirectes et intégrer de la variation de fertilité. Sur un
jeu de données réelles (Sorbus torminalis) nous obtenons ainsi des estimations plus proches de celles issues des
méthodes directes basées sur des données plus nombreuses. Cette nouvelle méthode permet non seulement d'obtenir
des estimations comparables à celles des méthodes directes mais fournit aussi des intervalles de crédibilité pour ces
estimations, que les méthodes indirectes ne fournissaient pas jusqu'à maintenant.
Beaumont, MA, W Zhangb, and DJ Baldingc. 2002.Approximate Bayesian Computation in Population Genetics.
Genetics, 162: 2025-2035.
Smouse, PE and VL Sork. 2004. Measuring pollen flow in forest trees: A comparison of alternative approaches.
Forest Management and Ecology. 197:21-38
Rôles de la dispersion par pollen et par graine, de la variance du succès reproducteur entre
individus et de la sélection post-dispersion dans la mise en place de la structure génétique
spatiale en population continue.
Aurore Bontemps1, Etienne Klein2, Sylvie Oddou-Muratorio1.
1
INRA UR 629, Ecologie des Forêts Méditerranéennes, Domaine St Paul, Site Agroparc, 84914
Avignon
2
INRA, UR 546, Biostatistique et Processus Spatiaux , Domaine St Paul, Site Agroparc, 84914
Avignon
L'étude des effets combinés des flux de gènes, de la dérive et de la sélection sur le potentiel
évolutif des populations connaît un regain d'intérêt dans le contexte actuel de fragmentation
accrue des habitats et de changement climatique. Les marqueurs génétiques et les méthodes
dérivées des analyses de parenté sont de plus en plus utilisés pour inférer le niveau des flux de
gènes instantanés et de la dérive génétique entre parents et descendants. Ainsi, pour les
populations continues de plantes, le modèle de voisinage 1, 2 permet d'estimer conjointement 1)
les paramètres de dispersion (distance moyenne d, forme de la courbe et taux de migration
extérieur) du pollen et/ou des graines et 2) la variance du succès reproducteur entre individus à
partir des génotypes et des positions de semis établis et de leur géniteurs potentiels. Nous avons
utilisé ce modèle dans deux populations du sud de l'aire de répartition du hêtre commun (Fagus
sylvatica), un arbre monoïque entomophile dont les graines sont dispersées par gravité et par de
petits rongeurs. Dans chaque population, deux cohortes de semis (« jeunes » semis d'âge < 4 ans
et « vieux » semis d'âge entre 4 et 30 ans) et leur géniteurs potentiels dans un rayon de 100
mètres ont été cartographiés et génotypés avec 11 marqueurs microsatellites. Les flux de gènes
par voie de graine se caractérisent par une dispersion majoritaire à courte distance (d=8m pour
les jeunes et d=13m pour les vieux semis), et des événements de dispersion à longue distance
non négligeables (taux de migration extérieur de 12 et 40% respectivement pour les jeunes et
vieux semis). Les succès reproducteurs mâles et femelle sont augmentent significativement avec
la taille des individus et leur production de semence. Nous avons utilisé des simulations pour
comprendre comment les différences observés entre les jeunes et les vieux semis pouvait refléter
1) l'action de la sélection post-dispersion en fonction de la distance à l'arbre mère et 2) le cumul
des événements de reproduction, plus important dans le cas des vieux semis (25 années cumulée
vs 4 pour les jeunes).
Mercredi 2 Septembre
9h00 – 11h00
Session 1 - Structure des populations
Modérateur : Michael Blum
Csillery Katalin - For how many generations linkage disequilibrium is maintained after an
admixture event?
Durand Eric - Spatial inference of admixture proportions and secondary contact zones
Restoux Gwendal - Robustesse d'un approche de type régression pour la détection de la
dépression de consanguinité
Bech Nicolas - Impact de la fragmentation des paysages sur la structuration génétique des
populations de perdrix grise (Perdix perdix).
Jay Flora - Influence de l'environnement sur la structure génétique de populations
For how many generations linkage disequilibrium is maintained
after an admixture event?
Katalin Csillery, TIMC-IMAG, equipe TIMB
Mixing of two or more populations with different allele frequencies generates admixture linkage
disequilibrium (ALD). ALD has been crucial in making inferences about population structure
and history, and to improve disease gene mapping. Nevertheless, it has never been quantified for
how many generations ALD is maintained after the admixture event.
Theory predicts that D(AB) = p(AB) - p(a)p(b), the difference between the frequency of the
haplotype AB and the product of the frequencies of alleles A and B, decreases with time as a
function of the recombination rate: D(AB)(t + 1) = (1 - c) D(AB) t, where t is the time in
generations and c is the recombination rate. Under this simple relationship even between tightly
liked loci (e.g. with recombination rate c=0.01) LD breaks down rapidly: For example, 10, 100,
and 500 generations after the admixture event, 8.6, 63, and 99% of the LD is expected to be lost,
respectively.
Here I show, and quantify how much ALD is maintained after an admixture event depending on
the polymorphism of the two loci in question. Most strikingly, I show that between polymorphic
microsatellite loci, considerable ALD is present even after 100's of generations. This is because
the predictions of the simple equation above are only probabilistic expectations for each
haplotype AB, of which, there are many between multiallelic loci.
[email protected]
Post-doc - Laboratoire TIMC-IMAG, equipe TIMB
Université Joseph Fourier
Pavillon Taillefer
38706 La Tronche, France
Tel: +33 (0)4 56 52 00 65
[email protected]
Mob: +33 642 708 167
Spatial inference of admixture proportions
and secondary contact zones
Abstract
:
Genetic admixture of distinct gene pools is the consequence of complex spatio-temporal
processes that could have involved massive migration and local mating during the
history of a species. However current methods for estimating individual admixture
proportions lack the incorporation of such a piece of information. Here, we extend
Bayesian clustering algorithms by including global trend surfaces and spatial
autocorrelation in the prior distribution on individual admixture coefficients. We test our
algorithm by using spatially explicit and realistic coalescent simulations of colonization
followed by secondary contact. By coupling our multiscale spatial analyses with a
Bayesian evaluation of model complexity and fit, we show that the algorithm provides a
correct description of smooth clinal variation, while still detecting zones of sharp
variation when they are present in the data. We also apply our approach to
understanding the population structure of the killifish, {\it Fundulus heteroclitus}, for
which the algorithm uncovers a presumed contact zone in the Altantic coast of NorthAmerica.
-Eric Durand, PhD Student
Dept. Mathematical Biology, TIMC-IMAG, Faculty of Medicine, F38706 La Tronche,
France
Tel. : +33 (0)4 56 52 00 70
Fax : +33 (0)4 56 52 00 55
Robustesse d'un approche de type régression
pour la détection de la dépression de consanguinité
Gwendal Restoux
1
2
3
1,2
3
1
2
, Priscille Huot de Longchamp , Bruno Fady & Etienne K. Klein
Ecologie des Forêts Méditerranéennes – INRA - Site agroparc – Domaine St Paul – 84914 Avignon Cedex 9
Biostatistiques et Processus Spaciaux – INRA - Site agroparc – Domaine St Paul – 84914 Avignon Cedex 9
AgroParisTech - 16 rue Claude Bernard - 75231 Paris Cedex 05
La dépression de consanguinité (imbreeding depression, ID) est un phénomène répandu chez les
animaux et les végétaux (Charlesworth & Charlesworth, 1987). Ce phénomène est d'un intérêt
tout particulier dans le domaine de la biologie de la conservation, notamment dans le cas de
populations de petites tailles car il peut largement modifier leurs capacités de survie. Sa détection
est donc essentielle et deux méthodes sont alors disponibles : i) des expériences de fécondation
contrôlés permettant de comparer la valeur sélective (au moins un de ses proxies) entre des
individus issus d'allofécondation et d'autres issus d'autofécondation ; ii) des comparaisons de
valeurs sélectives observées (Y) pour différents niveaux de consanguinité estimés via un indice X
adéquat (F, s=1-tm), le tout par une régression linéaire de type : Y=a+b.X+ε (Williams &
Savolainen, 1996). La première méthode bien qu'efficace est souvent difficile à mettre en oeuvre
(temps, coût, biologie de l'espèce considérée). La deuxième méthode quant à elle, bien que
moins précise permet une approche à l'échelle de la population et s'avère moins coûteuse. Nous
nous sommes donc intéressés aux limites de détection de l’ID d'une telle approche indirecte. En
effet, dans cette régression, b représente le fardeau génétique et il est donc supposé constant au
sein de la population échantillonnée. Or, le fardeau génétique peut varier d’un individu à l’autre
et donc affecter la capacité de détection de l’ID. De plus, quel est l'effet du plan
d'échantillonnage sur cette capacité de détection del’ID ? Nous avons testé les effets de la
variabilité du fardeau génétique individuel ainsi que d'autres variables de la population (fardzau
génétique moyen, autofécondation moyenne et sa variabilité) et du plan d’échantillonnage sur la
détection de l’ID par simulations. En moyenne cette approche permet une capacité de détection
de l’ID relativement élevée (91%). Cependant, la variabilité inter-individuelle du fardeau
génétique a effectivement un effet négatif sur cette probabilité de détection. De plus, d'autres
caractéristiques de la population (fardeau génétique moyen, variabilité du taux
d'autofécondation) ont également un effet sur la puissance de l'approche de type régression.
Finalement nous concluons sur les plans d'échantillonnage permettant de maximiser la détection
de la dépression de consanguinité.
Charlesworth,D. & Charlesworth, B. Inbreeding depression and its evolutionary consequences Annual Review of Ecology and Systematics, 1987, 18, 237-268
Williams, C. G. & Savolainen, O. Inbreeding depression in conifers: Implications for breeding
strategy - Forest Science, 1996, 42, 102-117
Impact de la fragmentation des paysages
sur la structuration génétique des populations de perdrix grise (Perdix perdix).
Nicolas BECH1, Claude NOVOA2, Elisabeth BRO3, Jérôme BOISSIER1
1
Laboratoire de Biologie et d’Ecologie Tropicale et Méditerranéenne, UMR 5244 CNRS-EPHEUniversité de Perpignan, 52 avenue Paul Alduy, 66860 Perpignan Cedex, France.
2
Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage, CNERA faune de montagne, Direction
des Etudes et de la Recherche, Espace Alfred Sauvy, 66500 Prades, France.
3
Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage, CNERA petite faune sédentaire de plaine,
Direction des Etudes et de la Recherche, 5, rue de Saint Thibaud Saint Benoist BP 20 78612 Le
Perray en Yvelines Cedex, France.
La perdrix grise est un galliforme d’intérêt cynégétique et patrimonial certain. En France on
distingue deux sous-espèces endémiques : Perdix perdix armoricana dans le Bassin Parisien et
P. p. hispaniensis dans les Pyrénées. Les populations situées au nord de la France ne semblent
pas présenter de structuration génétique particulière alors que les populations des Pyrénées sont
marquées par une forte structuration génétique caractérisée notamment par un isolement par la
distance. Il est intéressant de remarquer qu’en montagne le paysage présente un niveau de
fragmentation supérieur à celui du Bassin Parisien. En effet, les milieux alpins, de par leur
géomorphologie / leur relief sont fragmentés par essence. De plus, il s’avère que depuis le début
du quaternaire les landes d’altitude (habitats privilégiés pour la perdrix grise), ont été
particulièrement façonnées par les fluctuations climatiques et un impact anthropique qui ont eut
pour conséquence la fermeture des milieux et donc la réduction de l’habitat potentiel de la
perdrix grise. Basé sur le polymorphisme de marqueurs microsatellites, ce travail illustre
l’impact de la fragmentation des paysages sur la distribution de la variabilité génétique et sur la
structuration génétique des populations de perdrix grise. Plus précisément, nos analyses révèlent
qu’en plus d’avoir un impact sur les proceci micro-évolutifs, le paysage influence également les
flux géniques et l’orientation de ces flux dans l’espace.
Mercredi 2 Septembre
11h00 – 12h20
Session 2 - Structure des populations (suite)
Modératrice : Stéphanie Manel
Ndiade Bourobou Dyana - Détecter différentes échelles de structures génétiques spatiales en
combinant les marqueurs microsatellites chloroplastiques et nucléaires pour l’espèce forestière à
très faible densité à l’hectare, Baillonella toxisperma.
Leroy Gregoire - Différences de structure génétique entre espèces d’animaux domestiques.
Verrier Etienne - L’estimation de l’effectif efficace des populations d’animaux domestiques :
une étude de cas relative à deux races de chevaux de trait à partir de données généalogiques ou
de données moléculaires.
Robvieux Pauline - Analyse de la diversité et de la structure génétique de Cystoseira amentacea
var. stricta
Détecter différentes échelles de structures génétiques spatiales en combinant
les marqueurs microsatellites chloroplastiques et nucléaires pour l’espèce
forestière à très faible densité à l’hectare, Baillonella toxisperma pierre.
Dyana Ndiade Bourobou
La différence dans la fréquence et la vitesse de mutation des marqueurs microsatellites
(SSR) nucléaires et chloroplastiques est susceptible de mettre en évidence différents niveaux de
structurations génétiques à travers l’aire naturelle de répartition d’une espèce. L’évolution
contrastée de ces deux types de marqueurs moléculaires est utilisée dans le cadre de cette étude
pour rendre compte de la dynamique de la structure génétique spatiale du Moabi (Baillonella
Toxisperma Pierre), une espèce à très faible densité (1adulte/20ha) et considérée comme clé de
voûte écologique dans les forêts primaires du bassin du Congo.
Les premiers résultats effectuées sur 247 individus révèlent deux clusters regroupant les
trois populations étudiées (Fst=0.186*) les marqueurs chloroplastiques alors qu'aucune sousstructure n'a été détectée avec les 15 microsatellitesnucléaires (Fst= 0.01ns) à l'échelle locale.
L'absence de structure observée peut-être expliquée par un flux de pollen efficace due à
l'efficacité des pollinisateurs (D= 1-2.5km) et la faible densité de l'espèce. Les deux structures
détectées pour les marqueurs chloroplastiques seraient probablement dues à un flux de graines
efficace (D=1-2km) occasionné par les mouvements territoriaux de l'éléphant.
A l’issue de cette première étude nous allons
étendre l'étude à une plus large échelle
géographique (Cameroun, Gabon) afin (i) de détecter les structures génétiques anciennes et
récentes, et (ii) inférer les processus évolutifs, historiques et climatiques ayants conduit à cette
structuration spatiale de la diversité génétique.
Mots clés: Dynamique spatiale- Diversité génétique- Structures génétiques - Marqueurs
microsatellites – Flux de gènes- Baillonella toxisperma Pierre- Clé de Voûte- Bassin du Congo.
Différences de structure génétique entre espèces d’animaux domestiques
Grégoire Leroy*1,2, Cécile Berthouly3, Etienne Verrier1,2, Xavier Rognon1,2
1
AgroParisTech, UMR1313 Génétique animale et biologie intégrative, 16 rue Claude Bernard,
F-75231 Paris 05
2
INRA, UMR1313 Génétique animale et biologie intégrative, F-78350 Jouy-en-Josas
3
CIRAD, UPR AGIRs, Campus International de Baillarguet, 34398 Montpellier Cedex 05,
France
La gestion des espèces animales domestiques en races plus ou moins fermées, initiée à partir du
XIXème siècle, a profondément structuré la variabilité génétique de ces espèces, phénomène que
le développement des marqueurs moléculaires ainsi que celui de nouvelles méthodes statistiques
(approche bayesienne…) permettent d’étayer. A partir de trois jeux de données sur
microsatellites concernant respectivement le chien, le cheval et la poule, nous avons mis en
évidence des différences de structure d’une espèce à l’autre. Chez la poule, l’existence d’un
gradient Est-Ouest à l’échelle planétaire apparaît lié aux conditions de domestication de l’espèce.
A l’échelle de la France, les races équines constituent elles-mêmes des ensembles relativement
peu homogènes mais peuvent être réparties en groupes génétiques présentant une certaine
cohérence. Les races canines apparaissent au contraire bien plus homogènes, alors qu’il est plus
difficile d’identifier des structures supra raciales. Certains facteurs, liés aux pratiques d’élevage
ou à la physiologie des espèces, contribuent à expliquer ces différences, ce qui est confirmé au
moyen de simulations. Chez le chien, par exemple, des règles de gestion excluant le croisement
entre races, une taille de portée élevée, une utilisation déséquilibrée des reproducteurs, ainsi que
des intervalles de générations courts ont pu accélérer le phénomène de différenciation génétique
des races. Les différents usages du cheval ont vraisemblablement contribué à l’émergence des
groupes observés mais, à l’intérieur de chaque groupe, des règles de gestion qui autorisent de
nombreux types de croisement ont manifestement limité la différenciation des races. Les
situations existantes au sein d’autres espèces domestiques sont aussi brièvement discutées.
L’estimation de l’effectif efficace des populations d’animaux domestiques
à partir de données généalogiques ou de données moléculaires :
une étude de cas relative à deux races de chevaux de trait
Etienne Verrier*1,2, Grégoire Leroy1,2, Christine Blouin2, Valérie Loywyck3,
Jean-Claude Mériaux4, Xavier Rognon1,2
1
AgroParisTech, UMR1313 Génétique animale et biologie intégrative, 16 rue Claude Bernard,
F-75231 Paris 05
2
INRA, UMR1313 Génétique animale et biologie intégrative, F-78350 Jouy-en-Josas
3
INRA, UMR320 Génétique végétale, Ferme du Moulon, F-91190 Gif-sur-Yvette
4
Labogena, Domaine de Vilvert, F-78352 Jouy-en-Josas
Disposer d’une estimation fiable de l’effectif efficace (Ne) d’une population est utile dans une
perspective de gestion génétique ou de conservation. Pour cela, de nombreuses méthodes sont
disponibles, différant par la conception, les hypothèses sous-jacentes, les informations requises
et la facilité de mise en œuvre dans des situations réelles. Notre étude a concerné deux races
équines aux caractéristiques démographiques fort différentes, le Comtois (principale race de trait
élevée en France) et le Boulonnais (race en conservation). Nous avons comparé plusieurs
méthodes d’estimation de Ne, à partir (i) des variances et covariances des tailles de descendance
des reproducteurs, (ii) de l’évolution de la consanguinité calculée sur la base des généalogies,
(iii) de l’évolution de l’hétérozygotie attendue à 11 marqueurs microsatellites et (iv) de la
variance temporelle des fréquences alléliques à ces même marqueurs. Quelle que soit la
méthode, le classement des deux populations est le même (NeComt > NeBoul) mais pour une même
population, le champ de variation des valeurs estimées est très large : de 74 à 5700 en Comtois,
de 11 à 161 en Boulonnais. Les estimations à partir de la consanguinité généalogique sont
cohérentes selon les échantillons considérés au sein d’une même population mais
substantiellement différentes de celles obtenues à partir de l’évolution de l’hétérozygotie
attendue aux marqueurs : de 3 à 5 fois plus faibles chez le Comtois, de 3 à 5 fois plus élevées
chez le Boulonnais. Les valeurs maximales ont été obtenues à partir des variances temporelles
des fréquences alléliques. Les raisons possibles des écarts entre méthodes sont discutées.
Analyse de la diversité et de la structure génétique de Cystoseira amentacea var. stricta
Robvieux Pauline(1), Bottin Lorraine(1), Thibaut Thierry(1) et Forcioli Didier(1)
(1) Université Nice Sophia-Antipolis, E.A. 4228 ECOMERS. Fac Sciences. Parc Valrose. 06108
NICE Cedex 2
Cystoseira amentacea var. stricta (Phaeophyceae) est une espèce ingenieure endémique à
la Méditerranée. Résistante aux conditions environnementales très changeantes elle est très
sensible aux pressions anthropiques. Le but de cette étude était d’étudier la diversité et la
structuration génétique de la population Méditerranéenne française à partir de six populations
réparties de Carro (Bouches du Rhône) au Cap Ferrat (Alpes Maritimes). Pour cela cinq
nouvelles amorces microsatellites ont été validés dans cette étude pour C. amentacea. Ils
complètent le jeu de cinq amorces déjà existant. Les analyses ont été faites à partir des logiciels
GenAlEx, Arlequin et Genepop. Les résultats obtenus permettent de mettre en évidence une
grande diversité alléliques. La valeur moyenne de Fis sur les six populations est forte et
significative (0,460***) confirme une forte structuration intrapopulation et le Fst moyen de
0,172*** couplé aux Fst par paire de populations très significatifs mettent en évidence une
structuration interpopulation. Ces deux valeurs sont logiques par rapport à la faible capacité de
dispersion des zygotes.
Alors que la structure intrapopulation peut être expliquée par de la consanguinité, la structuration
interpopulation marque un isolement des populations qui peut résulter d’évènement géologiques
très anciens (crise messénienne, glaciation).
L’ensemble des populations échantillonnées devront être analysées à partir de notre jeu
de dix amorces microsatellites.
Jeudi 3 Septembre
9h00 – 10h20
Session Biologie Moléculaire
Modératrice : Irène Till-Bottraud
Abdelkrim Jawad - Technologies de séquençage de nouvelle génération et développement de
marqueurs microsatellites spécifiques: une approche par le nombre
Leveugle Magalie - Analyse du promoteur du gène TB1 chez le mil (Pennisetum glaucum)
Petit Eric - La multiplication du cytochrome b chez Globodera
Valentini Alice – DNA barcoding for herbivorous diet analysis
Logossa Zenor - Structure de la diversité génétique du karité (Vitellaria paradoxa C.F. Gaertn)
en Afrique de l'Ouest et recolonisation post-glaciaire du couloir sec du Dahomey
Pause café
Assemblée générale – Conclusions
Technologies de séquençage de nouvelle génération et développement de marqueurs
microsatellites spécifiques: une approche par le nombre.
Jawad Abdelkrim1, Bruce C. Robertson2, Jo-Ann L. Stanton3, Neil J. Gemmell1
1
Centre for Reproduction and Genomics, Department of Anatomy & Structural Biology,
University of Otago, PO Box 913, Dunedin 9054, New Zealand
2
Department of Zoology, University of Otago, PO Box 56, Dunedin, New Zealand
3
Anatomy Otago Genomics Sequencer Unit, Department of Anatomy & Structural Biology,
University of Otago, PO Box 913, Dunedin 9054, New Zealand
Les marqueurs microsatellites sont les marqueurs génétiques de choix pour de
nombreuses applications en génétique des populations. Cependant, ces marqueurs nécessitent
d’être développés de novo et la plupart des protocoles traditionnels requiert l’utilisation
d’approches recombinantes. Nous proposons de remplacer ces approches par l’utilisation de
technologies de séquençage de nouvelle génération (pyroséquencage, Roche/454 GS FLX), qui
permettent de générer en seulement quelques jours un nombre élevé de séquences aléatoires de
longueur réduite représentant des millions de paires de bases. L’utilisation d’outils
bioinformatiques appropriés permet un traitement rapide de ces jeux de donnes massifs et de
détecter les fragments contenant des motifs répétés et de définir des sondes pour amplification en
seulement quelques secondes. L’utilisation de cette approche nous a permis d’isoler aisément 13
marqueurs polymorphes pour le canard bleu, une espèce menacée endémique de NouvelleZélande, pour laquelle peu de données génétiques étaient disponibles jusqu'à présent. Notre
approche élimine la nécessité du recours au clonage et réduit considérablement les délais et le
coût du travail de laboratoire comparé aux approches traditionnelles.
Analyse du promoteur du gène TB1 chez le mil (Pennisetum glaucum)
Magalie Leveugle1, Samah Rekima1, Laure Benoit², Aboubakry Sarr1, Thierry Robert1
1
Laboratoire ESE, UMR 8079, Bâtiment 360, université Paris Sud, 91405 Orsay, France
²Laboratoire CEFE, UMR 5175, 1919 route de Mende, 34293 Montpellier, France
La domestication des plantes et la diffusion de l'agriculture ont été les éléments fondateurs de
l'agriculture humaine. L'un des syndromes de la domestication est la réduction du tallage chez les
céréales cultivées par rapport aux céréales sauvages.
Des études de polymorphisme chez le maïs comme chez le mil ont montré une diminution de la
diversité nucléotidique dans la région 5’ UTR du gène TB1 (teosinte branched 1).
Nous nous sommes intéressés à la structure des éléments régulateurs de l'expression du gène
TB1 chez les panicées par des approches de phylogenetic shadowing et footprinting.
Pour cela nous avons constitué une collection de séquences du promoteur du gène chez différents
genres de panicées proches des Pennisetum ainsi que pour 9 espèces des pools tertiaires et
secondaires de Pennisetum glaucum.
Ces séquences ont été analysées par les logiciels eShadow et Footprinter pour mettre en évidence
des motifs putatifs de fixation de facteurs de transcription dans la région 5’ UTR du gène
(environ 1000 paires de bases). Les premiers résultats indiquent la présence de deux régions
significativement conservées chez les Pennisetum dans lesquelles des motifs régulateurs
potentiels sont en cours d'identification.
La multiplication du cytochrome b chez Globodera
Eric Petit1, Julie Ferreira de Carvalho1, Didier Fouville1, Sylvie Valette1
1 INRA/Agrocampus Rennes/Univ. Rennes 1, UMR BiO3P, Domaine de la Motte, 35653 Le
Rheu, France
Le génome mitochondrial des nématodes est plutôt court, avec un contenu génique relativement
classique, mais certaines espèces présentent des caractéristiques tout à fait particulières. Les
nématodes phytoparasites du genre Globodera ont un génome mitochondrial multipartite
constitué d'au moins six petits cercles mitochondriaux qui diffèrent en longueur et en séquences.
Tous les gènes qui font une génome mitochondrial n'ont pas encore été découverts, ce qui laisse
supposer que d'autres cercles sont à caractériser. Par ailleurs, différents cercles peuvent porter
des gènes identiques, ils sont capables de recombinaison et de nombreux indels décalent les
cadres de lecture.
La présence de paralogues, de recombinaison, de variabilité dans les séquences codantes
suggèrent fortement que l'hétéroplasmie est prévalente dans le génome mitochondrial de ces
espèces. Nous l'avons mesuré en amplifiant, clonant et séquençant le cytochrome b dans une
population de chacune de 6 espèces ou sous-espèces du genre Globodera. Les résultats de cette
expérience ont révélé : 1) que l'hétéroplasmie est effectivement extrême ; 2) que les séquences
obtenues appartiennent à trois clades très divergents (K2P=25-28%) mais constituent toutes des
copies fonctionnelles du cytochrome b ; 3) que chaque taxon possède des copies du cytochrome
b appartenant à deux voire trois clades différents ; 4) qu'un même individu peut présenter des
séquences qui se rangent dans les trois clades. Ces résultats soulèvent des questions quant au
mode de transmission de l'ADN mitochondrial dans ces espèces, au devenir de gènes dupliqués
dans un contexte mitochondrial, et à la biologie des nématodes étudiés.
DNA barcoding for herbivorous diet analysis
Alice Valentini1, Christian Miquel1, Eric Coissac1, François Pompanon1, Pierre Taberlet1
1
Laboratoire d'Ecologie Alpine, CNRS UMR 5553, Université Joseph Fourier, BP 53, F-38041
Grenoble cedex 9, France
The development of DNA barcoding and the availability of recent DNA sequencing techniques
offer new possibilities in diet analysis. DNA fragments shorter than 100–150 bp remain in a
much higher proportion in degraded DNA samples and can be recovered from faeces. As a
consequence, by using universal primers that amplify a very short but informative DNA
fragment, it is possible to reliably identify the plant taxon that has been eaten. We propose a new
method that is fast, simple to implement, and very robust for diet analysis that combine universal
primer approach and DNA barcoding. This new technique appears to be very robust and can be
applied at large scales. We demonstrated that it could be applied for diet analyses of a wide
range of phytophagous species at large scales. This method opens new perspectives in ecology,
not only by allowing large-scale studies on diet, but also by enhancing studies on resource
partitioning among competing species, and describing food webs in ecosystems.
Structure de la diversité génétique du karité (Vitellaria paradoxa C.F. Gaertn) en
Afrique de l’Ouest et recolonisation post-glaciaire du couloir sec du Dahomey.
Zénor Ablah Logossa1,3, Haby Sanou 2, Alexandre Vaillant3,
Kouami Kokou1, Jean-Marc Bouvet3
1
Université de Lomé, Faculté des Sciences. BP 1515 Lomé, Togo.
Institut d’Economie Rurale, Bamako, mali
3
CIRAD-Département système biologique. Unité de recherche « Diversité génétique et
amélioration des espèces forestières ». TA 10 C Campus International de Baillarguet. 34398
Montpellier, France.
2
Résumé
Le karité (Vitellaria paradoxa C.F. Gaertn) est un arbre agroforestier très répandu dans les
savanes soudano-sahéliennes africaines et exploité pour son beurre utilisé dans la cosmétique, la
pharmaceutique et l’agroalimentaire. Les patrons de diversité génétique du Karité ont été
analysés afin de tester les hypothèses relatives aux refuges d’Afrique de l’ouest pendant
l’holocène et à la recolonisation du couloir sec du Dahomey (Maley, 1989). Les analyses sur 11
microsatellites nucléaires (nucSSR) de 703 arbres issus de 31 populations de 7 pays de l’Afrique
de l’Ouest ont montré une faible différenciation entre les populations (Fstnuc = 0.069). Par contre,
l’étude de 3 microsatellites chloroplastiques (cpSSR) sur 313 individus des mêmes origines a
montré un patron de structuration plus marqué : 12 chlorotypes phylogéographiquement liés
[Nst (0.65)>Gst (0.53)] ont été déterminés et montrent une forte différenciation entre les
populations (Fstcp = 0.704) ; les deux plus fréquents chlorotypes A et E sont chacun spécifiques
de l’Ouest et de l’est du couloir sec du Dahomey. La présence simultanée de ces deux
chlorotypes au sein du couloir sec du Dahomey confirmerait l’hypothèse de sa recolonisation
résultant des deux flux convergents provenant des zones refuges adjacentes.
Mot clés :
Vitellaria paradoxa, zone refuge, Couloir sec du Dahomey, microsatellites nucléaires,
microsatellites chloroplastiques.
Les posters
1 - Stéphanie Cohu, Aurélie Blanfuné, Jean-Philippe Labat, Rodolphe Lemée, Luisa Mangialajo et
Thierry Thibaut - Etude écologique et génétique des populations d’un dinoflagellé benthique toxique,
Ostreopsis cf. ovata, en Méditerranée Nord-Occidentale
2 - Perrier C., Baglinière, J.L., Guyomard R., and Evanno G.- Influence des facteurs environnementaux
sur la structure génétique des populations françaises de saumon atlantique
3 - Coraline Caullet, Valérie le Corre - Distribution au sein d'un paysage agricole et variation des traits de
plantes adventices, les capselles.
4 - Benoit Gilles et Mathieu Joron - Architecture génétique du mimétisme chez Heliconius: façonnement
par la sélection ou préadaptation?
5 - Joana Do Nascimento, Nicolas Bierne - Etude détaillée de la sélection sur un peptide antimicrobien
dans une population structurée de Mytilus
6 - Romain Valade, Brigitte Maisonneuve, Claire Neema - Diversité génétique de Bremia lactucae
(Regel), agent du mildiou de la laitue, Lactuca sativa.
7 - L. Valeria Oppliger, Juan A. Correa, Myriam Valero, Jessica Beltrán, and Christophe Destombe Effects of temperature on sex-ratio in two related species of Lessonia (Laminariales, Phaeopyceae)
inhabited adjacent areas of the Chilean coast
8 - Brandenburg Jean-Tristan, Toupance Bruno, Austerlitz Frederic - Impact of fertility transmission and
homogamy in family size in humans
9 - Hélène Magalon, Thibault Nidelet and Oliver Kaltz - Experimental evolution of life history and
virulence of a parasite with vertical and horizontal transmission: The impact of host growth conditions
10 - François Allal, Laurent Millet, Alexandre Vaillant, Jean-Marc Bouvet - Nuclear And Chloroplastic
Markers For Assessment Of Vitellaria paradoxa C.F. Gaertn. Genome Evolution
11 - Aurélie Khimoun, Monique Burrus, Christophe Andalo, Benoit Pujol, Christophe Thebaud Homoplasie et paradoxe à l’utilisation des microsatellites
12 - Antoine Tailliez, Isabelle Decombeix - Recherche de QTLs associés à la tolérance au zinc aux
stades précoces du développement chez Arabidopsis halleri
13 - Alexandre Geoffroy, Line Le Gall and Christophe Destombe - Species delineation of seaweeds using
DNA barcoding : a comparison of the species concept in red, green and brown algae.
14 - Gwilherm Penant, Didier Aurelle, Anne Chenuil, Jean Pierre Féral - Phylogéographie de l’oursin
commun Paracentrotus lividus : Approche combinée de l’ADN mitochondrial et nucléaire.
15 - Yann Bourgeois, Philippe Heeb, Christophe Thébaud. - Etude de la variation de coloration et de ses
bases phylogénétiques et génétiques chez Zosterops borbonicus, oiseau endémique de La Réunion.
16- Joris Bertrand, Steve Goodman, Marie Raherilalao, Ben Warren, Philipp Heeb, Christophe
Thébaud - Approche phylogéographique de la dispersion et de la diversification du clade
Zosterops maderaspatanus dans le sud-ouest de l’océan indien.
Etude écologique et génétique des populations d’un dinoflagellé benthique
toxique, Ostreopsis cf. ovata, en Méditerranée Nord-Occidentale
Stéphanie Cohu1,2, Aurélie Blanfuné2, Jean-Philippe Labat2, Rodolphe Lemée2, Luisa Mangialajo1 et
1
Thierry Thibaut
1. Université de Nice-Sophia Antipolis - EA 4228 ECOMERS - Faculté des Sciences, Parc Valrose,
06108 Nice cedex 02 FRANCE
2. Laboratoire Océanographique de Villefranche, CNRS-UMR 7093, UPMC, Observatoire Océanologique
de Villefranche - BP 28, 06234 Villefranche- sur-Mer cedex France
A l’échelle mondiale, le nombre d’évènements d’efflorescences de microalgues toxiques augmente
depuis une trentaine d’années, avec une diversification des espèces impliquées. Parmi celles-ci, deux
espèces du genre Ostreopsis, des dinoflagellés épibenthiques, se développent en blooms importants
depuis 1998 (Sansoni et al., 2003) et causent des problèmes sanitaires le long des côtes de la
Méditerranée Nord-Occidentale (Brescianini et al., 2006). Afin de comprendre les conditions
environnementales favorisant le développement de ces dinoflagellés, nous avons suivi l’évolution des
populations d’Ostreopsis cf. ovata à Monaco durant les étés 2007 et 2008. En 2007, un bloom est
survenu début-juillet, les concentrations en cellules étant très élevées sur les macroalgues (2.77.106
cell.g-1 Poids Frais de macroalgues) et dans l’eau (37.103 cell.l-1). En 2008, le bloom a été observé plus
tardivement, mi-juillet, en étant globalement moins important avec des concentrations maximales de
0.57.106 cell.g-1 PF de macroalgue et 213.103 cell.l-1. Les différences de développement d’Ostreopsis
observées entre les deux années peuvent être reliées aux conditions hydroclimatiques enregistrées :
comparé aux 12 dernières années, 2007 est caractérisé par un hiver et un printemps relativement
« chauds », suivis d’un été venteux et « frais ». A l’inverse, 2008 présente un printemps « standard »
suivi d’un été chaud et peu venteux. Durant les 2 années, une importante variabilité des concentrations a
été observée à petite échelle (100 m), probablement due à la structure alvéolaire de la plage étudiée qui
induit des conditions hydrodynamiques complexes. L’effet des nutriments est discutée. Une étude de
génétique des populations a été initiée au début de l’année 2009 afin de comprendre la dispersion
d’Ostreopsis cf. ovata et de quantifier la diversité et les échanges géniques intra et interpopulationnels.
La technique de l’EPIC (exon-primed, intron-crossing) PCR a été choisie afin de réaliser cette étude dont
le principe et les premiers résultats seront présentés.
Influence des facteurs environnementaux sur la structure génétique
des populations françaises de saumon atlantique
Perrier C.1,2, Baglinière J.L.1,2, Guyomard R.3, and Evanno G.1,2
1
UMR INRA Ecologie et Santé des Ecosystèmes, Rennes, France
Agrocampus Ouest, Rennes, France
3
UMR INRA Génétique Animale et Biologie Intégrative, Jouy-en-Josas, France
2
Key words: Salmo salar, structure génétique, conservation, adaptation locale
Résumé:
Identifier les paramètres déterminant la différenciation génétique des populations est un enjeu majeur en
génétique des populations et en biologie de la conservation. Notre objectif est d’étudier la structure
génétique des populations françaises de saumon atlantique et de déterminer les facteurs
environnementaux et démographiques qui l’influencent. 760 échantillons provenant de 23 rivières ont été
génotypés à 17 marqueurs microsatellites. Le sexe et l’âge des individus étaient renseignés, de même
que les divers paramètres environnementaux des rivières échantillonnées. Une analyse bayesienne a
classé les individus dans cinq groupes génétiquement et géographiquement distincts. Ces groupes ont
été caractérisés par différents facteurs environnementaux, comprenant la distance géographique, le
substrat géologique, la longueur de la rivière et la température de l'eau. Une analyse de variance
moléculaire (AMOVA) a révélé une forte différenciation des populations, plus grande entre les groupes
qu’au sein des groupes (respectivement 4.8% versus 0.8%). Ceci suggère davantage de dispersion au
sein des groupes qu’entre ces groupes et une adaptation locale à une fine échelle géographique. Ces
résultats ont d’importantes implications pour l’étude et la gestion des populations françaises de saumon,
en définissant les unités de conservation à l’échelle nationale ainsi que les paramètres induisant la
différenciation de ces unités.
Distribution au sein d'un paysage agricole
et variation des traits de plantes adventices, les capselles.
Coraline Caullet1, Valérie le Corre1
1
INRA, UMR 1210 Biologie et Gestion des Adventices, 17 rue Sully, BP 86510, F-21065 Dijon
Cedex, France
Les populations de nombreuses plantes adventices des cultures sont distribuées non seulement
dans les parcelles cultivées, mais aussi dans les bords de champs voire dans les habitats
interstitiels non cultivés (Kleijn & van der Voort, 1997). Le but de cette étude est de décrire la
distribution spatiale et de rechercher s’il existe une association entre cette dernière et la variation
phénotypique, pour deux espèces d’adventice : Capsella rubella, et Capsella bursa-pastoris
(crucifères annuelles autogames) au sein d’un même paysage agricole.
La répartition spatiale des capselles présentes sur la zone d’étude a été analysée à partir de la
localisation par GPS des plantes. Il ressort que les C. bursa-pastoris sont présentes dans une
grande diversité d’habitats (champ, bord de champ, bordure et chemin) tandis que les C. rubella
qui n’ont été trouvées que dans les chemins et les bordures herbacées. Par ailleurs la culture en
place joue un rôle de filtre important pour la présence de ces espèces au sein des parcelles.
Une expérimentation de type « common garden » a permis de mesurer la variation de traits relatifs à la
croissance, la phénologie, et la production de semences et leur plasticité en réponse à la période de
levée (automne vs printemps). La variation phénotypique est importante à l’échelle du paysage, et
semble associée avec les habitats d’origine des plantes mères. Notre étude contribue ainsi à mettre en
évidence des combinaisons de traits impliqués dans l’adaptation des plantes annuelles aux différents
habitats des agro-écosystèmes.
Architecture génétique du mimétisme chez Heliconius:
façonnement par la sélection ou préadaptation?
Benoit Gilles1,2 et Mathieu Joron1
1
UMR 7205 Origines Structure et Evolution de la Biodiversité, Muséum National d'Histoire
Naturelle, 16 rue Buffon, CP39, 75005 Paris
2
Smithsonian Tropical Research Institute, Balboa, Panama.
Les papillons du genre Heliconius (Nymphalidae), sont des membres emblématiques des
communautés d'insectes néotropicaux, ayant connu une radiation adaptative en de nombreuses espèces
et variants géographiques, signalant leurs défenses chimiques par des colorations d'avertissement, et
liés aux autres espèces de chaque communauté locale par des relations de mimétisme Müllérien. Nous
présentons ici les résultats d'une étude cherchant à élucider l'évolution adaptative de l'architecture
génétique de la coloration. L'espèce amazonienne H. numata présente la double particularité d'être
polymorphe pour plusieurs colorations mimétiques en sympatrie, et de présenter un locus unique
(supergène) contrôlant l'ensemble de la variation de couleur. Les autres espèces étudiées, non
polymorphes (variant seulement géographiquement), montrent une architecture multi-locus. Nous avons
effectué les croisements contrôlés entre races mimétiques géographiques de l'espèce H. hecale (sousespèces zuleika, Costa-Rica et melicerta, Panama), un proche parent de H. numata ne présentant pas de
polymorphisme, afin de décrire l'architecture génétique de la variation de couleur et les homologies
potentielles avec le supergène de H. numata. En étudiant l'architecture génétique comparée des espèces
du clade de H. numata nous pouvons tester si l'architecture en supergène est unique à l'espèce H.
numata, et donc si le supergène semble avoir évolué en réponse aux pressions de sélection en faveur du
polymorphisme (architecture façonnée par la sélection), ou bien si le supergène a évolué plus tôt dans le
clade, précédent ainsi l'évolution du polymorphisme ('préadaptation').
Etude détaillée de la sélection sur un peptide antimicrobien
dans une population structurée de Mytilus
Joana Do Nascimento, Nicolas Bierne1
1
Université Montpellier 2, Place Eugène Bataillon, 34095 Montpellier, France
CNRS - Institut des Sciences de l’Evolution UMR5554 Montpellier, France.
Alors que les fortes dispersions larvaires de la plupart des organismes marins devraient rendre
l’adaptation locale difficile, il n’est pas rare de rencontrer des exemples de structures génétiques
marquées interprétées comme le résultat d’une adaptation différentielle dans un environnement
variable. La présente étude avait pour objectif d’analyser dans les détails comment la sélection a
façonnée la structure génétique d’un peptide antimicrobien, la MGD2, chez les moules Mytilus.
edulis et M. galloprovincialis. Pour cela, deux approches ont été combinées : une approche de
génétique des populations pour mettre en évidence la position nucléotidique ciblée par la
sélection et une approche fonctionnelle pour appréhender les conséquences phénotypiques du
polymorphisme observé au niveau du locus sous sélection.
Nous avons pu montrer que la sélection opère au niveau d’un polymorphisme en acide aminé
(Leucine/Arginine) situé dans la boucle supposée active du peptide mature. La position stratégique de ce
polymorphisme au sein de la protéine a suscité des interrogations quant à son rôle dans l’activité
antimicrobienne du peptide. Nous avons alors tenté d’apporter un élément de réponse en étudiant les
communautés bactériennes présentes chez des individus homozygotes leucine et homozygotes arginine.
Les résultats n’ont montré aucunes différences significatives des endoflores. Le résultat le plus frappant
de cette étude reste l’absence d’entrainement génique du polymorphisme adaptatif sur son voisinage
chromosomique neutre. Une hypothèse est que la sélection a agit sur un polymorphisme préexistant à
l’équilibre de liaison avec les locus neutres analysés. Ce résultat suggèrerait que la sélection agisse de
façon sporadique sur ce peptide en fonction des variations spatiotemporelles du pathosystème.
Diversité génétique de Bremia lactucae (Regel), agent du mildiou
de la laitue, Lactuca sativa.
Romain Valade1, Brigitte Maisonneuve2, Claire Neema1
1
2
AgroParisTech, UMR BIOGER-CPP, Thiverval Grignon, 78850, France
INRA, GAFL Domaine St Maurice, 84143 Montfavet cedex, France
L’oomycète Bremia lactucae (Regel), est le principal pathogène de Lactuca sativa, espèce
incluant les divers cultigroupes commerciaux (beurre, batavia, feuille de chêne…). La laitue étant un
légume feuille consommé frais, l’utilisation de fongicides est très limitée.
Par conséquent, les
sélectionneurs ont utilisé la lutte génétique pour limiter les attaques de Bremia lactucae et en particulier,
des résistances totales spécifiques à des races pathogènes. Sous cette pression de sélection, les
populations de Bremia ont montré une rapide adaptation aux résistances hôtes qui se sont avérées peu
durables. A l'heure actuelle, les connaissances sur B. lactucae sont insuffisantes pour prédire les
évolutions des virulences, raisonner les résistances à cumuler dans les génotypes ou proposer une
gestion spatio-temporelle des variétés selon leurs résistances au Bremia. Ainsi, une étude de la diversité
génétique des populations de Bremia a été initiée pour déterminer l’influence des forces évolutives
(migration, dérive, recombinaison sexuée) chez cette espèce diploïde à haute capacité clonale. Dans
cette optique, des marqueurs neutres SSR (Simple Sequence Repeat) et AFLP (Amplified Fragment
Lenght Polymorphism) ont été mis au point. Différentes populations françaises ont été génotypées et les
résultats préliminaires montrent une variabilité génétique assez faible, suggérant une reproduction
clonale. L'analyse de cette diversité permettra d'acquérir des connaissances sur les stratégies d’évolution
du Bremia en Europe et permettre une meilleure gestion des résistances disponibles, en particulier par le
choix des gènes de résistance à cumuler dans une variété.
EFFECTS OF TEMPERATURE ON SEX-RATIO IN TWO RELATED SPECIES OF
LESSONIA (LAMINARIALES, PHAEOPHYCEAE) INHABITED ADJACENT AREAS
OF THE CHILEAN COAST
L. Valeria Oppliger, Juan A. Correa, Myriam Valero,
Jessica Beltrán, and Christophe Destombe
Abstract:
Sex-ratio, the proportion of males to females in a population, reflects generally the sex
determining mechanism of a species. Little is known on sex determinism in brown algae, in
some kelp species, cytological observation pointed out the existence of possible sexual
chromosomes whereas in some other species, experimental studies emphasized the effect of
temperature on the frequency of females. The main objective of this study was to study (i) the
sex ratio in two cryptic species of Lessonia and (ii) to test the effect of temperature on the sex
ratio. The sex ratio was estimated in 240 progenies obtained from thirteen different populations
distributed along the Chilean coast. The effect temperature was studied in different populations
from Northern and Southern species. At the progeny level, the sex ratio is roughly equilibrated
with half of males and half of female. Moreover, populations from the Northern species showed
a higher frequency of females at 14°C than at 10°C, whereas populations from the Southern
species showed the opposite trend. The significant interaction between temperature and species
suggests that these two cryptic species show different optimal temperature. In conclusion,
Lessonias’ sex ratios seem to be determined by a major genetic factor (sexual chromosome) as
well by an influence of temperature on female mortality.
Impact of fertility transmission and homogamy in family size in humans
Brandenburg Jean-Tristan1,2, Toupance Bruno1, Austerlitz Frederic2
1
Unité d'Eco-Anthropologie et Ethnobiologie, UMR 5145 CNRS/MNHN/UP7, Musée de
l'Homme, Paris, France.
2
Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution, UMR CNRS/Université Paris
Sud/AgroParisTech 8079 Université Paris-Sud, Bâtiment 360 F-91405 Orsay cedex FRANCE
Abstract
Cultural phenomena like transmission of fertility from parents to offspring were detected in some
human populations like the French Canadians in Saguenay-Lac Saint-Jean(Austerlitz and Heyer
1998) or the Hutterite population(Pluzhnikov et al. 2007). Previous studies on haploid loci
showed that the shape of gene genealogies is more unbalanced, “star-like” and smaller in that
case than in standard populations (Sibert et al. 2002; Blum et al. 2006). We show here the impact
of fertility transmission on genes carried by different human chromosomes (X, Y, mitochondrial
chromosome and autosomal) through a modeling study that we compare to the haploid model.
We show that the results depend strongly on the assumed scenario (for example transmission
between father and son, mother and daughter, or couple and children) and the structure of
population like the way couples are made, for instance if there is homogamy in family size. We
show the link between different demographics parameters (variance of family size and
intergenerational correlation for thus size) with the shape of gene genealogies.
Austerlitz F, Heyer E (1998) Social transmission of reproductive behavior increases frequency of
inherited disorders in a young-expanding population. Proc Natl Acad Sci U S A
95:15140-15144
Blum MG, Heyer E, Francois O, Austerlitz F (2006) Matrilineal fertility inheritance detected in
hunter-gatherer populations using the imbalance of gene genealogies. PLoS Genet 2:e122
Pluzhnikov A, Nolan DK, Tan Z, McPeek MS, Ober C (2007) Correlation of intergenerational
family sizes suggests a genetic component of reproductive fitness. Am J Hum Genet
81:165-169
Sibert A, Austerlitz F, Heyer E (2002) Wright-Fisher revisited: the case of fertility correlation.
Theor Popul Biol 62:181-197
Experimental evolution of life history and virulence of a parasite with vertical and
horizontal transmission: The impact of host growth conditions
Hélène Magalon1, Thibault Nidelet2 and Oliver Kaltz3
Université Pierre et Marie Curie Paris VI,
Laboratoire de Parasitologie Evolutive - UMR 7103, 7 quai St-Bernard,75252 Paris, France.
1
Present address: UMR 1099 BiO3P, Biologie des Organismes et des Populations appliquée à la
Protection des Plantes, INRA/Agrocampus Rennes/Université Rennes 1, BP 35327, 35653 Le Rheu
Cedex France
2
Present address: UMR de Génétique Végétale, Univ. Paris Sud/INRA/CNRS/INA P-G
Ferme du Moulon, 91190 Gif-sur-Yvette, France.
3
Present address: Institut de Sciences de l'Evolution, UMR 5554, Université Montpellier 2, Place Eugène
Bataillon, 34095 Montpellier Cedex 05, France
Emails: [email protected]; [email protected]; [email protected]
ABSTRACT: In parasites with mixed modes of transmission, ecological conditions may
determine the relative importance of vertical and horizontal transmission for parasite fitness.
This may lead to differential selection pressure on the efficiency of the two modes of
transmission and concomitant levels of parasite virulence. Under high host population growth,
increased opportunities for vertical transmission should select for increased vertical
transmissibility and therefore possibly lower virulence of parasites. We tested this idea in
experimental populations of the protozoan Paramecium caudatum and its bacterial parasite
Holospora undulata. Serial dilution produced constant host population growth and frequent
vertical transmission. Parasites from this high-growth treatment evolved higher fidelity of
vertical transmission and lower virulence, relative to parasites from host populations constantly
kept near their carrying capacity (low-growth treatment). Conversely, parasites from the lowgrowth treatment developed more rapidly and produced more horizontal transmission stages.
However, transmission stages of high-growth parasites were more infectious than those of lowgrowth parasites, indicating the evolution of a mixed strategy, with efficient vertical transmission
and some baseline level of horizontal transmission in the high-growth treatment. This illustrates
how environmentally-driven changes in host demography promote evolutionary divergence of
parasite life-history and transmission strategies.
Nuclear And Chloroplastic Markers For Assessment Of
Vitellaria paradoxa C.F. Gaertn. Genome Evolution
1
1
1
François Allal , Laurent Millet , Alexandre Vaillant , Jean-Marc Bouvet
1
1
CIRAD — BIOS, Unité Propre de Recherche de Génétique Forestière, Campus international de
Baillarguet TA A-39/C, 34398 Montpellier Cedex 5, France
Vitellaria paradoxa C.F. Gaertn. (Sapotaceae) commonly called Shea Tree, is a diploid savannah
tree species endemic to Africa. Phylogenetic relationship among 40 populations of Shea trees
was studied based on several molecular markers: sequence comparison of stearoyl-ACP
desaturase (SAD), a nuclear gene involved in fatty acids biosynthesis pathway ; sequence
comparison of trnK/matK and trnQ, intergenic spacers from chloroplast genome ; and length
polymorphism of 8 nuclear and 5 chloroplastic microsatellite loci. This study revealed a huge
gene flow amongst western populations whereas eastern populations showed a strongly
structured genetic diversity. Two main criteria can explain this pattern. Located around Benin,
the “Dahomey Gap”, a semiarid zone exceptionally dry during glacial periods, may have created
a gap in Vitellaria paradoxa natural range, preventing gene flow between west and east.
Additionally, the pattern of haplotype distribution in the western populations suggests a recent
human impact, particularly in Shea tree selection and seed dispersal, whereas the eastern part of
the natural area has been less traditionally exploited. Analysis of SAD gene showed two
transcribed copy in Shea tree. However, in silico translation of SAD genes revealed that one of
the copy leads to a truncated protein. Comparison of genetic diversity and mutation rate showed
twice more nucleotide substitution in one of the copy. Furthermore, we also confirmed the
existence of two copies in another tropical Sapotaceae (Baillonella toxisperma). These results
support the hypothesis of a recent duplication event of the ancestral SAD gene.
Homoplasie et paradoxe à l’utilisation des microsatellites
Aurelie Khimoun¹, Monique Burrus¹, Christophe Andalo¹,
Benoit Pujol¹, Christophe Thebaud¹
¹EDB, 118 route de Narbonne, 31062 Toulouse cedex 9, France
Les microsatellites sont le siège de taux de mutations importants générant un degré élevé de
polymorphisme et ce, même pour des lignées ayant divergé récemment. Si le grand nombre de
génotypes multilocus en découlant est une aubaine pour les études de génétique des populations,
les marqueurs microsatellites n’en restent pas moins des marqueurs sujets à l’homoplasie. En
effet, les taux élevés de mutations augmentent la probabilité que, par convergence, deux allèles
soient identiques par état mais pas par descendance : phénomène d’homoplasie de taille.
De plus, les méthodes classiques d’analyse du polymorphisme par électrophorèse considèrent
que deux allèles de même poids moléculaire (identiques par état) sont identiques par
descendance. Ceci suppose que tout changement de taille d’un allèle est du à une variation du
nombre de répétitions du motif microsatellite et que les régions flaquantes sont constantes. Le
viol de ce pré supposé constitue une partie de l’homoplasie de taille définie comme ‘homoplasie
de taille d’électrophorèse´ qui peut être révélée par l’analyse de séquences.
Si l´étendue de l´homoplasie de taille a souvent été évaluée, les études se basent sur un petit
nombre de marqueurs (1 à 4). De plus, les microsatellites séquencés, le sont souvent par
suspection d’homoplasie.
Nous proposons, dans cette étude, d’évaluer l’étendue de l´homoplasie, d’une part sur un nombre
plus important de marqueurs microsatellites (11) et d’autre part, sur des marqueurs choisis au
hasard et provenant de trois sources différentes.
Leur polymorphisme sera étudié chez deux sous-espèces proches de mufliers : Antirrhinum
majus pseudomajus et A. m. striatum qui font l’objet d’une étude visant à mettre en évidence les
barrières aux flux de gènes.
Recherche de QTLs associés à la tolérance au zinc aux stades précoces du développement
chez Arabidopsis halleri
Antoine Tailliez1, Isabelle Decombeix1
1
GEPV, bâtiment SN2, cité Scientifique, 59650 Villeuneuve d’Ascq, France.
Les métaux lourds, nouvellement qualifiés d’ « éléments traces métalliques », sont présents à
l’état naturel dans les sols à faible concentration. Cependant, l’érosion de la roche mère et les
activités anthropiques, de plus en plus intenses, contribuent à la présence de ces éléments à de
fortes concentrations, qui sont alors toxiques pour les êtres vivants. Certaines espèces ont
toutefois développé une capacité à les tolérer. C’est le cas d’Arabidopsis halleri, une espèce
tolérante et hyperaccumulatrice de Zn et Cd. Dans le cadre de cette étude, nous nous sommes
intéressés au déterminisme génétique de la tolérance au Zn au cours des stades précoces du
développement, chez Arabidopsis halleri, à l’aide d’une approche de type Quantitative Trait
Loci (QTL). A partir d’un backcross, issu d’un croisement interspécifique entre un individu A.
halleri et un individu de l’espèce non tolérante A. lyrata ssp. petraea, nous avons mis au point un
protocole permettant d’évaluer la tolérance au zinc sur terreau par analyse photographique de la
surface foliaire. Ces données, couplées au génotypage de 821 individus avec 26 marqueurs
microsatellites, ont permis de construire une carte génétique et d’identifier 2 QTLs impliqués
dans la tolérance au zinc. Le premier contient le gène MTP1-D (transporteur de zinc). Le second
ne contient aucun gène connu de l’homéostasie des métaux. Ces QTLs expliquent
respectivement un maximum de 3.3% et de 3.9% de la variance phénotypique mesurée au cours
du temps.
Mots-clés : métaux lourds – Arabidopsis halleri – QTLs – tolérance -hyperaccumulation
Species delineation of seaweeds using DNA barcoding:
a comparison of the species concept in red, green and brown algae.
Alexandre Geoffroy1, Line Le Gall2 and Christophe Destombe1
1
Equipe BEDIM, Laboratoire "Adaptation & Diversité en Milieu Marin", UMR 7144 CNRS-UPMC, Station
Biologique de Roscoff, Place Georges-Teissier, BP 74, 29682 ROSCOFF cedex, France
2
Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN), UMR 7138 Systématique, Adaptation et Evolution case postale
N° 39, 57 rue Cuvier, 75231 CEDEX 05 PARIS, France
Within the different species concepts, the biological species concept is the most widely
accepted one. Species is defined in terms of interbreeding and correspond according to Mayr
(1942) as groups of interbreeding natural populations that are reproductively isolated from other
groups. Practically, species identification is generally based on morphological characteristics. In
seaweeds, which are a polyphyletic or paraphyletic assemblage of photosynthetic organisms,
specimens are notoriously difficult to identify due to their relatively simple morphology and
anatomy, convergence, phenotypic plasticity, and alternation of heteromorphic generations.
DNA barcoding approach has been successfully employed in the identification of
previously described species, and in the discovery of several cryptic species (Saunders, 2005).
The mitochondrial gene CO1 is commonly used for Rhodophyta and Phaeophyceae barcoding,
however, in most cases, precise delineation of species is not sufficient and additional genetic
markers are needed.
The objective of this study is to develop a multi locus strategy using mitochondria, chloroplast
and nuclear markers to delineate more precisely species and to find interspecific hybridation.
Moreover, to study gene flow between groups we plan to develop a population genetic approach
using hypervariable genetic markers.
To address the question of delineation and genetic diversity, we choose to compare
different species belonging to different phylogenetic groups (Rhodophyta, Phaeophyceae and
Chlorophyta). The north western Brittany corresponds to a biogeographic transition zone
between temperate and cold-temperate/boreal marine assemblages. Recently, sharp genetic break
have been shown in seaweeds and marine invertebrates along the North coast of France between
Atlantic and English Channel populations. For this study, six locations Northern Cotentin, Saint
Malo, Roscoff, Brest, Concarneau and Quiberon will be sampled to determine the impact of this
putative biogeographical barrier on gene flow and to investigate the phylogeography in order to
identify putative glacial refuge and to delineate cryptic species. In each location, 30 individuals
will be sampled in three different situations on the shore (low, middle, high) to maximize the
differences. Additional experiment will be done on dispersion to estimate gene flow between
populations. We will compare results of seaweeds to three lineages for a best understanding of
delineation of species.
Keywords: barcoding, cryptic species, dispersal, gene flow, seaweeds.
Phylogéographie de l’oursin commun Paracentrotus lividus :
Approche combinée de l’ADN mitochondrial et nucléaire.
Gwilherm Penant1, Didier Aurelle1, Anne Chenuil1, Jean Pierre Féral1
1
UMR 6540 DIMAR, SME, chemin de la batterie des lions, 13007 Marseille, France
L’aire de répartition de l’oursin commun Paracentrotus lividus s’étend de la Méditerranée à la
partie nord-est de l’Atlantique. Les capacités de dispersion lors de la phase larvaire planctonique, qui
peut atteindre un mois, suggèrent un niveau potentiellement faible de structuration génétique chez cette
espèce. Ceci est confirmé en Atlantique et dans le bassin occidental de la Méditerranée par des études
sur des marqueurs mitochondriaux, malgré une différenciation significative entre ces deux bassins. Il
semble néanmoins nécessaire d’utiliser plus d’un marqueur ou type de marqueur lors d’études de
phylogéographie, afin de tenter de distinguer les conséquences possibles de la sélection naturelle sur un
marqueur donné, de celles de l’histoire des populations ou de l’espèce qui peuvent se retrouver à
l’échelle du génome. Nous avons donc utilisé en plus d’un marqueur mitochondrail, des marqueurs de
type intronique. Les introns étant des séquences non codantes de l’ADN, ils sont supposés évoluer plus
rapidement que des séquences codantes et donc apporter une résolution plus fine dans l’étude de la
structure des populations. Notre étude a ainsi permis de préciser la structure des populations de
Paracentrotus lividus, sur l’ensemble de son aire de répartition, en résolvant notamment le statut des
populations du bassin oriental méditerranéen.
Etude de la variation de coloration et de ses bases phylogénétiques et génétiques chez
Zosterops borbonicus, oiseau endémique de La Réunion.
Yann Bourgeois 1,2, Philippe Heeb 2, Christophe Thébaud 2.
1 ENS Lyon, 46 allée d'Italie, 69007 Lyon.
2 UMR 5174, Bâtiment 4R3 Université Paul Sabatier, 118 route de Narbonne, 31062 Toulouse
cedex 4, France.
Comprendre les bases de la diversification écologique au sein d'une espèce donnée reste un enjeu
majeur des sciences de l'évolution et de l'écologie. Les observations empiriques suggèrent qu'un
compromis entre les effets de dispersion et de sélection expliquerait le maintien d'une échelle
spatiale en dessous de laquelle la différenciation ne peut apparaître. Chez les oiseaux, qui
possèdent généralement un bon potentiel de dispersion, cette échelle est estimée à 10 000-100
000 km².
Dans cette étude nous nous sommes intéressés à Zosterops borbonicus, oiseau endémique de l'île de La
Réunion (2 500 km²). Cet oiseau présente au moins quatre morphes de couleur bien distincts, possédant
chacun une répartition géographique propre. Afin de mieux comprendre les mécanismes responsables
d'une telle variabilité à petite échelle, nous avons analysé le rôle de MC1R, un gène jouant un rôle
majeur dans la pigmentation, et avons cherché à établir une phylogénie compremant des gènes
nucléaires et mitochondriaux de l'espèce étudiée. Nous montrons que la séquence codante de MC1R ne
présente pas de mutation qui puisse être liée à la variation de plumage chez Zosterops borbonicus . De
plus la phylogénie ne montre aucune structuration qui soit corrélée aux morphes. Cependant la
comparaison de cette phylogénie avec celle de l'espèce soeur Zosterops mauritianus de l'île Maurice,
monomorphe, montre une plus grande variabilité intra spécifique chez l'espèce de La Réunion. Ceci
suggère que la grande variabilité environnementale rencontrée à La Réunion pourrait être à l'origine
d'une plus grande diversité génétique favorisant l'apparition de morphes variés, que ce soit par isolement
de sous populations ou du fait d'adaptations locales jouant indirectement sur la coloration (effet
pléiotropique).
Approche phylogéographique de la dispersion et de la diversification du clade Zosterops
maderaspatanus dans le sud-ouest de l’océan indien
Joris Bertrand1, Steve Goodman2, Marie Raherilalao2, Ben Warren3, Philipp Heeb1, Christophe
Thébaud1
1
UMR 5174 Laboratoire Evolution & Diversité Biologique (EDB), Bâtiment 4R3, 118 route de
Narbonne, 31062 Toulouse cedex 4; 2 Vahatra, BP 738, Antananarivo 101, Madagascar; 3
UMR PVBMT, Pôle de protection des plantes - 7 chemin de l'IRAT - 97410 St Pierre
La compréhension des processus de diversification des lignées nécessite le
développement et l’utilisation d’outils adaptés pour déchiffrer les mécanismes qui en sont à
l’origine. Dans cette étude, nous avons étudié les patrons spatio-temporels de dispersion et de
diversification d’une espèce de passereau (Zosterops maderaspatanus) sur les îles du sud-ouest
de l’océan indien et Madagascar. Pour se faire, nous avons employé une approche
phylogéographique. Nous avons réalisé une analyse multi-gènes (comprenant quatre gènes
mitochondriaux et quatre gènes nucléaires) pour construire une nouvelle hypothèse
phylogénétique afin de mettre à jour et améliorer les connaissances relatives aux relations
généalogiques entre populations et reconstituer la chronologie des différents évènements de
dispersion. Une colonisation rapide des différentes îles de l’océan indien (initiée il y aurait 1,1
Ma) suivie d’une période d’indépendance évolutive aurait permis la diversification de plusieurs
lignées insulaires. Les populations malgaches présentent, en revanche, un degré de
différenciation peu élevé entre elles. Une colonisation relativement récente (inférieure à 500 000
ans) et une importante tolérance de l’oiseau vis-à-vis des facteurs environnementaux semble
pourvoir en partie expliquer cette situation.
PARTENAIRES
Cluster Bioinformatique
Projet biodiversité du cluster environnement